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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 3901 - 3920 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3901 | 2025-10-06 |
Transcriptional analysis of primary ciliary dyskinesia airway cells reveals a dedicated cilia glutathione pathway
2024-Jul-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.180198
PMID:39042459
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、蛋白质组学和先进显微镜技术，揭示了原发性纤毛运动障碍(PCD)患者气道细胞中独特的谷胱甘肽代谢通路 | 发现了纤毛中专门的GSTA2通路对纤毛正常运动至关重要，并证明该通路可能成为治疗靶点 | 样本量相对有限，需要进一步验证GSTA2通路在更大PCD患者群体中的普遍性 | 探究PCD基因变异对多纤毛细胞的分子影响机制 | PCD患者、杂合子母亲和健康个体的原代培养上皮细胞，以及PCD患者来源的诱导多能干细胞 | 单细胞生物学 | 原发性纤毛运动障碍 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 先进显微镜, 免疫金标记 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据, 显微镜图像 | PCD患者、杂合子母亲和健康个体的原代上皮细胞，以及PCD患者来源的iPS细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 3902 | 2025-10-06 |
Understanding the Foreign Body Response via Single-Cell Meta-Analysis
2024-Jul-18, Biology
DOI:10.3390/biology13070540
PMID:39056733
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荟萃分析 | 通过整合多个单细胞RNA测序数据集，系统分析异物反应中的细胞亚群特征和信号通路 | 首次对现有所有异物反应小鼠研究的单细胞RNA测序数据进行荟萃分析，识别跨模型和解剖位置的共同基因特征 | 仅基于小鼠研究数据，人类临床样本验证尚需进一步研究 | 识别异物反应中细胞特异性基因特征，为医疗植入物患者提供潜在治疗靶点 | 异物反应小鼠模型中的成纤维细胞和巨噬细胞亚群 | 单细胞生物学 | 异物反应 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 所有可用异物反应小鼠研究数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3903 | 2025-10-06 |
Cell Simulation as Cell Segmentation
2024-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.25.591218
PMID:38712065
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研究论文 | 本研究采用从头细胞模拟方法改进单细胞空间转录组学中的细胞分割精度 | 将从头细胞模拟方法应用于细胞分割，能够快速推断形态学上合理的细胞边界并保持细胞类型异质性 | NA | 提高单细胞空间转录组学中细胞分割的准确性和计算效率 | 肾细胞癌患者样本中的肿瘤浸润免疫细胞（中性粒细胞和T细胞） | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞空间转录组学 | 从头细胞模拟 | 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 3904 | 2025-10-06 |
Glycolysis in hepatic stellate cells coordinates fibrogenic extracellular vesicle release spatially to amplify liver fibrosis
2024-06-28, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adn5228
PMID:38941469
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研究论文 | 本研究揭示了肝星状细胞糖酵解通过空间特异性方式协调纤维化细胞外囊泡释放以放大肝纤维化的机制 | 首次阐明肝星状细胞糖酵解通过组蛋白修饰调控Rab31表达，在肝小叶中央区特异性促进纤维化细胞外囊泡释放的空间协调机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证 | 探究肝星状细胞糖酵解如何通过空间特异性途径协调肝纤维化放大 | 肝星状细胞(HSCs)及其分泌的细胞外囊泡(EVs) | 空间转录组学 | 肝纤维化 | 空间转录组学, 遗传学抑制, 组蛋白修饰分析 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3905 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic-informed deconvolution of bulk data identifies immune checkpoint blockade resistance in urothelial cancer
2024-Jun-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.109928
PMID:38812546
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研究论文 | 开发了一种名为ProM的单细胞转录组信息反卷积方法，用于从批量数据中识别膀胱尿路上皮癌免疫检查点阻断耐药性 | 提出ProM方法能够同时检测主要和次要细胞类型，在配对的单细胞和批量RNA测序数据评估中优于现有方法 | 未明确说明样本量的具体限制或方法在其他癌症类型中的适用性 | 开发计算反卷积方法以整合单细胞和批量RNA测序数据，获得临床相关见解 | 人类膀胱尿路上皮癌样本 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 计算反卷积 | ProM反卷积算法 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 3906 | 2025-10-06 |
GoT-Splice protocol for multi-omics profiling of gene expression, cell-surface proteins, mutational status, and RNA splicing in human cells
2024-06-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.102966
PMID:38512867
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研究论文 | 本文介绍了一种名为GoT-Splice的多组学分析协议，用于同时分析人类细胞的基因表达、细胞表面蛋白、突变状态和RNA剪接 | 将Genotyping of Transcriptomes (GoT)与增强的长读长单细胞转录组和细胞表面蛋白质组分析相结合，克服了传统方法在区分野生型和突变细胞以及从短读长数据重建剪接信号方面的局限性 | NA | 开发一种能够准确研究RNA剪接因子突变的多组学分析方案 | 人类细胞 | 单细胞多组学 | NA | 长读长测序, 单细胞转录组测序, 细胞表面蛋白质组分析, 基因分型 | NA | 基因表达数据, 蛋白质组数据, 突变数据, RNA剪接数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞多组学, 长读长测序 | NA | NA |
| 3907 | 2025-10-06 |
Single-cell and spatiotemporal profile of ovulation in the mouse ovary
2024-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.20.594719
PMID:38826447
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术绘制小鼠卵巢排卵过程的时空图谱 | 首次在单细胞分辨率下详细描述排卵过程的精确时间窗口，并识别排卵依赖性细胞状态的基因标记 | 研究仅针对小鼠模型，未涉及其他物种 | 解析排卵过程中卵巢细胞类型的时空动态变化 | 小鼠卵巢组织 | 单细胞组学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据, 空间基因表达数据 | 配对小鼠卵巢样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3908 | 2025-10-06 |
Effects of SPI1-mediated transcriptome remodeling on Alzheimer's disease-related phenotypes in mouse models of Aβ amyloidosis
2024-May-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-48484-x
PMID:38734693
|
研究论文 | 本研究通过调控SPI1表达水平探究其对阿尔茨海默病相关病理表型的影响 | 首次在Aβ淀粉样变性小鼠模型中系统验证SPI1下调与过表达对AD病理的相反作用，并揭示其通过免疫反应和补体系统等通路发挥作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证 | 探究SPI1表达水平调控对阿尔茨海默病发病机制的影响 | Spi1基因敲除和过表达的小鼠模型 | 转录组学 | 阿尔茨海默病 | 靶向转录组学，单细胞转录组学 | 基因敲除模型，基因过表达模型 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3909 | 2025-10-06 |
Characterization of the responses of brain macrophages to focused ultrasound-mediated blood-brain barrier opening
2024-May, Nature biomedical engineering
IF:26.8Q1
DOI:10.1038/s41551-023-01107-0
PMID:37857722
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示了聚焦超声开放血脑屏障后脑巨噬细胞的免疫重塑机制 | 首次在单细胞水平系统表征聚焦超声开放血脑屏障后小胶质细胞和中枢神经系统相关巨噬细胞的动态响应 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探究聚焦超声介导的血脑屏障开放对脑巨噬细胞的影响机制 | 小鼠脑组织中的小胶质细胞和中枢神经系统相关巨噬细胞 | 单细胞组学 | 神经退行性疾病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠脑组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3910 | 2025-10-06 |
High-Dimensional Single-Cell Multimodal Landscape of Human Carotid Atherosclerosis
2024-04, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320524
PMID:38385291
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研究论文 | 通过单细胞多组学技术绘制人类颈动脉粥样硬化的高维细胞图谱 | 首次结合转录组和表位测序技术系统鉴定动脉粥样硬化病变中的25种细胞群体，发现新型平滑肌细胞来源的泡沫细胞亚群 | 样本量相对有限（n=21），仅针对颈动脉病变进行研究 | 全面解析人类颈动脉粥样硬化的细胞组成和临床病理关联 | 人类颈动脉粥样硬化病变组织 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,细胞转录组和表位索引测序 | NA | 单细胞转录组数据,表位数据 | 21例颈动脉病变样本（13例有症状） | 10x Genomics | 单细胞多组学,单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 细胞转录组和表位索引测序技术 |
| 3911 | 2025-10-06 |
Single-cell epigenomic dysregulation of Systemic Sclerosis fibroblasts via CREB1/EGR1 axis in self-assembled human skin equivalents
2024-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.22.586316
PMID:38585776
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研究论文 | 通过单细胞转录组和表观基因组分析系统性硬化症3D皮肤模型中的成纤维细胞亚群 | 首次在自组装人类皮肤等效物中通过单细胞多组学分析揭示CREB1/EGR1轴在系统性硬化症成纤维细胞表观遗传失调中的作用 | 研究基于体外3D皮肤模型，可能无法完全模拟体内复杂环境 | 探究系统性硬化症皮肤纤维化的单细胞表观遗传机制 | 系统性硬化症患者和健康对照的自体成纤维细胞、巨噬细胞和血浆构建的3D皮肤组织 | 单细胞多组学 | 系统性硬化症 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 3D皮肤等效物模型 | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据 | 系统性硬化症患者和健康对照捐赠者 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 3912 | 2025-10-06 |
Inositol phosphatase INPP4B sustains ILC1s and intratumoral NK cells through an AKT-driven pathway
2024-Mar-04, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20230124
PMID:38197946
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现INPP4B是组织驻留ILC1和肿瘤内NK细胞的标志性特征，并揭示其通过AKT通路维持这些细胞稳态和抗肿瘤功能 | 首次鉴定INPP4B作为组织驻留ILC1和肿瘤内NK细胞的新型调节因子，揭示其通过AKT驱动的生存通路发挥作用 | 研究主要关注稳态和肿瘤环境，其他病理状态下INPP4B的功能尚未探索 | 探究INPP4B在先天淋巴细胞亚群特别是ILC1和NK细胞中的功能作用 | 先天淋巴细胞（ILC）、自然杀伤细胞（NK）、1型先天淋巴细胞（ILC1） | 免疫学 | 肿瘤免疫 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、条件性基因敲除 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3913 | 2025-10-06 |
Retinal microglia express more MHC class I and promote greater T-cell-driven inflammation than brain microglia
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1399989
PMID:38799448
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术比较了视网膜和脑部小胶质细胞的转录组差异 | 首次发现视网膜小胶质细胞比脑部小胶质细胞表达更多MHC I类分子，并具有更强的促进T细胞驱动炎症的能力 | 研究仅使用小鼠模型，样本量有限（20只眼和3个脑组织） | 探究视网膜和脑部小胶质细胞因微环境差异导致的转录组和功能差异 | 2-4月龄野生型小鼠的视网膜和脑部小胶质细胞 | 单细胞生物学 | 病毒感染和自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序，多参数流式细胞术，淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒感染模型 | NA | 单细胞基因表达数据，流式细胞数据 | 20只眼睛和3个脑组织来自2-4月龄野生型小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3914 | 2025-10-06 |
Gradient boosting reveals spatially diverse cholesterol gene signatures in colon cancer
2024, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2024.1410353
PMID:39678375
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研究论文 | 本研究通过梯度提升模型识别结肠癌中与胆固醇代谢相关的空间多样化基因特征 | 首次将XGBoost模型应用于胆固醇代谢基因分析，并发现关键基因ADCY5和SLC2A1在肿瘤微环境中的空间分布特征 | 研究样本仅限于TCGA数据库，缺乏外部验证队列 | 评估胆固醇代谢与结肠癌预后的关系并识别关键预后基因 | 结肠腺癌患者的肿瘤和癌旁正常组织样本 | 生物信息学 | 结肠癌 | 差异基因分析，KEGG通路分析，空间转录组学，免疫组织化学 | XGBoost，Cox比例风险模型，随机森林，Lasso回归 | 基因表达数据，空间转录组数据，蛋白质表达数据 | TCGA结肠腺癌项目的配对肿瘤和癌旁样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3915 | 2025-10-06 |
Single-Molecule Spatial Transcriptomics of Human Thoracic Aortic Aneurysms Uncovers Calcification-Related CARTPT-Expressing Smooth Muscle Cells
2023-12, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319329
PMID:37823268
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研究论文 | 利用单分子空间转录组技术揭示人类胸主动脉瘤中与钙化相关的CARTPT表达平滑肌细胞亚型 | 首次在人类胸主动脉瘤中发现空间分布特异的CARTPT表达平滑肌细胞亚型，并证明其与钙化过程相关 | 样本量有限，仅针对胸主动脉瘤组织进行研究 | 探索人类胸主动脉瘤中平滑肌细胞的异质性和空间分布特征 | 人类胸主动脉瘤组织样本和匹配对照样本 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 单分子空间转录组成像，免疫分析，组织染色，体外功能研究 | NA | 空间转录组数据，图像数据，蛋白质表达数据 | 多个人类TAA样本和匹配对照样本，每个样本包含数千个细胞 | NA | 单分子空间转录组成像 | NA | 高分辨率单细胞转录组成像技术 |
| 3916 | 2025-10-06 |
Defining the cellular complexity of the zebrafish bipotential gonad
2023-11-15, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioad096
PMID:37561446
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研究论文 | 本研究通过转基因报告基因和单细胞测序分析定义了斑马鱼双潜能性腺中关键细胞类型的出现时间 | 首次发现斑马鱼性腺动脉的形成过程，揭示了血管和淋巴管在双潜能性腺中的同步发育，并识别了卵巢周细胞特有的215个基因 | 研究主要基于斑马鱼模型，结果向其他物种的推广需要进一步验证 | 阐明斑马鱼早期双潜能性腺发育过程中关键细胞类型的出现和功能 | 斑马鱼双潜能性腺中的内皮细胞、周细胞和巨噬细胞 | 发育生物学 | 生殖系统疾病 | 单细胞测序, 转基因报告基因, 光转换蛋白技术 | NA | 基因表达数据, 细胞成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3917 | 2025-10-06 |
Benchmarking algorithms for joint integration of unpaired and paired single-cell RNA-seq and ATAC-seq data
2023-10-24, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03073-x
PMID:37875977
|
研究论文 | 对九种单细胞多组学数据整合算法进行基准测试，评估多组学数据对单模态数据分析的指导作用 | 首次系统性地评估了配对和非配对单细胞RNA-seq与ATAC-seq数据的联合整合方法 | 未提及具体的数据集规模和实验设计的局限性 | 评估单细胞多组学数据整合算法在细胞类型注释和peak-基因关联分析中的性能 | 单细胞RNA测序数据、单核ATAC测序数据和多组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序、单核ATAC测序、多组学测序 | NA | 基因表达数据、染色质可及性数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq, single-cell multi-omics | NA | NA |
| 3918 | 2025-10-06 |
The Overlooked Role of Specimen Preparation in Bolstering Deep Learning-Enhanced Spatial Transcriptomics Workflows
2023-Oct-09, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.10.09.23296700
PMID:37873287
|
研究论文 | 本研究探讨了改进的样本处理流程对深度学习增强空间转录组学分析的影响 | 开发了增强型样本处理工作流程，利用Visium CytAssist检测的灵活性实现自动化H&E染色和高分辨率全玻片成像 | 研究队列规模较小，仅包含13名pT3期结直肠癌患者 | 评估改进的样本处理流程对深度学习空间转录组学分析性能的提升 | 结直肠癌患者的组织样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | Inceptionv3 | 图像, 基因表达数据 | 13名pT3期结直肠癌患者 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium CytAssist | Visium CytAssist检测，支持自动化H&E染色和40x分辨率全玻片成像 |
| 3919 | 2025-10-06 |
Feasibility of Inferring Spatial Transcriptomics from Single-Cell Histological Patterns for Studying Colon Cancer Tumor Heterogeneity
2023-Oct-09, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.10.09.23296701
PMID:37873186
|
研究论文 | 本研究开发了一种通过单细胞组织学模式推断空间转录组学的方法，用于研究结肠癌肿瘤异质性 | 开发了细胞图神经网络算法，通过最优传输方法将组织学信息与单细胞RNA模式对齐，实现从组织学单独推断空间mRNA表达模式 | 需要与病理学家合作进行精确的空间细胞类型识别，并需使用更先进的检测方法进行严格验证 | 探索整合单细胞组织学和转录组数据来推断空间mRNA表达模式 | pT3期结直肠癌患者的全切片图像 | 数字病理学 | 结肠癌 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 细胞图神经网络 | 图像，基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | 10x Visium | Visium空间基因表达解决方案 |
| 3920 | 2025-10-06 |
Leveraging spatial transcriptomics data to recover cell locations in single-cell RNA-seq with CeLEry
2023-07-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39895-3
PMID:37422469
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研究论文 | 提出CeLEry算法，利用空间转录组学数据恢复单细胞RNA测序中细胞的空间位置信息 | 开发了基于监督深度学习的算法，通过数据增强程序提高鲁棒性，能够从scRNA-seq数据中恢复细胞的多层次空间信息 | NA | 解决单细胞RNA测序中细胞空间位置信息缺失的问题 | 大脑和癌组织中的细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 监督深度学习, 变分自编码器 | 基因表达数据, 空间位置数据 | 多个数据集 | 10x Genomics, Vizgen, NanoString | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | Visium, MERSCOPE, MERFISH, Xenium | 10x Visium空间转录组平台, Vizgen MERSCOPE平台, NanoString GeoMx DSP平台 |