单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3881	2025-03-01	Single-Cell Sequencing Reveals the Role of Radiation-Induced Stemness-Responsive Cancer Cells in the Development of Radioresistance 2025-Feb-08, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26041433 PMID:40003899	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了放疗过程中癌症细胞干性增加对放疗抵抗性的影响	发现了放疗早期阶段癌症细胞干性显著上调的现象，并筛选出了一种称为‘辐射诱导的干性响应癌细胞’的亚群，揭示了其在放疗抵抗性发展中的关键作用	研究仅基于人类非小细胞肺癌A549细胞系，未涉及其他类型的癌症细胞或体内模型	研究放疗过程中癌症细胞干性变化及其对放疗抵抗性的影响	人类非小细胞肺癌A549细胞及其放疗抵抗性细胞（A549-RR）	数字病理学	肺癌	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	人类非小细胞肺癌A549细胞及其放疗抵抗性细胞（A549-RR）
3882	2025-03-01	Single-cell data-driven design of armed oncolytic virus to boost cooperative innate-adaptive immunity against cancer 2025-Feb-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.12.017 PMID:39674886	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，设计并构建了一种表达五个非冗余功能基因的武装溶瘤病毒OV-5A，以增强对癌症的先天-适应性免疫反应	利用单细胞RNA测序数据驱动的设计方法，开发了一种新型武装溶瘤病毒OV-5A，并展示了其在多种模型中的有效免疫反应	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在大量患者中进行临床试验	开发更有效的溶瘤病毒疗法，以增强对癌症的免疫反应	癌症患者和多种小鼠模型	癌症免疫治疗	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	多种小鼠模型、外周血单核细胞-患者来源的异种移植模型、类器官-免疫细胞共培养系统和患者组织切片
3883	2025-03-01	Decoding Müllerian Duct Epithelial Regionalization 2025-Feb, Molecular reproduction and development IF:2.7Q2 DOI:10.1002/mrd.70018 PMID:39994938	review	本文综述了Müllerian导管上皮区域化的分子机制及其在女性生殖道器官中的多样性	通过遗传小鼠模型、单细胞测序研究和类器官培养，深入探讨了Müllerian导管区域化的细胞和分子机制	需要进一步研究以全面解析Müllerian导管颅尾模式化的分子机制	探讨Müllerian导管上皮区域化的分子机制及其在女性生殖道器官中的作用	Müllerian导管及其衍生的女性生殖道器官（如输卵管、子宫、宫颈和上阴道）	生物医学	女性生殖道疾病	单细胞测序、类器官培养	遗传小鼠模型	NA	NA
3884	2025-03-01	Integrative Analysis of Cuproptosis-Related Mitochondrial Depolarisation Genes for Prognostic Prediction in Non-Small Cell Lung Cancer 2025-Feb, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70438 PMID:40008552	研究论文	本研究通过单细胞测序深入分析了与非小细胞肺癌（NSCLC）中线粒体去极化相关的差异表达基因，并结合铜死亡相关基因，利用单变量Cox回归分析和机器学习方法，识别出10个显著风险基因，构建了预后风险预测模型	结合铜死亡相关基因和线粒体去极化基因，构建了高特异性和准确性的预后风险预测模型，并识别出新的肿瘤标志物和潜在治疗靶点	研究依赖于单细胞测序和转录组数据，可能受到数据质量和样本量的限制	预测非小细胞肺癌患者的总体生存率并指导个性化治疗策略	非小细胞肺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞测序，qPCR	机器学习	转录组数据，单细胞数据，空间转录组数据	未明确提及具体样本数量
3885	2025-03-01	BNT162b2 COVID-19 vaccination elicits the expansion of CD16+CD8+ T cells endowed with natural killer cell features 2025-Jan-31, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.01.024 PMID:39894227	研究论文	本文研究了BNT162b2 COVID-19疫苗接种后，CD16+CD8+ T细胞的扩展及其具有自然杀伤细胞特征的功能	揭示了BNT162b2 mRNA疫苗接种后，CD16+CD8+ T细胞的扩展及其具有自然杀伤细胞特征的功能，这是对新型疫苗免疫系统影响的深入理解	研究样本量较小，仅包括30名健康个体，且未涉及不同人群或长期效果的评估	旨在表征BNT162b2 mRNA疫苗接种后出现的非常规T细胞亚群	30名接受BNT162b2 mRNA疫苗接种的健康个体的外周血	免疫学	COVID-19	多参数流式细胞术和单细胞转录组分析	NA	外周血样本	30名健康个体
3886	2025-03-01	Dynamic Immune Response Landscapes of Avian Peripheral Blood Post-Vaccination Against Infectious Bronchitis Virus Infection 2025-Jan-30, Vaccines IF:5.2Q1 DOI:10.3390/vaccines13020146 PMID:40006693	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，全面分析了接种H120减毒活疫苗后鸡外周血单核细胞的体内动态变化，揭示了抗病毒适应性免疫反应启动阶段的特定免疫细胞群体及其分子网络	首次在单细胞水平上使用高通量单细胞转录组测序技术，详细描绘了鸡接种IBV疫苗后外周血单核细胞的动态免疫反应景观	研究仅限于特定病原体自由鸡，且仅分析了接种后两周内的免疫反应动态	研究鸡接种IBV疫苗后的免疫反应动态，为未来疫苗的合理设计、现有疫苗效力的增强以及免疫程序的优化提供理论支持	特定病原体自由鸡的外周血单核细胞	生物信息学	禽传染性支气管炎	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	29,846个鸡外周血单核细胞
3887	2025-03-01	Single-Cell RNA-Sequencing Analysis Provides Insights into IgA Nephropathy 2025-Jan-29, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15020191 PMID:40001494	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术深入探讨了IgA肾病的免疫特征和分子机制	利用单细胞RNA测序技术揭示了IgA肾病中免疫细胞的激活、耗竭及肾脏细胞间的相互作用	未提及样本量及具体实验设计细节	探讨IgA肾病的发病机制及开发生物标志物和特异性治疗策略	IgA肾病患者的免疫细胞和肾脏细胞	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
3888	2025-03-01	Phospholipase C Beta 2 as a Key Regulator of Tumor Progression and Epithelial-Mesenchymal Transition via PI3K/AKT Signaling in Renal Cell Carcinoma 2025-Jan-26, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13020304 PMID:40002717	研究论文	本研究探讨了磷脂酶C Beta 2在肾细胞癌（RCC）中通过PI3K/AKT信号通路调节上皮-间质转化（EMT）的作用	揭示了磷脂酶C Beta 2在RCC中的具体表达模式和分子机制，特别是其通过PI3K/AKT信号通路调节EMT的作用	研究中使用的细胞系和样本量可能限制了结果的普遍性	探索磷脂酶C Beta 2在RCC进展中的调控功能及其作为治疗靶点的潜力	肾细胞癌（RCC）	生物信息学	肾癌	scRNA-seq, 转录组测序, RT-PCR, 免疫荧光, 救援实验, Western blotting	NA	基因表达数据, 细胞实验数据	RCC样本和细胞系
3889	2025-03-01	Novel Insights into the Pathogenesis of Inflammatory Bowel Diseases 2025-Jan-26, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13020305 PMID:40002718	综述	本文综述了炎症性肠病（IBD）发病机制的最新进展，探讨了关键机制及预防和个性化治疗的潜在途径	整合了多组学分析、单细胞转录组学和纵向队列研究的结果，聚焦于免疫调节、肠道微生物群动态及环境因素对疾病发生和进展的影响	尽管近期进展支持了新治疗策略的开发，但深入理解IBD发病机制的复杂动态仍具挑战性	旨在综合IBD发病机制的最新进展，探索预防和个性化治疗的潜在途径	炎症性肠病（IBD），包括克罗恩病和溃疡性结肠炎	NA	炎症性肠病	多组学分析、单细胞转录组学、纵向队列研究	NA	NA	NA
3890	2025-03-01	Genomic and Transcriptomic Approaches Advance the Diagnosis and Prognosis of Neurodegenerative Diseases 2025-Jan-24, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16020135 PMID:40004464	综述	本文探讨了基因组和转录组技术在神经退行性疾病诊断和预后中的应用	介绍了基因组和转录组技术的最新突破，如全基因组测序、单细胞RNA测序和CRISPR筛选，为早期诊断和个性化预后提供了新途径	将基因组发现转化为临床实践仍面临疾病异质性和神经退行性病理生理复杂性的挑战	推进神经退行性疾病的诊断和预后	阿尔茨海默病（AD）、帕金森病（PD）、亨廷顿病（HD）和肌萎缩侧索硬化症（ALS）等神经退行性疾病	基因组学	神经退行性疾病	全基因组测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR筛选、全基因组关联研究（GWAS）、多基因风险评分（PRS）、空间转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	NA
3891	2025-03-01	CellChat for systematic analysis of cell-cell communication from single-cell transcriptomics 2025-Jan, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01045-4 PMID:39289562	研究论文	本文介绍了一种名为CellChat的计算工具，用于从单细胞转录组数据中推断和分析细胞间通讯网络	CellChat v2版本增加了额外的比较功能、扩展的配体-受体对数据库以及丰富的功能注释，并引入了交互式CellChat Explorer	需要基本的R语言和单细胞数据分析知识，但不需专门的生物信息学培训	系统分析细胞间通讯网络，识别不同生物条件下细胞间通讯的变化	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	简化质量作用模型	单细胞转录组数据	NA
3892	2025-03-01	Multiomics in silico analysis identifies TM4SF4 as a cell surface target in hepatocellular carcinoma 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0307048 PMID:39999090	研究论文	本文通过多组学分析，识别出TM4SF4作为肝细胞癌（HCC）的细胞表面靶点	首次通过多组学分析识别出TM4SF4作为HCC的潜在治疗靶点，并验证其在HCC细胞中的高表达及在正常组织中的低表达	研究主要基于数据库和体外实验，缺乏体内实验验证	寻找在HCC细胞中高表达且在正常组织中低表达的细胞表面靶点，以减少细胞免疫治疗的脱靶毒性	肝细胞癌（HCC）细胞	生物信息学	肝细胞癌	多组学分析、scRNA-seq、免疫组化	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据、免疫组化数据	791例HCC病例、15,787个HCC细胞
3893	2025-03-01	Gestational diabetes induces autistic-like behaviors in offspring by disrupting the GABAergic system 2025, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2025.1538115 PMID:40012680	研究论文	本研究探讨了妊娠糖尿病（GDM）如何通过影响GABA能系统诱导后代出现自闭症样行为	首次通过单细胞转录组学和代谢组学分析揭示了GDM对后代GABA能系统的影响，并发现GAD2启动子区域的DNA超甲基化导致GAD2表达减少	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨妊娠糖尿病对后代神经发育的影响及其机制	妊娠糖尿病小鼠模型及其雄性后代	神经科学	自闭症	单细胞转录组学、代谢组学、c-Fos染色	小鼠模型	行为数据、基因表达数据、代谢数据	未明确说明样本数量，但使用了妊娠糖尿病小鼠模型及其雄性后代
3894	2025-03-01	Seurat function argument values in scRNA-seq data analysis: potential pitfalls and refinements for biological interpretation 2025, Frontiers in bioinformatics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fbinf.2025.1519468 PMID:40013100	研究论文	本文探讨了在scRNA-seq数据分析中Seurat函数参数值的潜在陷阱及其对生物学解释的改进	本研究的新颖之处在于采用生物学和生物信息学的综合方法，以阐明数据处理后的生物学见解	文章未讨论在生物学中应用这些方法的合理性，且数据集整合没有既定规则	研究目的是揭示scRNA-seq数据处理中的潜在问题并提出改进方法	scRNA-seq数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
3895	2025-03-01	Optimizing CAR-T cell Culture: Differential effects of IL-2, IL-12, and IL-21 on CAR-T cells 2024-Dec, Cytokine IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.cyto.2024.156758 PMID:39299100	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了不同细胞因子（IL-2、IL-12和IL-21）对CAR-T细胞的影响，以优化CAR-T细胞培养条件	首次使用单细胞RNA测序技术系统比较了IL-2、IL-12和IL-21对CAR-T细胞的影响，发现IL-21在防止细胞衰老方面的独特作用	研究仅限于体外实验，未进行体内验证	优化CAR-T细胞培养条件，寻找最有效的细胞因子以促进CAR-T细胞的持久性	CAR-T细胞	细胞治疗	血液系统恶性肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
3896	2025-03-01	Integration of Machine Learning and Experimental Validation to Identify Anoikis-Related Prognostic Signature for Predicting the Breast Cancer Tumor Microenvironment and Treatment Response 2024-Nov-12, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes15111458 PMID:39596658	研究论文	本文通过整合机器学习和实验验证，识别了与乳腺癌肿瘤微环境和治疗反应相关的失巢凋亡相关预后标志物	结合多种机器学习方法生成失巢凋亡相关预后标志物（ANRS），并首次探讨了其与肿瘤微环境、药物敏感性和免疫治疗的相关性	研究结果需要进一步的大规模临床验证	探讨失巢凋亡相关基因（ANRGs）在乳腺癌预后中的作用，并建立预后标志物	乳腺癌患者	机器学习	乳腺癌	RT-PCR, Western blot, ELISA, 单细胞分析, 空间转录组学	NA	基因表达数据, 单细胞数据, 空间转录组数据	NA
3897	2025-03-01	Single-cell RNA-seq in diabetic foot ulcer wound healing 2024 Nov-Dec, Wound repair and regeneration : official publication of the Wound Healing Society [and] the European Tissue Repair Society IF:3.8Q1 DOI:10.1111/wrr.13218 PMID:39264020	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究糖尿病足溃疡慢性伤口愈合的细胞亚群、基因和分子	通过单细胞RNA测序技术从炎症、血管生成和细胞外基质重塑三个方面探索糖尿病足溃疡的伤口愈合机制	未提及具体样本量或实验设计的局限性	深入了解糖尿病足溃疡伤口愈合的机制并识别潜在的治疗靶点	糖尿病足溃疡慢性伤口相关的细胞亚群、基因和分子	数字病理学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
3898	2025-03-01	Multiplexed, image-based pooled screens in primary cells and tissues with PerturbView 2024-Oct-07, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02391-0 PMID:39375449	研究论文	本文介绍了PerturbView技术，一种能够在多种系统中进行高多重表型读出的光学池筛选技术	PerturbView通过体外转录扩增条形码，使得在包括原代细胞和组织在内的多种系统中进行高多重表型读出的筛选成为可能	NA	开发并验证一种新的光学池筛选技术，以扩展其在多种细胞和组织模型中的应用	诱导多能干细胞衍生的神经元、原代免疫细胞和动物模型的肿瘤组织切片	数字病理学	NA	光学池筛选（OPS）、体外转录、原位测序	NA	图像、转录组数据	包括诱导多能干细胞衍生的神经元、原代免疫细胞和动物模型的肿瘤组织切片
3899	2025-03-01	Intestinal Stromal Cells in the Turmoil of Inflammation and Defective Connective Tissue Remodeling in Inflammatory Bowel Disease 2024-09-03, Inflammatory bowel diseases IF:4.5Q1 DOI:10.1093/ibd/izae066 PMID:38581412	研究论文	本文探讨了炎症性肠病（IBD）中肠道基质细胞在炎症和结缔组织重塑缺陷中的作用	揭示了肠道基质细胞在IBD中的复杂表型和功能，以及它们在炎症和细胞外基质重塑中的主动作用	当前IBD治疗主要针对炎症，对纤维狭窄或瘘管形成的疾病效果不佳	研究肠道基质细胞在IBD中的角色及其在炎症和细胞外基质重塑中的作用	肠道基质细胞，特别是肠道上皮下肌成纤维细胞	病理学	炎症性肠病	单细胞测序，空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
3900	2025-03-01	HIV-1 control in vivo is related to the number but not the fraction of infected cells with viral unspliced RNA 2024-Sep-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2405210121 PMID:39190360	研究论文	本文研究了HIV-1感染者在无抗逆转录病毒治疗（ART）情况下，血浆病毒载量与感染细胞中未剪接HIV RNA（HIV usRNA）的关系	研究发现，病毒控制与感染细胞中未剪接HIV RNA的比例无关，而是与感染细胞的总数相关	研究仅基于外周血单核细胞（PBMC），未涉及其他组织或细胞类型	探讨HIV-1感染者在无ART情况下血浆病毒载量控制的机制	HIV控制者和非控制者的外周血单核细胞（PBMC）	NA	HIV感染	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序数据	HIV控制者和非控制者的PBMC样本