单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 39637 篇文献，本页显示第 3881 - 3900 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3881 | 2026-03-30 |
singIST: An integrative method for comparative single-cell transcriptomics between disease models and humans
2026-Mar, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014002
PMID:41838773
|
研究论文 | 本文提出了一种名为singIST的计算方法，用于在疾病模型与人类条件之间进行单细胞转录组学的比较分析 | singIST在单细胞分辨率下提供了可解释的定量度量，以评估疾病模型与人类参考在通路、细胞类型和基因水平的相似性，并整合了基因同源性、细胞类型存在、重要性以及基因表达变化，控制单细胞数据的内在复杂性 | NA | 开发一种计算方法来评估疾病模型与人类疾病在单细胞转录组水平的相似性，以辅助药物发现和早期开发 | 疾病模型（如小鼠模型）和人类条件（如特应性皮炎和化脓性汗腺炎） | 自然语言处理 | 特应性皮炎，化脓性汗腺炎 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3882 | 2026-03-30 |
Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L orchestrates alternative splicing critical for primordial follicle formation
2026-Feb-19, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2026.02.047
PMID:41722690
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研究论文 | 本研究揭示了hnRNPL介导的可变剪接在原始卵泡形成中的关键作用及其与原发性卵巢功能不全的关联 | 首次鉴定hnRNPL作为调控原始卵泡形成的关键剪接因子，并阐明其与PTBP1和SRSF10相互作用的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证 | 阐明从原始生殖细胞到原始卵泡形成过程中可变剪接的动态调控机制 | 小鼠生殖细胞发育过程 | 发育生物学 | 原发性卵巢功能不全 | scRNA-seq, bulk RNA-seq, RIP-seq, IP-MS, 免疫荧光 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据、批量RNA-seq数据、蛋白质互作数据 | 小鼠胚胎期E16.5-E18.5及出生后P1时间点的卵巢组织 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 3883 | 2026-03-30 |
Cardiac Macrophages Across Space and Time: Roles in Homeostasis, Disease, and Remodeling
2026-Feb-19, The Canadian journal of cardiology
DOI:10.1016/j.cjca.2026.02.025
PMID:41722856
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综述 | 本文综述了心脏巨噬细胞在稳态、疾病和重塑中的空间和时间特异性作用，强调了其异质性和靶向治疗潜力 | 整合单细胞和空间转录组学数据，揭示了心脏巨噬细胞在空间和时间上的动态分布及其在疾病中的精确调控作用 | 综述性质文章，未涉及具体实验验证，且基于现有研究，可能存在数据局限性 | 探讨心脏巨噬细胞在稳态维持、损伤响应和修复中的角色，以开发精准免疫调节疗法 | 心脏巨噬细胞，包括组织驻留巨噬细胞和招募的单核细胞来源巨噬细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3884 | 2026-02-15 |
Single-cell RNA sequencing combined with single-cell genome-wide association study identifies SF3B4 as a hub gene in hepatocellular carcinoma progression
2026-Feb-14, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04501-7
PMID:41689695
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3885 | 2026-03-30 |
Tissue-Specific High-Quality Protoplast Isolation for Single-Cell Analyses in Arabidopsis
2026-02-06, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/69330
PMID:41729799
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研究论文 | 本文介绍了一种从拟南芥多种组织中分离高质量原生质体的稳健且可重复的协议，适用于单细胞分析 | 该协议针对不同组织类型（如叶片、茎、花和根）的独特生理特性，优化了酶消化条件和纯化步骤，确保了高产量和广泛细胞类型的代表性 | NA | 优化植物单细胞RNA测序（scRNAseq）应用中的原生质体分离方法，以研究细胞类型特异性基因表达和发育动态 | 拟南芥（Arabidopsis thaliana）的多种组织，包括地上部分（叶片、茎、花）和根组织 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq）、流式细胞术（FACS）、瞬时基因表达分析 | NA | 单细胞悬浮液 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3886 | 2026-03-30 |
Isolation of Pericytes from Mouse Cortical Tissue Using FACS for Single-cell Sequencing
2026-01-30, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/69749
PMID:41697880
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研究论文 | 本文建立了一种优化的FACS方法，用于从小鼠皮层组织中分离周细胞，适用于单细胞RNA测序 | 在已建立的CD13/CD31分选策略基础上，引入了20% BSA溶液重悬细胞的关键步骤，以最小化应激和聚集，从而最大化测序所需的细胞活力和RNA质量 | NA | 研究周细胞的异质性，并阐明其在神经血管疾病中的机制 | 小鼠大脑周细胞 | 单细胞测序 | 神经血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 3只成年C57BL/6小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3887 | 2026-03-30 |
AUTOENCODIX: a generalized and versatile framework to train and evaluate autoencoders for biological representation learning and beyond
2026-01, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-025-00916-4
PMID:41366150
|
研究论文 | 本文介绍了AUTOENCODIX，一个用于训练和评估自编码器的开源框架，旨在标准化和灵活处理生物表示学习任务 | 提出一个标准化、灵活且可比较的自编码器框架，支持基于本体和跨模态的自编码器，增强了表示学习的可解释性和数据模态转换能力 | 未明确说明框架在特定数据集或应用场景中的性能限制或潜在偏差 | 开发一个通用框架以标准化自编码器的训练和评估，促进生物表示学习的研究 | 自编码器架构及其在生物数据表示学习中的应用 | 机器学习 | NA | 自编码器深度学习 | 自编码器（包括基于本体和跨模态的自编码器） | 多模态数据（包括基因组、单细胞测序和成像数据） | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3888 | 2026-03-30 |
Microbiota shape the colon epithelium controlling inter-crypt absorptive goblet cells via butyrate-GP R109A signalling
2025-Dec-31, Gut microbes
IF:12.2Q1
DOI:10.1080/19490976.2025.2573045
PMID:41208257
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学等方法，揭示了肠道微生物通过丁酸-GPR109A信号通路调控结肠上皮中具有吸收和分泌特征的非常规杯状细胞，从而影响结肠上皮细胞组成和功能 | 首次发现微生物通过丁酸及其受体GPR109A调控结肠隐窝间吸收性杯状细胞，揭示了微生物驱动上皮可塑性的新机制 | NA | 探究微生物来源信号如何影响结肠上皮细胞身份和功能 | 结肠上皮细胞，特别是非常规隐窝间杯状细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组学，抗生素介导的微生物耗竭，无菌小鼠，小鼠定植实验 | NA | 转录组数据 | 小鼠和人类样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3889 | 2026-03-30 |
RAB25 modulates pit cell commitment by coordinating transforming growth factor-alpha secretion from gastric epithelial cells
2025-Dec-09, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-08316-2
PMID:41365858
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研究论文 | 本文探讨了RAB25通过协调胃上皮细胞分泌转化生长因子-α来调控胃小凹细胞命运决定的作用 | 首次揭示RAB25在胃环境中通过调节TGFA分泌来维持正常谱系决定的生理功能，并关联到人类Ménétrier's疾病 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类疾病关联性证据尚有限 | 探究胃中EGFR配体来源及其调控机制，以理解谱系决定的分子基础 | 胃上皮细胞、小鼠模型、人类Ménétrier's疾病样本 | 单细胞生物学 | 胃疾病 | 单细胞RNA测序、小鼠原代细胞培养 | NA | 单细胞RNA测序数据、组织样本 | 未明确指定样本数量，涉及小鼠模型和人类疾病样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3890 | 2026-03-30 |
Integration of elemental imaging and spatial transcriptomic profiling for proof-of-concept metals-based pathway analysis of colon tumor microenvironment
2025-Oct-14, Metallomics : integrated biometal science
IF:2.9Q3
DOI:10.1093/mtomcs/mfaf034
PMID:41042257
|
研究论文 | 本研究通过整合元素成像和空间转录组学，对结直肠癌肿瘤微环境中的金属依赖性信号通路进行了概念验证分析 | 首次将元素成像与空间转录组学整合，实现了组织范围内金属-基因相互作用的全面探索，突破了传统孤立研究金属或基因的局限 | 本研究仅为单样本概念验证，样本量有限，未来需要扩大患者队列进行验证 | 探索肿瘤微环境中金属丰度、转运机制、细胞分布与肿瘤进展相关生物通路（如代谢、胶原重塑）之间的复杂相互作用 | 结直肠癌肿瘤微环境 | 空间转录组学 | 结直肠癌 | 元素成像、空间转录组学、基因表达相关性分析 | 空间多模态工作流程 | 图像、基因表达数据、细胞组成数据、组织病理学特征 | 单一样本（结直肠癌肿瘤） | NA | 空间转录组学、元素成像 | NA | NA |
| 3891 | 2026-03-30 |
Conditional Ablation of PKCλ/ι in CD4+ T Cells Ameliorates Hepatic Fibrosis in Schistosoma japonicum-Infected Mice via T Follicular Helper (Tfh) Cell Suppression Coupled with Increased Follicular Regulatory T (Tfr) and Regulatory B (Breg) Cell Activities
2025-10-09, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15101430
PMID:41154658
|
研究论文 | 本研究通过构建CD4+ T细胞特异性PKCλ/ι条件性敲除小鼠模型，探讨了PKCλ/ι在血吸虫感染诱导的肝纤维化中的作用机制 | 首次在CD4+ T细胞中条件性敲除PKCλ/ι，揭示了其通过调控Tfh/Tfr细胞平衡和Breg细胞功能来减轻肝纤维化的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证；单细胞测序样本量有限；具体信号通路细节有待进一步阐明 | 探究PKCλ/ι在血吸虫感染诱导的肝纤维化中的免疫调节作用 | 感染日本血吸虫的小鼠模型，重点关注CD4+ T细胞、Tfh细胞、Tfr细胞和Breg细胞 | 数字病理学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序，流式细胞术，RT-qPCR，ELISA，转录组分析 | 条件性基因敲除小鼠模型 | RNA测序数据，流式细胞数据，基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3892 | 2026-03-30 |
Transcriptome Analysis Unravels CD4+ T-Cell and Treg-Cell Differentiation in Ovarian Cancer
2025-08-27, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15091241
PMID:41008548
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研究论文 | 本研究通过整合多个单细胞RNA-seq数据集，对卵巢癌中肿瘤浸润CD4+ T细胞和调节性T细胞（Tregs）的分化进行了全面的转录组分析 | 整合了七个多中心卵巢癌单细胞RNA-seq数据集，构建了强大的元数据资源，并利用BayesPrism算法从TCGA批量RNA-seq数据中量化Tregs，对患者进行分层 | 研究主要基于转录组数据，功能验证相对有限；样本来源为回顾性数据集，需要前瞻性研究进一步验证 | 研究卵巢癌中肿瘤浸润CD4+ T细胞，特别是调节性T细胞（Tregs）的分化、功能及其对预后的影响 | 卵巢癌患者肿瘤组织中的CD4+ T细胞和调节性T细胞（Tregs） | 生物信息学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | BayesPrism算法 | 转录组数据 | OCSCDs数据集包含7个数据集，总计137,648个单细胞；使用了TCGA数据集和5个独立的批量RNA-seq队列进行验证 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 3893 | 2026-03-30 |
Interpretable niche-based cell‒cell communication inference using multi-view graph neural networks
2025-06, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-025-00809-6
PMID:40425827
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研究论文 | 本文介绍了一种基于空间转录组学的细胞间通讯推断工具STCase，利用多视图图神经网络识别细胞类型的生态位并揭示生态位特异性通讯事件 | 提出首个考虑生态位异质性的单细胞/斑点水平细胞间通讯推断方法，通过可解释的多视图图神经网络和CCC感知注意力机制 | NA | 开发能够捕捉生态位特异性细胞间通讯的计算工具 | 人类支气管腺体和口腔鳞状细胞癌组织 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | 空间转录组学 | 多视图图神经网络 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3894 | 2026-03-30 |
Multimodal learning for mapping genotype-phenotype dynamics
2025-04, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-024-00765-7
PMID:39875699
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研究论文 | 本研究提出了一个计算集成遗传学框架，用于同时分析和解释基因型及其相关表型的高维景观，并开发了一个多模态基础模型来探索人类转录组学在细胞水平上的基因型-表型关系流形 | 整合单细胞RNA测序等高通量基因分型方法与语言模型等先进学习方法，构建了一个用于分析基因型-表型动态关系的多模态基础模型，能够以更高分辨率解析细胞异质性 | NA | 解析复杂基因表达模式如何产生复杂表型这一生物学基本问题，探索基因表达与表型表现之间的动态相互作用 | 人类转录组学数据，特别是内皮细胞中的von Willebrand因子（VWF）基因 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 语言模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3895 | 2026-03-30 |
Population-level comparisons of gene regulatory networks modeled on high-throughput single-cell transcriptomics data
2024-03, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-024-00597-5
PMID:38438786
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SCORPION的工具，用于从单细胞/核RNA测序数据重建可比较的基因调控网络，以支持群体水平的比较 | SCORPION利用消息传递算法和相同基线先验，克服了数据稀疏性和细胞异质性，在合成数据上优于12种现有基因调控网络重建技术，并能准确识别野生型和转录因子扰动细胞间的调控网络差异 | 未在摘要中明确提及 | 开发一种工具，用于从单细胞转录组学数据重建可比较的基因调控网络，以进行群体水平的比较 | 单细胞/核RNA测序数据，特别是来自结直肠癌和相邻健康组织的200,436个细胞 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 消息传递算法 | 单细胞转录组学数据 | 200,436个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3896 | 2026-03-30 |
Extracting, filtering and simulating cellular barcodes using CellBarcode tools
2024-02, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-024-00595-7
PMID:38374363
|
研究论文 | 本文介绍了CellBarcode工具包及其条形码模拟套件CellBarcodeSim，用于从批量或单细胞测序数据中高效、灵活地提取和过滤多种条形码类型 | 开发了支持多种条形码类型和分析策略的通用工具，并提供了条形码模拟功能以优化识别过程 | 未明确提及具体的技术限制或性能边界 | 提高DNA细胞条形码识别的准确性和可重复性 | DNA细胞条形码 | 生物信息学 | NA | PCR和测序 | NA | 测序数据 | NA | NA | 单细胞测序, 批量测序 | NA | NA |
| 3897 | 2026-03-30 |
Fast intratumor heterogeneity inference from single-cell sequencing data
2022-09, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-022-00298-x
PMID:38177468
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为HUNTRESS的计算方法，用于从单细胞测序数据中推断肿瘤内异质性 | HUNTRESS方法在运行时间上具有线性与二次方的优势，且在合理条件下能高概率计算肿瘤的真实进展历史 | NA | 开发一种快速且准确的算法来推断肿瘤内异质性 | 单细胞测序数据中的基因型矩阵 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | 基因型矩阵 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3898 | 2026-03-29 |
Construction of TLS-related gene signature for predicting prognosis and immunotherapy response in hepatocellular carcinoma
2026-Apr-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000925
PMID:41894176
|
研究论文 | 本研究构建了三级淋巴结构相关基因特征（TLSRS），用于预测肝细胞癌患者的预后和免疫治疗反应 | 首次开发了基于三级淋巴结构相关基因的预后和免疫治疗反应预测模型，并利用单细胞、空间转录组学等技术验证了基因与TLS的关联 | 研究基于回顾性数据，需要前瞻性临床验证；基因特征的普适性需在更多独立队列中验证 | 预测肝细胞癌患者的预后和免疫治疗反应，推动精准医疗发展 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 差异基因表达分析、加权相关网络分析、LASSO回归、GSEA、单细胞RNA-seq、空间转录组学、免疫组化、多重免疫荧光 | LASSO回归模型 | 基因表达数据、单细胞数据、空间转录组数据、免疫组化图像 | 未明确指定样本数量，涉及肝细胞癌患者队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3899 | 2026-03-29 |
Application of GBD 2021 and multiple omics to reveal the association and potential mechanism between glycated hemoglobin and intervertebral disc degeneration
2026-Mar-27, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-026-05208-w
PMID:41893906
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研究论文 | 本研究整合全球疾病负担数据、孟德尔随机化分析、多组学数据和单细胞转录组学，全面揭示了糖化血红蛋白与椎间盘退变之间的关联及潜在机制 | 首次通过整合全球流行病学数据、孟德尔随机化因果推断、多组学整合分析及单细胞转录组学，系统揭示了HbA1c与IVDD的因果关系，并鉴定了五个关键HbA1c相关基因及其在椎间盘退变中的细胞特异性作用 | 研究主要基于公共数据库和已有测序数据，缺乏实验验证；单细胞分析样本量有限；药物靶向预测需进一步实验确认 | 阐明糖化血红蛋白对椎间盘退变的因果影响，鉴定关键相关基因并探索其分子机制及潜在治疗靶点 | 全球人群糖尿病与腰痛流行病学数据、椎间盘退变相关基因组数据、人髓核组织单细胞转录组数据 | 生物信息学与多组学整合分析 | 椎间盘退变 | 孟德尔随机化分析、全基因组关联研究、RNA测序、单细胞RNA测序、分子对接 | NA | 流行病学数据、基因组数据、转录组数据、单细胞转录组数据 | 全球人群流行病学数据、大型GWAS汇总统计数据、单细胞RNA测序人髓核组织样本 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 3900 | 2026-03-29 |
Single-bacterial cell insights into mechanisms of ceftriaxone resistance in Neisseria subflava
2026-Mar-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-68621-y
PMID:41896210
|
研究论文 | 本研究通过单细胞分析揭示了奈瑟菌亚黄种在头孢曲松压力下的适应性机制，包括耐药性增强、生物膜形成和遗传重编程 | 整合实验进化和单细胞转录组学，首次在单细菌细胞水平上解析了奈瑟菌亚黄种从共生体向病原体转变的多维策略 | 研究主要基于实验室进化模型，临床样本验证有限，且未全面探讨其他环境因素对适应性的影响 | 探究抗生素压力如何驱动奈瑟菌亚黄种的适应性进化，以理解共生体向病原体转变的机制 | 奈瑟菌亚黄种（Neisseria subflava） | 微生物学与单细胞分析 | 慢性呼吸道疾病 | 全基因组测序，单细胞转录组学 | NA | 基因组数据，转录组数据 | 实验进化菌株及临床分离株 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |