本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3861 | 2026-02-07 |
Integrative single-cell analysis uncovers distinct tumour microenvironment ecotypes and immune evasion across skin cancers
2026-Feb, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70611
PMID:41636115
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学等多组学数据,揭示了皮肤癌中不同的肿瘤微环境生态型及其在免疫逃逸中的作用 | 首次在泛皮肤癌层面系统描绘了肿瘤微环境的免疫重塑模式,鉴定出与疾病进展和免疫治疗反应相关的恶性黑色素瘤细胞亚群及巨噬细胞极化状态,并揭示了SPP1信号在免疫重塑中的关键作用 | 样本量相对有限(102个样本),且主要基于转录组数据,缺乏蛋白质组学或代谢组学的验证 | 阐明不同皮肤癌类型和疾病阶段中肿瘤-免疫生态系统的重塑模式及其对免疫逃逸和治疗抵抗的影响 | 基底细胞癌、鳞状细胞癌、皮肤黑色素瘤和肢端黑色素瘤患者样本 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 单细胞转录组测序、批量RNA-seq、免疫荧光染色、体外功能实验、CRISPR筛选 | NA | 单细胞转录组数据、批量RNA-seq数据、免疫荧光图像数据 | 102个皮肤癌样本(包括邻近正常皮肤、早期和晚期肿瘤) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3862 | 2026-02-07 |
Parthenolide Alleviates Peritoneal Fibrosis by Blocking Smad2/3 Phosphorylation via Smad Anchor for Receptor Activation
2026-Jan-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202503305R
PMID:41546557
|
研究论文 | 本研究揭示了小白菊内酯通过阻断SARA介导的Smad2/3磷酸化来缓解腹膜纤维化的分子机制 | 首次阐明SARA在腹膜透析相关腹膜纤维化中的作用,并发现小白菊内酯通过特异性结合SARA的Pro788和Ser795位点,破坏其与Smad3的相互作用 | 研究主要基于细胞和小鼠模型,临床转化效果需进一步验证 | 探究小白菊内酯缓解腹膜纤维化的分子机制及SARA在其中的作用 | 腹膜透析小鼠模型、TGF-β1诱导的间皮-间质转化模型、CRISPR/Cas9敲除SARA基因的MeT-5A细胞、HMrSV5细胞 | 分子生物学 | 腹膜纤维化 | 单细胞RNA测序、CRISPR/Cas9基因编辑、分子对接、生物素下拉实验、免疫共沉淀 | 动物模型、细胞模型 | 测序数据、蛋白质相互作用数据 | 未明确样本数量,包括小鼠模型、细胞系及临床腹膜透析液样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3863 | 2026-02-07 |
Bulk Sequencing Combined With Single-Cell Sequencing Identifies High Expression of VCAN in Fibroblasts Promoting the Progression of High-Stemness Gastric Adenocarcinoma Cells
2026-Jan-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202502979R
PMID:41555841
|
研究论文 | 本研究通过整合bulk测序与单细胞测序,发现成纤维细胞中VCAN高表达促进高干性胃腺癌细胞的进展 | 首次结合bulk测序与单细胞测序揭示VCAN在癌症相关成纤维细胞中的特异性表达及其通过MDK-NCL和MIF-CD74-CD44信号通路促进高干性胃腺癌细胞恶性表型的作用机制 | 研究主要基于数据库分析和体外实验,缺乏体内动物模型验证;信号通路机制尚未完全阐明 | 探究VCAN在胃腺癌中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 胃腺癌组织、癌症相关成纤维细胞、高干性胃腺癌细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | bulk测序, 单细胞测序 | NA | 基因表达数据, 单细胞数据 | 多个数据库的样本(具体数量未明确说明) | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3864 | 2026-02-07 |
Mining Potential Therapeutic Targets for T Cell Exhaustion in Osteoarthritis by Integrating Mendelian Randomization and Single-Cell Sequencing
2026-Jan-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202503295R
PMID:41603583
|
研究论文 | 本研究通过整合孟德尔随机化和单细胞测序技术,挖掘骨关节炎中T细胞耗竭的潜在治疗靶点 | 首次结合孟德尔随机化与单细胞测序方法,系统鉴定骨关节炎中T细胞耗竭相关基因作为生物标志物 | 研究依赖于公共数据库数据,未进行独立队列验证实验 | 确定骨关节炎中与T细胞耗竭相关的生物标志物,为治疗和预后提供潜在靶点 | 骨关节炎患者样本数据 | 生物信息学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序,孟德尔随机化分析 | NA | 基因表达数据,单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3865 | 2026-02-07 |
Identification of potential drug targets for Alzheimer's disease from genetic insights: A Mendelian randomization study
2026-Jan-30, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000045715
PMID:41630303
|
研究论文 | 本研究通过孟德尔随机化分析,从遗传学角度识别了与阿尔茨海默病相关的潜在血浆蛋白靶点,并预测了候选药物 | 结合孟德尔随机化、蛋白质相互作用网络、分子对接和单细胞测序分析,系统识别AD相关枢纽基因并预测潜在药物 | 依赖于公开的GWAS汇总统计数据,可能受限于样本异质性和潜在混杂因素 | 探索阿尔茨海默病的分子机制并识别潜在药物靶点 | 阿尔茨海默病患者相关的血浆蛋白和基因 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 孟德尔随机化分析、单细胞测序、分子对接 | NA | 基因组关联研究汇总统计数据、单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3866 | 2026-02-07 |
Adult leptomeningeal vestigial neural crest-derived multipotent cells promote vascular repair after stroke
2026-Jan-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116747
PMID:41456275
|
研究论文 | 本研究通过谱系追踪、单细胞与空间转录组学等方法,在成年小鼠软脑膜中发现了一群神经嵴来源的多能细胞,并揭示了其在脑卒中后通过特定信号通路促进血管修复的作用机制 | 首次在成年哺乳动物软脑膜中发现并证实了胚胎神经嵴来源的多能细胞持续存在,并阐明了其在脑损伤后被重新激活、迁移至血管损伤部位并通过分泌多效蛋白等机制促进血管修复的全新生物学过程 | 研究目前仅限于小鼠模型,尚未在人类组织中验证;这些多能细胞在长期修复中的具体命运及其在其它神经系统疾病中的作用仍需进一步探索 | 探究成年大脑中是否存在胚胎神经嵴来源的残留多能细胞及其在脑卒中后血管修复中的潜在功能 | 成年小鼠软脑膜中的神经嵴来源多能细胞及其在缺血性脑卒中模型中的行为与功能 | 单细胞生物学与神经血管修复 | 脑卒中 | 神经嵴谱系追踪、单细胞转录组学、空间转录组学、相互作用组建模、活体成像 | NA | 单细胞RNA测序数据、空间转录组数据、活体成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3867 | 2026-02-07 |
Epigenetic Programming of Macrophage Phenotypes by STING-IRF3 Drives Inflammation in Ascending Thoracic Aortic Dissection
2026-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.22.701198
PMID:41648393
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示了STING-IRF3信号轴通过表观遗传编程调控巨噬细胞表型,驱动升主动脉夹层炎症的机制 | 首次在升主动脉夹层中整合单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和空间转录组学,揭示了STING-IRF3介导的巨噬细胞表观遗传重编程是主动脉炎症的关键驱动因素 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本,需要更大规模的人类队列验证;机制细节如BRG1依赖的染色质重塑需进一步实验证实 | 探究巨噬细胞表观遗传重编程是否调控其表型命运并促进升主动脉夹层的发病机制 | 人类升主动脉组织(对照组、升主动脉瘤患者、急性升主动脉夹层患者)及血管紧张素II灌注的小鼠模型 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组学 | 基因敲除小鼠模型(MΦ-Sting -/- 和 MΦ-Irf3 -/-) | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据, 空间基因表达数据 | 人类主动脉组织样本(对照组、ATAA患者、ATAD患者)及Ang II诱导的小鼠ATAD模型 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3868 | 2026-02-07 |
Astrocytic response to traumatic brain injury to rescue neuronal mitochondrial dysfunction through mitochondrial transfer
2026-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.22.701145
PMID:41648326
|
研究论文 | 本研究探讨了创伤性脑损伤后,星形胶质细胞通过线粒体转移来拯救神经元线粒体功能障碍的内在神经保护机制 | 揭示了星形胶质细胞在TBI后通过直接接触和细胞外囊泡两种方式向神经元转移功能性线粒体,并首次证明EV介导的线粒体转移能显著改善兴奋性毒性诱导的神经元线粒体功能障碍 | 研究未观察到线粒体转移至神经元突触的增加,且主要基于急性TBI模型(24小时),长期效应和临床转化潜力仍需进一步探索 | 探究创伤性脑损伤后中枢神经系统内细胞间线粒体转移的机制及其神经保护作用 | 表达线粒体荧光标记(mtD2/mtGFP)的转基因小鼠、原代皮层星形胶质细胞和神经元 | 神经科学 | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序、线粒体生物能量学分析、共培养实验、细胞外囊泡分离 | NA | 基因表达数据、荧光成像数据、生物能量学数据 | 使用特定转基因小鼠品系(Aldh1l1-CreER; mtD2/mtGFP 和 CamK2aCre; mtD2/mtGFP)及原代细胞进行实验 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3869 | 2026-02-07 |
Uncovering the molecular logic of cortical wiring between neuronal subtypes across development through ligand-receptor inference
2026-Jan-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-68059-8
PMID:41565644
|
研究论文 | 本文通过单细胞转录组学追踪小鼠17个发育阶段主要神经元群体的基因表达动态,揭示了皮层神经元亚型间配体-受体相互作用的分子逻辑 | 识别了NEOGENIN-1作为CBLN4在围产期的主要受体,并发现钙粘蛋白超家族成员在突触特异性中的上下文依赖性作用 | 研究基于小鼠模型,可能不完全适用于人类皮层发育,且功能验证有限 | 解码皮层神经元亚型间精确连接的分子机制 | 小鼠大脑皮层中的兴奋性和抑制性神经元亚型 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 多个发育阶段的小鼠神经元群体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3870 | 2026-02-07 |
Fibroblast-specific Deletion of Yap/Taz Impairs Mouse Postnatal Dermal Development by Suppressing Collagen Production and Deposition
2026-Jan-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.19.700422
PMID:41648482
|
研究论文 | 本研究探讨了YAP/TAZ在成纤维细胞中对小鼠出生后皮肤真皮发育的关键作用,特别是通过抑制胶原蛋白的生产和沉积来影响真皮成熟 | 揭示了YAP/TAZ在成纤维细胞中调控细胞外基质(ECM)稳态的新机制,特别是在出生后皮肤发育过程中胶原蛋白合成和沉积的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类皮肤;未详细探讨YAP/TAZ在其他细胞类型或疾病状态下的作用 | 探究YAP/TAZ在成纤维细胞中对出生后皮肤真皮发育和ECM稳态的调控作用 | 小鼠皮肤成纤维细胞和出生后皮肤组织 | 分子生物学与细胞生物学 | 皮肤发育与再生相关疾病 | 基因敲除、RNA-seq、空间转录组学、蛋白质组学 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、空间转录组数据 | 使用基因敲除小鼠模型,具体样本数量未在摘要中明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学、蛋白质组学 | NA | NA |
| 3871 | 2026-02-07 |
Macrophage efferocytosis mediated by the TP63-RAC2 pathway promotes immunosuppressive remodeling in esophageal cancer
2026-Jan-20, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102529
PMID:41418775
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和体内外实验,探讨了巨噬细胞胞葬作用在食管鳞状细胞癌中的作用及其免疫抑制机制 | 首次揭示了TP63和RAC2作为关键调节因子,介导巨噬细胞胞葬作用,从而促进食管癌的免疫抑制微环境重塑 | 样本量较小(仅9名患者的27个样本),且主要基于食管鳞状细胞癌,结果在其他癌症类型中的普适性有待验证 | 探究胞葬作用在食管癌肿瘤微环境中的作用机制及其对免疫反应的影响 | 食管鳞状细胞癌患者肿瘤样本中的巨噬细胞和凋亡肿瘤细胞 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 9名患者的27个样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3872 | 2026-02-07 |
Restoring immune homeostasis in atherosclerotic plaques via inorganic violet phosphorus nano-immunotherapy
2026-Jan-20, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102528
PMID:41494534
|
研究论文 | 本文开发了一种无机纳米颗粒平台(聚乙二醇化紫磷纳米片),用于通过免疫调节治疗动脉粥样硬化 | 首次利用无机紫磷纳米片作为纳米免疫疗法平台,通过单细胞RNA测序揭示其调节斑块内四种关键免疫细胞群并重塑细胞间通讯的机制 | 未在人类临床试验中验证,且未详细探讨长期副作用或与其他疗法的比较 | 开发一种靶向免疫调节的纳米疗法以治疗动脉粥样硬化 | 动脉粥样硬化小鼠模型中的免疫细胞(如巨噬细胞、单核细胞、T/B细胞) | 纳米医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量,但基于小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3873 | 2026-02-07 |
BCG vaccination induces antibacterial effector functions among Vδ1/3 T cells that are associated with protection against tuberculosis
2026-Jan-20, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102536
PMID:41529694
|
研究论文 | 本研究通过多模态单细胞测序等技术,揭示了BCG疫苗接种如何激活Vδ1/3 T细胞并使其在肺部积累,从而增强对结核分枝杆菌的免疫保护作用 | 首次系统揭示了Vδ1/3 T细胞在BCG疫苗诱导的抗结核免疫中的关键作用,并证实其在气道中的富集与保护效果相关 | 研究样本量有限,且主要在婴儿和猕猴模型中进行,人类成人数据不足 | 探究BCG疫苗接种后Vδ1/3 T细胞在抗结核免疫中的作用机制 | 人类婴儿和猕猴的γδ T细胞(特别是Vδ1/3+ T细胞) | 免疫学 | 结核病 | 多模态单细胞RNA测序、质谱流式细胞术、流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质表达数据 | 人类婴儿和猕猴样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3874 | 2026-02-07 |
Targeting thymidylate synthase enhances CD8 + T-cell infiltration and inhibits tumor growth in cervical cancer
2026-Jan-19, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-026-03250-5
PMID:41553654
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、功能实验和体内模型,揭示了胸苷酸合成酶(TYMS)在宫颈癌中作为免疫代谢调节剂的作用,并证明靶向TYMS可增强CD8+T细胞浸润并抑制肿瘤生长 | 首次探索了TYMS在宫颈癌中作为免疫代谢调节剂的功能,开发了基于TYMS等基因的T细胞相关预后特征,并发现脱氧尿苷单磷酸是TYMS的高亲和力抑制剂 | 研究主要基于体外实验和小鼠模型,需要在临床样本中进行进一步验证 | 阐明TYMS在宫颈癌肿瘤微环境中的免疫代谢调控作用,并评估其作为治疗靶点的潜力 | 宫颈癌(CESC) | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、bulk转录组学、功能测定、体内建模、分子对接 | NA | 单细胞RNA测序数据、bulk转录组数据 | 47,589个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3875 | 2026-02-07 |
Hyperactivated YAP1 Drives an Invasive EMT Subtype of Cervical Squamous Cell Carcinoma
2026-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.18.700207
PMID:41648504
|
研究论文 | 本研究揭示了YAP1过度激活驱动一种新型HPV非依赖性、侵袭性宫颈鳞状细胞癌亚型,该亚型因缺乏表面病变而逃逸现有筛查策略 | 首次发现Hippo-YAP信号通路破坏导致的YAP1过度激活足以诱导HPV非依赖性侵袭性宫颈癌亚型,并利用单细胞和空间转录组学解析其细胞结构和免疫微环境 | 未明确说明样本量大小,且主要基于分子机制研究,临床转化应用仍需进一步验证 | 探究逃逸现有筛查策略的宫颈癌亚型的分子机制和免疫微环境特征 | 宫颈鳞状细胞癌(CVC) | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 转录组数据,空间基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 3876 | 2026-02-07 |
Imaging spatial transcriptomics reveals molecular patterns underlying accumulation of p-Ser129 α-synuclein in a transgenic mouse model
2026-Jan-16, NPJ Parkinson's disease
DOI:10.1038/s41531-025-01246-y
PMID:41545426
|
研究论文 | 本研究利用成像空间转录组学结合免疫荧光技术,在转基因小鼠模型中揭示了p-Ser129 α-突触核蛋白积累的分子模式 | 首次将成像空间转录组学与下游免疫荧光技术结合,在同一组织切片中识别出易积累pSyn的神经元亚型,并揭示了Plk2和hSNCA表达在pSyn形成中的关键作用 | 研究基于转基因小鼠模型,可能无法完全模拟人类帕金森病或路易体痴呆的复杂性 | 探究帕金森病和路易体痴呆中α-突触核蛋白选择性积累的分子机制 | 转基因过表达人α-突触核蛋白的小鼠皮层和海马神经元 | 数字病理学 | 帕金森病 | 成像空间转录组学,免疫荧光 | NA | 空间转录组数据,图像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3877 | 2026-02-07 |
Dual Lineage Tracing Identifies Cellular Mechanisms Underlying Radiation-Associated Changes in Atherosclerotic Lesion Composition
2026-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.14.699566
PMID:41648299
|
研究论文 | 本研究开发了一种双谱系示踪小鼠模型,用于同时追踪动脉粥样硬化斑块中平滑肌细胞和内皮细胞的命运,揭示了辐射如何通过改变这两种细胞的动态变化来影响斑块组成和稳定性 | 开发了首个能够同时示踪平滑肌细胞和内皮细胞命运的双谱系示踪小鼠模型,克服了传统单谱系示踪方法无法在同一病变中同时追踪两种细胞类型的局限性 | 研究基于小鼠模型,其发现向人类临床的转化需要进一步验证;研究主要关注辐射这一特定血管应激源,其他应激条件下的细胞动态可能不同 | 探究辐射条件下平滑肌细胞和内皮细胞在动脉粥样硬化斑块中的命运变化及其对斑块稳定性的影响机制 | Apoe缺陷小鼠的平滑肌细胞和内皮细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 谱系示踪、免疫染色、单细胞RNA测序 | 双谱系示踪小鼠模型 | 基因表达数据、成像数据 | 未明确说明具体样本数量,但涉及双谱系示踪Apoe缺陷小鼠群体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3878 | 2026-02-07 |
Integrative Single-cell and Spatial Transcriptomic Analysis of Osteosarcoma Reveals Conserved and Distinct Ecosystems Across Sites and Species
2026-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.13.698472
PMID:41648517
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学分析,揭示了骨肉瘤在跨物种和不同部位间保守且独特的生态系统 | 构建了首个跨物种骨肉瘤单细胞转录组数据集,涵盖人类、犬类、PDX和同基因小鼠模型,并识别了保守的肿瘤细胞状态和肿瘤相关细胞群的重编程特征 | 研究依赖于转录组数据,可能未完全捕捉蛋白质水平或表观遗传变化,且样本来源的多样性可能引入批次效应 | 探究骨肉瘤的肿瘤微环境异质性及其在跨物种和不同解剖部位的保守与差异 | 人类、犬类骨肉瘤标本、患者来源异种移植(PDX)、同基因小鼠模型的原发(骨)和转移(肺)部位细胞 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 超过一百万个细胞/核,来自多物种和多部位样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3879 | 2026-02-07 |
Benchmarking cell type deconvolution in spatial transcriptomics and application to cancer immunotherapy
2026-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.13.699379
PMID:41648323
|
研究论文 | 本文介绍了一个用于评估空间转录组学中细胞类型反卷积方法的基准测试框架,并将其应用于癌症免疫治疗研究 | 提出了一个结合空间和转录复杂性的现实模拟基准测试框架,发现简单的标记基因签名评分方法在性能上具有竞争力,尤其适用于稀有细胞类型 | 基准测试主要基于模拟数据,可能无法完全反映真实生物样本的复杂性;方法在缺乏匹配单细胞参考数据时的适用性仍需进一步验证 | 评估和比较空间转录组学中细胞类型反卷积方法的准确性和一致性,并应用于癌症免疫治疗响应分析 | 空间转录组学数据,包括模拟数据集和真实小鼠癌症模型中的肿瘤及引流淋巴结样本 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学 | 标记基因签名评分方法 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3880 | 2026-02-07 |
A supervised ontology-aware cell annotation method for single-cell transcriptomic data
2026-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.13.699356
PMID:41648349
|
研究论文 | 提出一种基于监督学习和本体论的细胞注释方法SOCAM,用于单细胞转录组数据,通过概率传播策略确保细胞类型分类的层次一致性 | 引入概率传播策略以强制本体一致性,无需重新训练现有模型即可提升性能,并提出了基于跳数的F1评分用于本体感知评估 | NA | 开发一种快速、可解释且本体一致的细胞注释方法,以改进单细胞RNA-seq数据的细胞类型分类 | 人类单细胞转录组数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq | 逻辑回归 | 单细胞转录组数据 | 4200万个人类细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |