单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3861	2025-02-20	Integrated analysis of M2 macrophage-related gene prognostic model and single-cell sequence to predict immunotherapy response in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1519677 PMID:39963673	研究论文	本文通过整合M2巨噬细胞相关基因的预后模型和单细胞序列分析，预测肺腺癌患者的免疫治疗反应	构建了基于M2巨噬细胞相关基因的预后特征，用于预测肺腺癌患者的免疫治疗疗效和预后	研究依赖于公开的基因表达数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索M2巨噬细胞相关基因在肺腺癌中的临床价值，并构建预后特征以预测免疫治疗疗效	肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	加权基因共表达网络分析（WGCNA）和最小绝对收缩和选择算子（LASSO）分析	NA	基因表达数据	GSE26939和GSE19188芯片数据
3862	2025-02-20	Identification of Five NK Cell-Related Hub Genes in COPD Using Single-Cell RNA Sequencing Analysis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S491298 PMID:39963682	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，识别了COPD中与NK细胞相关的五个关键基因	首次利用单细胞RNA测序技术结合生物信息学工具，系统地探索了COPD中NK细胞亚型的关键基因及其在免疫微环境中的作用	研究主要依赖于生物信息学分析，实验验证部分仅限于RT-qPCR，缺乏更深入的分子机制研究	探索COPD中免疫浸润的关键基因，特别是NK细胞亚型的作用	COPD患者的免疫细胞，特别是NK细胞亚型	生物信息学	慢性阻塞性肺疾病（COPD）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO回归	RNA测序数据	GSE57148作为训练集，GSE8581作为验证集
3863	2025-02-20	SPP1 as a Prognostic and Immunotherapeutic Biomarker in Gliomas and Other Cancer Types: A Pan-Cancer Study 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S505237 PMID:39963684	研究论文	本研究通过泛癌分析探讨了分泌磷蛋白1（SPP1）作为胶质瘤和其他癌症的预后和免疫治疗生物标志物的作用	首次在泛癌水平上系统分析了SPP1的表达与预后、免疫细胞浸润及免疫检查点标志物的相关性，并通过功能验证实验证实了SPP1在胶质瘤细胞中的重要作用	需要进一步研究SPP1靶向治疗在临床环境中的疗效	探讨SPP1作为胶质瘤和其他癌症的预后和免疫治疗生物标志物的潜力	胶质瘤及其他癌症类型	数字病理学	胶质瘤	单细胞测序	NA	基因表达数据	来自UCSC TCGA Pan-Cancer、TCGA-GBM、UALCAN、GEO和TISCH的数据集
3864	2025-02-20	NLSDeconv: an efficient cell-type deconvolution method for spatial transcriptomics data 2024-12-26, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae747 PMID:39705170	研究论文	本文介绍了一种基于非负最小二乘的新型细胞类型反卷积方法NLSDeconv及其Python包，用于空间转录组数据的细胞类型贡献估计	NLSDeconv是一种新的基于非负最小二乘的细胞类型反卷积方法，具有竞争性的统计性能和卓越的计算效率	NA	开发一种高效的空间转录组数据细胞类型反卷积方法	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	非负最小二乘法	基因表达数据	多种空间转录组数据集
3865	2025-02-20	Scope+: an open source generalizable architecture for single-cell RNA-seq atlases at sample and cell levels 2024-12-26, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae727 PMID:39705183	研究论文	本文介绍了一种名为Scope+的开源、高度优化且可扩展的架构，用于快速访问、元分析和细胞级别的单细胞RNA测序图谱数据	Scope+架构支持细胞级别的元分析，并采用了细胞为单位的数据建模、新颖的数据库优化技术和创新的软件架构设计	现有细胞图谱门户大多不开源且不可适应，不支持细胞级别的元分析	开发一种开源架构，以便研究人员能够快速访问和分析大规模单细胞RNA测序图谱数据	单细胞RNA测序图谱数据	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	500万COVID-19血液和免疫细胞
3866	2025-02-20	Accurate RNA velocity estimation based on multibatch network reveals complex lineage in batch scRNA-seq data 2024-Dec-18, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-024-02085-8 PMID:39696422	研究论文	本文介绍了一种名为VeloVGI的新方法，用于在批量单细胞RNA测序数据中准确估计RNA速度，以揭示复杂的细胞谱系	VeloVGI通过使用最优传输（OT）和互近邻（MNN）方法在批量数据中构建邻居，并改进VeloVI的速度估计，将图结构整合到编码器中以进行更有效的特征提取	现有RNA速度方法受限于批量效应，无法直接校正输入数据中的批量效应，可能导致速度流估计错误	改进RNA速度估计方法，以更好地理解细胞发育过程	小鼠脊髓和嗅球组织，以及多个公共数据集	单细胞RNA测序	NA	scRNA-seq	VeloVGI	单细胞RNA测序数据	小鼠脊髓和嗅球组织，以及多个公共数据集
3867	2025-02-20	B-Cell Activation Gene Signature in Blood and Liver of Hepatitis B e Antigen-Positive Patients With Immune Active Chronic Hepatitis B 2024-Dec-16, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1 DOI:10.1093/infdis/jiae280 PMID:38847286	研究论文	本文研究了慢性乙型肝炎病毒（HBV）感染患者血液和肝脏中B细胞的基因表达特征，揭示了B细胞在免疫活跃慢性HBV中的激活状态	首次通过RNA测序和流式细胞术分析了慢性HBV患者血液和肝脏中B细胞的基因表达特征，揭示了B细胞在免疫活跃慢性HBV中的激活状态	研究样本量有限，且未涉及其他免疫细胞类型的比较分析	探讨慢性HBV感染患者B细胞的激活状态及其基因表达特征	慢性HBV感染患者的血液和肝脏B细胞	免疫学	乙型肝炎	RNA测序、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	慢性HBV患者和健康对照的血液和肝脏B细胞样本
3868	2025-02-20	Inflammation perturbs hematopoiesis by remodeling specific compartments of the bone marrow niche 2024-Sep-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.12.612751 PMID:39314376	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和流式细胞术验证，研究了炎症对骨髓微环境中造血干细胞和祖细胞的影响	首次全面验证了单细胞RNA测序与流式细胞术结合的方法，可重复识别小鼠骨髓中的关键细胞群，并揭示了炎症对不同骨髓区室的特异性影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探讨炎症对骨髓微环境中造血干细胞和祖细胞调控的影响	小鼠骨髓中的造血干细胞和祖细胞（HSPC）及基质细胞	生物医学	炎症	scRNA-seq, 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据	多种小鼠品系
3869	2025-02-20	Titration of RAS alters senescent state and influences tumour initiation 2024-Sep, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07797-z PMID:39112713	研究论文	本文通过体外和体内模型研究了致癌RAS剂量对衰老状态和肿瘤发生的影响	揭示了RAS剂量驱动的非线性连续表型，并定义了致癌剂量驱动的OIS谱，调和了衰老和肿瘤起始表型	研究主要基于小鼠模型，人类肝癌的适用性需要进一步验证	研究致癌RAS剂量对衰老状态和肿瘤发生的影响	肝细胞	肿瘤学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型中的肝细胞
3870	2025-02-20	Heavy Metal Exposure-Mediated Dysregulation of Sphingolipid Metabolism 2024-Aug-12, Antioxidants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/antiox13080978 PMID:39199224	研究论文	本研究探讨了特定重金属（NaAsO、MnCl和CdCl）局部高浓度对鞘脂代谢稳态和氧化应激的影响，使用体外模型系统和三维离体人体组织模型进行评估	研究首次揭示了局部高浓度重金属暴露对鞘脂代谢途径的差异调节作用，并识别了氧化应激的转录组特征	研究主要基于体外和离体模型，可能无法完全反映体内复杂环境	探讨重金属暴露对鞘脂代谢和氧化应激的影响及其在哮喘中的作用	特定重金属（NaAsO、MnCl和CdCl）暴露的细胞和人体肺组织	生物医学	哮喘	空间转录组学、定量实时PCR	体外模型系统、三维离体人体组织模型	基因表达数据、代谢物数据	未明确说明样本数量
3871	2025-02-20	Single-cell transcriptomics predict novel potential regulators of acute epithelial restitution in the ischemia-injured intestine 2024-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.28.601271 PMID:38979337	研究论文	本文通过单细胞转录组学预测了缺血损伤肠道中急性上皮修复的新潜在调节因子	通过单细胞RNA测序分析，识别了与细胞迁移相关的转录途径，并预测了年龄依赖性修复反应程序的上游调节因子，如CSF-1	研究机制尚不明确，且仅在猪模型中进行验证，未涉及人类样本	研究缺血损伤肠道中上皮修复的潜在调节机制，特别是年龄依赖性的修复反应	幼年和新生猪的缺血损伤肠道上皮细胞	单细胞转录组学	肠道缺血损伤	单细胞RNA测序	猪模型	RNA测序数据	幼年和新生猪的缺血损伤肠道上皮细胞
3872	2025-02-20	Elevated phagocytic capacity directs innate spinal cord repair 2024-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.11.598515 PMID:38915507	研究论文	本文研究了斑马鱼脊髓损伤后免疫细胞的高效吞噬能力及其在脊髓修复中的作用	发现斑马鱼脊髓损伤后免疫细胞的高效吞噬能力是其修复的关键，并通过跨物种比较识别了相关基因	研究主要基于斑马鱼模型，结果在哺乳动物中的适用性尚需进一步验证	探讨脊髓损伤后免疫细胞的吞噬能力对修复的影响	斑马鱼和哺乳动物的脊髓损伤模型	生物医学	脊髓损伤	单细胞转录组学、诱导性基因敲除	NA	基因表达数据	NA
3873	2025-02-20	Single-cell analyses reveal transient retinal progenitor cells in the ciliary margin of developing human retina 2024-Apr-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47933-x PMID:38670973	研究论文	本文通过单细胞分析揭示了人类视网膜发育过程中视网膜祖细胞的转录和染色质可及性变化	结合单细胞RNA测序和空间转录组学，首次展示了人类视网膜发育过程中早期视网膜祖细胞在睫状缘区的短暂存在	研究仅涵盖人类视网膜发育至中期，未涉及后期发育阶段	揭示人类视网膜发育过程中视网膜祖细胞的规范和分化机制	人类视网膜发育过程中的视网膜祖细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	人类早期眼组织样本
3874	2025-02-20	Deciphering the spatiotemporal transcriptional and chromatin accessibility of human retinal organoid development at the single-cell level 2024-Apr-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109397 PMID:38510120	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，首次展示了人类视网膜类器官发育的单细胞时空转录组	首次结合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，揭示了类器官发育各阶段细胞类型特异性转录因子结合位点，并展示了染色质可及性与发育中人类视网膜的高度相关性	研究中使用的视网膜类器官与真实人类视网膜在部分视网膜神经元的时间出现和丰度上存在差异	研究人类视网膜早期发育的分子信息	多能干细胞衍生的视网膜类器官	生物信息学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单细胞ATAC测序	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 单细胞ATAC测序数据	NA
3875	2025-02-20	The cancer-associated fibroblasts interact with malignant T cells in mycosis fungoides and promote the disease progression 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1474564 PMID:39963655	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了蕈样肉芽肿（MF）中恶性T细胞与癌症相关成纤维细胞（CAFs）之间的相互作用及其在疾病进展中的作用	揭示了MF中恶性T细胞从组织驻留记忆T细胞（TRMs）向中央记忆T细胞（TCMs）表型转变的轨迹，并发现了CAFs在肿瘤微环境中的活跃作用及其与恶性T细胞之间的正反馈机制	研究样本量有限，且主要关注晚期MF患者，未涵盖早期MF的全面分析	探讨MF的发病机制及肿瘤微环境在疾病进展中的作用	晚期MF患者及健康对照者的肿瘤组织、邻近正常组织和外周血单核细胞（PBMC）	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	晚期MF患者及健康对照者的样本
3876	2025-02-20	High-Quality Brain and Bone Marrow Nuclei Preparation for Single Nuclei Multiome Assays 2023-12-22, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/65715 PMID:38189499	研究论文	本文描述了为10X Genomics多组学分析流程准备高质量脑和骨髓样本的两种协议	提供了针对脑和骨髓样本的标准化样本准备协议，确保生成高质量的细胞和核悬浮液，适用于下游的多组学分析	协议主要针对脑和骨髓样本，可能不适用于其他类型的组织	开发适用于10X Genomics多组学分析流程的高质量样本准备方法	脑和骨髓样本	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、单核RNA测序（snRNA-Seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-Seq）、多组学分析	NA	单细胞数据	NA
3877	2025-02-20	Integrative single-cell meta-analysis reveals disease-relevant vascular cell states and markers in human atherosclerosis 2023-11-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113380 PMID:37950869	研究论文	本文通过整合22个单细胞RNA测序库的数据，生成了一个包含118,578个细胞的人类动脉粥样硬化综合图谱，揭示了疾病相关的血管细胞状态和标志物	首次整合多个单细胞RNA测序数据集，创建了一个全面的人类动脉粥样硬化细胞图谱，并揭示了平滑肌细胞表型在冠状动脉疾病中的关键作用	研究依赖于已有的单细胞RNA测序数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	揭示人类动脉粥样硬化的细胞状态和标志物，以促进心血管疾病的机制和转化研究	人类动脉粥样硬化中的血管和免疫细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	118,578个细胞
3878	2025-02-20	Elevated levels of MMP12 sourced from macrophages are associated with poor prognosis in urothelial bladder cancer 2023-Jun-30, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-023-11100-0 PMID:37391708	研究论文	本研究探讨了源自巨噬细胞的MMP12水平与尿路上皮膀胱癌不良预后的关联	首次将MMP12与尿路上皮膀胱癌的预后联系起来，并发现其来源于肿瘤浸润的巨噬细胞	在转录组微阵列数据集中未能验证MMP12血浆水平与较短总生存期的关联	寻找尿路上皮膀胱癌患者分层的生物标志物，以避免不必要的干预并指示必要的积极措施	90名新诊断且未接受治疗的膀胱癌患者的血浆和尿液样本	数字病理学	膀胱癌	多重邻近延伸分析、单细胞RNA测序、微阵列	随机森林生存分析、多变量回归分析	血浆、尿液、单细胞RNA测序数据、微阵列数据	90名患者的血浆样本和40名患者的尿液样本
3879	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing reveals gonadal dynamic changes during sex differentiation in hermaphroditic protogynous orange-spotted grouper ( Epinephelus coioides) 2023-03-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2022.312 PMID:36650066	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
3880	2025-02-20	Single-cell RNA sequencing reveals evolution of immune landscape during glioblastoma progression 2022-06, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-022-01215-0 PMID:35624211	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和流式细胞术揭示了胶质母细胞瘤（GBM）进展过程中免疫景观的演变	揭示了GBM进展过程中免疫细胞组成的大规模纵向变化，并识别了不同阶段的特定免疫细胞亚群	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证有限	研究GBM进展过程中免疫微环境的变化	胶质母细胞瘤（GBM）小鼠模型和患者活检样本	数字病理	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序, 流式细胞术	NA	RNA测序数据, 流式细胞数据	小鼠模型和患者活检样本