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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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3861 | 2025-10-06 |
Comparative analysis of nuclei isolation methods for brain single-nucleus RNA sequencing
2025-Mar-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.25.645306
PMID:40196571
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研究论文 | 比较三种不同细胞核分离方法对脑组织单核RNA测序数据质量的影响 | 首次系统评估不同细胞核分离方法对snRNA-seq数据质量的影响,揭示方法依赖性差异 | 研究仅针对脑组织,未涵盖其他组织类型 | 评估不同细胞核分离方法对单核RNA测序数据质量的影响 | 脑组织细胞核 | 单细胞测序 | NA | 单核RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
3862 | 2025-10-06 |
SUV39H1 maintains cancer stem cell chromatin state and properties in glioblastoma
2025-Mar-10, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.186344
PMID:40059829
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研究论文 | 本研究揭示了组蛋白甲基转移酶SUV39H1在胶质母细胞瘤干细胞维持中的关键作用及其作为治疗靶点的潜力 | 首次发现SUV39H1通过超级增强子介导的激活在胶质母细胞瘤干细胞中特异性高表达,并证明其通过调控染色质可及性维持肿瘤干细胞特性 | NA | 探究SUV39H1在胶质母细胞瘤干细胞维持中的作用机制及治疗潜力 | 胶质母细胞瘤干细胞 | 肿瘤生物学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,全细胞RNA测序,ATAC测序 | NA | 基因表达数据,染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,ATAC-seq | NA | NA |
3863 | 2025-10-06 |
Systematic evaluation of single-cell multimodal data integration for comprehensive human reference atlas
2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.06.637075
PMID:40093094
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研究论文 | 系统评估单细胞多模态数据整合方法在构建全面人类肾脏参考图谱中的应用 | 开发了可解释的机器学习工具scOMM,首次系统评估了单细胞多模态数据整合策略在复杂组织中的应用效果 | 研究主要聚焦于肾脏皮层组织,在其他组织类型中的适用性需要进一步验证 | 建立稳健的多模态参考图谱生成框架,推进单细胞分析技术发展 | 人类肾脏皮层组织中的细胞核/细胞 | 单细胞组学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 单核ATAC测序 | 机器学习 | 单细胞多模态数据 | 19名捐赠者的119,744个高质量细胞核/细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 单核ATAC-seq | NA | NA |
3864 | 2025-10-06 |
Microglial Responses to Alzheimer's Disease Pathology: Insights From "Omics" Studies
2025-Mar, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.24666
PMID:39760224
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综述 | 本文综述了通过多种组学技术研究阿尔茨海默病小鼠模型中微胶质细胞反应的文献 | 整合多种组学技术(转录组学、表观基因组学、空间转录组学等)系统分析AD小鼠模型中微胶质细胞的异质性和分子模式变化 | 主要基于小鼠模型研究,人类组织研究数据有限,机制仍不明确 | 阐明微胶质细胞在阿尔茨海默病发病机制中的作用和分子机制 | 阿尔茨海默病小鼠模型中的微胶质细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 转录组学、表观基因组学、空间转录组学、蛋白质组学、脂质组学、代谢组学 | NA | 组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量组织转录组学 | NA | NA |
3865 | 2025-10-06 |
An international perspective on the future of systemic sclerosis research
2025-Mar, Nature reviews. Rheumatology
DOI:10.1038/s41584-024-01217-2
PMID:39953141
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综述 | 本文从国际视角探讨系统性硬化症研究的未来发展方向 | 整合单细胞RNA测序、空间生物学、人工智能等前沿技术,提出全球合作研究框架 | 未提供具体研究数据,主要基于现有研究进展的展望性分析 | 推动系统性硬化症的机制理解和个性化治疗发展 | 系统性硬化症患者群体 | 自然语言处理 | 系统性硬化症 | 单细胞RNA测序、新一代测序、空间生物学、转录组学、基因组学、蛋白质组学、代谢组学、微生物组分析、人工智能 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
3866 | 2025-10-06 |
Multiple Myeloma Insights from Single-Cell Analysis: Clonal Evolution, the Microenvironment, Therapy Evasion, and Clinical Implications
2025-Feb-14, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17040653
PMID:40002248
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综述 | 通过单细胞技术解析多发性骨髓瘤的克隆演化、肿瘤微环境相互作用及治疗耐药机制 | 系统整合单细胞多组学技术揭示多发性骨髓瘤细胞异质性、克隆演化轨迹及肿瘤微环境在治疗抵抗中的作用机制 | 单细胞技术临床应用面临成本高昂、数据复杂性、缺乏标准化分析流程及伦理问题等挑战 | 探讨多发性骨髓瘤的疾病进展机制并推动个体化治疗策略发展 | 多发性骨髓瘤的肿瘤细胞、肿瘤微环境及临床患者 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞转录组学、单细胞基因组学、单细胞多组学 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞多组学 | NA | NA |
3867 | 2025-10-06 |
Suppressing recurrence in Sonic Hedgehog subgroup medulloblastoma using the OLIG2 inhibitor CT-179
2025-Feb-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54861-3
PMID:39904981
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研究论文 | 本研究探讨OLIG2抑制剂CT-179在SHH亚型髓母细胞瘤中抑制肿瘤复发的治疗潜力 | 首次发现脑渗透性口服OLIG2抑制剂CT-179可通过破坏OLIG2二聚化、磷酸化和DNA结合来靶向肿瘤干细胞 | 研究主要基于临床前模型,尚未进行人体临床试验 | 开发针对SHH亚型髓母细胞瘤OLIG2+肿瘤干细胞的特异性治疗方法 | SHH亚型髓母细胞瘤外植体类器官、PDX模型和GEM模型 | 癌症研究 | 髓母细胞瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 多种临床前模型(未明确具体样本数量) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3868 | 2025-10-06 |
BRD4 inhibition rewires cardiac macrophages toward a protective phenotype marked by low MHC class II expression
2025-Feb-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology
DOI:10.1152/ajpheart.00438.2024
PMID:39716819
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研究论文 | 本研究揭示BRD4抑制剂通过调控心脏巨噬细胞表型转化,减少促炎单核细胞招募并促进修复性表型,从而改善心脏缺血再灌注损伤 | 首次阐明BRD4抑制剂通过细胞自主机制调控心脏巨噬细胞MHC-II表达和NF-κB信号通路,实现巨噬细胞表型重编程 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需进一步验证 | 探究BET抑制剂改善心脏结构和功能的细胞机制 | 心脏巨噬细胞、单核细胞、心脏成纤维细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 基因敲除 | NA | 基因表达数据 | 小鼠心脏组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
3869 | 2025-10-06 |
Variants and vaccines impact nasal immunity over three waves of SARS-CoV-2
2025-Feb, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-02052-z
PMID:39833605
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析不同SARS-CoV-2变异株和疫苗接种状态对鼻黏膜免疫反应的影响 | 首次系统比较了原始毒株、Delta和Omicron变异株感染下鼻黏膜单细胞水平的免疫反应差异,并揭示了疫苗接种对鼻腔巨噬细胞的激活作用 | 样本量相对有限,未涵盖所有SARS-CoV-2变异株,且主要关注急性感染期 | 探究SARS-CoV-2不同变异株和疫苗接种状态如何影响人类鼻黏膜的细胞免疫反应 | 接种和未接种疫苗的成人Delta和Omicron SARS-CoV-2急性感染者的鼻咽拭子样本 | 单细胞基因组学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确具体样本数量,包括接种和未接种疫苗的Delta、Omicron和原始毒株感染者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3870 | 2025-10-06 |
Robust Cluster Prediction Across Data Types Validates Association of Sex and Therapy Response in GBM
2025-Jan-28, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17030445
PMID:39941811
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研究论文 | 利用稳健集成机器学习构建跨数据类型的预测模型,验证胶质母细胞瘤中性别与治疗反应的关联 | 使用注释的“遗留数据”训练能够跨平台(包括RNA-seq和潜在scRNA-seq)进行多目标预测的稳健模型 | 预测特征集仅对女性患者有效,应用于男性患者产生意外结果 | 验证胶质母细胞瘤中性别特异性分型与治疗反应的关联 | 胶质母细胞瘤患者 | 机器学习 | 胶质母细胞瘤 | 基因微阵列,RNA-seq,scRNA-seq | 稳健集成机器学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 基因微阵列,RNA-seq,单细胞RNA-seq | NA | NA |
3871 | 2025-10-06 |
Low fucosylation defines the glycocalyx of progenitor cells and melanocytes in the human limbal stem cell niche
2025-01-14, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2024.11.008
PMID:39706176
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研究论文 | 本研究揭示了人角膜缘干细胞微环境中祖细胞和黑色素细胞糖萼的低岩藻糖基化特征 | 首次发现角膜缘祖细胞和黑色素细胞表面存在特异性低岩藻糖基化特征,并证明岩藻糖基化调控对干细胞增殖潜能的重要影响 | 研究主要基于体外实验,需要进一步验证在体内环境中的生理意义 | 探索成人干细胞糖萼的独特组成及其在干细胞自我更新和分化中的调控作用 | 人角膜缘上皮细胞、毛囊上皮和睑板腺导管基底细胞 | 细胞生物学 | 眼科疾病 | 荧光激活细胞分选,单细胞转录组学 | NA | 流式细胞数据,转录组数据 | 人角膜缘组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3872 | 2025-10-06 |
Robust single-nucleus RNA sequencing reveals depot-specific cell population dynamics in adipose tissue remodeling during obesity
2025-Jan-13, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.97981
PMID:39804687
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研究论文 | 开发了一种稳健的单核RNA测序技术,用于研究肥胖期间脂肪组织重塑中的细胞群体动态 | 提出了一种适用于多种组织类型的核分离技术,显著提高了snRNA-seq数据质量,并首次通过整合bulk核RNA-seq识别了按大小和功能分类的脂肪细胞亚群 | 研究主要基于小鼠模型,技术在不同组织类型中的普适性需要进一步验证 | 研究肥胖过程中脂肪组织重塑的细胞动力学机制 | 小鼠脂肪组织中的各种细胞类型,特别是脂肪细胞亚群 | 单细胞测序 | 肥胖 | 单核RNA测序(snRNA-seq), bulk核RNA-seq | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单核RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
3873 | 2025-10-06 |
Deep topic modeling of spatial transcriptomics in the rheumatoid arthritis synovium identifies distinct classes of ectopic lymphoid structures
2025-Jan-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.08.631928
PMID:39829741
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研究论文 | 开发DeepTopics方法分析类风湿关节炎滑膜空间转录组数据,识别异位淋巴结构的细胞组成和微环境特征 | 提出基于狄利克雷变分自编码器的无参考解卷积方法DeepTopics,首次在类风湿关节炎滑膜中发现两种不同的异位淋巴结构细胞模式 | 仅分析6名患者的8个滑膜组织样本,样本量有限 | 研究类风湿关节炎滑膜中细胞类型相互作用和微环境对细胞状态的影响 | 类风湿关节炎患者的滑膜组织和异位淋巴结构 | 空间转录组学 | 类风湿关节炎 | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 狄利克雷变分自编码器 | 空间转录组数据 | 6名患者的8个滑膜组织样本 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
3874 | 2025-10-06 |
scProAtlas: an atlas of multiplexed single-cell spatial proteomics imaging in human tissues
2025-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae990
PMID:39526396
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研究论文 | 构建了一个名为scProAtlas的多重单细胞空间蛋白质组学成像图谱数据库 | 开发了首个整合多种空间蛋白质组学技术的综合性功能注释知识库,包含近1,750万个细胞的详细空间信息 | 与空间转录组学相比,空间蛋白质组学检测的蛋白质数量有限 | 帮助用户全面理解不同组织类型在单细胞分辨率和多尺度下的空间背景 | 人类组织中的细胞空间分布 | 数字病理学 | NA | 空间蛋白质组学成像 | NA | 空间蛋白质组学图像数据 | 17,468,394个细胞,来自15种组织的945个感兴趣区域 | NA | 空间蛋白质组学成像 | NA | 八种空间蛋白质成像技术 |
3875 | 2025-10-06 |
Spatial Expression of Long Non-Coding RNAs in Human Brains of Alzheimer's Disease
2025-Jan-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.27.620550
PMID:39554066
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研究论文 | 通过空间转录组学分析阿尔茨海默病患者大脑中长链非编码RNA的空间表达模式 | 首次系统绘制人类大脑中lncRNA的空间表达图谱,发现lncRNA比mRNA具有更强的亚区域特异性表达 | 样本量相对有限(78个脑切片,21名参与者),仅分析前额叶皮层区域 | 探索长链非编码RNA在阿尔茨海默病发病机制中的空间表达和功能作用 | ROSMAP研究参与者的78个死后大脑切片 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | 网络分析,统计建模 | 空间转录组数据 | 78个脑切片来自21名ROSMAP参与者 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
3876 | 2025-10-06 |
Unveiling Cancer-Related Metaplastic Cells in Both Helicobacter pylori Infection and Autoimmune Gastritis
2025-Jan, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2024.08.032
PMID:39236896
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研究论文 | 本研究通过比较幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎中的胃化生细胞,发现两者均可诱导具有致癌潜能的ANPEP/CD13阳性化生细胞 | 首次在单细胞水平系统比较两种不同病因胃炎中的化生细胞特征,并鉴定出共有的癌症相关化生细胞亚型 | 样本量有限,需要更大规模研究验证发现 | 探究幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎诱导的化生细胞差异及其癌症风险 | 小鼠模型和人类参与者(幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎患者) | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞转录组测序,免疫荧光 | NA | 转录组数据,图像数据 | 小鼠模型和人类活检标本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3877 | 2025-10-06 |
Induction of a Müller Glial Cell-Specific Protective Pathway Safeguards the Retina From Diabetes-Induced Damage
2025-Jan-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db24-0199
PMID:39446557
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了糖尿病对视网膜不同细胞类型的特异性影响,并发现Müller胶质细胞通过Zfp36基因发挥保护作用 | 首次在单细胞水平系统描绘糖尿病进程中视网膜细胞类型的转录组变化,并鉴定出Müller胶质细胞特异性保护通路 | 研究仅在大鼠模型中进行,尚未在人类样本验证 | 阐明糖尿病引起视网膜病变的细胞特异性分子机制 | 糖尿病大鼠模型的视网膜细胞 | 单细胞生物学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 糖尿病大鼠视网膜细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3878 | 2025-10-06 |
Characterizing the immune infiltrate in secondary syphilis: implications for transmission and pathology
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1549206
PMID:40201184
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研究论文 | 本研究通过免疫组织化学和单细胞RNA测序分析二期梅毒皮肤病变的免疫浸润特征 | 首次揭示表皮TLR通过MYD88感知梅毒螺旋体的机制,以及病原体在皮肤中逃避免疫反应的策略 | 研究样本仅限于皮肤活检和体外细胞实验,未涵盖其他组织或临床阶段 | 阐明梅毒螺旋体在皮肤中的免疫逃避机制和宿主免疫反应特征 | 二期梅毒患者的皮肤活检组织、健康人PBMCs、原代和MyD88敲除角质形成细胞 | 数字病理学 | 梅毒 | 免疫组织化学, bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 转录组数据 | 二期梅毒皮肤活检样本、健康人PBMCs、原代角质形成细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
3879 | 2025-10-06 |
FlyPhoneDB2: A computational framework for analyzing cell-cell communication in Drosophila scRNA-seq data integrating AlphaFold-multimer predictions
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.06.032
PMID:40677242
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研究论文 | 介绍FlyPhoneDB2计算框架,用于分析果蝇单细胞RNA测序数据中的细胞间通讯,整合了AlphaFold-multimer预测 | 显著扩展了配体-受体对知识库,整合哺乳动物物种注释和AlphaFold-Multimer结构预测,优化算法性能并增加新功能 | 原始FlyPhoneDB受限于可用配体-受体对数量较少 | 开发改进的计算工具来分析细胞间通讯 | 果蝇单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序,AlphaFold-Multimer预测 | 计算框架 | 单细胞RNA测序数据 | 果蝇全身单核RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3880 | 2025-10-06 |
Medulloblastoma: biology and immunotherapy
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1602930
PMID:40677711
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综述 | 本文综述了髓母细胞瘤的生物学特征及免疫治疗最新进展 | 整合单细胞转录组学对髓母细胞瘤亚型的新发现,系统探讨肿瘤微环境与免疫治疗的关联机制 | NA | 探讨髓母细胞瘤生物学特性与免疫治疗策略的协同应用 | 髓母细胞瘤及其肿瘤微环境组分 | NA | 髓母细胞瘤 | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |