单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3841	2025-02-07	Single-cell omics and machine learning integration to develop a polyamine metabolism-based risk score model in breast cancer patients 2024-Oct-23, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-06001-z PMID:39441216	研究论文	本研究结合单细胞组学和机器学习，开发了一种基于多胺代谢的乳腺癌风险评分模型	首次将单细胞组学与机器学习结合，开发基于多胺代谢的乳腺癌风险评分模型，揭示了肿瘤微环境的异质性	未提及样本的具体数量，可能影响模型的泛化能力	开发一种基于多胺代谢的乳腺癌风险评分模型，以个性化预后评估	乳腺癌患者	机器学习	乳腺癌	bulk RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	SuperPC模型	RNA测序数据	NA
3842	2025-02-07	A prospective diagnostic model for breast cancer utilizing machine learning to examine the molecular immune infiltrate in HSPB6 2024-Oct-23, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05995-w PMID:39441229	研究论文	本研究利用机器学习技术分析乳腺癌中的分子免疫浸润，特别是HSPB6基因，以开发一种前瞻性诊断模型	通过机器学习模型识别乳腺癌诊断的关键基因，并揭示HSPB6在细胞迁移、增殖和凋亡中的作用	研究主要基于体外细胞实验，需要进一步在体内模型中验证	深入了解乳腺癌的分子机制，并识别与疾病相关的关键基因	乳腺癌相关数据集和MCF7细胞	机器学习	乳腺癌	差异基因表达分析、基因集富集分析（GSEA）、加权共表达网络分析（WGCNA）、单细胞RNA测序	机器学习模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	乳腺癌相关数据集和MCF7细胞
3843	2025-02-07	Uncovering Plaque-Glia Niches in Human Alzheimer's Disease Brains Using Spatial Transcriptomics 2024-Sep-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.05.611566 PMID:39314329	研究论文	本研究利用空间转录组学（ST）和免疫组化（IHC）技术，揭示了阿尔茨海默病（AD）患者大脑中Aβ斑块与周围胶质细胞之间的相互作用	首次结合空间转录组学和免疫组化技术，系统地分析了AD患者大脑中Aβ斑块与周围胶质细胞的相互作用，并揭示了不同胶质细胞状态在斑块周围的免疫反应中的作用	研究样本量较小，仅涉及21名个体的78个脑切片，且所有样本均为死后脑组织，可能无法完全反映活体情况	研究阿尔茨海默病（AD）患者大脑中Aβ斑块与周围胶质细胞的相互作用及其对神经退行性变的影响	21名AD患者的78个死后脑切片	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组学（ST）、免疫组化（IHC）	NA	转录组数据、图像数据	21名个体的78个脑切片，共258,987个ST点
3844	2025-02-07	Leukocyte-and Platelet-Rich Fibrin for enhanced tissue repair: an in vitro study characterizing cellular composition, growth factor kinetics and transcriptomic insights 2024-Sep-04, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-024-09890-y PMID:39230578	研究论文	本研究对富含白细胞和血小板的纤维蛋白（L-PRF）进行了细胞组成、生长因子动力学和转录组学的深入分析	首次在细胞、蛋白质组和转录组水平上对L-PRF进行了综合表征	研究仅限于体外实验，未涉及体内应用效果	深入了解L-PRF的组成及其在组织修复中的潜在机制	富含白细胞和血小板的纤维蛋白（L-PRF）	生物医学工程	NA	流式细胞术、单细胞RNA测序、RT-qPCR、ELISA	NA	细胞数据、转录组数据、蛋白质数据	4个样本用于流式细胞术，5个样本用于单细胞RNA测序
3845	2025-02-07	A unique human cord blood CD8+CD45RA+CD27+CD161+ T-cell subset identified by flow cytometric data analysis using Seurat 2024-09, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13803 PMID:38798051	研究论文	本文介绍了如何将Seurat这一R包从单细胞RNA测序分析扩展到高维流式细胞术数据分析，并识别出脐带血中独特的CD8+CD45RA+CD27+CD161+ T细胞亚群	将Seurat这一原本用于单细胞RNA测序分析的R包，创新性地应用于高维流式细胞术数据分析，并成功识别出脐带血中独特的T细胞亚群	尽管Seurat在流式细胞术数据分析中表现出色，但其灵活性和互操作性仍需进一步验证和改进	探索高维流式细胞术数据的全面和无偏分析方法，并识别脐带血中独特的T细胞亚群	成人血液和脐带血中的T细胞	临床免疫学	NA	流式细胞术, 单细胞RNA测序	Seurat, Spectre	流式细胞术数据, 单细胞RNA测序数据	成人血液和脐带血样本
3846	2025-02-07	Oral Cannabidiol Treatment Is Associated with an Anti-Inflammatory Gene Expression Signature in Myeloid Cells of People Living with HIV 2024-Aug, Cannabis and cannabinoid research IF:3.1Q2 DOI:10.1089/can.2023.0139 PMID:38252549	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了HIV感染者接受至少1个月CBD治疗后外周血单核细胞中的基因表达变化	首次在HIV感染者中通过单细胞RNA测序揭示了CBD治疗与髓系细胞中抗炎基因表达特征之间的关联	样本量较小（仅3名HIV感染者），且未设置安慰剂对照组	探究CBD治疗对HIV感染者外周血单核细胞基因表达的影响	HIV感染者的外周血单核细胞	生物信息学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	3名HIV感染者的约41,000个外周血单核细胞
3847	2025-02-07	Olfactory neuroblastoma mimics molecular heterogeneity and lineage trajectories of small-cell lung cancer 2024-Jun-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.05.003 PMID:38788720	研究论文	本文通过建立基因工程小鼠模型，研究了嗅觉神经母细胞瘤（ONB）的分子异质性和细胞命运异质性，揭示了其与小细胞肺癌（SCLC）的相似性	首次建立了高转移性ONB的基因工程小鼠模型，并揭示了ONB与小细胞肺癌在分子和细胞命运异质性上的相似性	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	研究嗅觉神经母细胞瘤的分子异质性和细胞命运异质性，及其与小细胞肺癌的相似性	嗅觉神经母细胞瘤（ONB）和小细胞肺癌（SCLC）	分子生物学	嗅觉神经母细胞瘤，小细胞肺癌	基因工程小鼠模型，单细胞转录组学	基因工程小鼠模型	基因表达数据，单细胞转录组数据	小鼠模型和人类ONB样本
3848	2025-02-07	Transcription factor KLF2 is associated with the dysfunctional status of NK cells and the prognosis of pediatric B-ALL patients 2024, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2024.1456004 PMID:39906661	研究论文	本研究探讨了转录因子KLF2与NK细胞功能失调状态及儿童B-ALL患者预后的关系	首次在单细胞水平上揭示了B-ALL患者骨髓微环境中NK细胞的分子遗传学特征，并发现KLF2在NK细胞中的表达与B-ALL患者的不良预后相关	样本量相对较小，且仅针对儿童B-ALL患者，未涵盖其他类型的白血病	研究B-ALL患者骨髓微环境中NK细胞的分子遗传学特征及其功能抑制机制	43名健康志愿者和104名儿童B-ALL患者的外周血样本，以及139名B-ALL患者的骨髓样本	分子遗传学	B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）	单细胞RNA测序（scRNAseq）	无监督聚类	RNA测序数据	147名样本（43名健康志愿者和104名儿童B-ALL患者），以及139名B-ALL患者的骨髓样本
3849	2025-02-07	Novel pyroptosis-immune-related lncRNA signature exhibits a distinct immune cell infiltration landscape in breast cancer 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1522327 PMID:39906743	研究论文	本研究探讨了与细胞焦亡和免疫相关的长链非编码RNA（lncRNA），以识别乳腺癌（BC）的潜在治疗靶点，并构建了lncRNA特征以确定BC患者的预后和免疫治疗反应	构建了一个包含六个lncRNA的细胞焦亡-免疫特征，有效预测乳腺癌预后并揭示不同的免疫细胞浸润模式	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	识别乳腺癌的潜在治疗靶点，并构建lncRNA特征以确定患者的预后和免疫治疗反应	乳腺癌患者	生物信息学	乳腺癌	单细胞测序	Cox回归分析	基因表达数据	来自The Cancer Genome Atlas数据集和GSE176078单细胞测序数据的样本
3850	2025-02-07	Disruption of cortical cell type composition and function underlies diabetes-associated cognitive decline 2023-08, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-023-05935-2 PMID:37351595	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术揭示了2型糖尿病引起的大脑皮层细胞类型组成和功能的破坏，从而解释了糖尿病相关的认知衰退的病理基础	首次使用单细胞转录组测序技术系统地分析了2型糖尿病小鼠模型大脑皮层的细胞类型组成和功能变化，并在人类样本中进行了验证	研究主要基于小鼠模型，尽管在人类样本中进行了验证，但样本量相对较小，且未涉及长期干预效果的评估	揭示2型糖尿病引起认知衰退的分子机制，并探索潜在的治疗靶点	2型糖尿病小鼠模型（db/db小鼠）和人类2型糖尿病患者的脑组织样本	数字病理学	2型糖尿病	单细胞转录组测序（scRNA-seq）、免疫组化、代谢评估	NA	单细胞RNA测序数据、免疫组化图像、代谢数据	小鼠模型和人类样本（年龄分别为74.3 ± 5.5岁和87.0 ± 8.5岁）
3851	2025-02-07	T-BET and EOMES sustain mature human NK cell identity and antitumor function 2023-07-03, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI162530 PMID:37279078	研究论文	本文研究了T-BET和EOMES在成熟人类NK细胞身份和抗肿瘤功能中的持续作用	揭示了T-BET和EOMES在维持成熟NK细胞表型和抑制替代ILC谱系中的意外作用	研究仅限于人类NK细胞，未涉及其他物种或细胞类型	探讨T-BET和EOMES在成熟NK细胞稳态、功能和分子编程中的持续需求	未扩增的原代人类NK细胞	免疫学	NA	CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未扩增的原代人类NK细胞
3852	2025-02-07	Single-Cell RNA-Seq Mapping of Human Thymopoiesis Reveals Lineage Specification Trajectories and a Commitment Spectrum in T Cell Development 2020-06-16, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2020.05.010 PMID:32553173	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了人类胸腺生成过程中的细胞谱系特化轨迹和T细胞发育的承诺谱	首次使用单细胞RNA测序技术详细描绘了人类胸腺生成过程中的细胞分化轨迹和T细胞发育的承诺状态	研究仅限于人类出生后胸腺中的CD34祖细胞，未涉及其他发育阶段或组织	理解人类胸腺生成和T细胞发育的分子机制	人类出生后胸腺中的CD34祖细胞及其分化产物	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（sRNA-seq）	NA	RNA测序数据	人类出生后胸腺中的CD34祖细胞及其分化产物
3853	2025-02-06	Gal-3 activates Tyro3 to ameliorate ferroptosis of hippocampal neurons after traumatic brain injury 2025-Mar-11, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2024.102433 PMID:39902149	研究论文	本文研究了创伤性脑损伤（TBI）后海马神经元的铁死亡机制，并探讨了Gal-3通过激活Tyro3来改善神经元铁死亡的作用	首次揭示了Tyro3在TBI后神经元铁死亡中的关键作用，并发现Gal-3通过激活Tyro3具有神经保护作用	研究主要基于动物模型，尚未在人类中进行验证	探讨TBI后海马神经元铁死亡的机制及其潜在治疗靶点	创伤性脑损伤后的海马神经元	生物信息学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3854	2025-02-06	Single cell RNA sequencing of hematopoietic cells in fresh and frozen human atheroma tissue 2025-Feb-05, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvaf014 PMID:39907372	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了新鲜和冷冻保存的人类动脉粥样硬化组织中造血细胞的活性和转录组特征	首次评估了冷冻保存对脆弱和坏死动脉粥样硬化组织中造血细胞在单细胞RNA测序分析中的影响，证明了冷冻保存样本的可行性	研究中观察到颈动脉样本中LYVE1+巨噬细胞的缺失，可能是由于内膜切除术中失去外膜层所致	确定冷冻保存是否影响动脉粥样硬化组织中造血细胞的活性和转录组特征，以便未来研究中使用冷冻保存的样本	人类动脉粥样硬化组织中的造血细胞	单细胞RNA测序	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	五对新鲜和冷冻保存的动脉粥样硬化样本（三对来自冠状动脉，两对来自颈动脉）
3855	2025-02-06	BRD4 Induces Esophageal Squamous Cell Carcinoma Progression via the Wnt/β-catenin Pathway 2025-Feb-04, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-025-11043-0 PMID:39903433	研究论文	本研究探讨了BRD4在食管鳞状细胞癌（ESCC）中的作用及其分子机制	首次全面探索BRD4在ESCC中的功能，并揭示了其通过Wnt/β-catenin信号通路促进ESCC进展的机制	未提及具体样本量，且未讨论BRD4在其他类型癌症中的潜在作用	研究BRD4在ESCC中的作用及其分子机制	食管鳞状细胞癌（ESCC）细胞	癌症研究	食管鳞状细胞癌	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	NA
3856	2025-02-06	Single-cell omics in inflammatory bowel disease: recent insights and future clinical applications 2025-Feb-04, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-334165 PMID:39904604	综述	本文综述了单细胞组学技术在炎症性肠病（IBD）研究中的应用及其未来临床应用的潜力	单细胞组学技术克服了传统批量分析的局限性，揭示了多细胞组织的复杂性，并发现了与疾病活动或并发症发展相关的新细胞类型和功能	尽管单细胞组学技术在IBD研究中显示出巨大潜力，但其在临床实践中的应用仍处于早期阶段，存在一定的局限性	探讨单细胞组学技术在炎症性肠病（IBD）研究中的应用及其未来临床应用的潜力	溃疡性结肠炎（UC）和克罗恩病（CD）	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序	NA	单细胞组学数据	NA
3857	2025-02-06	Learning Phenotype Associated Signature in Spatial Transcriptomics with PASSAGE 2025-Feb-04, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401451 PMID:39905872	研究论文	本文介绍了一种名为PASSAGE的深度学习框架，用于在空间转录组学中有效表征与表型相关的特征	PASSAGE框架能够利用样本的生理/病理状态信息，在多个异质性空间切片中表征与表型相关的特征，突破了传统无监督方法的局限	未明确提及具体局限性	开发一种深度学习框架，用于在空间转录组学中识别与表型相关的特征	空间转录组学数据	数字病理学	NA	空间转录组学	深度学习框架	空间转录组学数据	未明确提及具体样本数量
3858	2025-02-06	Shining a light on cell biology of the nucleus with single-cell sequencing 2025-Feb-03, Current opinion in cell biology IF:6.0Q1 DOI:10.1016/j.ceb.2025.102468 PMID:39903993	review	本文综述了单细胞测序技术在细胞核生物学中的应用及其对理解细胞核过程的新见解	综述了单细胞测序技术的最新进展及其在揭示细胞核机制和细胞状态之间相互作用中的应用	NA	探讨单细胞测序技术在细胞核生物学中的应用及其对理解细胞核过程的新见解	细胞核生物学中的单细胞测序技术	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	NA
3859	2025-02-06	Single-cell transcriptomic analysis reveals efferocytosis signature predicting immunotherapy response in hepatocellular carcinoma 2025-Feb-03, Digestive and liver disease : official journal of the Italian Society of Gastroenterology and the Italian Association for the Study of the Liver IF:4.0Q1 DOI:10.1016/j.dld.2025.01.196 PMID:39904693	研究论文	本文通过单细胞转录组分析开发了一个与efferocytosis相关的基因签名（ER.Sig），用于预测肝细胞癌（HCC）患者的预后和免疫治疗反应	开发了一个新的efferocytosis相关基因签名（ER.Sig），并利用多组学方法深入解析了HCC的预后特征	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到数据质量和一致性的限制	预测肝细胞癌（HCC）患者的预后和免疫治疗反应	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序	随机生存森林模型	RNA测序数据	多个公共数据库中的HCC患者样本
3860	2025-02-06	Single-cell RNA sequencing analysis reveals the dynamic changes in the tumor microenvironment during NMIBC recurrence 2025-Feb, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-02044-2 PMID:39633115	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了非肌层浸润性膀胱癌（NMIBC）复发过程中肿瘤微环境的动态变化	识别了与NMIBC复发相关的肿瘤相关成纤维细胞（CAF）亚型和具有显著免疫抑制特征的巨噬细胞亚型，并发现雌激素在复发性尿路上皮癌细胞中的上调	样本量较小，仅包括10个原发性和复发性NMIBC样本	深入了解尿路上皮膀胱癌（UBC）复发过程中肿瘤微环境的变化	非肌层浸润性膀胱癌（NMIBC）患者	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	10个原发性和复发性NMIBC样本