单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3821	2025-02-07	CRISPR-Cas9 screening identifies the role of FER as a tumor suppressor 2025-Feb, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6374 PMID:39648412	研究论文	本研究通过CRISPR-Cas9筛选技术鉴定了FER作为肿瘤抑制基因的作用，并揭示了其在肿瘤发生和进展中的关键角色	首次通过体内全基因组CRISPR-Cas9筛选技术鉴定FER为肿瘤抑制基因，并揭示了其在肿瘤发生和进展中的具体机制	研究主要基于实验模型，尚未在临床样本中广泛验证	系统识别肿瘤抑制基因以增进对肿瘤发生的理解，并开发早期诊断和疾病进展缓解策略	FER基因及其在肿瘤发生和进展中的作用	肿瘤生物学	肿瘤	CRISPR-Cas9筛选, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
3822	2025-02-07	Heterogeneity of tertiary lymphoid structures predicts the response to neoadjuvant therapy and immune microenvironment characteristics in triple-negative breast cancer 2025-Feb, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02917-y PMID:39658606	研究论文	本研究探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）中三级淋巴结构（TLSs）对新辅助治疗（NAT）反应和免疫微环境特征的预测作用	首次结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫荧光染色（mIF）和放射组学技术，评估TNBC患者NAT前后的TLSs和肿瘤微环境（TME）变化，并开发了预测TLS状态和NAT疗效的影像生物标志物评分系统	CD8+T细胞水平未能有效预测NAT反应，研究样本量未明确说明	探讨TLSs在TNBC中对NAT反应和免疫微环境特征的预测作用	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫荧光染色（mIF）、放射组学	NA	RNA测序数据、影像数据	NA
3823	2025-02-07	TEAD1-Mediated Trans-Differentiation of Vascular Smooth Muscle Cells into Fibroblast-Like Cells Contributes to the Stabilization and Repair of Disrupted Atherosclerotic Plaques 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202407408 PMID:39665254	研究论文	本研究揭示了TEAD1在促进血管平滑肌细胞（VSMCs）向成纤维样细胞转分化中的关键作用，以及这一过程在动脉粥样硬化斑块稳定性和破裂后修复中的重要性	首次通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和VSMC谱系追踪研究，揭示了TEAD1在VSMCs向成纤维样细胞转分化中的关键作用，并阐明了其通过Wnt4/β-Catenin通路促进斑块稳定性和修复的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨TEAD1在动脉粥样硬化斑块稳定性和破裂后修复中的作用	血管平滑肌细胞（VSMCs）	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），谱系追踪	NA	基因表达数据	小鼠模型
3824	2025-02-07	Single-Nucleus and Spatial Transcriptome Profiling Delineates the Multicellular Ecosystem in Hepatocellular Carcinoma After Hepatic Arterial Infusion Chemotherapy 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405749 PMID:39686623	研究论文	本研究通过单核RNA测序和空间转录组学技术，描绘了肝动脉灌注化疗（HAIC）后肝细胞癌（HCC）的多细胞生态系统	首次整合单核RNA测序和空间转录组学技术，详细描述了HAIC治疗后HCC的多细胞生态系统，并揭示了CD4 T、CD20 B和树突状细胞亚型的增加及其在细胞通讯中的作用	研究样本量有限，且未涉及长期随访数据	研究HAIC治疗后HCC的多细胞生态系统	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	单核RNA测序，空间转录组学	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	治疗前和治疗后的HCC肿瘤样本
3825	2025-02-07	Transcriptome size matters for single-cell RNA-seq normalization and bulk deconvolution 2025-Feb-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56623-1 PMID:39893178	研究论文	本文介绍了ReDeconv算法，该算法将转录组大小纳入单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据标准化和批量RNA测序（bulk RNA-seq）细胞去卷积中	ReDeconv算法引入了基于线性化转录组大小的计数（CLTS）标准化方法，纠正了标准每10K计数标准化通常误识别的差异表达基因，并通过正交验证确认	NA	提高单细胞RNA测序数据标准化和批量RNA测序细胞去卷积的准确性	单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	ReDeconv算法	RNA测序数据	合成数据集和真实数据集
3826	2025-02-07	Monocyte-macrophage dynamics as key in disparate lung and peripheral immune responses in severe anti-melanoma differentiation-associated gene 5-positive dermatomyositis-related interstitial lung disease 2025-Feb, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70226 PMID:39902678	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了抗MDA5阳性皮肌炎相关快速进展性间质性肺病（RP-ILD）患者外周和肺部免疫失调的机制	揭示了单核-巨噬细胞动态在抗MDA5阳性皮肌炎相关RP-ILD免疫病理中的关键作用，并提出了针对单核细胞招募和巨噬细胞激活的潜在治疗策略	样本量较小，仅涉及五名患者	深入了解抗MDA5阳性皮肌炎相关RP-ILD患者外周和肺部免疫失调的机制，探索潜在治疗靶点	抗MDA5阳性皮肌炎相关RP-ILD患者	免疫学	间质性肺病	单细胞RNA测序，Luminex检测，流式细胞术	NA	RNA序列数据	五名患者的支气管肺泡灌洗液和配对的外周血单核细胞
3827	2025-02-06	Single-cell transcriptomics and metabolomic analysis reveal adenosine-derived metabolites over-representation in pseudohypoxic neuroendocrine tumours 2025-Feb, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70159 PMID:39902723	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
3828	2025-02-07	IgG Signalling Involves in Skin Inflammation of Atopic Dermatitis 2025-Feb, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.70058 PMID:39912287	研究论文	本研究探讨了IgE产生B细胞及其他免疫球蛋白同种型（特别是IgG）在特应性皮炎（AD）皮肤病变中的作用	揭示了IgG在AD皮肤炎症中的潜在作用，特别是通过激活巨噬细胞促进Th2炎症	研究主要依赖于已发表的单细胞RNA测序数据，可能受限于数据的质量和可用性	研究IgE产生B细胞及其他免疫球蛋白同种型在AD皮肤病变中的角色	特应性皮炎患者及非过敏性健康个体的皮肤病变和外周血单核细胞	免疫学	特应性皮炎	单细胞RNA测序	NA	mRNA数据	特应性皮炎患者及非过敏性健康个体的皮肤病变和外周血单核细胞样本
3829	2025-02-07	Differentiation of lung tissue-resident c-Kit+ cells into microvascular endothelial cells alleviates pulmonary vascular remodeling 2025-Jan-29, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.01.010 PMID:39909047	研究论文	本文探讨了肺组织驻留的c-Kit+细胞分化为微血管内皮细胞对缓解肺血管重塑的作用	揭示了肺组织驻留的c-Kit+细胞通过分化为成熟内皮细胞在肺血管重塑中的保护作用，并提出了通过靶向NR2F2表达来逆转肺血管重塑的新策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨肺组织驻留的c-Kit+细胞在肺血管重塑中的作用及其潜在治疗策略	肺组织驻留的c-Kit+细胞及其分化为内皮细胞的潜力	生物医学	肺血管疾病	遗传谱系追踪、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	SU5416/缺氧（SuHx）诱导的肺血管重塑小鼠模型	基因表达数据	肺血管重塑小鼠模型及肺高压患者样本
3830	2025-02-07	Multiomic analysis reveals cellular, transcriptomic and epigenetic changes in intestinal pouches of ulcerative colitis patients 2025-Jan-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56212-2 PMID:39837850	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序技术，生成了溃疡性结肠炎患者回肠袋的细胞类型分辨的转录组和表观遗传图谱	发现了回肠袋中特有的吸收和分泌上皮细胞群，这些细胞表达部分结肠特异性基因，同时维持一些回肠特异性基因的表达	样本量较小，患者和健康对照的性别比例不完全一致	研究溃疡性结肠炎患者回肠袋的细胞类型、转录组和表观遗传变化	溃疡性结肠炎患者的回肠袋和回肠段，以及健康个体的末端回肠和升结肠	数字病理学	溃疡性结肠炎	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞RNA测序数据, 单细胞ATAC测序数据	6名患者（4男2女）和6名健康个体（3男3女）的配对活检样本
3831	2025-02-07	Molecular and cellular morphology of placenta unveils new mechanisms of reproductive immunology 2025-Jan-20, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.01.025 PMID:39842636	研究论文	本文通过空间转录组学、多重免疫组化和双重标记技术，研究了早期和晚期胎盘的分子和细胞特征，揭示了人类生殖过程中免疫调节的新机制	发现了胚胎滋养层在植入前早期表达免疫检查点蛋白，揭示了胎儿和母体免疫系统之间的免疫反应机制，并提出了胎儿驱动的免疫平衡机制	研究主要基于正常和异位妊娠以及动物模型，可能无法完全代表所有人类妊娠情况	研究胎盘在早期和晚期的分子和细胞特征，以更好地理解人类生殖过程中的免疫调节	早期和晚期胎盘、正常和异位妊娠、动物模型	生殖免疫学	NA	空间转录组学(ST)、多重免疫组化、双重标记（免疫组化和荧光原位杂交(FISH)）	NA	组织、细胞、蛋白质和分子水平的数据	正常和异位妊娠样本及动物模型
3832	2025-02-07	Single-cell transcriptome atlas of lamprey exploring Natterin- induced white adipose tissue browning 2025-Jan-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56153-w PMID:39820434	研究论文	本研究构建了包含604,460个细胞/核和70种细胞类型的七鳃鳗细胞图谱，揭示了七鳃鳗细胞类型与有颌脊椎动物的同源性，并探讨了Natterin在脂质代谢中的作用	首次构建了七鳃鳗的全面细胞图谱，发现了七鳃鳗中类似胰腺功能的细胞群，并开发了表达Natterin的转基因小鼠模型以研究其在脂质代谢中的作用	研究主要基于七鳃鳗，可能无法完全代表其他脊椎动物的细胞进化	探索七鳃鳗细胞进化及其在脊椎动物进化中的意义，研究Natterin在脂质代谢中的作用	七鳃鳗的14个组织样本	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	转基因小鼠模型	单细胞RNA测序数据	604,460个细胞/核，14个七鳃鳗组织样本
3833	2025-02-07	Spatial Expression of Long Non-Coding RNAs in Human Brains of Alzheimer's Disease 2025-Jan-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.27.620550 PMID:39554066	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，分析了21名ROSMAP参与者的78个死后大脑切片，以绘制老年人大脑背外侧前额叶皮层中长链非编码RNA（lncRNA）的空间表达图谱	首次系统地绘制了老年人大脑中lncRNA的空间表达图谱，并揭示了lncRNA在阿尔茨海默病（AD）发病机制中的潜在功能作用	研究样本量相对较小，且仅限于背外侧前额叶皮层，可能无法全面反映整个大脑中lncRNA的表达情况	探索lncRNA在老年人大脑中的空间表达及其在阿尔茨海默病发病机制中的作用	21名ROSMAP参与者的78个死后大脑切片	空间转录组学	阿尔茨海默病	空间转录组学	统计建模	RNA表达数据	78个死后大脑切片，来自21名ROSMAP参与者
3834	2025-02-07	BuDDI: Bulk Deconvolution with Domain Invariance to predict cell-type-specific perturbations from bulk 2025-Jan, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012742 PMID:39823522	研究论文	本文提出了一种名为BuDDI的方法，通过域适应技术整合批量数据和单细胞RNA测序数据，以推断细胞类型特异性扰动效应	BuDDI利用变分自编码器（VAE）学习独立的潜在空间，涵盖细胞类型比例、扰动效应、结构化实验变异性和剩余变异性，从而模拟细胞类型特异性扰动响应	BuDDI的性能依赖于可用的大量数据和参考单细胞RNA测序数据，且在某些实验设计中无法获得匹配样本	研究目的是通过整合批量数据和单细胞RNA测序数据，推断细胞类型特异性扰动效应	研究对象是批量数据和单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	变分自编码器（VAE）	批量数据和单细胞RNA测序数据	模拟和真实数据，实验设计复杂度逐渐增加
3835	2025-02-07	A single-cell atlas of the Culex tarsalis midgut during West Nile virus infection 2025-Jan, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012855 PMID:39869679	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了西尼罗河病毒（WNV）感染期间库蚊中肠的细胞类型及其对病毒感染的响应	首次构建了库蚊中肠的单细胞图谱，并揭示了不同细胞类型对WNV感染的响应差异，特别是肠内分泌细胞（EE）中病毒RNA的高水平复制	未在全中肠水平检测到显著的抗病毒免疫基因上调，且研究仅限于库蚊中肠，未涉及其他组织或物种	研究库蚊中肠在WNV感染期间的细胞类型及其对病毒感染的响应	库蚊中肠细胞	单细胞测序	西尼罗河病毒感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	库蚊中肠细胞
3836	2025-02-07	Analysis of downstream targets of PAX6 and LHX2, fundamental regulators of the developing mammalian neocortex 2025, Journal of biosciences IF:2.1Q2 PMID:39912400	研究论文	本文分析了PAX6和LHX2这两个在哺乳动物大脑皮层发育中起基础作用的转录因子的下游靶标	通过比较PAX6和LHX2的染色质占据和转录失调，揭示了它们在神经发生过程中可能通过部分非重叠的途径进行调控	研究主要基于单细胞RNA-seq数据集，可能未涵盖所有相关细胞类型或发育阶段	探讨PAX6和LHX2在哺乳动物大脑皮层发育中的基因调控网络	PAX6和LHX2转录因子及其下游靶标	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	NA
3837	2025-02-07	Application of deep learning models on single-cell RNA sequencing analysis uncovers novel markers of double negative T cells 2024-12-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-82406-7 PMID:39732739	研究论文	本研究应用深度学习模型分析单细胞RNA测序数据，揭示了C57BL/6小鼠脾脏双阴性T细胞的新标记物	使用深度学习模型scVI捕捉非线性基因表达模式，发现了新的双阴性T细胞亚群标记物，并通过流式细胞术验证	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证较少	揭示双阴性T细胞的新标记物及其在自身免疫中的潜在作用	C57BL/6小鼠和MRL/lpr小鼠的双阴性T细胞	生物信息学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Single Cell Variational Inference (scVI)	基因表达数据	C57BL/6小鼠和MRL/lpr小鼠的双阴性T细胞样本
3838	2025-02-07	Diverse NKT cells regulate early inflammation and neurological outcomes after cardiac arrest and resuscitation 2024-Dec-04, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adq5796 PMID:39630883	研究论文	本文研究了心脏骤停和复苏后早期炎症和神经学结果与多样化NKT细胞的关系	首次发现多样化NKT细胞在心脏骤停后神经保护中的作用，并提出了通过增强dNKT细胞数量或功能来治疗心脏骤停的新策略	研究主要基于小鼠模型，临床样本的验证仍需进一步扩大	探讨心脏骤停后神经损伤的免疫调节机制	心脏骤停患者和小鼠模型	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	大量心脏骤停患者和小鼠模型
3839	2025-02-07	STCGAN: a novel cycle-consistent generative adversarial network for spatial transcriptomics cellular deconvolution 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae670 PMID:39715685	研究论文	本文提出了一种名为STCGAN的新型循环一致性生成对抗网络，用于空间转录组学中的细胞去卷积	STCGAN首次采用循环一致性生成对抗网络（CGAN）在空间转录组数据上进行预训练，确保从ST数据到潜在空间的映射及其反向映射的一致性，从而捕捉复杂的空间基因表达模式并学习鲁棒的潜在表示	尽管STCGAN在模拟和真实数据集上表现出色，但其在更广泛的组织类型和更复杂的组织架构中的适用性仍需进一步验证	提高空间转录组数据中细胞类型去卷积的准确性，以更精确地描绘组织架构	空间转录组数据（ST数据）和单细胞RNA测序数据（scRNA-seq数据）	数字病理学	NA	空间转录组技术	CGAN（循环一致性生成对抗网络）	空间转录组数据和单细胞RNA测序数据	五个模拟和真实数据集
3840	2025-02-05	Correction to: STCGAN: a novel cycle-consistent generative adversarial network for spatial transcriptomics cellular deconvolution 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf064 PMID:39902583	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA