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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3801 | 2025-10-06 | 
         Enhancing and accelerating cell type deconvolution of large-scale spatial transcriptomics slices with dual network model 
        
          2025-Jul-24, Bioinformatics (Oxford, England)
          
         
        
          DOI:10.1093/bioinformatics/btaf419
          PMID:40704686
         
       | 
      
      研究论文 | 提出一种基于双网络模型的快速细胞类型反卷积算法jMF2D,用于增强大规模空间转录组切片的细胞类型解析 | 通过联合学习细胞类型相似性网络来桥接scRNA-seq和空间转录组数据,提高细胞类型特征的准确性,同时节省约90%的运行时间 | NA | 开发快速准确的细胞类型反卷积算法以分析空间转录组数据 | 空间转录组切片中的细胞类型分布 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 非负矩阵分解,网络模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA | 
| 3802 | 2025-10-06 | 
         Single-Cell RNA Sequencing of Murine Limbal Epithelia Reveals Gas1 as a Novel Stem/Progenitor Cell Marker for the Corneal Epithelium 
        
          2025-Jul-24, Cornea
          
          IF:1.9Q2
          
         
        
          DOI:10.1097/ICO.0000000000003938
          PMID:40704715
         
       | 
      
      研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术鉴定小鼠角膜缘上皮中Gas1作为角膜上皮干细胞/祖细胞的新型标志物 | 首次发现Gas1可作为角膜缘上皮干细胞的特异性表面标志物,为干细胞分离和富集提供新工具 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类样本中验证 | 鉴定角膜缘上皮干细胞的特异性标志物 | 小鼠角膜缘上皮细胞 | 单细胞测序 | 角膜疾病 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 免疫荧光, PCR | NA | 单细胞转录组数据 | 5-60周龄小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | SmartSeq-2 | SmartSeq-2单细胞转录组测序技术 | 
| 3803 | 2025-10-06 | 
         Decellularized small intestinal hydrogel-encapsulated BMSCs attenuate dextran sulfate sodium-induced colitis in mice via immunomodulation and tissue repair 
        
          2025-Jul-23, Journal of materials chemistry. B
          
         
        
          DOI:10.1039/d5tb00706b
          PMID:40566954
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究开发了一种脱细胞小肠水凝胶递送系统,用于包裹大鼠骨髓间充质干细胞,通过免疫调节和组织修复缓解小鼠结肠炎 | 首次将脱细胞小肠水凝胶与骨髓间充质干细胞结合,通过直肠靶向给药治疗结肠炎,展现出优于传统PLGA-PEG-PLGA水凝胶的生物活性和治疗效果 | 需要进一步研究水凝胶与干细胞的相互作用机制,优化给药方案,并通过单细胞RNA测序阐明免疫调节机制 | 开发有效的炎症性肠病治疗策略 | 小鼠结肠炎模型和大鼠骨髓间充质干细胞 | 组织工程与再生医学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 3804 | 2025-10-06 | 
         LineGRN: a line graph neural network for gene regulatory network inference 
        
          2025-Jul-23, IEEE journal of biomedical and health informatics
          
          IF:6.7Q1
          
         
        
          DOI:10.1109/JBHI.2025.3591840
          PMID:40699953
         
       | 
      
      研究论文 | 提出一种基于线图神经网络的新框架LineGRN,用于从单细胞RNA测序数据推断基因调控网络 | 通过线图转换构建高节点度主导的局部网络拓扑,更有效地捕捉基因对之间的关联模式并提升信息传播效率 | 未明确说明模型在处理超大规模基因网络时的计算效率问题 | 开发更准确的基因调控网络推断方法 | 基因调控网络中的转录因子与靶基因相互作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 线图神经网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 3805 | 2025-10-06 | 
         Down-regulation of IGFBP2 mediates endometrial epithelial cells senescence in thin endometrium 
        
          2025-Jul-23, Molecular human reproduction
          
          IF:3.6Q1
          
         
        
          DOI:10.1093/molehr/gaaf032
          PMID:40700608
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现IGFBP2下调介导子宫内膜上皮细胞衰老是薄型子宫内膜的关键致病机制 | 首次在单细胞水平揭示IGFBP2通过PI3K/AKT信号通路调控PTEN活性影响P21积累介导细胞衰老的新机制 | 研究样本量有限,动物模型通过刮宫联合H2O2灌注建立可能与人类自然发病机制存在差异 | 探究薄型子宫内膜的发病机制并寻找潜在治疗靶点 | 薄型子宫内膜患者样本、人原代子宫内膜上皮细胞、Ishikawa细胞系、TE小鼠模型 | 单细胞生物学 | 妇科生殖疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 3806 | 2025-10-06 | 
         Molecular mechanism of potently neutralizing human monoclonal antibodies against severe fever with thrombocytopenia virus infection 
        
          2025-Jul-22, Journal of virology
          
          IF:4.0Q2
          
         
        
          DOI:10.1128/jvi.00533-25
          PMID:40539781
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序从SFTS幸存者中分离出高效中和单克隆抗体,并验证其对SFTS病毒感染的防护效果 | 首次报道针对SFTS病毒Gn糖蛋白的超高中和活性人源单克隆抗体,并解析了抗体-抗原复合物的晶体结构 | 动物实验仅在鼠模型中进行,尚未开展人体临床试验 | 开发针对SFTS病毒的特异性抗病毒治疗方法 | SFTS病毒及其Gn糖蛋白 | 传染病学 | 发热伴血小板减少综合征 | 单细胞RNA-seq, X射线晶体学, 中和实验 | NA | 基因序列数据, 结构生物学数据 | 从SFTS幸存者中分离多个单克隆抗体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 3807 | 2025-10-06 | 
         Integrative causal and single-cell analyses reveal genes responsive to endocrine disruptors driving human male infertility 
        
          2025-Jul-22, Ecotoxicology and environmental safety
          
          IF:6.2Q1
          
         
        
          DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118709
          PMID:40700968
         
       | 
      
      研究论文 | 通过整合因果分析和单细胞测序技术,揭示内分泌干扰物响应基因在男性不育症中的作用机制 | 首次结合孟德尔随机化分析与单细胞RNA测序,系统鉴定与内分泌干扰物相关的男性不育致病基因 | 研究主要基于遗传变异和基因表达数据,需要进一步实验验证具体的分子机制 | 探索内分泌干扰物通过调控基因表达导致男性不育的分子机制 | 人类睾丸组织及与男性不育相关的基因 | 单细胞组学 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析, 共定位分析 | NA | 基因表达数据, 遗传变异数据, 单细胞转录组数据 | 大规模cis-eQTL和GWAS数据集,包含人类睾丸组织单细胞RNA测序样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 3808 | 2025-10-06 | 
         Differential molecular signatures in response to CD19-CAR T cell therapy compared with conventional pharmacotherapy in systemic lupus erythematosus 
        
          2025-Jul-22, Annals of the rheumatic diseases
          
          IF:20.3Q1
          
         
        
          DOI:10.1016/j.ard.2025.06.2132
          PMID:40701862
         
       | 
      
      研究论文 | 比较CD19-CAR T细胞疗法与传统药物治疗在系统性红斑狼疮中诱导的分子特征差异 | 首次系统比较CD19-CAR T细胞疗法与传统药物在SLE治疗中的分子机制差异,揭示CAR-T疗法特有的免疫通路抑制和代谢重编程特征 | 样本量有限(仅7例CAR-T治疗患者),单中心研究,需要更大规模验证 | 阐明CD19-CAR T细胞疗法在系统性红斑狼疮中的分子作用机制 | 系统性红斑狼疮患者 | 生物医学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序,功能分析,基因集富集分析 | NA | 基因表达数据,转录组数据 | 7例CD19-CAR T治疗患者,30例标准药物治疗缓解患者,31例利妥昔单抗/贝利木单抗/环磷酰胺治疗患者 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq | NA | NA | 
| 3809 | 2025-10-06 | 
         Single-cell and spatial multiomics identifies heterogeneous xylem development driven by mechanical stress in Populus 
        
          2025-Jul-21, Developmental cell
          
          IF:10.7Q1
          
         
        
          DOI:10.1016/j.devcel.2025.06.038
          PMID:40701155
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究通过单细胞和空间多组学技术揭示了机械应力驱动的杨树木材异质性发育机制 | 首次结合单细胞RNA测序、空间转录组学和代谢组学技术,系统解析了正常木材和应力木材中纤维细胞的发育异质性 | 研究主要聚焦于杨树特定发育阶段,其他树种或发育阶段的普适性需要进一步验证 | 探究机械应力下木材形成的细胞发育异质性和分子调控机制 | 杨树正常木材、应力木材和对侧木材的纤维细胞 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 代谢组学, 磷酸化蛋白质组学 | NA | 单细胞基因表达数据, 空间基因表达数据, 代谢物数据, 蛋白质磷酸化数据 | 杨树正常木材、应力木材和对侧木材样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA | 
| 3810 | 2025-10-06 | 
         A systematic review of single-cell RNA sequencing applications and insights in Oryza sativa response to environmental stresses 
        
          2025-Jul-19, Molecular biology reports
          
          IF:2.6Q3
          
         
        
          DOI:10.1007/s11033-025-10836-1
          PMID:40682700
         
       | 
      
      综述 | 系统综述了2017-2024年间单细胞RNA测序技术在水稻环境胁迫响应研究中的应用与进展 | 首次针对水稻单细胞RNA测序研究进行系统性总结,填补了该领域综述空白 | 仅涵盖2017-2024年间的研究,且专注于水稻单一物种 | 探讨单细胞RNA测序技术在水稻环境胁迫响应研究中的应用价值 | 水稻(Oryza sativa)及其根、叶、花、种子等组织 | 植物生物学 | 环境胁迫(低氮、高盐、缺铁、褐飞虱侵害) | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), ATCT-seq, snRNA-seq, Stereo-seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA | 
| 3811 | 2025-10-06 | 
         Sceptic: pseudotime analysis for time-series single-cell sequencing and imaging data 
        
          2025-Jul-17, Genome biology
          
          IF:10.1Q1
          
         
        
          DOI:10.1186/s13059-025-03679-3
          PMID:40676652
         
       | 
      
      研究论文 | 提出一种用于时间序列单细胞数据的监督式伪时间分析方法Sceptic | 开发基于支持向量机的监督式伪时间分析方法,显著提高预测准确性并适用于多种单细胞数据类型 | NA | 解决现有单细胞伪时间分析方法预测准确性低且难以泛化到不同数据类型的问题 | 时间序列单细胞RNA测序数据、单细胞ATAC测序数据和显微镜图像数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、显微镜成像 | 支持向量机(SVM) | 单细胞测序数据、图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞成像 | NA | NA | 
| 3812 | 2025-10-06 | 
         EDNRB2 regulates fate, migration, and maturation of hair cell precursors in regenerating avian auditory epithelium explants 
        
          2025-Jul-15, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
          
          IF:9.4Q1
          
         
        
          DOI:10.1073/pnas.2502713122
          PMID:40627393
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究揭示了EDNRB2在鸟类听觉上皮毛细胞再生过程中对前体细胞命运、迁移和成熟的关键调控作用 | 首次发现EDNRB2信号通路在鸟类毛细胞再生过程中特异性调控前体细胞的迁移和成熟过程 | 研究基于体外培养的鸟类听觉上皮组织,与体内生理环境存在差异 | 阐明EDNRB2在鸟类听觉上皮毛细胞再生中的具体功能机制 | 鸡基底乳头听觉上皮组织 | 发育生物学 | 听力损失 | 单细胞RNA测序,RNA测序,组织学评估 | NA | 基因表达数据,组织图像 | 鸡胚胎听觉上皮外植体培养 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 3813 | 2025-10-06 | 
         Phenotypic heterogeneity and plasticity in colorectal cancer metastasis 
        
          2025-Jul-09, Cell genomics
          
          IF:11.1Q1
          
         
        
          DOI:10.1016/j.xgen.2025.100881
          PMID:40393458
         
       | 
      
      研究论文 | 通过单细胞多组学和空间转录组学技术揭示结直肠癌转移过程中的表型异质性与可塑性调控机制 | 首次发现具有再生和炎症表型的中间态癌细胞群体,并鉴定AP-1和NF-κB作为关键转录调控因子 | 未明确说明样本量具体数值,调控机制验证需进一步实验证实 | 探究结直肠癌转移过程中表型异质性的调控因素和外在信号 | 原发性和转移性结直肠癌患者样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞多组学,空间转录组学 | NA | 单细胞多组学数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞多组学,空间转录组学 | NA | NA | 
| 3814 | 2025-10-06 | 
         SpaLinker identifies phenotype-associated spatial tumor microenvironment features by integrating bulk and spatial sequencing data 
        
          2025-Jul-09, Cell genomics
          
          IF:11.1Q1
          
         
        
          DOI:10.1016/j.xgen.2025.100893
          PMID:40480216
         
       | 
      
      研究论文 | 开发SpaLinker集成框架,通过整合空间转录组和bulk RNA-seq数据识别与表型相关的肿瘤微环境空间特征 | 首创表型驱动的计算框架,整合空间和bulk测序数据,在分子、细胞和组织结构三个层面解析空间分辨的肿瘤微环境 | 空间测序样本的临床注释数据稀缺 | 建立空间特征与临床表型的定量关联 | 肿瘤微环境空间特征 | 空间转录组学 | 泛癌种 | 空间转录组测序,bulk RNA-seq | 计算框架 | 空间转录组数据,bulk RNA-seq数据 | 多种肿瘤空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学,bulk RNA-seq | NA | NA | 
| 3815 | 2025-10-06 | 
         Integrin β1 activity controls colony morphology during human pluripotent stem cell state transitions 
        
          2025-Jul-08, Stem cell reports
          
          IF:5.9Q2
          
         
        
          DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102538
          PMID:40541174
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究揭示了整合素β1在调控人类多能干细胞状态转换过程中对集落形态的关键作用 | 首次发现整合素β1活性通过调节细胞骨架和ERK信号通路控制多能干细胞状态转换过程中的集落形态重组 | 研究仅限于体外细胞模型,未涉及体内验证 | 探究整合素β1在调控人类诱导多能干细胞naive样和primed状态转换中的作用机制 | 人类诱导多能干细胞 | 干细胞生物学 | NA | 单细胞转录组分析, 功能分析 | NA | 基因表达数据, 形态学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 3816 | 2025-10-06 | 
         PROFET Predicts Continuous Gene Expression Dynamics from scRNA-seq Data to Elucidate Heterogeneity of Cancer Treatment Responses 
        
          2025-Jul-03, bioRxiv : the preprint server for biology
          
         
        
          DOI:10.1101/2025.06.27.662030
          PMID:40631077
         
       | 
      
      研究论文 | 开发PROFET计算框架从稀疏采样的单细胞RNA测序数据重建连续基因表达动态轨迹 | 提出基于Lipschitz正则化梯度流和神经力匹配的粒子流方法,首次实现从静态单细胞数据推断连续非线性基因表达动态 | 方法依赖于时间戳样本的可用性,在极稀疏采样情况下性能可能受限 | 研究癌症治疗响应异质性,特别是激素受体阳性乳腺癌对帕博西尼的治疗反应 | 小鼠和人类单细胞RNA测序数据,包括帕博西尼耐药乳腺癌细胞系和患者来源数据集 | 计算生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 神经网络,梯度流模型 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 3817 | 2025-10-06 | 
         HMBOX1 reverses autophagy mediated 5-fluorouracil resistance through promoting HACE1-induced ubiquitination and degradation of ATG5 in colorectal cancer 
        
          2025-07, Autophagy
          
          IF:14.6Q1
          
         
        
          DOI:10.1080/15548627.2025.2477443
          PMID:40126194
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究揭示了HMBOX1通过促进HACE1介导的ATG5泛素化降解逆转结直肠癌中自噬介导的5-氟尿嘧啶耐药机制 | 首次发现HMBOX1-HACE1-ATG5轴在调控结直肠癌化疗耐药中的关键作用,阐明了转录因子通过调控E3泛素连接酶影响自噬的新机制 | 研究主要基于细胞和临床组织验证,缺乏动物模型在体验证;临床样本量有限 | 探究HMBOX1在结直肠癌5-氟尿嘧啶耐药中的作用机制 | 结直肠癌细胞系和临床组织样本 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 质谱蛋白质组学, 免疫染色, 染色质免疫沉淀 | NA | 基因表达数据, 蛋白质组数据, 临床病理数据 | 结直肠癌患者组织样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序, 质谱蛋白质组学 | NA | NA | 
| 3818 | 2025-10-06 | 
         Single-cell and spatial transcriptome analysis revealed cellular heterogeneity of glycosyltransferases in cervical cancer, and identified GALNT3-negative epithelial cells as a protective factor: a retrospective cohort study based on public database 
        
          2025-07-01, International journal of surgery (London, England)
          
         
        
          DOI:10.1097/JS9.0000000000002520
          PMID:40387729
         
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      研究论文 | 通过单细胞和空间转录组分析揭示宫颈癌中糖基转移酶的细胞异质性,发现GALNT3阴性上皮细胞是保护性因素 | 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学分析宫颈癌中糖基转移酶的细胞异质性,鉴定出GALNT3阴性上皮细胞作为保护因子 | 基于公共数据库的回顾性队列研究,需要进一步实验验证 | 探索糖基转移酶在宫颈癌中的作用机制 | 宫颈癌患者样本和细胞系 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 基于公共数据库的回顾性队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA | 
| 3819 | 2025-10-06 | 
         Evaluation of tumor pseudocapsule using computed tomography-based radiomics in pancreatic neuroendocrine tumors to predict prognosis and guide surgical strategy: a cohort study 
        
          2025-07-01, International journal of surgery (London, England)
          
         
        
          DOI:10.1097/JS9.0000000000002511
          PMID:40395025
         
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      研究论文 | 本研究通过CT影像组学评估胰腺神经内分泌肿瘤假包膜状态,以预测预后并指导手术策略 | 首次结合CT影像组学和机器学习术前识别假包膜状态,为小胰腺神经内分泌肿瘤的手术方式选择提供依据 | 单中心回顾性研究,样本量有限,需要外部验证 | 评估胰腺神经内分泌肿瘤假包膜状态对预后的影响并指导手术决策 | 胰腺神经内分泌肿瘤患者 | 医学影像分析 | 胰腺神经内分泌肿瘤 | 单细胞RNA测序,CT影像组学分析 | 机器学习模型 | 医学影像,临床病理数据,单细胞测序数据 | 475例胰腺神经内分泌肿瘤患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 3820 | 2025-10-06 | 
         Potential of SPHK1 as a prognostic marker and therapeutic target in colorectal cancer: insights from bioinformatics and experimental analysis 
        
          2025-07-01, International journal of surgery (London, England)
          
         
        
          DOI:10.1097/JS9.0000000000002506
          PMID:40434736
         
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      研究论文 | 本研究通过生物信息学和实验分析探讨SPHK1在结直肠癌中的预后标志物和治疗靶点潜力 | 首次通过孟德尔随机化方法证实鞘磷脂水平与结直肠癌风险的因果关系,并结合单细胞RNA测序分析SPHK1与免疫浸润的关联 | 样本量相对有限,需要更大规模临床验证 | 研究SPHK1在结直肠癌进展中的作用机制及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力 | 结直肠癌组织和细胞系 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 多组学分析,单细胞RNA测序,孟德尔随机化,多重荧光免疫组化,细胞迁移/侵袭/凋亡实验 | NA | 基因表达数据,甲基化数据,蛋白质表达数据,细胞功能数据 | 90例结直肠癌组织和对应正常组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |