单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3801	2025-02-21	Identifying patterns differing between high-dimensional datasets with generalized contrastive PCA 2024-Aug-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.08.607264 PMID:39149388	研究论文	本文介绍了一种名为广义对比主成分分析（gcPCA）的新方法，用于比较不同实验条件下收集的高维数据集，以提取在某一条件下富集的低维模式	gcPCA是一种无需超参数调整的灵活方法，解决了传统对比主成分分析（cPCA）需要调参且无法对称比较两个实验条件的问题	NA	开发一种无需超参数调整的高维数据集比较方法，以提取不同实验条件下的低维模式	高维生物数据	机器学习	2型糖尿病	单细胞RNA测序	gcPCA	高维数据	NA
3802	2025-02-21	Glycolysis in hepatic stellate cells coordinates fibrogenic extracellular vesicle release spatially to amplify liver fibrosis 2024-Jun-28, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn5228 PMID:38941469	研究论文	本文研究了肝星状细胞（HSCs）中的糖酵解如何通过组织区域特异性途径协调纤维化的放大	揭示了HSCs中糖酵解通过增强组蛋白3赖氨酸9乙酰化促进EV释放的机制，并发现糖酵解缺陷小鼠的EV能够抑制肝纤维化的放大	未明确糖酵解调控EV释放的具体分子机制，且未涉及其他潜在调控途径	探讨HSCs中糖酵解在肝纤维化放大中的作用	肝星状细胞（HSCs）及其释放的纤维化纳米级细胞外囊泡（EVs）	细胞生物学	肝纤维化	空间转录组学	NA	基因表达数据	小鼠模型
3803	2025-02-21	OneSC: A computational platform for recapitulating cell state transitions 2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.31.596831 PMID:38895453	研究论文	本文介绍了一种名为OneSC的计算平台，用于模拟细胞状态转换	OneSC平台通过使用由核心转录因子调控网络控制的随机微分方程系统，生成能够忠实模拟真实生物系统细胞状态转换的合成细胞	NA	开发一个计算平台，用于模拟细胞状态转换，以支持发育生物学、癌症生物学和细胞命运工程的研究	细胞状态转换	计算生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	随机微分方程系统	单细胞RNA测序数据	小鼠骨髓祖细胞单细胞RNA测序数据集
3804	2025-02-21	MAPPING ALZHEIMER'S DISEASE PSEUDO-PROGRESSION WITH MULTIMODAL BIOMARKER TRAJECTORY EMBEDDINGS 2024-May, Proceedings. IEEE International Symposium on Biomedical Imaging DOI:10.1109/isbi56570.2024.10635249 PMID:39371469	研究论文	本研究提出了一种新方法，通过医学影像和其他模态的纵向生物标志物数据来理解阿尔茨海默病的异质性进展路径	采用单细胞转录组学领域的PHATE和Slingshot两种流行机器学习方法，将多模态生物标志物轨迹投影到低维空间，作为伪时间估计	目前尚未提及具体局限性	旨在更准确地测量阿尔茨海默病的进展，以便早期发现脑功能丧失、及时干预和开发有效治疗方法	阿尔茨海默病患者	机器学习	阿尔茨海默病	PHATE, Slingshot	NA	医学影像数据, 多模态生物标志物数据	阿尔茨海默病神经影像倡议（ADNI）数据集
3805	2025-02-21	The transcription factor Aiolos restrains the activation of intestinal intraepithelial lymphocytes 2024-Jan, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-023-01693-w PMID:38049581	研究论文	本文研究了转录因子Aiolos在肠道上皮内淋巴细胞（IELs）激活中的调控作用	揭示了Aiolos通过调控IL-15信号和细胞溶解程序来限制IELs的激活，并发现Ikzf3缺陷增加了染色质可及性和组蛋白乙酰化	Ikzf3缺陷仅部分解释了观察到的表型，其他机制可能也参与其中	探讨Aiolos在IELs激活中的调控机制	肠道上皮内淋巴细胞（IELs）	免疫学	结肠炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	Ikzf3缺陷和正常小鼠的IELs
3806	2025-02-21	High throughput single cell metagenomic sequencing with semi-permeable capsules: unraveling microbial diversity at the single-cell level in sewage and fecal microbiomes 2024, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2024.1516656 PMID:39968047	研究论文	本文验证了使用微流控和半透胶囊技术从污水和猪粪便样本中分离单个细菌细胞的方法，并通过高通量测序揭示了微生物多样性	结合微流控和半透胶囊技术，实现了单个细菌细胞的高通量测序，并成功应用于污水和粪便样本的微生物多样性研究	样本来源仅限于污水和猪粪便，未涉及其他环境或临床样本	开发并验证一种高通量单细胞测序方法，用于研究复杂微生物群落中的单个细菌细胞	污水和猪粪便样本中的微生物群落	微生物组学	NA	单细胞测序、微流控技术、半透胶囊技术、组合拆分-合并单扩增基因组（SAG）条形码技术、短读长测序	NA	基因组数据	污水样本：1,796 SAGs（深度测序）和12,731 SAGs（浅度测序）；猪粪便样本：1,220 SAGs（深度测序）和17,909 SAGs（浅度测序）
3807	2025-02-21	A single-cell analysis of thymopoiesis and thymic iNKT cell development in pigs 2022-07-05, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111050 PMID:35793622	研究论文	本文通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，构建了早期青春期猪胸腺的细胞图谱，揭示了猪胸腺细胞与人类胸腺细胞在细胞状态和类型上的保守特征及物种特异性差异	首次使用单细胞RNA测序技术对猪胸腺进行细胞图谱分析，揭示了猪iNKT细胞功能多样性与小鼠iNKT0/1/2/17亚群分化模式的不同	研究仅针对早期青春期猪胸腺，未涵盖其他发育阶段或不同生理状态下的胸腺细胞	改善猪的健康状况并利用猪作为临床前模型	早期青春期猪胸腺细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	超过11,000个分化中的不变自然杀伤T细胞（iNKT细胞）
3808	2025-02-21	Immunostimulatory Cancer-Associated Fibroblast Subpopulations Can Predict Immunotherapy Response in Head and Neck Cancer 2022-05-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-21-3570 PMID:35262677	研究论文	本文通过高维单细胞RNA测序技术，研究了头颈癌中癌症相关成纤维细胞（CAF）亚群对免疫检查点治疗反应的预测作用	首次通过单细胞RNA测序技术识别出与免疫治疗反应相关的CAF亚群，并验证了其功能相关性	研究样本量较小，仅包括4名患者的肿瘤样本，可能影响结果的普适性	探索头颈癌中CAF亚群在免疫检查点治疗中的免疫调节作用	头颈鳞状细胞癌患者	数字病理	头颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	4名患者的肿瘤样本（预处理和后处理）
3809	2025-02-21	Recent advances in spatially resolved transcriptomics: challenges and opportunities 2022-Mar, BMB reports IF:2.9Q3 PMID:35168703	综述	本文综述了空间分辨转录组学的最新技术进展，探讨了其在生物医学研究中的应用和潜力	介绍了保留空间信息的转录组学平台，以及结合其他数据模式的整合计算方法	成像技术和捕获方法均无法完全揭示组织中的空间转录组全貌	探讨空间分辨转录组学技术的现状及其在生物医学研究中的应用	空间分辨转录组学技术及其在生物组织中的应用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间分辨转录组学	NA	转录组数据	NA
3810	2025-02-20	Single-cell RNA sequencing and machine learning provide candidate drugs against drug-tolerant persister cells in colorectal cancer 2025-Mar, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167693 PMID:39870146	研究论文	本文利用单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据和机器学习模型，识别患者来源的类器官中的药物耐受持久性（DTP）细胞，并通过计算筛选针对这些细胞的候选药物	结合单细胞RNA测序和机器学习模型，首次在家族性腺瘤性息肉病（FAP）相关的结直肠癌中识别并筛选针对DTP细胞的候选药物	研究仅基于三个患者来源的类器官样本，样本量较小，可能限制结果的普适性	识别并筛选针对结直肠癌中药物耐受持久性（DTP）细胞的候选药物	患者来源的类器官（PDOs）中的DTP细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	机器学习模型	单细胞RNA测序数据	三个患者来源的类器官样本（良性肿瘤、恶性肿瘤和正常组织）
3811	2025-02-20	Uncovering endothelial to mesenchymal transition drivers in atherosclerosis via multi-omics analysis 2025-Feb-17, BMC cardiovascular disorders IF:2.0Q3 DOI:10.1186/s12872-025-04571-5 PMID:39956907	研究论文	本研究通过整合多组学数据，旨在识别调控动脉粥样硬化中内皮向间质转化(EndMT)的新候选基因	通过整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和微阵列数据集，识别出七个新的EndMT候选基因	研究依赖于公开数据集，可能受限于数据的质量和可用性	识别动脉粥样硬化中内皮向间质转化的调控因子	人类斑块中的内皮细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序, 微阵列, qPCR, 蛋白质印迹	NA	基因表达数据	数据集GSE159677, GSE118446, GSE56309
3812	2025-02-20	Identification and characterization of cell niches in tissue from spatial omics data at single-cell resolution 2025-Feb-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57029-9 PMID:39956823	研究论文	本文介绍了一种名为scNiche的计算框架，用于从单细胞分辨率的空间组学数据中识别和表征细胞生态位	scNiche框架能够有效且稳健地识别细胞生态位，并在模拟和生物数据集上优于现有方法	NA	解码组织中细胞微环境的特征、结构和功能	人类三阴性乳腺癌和小鼠肝脏的空间组学数据	空间组学	三阴性乳腺癌, 肝衰竭	空间组学	scNiche	空间组学数据	模拟和生物数据集，包括人类三阴性乳腺癌和小鼠肝脏样本
3813	2025-02-20	scatterbar: an R package for visualizing proportional data across spatially resolved coordinates 2025-02-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf047 PMID:39888860	研究论文	本文介绍了一个名为scatterbar的开源R包，用于在空间解析坐标上可视化比例数据	scatterbar通过散点堆叠条形图增强了比例数据的视觉显著性，相比传统的散点饼图更易于区分和比较空间位置上的比例差异	NA	开发一个工具以更有效地可视化空间解析的比例数据，特别是空间转录组数据	空间转录组数据中的细胞类型比例	数据可视化	NA	空间转录组学	NA	空间解析的转录组数据	成年小鼠大脑的空间转录组数据集
3814	2025-02-20	Tracking adipose-derived stem cell exosomes applied in a mouse crush injury model: insights from fluorescent labeling and spatial transcriptomics - an experimental study 2025-Feb-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002166 PMID:39705130	研究论文	本研究通过荧光标记和空间转录组学技术，追踪了脂肪来源干细胞外泌体（ADSC-exos）在小鼠坐骨神经挤压伤模型中的应用效果	结合荧光标记和空间转录组学技术，揭示了ADSC-exos在神经再生中的复杂细胞类型和信号通路相互作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探讨ADSC-exos在神经再生中的具体机制	小鼠坐骨神经挤压伤模型	再生医学	神经损伤	荧光标记, 空间转录组学	NA	基因表达数据, 荧光成像数据	小鼠模型
3815	2025-02-20	FGF19-Activated Hepatic Stellate Cells Release ANGPTL4 that Promotes Colorectal Cancer Liver Metastasis 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413525 PMID:39716892	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和临床样本，揭示了FGF19激活的肝星状细胞释放ANGPTL4促进结直肠癌肝转移的机制	首次证明了FGF19/ANGPTL4轴对结直肠癌肝转移的影响，并提供了新的治疗策略	研究主要依赖于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探讨结直肠癌肝转移的分子机制及潜在治疗策略	结直肠癌细胞、肝星状细胞、癌症相关成纤维细胞	癌症研究	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	小鼠模型	RNA测序数据	临床样本及多种结直肠癌转移小鼠模型
3816	2025-02-20	Senescent Fibroblasts Drive FAP/OLN Imbalance Through mTOR Signaling to Exacerbate Inflammation and Bone Resorption in Periodontitis 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202409398 PMID:39716898	研究论文	本研究探讨了成纤维细胞激活蛋白（FAP）在牙周炎中的作用，揭示了衰老成纤维细胞通过mTOR信号通路驱动FAP/OLN失衡，加剧炎症和骨吸收的机制	首次通过孟德尔随机化分析确定了FAP水平与牙周炎易感性之间的正相关关系，并揭示了衰老成纤维细胞通过mTOR信号通路驱动FAP/OLN失衡的新机制	研究主要基于实验性牙周炎模型，临床样本的验证仍需进一步研究	探讨FAP在牙周炎中的作用及其机制	人类和小鼠的牙周炎组织、牙龈成纤维细胞（GFs）	生物医学	牙周炎	单细胞RNA测序、孟德尔随机化分析	NA	基因表达数据、组织样本	人类和小鼠的牙周炎组织
3817	2025-02-20	CXCL16/CXCR6/TGF-β Feedback Loop Between M-MDSCs and Treg Inhibits Anti-Bacterial Immunity During Biofilm Infection 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202409537 PMID:39716908	研究论文	本研究探讨了金黄色葡萄球菌（S. aureus）引起的假体周围感染（PJI）中免疫抑制生物膜环境与感染结果之间的关系	揭示了M-MDSCs和Treg细胞通过CXCL16-CXCR6相互作用增强免疫抑制的机制，并提出了通过干扰这一相互作用来减轻细菌负担的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和患者样本，可能无法完全反映人类PJI的复杂性	研究金黄色葡萄球菌引起的假体周围感染（PJI）中免疫抑制生物膜环境与感染结果之间的关系	假体周围感染（PJI）患者的滑膜组织和PJI小鼠模型	免疫学	假体周围感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Treg特异性CXCR6敲除小鼠模型	RNA测序数据、免疫组化数据	PJI患者的滑膜组织和PJI小鼠模型
3818	2025-02-20	Aneurysm Is Restricted by CD34+ Cell-Formed Fibrous Collars Through the PDGFRb-PI3K Axis 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202408996 PMID:39731355	研究论文	本研究探讨了CD34+细胞通过PDGFRb-PI3K轴在腹主动脉瘤（AAA）中形成纤维环的作用	揭示了非骨髓来源的CD34+细胞在AAA发展中转分化为Periostin肌成纤维细胞，并参与纤维环形成的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的研究仍需进一步验证	探讨CD34+细胞在腹主动脉瘤（AAA）中的作用及其机制	腹主动脉瘤（AAA）患者和小鼠模型	生物医学	心血管疾病	Cd34-CreER;Rosa26-tdTomato;(Apoe)谱系追踪、骨髓移植、单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据、单细胞测序数据	患者和小鼠模型的主动脉组织
3819	2025-02-20	Spatial single-cell maps reveal ST6GAL1 promoting ovarian cancer metastasis 2025-Feb, Glycoconjugate journal IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s10719-025-10177-y PMID:39883364	研究论文	本研究利用空间和单细胞转录组技术探讨了ST6GAL1在卵巢癌腹膜转移中的作用	首次整合空间和单细胞转录组数据，揭示了ST6GAL1在卵巢癌腹膜转移中的关键作用及其与代谢活性的关联	研究主要基于已有数据集，缺乏实验验证	探讨ST6GAL1在卵巢癌腹膜转移中的作用及其临床意义	卵巢癌上皮细胞	数字病理学	卵巢癌	单细胞转录组技术、空间转录组技术、RNA测序	RCTD（稳健细胞类型分解）	单细胞转录组数据、空间转录组数据、RNA测序数据	GSE130000（单细胞转录组数据集）、GSE211956（空间转录组数据集）、The Cancer Genome Atlas（RNA测序数据）
3820	2025-02-18	Spatial transcriptomics reveals regional characteristics of lupus nephritis in murine kidneys and immune response to prednisolone or Gancao Nourishing-Yin decoction therapies 2025-Feb, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70236 PMID:39956926	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA