单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28099 篇文献，本页显示第 3801 - 3820 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3801 | 2025-04-03 |
Gene panel selection for targeted spatial transcriptomics
2024-01-25, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03174-1
PMID:38273415
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研究论文 | 本文介绍了一种名为gpsFISH的计算方法，用于在靶向空间转录组学中选择基因面板 | gpsFISH通过建模和调整平台效应，优化已知细胞类型的检测，优于现有方法，并能整合细胞类型层次结构和自定义基因偏好 | 现有基因选择方法依赖于scRNA-seq数据，忽略了技术间的平台效应 | 开发一种计算方法来优化靶向空间转录组学中的基因面板选择 | 复杂组织中的细胞类型和过程 | 生物信息学 | NA | 靶向空间转录组学 | gpsFISH | 转录组数据 | NA |
| 3802 | 2025-04-03 |
A pancreatic cancer organoid platform identifies an inhibitor specific to mutant KRAS
2024-01-04, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2023.11.011
PMID:38151022
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研究论文 | 该研究开发了一个高通量药物筛选平台，利用同基因小鼠胰腺类器官筛选出针对KRAS突变胰腺癌的特异性抑制剂 | 首次报道了利用同基因胰腺类器官平台筛选出针对KRAS突变胰腺癌的特异性抑制剂perhexiline maleate，并揭示了其通过调控胆固醇合成通路发挥作用的机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人体临床试验中验证 | 开发针对KRAS突变胰腺癌的特异性治疗方法 | 胰腺导管腺癌(PDAC)及其相关KRAS突变 | 癌症研究 | 胰腺癌 | 高通量药物筛选、scRNA-seq | 胰腺类器官模型 | 基因表达数据 | 超过6000种化合物筛选，使用同基因小鼠胰腺类器官和原代人PDAC类器官 |
| 3803 | 2025-04-03 |
Randomized Phase II Trial of Dendritic Cell/Myeloma Fusion Vaccine with Lenalidomide Maintenance after Upfront Autologous Hematopoietic Cell Transplantation for Multiple Myeloma: BMT CTN 1401
2023-12-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-0235
PMID:37463058
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研究论文 | 评估树突状细胞/多发性骨髓瘤融合疫苗联合来那度胺维持治疗在自体造血细胞移植后的效果 | 首次在随机II期试验中评估DC/MM融合疫苗联合来那度胺维持治疗的临床反应率和免疫诱导效果 | 疫苗组与对照组在1年后的完全缓解率无统计学显著差异 | 评估DC/MM融合疫苗联合来那度胺维持治疗对多发性骨髓瘤患者的疗效 | 多发性骨髓瘤患者 | 肿瘤免疫治疗 | 多发性骨髓瘤 | DC/MM融合疫苗技术、单细胞转录组学 | NA | 临床数据、免疫学数据 | 203名患者入组，140名随机分组，63名成功生产疫苗 |
| 3804 | 2025-04-02 |
scPANDA: PAN-Blood Data Annotator with a 10-Million Single-Cell Atlas
2025-Apr-01, Chinese medical sciences journal = Chung-kuo i hsueh k'o hsueh tsa chih
DOI:10.24920/004472
PMID:40164519
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research paper | 开发了一个名为scPANDA的PAN-blood单细胞数据注释工具，利用包含1000万个细胞的图谱进行精确的细胞类型注释 | 利用大规模单细胞图谱进行细胞类型注释，采用三层推断方法逐步细化细胞类型 | 未提及具体的技术限制或潜在问题 | 提高血液系统中细胞类型注释的准确性和可靠性 | 血液系统中的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 来自16项研究的1000万个细胞 |
| 3805 | 2025-04-02 |
Enhancer Extrachromosomal Circular DNA ANKRD28 Elicits Drug Resistance via POU2F2-Mediated Transcriptional Network in Multiple Myeloma
2025-Apr-01, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202415695
PMID:40167268
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研究论文 | 本文研究了多发性骨髓瘤(MM)中药物抵抗的机制，特别是通过增强子环状DNA ANKRD28 (eccANKRD28)介导的转录网络 | 首次揭示了非编码环状DNA作为增强子在多发性骨髓瘤药物抵抗中的作用，并阐明了POU2F2介导的转录调控网络 | 研究主要基于体外和动物模型，临床样本数量有限，需要进一步验证 | 探索多发性骨髓瘤药物抵抗的分子机制 | 多发性骨髓瘤患者血清样本和耐药细胞系 | 表观遗传学 | 多发性骨髓瘤 | H3K27ac ChIP-seq, scRNA-seq, scATAC-seq, CUT&Tag, CRISPR/Cas9 | NA | 基因组数据、转录组数据、表观遗传数据 | 多发性骨髓瘤患者血清样本和耐药细胞系(具体数量未明确说明) |
| 3806 | 2025-04-02 |
Inflammatory Milieu by Crosstalk between Glomerulus and Proximal Tubular Cells in Type 2 Diabetes Mellitus Kidney Disease
2025-Mar-31, Diabetes & metabolism journal
IF:6.8Q1
DOI:10.4093/dmj.2024.0535
PMID:40160027
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序等技术，探讨了2型糖尿病肾病中肾小球和近端肾小管细胞间的炎症相互作用 | 首次在诱导型2型糖尿病肾病模型中应用单细胞RNA测序技术，并验证了CXCL12介导的T细胞浸润的关键作用 | 研究结果仍需在更大规模的人类样本中进一步验证 | 探索2型糖尿病肾病中肾小球和近端肾小管细胞间的炎症相互作用机制 | 诱导型2型糖尿病肾病小鼠模型及人类肾脏活检组织 | digital pathology | diabetic kidney disease | scRNA-seq, flow cytometry, histological analysis | NA | RNA-seq data, histological images, flow cytometry data | 诱导型T2DKD小鼠模型及人类肾脏活检组织（具体数量未明确说明） |
| 3807 | 2025-04-02 |
Understanding psoriatic disease at single-cell resolution: an update
2025-Mar-31, Current opinion in rheumatology
IF:5.2Q1
DOI:10.1097/BOR.0000000000001085
PMID:40160177
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综述 | 本文综述了单细胞技术在银屑病研究中的最新进展，包括单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学，揭示了银屑病的细胞多样性及其在疾病进展中的关键作用 | 利用单细胞和空间转录组学技术揭示了银屑病中免疫细胞、角质形成细胞和成纤维细胞的亚型及其相互作用，特别是IL-17/IL-36和PRSS3-F2R通路的作用，以及代谢失调在慢性炎症中的关键角色 | NA | 探讨单细胞技术在银屑病研究中的应用及其对疾病机制的理解和治疗策略的影响 | 银屑病中的免疫细胞、角质形成细胞和成纤维细胞 | 数字病理学 | 银屑病 | scRNA-seq, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 3808 | 2025-04-02 |
PPY-Induced iCAFs Cultivate an Immunosuppressive Microenvironment in Pancreatic Cancer
2025-Mar-31, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202413432
PMID:40162859
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研究论文 | 本研究揭示了胰腺多肽（PPY）在胰腺导管腺癌（PDAC）中通过诱导炎症性癌症相关成纤维细胞（iCAFs）塑造免疫抑制微环境的新机制 | 首次发现PPY作为iCAFs的新型诱导剂，并验证其通过非经典NF-κB通路激活的机制，为PDAC免疫治疗提供了新靶点 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证PPY靶向治疗的效果 | 探索PDAC免疫抑制微环境形成机制并寻找改善免疫治疗疗效的新策略 | 胰腺导管腺癌（PDAC）微环境中的炎症性癌症相关成纤维细胞（iCAFs） | 肿瘤免疫学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、多重免疫组化（mIHC）、免疫共沉淀-质谱分析、分子对接 | KPC（Kras; Trp53; Pdx1-Cre）小鼠原位移植瘤模型 | 单细胞转录组数据、蛋白质组数据、影像数据（PET-CT） | 人类PDAC组织微阵列、小鼠模型及共培养实验样本（具体数量未明确说明） |
| 3809 | 2025-04-02 |
Spatial transcriptomics of progression gene signature and tumor microenvironment leading to progression in mycosis fungoides
2025-Mar-31, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2024014495
PMID:40163757
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术，探究了蕈样肉芽肿（MF）疾病进展过程中的基因表达变化和肿瘤微环境特征 | 首次系统揭示了MF从斑片期到斑块期再到肿瘤期的动态转录组变化特征，并发现M2巨噬细胞和癌症相关成纤维细胞（CAF）在早期MF进展中的关键作用 | 样本量相对有限，且未进行长期预后随访验证 | 识别早期MF患者疾病进展的生物标志物和微环境特征 | 蕈样肉芽肿（MF）患者组织样本 | 数字病理学 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 空间转录组学、免疫组织化学染色 | NA | 转录组数据、免疫组化图像 | 未明确说明具体样本数量，包含斑片期MF、斑块期MF和肿瘤期MF多阶段样本 |
| 3810 | 2025-04-02 |
IFN-γ promotes the progression of iMCD by activating inflammatory monocytes
2025-Mar-31, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024027689
PMID:40163892
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序技术探索了特发性多中心Castleman病(iMCD)患者的免疫景观，揭示了IL-6和IFN-γ在疾病进展中的关键作用 | 首次通过单细胞RNA测序揭示iMCD中CCL单核细胞通过IFN-II信号通路与特定NK/NKT细胞相互作用，并发现血清IFN-γ水平与疾病严重程度和治疗抵抗呈正相关 | 样本量较小(15例患者和4例健康对照)，且部分发现需要在大规模独立队列中进一步验证 | 探索iMCD的免疫发病机制，寻找早期预后分层标志物和新治疗靶点 | 特发性多中心Castleman病(iMCD)患者的外周血单个核细胞(PBMCs)、淋巴结和骨髓样本 | 免疫学 | Castleman病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 15例iMCD患者和4例健康对照的外周血样本，以及部分淋巴结和骨髓样本 |
| 3811 | 2025-04-02 |
Targeting IGF1-Induced Cellular Senescence to Rejuvenate Hair Follicle Aging
2025-Mar-30, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70053
PMID:40159808
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research paper | 该研究探讨了IGF-1信号通路在毛囊衰老中的作用，并提出了针对性的干预措施 | 揭示了IGF-1过度表达通过触发毛囊干细胞衰老导致毛囊老化的新机制，并验证了通过干预IGF-1信号通路下游机制来恢复毛囊健康的潜在治疗方法 | 研究主要基于小鼠模型，人类皮肤中的验证数据有限 | 探究IGF-1信号通路如何调控器官衰老，特别是毛囊老化过程 | 小鼠和人类皮肤中的毛囊干细胞 | geriatric disease | geriatric disease | 单细胞RNA测序 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据 | 转基因小鼠和对照小鼠的皮肤样本 |
| 3812 | 2025-04-02 |
Cell Function Graphics: TOGGLE delineates fate and function within individual cell types via single-cell transcriptomics
2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.01.631041
PMID:40060433
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TOGGLE的高分辨率分析方法，用于在单细胞转录组学中揭示细胞命运和功能的多样性 | 开发了TOGGLE方法及创新的Graph Diffusion Functional Map，显著降低噪声，更清晰地展示RNA功能分组并捕捉高维数据中更细微的功能差异 | 未提及具体样本量或实验验证结果 | 克服相同类型细胞间基因表达相似性带来的功能异质性识别挑战 | 单细胞转录组数据中的功能RNA | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组测序 | Graph Diffusion Functional Map | RNA-seq数据 | NA |
| 3813 | 2025-04-02 |
Cytolytic γδ T-cells and IFNγ-producing CD4-lymphocytes characterise the early response to MTBVAC tuberculosis vaccine
2025-Mar-28, NPJ vaccines
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41541-025-01110-3
PMID:40155627
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research paper | 该研究深入分析了MTBVAC结核疫苗候选株引发的急性免疫反应，揭示了CD4和细胞毒性γδ T细胞的扩增特征 | 首次发现MTBVAC激活的γδ T细胞具有独特的细胞毒性CD16GZMB表型，类似于控制结核分枝杆菌感染的效应细胞 | 研究仅关注早期免疫反应，未评估长期保护效果 | 探究MTBVAC疫苗引发的早期免疫反应特征 | MTBVAC疫苗刺激后的免疫细胞反应 | 免疫学 | 结核病 | scRNA-seq, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | 未明确说明样本数量 |
| 3814 | 2025-04-02 |
sEV-mediated intercellular transformation from MGAT4AHigh to MGAT4ALow tumor cells via the HOTAIRM1/miR-196b-5p axis promotes apoptosis resistance in CTCL
2025-Mar-28, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-025-03356-6
PMID:40155530
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研究论文 | 该研究探讨了sEVs中介导的HOTAIRM1/miR-196b-5p/MGAT4A轴在CTCL中促进凋亡抵抗的机制 | 揭示了HOTAIRM1/miR-196b-5p/MGAT4A轴在CTCL中的作用机制，并展示了工程化sEVs在CTCL治疗中的潜在应用 | 研究主要基于体外和动物模型，尚未在临床环境中验证 | 探究HOTAIRM1/miR-196b-5p/MGAT4A轴在CTCL凋亡抵抗中的作用及其治疗潜力 | CTCL肿瘤细胞和良性CD4+ T细胞 | 肿瘤生物学 | 皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL) | 全转录组测序、scRNA-Seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 3815 | 2025-04-02 |
Epigenetic alteration of smooth muscle cells regulates endothelin-dependent blood pressure and hypertensive arterial remodeling
2025-Mar-27, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI186146
PMID:40146226
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研究论文 | 研究平滑肌细胞(SMC)表观遗传变化如何调节内皮素依赖性血压和高血压动脉重塑 | 通过GWAS和精细定位发现KDM6 (JMJD3)位点的rs62059712变异与血压调节相关，并揭示了JMJD3在SMC中的功能机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据验证有限 | 探索高血压中平滑肌细胞功能调控的遗传和表观遗传机制 | 平滑肌细胞(SMC)和高血压相关基因 | 心血管疾病 | 高血压 | GWAS, 统计精细定位, scRNA-seq | SMC特异性Jmjd3缺陷小鼠模型(Jmjd3flox/floxMyh11CreERT) | 基因组数据, 转录组数据 | 人类动脉单细胞RNA测序数据和小鼠模型 |
| 3816 | 2025-04-02 |
TMEM55A-mediated PI5P signalling regulates alpha cell actin depolymerisation and glucagon secretion
2025-Mar-26, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-025-06411-9
PMID:40140059
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research paper | 研究揭示了TMEM55A通过调控细胞内PI5P和F-actin网络来调节α细胞胞吐作用和胰高血糖素分泌的新途径 | 发现了TMEM55A通过PI5P信号调控α细胞F-actin解聚和胰高血糖素分泌的新机制 | 研究主要基于体外实验，需要进一步在体内验证 | 验证TMEM55A及其潜在信号分子在α细胞功能和胰高血糖素分泌中的作用 | 人和小鼠的胰岛α细胞 | 细胞生物学 | 糖尿病 | 膜片钳电生理学、单细胞RNA测序、共聚焦显微镜 | NA | 电生理记录、RNA测序数据、显微镜图像 | 人和小鼠的胰岛α细胞 |
| 3817 | 2025-04-02 |
Integrative spatial omics reveals distinct tumor-promoting multicellular niches and immunosuppressive mechanisms in Black American and White American patients with TNBC
2025-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.17.585428
PMID:38562769
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research paper | 该研究通过整合空间组学技术，揭示了非裔美国人和白人三阴性乳腺癌患者中不同的肿瘤促进多细胞生态位和免疫抑制机制 | 首次使用成像质谱流式和空间转录组学相结合的多组学方法，系统比较了不同种族TNBC患者的肿瘤微环境特征 | 样本量相对有限，且仅针对美国黑人和白人患者群体 | 探究三阴性乳腺癌临床结果种族差异的生物学机制 | 自我认定为非裔美国人(BA)和白人(WA)的三阴性乳腺癌患者 | digital pathology | breast cancer | imaging mass cytometry, spatial transcriptomics | NA | spatial omics data | BA和WA TNBC患者样本 |
| 3818 | 2025-04-02 |
TNFR1-mediated senescence and lack of TNFR2-signaling limit human intervertebral disc cell repair potential in degenerative conditions
2025-Mar-24, Osteoarthritis and cartilage
IF:7.2Q1
DOI:10.1016/j.joca.2025.02.791
PMID:40139648
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research paper | 该研究探讨了在疼痛性椎间盘退变（IVDD）进展中，促炎性TNFα受体1（TNFR1）和促修复性TNFR2信号的作用机制及治疗靶点 | 研究发现IVDD条件下hAF细胞的代谢率降低、炎症反应减弱和衰老现象主要由TNFR1信号主导，而TNFR2信号在原生IVD细胞中缺失，提示增强TNFR2信号可能需要引入其他表达TNFR2的细胞 | 研究未涉及TNFR2信号在IVD修复中的具体作用机制，且样本来源有限 | 识别疼痛性椎间盘退变（IVDD）进展中的机制和治疗靶点 | IVDD组织和细胞，人类纤维环（hAF）细胞 | 生物医学 | 椎间盘退变 | scRNA-seq, bulk RNA-seq, 多重蛋白阵列 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | IVDD和尸检来源的组织和细胞 |
| 3819 | 2025-04-02 |
A tissue-scale strategy for sensing threats in barrier organs
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.19.644134
PMID:40166266
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research paper | 研究揭示了屏障器官在组织尺度上采用分层威胁感知策略，以平衡宿主保护与组织损伤 | 通过单分子成像和空间转录组学技术，发现了屏障器官中PRR表达的空间梯度导致细胞类型特异性威胁感知概率的分层策略 | 研究主要基于流感感染的肺部模型，可能不适用于所有屏障器官或感染类型 | 探究屏障器官如何评估威胁并调整免疫反应以平衡宿主保护与组织损伤 | 流感感染中的肺部组织 | 免疫学 | 流感 | 单分子成像, 空间转录组学 | NA | 图像, 转录组数据 | NA |
| 3820 | 2025-04-02 |
Spatial analysis of IPMNs defines a paradoxical KRT17-positive, low-grade epithelial population harboring malignant features
2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.18.643943
PMID:40166305
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research paper | 该研究通过空间转录组学分析IPMNs，发现了一个具有恶性特征的KRT17阳性低级别上皮细胞亚群 | 识别出IPMN中KRT17阳性低级别上皮细胞亚群，这些细胞具有恶性转录特征，可能代表向高级别不典型增生过渡的状态 | 研究样本量有限，需要更大规模的验证 | 探究IPMN进展过程中的转录变化，提高对IPMN恶性风险的评估准确性 | 胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMN)患者样本 | digital pathology | pancreatic cancer | spatial transcriptomics, single cell RNA sequencing, immunofluorescence | NA | transcriptomic data, imaging data | 包含IPMN疾病全谱的患者样本(低级别不典型增生、高级别不典型增生和IPMN来源的癌) |