单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3801	2025-03-11	Joint imputation and deconvolution of gene expression across spatial transcriptomics platforms 2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.17.638195 PMID:40027720	研究论文	本文介绍了一种名为SIID的算法，用于从不同空间转录组学技术的数据中重建潜在的基因表达矩阵	SIID算法通过空间对齐和联合非负因子分解模型，能够准确估算缺失的基因表达并从混合的空间转录组数据中推断细胞类型的基因表达特征	NA	整合不同空间转录组学技术的数据，以克服单个技术的局限性，实现未测量基因的表达估算和低空间分辨率技术的混合表达解卷积	人类乳腺癌和结肠癌组织的10x Xenium-Visium配对数据	数字病理学	乳腺癌, 结肠癌	空间转录组学技术	联合非负因子分解模型	基因表达数据	NA
3802	2025-03-11	Identification and Pharmacological Targeting of Treatment-Resistant, Stem-like Breast Cancer Cells for Combination Therapy 2025-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.08.562798 PMID:38798673	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，识别并药理学靶向治疗耐药、干细胞样乳腺癌细胞，用于联合治疗	利用单细胞RNA测序和CROP-seq实验验证，识别出能够逆转化疗耐药性癌症干细胞样细胞转录状态的药物，并发现阿苯达唑与紫杉醇的联合使用具有显著协同效应	研究样本量较小，仅涉及七名转移性乳腺癌患者	开发基于机制的联合疗法，靶向互补的肿瘤亚群	乳腺癌患者中的癌症干细胞样细胞	癌症研究	乳腺癌	单细胞RNA测序, CROP-seq	NA	RNA测序数据	七名转移性乳腺癌患者
3803	2025-03-11	Single-Cell Omics for Transcriptome CHaracterization (SCOTCH): isoform-level characterization of gene expression through long-read single-cell RNA sequencing 2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.29.590597 PMID:38746128	研究论文	本文介绍了一种名为SCOTCH的计算方法套件，用于通过长读长单细胞RNA测序在异构体水平上表征基因表达	SCOTCH方法利用长读长的独特优势，通过动态阈值和读长映射分数的子外显子识别策略，精确对齐读长到已知异构体并发现新异构体，解决了长读长单细胞数据中常见的模糊映射挑战	NA	开发一种新的计算方法来更准确地分析单细胞转录组复杂性	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	长读长单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3804	2025-03-11	ScRNA-seq reveals trained immunity-engaged Th17 cell activation against Edwardsiella piscicida-induced intestinal inflammation in teleost 2024-Dec, Microbiological research IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.micres.2024.127912 PMID:39326350	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了β-葡聚糖训练如何通过调节肠道Th17细胞功能来减轻细菌感染引起的肠道炎症	提出了训练免疫激活调节肠道Th17细胞功能的新概念，为维持肠道稳态提供了新的策略	研究仅限于大菱鲆这一种鱼类，未在其他物种中验证	探究鱼类肠道免疫细胞在细菌感染中维持肠道稳态的细胞机制	大菱鲆（Scophthalmus maximus）的肠道免疫细胞	免疫学	肠道炎症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	NA
3805	2025-03-11	Age-Related ECM Stiffness Mediates TRAIL Activation in Muscle Stem Cell Differentiation 2024-Dec, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202400334 PMID:39601528	研究论文	本研究探讨了年龄相关的细胞外基质（ECM）硬化如何通过TRAIL途径影响肌肉干细胞（MuSC）的分化	揭示了年龄相关ECM硬化通过TRAIL途径影响肌肉干细胞分化的机制，并发现了一个与年龄相关的纤维化群体	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	研究年龄和/或ECM刚度对肌肉干细胞分化的分子变化的影响	年轻和年老的肌肉干细胞（MuSC）	细胞生物学	老年疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	年轻和年老的肌肉干细胞在不同刚度基质上的培养
3806	2025-03-11	Single-cell transcriptomic analysis reveals genome evolution in predatory litostomatean ciliates 2024-Apr, European journal of protistology IF:1.9Q4 DOI:10.1016/j.ejop.2024.126062 PMID:38368736	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，研究了六种捕食性Litostomatea纤毛虫的转录组特征，揭示了其基因组进化与捕食能力的关系	首次使用单细胞测序技术分析捕食性Litostomatea纤毛虫的转录组，揭示了与捕食能力相关的基因家族扩展和全基因组复制事件	研究仅基于转录组数据，缺乏基因组数据的直接验证	探讨Litostomatea纤毛虫捕食能力的遗传基础及其进化机制	六种捕食性Litostomatea纤毛虫	基因组学	NA	单细胞测序技术	NA	转录组数据	六种捕食性Litostomatea纤毛虫
3807	2025-03-11	Reciprocal regulation of SIRT1 and AMPK by Ginsenoside compound K impedes the conversion from plasma cells to mitigate for podocyte injury in MRL/lpr mice in a B cell-specific manner 2024-Mar, Journal of ginseng research IF:6.8Q1 DOI:10.1016/j.jgr.2023.11.006 PMID:38465215	研究论文	本研究探讨了人参皂苷化合物K（CK）通过调节SIRT1和AMPK在MRL/lpr小鼠中抑制B细胞向浆细胞转化，从而减轻肾小球足细胞损伤的机制	揭示了CK通过激活B细胞特异性SIRT1和AMPK，阻碍肾B细胞向浆细胞转化，从而减轻系统性炎症和免疫复合物沉积的创新机制	研究仅限于MRL/lpr小鼠模型，未在人类患者中进行验证	探讨CK在狼疮性肾炎（LN）中通过调节B细胞亚群减轻肾小球足细胞损伤的机制	MRL/lpr小鼠	生物医学	狼疮性肾炎	单细胞RNA测序、流式细胞术、代谢组学分析、免疫印迹和免疫荧光检测	NA	RNA测序数据、代谢物数据、免疫印迹和免疫荧光图像	雌性MRL/lpr小鼠
3808	2025-03-11	Stromal Cell Isolation from Hematopoietic Organs 2024-01-26, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66231 PMID:38345255	研究论文	本文介绍了从造血器官中分离高质量基质细胞的逐步协议，适用于生成高质量的单细胞多组学数据集	提供了从鼠类和人类胸腺以及鼠类骨骼和骨髓中分离基质细胞的详细步骤，并讨论了样本消化、造血谱系耗竭、FACS分析/分选等因素对单细胞测序兼容性的影响	未明确提及研究的局限性	研究造血器官中基质细胞的分离方法，以生成高质量的单细胞多组学数据集	鼠类和人类的胸腺、鼠类的骨骼和骨髓	单细胞测序	NA	单细胞测序、FACS分析/分选	NA	单细胞多组学数据	未明确提及具体样本数量
3809	2025-03-11	Early clinical outcomes and molecular smooth muscle cell phenotyping using a prophylactic aortic arch replacement strategy in Loeys-Dietz syndrome 2023-11, The Journal of thoracic and cardiovascular surgery IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.jtcvs.2023.07.023 PMID:37500053	研究论文	本研究评估了在Loeys-Dietz综合征患者中预防性主动脉弓置换策略的临床风险和血流动力学后果，并表征了Loeys-Dietz综合征动脉瘤和正常大小下游主动脉的平滑肌细胞表型	首次在Loeys-Dietz综合征患者中结合预防性主动脉弓置换和保留瓣膜的主动脉根部置换手术，并通过单细胞RNA测序和四维磁共振成像技术详细分析了平滑肌细胞表型和血流动力学变化	样本量较小（Loeys-Dietz综合征患者n=8），且随访时间较短（中位随访时间为2年）	评估预防性主动脉弓置换策略在Loeys-Dietz综合征中的临床效果和血流动力学影响，并研究平滑肌细胞表型的变化	Loeys-Dietz综合征患者（n=8）、Marfan综合征患者（n=5）和无主动脉病变的对照组患者（n=5）	心血管疾病	Loeys-Dietz综合征	四维磁共振成像、单细胞RNA测序	NA	影像数据、RNA测序数据	Loeys-Dietz综合征患者8人，Marfan综合征患者5人，无主动脉病变的对照组5人
3810	2025-03-10	Endothelial senescence induced by PAI-1 promotes endometrial fibrosis 2025-Mar-06, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02377-0 PMID:40050610	研究论文	本文研究了PAI-1诱导的内皮细胞衰老如何促进子宫内膜纤维化	通过单细胞测序和实验验证，揭示了PAI-1在子宫内膜纤维化中的作用机制，并提出了抑制PAI-1作为治疗子宫内膜纤维化的新策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探讨子宫内膜纤维化的病理机制及潜在治疗方法	子宫内膜纤维化患者和小鼠模型	生物医学	子宫内膜纤维化	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	IUA患者和小鼠模型
3811	2025-03-10	Decoding the corneal immune microenvironment in healthy and diabetic mice during corneal wound healing 2025-Feb-27, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2025.02.010 PMID:40023495	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了糖尿病和健康小鼠角膜在稳态和伤口愈合过程中免疫细胞的转录变化	首次建立了健康和糖尿病小鼠角膜伤口愈合过程中免疫细胞的全面单细胞RNA测序转录组图谱	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	探讨糖尿病角膜病变（DK）中免疫微环境的变化及其在病理过程中的作用	糖尿病和健康小鼠的角膜免疫细胞	生物信息学	糖尿病角膜病变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	糖尿病和健康小鼠的角膜样本
3812	2025-03-10	Exploring the Expanded Role of Astrocytes in Primate Brain Evolution via Changes in Gene Expression 2025-Feb-05, Brain, behavior and evolution DOI:10.1159/000544004 PMID:39907990	综述	本文探讨了灵长类大脑进化中星形胶质细胞基因表达和基因调控的变化	通过新的技术如诱导多能干细胞和单细胞RNA测序，动态和复杂地理解星形胶质细胞	主要关注灵长类动物，未涉及其他哺乳动物的星形胶质细胞进化	理解星形胶质细胞在灵长类大脑进化中的作用及其在神经系统疾病中的角色	灵长类动物中的星形胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病, 帕金森病	诱导多能干细胞, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
3813	2025-03-10	[Explorations about the correlation between biological changes of meninges in periodontitis mice and cognitive impairment via single-cell RNA sequencing] 2024-Jun-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology DOI:10.3760/cma.j.cn112144-20231102-00234 PMID:38808420	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析牙周炎小鼠脑膜的生物学变化，探讨其与认知障碍之间的潜在关联	首次使用单细胞RNA测序技术研究牙周炎小鼠脑膜的生物学变化及其与认知障碍的关系	样本量较小，仅使用小鼠模型，未涉及人类样本	探讨牙周炎小鼠脑膜生物学变化与认知障碍之间的相关性	牙周炎小鼠的脑膜组织和认知功能	数字病理学	牙周炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	30只C57BL/6小鼠（15只对照组，15只实验组）
3814	2025-03-10	Single Cell Analysis of Human Colonoids Exposed to Uranium-Bearing Dust 2024-May, Environmental health perspectives IF:10.1Q1 DOI:10.1289/EHP13855 PMID:38771937	研究论文	本文研究了铀尘暴露对人类结肠类器官的分子和细胞变化的影响	首次使用单细胞RNA测序技术分析了铀尘暴露对结肠上皮细胞的转录组变化和谱系分化的影响	研究仅基于三个生物学上不同的供体的结肠类器官，样本量较小	确定铀尘暴露对结肠的分子和细胞变化	人类结肠类器官	单细胞分析	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	三个生物学上不同的供体的结肠类器官
3815	2025-03-09	Plaque erosion risk and JAK2 V617F variant 2025-Mar-07, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehaf114 PMID:40053703	研究论文	本研究探讨了JAK2 V617F变异与心肌梗死（MI）两种机制——斑块侵蚀和斑块破裂之间的具体关联	首次明确了JAK2 V617F变异与斑块侵蚀风险之间的显著关联，并通过单细胞RNA测序揭示了中性粒细胞在其中的潜在作用机制	研究样本量相对有限，且未涵盖所有可能的CHIP突变类型	探讨JAK2 V617F变异与心肌梗死（MI）两种机制——斑块侵蚀和斑块破裂之间的具体关联	728例斑块侵蚀患者、919例斑块破裂患者和804例对照个体	心血管疾病	心肌梗死	数字滴PCR、单细胞RNA测序	NA	基因测序数据	728例斑块侵蚀患者、919例斑块破裂患者和804例对照个体
3816	2025-03-09	Targeting Caveolin-1 for enhanced rotator cuff repair: findings from single-cell RNA sequencing 2025-Mar-05, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02359-2 PMID:40044676	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探索了肩袖损伤组织中细胞亚群的异质性，并评估了Caveolin-1（Cav-1）的调节作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了Cav-1在肩袖损伤中的负相关作用及其通过运动或靶向治疗调节的潜力	研究主要基于动物模型，尚未在人类临床试验中验证	探索Cav-1在肩袖损伤修复中的作用及其作为治疗靶点的潜力	肩袖损伤组织中的细胞亚群	生物医学研究	肩袖损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Cav-1敲除和过表达模型	RNA测序数据	动物模型中的肩袖损伤组织
3817	2025-03-09	PCBP2 promotes immune evasion via cGAS-STING pathway in biochemical recurrence of prostate cancer 2025-Mar, APL bioengineering IF:6.6Q1 DOI:10.1063/5.0250173 PMID:40051782	研究论文	本研究探讨了前列腺癌（PCa）中与免疫逃逸相关的基因（CIERGs），并开发了用于预测生化复发（BCR）的签名	通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，鉴定了48个与BCR显著相关的CIERGs，并开发了一个基于CIERGs的风险签名，揭示了PCBP2通过抑制cGAS-STING通路促进PCa细胞增殖、迁移和侵袭的机制	研究主要依赖于公共数据库的数据，可能缺乏实验验证的广泛性	探索前列腺癌中与免疫逃逸相关的基因，并开发预测生化复发的签名	前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	RNA-seq, scRNA-seq	LASSO回归	RNA测序数据	TCGA-PRAD和GSE70769队列的数据
3818	2025-03-09	AI applications in HIV research: advances and future directions 2025, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2025.1541942 PMID:40051479	综述	本文探讨了人工智能（AI）在HIV研究中的应用进展及未来方向	整合AI与单细胞测序等技术，实现精确生物标志物识别和改进治疗靶向	数据限制和模型可解释性等挑战	探索AI技术在HIV研究中的应用进展	人类免疫缺陷病毒1型（HIV-1）和获得性免疫缺陷综合征（AIDS）	医学研究	HIV/AIDS	单细胞测序	NA	NA	NA
3819	2025-03-09	Comprehensive multi-omics integration uncovers mitochondrial gene signatures for prognosis and personalized therapy in lung adenocarcinoma 2024-Oct-21, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05754-y PMID:39434164	研究论文	本研究通过整合多组学数据，揭示了线粒体相关基因在肺腺癌（LUAD）中的预后意义，并开发了个性化治疗策略	首次通过整合转录组和单细胞RNA测序数据，结合机器学习算法，开发了基于线粒体相关基因的人工智能预后签名（AIDPS）模型，并验证了其在多个独立数据集中的预后准确性	研究依赖于公开数据库中的数据，可能存在数据偏差或样本量不足的问题	阐明线粒体相关基因在肺腺癌中的预后意义，并开发个性化治疗策略	肺腺癌（LUAD）患者	数字病理学	肺癌	转录组测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习算法、AIDPS模型	转录组数据、单细胞RNA测序数据、临床数据	来自公开数据库的肺腺癌患者数据
3820	2025-03-09	The effects of age and dysfunction on meibomian gland population dynamics 2024-Oct, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2024.08.005 PMID:39122180	研究论文	本研究利用单细胞和空间转录组学技术，探究了与年龄相关的腺体萎缩和Awat2基因敲除小鼠中腺体功能异常的细胞组成、分化和基因表达变化	首次使用单细胞和空间转录组学技术揭示了腺体功能异常的分子机制，包括脂质生成基因的分层表达和免疫细胞浸润的增加	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本，可能限制了结果的普适性	探究年龄和功能障碍对睑板腺细胞组成、分化和基因表达的影响	野生型小鼠和Awat2基因敲除小鼠的睑板腺	生物医学	干眼病	单细胞转录组学、空间转录组学	小鼠模型	基因表达数据	年轻（6个月）和老年（22个月）野生型C57Bl/6小鼠，年轻（3个月）和老年（13个月）Awat2 KO小鼠