单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 38047 篇文献，本页显示第 3781 - 3800 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3781 | 2026-01-06 |
A pseudouridine-related prognostic model of colorectal cancer based on single-cell sequencing analysis and transcriptome analysis
2026-Jan-04, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-34933-0
PMID:41486187
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3782 | 2026-02-08 |
A human pathophysiological 3D-bone marrow model reveals immune and stromal cell heterogeneity
2026-Jan-03, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09433-6
PMID:41484482
|
研究论文 | 本研究开发了一种标准化的三维人类骨髓模型，用于模拟骨髓微环境的关键特征并研究其生理和病理状态下的细胞动态 | 首次构建了能够模拟人类骨髓微环境异质性的标准化三维模型，并利用单细胞转录组学揭示了基质细胞和内皮细胞的异质性 | 模型仍需进一步验证其在更广泛疾病背景下的适用性，且长期培养效果有待更多数据支持 | 研究人类骨髓微环境中免疫细胞和基质细胞的异质性及其在病理状态下的动态变化 | 骨髓微环境中的基质细胞、内皮细胞、免疫细胞和造血祖细胞 | 单细胞组学 | 急性髓系白血病 | 单细胞转录组测序 | 三维骨髓模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3783 | 2026-02-08 |
ASTRO: Automated Spatial-Transcriptome whole RNA Output
2026-Jan-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf688
PMID:41495477
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研究论文 | 本文介绍了一种名为ASTRO的自动化流程，用于处理空间转录组学数据，特别优化了针对FFPE样本的全转录组分析 | 开发了首个专门针对FFPE样本空间转录组数据处理的自动化流程，能够同时检测编码和非编码RNA（如miRNA），并通过优化空间条形码识别和过滤步骤提高映射率 | 未明确说明该流程在其他样本类型或技术平台上的适用性限制 | 解决FFPE样本空间转录组数据分析的挑战，实现全转录组的空间定量分析 | 福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织样本 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 自动化数据处理流程 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3784 | 2026-02-08 |
scSNViz: visualization and analysis of cell-specific expressed SNVs
2026-Jan-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag023
PMID:41533688
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研究论文 | 介绍了一个名为scSNViz的R包，用于从单细胞RNA测序数据中探索、量化和可视化表达的单核苷酸变异 | 开发了一个专门针对单细胞水平表达SNVs的综合可视化与分析工具，填补了现有工具在单细胞变异表达模式研究方面的空白 | 未在摘要中明确提及具体限制，但可能依赖于现有单细胞分析框架的准确性 | 旨在促进对单细胞水平表达遗传变异的理解，包括转录异质性、等位基因调控和突变动力学 | 单细胞RNA测序数据中的表达单核苷酸变异 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3785 | 2026-02-08 |
Squidiff: predicting cellular development and responses to perturbations using a diffusion model
2026-Jan, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02877-y
PMID:41184550
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研究论文 | 本文介绍了一种基于扩散模型的生成框架Squidiff，用于预测不同细胞类型在环境变化下的转录组变化 | Squidiff通过连续去噪和语义特征集成，学习瞬态细胞状态，并预测跨时间和条件的高分辨率转录组景观 | NA | 预测细胞在环境刺激下的转录组变化，并阐明潜在的疾病机制 | 单细胞转录组数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 扩散模型 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3786 | 2026-02-08 |
KRAS Withdrawal in Cholangiocarcinoma Leads to Immune Infiltration and Tumor Regression
2026-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202511312
PMID:41332325
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研究论文 | 本研究通过构建条件性KRAS基因敲除的胆管癌小鼠模型，揭示了KRAS抑制导致肿瘤显著消退并伴随免疫细胞浸润的机制 | 首次利用转座子系统与CRISPR-Cas9技术构建了条件性TRE.Kras/Trp53敲除胆管癌小鼠模型，并系统揭示了KRAS抑制通过激活CD8 T细胞和诱导细胞衰老导致肿瘤消退的免疫机制 | 研究主要基于小鼠模型，其结论在人类胆管癌中的适用性仍需进一步验证；缺乏长期疗效观察数据 | 探究KRAS抑制在胆管癌治疗中的作用机制及潜在治疗价值 | 条件性KRAS/TP53敲除胆管癌小鼠模型、TKP细胞系 | 肿瘤免疫学 | 胆管癌 | CRISPR-Cas9基因编辑、单细胞RNA测序、bulk RNA测序、免疫组化、共聚焦免疫荧光、细胞因子阵列、慢病毒过表达 | 条件性基因敲除小鼠模型、同种移植模型 | 基因表达数据、免疫染色图像、细胞因子分泌数据 | 未明确说明具体样本数量，但包含小鼠模型和细胞系实验 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 3787 | 2026-02-08 |
EPI-SauriCas9-based mouse ovarian cancer models recapitulating pten deletion in patients
2025-Dec-29, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09437-2
PMID:41466059
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研究论文 | 本研究开发并验证了使用EPI-SauriCas9系统构建的携带Pten和Trp53缺失的小鼠卵巢上皮模型（MEPP），用于模拟患者PTEN缺失的卵巢癌 | 利用EPI-SauriCas9系统创建了首个模拟PTEN和TP53缺失的小鼠卵巢癌模型，揭示了Pten缺失在促进肿瘤发生和转移中的作用，并通过单细胞RNA测序鉴定了具有不同转移潜能的独特上皮亚群 | 模型可能无法完全复制人类卵巢癌的所有复杂性，且研究主要聚焦于PTEN和TP53缺失的特定亚型 | 开发一个用于研究PTEN缺失卵巢癌的平台，并探索其肿瘤发生机制及潜在治疗方法 | 小鼠卵巢上皮细胞及由此衍生的肿瘤模型 | 癌症研究 | 卵巢癌 | EPI-SauriCas9基因编辑系统，单细胞RNA测序，高通量药物筛选 | 基因编辑小鼠模型 | 基因表达数据，药物反应数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3788 | 2026-02-08 |
ScRNA profiling of peripheral blood in kidney transplant recipients across rejection responses and treatments
2025-Dec-24, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-025-06489-1
PMID:41444247
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了肾移植受者外周血细胞，比较了不同排斥类型和治疗阶段的免疫细胞组成差异 | 首次提供了肾移植后不同排斥类型和治疗阶段的外周血单细胞转录组数据集，支持免疫细胞亚群的比较分析 | 样本量较小（仅5名参与者），且为初步分析，需要更大规模研究验证 | 探索肾移植受者外周血免疫细胞在排斥反应和免疫抑制治疗中的变化 | 肾移植受者的外周血细胞 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 5名肾移植受者，98,595个质量控制通过的细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3789 | 2026-02-08 |
CIA: unveiling cellular identities with cluster-independent annotation in single-cell RNA sequencing data for comprehensive cell type characterization and exploration
2025-Dec-17, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06320-z
PMID:41408153
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CIA（Cluster Independent Annotation）的新型计算工具，用于在单细胞RNA测序数据中准确识别细胞类型，无需完全注释的参考数据集或复杂机器学习过程 | 开发了CIA工具，基于预定义细胞类型签名，提供用户友好且实用的单细胞类型和功能注释解决方案，支持Python和R语言，适用于所有主要单细胞分析框架 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中细胞识别和分类的挑战，提供高效且可解释的细胞类型注释工具 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3790 | 2026-02-08 |
BGN Secreted by Cancer-Associated Fibroblasts Promotes Esophageal Squamous Cell Carcinoma Progression via Activation of TLR4-Mediated Erk and NF-κB Signaling Pathways
2025-Dec-13, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms262412024
PMID:41465449
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研究论文 | 本研究揭示了癌症相关成纤维细胞分泌的BGN通过激活TLR4介导的Erk和NF-κB信号通路促进食管鳞状细胞癌进展 | 首次在ESCC中鉴定出CAF分泌的BGN是关键促癌因子，并阐明其通过TLR4受体激活Erk和NF-κB信号通路的分子机制 | 研究主要基于细胞系和体外共培养模型，缺乏体内动物实验验证；临床样本量有限（66例） | 探究癌症相关成纤维细胞在食管鳞状细胞癌进展中的具体作用机制 | 食管鳞状细胞癌细胞系（TE-9、TE-10、TE-15）、间充质干细胞、66例ESCC组织样本 | 肿瘤生物学 | 食管鳞状细胞癌 | cDNA微阵列分析、单细胞RNA测序、免疫组织化学 | 共培养模型 | 基因表达数据、蛋白质表达数据、临床病理数据 | 3个ESCC细胞系、间充质干细胞、66例ESCC组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3791 | 2026-02-08 |
Single-Cell transcriptomic profiles of peripheral blood immune cells reveal early monocyte and platelet activation in the transition from high-risk states to clinical sepsis
2025-Sep-25, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-17078-y
PMID:40998960
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了外周血免疫细胞在脓毒症高风险状态向临床脓毒症转变过程中，单核细胞和血小板早期激活的转录组重编程特征 | 首次在单细胞水平上系统描绘了脓毒症进展过程中单核细胞和血小板的动态转录组变化，并发现了一个在多种高风险人群中一致、早期且持续上调的核心基因特征（S100A8, S100A9, IFITM2, IFITM3） | 研究样本量相对有限，且主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平的功能验证 | 阐明从脓毒症高风险状态向临床脓毒症转变过程中的免疫细胞转录组变化特征 | 健康对照、脓毒症高风险个体、临床脓毒症患者的外周血免疫细胞，以及独立队列中的极早产脓毒症婴儿和老年糖尿病患者 | 单细胞组学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 健康对照、高风险个体、临床脓毒症患者，以及独立队列的极早产婴儿和老年糖尿病患者（具体样本数未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3792 | 2026-02-08 |
Immune-responsive gene 1: The mitochondrial key to Th17 cell pathogenicity in CNS autoimmunity
2025-Aug-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2427052122
PMID:40758870
|
研究论文 | 本文探讨了免疫响应基因1（IRG1）在CNS自身免疫性疾病中调控致病性Th17细胞的关键作用 | 首次揭示IRG1通过NLRP3/IL-1β轴抑制巨噬细胞MHC II类表达，从而防止髓鞘特异性CD4+ T细胞向致病性Th17细胞极化 | 研究主要基于EAE动物模型，尚未在人类MS患者中直接验证IRG1的保护机制 | 阐明IRG1在CNS自身免疫性疾病中对致病性Th17细胞的调控机制 | 实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）小鼠模型中的免疫细胞（包括巨噬细胞、CD4+ T细胞、B细胞） | 免疫学 | 多发性硬化症 | RNA-seq，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确指定样本数量，使用EAE小鼠模型及基因敲除小鼠 | NA | RNA-seq，单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3793 | 2026-02-08 |
A recurrent de novo damaging variant in EMP2 causes progressive symmetric erythrokeratoderma
2025-Aug-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2509896122
PMID:40758889
|
研究论文 | 本文发现EMP2基因的一个反复出现的从头错义变异与进行性对称性红斑角化病相关，并通过单细胞空间转录组学揭示了其通过EGFR信号通路导致皮肤增厚的机制 | 首次将EMP2基因变异与进行性对称性红斑角化病联系起来，并利用单细胞空间转录组学技术揭示了突变导致EGFR信号通路异常激活的功能获得性机制 | NA | 研究遗传性皮肤疾病中导致皮肤增厚和红斑的基因变异及其分子机制 | 进行性对称性红斑角化病患者及其皮肤组织 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞空间转录组学，Western blotting | NA | 转录组数据，蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 3794 | 2026-02-08 |
Spatial Analysis of Hereditary Diffuse Gastric Cancer Reveals Indolent Phenotype of Signet Ring Cell Precursors
2025-Aug-04, Molecular cancer research : MCR
IF:4.1Q2
DOI:10.1158/1541-7786.MCR-24-1039
PMID:40192595
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序分析遗传性弥漫性胃癌，揭示了早期印戒细胞病变的惰性表型及其与晚期胃癌的分子差异 | 首次结合空间转录组学和单细胞RNA测序，系统比较了CDH1变异携带者中早期印戒细胞病变与晚期弥漫性胃癌的分子特征，发现早期病变缺乏已知胃癌驱动基因突变 | 样本量较小（仅20例），且仅针对CDH1变异携带者，可能不适用于其他类型的胃癌 | 探究遗传性弥漫性胃癌中早期印戒细胞病变的分子表型及其与晚期胃癌的差异 | 人类全胃切除标本中的早期印戒细胞病变和晚期弥漫性胃癌组织 | 数字病理学 | 胃癌 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 20例人类全胃切除标本 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3795 | 2026-02-08 |
Autosomal dominant SLURP1 variants cause palmoplantar keratoderma and progressive symmetric erythrokeratoderma
2025-Apr-28, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljaf049
PMID:39913669
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研究论文 | 本研究通过全外显子测序在表皮分化障碍患者队列中鉴定出导致掌跖角化病和进行性对称性红斑角化病的常染色体显性SLURP1基因变异 | 首次发现常染色体显性遗传的SLURP1基因变异可通过改变信号肽切割、增加SLURP1表达分泌及上调NF-κB信号通路导致掌跖角化病和进行性对称性红斑角化病 | 研究样本量有限（三个无亲缘关系的家系），需要更大规模队列验证机制 | 鉴定导致掌跖角化病和进行性对称性红斑角化病的新型遗传变异 | 表皮分化障碍患者（包括掌跖角化病和进行性对称性红斑角化病表型） | 遗传学 | 皮肤病 | 全外显子测序，空间转录组学，质谱分析，细胞因子定量分析 | NA | 基因组数据，转录组数据，蛋白质组数据 | 三个无亲缘关系的家系 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3796 | 2026-02-08 |
Longitudinal single-cell profiles of lung regeneration after viral infection reveal persistent injury-associated cell states
2025-Feb-06, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2024.12.002
PMID:39818203
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学结合谱系追踪技术，探索了小鼠肺部在流感损伤后的再生过程，揭示了不同细胞区室的异步响应和持久性损伤相关细胞状态 | 首次利用纵向单细胞转录组学结合谱系追踪，系统描绘了肺部损伤后的再生动态，并鉴定出一种持久存在的损伤诱导毛细血管内皮细胞（iCAP），该细胞状态与人类肺部退行性疾病中的内皮异常相似 | 研究基于小鼠模型，可能无法完全反映人类肺部再生过程；且未深入探讨iCAP细胞在疾病中的具体功能机制 | 理解肺部损伤后气体交换表面功能再生的细胞和分子机制，并探索其与人类发育和疾病的相关性 | 小鼠肺部细胞，特别是肺泡微环境中的细胞，包括损伤诱导的毛细血管内皮细胞（iCAP） | 单细胞转录组学 | 肺部疾病 | 单细胞转录组学，谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3797 | 2026-02-08 |
scGIST: gene panel design for spatial transcriptomics with prioritized gene sets
2024-02-26, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03185-y
PMID:38408997
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研究论文 | 本文提出了一种名为scGIST的约束特征选择工具，用于设计单细胞空间转录组学（sc-ST）的基因面板，优先考虑用户指定的基因，同时不损害细胞类型检测的准确性 | scGIST是一种创新的约束特征选择工具，能够在有限的面板大小下优先纳入用户指定的基因（如配体-受体复合物或特定通路基因），同时保持细胞类型检测的准确性，解决了sc-ST技术中面板大小的关键挑战 | NA | 开发一种工具以优化单细胞空间转录组学（sc-ST）的基因面板设计，在有限的面板大小内平衡用户指定基因的优先纳入和细胞类型检测的准确性 | 单细胞空间转录组学（sc-ST）技术中的基因面板设计 | 空间转录组学 | NA | 单细胞空间转录组学（sc-ST），荧光原位杂交（FISH） | 约束特征选择工具 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 3798 | 2026-02-08 |
Kidney double positive T cells have distinct characteristics in normal and diseased kidneys
2024-02-23, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-54956-3
PMID:38396136
|
研究论文 | 本研究探讨了正常和疾病状态下肾脏中TCR+CD4+CD8+（双阳性；DP）T细胞的存在、特征及功能 | 首次系统描述了肾脏DP T细胞在正常和损伤条件下的独特炎症与代谢特征，并利用单细胞RNA-seq揭示了其基因表达变化 | DP T细胞在肾脏中为少数群体，其具体病理生理作用仍需进一步验证；人类样本仅来源于肾细胞癌患者，可能限制结果的普适性 | 探究正常和疾病状态下肾脏DP T细胞的特性与功能 | 小鼠肾脏（正常、缺血再灌注损伤、顺铂损伤、病毒感染模型）及人类肾细胞癌患者的肾脏组织 | 免疫学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型及人类肾细胞癌患者肾脏样本（具体数量未明确） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3799 | 2026-02-08 |
Circulating cancer-specific CD8 T cell frequency is associated with response to PD-1 blockade in Merkel cell carcinoma
2024-02-20, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101412
PMID:38340723
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研究论文 | 本研究探讨了Merkel细胞癌中循环MCPyV特异性CD8 T细胞频率与PD-1阻断治疗反应之间的关联 | 首次利用MCPyV肽-HLA-I多聚体结合多色流式细胞术、单细胞转录组学和TCR测序，系统分析了病毒驱动癌症中特异性T细胞的特征，并发现循环中而非肿瘤内的这些细胞频率与治疗反应显著相关 | 样本量较小（27例患者），且研究仅针对病毒驱动的Merkel细胞癌，可能不适用于非病毒性癌症 | 探究癌症特异性T细胞在PD-1免疫治疗中的作用机制 | Merkel细胞癌患者中的MCPyV特异性CD8 T细胞 | 免疫肿瘤学 | Merkel细胞癌 | MCPyV肽-HLA-I多聚体检测、26色流式细胞术、单细胞转录组学、T细胞受体测序 | NA | 流式细胞数据、单细胞转录组数据、TCR序列数据 | 27例Merkel细胞癌患者 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 3800 | 2026-02-08 |
Lineage and ecology define liver tumor evolution in response to treatment
2024-02-20, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101394
PMID:38280378
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研究论文 | 本文提出了一种基于单细胞转录组的策略，通过测量细胞谱系和生态来追踪肝癌患者纵向肿瘤活检的进化，并构建了一个谱系与生态评分系统来预测临床结果 | 开发了一种结合细胞谱系和微环境生态的联合动态评分系统，用于分类肿瘤状态并追踪其在治疗响应中的进化轨迹 | NA | 监测肝癌在治疗干预下的肿瘤进化，并预测临床结果 | 肝癌患者的纵向肿瘤活检样本 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 包括纵向活检样本和额外716名肝癌患者的批量转录组数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |