单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3781	2025-03-12	Multi-omics analyses reveal bacteria and catalase associated with keloid disease 2024-Jan, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2023.104904 PMID:38061241	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了细菌和过氧化氢酶（CAT）与瘢痕疙瘩病的关联	首次结合微生物组、代谢组、单细胞转录组和细胞来源异种移植（CDX）小鼠模型，全面探讨了细菌在瘢痕疙瘩病中的作用	研究主要基于实验室模型和小鼠实验，尚未在人体中进行大规模验证	探讨细菌和过氧化氢酶在瘢痕疙瘩病中的角色	瘢痕疙瘩和健康皮肤	生物医学	瘢痕疙瘩病	多组学分析（微生物组、代谢组、单细胞转录组）、16S rRNA测序、蛋白质质谱、细胞来源异种移植（CDX）模型	CDX小鼠模型	微生物组数据、蛋白质质谱数据、单细胞RNA测序数据	瘢痕疙瘩和健康皮肤样本，BALB/c雌性裸鼠
3782	2025-03-12	A longitudinal molecular and cellular lung atlas of lethal SARS-CoV-2 infection in K18-hACE2 transgenic mice 2024-Jan, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2023.104932 PMID:38118400	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，详细分析了K18-hACE2转基因小鼠在SARS-CoV-2感染期间的肺组织分子和细胞反应	首次在K18-hACE2转基因小鼠模型中，利用单细胞RNA测序技术全面解析了SARS-CoV-2感染引起的肺组织病理变化和细胞动态反应	研究仅限于K18-hACE2转基因小鼠模型，可能无法完全模拟人类SARS-CoV-2感染的复杂性	探究SARS-CoV-2感染在肺组织中的分子和细胞机制，以期为COVID-19的诊断和治疗提供新思路	K18-hACE2转基因小鼠的肺组织	生物医学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	K18-hACE2转基因小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了K18-hACE2转基因小鼠的肺组织
3783	2025-03-12	CD8+ lymphocytes are critical for early control of tuberculosis in macaques 2023-12-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20230707 PMID:37843832	研究论文	本文研究了CD8+淋巴细胞在结核病早期控制中的功能作用，通过去除猕猴中的先天和/或适应性CD8+淋巴细胞，展示了CD8α+细胞的缺失如何显著影响结核分枝杆菌感染的早期控制	首次在猕猴模型中系统地展示了CD8+淋巴细胞在结核病早期控制中的关键作用，并揭示了CD8+淋巴细胞的多功能细胞毒性反应作为疫苗靶点的潜力	研究仅限于猕猴模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨CD8+淋巴细胞在结核病早期控制中的功能作用	猕猴	免疫学	结核病	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	生物样本数据	猕猴样本
3784	2025-03-12	Severe COVID-19 is associated with fungal colonization of the nasopharynx and potent induction of IL-17 responses in the nasal epithelium 2022-Oct-26, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2022.10.25.22281528 PMID:36324802	研究论文	本文探讨了严重COVID-19患者中真菌定植与鼻咽部IL-17反应增强的关联	通过单细胞RNA测序技术，揭示了严重COVID-19患者中真菌定植与IL-17刺激的免疫特征之间的关系	研究样本量有限，且未涵盖所有COVID-19严重程度的患者	研究严重COVID-19患者中真菌定植的频率及其与特定免疫反应的关联	严重COVID-19患者	生物医学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	一组严重COVID-19患者
3785	2025-03-12	CD4+ T-Cell Dysfunction in Severe COVID-19 Disease Is Tumor Necrosis Factor-α/Tumor Necrosis Factor Receptor 1-Dependent 2022-06-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202111-2493OC PMID:35348444	研究论文	本文研究了严重COVID-19患者中CD4+ T细胞功能障碍与肿瘤坏死因子-α（TNF-α）/肿瘤坏死因子受体1（TNF receptor 1）依赖性的关系	研究发现严重COVID-19患者中CD4+ T细胞功能障碍与TNF-α/TNF receptor 1依赖性相关，并证明TNF-α阻断剂可以挽救S1特异性CD4 T细胞增殖并减少细胞死亡	研究样本量有限，且未涉及其他潜在免疫机制的影响	探讨严重COVID-19患者中T细胞功能障碍的免疫机制	严重COVID-19患者和轻度COVID-19患者的T细胞反应	免疫学	COVID-19	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞数据、RNA测序数据	148名严重COVID-19患者
3786	2025-03-12	Multimodal profiling of lung granulomas in macaques reveals cellular correlates of tuberculosis control 2022-05-10, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2022.04.004 PMID:35483355	研究论文	本文通过多模态分析揭示了猕猴肺肉芽肿中结核病控制的细胞相关性	通过结合纵向PET-CT成像、单细胞RNA测序和细菌清除测量，首次定义了结核病肉芽肿中细菌控制的复杂多细胞生态系统	研究仅限于猕猴模型，可能不完全适用于人类结核病	揭示结核病肉芽肿中细菌控制的细胞相关性，为开发新的疫苗和治疗策略提供依据	猕猴肺肉芽肿	数字病理	结核病	纵向PET-CT成像、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA测序数据	猕猴肺肉芽肿样本
3787	2025-03-12	SARS-CoV-2 Receptor ACE2 Is an Interferon-Stimulated Gene in Human Airway Epithelial Cells and Is Detected in Specific Cell Subsets across Tissues 2020-05-28, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.04.035 PMID:32413319	研究论文	本文研究了SARS-CoV-2的受体ACE2在人类气道上皮细胞中的表达及其在不同组织细胞亚群中的分布	发现ACE2是人类干扰素刺激基因（ISG），并揭示了其在肺、回肠和鼻黏膜特定细胞亚群中的共表达	研究主要基于单细胞RNA测序数据，缺乏直接的实验验证	理解SARS-CoV-2的致病机制及其受体ACE2的表达调控	人类、非人类灵长类动物和小鼠的气道上皮细胞及组织细胞亚群	分子生物学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	人类、非人类灵长类动物和小鼠的组织样本
3788	2025-03-11	TREM2 as a Therapeutic Target in Atherosclerosis 2025-Apr, Cell biology international IF:3.3Q3 DOI:10.1002/cbin.12279 PMID:39891588	review	本文回顾了TREM2从基础研究到作为动脉粥样硬化治疗靶点的历程，并探讨了其临床应用的可能性	揭示了TREM2在泡沫巨噬细胞存活和动脉粥样硬化进展中的重要性，并提出了TREM2作为治疗靶点的潜力	NA	探讨TREM2作为动脉粥样硬化治疗靶点的可行性和临床应用前景	动脉粥样硬化中的泡沫巨噬细胞和TREM2表达	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3789	2025-03-11	Spatial-Temporal Diversity of Extrachromosomal DNA Shapes Urothelial Carcinoma Evolution and Tumor-Immune Microenvironment 2025-Mar-11, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-1532 PMID:40062518	研究论文	本文通过计算分析方法研究了595例尿路上皮癌（UC）患者全基因组测序数据中的染色体外DNA（ecDNA），揭示了ecDNA在肿瘤进化和免疫微环境中的作用	首次系统性地分析了ecDNA在尿路上皮癌中的时空多样性及其对肿瘤进化和免疫微环境的影响，揭示了ecDNA通过结构重排驱动克隆进化的机制	研究主要基于尿路上皮癌患者的数据，可能不适用于其他类型的癌症	研究ecDNA在尿路上皮癌中的时空多样性及其对肿瘤进化和免疫微环境的影响	595例尿路上皮癌患者的全基因组测序数据	基因组学	尿路上皮癌	全基因组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、RNA数据	595例尿路上皮癌患者
3790	2025-03-11	Characterizing the Cellular Constituents of Proximal Airway Disease in Granulomatosis With Polyangiitis 2025-Mar-10, Otolaryngology--head and neck surgery : official journal of American Academy of Otolaryngology-Head and Neck Surgery DOI:10.1002/ohn.1197 PMID:40062629	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了肉芽肿性多血管炎（GPA）患者近端气道黏膜的细胞组成，揭示了GPA风险基因在免疫细胞中的表达定位	首次使用单细胞RNA测序技术详细描述了GPA患者近端气道黏膜的细胞组成，并发现了一种仅存在于GPA中的CD4-/CD8-炎症性T细胞亚群	研究样本量较小（GPA n=9，iSGS n=7，PIPS n=5，对照 n=10），且仅在单一三级医疗中心进行，可能限制结果的普遍性	旨在揭示GPA患者近端气道疾病的细胞组成及其病理机制	GPA患者、特发性声门下狭窄（iSGS）患者、插管后近端狭窄（PIPS）患者及对照组的近端气道样本	数字病理学	肉芽肿性多血管炎	单细胞RNA测序	Monocle 3	RNA测序数据	GPA n=9，iSGS n=7，PIPS n=5，对照 n=10
3791	2025-03-11	Robust Spatial Cell-Type Deconvolution with Qualitative Reference for Spatial Transcriptomics 2025-Mar-09, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401145 PMID:40059456	研究论文	本文提出了一种基于定性参考的空间转录组学细胞类型去卷积方法QR-SIDE，用于处理多细胞空间转录组数据	QR-SIDE方法通过自适应调整每个标记基因的贡献，提供了个体标记基因的空间异质性详细图谱，并结合Potts模型促进空间连续性，统一了细胞类型去卷积与空间聚类	在缺乏可靠参考数据集或存在异质批次效应的情况下，现有方法可能引入偏差	开发一种新的空间转录组学细胞类型去卷积方法，以提高细胞类型去卷积的准确性和鲁棒性	多细胞空间转录组数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Potts模型	空间转录组数据	模拟数据和三个真实空间转录组数据集（来自10x Visium和ST平台）
3792	2025-03-11	Transcriptional reprogramming triggered by neonatal UV radiation or Lkb1 loss prevents BRAFV600E-induced growth arrest in melanocytes 2025-Mar-08, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03339-7 PMID:40057604	研究论文	本文探讨了新生儿UV辐射或Lkb1缺失如何通过转录重编程阻止BRAFV600E诱导的生长停滞，从而促进黑色素瘤的发展	揭示了新生儿UV辐射或Lkb1缺失通过转录重编程绕过BRAF诱导的生长停滞，促进黑色素瘤发展的新机制	研究主要依赖于小鼠模型和基因组分析，人类临床数据的应用可能有限	研究新生儿UV辐射或Lkb1缺失如何影响BRAFV600E诱导的生长停滞及黑色素瘤发展	黑色素细胞	癌症研究	黑色素瘤	基因组分析、单细胞转录组学	小鼠模型	基因组数据、临床数据、转录组数据	NA
3793	2025-03-11	Integrated single-cell and spatial transcriptomic profiling reveals that CD177+ Tregs enhance immunosuppression through apoptosis and resistance to immunotherapy in hepatocellular carcinoma 2025-Mar-07, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03330-2 PMID:40055567	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序和严格筛选策略，发现CD177作为肿瘤浸润调节性T细胞（TiTregs）的特异性生物标志物，揭示了其在肝细胞癌（HCC）中的免疫抑制作用和潜在治疗靶点	首次鉴定出CD177作为TiTregs的特异性生物标志物，并揭示了其在HCC中的免疫抑制机制和潜在治疗价值	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体临床试验中验证CD177抑制的效果	探索肿瘤浸润调节性T细胞（TiTregs）在肝细胞癌（HCC）中的免疫抑制机制及其作为治疗靶点的潜力	肝细胞癌（HCC）中的肿瘤浸润调节性T细胞（TiTregs）	癌症免疫学	肝细胞癌	单细胞转录组测序	CD177 Treg条件性敲除小鼠模型	单细胞转录组数据	NA
3794	2025-03-11	Spatially separated epithelium-associated and lamina propria neutrophils present distinct functional identities in the inflamed colon mucosa 2025-Mar-06, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.02.008 PMID:40057307	研究论文	本文研究了炎症性肠病（IBD）中结肠黏膜内不同空间位置的中性粒细胞（PMNs）的功能差异	首次揭示了结肠黏膜中不同空间位置的中性粒细胞（LPNs和EANs）具有不同的功能特性，并发现EANs可能作为疾病驱动因素	研究主要基于小鼠模型和人类样本的单细胞RNA测序，可能无法完全反映人类IBD的复杂性	探讨炎症性肠病（IBD）中结肠黏膜内不同空间位置的中性粒细胞的功能差异及其临床意义	结肠黏膜中的中性粒细胞（PMNs），特别是位于固有层黏膜（LPNs）和隐窝上皮（EANs）的中性粒细胞	生物医学研究	炎症性肠病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间RNA转录组学，实时活体成像	NA	RNA测序数据，活体成像数据	小鼠模型和人类IBD患者样本
3795	2025-03-11	Neoplastic immune mimicry potentiates breast tumor progression 2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.17.633673 PMID:39896558	研究论文	本文探讨了乳腺癌进展中肿瘤细胞通过去分化程序增强适应性，并发现部分去分化的肿瘤细胞表达白细胞表面受体蛋白，称为“免疫拟态”	首次提出并验证了乳腺癌细胞通过表达白细胞表面受体蛋白进行免疫拟态的现象，并发现这种拟态与肿瘤的侵袭性和治疗抵抗性相关	研究主要基于单细胞RNA测序数据和细胞系模型，尚未在更大规模的临床样本中进行验证	研究乳腺癌进展中肿瘤细胞的去分化及其对肿瘤侵袭性和治疗抵抗性的影响	乳腺癌细胞、人类乳腺癌单细胞RNA测序数据集、乳腺癌细胞系、小鼠转基因和细胞系来源的乳腺肿瘤模型	肿瘤生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、组织病理学样本	公共人类乳腺癌单细胞RNA测序数据集、乳腺癌细胞系、小鼠模型
3796	2025-03-11	Pancreatic alpha and beta cell fate choice is directed by apical-basal polarity dynamics 2025-Mar-04, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.02.008 PMID:40056911	研究论文	本文探讨了细胞顶端-基底极性在胰腺内分泌祖细胞分化为α或β细胞命运中的调控作用	首次揭示了顶端-基底极性状态作为多能内分泌祖细胞分化为α或β细胞命运的关键调控因素	研究主要基于人类内分泌祖细胞，未涉及其他物种或细胞类型	研究细胞顶端-基底极性如何调控胰腺内分泌祖细胞的分化命运	人类胰腺内分泌祖细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及样本数量
3797	2025-03-11	ENPP1 promotes immune suppression, drug resistance, and adverse outcomes in bladder cancer: Potential for targeted therapy 2025-Mar-04, Cancer genetics IF:1.4Q4 DOI:10.1016/j.cancergen.2025.03.001 PMID:40058167	研究论文	本研究探讨了ENPP1在膀胱癌中的表达及其对肿瘤进展、凋亡和免疫微环境的影响	首次系统性地研究了ENPP1在膀胱癌中的作用，揭示了其与肿瘤进展、免疫浸润和化疗耐药性的关系	样本量较小，仅包括36名膀胱癌患者的本地临床队列	研究ENPP1在膀胱癌中的作用及其作为治疗靶点的潜力	膀胱癌患者和膀胱癌细胞系	生物信息学	膀胱癌	RT-qPCR, Western blotting, 免疫组化, scRNA-seq	NA	基因表达数据, 单细胞RNA测序数据	36名膀胱癌患者的本地临床队列, TCGA-BLCA和GEO数据集
3798	2024-10-04	A Single-Cell RNA Sequencing Atlas of the Chronic Obstructive Pulmonary Disease Distal Lung to Predict Cell-Cell Communication 2025-Mar, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0232LE PMID:39356793	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
3799	2025-03-11	Unique Cell Type-Specific Signaling Patterns Define Cholesteatoma 2025-Feb-24, Otology & neurotology : official publication of the American Otological Society, American Neurotology Society [and] European Academy of Otology and Neurotology IF:1.9Q2 DOI:10.1097/MAO.0000000000004455 PMID:40062383	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术识别了胆脂瘤中的细胞类型和信号通路，并与正常鼓膜进行比较	利用单细胞RNA测序技术揭示了胆脂瘤中独特的细胞类型特异性信号模式，为药物治疗提供了潜在靶点	研究主要基于计算机模拟的细胞研究，缺乏临床试验验证	识别驱动胆脂瘤的细胞类型和信号通路，以改善该疾病的治疗策略	人类胆脂瘤标本和正常鼓膜	数字病理	胆脂瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CellChat算法	RNA测序数据	人类胆脂瘤标本和已发表的正常鼓膜单细胞RNA测序数据
3800	2025-03-11	STEAM: Spatial Transcriptomics Evaluation Algorithm and Metric for clustering performance 2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.17.636505 PMID:40027655	研究论文	本文提出了一种名为STEAM的空间转录组学评估算法和指标，用于评估聚类性能的一致性和可靠性	STEAM通过机器学习分类和预测方法，结合空间邻近性和基因表达模式，提供了一个用户友好的计算框架，用于评估聚类结果的稳健性和可重复性	由于缺乏真实标签，验证聚类一致性和可重复性仍然具有挑战性	开发一个计算评估框架，以严格且无偏见地评估空间转录组学数据的聚类性能	空间转录组学数据	空间生物学	NA	机器学习分类和预测方法	NA	空间转录组学和蛋白质组学数据	多个公共数据集，涵盖多细胞到单细胞分辨率