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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 361 | 2026-04-11 |
Monocyte Lineage Expansion Drives Transcriptomic Individuality in Genetically Identical Armadillo Quadruplets
2026-Apr-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.30.715171
PMID:41959222
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研究论文 | 本文通过研究九带犰狳四胞胎,探讨了转录组个体差异如何与免疫细胞组成的持久差异相关联 | 首次将转录组个体差异与持久的免疫细胞组成差异联系起来,揭示了早期随机事件如何导致遗传相同个体间的生物学差异 | 研究主要基于犰狳模型,可能无法完全推广到人类或其他物种 | 探究转录组个体差异是否反映功能性生物学差异 | 九带犰狳四胞胎 | 单细胞组学 | 麻风病 | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | RNA-seq数据, ATAC-seq数据 | 五个队列的遗传相同四胞胎,跨越三个时间点 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 362 | 2026-04-11 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals Hair Cell-Specific Molecular Responses to Polystyrene Nanoplastics in a Zebrafish Embryo Model
2026-Apr, Biotechnology and applied biochemistry
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/bab.70028
PMID:40641182
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组分析揭示了斑马鱼胚胎中毛细胞对聚苯乙烯纳米塑料的特异性分子响应 | 首次在斑马鱼胚胎模型中,通过单细胞RNA测序技术,系统揭示了毛细胞对聚苯乙烯纳米塑料暴露的特异性分子响应机制,包括细胞类型比例变化和基因表达调控 | 研究仅关注了聚苯乙烯纳米塑料在环境相关浓度下的短期暴露效应,未评估长期暴露或更高浓度下的毒性影响,且主要基于胚胎模型,成年个体的响应可能不同 | 探究聚苯乙烯纳米塑料对斑马鱼胚胎的生理和分子影响,评估其生态风险 | 斑马鱼胚胎 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确指定样本数量,但基于斑马鱼胚胎模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 363 | 2026-04-11 |
Multiomic, Histologic, and scRNA-seq Profiling of Pleural Mesothelioma Reveals Negative Prognosis Associated With a Novel Uncommitted Molecular Phenotype
2026-Apr, Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer
IF:21.0Q1
DOI:10.1016/j.jtho.2025.11.019
PMID:41319863
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了胸膜间皮瘤中一种新的未定型分子表型与不良预后相关 | 发现了一种新型未定型恶性细胞状态,并鉴定了TGF-β和GAS6-AXL信号通路作为潜在驱动因子 | 需要进一步实验探索和临床验证来确认这些发现 | 识别胸膜间皮瘤恶性细胞状态的候选驱动因子和预后生物标志物 | 胸膜间皮瘤患者组织样本 | 数字病理学 | 胸膜间皮瘤 | 单细胞RNA测序, 外显子组测序, RNA测序, 光学基因组图谱, 空间转录组学, 组织学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 外显子组数据, RNA测序数据, 空间转录组数据, 组织学图像 | 来自40名患者的93个样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 364 | 2026-04-11 |
LINC01116, a hypoxia-lncRNA marker of pathological lymphangiogenesis and poor prognosis in lung adenocarcinoma
2026-Apr, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.70175
PMID:41367062
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研究论文 | 本研究识别了LINC01116作为肺腺癌中缺氧诱导的长链非编码RNA,与不良预后和病理性淋巴管生成相关 | 首次将LINC01116确立为肺腺癌中缺氧微环境下的特异性淋巴管内皮细胞生物标志物,并揭示其在病理性淋巴管生成中的作用 | 在肿瘤细胞系中未发现LINC01116的明确调控作用,其具体分子机制仍需进一步探索 | 探究LINC01116在肺腺癌缺氧微环境及淋巴管生成中的功能与临床意义 | 肺腺癌患者队列、肺腺癌细胞系、淋巴管内皮细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、RNA荧光原位杂交、CRISPRi、RNA干扰 | NA | 转录组数据、单细胞RNA测序数据、图像数据 | 肺腺癌患者队列(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 365 | 2026-04-11 |
Immune involvement in neuropsychiatric disorders: Insights from single-cell transcriptomic studies
2026-Apr, Psychiatry and clinical neurosciences
IF:5.0Q1
DOI:10.1111/pcn.70018
PMID:41454738
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学在神经精神疾病中免疫相关机制研究中的应用与发现 | 整合单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单核RNA测序(snRNA-seq)技术,克服批量RNA测序的平均化效应,揭示神经精神疾病中细胞类型特异性免疫改变 | 单细胞转录组学方法仍面临技术挑战,如细胞捕获效率、数据解析复杂性以及样本处理偏差 | 探讨免疫系统在神经精神疾病中的作用机制,并整合批量与单细胞转录组学方法以弥补研究空白 | 精神疾病(如精神分裂症、双相情感障碍、重度抑郁症、自闭症谱系障碍、注意力缺陷多动障碍)和神经系统疾病(如阿尔茨海默病、帕金森病、路易体痴呆、多发性硬化症、抗NMDA受体脑炎) | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),单核RNA测序(snRNA-seq),批量RNA测序(bulk RNA-seq) | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,单核RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 366 | 2026-04-11 |
Neuronal phenotypic alterations and the therapeutic potential of Anxa2 in traumatic brain injury recovery
2026-Apr, Brain research bulletin
IF:3.5Q2
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研究论文 | 本研究探讨了创伤性脑损伤(TBI)后神经元表型变化及其对恢复的影响,并发现Anxa2基因在TBI恢复中具有积极作用 | 通过单细胞RNA测序识别TBI后神经元表型变化,并首次验证Anxa2在TBI恢复中的治疗潜力 | 研究基于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类;分子对接分析仅为预测性,需实验验证 | 探索TBI后神经元表型变化对恢复的影响,并评估Anxa2作为治疗靶点的潜力 | 小鼠皮质组织中的神经元 | 数字病理学 | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,分子对接分析 | NA | RNA测序数据 | 公开可用的GEO数据库中的小鼠皮质组织数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 367 | 2026-04-11 |
Liver sinusoidal endothelial TGF-β signaling accelerates partial endothelial-mesenchymal transition and MASH through Notch
2026-Apr, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2026.101784
PMID:41861675
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研究论文 | 本研究揭示了肝窦内皮细胞(LSECs)中TGF-β/Notch信号轴通过诱导部分内皮-间质转化(EndMT)驱动代谢功能障碍相关脂肪性肝炎(MASH)进展的机制 | 发现了MASH中由LSECs通过TGF-β驱动的部分EndMT产生的新型双表型细胞群,并阐明了TGF-β/Notch串扰在其中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,未来需要在MASH患者队列中进行验证,并开发LSEC特异性递送系统 | 探究LSECs在MASH进展中的具体作用及其功能障碍的分子机制 | 肝窦内皮细胞(LSECs)、人脐静脉内皮细胞(HUVECs)、转基因小鼠模型 | 单细胞组学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎(MASH) | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠:每条件3-10只;原代LSECs:每条件3-6只;HUVECs用于体外实验 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 368 | 2026-04-11 |
Single-cell transcriptome profiling reveals herpesviral manipulation of host processes in spleen of gibel carp infected with a Cyvirus cyprinidallo2
2026-Apr, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1014114
PMID:41926453
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,揭示了疱疹病毒在感染银鲫脾脏中如何操纵宿主细胞过程,并导致疾病发生 | 首次在银鲫中应用单细胞RNA测序技术解析疱疹病毒与宿主的相互作用,识别了巨噬细胞和壁细胞作为主要病毒易感细胞,并发现了病毒诱导的宿主细胞过程广泛抑制及免疫调节因子上调 | 研究仅聚焦于脾脏组织,可能未全面反映病毒在其他器官中的感染机制;功能验证部分可能有限,需进一步实验确认 | 解析疱疹病毒(Cavirus cyprinidallo2)与宿主银鲫的相互作用机制,以了解病毒如何操纵宿主细胞并导致疾病 | 感染疱疹病毒的银鲫脾脏组织 | 单细胞转录组学 | 疱疹病毒性造血坏死伴急性鳃出血 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量,但基于感染鱼脾脏组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 369 | 2026-04-11 |
Aggressive prostate cancer is associated with pericyte dysfunction
2026-Apr, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.70135
PMID:41117203
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研究论文 | 本文通过计算和实验方法揭示了前列腺癌中周细胞功能障碍的分子机制及其与肿瘤血管异常的关系 | 挑战了传统上认为肿瘤中周细胞数量减少的范式,转而强调其功能障碍,并发现TGF-β信号通路在此过程中的关键作用 | 研究主要基于人类前列腺癌样本和小鼠模型,可能未完全覆盖所有癌症类型或临床异质性 | 探究前列腺癌中周细胞在肿瘤血管生成和进展中的分子重编程机制 | 人类前列腺癌组织和小鼠模型中的周细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 人类前列腺癌样本和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 370 | 2026-04-11 |
Pleural Mesothelioma-A Novel Uncommitted Molecular Phenotype Identified by Multiomics, Histologic, and scRNA-Seq Profiling
2026-Apr, Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer
IF:21.0Q1
DOI:10.1016/j.jtho.2026.103562
PMID:41956634
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 371 | 2026-04-11 |
Quantifying stability via count splitting to guide model selection in RNA velocity analyses
2026-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.23.625009
PMID:41959044
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研究论文 | 本文提出了一种基于负二项计数分裂的新框架,用于评估RNA速度预测的稳定性,并通过复制一致性指标指导模型选择 | 首次引入负二项计数分裂生成独立数据副本,并定义复制一致性指标来量化RNA速度方法的稳定性和不确定性 | 未明确讨论计算复杂度或在大规模数据集上的可扩展性限制 | 开发一个通用框架来评估和比较不同RNA速度方法的预测稳定性 | 小鼠红细胞、胰腺以及人类大脑发育的单细胞RNA测序数据 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 372 | 2026-04-11 |
Transcriptome-based cell type assignment for kidney cell culture models
2026-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.30.715265
PMID:41959092
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研究论文 | 本文开发了一种基于转录组的方法,通过将肾脏细胞系、原代细胞或组织的批量RNA-seq数据与单细胞RNA-seq数据集衍生的参考细胞类型进行匹配,以评估细胞系与其原生细胞类型的相似性 | 结合批量RNA-seq与单细胞参考数据集,利用基因表达秩相关和机器学习方法(如TabPFN)系统评估细胞系身份,并提供了两种互补的实现工具 | 方法主要依赖于转录组数据,可能未考虑表观遗传或蛋白质水平差异;验证策略虽全面,但可能受参考数据集质量和覆盖范围限制 | 开发并验证一种转录组学方法,以评估肾脏细胞系是否在基因表达上类似于其原生细胞类型,从而辅助细胞培养模型的选择和解释 | 人类和小鼠肾脏细胞系、原代细胞、微分离肾脏组织以及非肾脏阴性对照 | 生物信息学 | 肾脏疾病 | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq (scRNA-seq) | Random Forest, XGBoost, TabPFN | 转录组数据 | 涉及两个人类和两个小鼠肾脏scRNA-seq数据集,以及多个肾脏细胞系和对照样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 373 | 2026-04-11 |
STAPLE: automating spatial transcriptomics analysis and AI interpretation
2026-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.30.715127
PMID:41959373
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研究论文 | STAPLE是一个自动化空间转录组学分析和AI解释的模块化框架 | 将细胞分型、邻域分析和细胞间通信等工具整合为统一框架,并引入AI驱动的报告层自动合成生物学发现摘要 | NA | 解决空间转录组学工作流中工具碎片化问题,提升分析的可扩展性、可解释性和可重复性 | 空间转录组学数据分析流程 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | AI(未指定具体模型) | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 374 | 2026-04-11 |
LAML-Pro: Joint Maximum Likelihood Inference of Cell Genotypes and Cell Lineage Trees
2026-Mar-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.27.714879
PMID:41959070
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研究论文 | 本文介绍了一种名为LAML-Pro的算法,用于联合推断细胞基因型和细胞谱系树,以解决现有方法中基因型错误导致谱系树不准确的问题 | LAML-Pro首次通过概率混合类型缺失观测模型联合推断细胞基因型和谱系树,能有效纠正基因型错误并提高谱系树准确性 | 方法主要基于模拟数据和两种成像谱系追踪系统验证,在其他技术平台或更大规模数据中的应用效果尚需进一步评估 | 开发一种能联合推断细胞基因型和细胞谱系树的算法,以提高动态谱系追踪技术的准确性 | 单细胞测序或成像数据中的细胞基因型和谱系树 | 机器学习 | NA | 单细胞测序,成像 | 概率混合类型缺失观测模型 | 测序数据,成像数据 | 数千个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq,成像 | NA | NA |
| 375 | 2026-04-11 |
Intercellular communication is a heritable dimension of human tissue architecture
2026-Mar-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.29.715138
PMID:41959167
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研究论文 | 本研究引入EdgeMap方法,通过整合空间转录组学和GWAS摘要统计数据,将性状遗传力分解为细胞内在和细胞间成分,并解析细胞间信号到特定配体-受体通道 | 首次提出EdgeMap方法,能够测试遗传效应是否集中在细胞间的分子界面上,并识别出标准基因级优先排序中缺失的细胞间通信基因 | 仅分析了17个性状和五种人类组织,可能未覆盖所有相关疾病或组织类型 | 研究遗传风险如何映射到细胞间通信,以识别疾病相关组织和细胞类型 | 人类组织中的细胞间通信和遗传性状 | 空间转录组学 | 双相情感障碍、心血管疾病、肝脏疾病 | 空间转录组学、GWAS摘要统计 | NA | 空间转录组数据、GWAS摘要统计数据 | 五种人类组织,具体样本数量未明确 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium HD | 细胞分割的Visium HD平台 |
| 376 | 2026-04-11 |
The Human Male Mammary Gland has Similar Epithelial Populations to Female but Distinct Composition and Transcriptional Properties
2026-Mar-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.27.714915
PMID:41959192
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序构建了成人乳腺的综合图谱,首次揭示了正常男性乳腺在单细胞分辨率下的细胞组成和转录特征 | 首次构建了成人男性乳腺的单细胞转录组图谱,系统比较了男女性乳腺上皮细胞群的异同,并发现男性乳腺具有独特的转录特征和信号通路活性 | 样本量相对较小(仅3名男性捐赠者),且未涉及疾病状态或年龄变化的纵向分析 | 阐明正常男性乳腺的细胞组成和转录特性,为理解男性乳腺癌生物学提供基础 | 成人人类乳腺组织(来自17名捐赠者,其中3名男性,14名女性) | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 174,471个细胞来自17名捐赠者(3男14女),其中18,117个细胞来自男性 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 377 | 2026-04-11 |
Hapln1-HA signaling promotes progenitor cell proliferation and spinal cord regeneration
2026-Mar-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.28.714985
PMID:41959443
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研究论文 | 本研究通过跨物种单细胞转录组学揭示了透明质酸修饰酶Hapln1在斑马鱼脊髓损伤后上调,并通过促进祖细胞增殖来增强脊髓再生能力 | 首次发现斑马鱼利用促再生ECM分子Hapln1增强祖细胞效能,区别于哺乳动物中抗再生ECM成分的主导作用 | 研究主要基于斑马鱼模型,在哺乳动物中的直接应用仍需进一步验证 | 探究细胞外基质在脊髓自发修复中的积极作用机制 | 成年斑马鱼脊髓损伤后的祖细胞 | 单细胞转录组学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 378 | 2026-04-11 |
High-dimensional multiomics reveals perturbations to IL-6/IL-6R axis and RUNX3 in CD4+ T cells during third trimester pregnancy
2026-Mar-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.26.711478
PMID:41959409
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研究论文 | 本研究通过高维多组学分析揭示了妊娠晚期CD4+ T细胞中IL-6/IL-6R轴和RUNX3的扰动 | 结合流式细胞术表面蛋白筛查和单细胞RNA测序(CITE-seq)技术,全面分析了妊娠期CD4+ T细胞的表面蛋白质组和转录组变化,并发现了IL-6/IL-6R信号轴及转录因子RUNX3在妊娠适应性中的新作用 | 研究样本仅包括足月妊娠(>37周)和非妊娠对照,未涵盖妊娠早期或中期,且样本量未明确说明,可能限制结果的普遍性 | 旨在理解妊娠期间CD4+ T细胞的表面蛋白质组和转录组变化,以揭示其在免疫调节和胎盘发育中的机制 | CD4+ T细胞,来源于足月妊娠(>37周)的血液和蜕膜组织,以及非妊娠血液对照 | 免疫学 | 妊娠并发症(如子痫前期、胎儿生长受限和死产) | 流式细胞术、单细胞RNA测序(CITE-seq) | NA | 表面蛋白数据、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | CITE-seq(使用超过130个条形码抗体) |
| 379 | 2026-04-11 |
CosMxScope: Scalable Reconstruction and Digital Pathology Integration of Imaging-Based Spatial Transcriptomics Data
2026-Mar-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.25.713520
PMID:41959506
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研究论文 | 本文介绍了一个名为CosMxScope的轻量级开源Python框架,用于整合成像空间转录组学数据与数字病理学工具 | 开发了CosMxScope框架,首次将CosMx空间分子成像仪的输出数据(如FOV图像块、亚细胞转录坐标和细胞分割多边形)与数字病理学可视化环境(如QuPath)无缝桥接,实现了空间转录组数据的可扩展重建和交互式探索 | 框架目前主要针对CosMx平台,可能不直接兼容其他空间转录组学技术;且依赖于特定软件环境(如QuPath)进行进一步评估 | 旨在解决CosMx空间转录组学数据与广泛使用的数字病理学工具之间的兼容性问题,促进空间数据的可视化与分析 | 人类和小鼠组织的CosMx空间多模态组学分析数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像、空间坐标 | 涉及多个进行中的研究项目,具体样本数量未明确说明 | NA | 空间转录组学 | CosMx Spatial Molecular Imager | CosMx空间分子成像仪,用于单细胞空间多模态组学分析,能够测量全玻片切片中每个细胞的数千个RNA或蛋白质靶标 |
| 380 | 2026-04-11 |
Oligodendrocyte precursor cells-microglia crosstalk via BMP4 drives microglial neuroprotective response and mitigates Alzheimer's disease
2026-Mar-25, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-026-02620-9
PMID:41881962
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研究论文 | 本文揭示了少突胶质前体细胞通过分泌BMP4与微胶质细胞进行交流,从而驱动微胶质细胞的神经保护反应并减轻阿尔茨海默病病理 | 首次发现晚期少突胶质前体细胞(COPs)分泌的BMP4是调控微胶质细胞神经保护程序的关键信号,并阐明了其通过Smad1/5/8-Trem2通路直接调控疾病相关微胶质细胞(DAM)基因表达的分子机制 | 研究主要在5xFAD转基因小鼠模型中进行,其在人类阿尔茨海默病中的普适性及临床转化潜力有待进一步验证 | 探究少突胶质前体细胞与中枢神经系统免疫系统(特别是微胶质细胞)在阿尔茨海默病病理中的细胞间通讯机制 | 5xFAD转基因阿尔茨海默病小鼠模型、少突胶质前体细胞(OPCs/COPs)、微胶质细胞 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序、基因敲除、腺相关病毒(AAV)介导的基因递送、免疫荧光染色 | NA | 基因表达数据、组织病理学图像 | 5xFAD转基因小鼠及对照小鼠(具体数量未在摘要中明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |