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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 361 | 2026-05-17 |
Corrigendum to 'Multiomic, Histologic, and scRNA-seq Profiling of Pleural Mesothelioma Reveals Negative Prognosis Associated With a Novel Uncommitted Molecular Phenotype' [Journal of Thoracic Oncology Volume 21 Issue 4 (2026) 103529]
2026-May-15, Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer
IF:21.0Q1
DOI:10.1016/j.jtho.2026.103915
PMID:42138664
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 362 | 2026-05-17 |
Fibrosis as the Engine of Kidney Functional Decline: Donald W. Seldin Young Investigator Award Lecture
2026-May-15, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000001154
PMID:42138991
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综述 | 本文总结了肾小管间质纤维化作为慢性肾病进展关键驱动因素的机制,并讨论了单细胞转录组学、空间转录组学及肾脏类器官技术如何加速抗纤维化药物开发 | 系统整合了高分辨率转录组学与人类多能干细胞衍生的肾脏类器官模型,阐述了它们在验证抗纤维化靶点中的协同作用 | 未提供具体定量数据或荟萃分析结果,对新兴技术(如空间转录组学)的局限性讨论较少 | 阐明肾纤维化机制并探索加速抗纤维化药物发现的技术路径 | 肾小管上皮细胞、肌成纤维细胞、周细胞、细胞外基质及微血管系统 | 数字病理学 | 慢性肾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、类器官培养、NA | NA | 转录组数据、组织图像 | NA | 10x Genomics, NA, NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学、NA | 10x Chromium, 10x Visium, NA | 10x Chromium单细胞3'端测序, 10x Visium空间转录组学, NA |
| 363 | 2026-05-17 |
Cooperative response loops enhanced by histamine signaling during tumor-neutrophil crosstalk in pleural mesothelioma
2026-May-14, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117361
PMID:42139053
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 364 | 2026-05-17 |
Balancing off-target and on-target considerations for optimized CRISPR-Cas9 knockout library design
2026-May-13, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2026.101190
PMID:41887225
|
研究论文 | 提出一种平衡脱靶与靶向效应的CRISPR-Cas9敲除文库优化设计策略,构建并验证了Jacquere和Julianna文库 | 首次提出同时权衡脱靶活性与靶向效率的筛选策略,避免过度排除高效靶向gRNA,并创建了更新的人源和鼠源全基因组敲除文库 | 未提及具体验证实验的局限性或可能存在的偏差 | 优化CRISPR-Cas9敲除文库设计,平衡脱靶与靶向效应,支持高通量功能基因组筛选 | 人类和小鼠基因组中的gRNA设计 | 机器学习 | NA | CRISPR-Cas9 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 365 | 2026-05-17 |
Comparison between a conventional tool and deep learning models for RNA velocity analysis of scRNA-Seq data
2026-May-13, Molecular genetics and genomics : MGG
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00438-026-02429-9
PMID:42126634
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研究论文 | 系统比较经典RNA速度分析工具scVelo与多种深度学习方法(如DeepVelo、VeloVI等)在单细胞RNA测序数据上的性能 | 首次全面评估基于变分自编码器的深度学习方法在RNA速度分析中的优势,包括方向一致性和轨迹连续性 | 深度学习方法计算需求高且依赖准确的剪接定量 | 评估深度学习RNA速度工具相比经典动力学模型的性能优势 | 公开单细胞RNA测序数据集(GSE149689和GSE203233) | 机器学习 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | 变分自编码器 | 基因表达数据 | 两个公开数据集(GSE149689和GSE203233) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 366 | 2026-05-17 |
Dissecting and steering cell dynamics using spatially-informed RNA velocity with veloAgent
2026-May-06, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.1038/s44320-026-00213-w
PMID:42092184
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研究论文 | 提出veloAgent框架,利用空间信息增强RNA速度推断,实现大规模空间转录组数据的细胞动态分析 | 首次整合空间信息到RNA速度推断中,通过基于智能体的模拟整合局部微环境;引入原位扰动模块实现细胞命运调控的模拟预测;实现亚线性内存扩展支持大规模数据集高效分析 | 未提及实际应用验证或与其他方法在多个数据集上的全面基准测试结果 | 开发可扩展的框架以解析空间解析的细胞动态并指导细胞命运操控 | 单细胞转录组中剪接和未剪接mRNA数据以及空间转录组数据 | 计算生物学 | NA | RNA-seq | 生成模型, 智能体模型 | 转录组数据, 空间数据 | 大规模多批次空间数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 367 | 2026-05-17 |
Cardiomyocyte-Specific Plakophilin-2 Loss Is Sufficient to Induce Aging and Senescence of Nonmyocytes: Relevance to Arrhythmogenic Cardiomyopathy
2026-May-05, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.125.047447
PMID:42047205
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研究论文 | 仅心肌细胞特异性缺失PKP2足以诱发非心肌细胞的衰老与早衰,与致心律失常性心肌病的相关性研究 | 首次将细胞衰老和早衰与桥粒致心律失常性心肌病联系起来 | 未明确说明 | 验证仅心肌细胞中的PKP2缺失是否足以诱发非心肌细胞的过早衰老和促炎性衰老 | 心肌细胞特异性PKP2条件性敲除小鼠 | 分子生物学 | 致心律失常性心肌病 | 空间转录组学、多重成像、表观遗传钟、扩张显微镜、结构化照明显微镜、细胞因子阵列 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 影像数据、转录组数据、蛋白质组数据 | 小鼠(具体数量未提及) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 368 | 2026-05-17 |
Guidelines for evaluating endothelial function in vascular tissue
2026-05-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology
DOI:10.1152/ajpheart.00656.2025
PMID:41801061
|
指南 | 提供评估血管组织内皮功能的指南,整合传统功能测定与现代分子方法 | 该指南由领域专家共识制定,首次将传统的功能性测定(如线肌电图、压力肌电图)与现代分子方法(如批量及单细胞转录组学、蛋白质组学和先进成像技术)相结合,建立评估内皮功能的最佳实践,旨在提高方法的严谨性和可重复性 | 未提及具体限制 | 制定评估血管组织内皮功能的标准化指南,以增强内皮生物学研究的严谨性、可重复性和理解 | 血管组织中的内皮细胞及内皮功能 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 369 | 2026-05-17 |
Single-cell analysis of signalling and transcriptional responses to type I interferons
2026-May, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-026-00750-3
PMID:41896367
|
研究论文 | 通过质谱流式技术和RNA测序分析I型干扰素在免疫细胞中的信号传导与转录反应 | 首次在多种原代免疫细胞中比较不同I型干扰素亚型的信号和转录反应,并发现细胞类型特异性的STAT磷酸化变化和基因表达模式 | 未发现不同I型干扰素亚型诱导的定性差异,且研究仅限于体外刺激系统 | 探究不同I型干扰素是否诱导不同的细胞反应 | 人外周血单个核细胞(PBMCs) | 细胞生物学, 免疫学 | 抗病毒免疫, 自身炎症, 肿瘤免疫 | 质谱流式细胞术, RNA测序(bulk和单细胞RNA-seq) | NA | 蛋白质磷酸化数据, 基因表达数据 | 人外周血单个核细胞 | NA | 质谱流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 370 | 2026-05-17 |
Chikungunya virus persists in joint-associated macrophages and promotes chronic disease in mice
2026-May, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-026-02303-9
PMID:41922840
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序、空间转录组学和流式细胞术,探究甲病毒感染小鼠关节相关组织中巨噬细胞持续携带基孔肯雅病毒RNA并促进慢性疾病的机制 | 首次通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示慢性期关节相关组织中巨噬细胞持续携带病毒RNA并参与炎症维持,且CD4 T细胞通过MHC II表达调控巨噬细胞炎症反应 | 研究仅基于小鼠模型,未验证人类样本;未明确巨噬细胞中病毒持续复制的具体分子机制 | 阐明甲病毒(如基孔肯雅病毒)在慢性期通过巨噬细胞持续复制引发关节炎症的机制 | 甲病毒感染小鼠的关节相关组织 | 机器学习 | 甲病毒相关慢性关节疾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、流式细胞术 | NA | 基因表达数据、空间表达数据 | 甲病毒感染小鼠(具体数量未在摘要中说明) | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 371 | 2026-05-17 |
Therapy-driven clonal dynamics in chronic lymphocytic leukemia
2026-May, Seminars in cancer biology
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.semcancer.2026.04.001
PMID:42002058
|
综述 | 综述了慢性淋巴细胞白血病中治疗驱动的克隆动态变化及耐药机制 | 聚焦于靶向治疗时代下CLL克隆演变的新机制,如BTK和PLCG2突变,并整合单细胞测序和多组学等新兴技术视角 | 未提供原始实验数据,主要基于已发表文献的总结,缺乏前瞻性临床验证 | 总结CLL中克隆进化与耐药机制的最新认知,并展望未来研究方向 | 慢性淋巴细胞白血病患者的克隆进化与治疗耐药 | 机器学习 | 慢性淋巴细胞白血病 | NA | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞测序, 整合多组学 | NA | NA |
| 372 | 2026-05-05 |
Blockade of Tumor TAK1 Induces DNA Damage and Immunogenic cGAS-STING Pathway Activation in Pancreatic Cancer
2026-May-01, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2026.04.017
PMID:42070691
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研究论文 | 本研究揭示了肿瘤TAK1在胰腺癌中维持基因组完整性的关键作用,阻断TAK1可诱导DNA损伤和cGAS-STING通路激活,从而增强免疫检查点阻断疗效 | 首次发现TAK1通过磷酸化EphA2和RAD51维持DNA损伤修复,阻断TAK1能将免疫‘冷’肿瘤微环境转变为‘热’肿瘤微环境 | NA | 探索胰腺导管腺癌中TAK1作为治疗靶点以逆转免疫抑制性肿瘤微环境 | 人类胰腺癌样本、基因工程小鼠模型、肿瘤与T细胞共培养体系 | 机器学习 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、多重免疫组化、流式细胞术、蛋白质组学 | NA | 图像、文本 | 人类胰腺癌样本(未提供具体数量)及基因工程小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'基因表达分析 |
| 373 | 2026-05-17 |
Spatial transcriptomics maps host-gut microbiome biogeography at high resolution
2026-May, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-026-02286-7
PMID:41792309
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研究论文 | 该研究开发了一种高分辨率空间转录组学方法,用于绘制宿主-肠道微生物组生物地理学图谱 | 通过酶促原位多聚腺苷酸化结合空间RNA测序,提高了细菌RNA回收率,实现了对低丰度和空间受限微生物类群的转录组分析,首次在亚微米分辨率下研究肠道微生物组的空间组织 | 文章中未明确提及局限性 | 开发一种在肠道中以高分辨率广泛空间采样微生物组-宿主相互作用的方法 | 小鼠肠道微生物组及宿主组织 | 数字病理学 | 肠道肿瘤 | 空间RNA测序、酶促原位多聚腺苷酸化 | NA | 空间转录组数据 | 小鼠肠道肿瘤模型样品 | Illumina | 空间转录组学 | 空间RNA测序平台 | 采用商业空间RNA测序平台进行高分辨率(1 µm)分析 |
| 374 | 2026-05-17 |
RELB Overexpression Induced by DNA Hypomethylation Contributes to Perioperative Immunotherapy Resistance in Resectable Esophageal Squamous Cell Carcinoma by Modulating the mregDC-Treg Axis
2026-May, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.71863
PMID:42130013
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研究论文 | DNA低甲基化诱导的RELB过表达通过调节mregDC-Treg轴导致可切除食管鳞癌围手术期免疫治疗耐药 | 首次发现RELB通过mregDC-Treg轴介导食管鳞癌围手术期免疫治疗耐药,并揭示DNA低甲基化是其过表达的调控机制 | NA | 识别可切除食管鳞癌围手术期免疫治疗疗效的预测生物标志物,并阐明非应答者治疗耐药的机制 | 可切除食管鳞癌患者组织样本及Eca109和KYSE450细胞系 | 数字病理学 | 食管癌 | 亚硫酸盐测序、甲基化特异性PCR、单细胞RNA测序、批量RNA测序、三重免疫荧光染色 | NA | 组织样本、单细胞转录组数据、批量转录组数据 | 59例接受围手术期免疫治疗的食管鳞癌患者组织样本,以及组织微阵列样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 375 | 2026-05-17 |
osr1 as a Novel Marker for ICC-Like Cells Development in Zebrafish
2026-May, Cell biology international
IF:3.3Q3
DOI:10.1002/cbin.70162
PMID:42132003
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析发现osr1作为ICC样细胞的新型标志基因,并在斑马鱼中验证其对肠道发育的关键作用 | 首次发现osr1是ICC样细胞的新型标志基因,并揭示其通过调控yap1影响肠道发育的机制 | 未提及具体局限性 | 探究osr1在肠道发育和疾病中的功能 | 人类和斑马鱼的肠道组织及ICC样细胞 | 数字病理学 | 肠道疾病 | 单细胞转录组测序、转基因技术 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类IBD患者活检组织和斑马鱼样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 376 | 2026-05-17 |
scHilda: Hierarchical Integration of LLM with KG database for single cell type annotation
2026-May, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014291
PMID:42113882
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研究论文 | 提出scHilda框架,将大型语言模型与知识图谱分层集成,用于单细胞RNA测序数据的细胞类型注释 | 提出层次化仲裁注释策略,先识别主要细胞谱系再动态检索子图领域信息以精确解析细胞亚型,有效约束LLM决策空间、降低幻觉风险并减轻知识库缺陷导致的误导 | 未提及具体限制,但依赖外部知识库质量且仅验证于基准数据集 | 开发一种集成外部知识图谱与大型语言模型的鲁棒框架,提升单细胞注释的准确性、可解释性和泛化能力 | 单细胞RNA测序中的细胞类型注释任务 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 大型语言模型(LLM) | 基因表达数据 | 多个基准数据集,具体样本量未说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 377 | 2026-05-17 |
Single-Cell Sequencing Analysis Reveals Dysregulated Energy Metabolism and Altered Synaptic Connectivity in the Mouse Retina Following Dark Rearing
2026-May-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.67.5.35
PMID:42138518
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示暗饲养小鼠视网膜中能量代谢失调及突触连接改变 | 首次在单细胞分辨率下揭示暗饲养小鼠视网膜中能量代谢失调及突触重塑,并发现Müller胶质细胞来源的DIO2作为关键的补偿机制 | 未提及 | 解析视觉剥夺下视网膜各细胞类型的转录变化及其对视觉功能和结构的影响 | 暗饲养和正常饲养的C57BL/6J小鼠视网膜 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠视网膜样本(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 378 | 2026-05-17 |
Stromal NNMT overexpression as an independent prognostic biomarker in lung adenocarcinoma and breast carcinoma
2026-Apr-09, Carcinogenesis
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/carcin/bgag020
PMID:41913584
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研究论文 | 研究了烟酰胺N-甲基转移酶在泛癌基质中的表达谱及其预后意义,并在肺腺癌和乳腺癌中进行了验证 | 首次揭示基质NNMT过表达作为肺腺癌和乳腺癌的独立预后生物标志物,并利用单细胞RNA测序和多个数据库进行多层面验证 | 数据主要来自公共数据库,独立临床队列样本量可能有限,未深入探讨NNMT的分子机制 | 探究基质NNMT在多种癌症中的表达模式及其对肺腺癌和乳腺癌患者的预后价值 | 肺腺癌和乳腺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌, 乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 定量免疫组织化学 | Cox回归模型 | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 组织样本图像 | 多个公共数据库和独立临床队列 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 379 | 2026-05-17 |
Generation of biologically responsive colon-like intestinal tissue patches from human induced pluripotent stem cells using a rapid co-differentiation platform
2026-Apr-09, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-026-05006-4
PMID:41957847
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研究论文 | 利用人诱导多能干细胞快速共分化平台,生成具有生物学响应性的结肠样肠道组织补片 | 开发了一种新型早期人诱导多能干细胞共分化平台,能在8天内生成多种肠道细胞谱系(上皮、间质和内皮),该方法无血清、动物产品使用大幅减少,且能形成结肠样肠道组织补片 | 仍处于早期阶段 | 开发一种可移植的肠道黏膜组织移植物,用于促进肠道损伤愈合 | 人诱导多能干细胞 | 数字病理学 | 肠道疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | RNA测序数据 | 多个hiPSC细胞系,并在独立中心重复 | NA | 单细胞RNA-seq, 大量RNA-seq | NA | NA |
| 380 | 2026-05-17 |
A zero-inflated hierarchical generalized transformation model to address non-normality in spatially-informed cell-type deconvolution
2026-Apr-09, Biometrics
IF:1.4Q2
DOI:10.1093/biomtc/ujag055
PMID:41994891
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研究论文 | 提出一种零膨胀分层广义变换模型,用于解决空间转录组学中细胞类型解卷积的非正态性问题,并在口腔鳞状细胞癌数据上验证其优越性能 | 首次将零膨胀分层广义变换模型应用于条件自回归解卷积框架,解决口腔鳞状细胞癌空间转录组数据的高度零膨胀问题,提高细胞类型解卷积的准确性并量化不确定性 | 未提及具体局限性 | 改进空间转录组学中细胞类型解卷积方法,处理数据非正态性和高度零膨胀问题 | 口腔鳞状细胞癌肿瘤微环境中的细胞类型解卷积 | 机器学习 | 口腔癌 | 空间转录组学 | 零膨胀分层广义变换模型、条件自回归模型 | 空间转录组数据 | 口腔鳞状细胞癌样本(具体数量未提及) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |