单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2025-05-09	Integrating bulk RNA-seq and scRNA-seq data to explore diverse cell death patterns and develop a programmed cell death-related relapse prediction model in pediatric B-ALL 2025-Feb-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86148-y PMID:39955305	研究论文	通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，探索儿童B-ALL中多样化的细胞死亡模式，并开发了一个与程序性细胞死亡相关的复发预测模型	识别了与复发相关的PCD模式，构建了包含七个关键PCD相关基因的复发预测模型，并验证了CDI模型在多个队列中的预测能力	研究主要基于RNA-seq数据，可能未涵盖所有潜在的PCD机制	探索儿童B-ALL中程序性细胞死亡（PCD）模式的多样性，并开发复发预测模型	儿童B-ALL患者	数字病理学	B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）	bulk RNA-seq, scRNA-seq	Cox回归分析, CDI模型	RNA-seq数据	多个队列的儿童B-ALL患者数据
362	2025-05-09	Single-cell RNA sequencing identifies molecular biomarkers predicting late progression to CDK4/6 inhibition in patients with HR+/HER2- metastatic breast cancer 2025-Feb-15, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02226-9 PMID:39955556	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，识别预测HR+/HER2-转移性乳腺癌患者对CDK4/6抑制剂治疗晚期进展的分子生物标志物	首次在单细胞水平上揭示了CDK4/6抑制剂治疗响应与抵抗的分子特征，并鉴定了预测性生物标志物	样本来源局限于特定转移部位（肝、胸膜积液、腹水、骨），且样本量有限	探索预测HR+/HER2-转移性乳腺癌患者对CDK4/6抑制剂治疗反应的分子标志物	HR+/HER2-转移性乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	来自HR+/HER2-转移性乳腺癌患者的转移性肿瘤样本（包括基线样本和疾病进展样本）
363	2025-05-09	Deconvolution and inference of spatial communication through optimization algorithm for spatial transcriptomics 2025-Feb-14, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07625-8 PMID:39948133	研究论文	提出了一种结合单细胞RNA测序信息和细胞间通讯的空间转录组学反卷积方法NODE	NODE方法结合了单细胞RNA测序数据和细胞间空间通讯信息，通过优化算法减少过拟合情况，并能推断空间通讯	未明确提及方法的计算复杂度或在大规模数据集上的适用性	开发能利用空间信息和细胞间通讯的空间转录组学反卷积算法	空间转录组学数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间转录组学	非负最小二乘优化算法	基因表达数据	四个数据集（未明确具体样本数量）
364	2025-05-09	Cryoablation-induced modulation of Treg cells and the TGF-β pathway in lung adenocarcinoma: implications for increased antitumor immunity 2025-Feb-14, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-025-03926-1 PMID:39948553	research paper	本研究探讨了冷冻消融对肺腺癌局部免疫微环境中调节性T细胞（Tregs）和TGF-β通路的影响，揭示了其通过抑制Tregs和激活抗肿瘤免疫的机制	首次通过单细胞测序和体内外实验验证冷冻消融通过TGF-β通路抑制Tregs并激活抗肿瘤免疫的新机制	研究样本量有限，且未涉及长期随访数据	探索冷冻消融对肺腺癌免疫微环境的调控机制及其对抗肿瘤免疫的影响	肺腺癌患者和小鼠模型	肿瘤免疫学	肺腺癌	单细胞RNA测序、bulk RNA-seq、细胞冷冻消融和小鼠皮下肿瘤移植模型	小鼠皮下肿瘤移植模型	RNA测序数据、免疫细胞分析数据	未明确说明患者数量，涉及小鼠模型
365	2025-05-09	Interpretable AI for inference of causal molecular relationships from omics data 2025-Feb-14, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adk0837 PMID:39951525	研究论文	本文提出了一种可解释的人工智能方法CIMLA，用于从组学数据中推断因果分子关系	在特定假设下，证明了流行的特征归因模型可以估计反映变量间直接影响的因果量，并基于此提出了基因调控关系的精确定义	方法依赖于特定假设，且在真实生物系统中的验证仍需进一步研究	解决从高维数据中发现分子关系的生物信息学难题，特别是不同生物条件下基因调控网络的差异	基因调控网络和阿尔茨海默病的潜在调控因子	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	CIMLA（基于机器学习和归因模型的反事实推理）	组学数据	已发表的单细胞RNA测序数据集（包含患病和非患病受试者）
366	2025-05-09	Chronic exposure to glucocorticoids amplifies inhibitory neuron cell fate during human neurodevelopment in organoids 2025-Feb-14, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn8631 PMID:39951527	研究论文	研究糖皮质激素长期暴露对人类神经发育过程中抑制性神经元命运的影响	首次在非引导的人类神经类器官中，结合单细胞转录组学和染色质可及性数据，揭示了糖皮质激素长期暴露对神经元谱系特化的影响	研究仅基于体外类器官模型，未涉及完整生物体水平的验证	探究环境因素（糖皮质激素暴露）对人类神经发育的分子和细胞水平影响	人类神经类器官	神经发育生物学	自闭症	单细胞转录组学、染色质可及性分析	人类神经类器官模型	单细胞基因表达数据、表观遗传数据	NA
367	2025-05-09	Dissecting the role of CAR signaling architectures on T cell activation and persistence using pooled screens and single-cell sequencing 2025-Feb-14, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adp4008 PMID:39951542	研究论文	通过组合CAR信号域库、重复抗原刺激实验、池化筛选和单细胞测序，系统研究CAR信号结构对T细胞活化和持久性的影响	揭示了膜近端结构域在驱动T细胞表型中的主导作用，并发现CD40共刺激对培养强健和持久T细胞反应的关键作用	NA	理解CAR信号结构如何影响T细胞功能，以改进CAR T细胞治疗癌症的效果	CAR T细胞	生物医学工程	癌症	单细胞测序、池化筛选	NA	测序数据	NA
368	2025-05-09	Matrix mechano-sensing at the invasive front induces a cytoskeletal and transcriptional memory supporting metastasis 2025-Feb-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56299-7 PMID:39952917	research paper	研究探讨了细胞外基质（ECM）在肿瘤扩散中的作用，并识别了肿瘤体内、近端侵袭前沿和远端侵袭前沿三个区域的ECM组织特征	揭示了ECM组织在肿瘤侵袭和转移中的空间记忆机制，并发现了一种与多种肿瘤类型预后不良相关的机械炎症程序	研究主要基于体外模型和小鼠模型，人类样本的验证可能有限	探究ECM组织如何影响局部侵袭和远处转移	人类和小鼠肿瘤样本，以及体外培养的癌细胞	肿瘤生物学	肿瘤	空间转录组学	小鼠模型和体外模型	组织样本和转录组数据	人类和小鼠肿瘤样本，具体数量未明确说明
369	2025-05-09	Divergence in cellular markers observed in single-cell transcriptomics datasets between cultured primary trabecular meshwork cells and tissues 2025-Feb-14, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-04528-5 PMID:39952952	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序比较了原代人类小梁网细胞培养物与组织之间的细胞标志物差异	首次报道了原代人类小梁网细胞培养物与组织之间的单细胞RNA测序比较，为细胞身份和可转化性提供了重要见解	研究样本量相对较小，且仅包括1-4代的培养细胞	研究小梁网细胞在体外培养和体内组织中的基因表达差异	原代人类小梁网细胞培养物和小梁网组织	单细胞转录组学	青光眼	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	14个原代人类小梁网体外培养样本(包括4个青光眼患者样本)
370	2025-05-09	Single-cell analysis identifies Ifi27l2a as a gene regulator of microglial inflammation in the context of aging and stroke in mice 2025-Feb-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56847-1 PMID:39953063	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，识别出Ifi27l2a作为小鼠衰老和脑卒中背景下小胶质细胞炎症的关键调控基因	首次揭示了Ifi27l2a在神经退行性疾病中的潜在作用，特别是在衰老和缺血性脑卒中背景下对小胶质细胞炎症的调控机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限，且未深入探讨Ifi27l2a调控炎症的具体分子机制	探索缺血性脑卒中病理过程中炎症调控的关键分子及其机制	年轻和老年小鼠脑组织、人类尸检脑样本	神经科学	缺血性脑卒中	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、细胞培养、实验性脑卒中模型	小鼠脑卒中模型	RNA测序数据、组织样本	年轻和老年小鼠脑组织、人类尸检脑样本（具体数量未明确说明）
371	2025-05-09	B-cell signatures characterize the immune landscape and predict LUAD prognosis via the integration of scRNA-seq and bulk RNA-seq 2025-Feb-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-89213-8 PMID:39953119	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，揭示了B细胞在肺腺癌（LUAD）中的免疫景观特征及其对预后的预测作用	首次通过整合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据，识别B细胞相关差异表达基因（BRGs），并构建了一个预后风险模型，为LUAD患者的预后和免疫治疗提供了新视角	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本来源和数据质量的限制，且未进行实验验证	阐明B细胞在LUAD中的作用，并构建预后风险模型以预测患者生存和免疫治疗反应	肺腺癌（LUAD）患者及其B细胞特征	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq, bulk RNA-seq, UMAP, LASSO	prognostic risk model	RNA-seq data	来自GEO数据库的GSE164983、GSE50081、GSE37745和GSE30219数据集，以及TCGA数据库的TCGA-LUAD数据集
372	2025-05-09	An integrated multi-omics analysis identifies protein biomarkers and potential drug targets for psoriatic arthritis 2025-Feb-14, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07698-5 PMID:39953266	research paper	该研究通过多组学方法识别了银屑病关节炎的蛋白质生物标志物和潜在药物靶点	首次通过蛋白质组范围的孟德尔随机化分析揭示了与银屑病关节炎显著相关的七种血浆蛋白生物标志物，并评估了其作为药物靶点的潜力	研究结果需要进一步的实验验证和临床转化	识别银屑病关节炎的生物标志物和治疗靶点	银屑病关节炎患者	生物医学研究	银屑病关节炎	多组学分析、孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA-seq、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析、表型全基因组关联研究(PheWAS)	NA	蛋白质组数据、基因组数据、单细胞转录组数据	NA
373	2025-05-09	Role of CD4+ T cells in cancer immunity: a single-cell sequencing exploration of tumor microenvironment 2025-Feb-14, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06167-1 PMID:39953548	综述	本文通过单细胞测序技术探讨了CD4+ T细胞在肿瘤免疫微环境中的作用及其在肿瘤免疫治疗中的潜在应用	利用单细胞测序技术揭示了CD4+ T细胞在肿瘤微环境中的表型多样性和功能特异性，为肿瘤免疫治疗提供了新的靶点和策略	未提及具体实验样本量或研究对象的局限性	探讨CD4+ T细胞在肿瘤免疫微环境中的作用及其在肿瘤免疫治疗中的潜在应用	CD4+ T细胞及其在肿瘤微环境中的功能	肿瘤免疫学	癌症	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	NA
374	2025-05-09	Integrated bulk and single-cell RNA sequencing to identify potential biomarkers in intervertebral disc degeneration 2025-Feb-14, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02346-4 PMID:39953636	research paper	通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，识别椎间盘退变中的潜在生物标志物	结合hdWGCNA和Monocle3包进行单细胞测序数据分析，并利用机器学习算法筛选关键致病基因	研究样本量未明确提及，可能影响结果的普遍性	识别椎间盘退变中的潜在致病基因并阐明其发病机制	退变的髓核组织	生物信息学	椎间盘退变	RNA测序、hdWGCNA、Monocle3、SVM-RFE、随机森林	SVM-RFE、随机森林	RNA测序数据	NA
375	2025-05-09	Mitochondrial carrier homolog 2 is important for mitochondrial functionality and non-small cell lung cancer cell growth 2025-Feb-13, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07419-0 PMID:39948081	研究论文	本研究探讨了线粒体载体同源物2（MTCH2）在非小细胞肺癌（NSCLC）中的表达及其功能作用	首次揭示了MTCH2在NSCLC中的过表达及其通过维持线粒体功能促进肿瘤细胞生长的机制	研究主要基于体外和动物模型，尚未在临床患者中进行验证	探索NSCLC的新分子靶点	非小细胞肺癌细胞	癌症研究	非小细胞肺癌	CRISPR/Cas9基因敲除、shRNA沉默、单细胞测序	NA	基因表达数据、细胞功能数据	多种原代/已建立的NSCLC细胞系及裸鼠皮下异种移植模型
376	2025-05-09	LMNA R482L mutation causes impairments in C2C12 myoblasts subpopulations, alterations in metabolic reprogramming during differentiation, and oxidative stress 2025-Feb-13, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-88219-6 PMID:39948343	research paper	研究LMNA-R482L突变对转基因小鼠C2C12肌母细胞亚群功能、分化过程中的代谢重编程及氧化应激的影响	首次在单细胞水平上揭示了LMNA-R482L突变对C2C12细胞簇组成和基因表达的群体特异性影响，并发现该突变通过抗氧化谷胱甘肽系统调控ROS产生与清除的机制异常	研究仅基于体外培养的C2C12细胞系，未进行体内实验验证	探究LMNA突变导致骨骼肌功能异常的分子机制	转基因小鼠C2C12肌母细胞系	分子生物学	家族性部分脂肪营养不良症(FPLD2)	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq)	转基因细胞模型	RNA测序数据	转基因C2C12细胞系
377	2025-05-09	Single-cell transcriptomic atlas of the chicken cecum reveals cellular responses and state shifts during Eimeria tenella infection 2025-Feb-13, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11302-9 PMID:39948469	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术构建了鸡盲肠的单细胞图谱，揭示了艾美耳球虫感染期间的细胞反应和状态变化	首次构建了鸡盲肠的单细胞转录组图谱，并揭示了艾美耳球虫感染对细胞组成和状态的显著影响	研究仅针对鸡盲肠的细胞反应，未涉及其他器官或物种	研究艾美耳球虫感染对鸡盲肠细胞结构和功能的影响	鸡盲肠上皮细胞	单细胞转录组学	球虫病	10X Genomics单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞RNA测序数据	7,394个细胞
378	2025-05-09	Unveiling the crucial role of glycosylation modification in lung adenocarcinoma metastasis through artificial neural network-based spatial multi-omics single-cell analysis and Mendelian randomization 2025-Feb-13, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13650-x PMID:39948531	研究论文	通过人工神经网络和孟德尔随机化方法，研究糖基化修饰在肺腺癌转移中的关键作用	整合单细胞和空间转录组学，结合人工神经网络预测模型和孟德尔随机化分析，揭示了糖基化修饰在肺腺癌中的功能差异和潜在治疗靶点	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分相对有限	阐明糖基化修饰在肺腺癌中的生物学意义并寻找潜在治疗靶点	肺腺癌组织及其转移灶	数字病理	肺腺癌	单细胞转录组学、空间转录组学、孟德尔随机化	人工神经网络	转录组数据	未明确说明样本数量
379	2025-05-09	Effect of aging on pulmonary cellular responses during mechanical ventilation 2025-Feb-13, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.185834 PMID:39946196	研究论文	研究老龄化对机械通气期间肺细胞反应的影响	揭示了老龄化导致机械通气期间肺表面活性物质功能、炎症信号和微血管通透性的改变，并通过单细胞RNA-Seq分析了细胞特异性转录变化	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全适用于人类	探讨老龄化如何影响机械通气期间的肺细胞反应	年轻和老龄雄性小鼠	呼吸系统疾病研究	急性呼吸窘迫综合征(ARDS)	单细胞RNA-Seq	NA	基因表达数据	年轻和老龄雄性小鼠
380	2025-05-09	Inhibition of histone methyltransferase EZH2 for immune interception of colorectal cancer in Lynch syndrome 2025-Feb-13, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.177545 PMID:39946195	研究论文	本研究探讨了EZH2抑制剂GSK503在林奇综合征(LS)中通过表观遗传重编程增强免疫反应的效果	首次证明EZH2抑制剂可以增强LS小鼠模型的免疫反应并减少腺瘤形成	研究仅在小鼠模型和离体结肠类器官中进行，尚未进行人体临床试验	开发针对林奇综合征的免疫干预策略以预防癌症发生	林奇综合征小鼠模型和离体结肠类器官	肿瘤免疫治疗	结直肠癌	单细胞RNA测序、ChIP测序	小鼠模型	基因表达数据、表观遗传数据	未明确说明具体样本数量，使用小鼠模型和结肠类器官