单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2025-05-03	Berberine Inhibited SASP-Related Inflammation through RXRα/PPARγ/NEDD4 Pathway in Atherosclerosis 2025, The American journal of Chinese medicine DOI:10.1142/S0192415X25500107 PMID:39829230	研究论文	该研究探讨了小檗碱通过RXRα/PPARγ/NEDD4通路抑制动脉粥样硬化中SASP相关炎症的机制	首次揭示小檗碱通过RXRα/PPARγ/NEDD4信号通路抑制动脉粥样硬化中SASP相关炎症的具体分子机制	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，尚未在人体临床试验中验证	探究小檗碱治疗动脉粥样硬化的分子机制	ApoE敲除小鼠、RAW264.7细胞和腹膜巨噬细胞来源的泡沫细胞	分子生物学	心血管疾病	单细胞测序、Smart-seq分析、慢病毒介导的基因敲除	动物模型（ApoE敲除小鼠）和细胞模型（RAW264.7细胞）	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明样本数量，但涉及小鼠模型和两种细胞系
362	2025-05-03	Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Cellular Origin and Evolution of Small-Cell Neuroendocrine Carcinoma of the Cervix 2025-Jan, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.70183 PMID:39831355	研究论文	通过单细胞RNA测序和全外显子测序，研究宫颈小细胞神经内分泌癌的细胞起源和进化	首次在单细胞分辨率下提供了宫颈小细胞神经内分泌癌的细胞组成、HPV感染相关特征和基因表达谱的全面见解	样本量较小，仅包括两名患者的数据	探索宫颈小细胞神经内分泌癌的细胞异质性、起源和肿瘤发生轨迹	宫颈小细胞神经内分泌癌患者肿瘤组织和邻近正常宫颈组织	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序, 全外显子测序, bulk RNA-seq	NA	RNA测序数据	两名患者的肿瘤组织和邻近正常组织
363	2025-05-03	Single-cell landscape of the intrahepatic ecosystem in alcohol-related liver disease 2025-Jan, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70198 PMID:39834100	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了酒精相关肝病（ALD）患者肝组织中的细胞生态系统变化	发现了ALBKRT7上皮细胞群，该细胞群具有干细胞特性和恶性转化潜能，并通过Wnt/β-catenin信号通路促进肿瘤生长	研究未涉及ALBKRT7上皮细胞群在ALD不同阶段的详细分子机制	探究酒精相关肝病的分子机制及恶性转化过程	酒精相关肝病患者和健康肝捐赠者的肝组织	单细胞测序	酒精相关肝病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	酒精相关肝病患者和健康肝捐赠者的肝组织样本
364	2025-05-03	Unveiling the mechanism of micro-and-nano plastic phytotoxicity on terrestrial plants: A comprehensive review of omics approaches 2025-Jan, Environment international IF:10.3Q1 DOI:10.1016/j.envint.2025.109257 PMID:39818003	综述	本文综述了微纳米塑料（MNPs）对陆地植物的毒性机制，重点介绍了组学技术在此领域的应用	整合了多种组学技术（如蛋白质组学、代谢组学、转录组学和微生物组学）以及新兴技术（如4D组学、表型组学、空间转录组学和单细胞组学）来揭示MNPs对植物的生理、分子和细胞响应	MNPs对植物的毒性机制仍不完全清楚，且其影响受多种因素（如大小、形状、功能基团和浓度）的复杂调控	阐明MNPs对陆地植物的毒性机制，并探讨减轻MNPs对植物健康影响的策略	陆地植物	环境科学	NA	蛋白质组学、代谢组学、转录组学、微生物组学、4D组学、表型组学、空间转录组学、单细胞组学	NA	组学数据	NA
365	2025-05-03	JARID1D-dependent androgen receptor and JunD signaling activation of osteoclast differentiation inhibits prostate cancer bone metastasis through demethylating H3K4 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.104135 PMID:39816691	research paper	该研究揭示了JARID1D通过去甲基化H3K4调控雄激素受体和JunD信号通路，抑制前列腺癌骨转移的机制	首次发现JARID1D通过H3K4me3去甲基化活性动态调控AR表达，并揭示JARID1D激动剂JIB-04可阻断骨转移分子通路	研究主要基于小鼠模型，临床转化需要进一步验证	探究表观遗传调控在前列腺癌骨转移中的作用机制	前列腺癌细胞和骨转移过程	肿瘤生物学	前列腺癌	ChIP, 免疫荧光, western blotting, 单细胞测序	小鼠模型	分子生物学数据	NA
366	2025-05-03	scRNA-Seq-Based Transcriptome Profiling and Relevant Bioinformatics Approaches to Uncover Novel Insights in Studying Human Spermatogenesis 2025, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-3-031-82990-1_9 PMID:40301258	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探究人类精子发生过程中的转录组变化及其在病理条件下的表现	揭示了支持细胞在精子发生中的关键作用，并识别了病理条件下支持细胞功能的显著破坏	未提及样本量大小，可能限制结果的普遍性	探究人类精子发生的细胞和分子机制，识别潜在的生物标志物和治疗靶点	人类精子发生过程中的细胞，特别是支持细胞和间质细胞	生物信息学	男性不育症	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
367	2025-05-03	SAE1 May Play a Pro-Carcinogenic Role in Pancreatic Adenocarcinoma: A Comprehensive Study Integrating Multiple Pieces of Evidence 2025 Jan-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.70017 PMID:40302186	研究论文	该研究通过整合多种证据全面探讨了SAE1在胰腺腺癌(PAAD)中的促癌作用	首次在PAAD中全面评估SAE1的作用，整合了mRNA数据、免疫组化、CRISPR修饰细胞系分析、单细胞RNA测序等多种技术手段	未明确说明样本量大小，机制研究仍需进一步验证	探究SAE1在胰腺腺癌发生发展中的作用机制	胰腺腺癌(PAAD)	肿瘤生物学	胰腺癌	mRNA分析、免疫组化、CRISPR、单细胞RNA测序、ChIP-Seq、分子对接	分子生物学实验模型	mRNA数据、蛋白质表达数据、单细胞测序数据、临床数据	NA
368	2025-05-03	Single Cell Transcriptomics Genomics Based on Machine Learning Algorithm: Constructing and Validating Neutrophil Extracellular Trap Gene Model in COPD 2025, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S516139 PMID:40308227	研究论文	本研究基于单细胞转录组学和机器学习算法，构建并验证了COPD患者中中性粒细胞胞外诱捕网（NET）特征基因模型	首次针对吸烟与非吸烟COPD患者分别构建了NET特征基因模型（模型A和模型B），并验证了其诊断效能	样本量未明确说明，外部验证的广泛性可能不足	识别不同COPD患者的NET特征基因，为个性化治疗提供基础	COPD患者与非COPD个体的中性粒细胞	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病（COPD）	单细胞RNA测序	机器学习算法（具体类型未说明）	RNA测序数据	未明确说明（包含COPD与非COPD个体）
369	2025-05-03	The suppressive role of GLS in radiosensitivity and irradiation-induced immune response in LUAD: integrating bioinformatics and experimental insights 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1582587 PMID:40308578	研究论文	本研究通过整合生物信息学和实验方法，探讨了GLS在肺腺癌放射敏感性和放射诱导免疫反应中的抑制作用	揭示了GLS通过调节铁死亡和重塑免疫景观（特别是增强CD8+ T细胞毒性）在放射治疗中的双重调控作用，并开发了具有预测价值的GLS-DSBr模型	研究主要聚焦于肺腺癌，其他癌症类型的适用性需要进一步验证	阐明GLS在肺腺癌放射敏感性和放射诱导免疫反应中的调控机制及其临床价值	肺腺癌细胞和肿瘤微环境	数字病理学	肺癌	RNA-seq、单细胞转录组学、流式细胞术	机器学习模型	转录组数据	2,066例LUAD患者数据
370	2025-05-03	Harnessing single-cell and multi-omics insights: STING pathway-based predictive signature for immunotherapy response in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1575084 PMID:40308576	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，开发了一个基于STING通路的预测标志物（STINGsig），用于预测肺腺癌免疫治疗的响应	利用单细胞和多组学数据，首次开发了STING通路相关的预测标志物，并通过小鼠模型验证了关键基因ERRFI1在增强抗肿瘤免疫和α-PD1治疗中的协同作用	研究主要依赖公共数据库数据，实验验证仅限于小鼠模型，尚未在临床样本中广泛验证	探究STING通路与肺腺癌免疫治疗响应的关系，并开发预测标志物	肺腺癌患者的单细胞和批量转录组数据，以及小鼠模型	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq, bulk transcriptomic profiling, multicolor flow cytometry	machine learning frameworks (101种)	RNA-seq数据	公共数据库（GEO, TCGA）中的样本，具体数量未明确说明
371	2025-05-03	The single-cell atlas of short-chain fatty acid receptors in human and mice hearts 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1538384 PMID:40308581	研究论文	本文通过单细胞RNA测序数据揭示了人类和小鼠心脏中短链脂肪酸受体FFAR2/3的分布图谱	首次在单细胞分辨率下绘制了人类和小鼠心脏中FFAR2/3的完整分布图谱，包括正常和梗死心脏	研究主要基于公共数据库数据，缺乏实验验证	阐明短链脂肪酸受体FFAR2/3在心脏细胞中的分布及其潜在机制	人类和小鼠心脏细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单核RNA测序(snRNA-seq)	NA	RNA测序数据	18个公共单细胞RNA测序数据集(人类和小鼠心脏)
372	2025-05-03	Multi-omics landscape of alternative splicing in diffuse midline glioma reveals immune- and neural-driven subtypes with implications for spliceosome-targeted therapy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1587009 PMID:40308585	research paper	该研究通过多组学分析揭示了H3K27改变的弥漫性中线胶质瘤（DMG）中的选择性剪接景观，并识别了与免疫和神经相关的亚型	首次全面分析了DMG中的选择性剪接变化，并提出了基于RNA结合蛋白的DMG分类方法，同时鉴定出RALYL作为潜在的关键调控因子	研究主要基于细胞系和已发表数据集，缺乏直接的患者样本验证	探索H3K27改变的DMG中选择性剪接的作用及其对治疗策略的潜在影响	H3WT和H3K27改变的DMG细胞系	digital pathology	glioma	RNA-seq, scRNA-seq	NA	transcriptomic data	患者来源的细胞系和已发表的RNA-seq及scRNA-seq数据集
373	2025-05-03	Artificial intelligence-assisted RNA-binding protein signature for prognostic stratification and therapeutic guidance in breast cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1583103 PMID:40308601	研究论文	本研究开发了一种基于人工智能的RNA结合蛋白特征模型（AIRS），用于乳腺癌的预后分层和治疗指导	首次利用人工智能技术结合RNA结合蛋白基因（PGK1、MPHOSPH10、MAP2K6）构建预后模型，并整合基因组、转录组和单细胞数据进行分析	需要在更多样化的人群中进行验证，并扩展功能分析	提高乳腺癌预后准确性并指导个性化治疗	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	机器学习、单细胞转录组分析	AIRS模型（基于108种机器学习模型组合）	基因组数据、转录组数据、单细胞数据	14个乳腺癌队列（超过9000名患者）
374	2025-05-03	SUMOylation substrate encoding genes as prognostic biomarkers in pancreatic ductal adenocarcinoma with functional assessment of SAF-B2 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1532658 PMID:40308776	研究论文	本研究探讨了SUMOylation在胰腺导管腺癌(PDAC)中的预后意义，并开发了一个基于SUMOylation底物编码基因的预后模型Sscore	首次构建了基于SUMOylation底物编码基因的PDAC预后模型Sscore，并鉴定出SAFB2作为潜在肿瘤抑制因子	研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏体内实验验证	探究SUMOylation在PDAC中的预后价值并开发新的预后工具	胰腺导管腺癌(PDAC)组织和细胞系	肿瘤学	胰腺癌	Western blot、单细胞RNA测序、LASSO和Cox回归分析	Sscore预后模型	基因表达数据、蛋白质数据	TCGA和GTEx数据库中的PDAC样本及体外培养的PDAC细胞系
375	2025-05-03	Unveiling the Immune Landscape of Delirium through Single-Cell RNA Sequencing and Machine Learning: Towards Precision Diagnosis and Therapy 2025-Jan, Psychogeriatrics : the official journal of the Japanese Psychogeriatric Society IF:1.7Q3 DOI:10.1111/psyg.13233 PMID:39814058	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习揭示了术后谵妄的免疫景观，探索了PI3K-Akt信号通路下游基因作为潜在生物标志物的可能性	首次结合单细胞RNA测序和机器学习方法，系统分析了术后谵妄患者外周血中PI3K-Akt信号通路相关基因的表达特征	样本量相对较小(30例患者和30例对照)，需要在更大规模队列中验证结果	寻找术后谵妄的预测和诊断生物标志物，并探索潜在治疗策略	术后谵妄患者的外周血样本和特定免疫细胞亚群	数字病理学	老年疾病	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 实时定量PCR(RT-qPCR)	六种机器学习模型(未具体说明)	RNA测序数据	60人(30例术后谵妄患者和30例健康对照)
376	2025-05-03	Single-cell RNA sequencing reveals S100A8/A9hi neutrophils-induced endothelial cell death and lymphocyte infiltration after ischemic stroke 2024-12-31, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.151023 PMID:39579533	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究缺血性中风后中性粒细胞、内皮细胞和T细胞的转录变化及其对血脑屏障破坏的影响	揭示了S100A8/A9高表达中性粒细胞诱导的内皮细胞死亡和淋巴细胞浸润的新机制，并发现S100A8/A9抑制剂paquinimod具有神经保护作用	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平的功能验证	探究缺血性中风后免疫细胞与血脑屏障之间的相互作用机制	中性粒细胞、内皮细胞和T细胞	生物医学	缺血性中风	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
377	2025-05-03	Revealing the roles of IL-7R in abdominal aortic aneurysm through integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq 2024-12-31, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.151042 PMID:39586133	研究论文	通过整合单细胞RNA-seq和批量RNA-seq分析，揭示IL-7R在腹主动脉瘤中的作用	首次通过整合单细胞和批量RNA-seq数据，发现IL-7R在腹主动脉瘤中的关键作用及其通过JAK/STAT通路促进IFN-γ分泌的机制	研究主要基于公共数据库数据，缺乏临床样本验证	探索腹主动脉瘤的发病机制及潜在治疗靶点	腹主动脉瘤组织中的基因表达及免疫细胞	生物信息学	心血管疾病	批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 免疫荧光染色	NA	RNA-seq数据, 单细胞数据	三个批量RNA-seq数据集及单细胞RNA-seq数据
378	2025-05-03	Explainable deep neural networks for predicting sample phenotypes from single-cell transcriptomics 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae673 PMID:39814561	研究论文	开发了一个名为singleDeep的端到端流程，用于通过训练深度神经网络分析和分类单细胞RNA测序数据，以预测样本表型	提出了singleDeep，一个针对单细胞RNA测序数据优化的新型分类算法，能够提供样本表型的稳健预测和特征描述，并在诊断性能上优于传统机器学习方法和替代单细胞方法	未明确提及具体局限性，但暗示现有单细胞分析方法在可用性方面存在不足	开发适用于单细胞RNA测序数据的分类算法，用于精准医学应用中的样本表型预测	单细胞RNA测序数据	机器学习	系统性红斑狼疮, 阿尔茨海默病, 新冠肺炎	scRNA-Seq	深度神经网络	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及多种疾病条件下的数据集
379	2025-05-03	scGO: interpretable deep neural network for cell status annotation and disease diagnosis 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf018 PMID:39820437	research paper	介绍了一种名为scGO的深度学习框架，用于单细胞RNA测序数据的可解释性细胞状态注释和疾病诊断	scGO利用稀疏神经网络和基因本体论（GO）的内在生物学关系，提高了可解释性并降低了计算成本	未明确提及具体局限性	开发一种可解释的深度学习模型，用于细胞状态注释和疾病诊断	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	deep neural network	RNA sequencing data	多种scRNA-seq数据集
380	2025-05-03	BIOTIC: a Bayesian framework to integrate single-cell multi-omics for transcription factor activity inference and improve identity characterization of cells 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf013 PMID:39833103	研究论文	介绍了一种名为BIOTIC的贝叶斯框架，用于整合单细胞多组学数据以推断转录因子活性并改善细胞身份表征	BIOTIC是首个基于生物机制的框架，利用单细胞多组学数据建模基因表达过程，并通过变分推断定义转录因子的调控活性	未明确提及具体局限性，但模型结构可适应更多生物因素的加入，暗示当前版本可能未涵盖所有相关因素	在基因调控水平上推断转录因子活性并阐明细胞身份状态，以更深入理解转录因子与基因表达之间的复杂相互作用	单细胞多组学数据，转录因子活性，细胞身份表征	生物信息学	NA	单细胞多组学测序，单细胞转录组测序	贝叶斯模型，变分推断	单细胞多组学数据	NA