单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2025-09-08	Transmembrane Serine Protease TMPRSS11B promotes an acidified tumor microenvironment and immune suppression in lung squamous cell carcinoma 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.01.646727 PMID:40235980	研究论文	本研究揭示跨膜丝氨酸蛋白酶TMPRSS11B通过促进肿瘤微环境酸化和免疫抑制驱动肺鳞癌进展	首次发现TMPRSS11B在Krt13+ hillock样细胞中的特异性表达，并证实其通过调节乳酸代谢导致肿瘤微环境酸化和M2样巨噬细胞浸润	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究TMPRSS11B对肿瘤微环境及免疫系统的影响，寻找肺鳞癌治疗新靶点	肺鳞状细胞癌（LUSC）模型和免疫细胞	肿瘤免疫学	肺癌	RNA FISH、空间转录组学、超pH敏感纳米颗粒成像、代谢物分析	NA	分子表达数据、空间转录组数据、代谢物数据	免疫健全小鼠模型和SNL（Sftpc-Cre; Nkx2-1fl/fl; Trp53fl/fl）自体模型
362	2025-09-08	Identification of sepsis biomarkers through glutamine metabolism-mediated immune regulation: a comprehensive analysis employing mendelian randomization, multi-omics integration, and machine learning 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1640425 PMID:40909263	研究论文	通过整合孟德尔随机化、多组学分析和机器学习方法，识别与谷氨酰胺代谢介导的免疫调节相关的脓毒症生物标志物	首次结合孟德尔随机化、单细胞RNA测序和多种机器学习算法，系统揭示谷氨酰胺代谢通过NK细胞免疫表型影响脓毒症风险的机制，并鉴定出四个关键分子标志物	研究主要基于公共数据库和回顾性数据，需要进一步实验验证和前瞻性临床研究确认生物标志物的临床应用价值	识别脓毒症的早期诊断生物标志物并阐明其免疫代谢机制	脓毒症患者和健康对照者的免疫细胞及血浆代谢物	生物信息学	脓毒症	孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、机器学习算法(CatBoost/XGBoost/NGBoost)、RT-qPCR	CatBoost, XGBoost, NGBoost	基因组数据、转录组数据、代谢组数据	多个公共数据集(GSE167363、GSE236713、GSE28750)包含1400种血浆代谢物、731种免疫细胞表型和脓毒症GWAS数据
363	2025-09-08	Identification of cuproptosis-related genes in chronic apical periodontitis based on bulk and single-cell RNA sequencing analyses and experimental validation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1559220 PMID:40909264	研究论文	本研究通过整合bulk和单细胞RNA测序分析及实验验证，识别了慢性根尖周炎中与铜死亡相关的基因	首次将铜死亡机制与慢性根尖周炎联系起来，并发现COL4A1-Fibro和APOE-Macro细胞间互作可能促进疾病发生发展	样本量较小（CAP和HC各3例用于scRNA-seq分析），需要更大规模研究验证	探究铜死亡相关基因在慢性根尖周炎中的作用机制	人类慢性根尖周炎组织样本和健康对照组织	生物信息学	口腔炎症疾病	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq), qRT-PCR, 免疫组化染色(IHC)	ROC曲线分析	RNA测序数据, 基因表达数据	GEO数据库数据集(GSE237398, GSE223924, GSE171213)及临床样本(CAP=3, HC=3)
364	2025-09-08	Programmed cell death-driven remodeling of the melanoma microenvironment enables prognostic stratification and therapeutic prediction 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1612217 PMID:40909289	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序数据，全面分析了黑色素瘤中程序性细胞死亡（PCD）的异质性及其与肿瘤微环境、预后和免疫治疗反应的关联	首次在黑色素瘤中系统评估PCD活性跨细胞类型的分布，并开发了一个基于15个基因的预后特征模型，能够有效预测患者生存和免疫治疗反应	研究依赖于回顾性数据，需要进一步实验验证PCD机制的具体作用	全面表征黑色素瘤中PCD相关特征及其与肿瘤异质性、预后和免疫治疗结果的关系	黑色素瘤患者（皮肤和肢端亚型）的单细胞和批量RNA测序数据	计算生物学	黑色素瘤	scRNA-seq, bulk RNA-seq, AUCell评分, CellChat, ESTIMATE, CIBERSORT, TMB分析	LASSO, Ridge, XGBoost	基因表达数据	多个黑色素瘤队列（具体数量未在摘要中明确说明）
365	2025-09-08	Developing a prognostic model of glutamine metabolism-related genes associated with clinical features and immune status in melanoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1485006 PMID:40909968	研究论文	本研究通过生物信息学分析构建了与黑色素瘤临床特征和免疫状态相关的谷氨酰胺代谢相关基因预后模型	首次识别了八个关键谷氨酰胺代谢相关基因并构建风险模型，揭示了其与免疫细胞浸润和免疫检查点表达的关联	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅部分基因在A375细胞中得到确认	开发黑色素瘤的预后预测模型并探索谷氨酰胺代谢与免疫状态的关系	黑色素瘤患者基因表达数据和临床特征	生物信息学	黑色素瘤	生物信息学分析、scRNA-seq数据处理、RT-PCR验证	Cox回归风险模型、列线图	基因表达数据、临床数据	来自GEO和TCGA-SKCM数据库的黑色素瘤患者数据
366	2025-09-08	Csf1+ AD-MSCs promote stroke repair by activating the resident microglia 2025, Experimental biology and medicine (Maywood, N.J.) DOI:10.3389/ebm.2025.10611 PMID:40910104	研究论文	本研究探讨了Csf1+ AD-MSCs通过激活常驻小胶质细胞促进脑出血后组织修复的机制	首次发现Csf1亚群AD-MSCs通过抑制单核细胞浸润和激活常驻小胶质细胞实现治疗作用	研究基于大鼠模型，临床转化需进一步验证	探究脂肪来源间充质基质细胞治疗脑出血的作用机制	脑出血大鼠模型	神经科学	脑出血	单细胞转录组测序，组织病理学技术	NA	基因表达数据，组织学数据	脑出血大鼠模型
367	2025-09-07	EGCG-releasing nanofibrous scaffold enhances wound healing via γδ T cells modulation 2026-Feb, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123543 PMID:40682946	研究论文	本研究探讨了EGCG释放纳米纤维支架通过调节γδ T细胞促进伤口愈合的作用	开发了具有定向拓扑结构的EGCG缓释纳米纤维支架，首次揭示其通过AREG-EGFR信号轴调控γδ T细胞促进伤口修复的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床中验证	开发新型伤口管理材料并阐明其促进组织再生的机制	6-8周龄雄性C57BL/6J小鼠和免疫缺陷TCRδ-/-小鼠	组织工程	伤口愈合障碍	单细胞RNA测序，Cellchat分析，单克隆抗体抑制实验	NA	基因表达数据，组织形态学数据	使用C57BL/6J小鼠和TCRδ-/-小鼠的伤口模型
368	2025-09-07	Cancer-associated fibroblasts regulating nanomedicine to overcome sorafenib resistance in hepatocellular carcinoma with portal vein tumor thrombus 2026-Feb, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123599 PMID:40774033	研究论文	开发靶向纳米载体通过调控肿瘤微环境克服肝细胞癌门静脉癌栓对索拉非尼的耐药性	首次设计靶向PVTT的纳米载体共递送siRNA和多激酶抑制剂，通过特异性下调CAFs中CXCL12表达重塑肿瘤微环境	研究目前仅限于小鼠模型，尚未进行临床试验验证	克服肝细胞癌门静脉癌栓对索拉非尼的耐药性	肝细胞癌门静脉癌栓模型和癌症相关成纤维细胞	纳米医学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，RNA测序，纳米载体技术	NA	基因表达数据，体内实验数据	原位小鼠PVTT模型
369	2025-09-07	Evolution of comparative transcriptomics: biological scales, phylogenetic spans, and modeling frameworks 2025-Oct, Current opinion in genetics & development IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.gde.2025.102387 PMID:40774064	综述	本文讨论比较转录组学领域在技术发展、系统发育覆盖和建模框架三个方向的演变趋势	系统总结了单细胞与空间转录组技术带来的范式转变、更广泛的系统发育覆盖以及机器学习驱动的新建模框架	NA	探讨比较转录组学领域的演进方向和发展趋势	转录组数据与进化生物学研究	生物信息学	NA	RNA测序、单细胞转录组学、空间转录组学	机器学习	转录组数据	NA
370	2025-09-07	Inhibition of Macrophage ARID3A Alleviates Myocardial Ischemia-Reperfusion Injury After Heart Transplantation by Reducing THBS1/CD47 Signaling-Mediated Neutrophil Extracellular Traps Formation 2025-Sep-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202509952 PMID:40913516	研究论文	本研究探讨巨噬细胞ARID3A通过THBS1/CD47信号通路调控中性粒细胞胞外诱捕网形成，从而影响心脏移植后心肌缺血再灌注损伤的机制	首次揭示M1巨噬细胞通过THBS1/CD47-p38 MAPK轴促进NETosis的新机制，并发现4-OI可通过特异性抑制ARID3A减轻心肌损伤	机制研究主要基于小鼠模型，临床转化价值需进一步验证	探究心脏移植后心肌缺血再灌注损伤的细胞互作机制并寻找治疗靶点	心肌细胞、中性粒细胞、巨噬细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、分子对接分析、基因敲除小鼠模型	NA	基因表达数据、分子相互作用数据	髓系特异性ARID3A敲除小鼠模型
371	2025-09-07	Comment on "Unraveling the role of gut microbiota on the formation of nephrolithiasis: insights from integrated analysis of GWAS, single-cell transcriptomics, bulk RNA sequencing and network pharmacology" 2025-Sep-06, Urolithiasis IF:2.0Q2 DOI:10.1007/s00240-025-01839-5 PMID:40913665	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
372	2025-09-07	Systemic comparison of molecular characteristics in different skin fibroblast senescent models 2025-Sep-05, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003312 PMID:39329281	研究论文	本研究系统比较了不同皮肤成纤维细胞衰老模型的分子特征，包括转录组差异及其对免疫微环境的影响	首次对四种不同诱导方式（UVB照射、D-半乳糖刺激、阿扎那韦处理、复制衰竭诱导）的衰老模型与天然衰老成纤维细胞进行多维度对比分析	D-半乳糖刺激模型未能清晰呈现衰老特征，模型间存在显著差异可能导致适用范围受限	比较人类原代皮肤成纤维细胞在不同衰老模型中的转录组特征	人类皮肤原代成纤维细胞（来自儿童和老年供体）及四种衰老诱导模型	细胞生物学	皮肤疾病	流式细胞术、免疫荧光染色、实时定量PCR、批量RNA测序、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、细胞表型数据	儿童和老年供体的皮肤原代成纤维细胞，以及四种诱导衰老模型
373	2025-09-07	What makes the human brain special - from cellular function to clinical translation 2025-Sep-05, Journal of neurophysiology IF:2.1Q3 DOI:10.1152/jn.00120.2025 PMID:40912899	综述	本文回顾并强调了人类大脑从分子表达到细胞特性及临床转化挑战与前景的专门化研究	采用多模态方法直接研究人类神经元、胶质细胞和皮质回路与其他物种的显著差异，并推动人类组织样本疾病建模的发展	NA	理解人类大脑从细胞到系统水平的独特差异，并克服从动物研究到患者护理的转化鸿沟	人类神经元、胶质细胞、皮质回路及人类组织样本	神经科学	NA	单细胞和网络记录、单细胞转录组学、形态学分析	NA	组织样本、转录组数据、形态数据	NA
374	2025-09-07	Unraveling cellular dynamic changes in tumor evolution induced by long-term low dose-rate radiation 2025-Sep-05, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03128-9 PMID:40913060	研究论文	本研究通过单细胞测序等技术探究长期低剂量率辐射诱导肿瘤演化的细胞动态变化与分子机制	首次揭示长期低剂量率辐射通过ANGPTL4-SDC4配体-受体对增强细胞恶性程度，并系统阐明其促进肺癌早期演化的动态过程	研究主要基于BEAS-2B细胞模型，临床相关性及人体适用性需进一步验证	揭示长期低剂量率辐射对肿瘤恶性演化的生物学影响及分子机制	BEAS-2B细胞系及辐射诱导的肺癌肿瘤细胞	肿瘤生物学	肺癌	scRNA-seq, FACS, 分子对接, 多重免疫组化, qRT-PCR, 免疫共沉淀	细胞轨迹分析模型	单细胞转录组数据, 蛋白互作数据, 基因表达数据	BEAS-2B细胞辐射模型及衍生肿瘤细胞（具体数量未明确说明）
375	2025-09-07	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Granzyme K+ CD8+ T Cells as a Target for Mitigating Plaque Instability Following Radiation 2025-Sep-05, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.040632 PMID:40913272	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了放疗后斑块不稳定的机制，并识别出GZMK+ CD8+ T细胞的关键作用	首次结合双模态同步OCT-IVUS成像和单细胞转录组学，动态解析放疗诱导的斑块不稳定性与免疫细胞亚群的关联	研究基于兔和小鼠动物模型，人类临床适用性需进一步验证	探究放疗诱发心血管斑块不稳定的分子机制并寻找治疗靶点	ApoE-/-小鼠的动脉粥样硬化病变组织和兔颈动脉斑块	生物医学研究	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 光学相干断层扫描-血管内超声(OCT-IVUS), 流式细胞术, 基因敲除	NA	基因表达数据, 医学影像数据	ApoE-/-小鼠的三个阶段病变组织（未照射、早期照射、晚期照射）及兔模型系列时间点观测
376	2025-09-07	Single-Cell Transcriptome Profiling Reveals Dynamic Cell Populations and Immune Infiltration in Moyamoya Disease 2025-Sep-05, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.041168 PMID:40913267	研究论文	通过单细胞转录组测序揭示烟雾病病理动脉中的细胞组成动态变化和免疫浸润机制	首次构建烟雾病浅颞动脉的单细胞转录组图谱，发现自然杀伤T细胞通过特定通路促进血管细胞增殖和迁移的新机制	样本量较小（2例患者和3例对照），仅分析浅颞动脉而未涉及其他血管类型	解析烟雾病病理动脉的细胞组成和分子改变机制	烟雾病患者和健康对照的浅颞动脉样本	单细胞组学	烟雾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），体外实验验证	NA	单细胞转录组数据	5例样本（2例患者+3例对照），共26,371个细胞
377	2025-09-07	STAMP: Single-cell transcriptomics analysis and multimodal profiling through imaging 2025-Sep-04, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.027 PMID:40532697	研究论文	开发了一种名为STAMP的可扩展单细胞多模态分析技术，通过成像平台替代测序实现低成本、高通量的细胞转录组和蛋白质组分析	利用成像技术替代传统测序，首次实现同时保留细胞结构和形态的多模态（RNA、蛋白质和H&E）单细胞分析，支持百万级细胞的高效分析	NA	克服单细胞RNA测序的可扩展性限制和高成本问题，开发更经济高效的单细胞分析技术	外周血单个核细胞、细胞系和干细胞	数字病理学	NA	转录组和蛋白质组成像技术	NA	图像、转录组数据、蛋白质组数据	10,962,092个高质量细胞/核和6,030,429,954个转录本
378	2025-09-07	Combination antiretroviral therapy and MCL-1 inhibition mitigate HTLV-1 infection in vivo 2025-Sep-04, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.06.023 PMID:40645177	研究论文	本研究探讨了针对HTLV-1c感染的预防和治疗策略，通过人源化小鼠模型验证联合抗逆转录病毒疗法与MCL-1抑制的有效性	首次建立HTLV-1c人源化小鼠模型，发现MCL-1特异性抑制剂（而非其他BCL-2家族抑制剂）可选择性清除感染细胞，并与抗病毒药物协同作用	研究基于小鼠模型，临床转化效果需进一步验证；未探讨长期毒副作用	开发针对HTLV-1c病毒感染的预防和治疗方案	人源化小鼠模型及HTLV-1c感染的细胞	病毒学与免疫治疗	病毒性感染（HTLV-1相关疾病）	scRNA-seq（单细胞RNA测序）、细胞内流式细胞术、BH3模拟化合物药理抑制	NA	基因表达数据、流式细胞数据	人源化小鼠模型（具体数量未明确说明）
379	2025-09-07	Dissecting microbial communities with single-cell transcriptome analysis 2025-Sep-04, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adp6252 PMID:40906858	综述	本文回顾了单细胞转录组分析技术在微生物群落研究中的进展、挑战及应用	将单细胞基因表达分析技术从人类生物学拓展至微生物群落研究，揭示亚群间相互作用和功能异质性	技术应用仍面临挑战（如微生物样本的特殊处理需求），且尚处于发展阶段	解析微生物群落功能及亚群相互作用机制	微生物群落（重点关注人类肠道微生物组）	微生物组学	NA	单细胞转录组分析（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA（综述类文章未指定具体样本量）
380	2025-09-07	Bone marrow immune remodeling in depression: TNF/NF-κB mediated leukocyte redistribution and construction of an interpretable predictive model 2025-Sep-04, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115487 PMID:40911995	研究论文	本研究通过多组学分析和机器学习模型，揭示了压力诱导抑郁中骨髓免疫重塑的分子机制并开发了预测模型	发现TNF/NF-κB通路介导的白细胞重新分布机制，并首次构建基于外周血多参数的可解释抑郁症预测模型	研究主要基于小鼠模型，临床转化需进一步验证	阐明压力通过神经免疫相互作用导致抑郁的分子机制并开发诊断生物标志物	心理应激小鼠模型和人类外周血参数	机器学习	抑郁症	单细胞RNA测序、转录组学、蛋白质相互作用网络、SHAP分析	随机森林(RF)	外周血多参数数据、单细胞测序数据	小鼠应激模型及对应外周血参数数据集