单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2025-09-15	Pan-cancer landscape of basement membrane: multi-omics research and single-cell sequencing validation 2025 May-Jun, Cell cycle (Georgetown, Tex.) DOI:10.1080/15384101.2025.2539645 PMID:40799172	研究论文	通过多组学分析和单细胞测序验证，研究基底膜在泛癌中的调控基因表达、突变特征及其与肿瘤免疫的关系	首次在泛癌层面系统分析基底膜调控基因的异质性，并揭示其与免疫检查点表达和免疫功能障碍的关联	研究主要依赖TCGA数据库的批量转录组数据，需进一步实验验证功能性机制	探究基底膜在癌症进展和转移中的作用，及其与肿瘤免疫微环境的相互作用	33种癌症类型的基因表达数据和肿瘤样本	生物信息学	泛癌研究	单细胞转录组测序、免疫组化、单样本基因集富集分析(ssGSEA)、拷贝数变异分析	NA	基因表达数据、单细胞测序数据、拷贝数变异数据	来自TCGA数据库的33种癌症类型的大规模样本集合
362	2025-09-15	Deconvolution and Phylogeny Inference of Diverse Variant Types Integrating Bulk DNA-seq with Single-cell RNA-seq 2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.24.634791 PMID:39975330	研究论文	开发一种整合bulk DNA-seq和scRNA-seq数据的方法TUSV-int，用于解卷积和推断包含多种变异类型的克隆谱系树	首次整合bulk DNA-seq和scRNA-seq数据，同时支持SNV、CNA和SV多种变异类型的解卷积和系统发育推断	未提及具体样本量限制或计算复杂度问题，但暗示scDNA-seq数据稀缺可能影响方法广泛应用	提高癌症克隆谱系重建的分辨率和准确性，特别是针对结构变异和局灶性拷贝数变异	癌症基因组数据，特别是乳腺癌数据	计算生物学	乳腺癌	bulk DNA-seq, scRNA-seq, 整数线性规划(ILP)	整数线性规划(ILP)模型	基因组测序数据，RNA测序数据	使用已发表的乳腺癌数据集进行验证，具体样本量未明确说明
363	2025-09-15	Analysis and validation of characteristic genes in RNA sequencing datasets from heart failure patients based on multiple algorithms 2025, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2025.1559429 PMID:40933310	研究论文	本研究通过整合多种算法分析心力衰竭患者的RNA测序数据，识别并验证关键基因及其在脂肪酸代谢中的作用	结合RRA和WGCNA算法识别心力衰竭特异性基因，并通过单细胞数据分析揭示SMCO4和CSDC2在心肌细胞中的特异性表达及代谢调控功能	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅在肥大心肌细胞模型中进行，未涉及更多体内模型或临床样本验证	识别心力衰竭心肌组织中的核心致病机制及相关特征基因	心力衰竭患者的心肌组织转录组数据及肥大心肌细胞模型	生物信息学	心血管疾病	RNA-seq, RT-qPCR, PCA, UMAP, SingleR, CellMarker	NA	转录组测序数据，单细胞RNA-seq数据	基于五项研究的转录组数据，具体样本量未明确说明
364	2025-09-15	Integrative Analysis Reveals a Key Role for CDKN1A in Impaired Wound Healing in Diabetic Patients 2025, Clinical, cosmetic and investigational dermatology DOI:10.2147/CCID.S534876 PMID:40933395	研究论文	通过整合分析揭示CDKN1A在糖尿病足溃疡愈合障碍中的关键作用	首次结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，鉴定CDKN1A作为糖尿病伤口愈合障碍的核心调控因子，并发现FOS是其上游转录因子	NA	探究CDKN1A在糖尿病伤口愈合中的作用及其分子机制	糖尿病足溃疡（DFUs）组织	生物医学研究	糖尿病并发症	scRNA-seq, 孟德尔随机化（MR）, 转录因子分析	NA	基因表达数据	NA
365	2025-09-15	Artemisinin derivatives modulate KEAP1-NRF2-xCT pathway to alleviate Sjögren's disease: insights from scRNA-seq and systems biology 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1626230 PMID:40934008	研究论文	本研究探讨青蒿素衍生物通过调节KEAP1-NRF2-xCT通路缓解干燥综合征的作用机制	首次结合scRNA-seq和系统生物学揭示青蒿素通过抑制铁死亡途径治疗干燥综合征的新机制	研究基于小鼠模型和有限临床样本，需进一步人类临床试验验证	探究青蒿素衍生物对干燥综合征的治疗作用及分子机制	NOD/Ltj小鼠模型和干燥综合征患者样本	系统生物学	干燥综合征	scRNA-seq, RNA-seq, 分子对接, 免疫荧光, Western blotting	动物疾病模型	单细胞转录组数据、蛋白质表达数据、组织学图像	NOD/Ltj小鼠分组实验，包含患者scRNA-seq数据
366	2025-09-15	Decoding the hypoxic tumor microenvironment in colorectal cancer for prognostic modeling and therapeutic target discovery 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1651749 PMID:40933995	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据，解码结直肠癌缺氧肿瘤微环境，开发预后模型并发现治疗靶点	识别了八个不同的缺氧细胞簇，构建了基于八基因的缺氧相关预后特征，并实验验证了GIPC2作为潜在生物标志物的功能	研究样本量有限（单细胞数据来自15个样本），需要在更多独立队列中进一步验证	解析结直肠癌缺氧肿瘤微环境的细胞异质性及其对预后的影响	结直肠癌患者样本和细胞系	数字病理	结直肠癌	单细胞RNA测序，WGCNA，CellChat，SCENIC，GRNBoost2	Cox回归，Lasso回归	RNA测序数据	单细胞数据：15个CRC样本；预后模型：TCGA 606例，验证集GSE39582 579例
367	2025-09-15	Integration of single-cell and bulk RNA sequencing to identify unique tumor stem cells and construct novel prognostic markers for assessing ESCA prognosis and drug sensitivity 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1649877 PMID:40936684	研究论文	本研究整合单细胞和bulk RNA测序数据，识别食管癌中的肿瘤干细胞特征并构建预后标志物模型	首次结合scRNA-seq和bulk RNA-seq构建肿瘤干细胞标志物特征(TSCMS)模型，并发现TSPO作为潜在治疗靶点	NA	识别食管癌肿瘤干细胞特征并构建预后评估模型	食管癌(ESCA)患者样本和细胞系	生物信息学	食管癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, qRT-PCR, Western blotting, 免疫组化	Lasso-Cox回归模型	RNA测序数据	NA
368	2025-09-15	Integrative analyses of single-cell and bulk RNA sequencing to construct the tumor-associated macrophage-related prognostic signature in lung adenocarcinoma 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.19920 PMID:40936758	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，构建了肺腺癌中肿瘤相关巨噬细胞相关的预后特征	首次结合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据识别TAM相关基因并构建预后特征，建立了lncRNA-miRNA-mRNA调控网络	研究依赖于公共数据库数据，需要进一步实验验证临床适用性	开发肺腺癌中肿瘤相关巨噬细胞相关的预后标志物并探索其调控机制	肺腺癌患者及其肿瘤组织	生物信息学	肺腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, qPCR	预后风险评分模型	RNA测序数据，临床数据	来自TCGA和GEO数据库的肺腺癌患者样本
369	2025-09-15	Tubular epithelial cell-derived extracellular vesicles carrying serum amyloid A1 exacerbate sepsis-associated acute kidney injury by promoting NETs formation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1654295 PMID:40936924	研究论文	本研究揭示了肾小管上皮细胞来源的细胞外囊泡通过携带血清淀粉样蛋白A1促进中性粒细胞胞外诱捕网形成，从而加剧脓毒症相关急性肾损伤的新机制	首次发现肾小管上皮细胞来源的囊泡通过SAA1-TLR4/p38 MAPK信号通路驱动NETs形成，并证实其参与脓毒症中的肾-肺串扰	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，临床验证样本量有限，人类数据相关性需进一步证实	探究肾小管上皮细胞来源的细胞外囊泡在脓毒症相关急性肾损伤中的作用机制	C57BL/6J野生型小鼠、肾小管上皮细胞、中性粒细胞、脓毒症患者血浆样本	分子病理学	脓毒症相关急性肾损伤	蛋白质组学、单细胞RNA测序、腺相关病毒敲减、TLR4/p38 MAPK信号通路分析	NA	测序数据、蛋白质数据、病理图像	小鼠模型及脓毒症患者血浆样本（具体数量未明确说明）
370	2025-09-15	Targeted and personalized immunotherapy in lung adenocarcinoma: single-cell RNA sequencing of MAFF+ tumor cells and the therapeutic potential of FOS 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1649147 PMID:40936936	研究论文	通过单细胞RNA测序分析肺腺癌肿瘤微环境，揭示FOS在MAFF+肿瘤细胞中的调控作用及免疫治疗潜力	首次发现MAFF+肿瘤细胞亚型通过MIF信号介导免疫抑制，并证实FOS作为关键调控因子可重塑肿瘤微环境	研究主要基于细胞系实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证和临床前瞻性研究	探究肺腺癌肿瘤异质性及FOS转录因子在治疗抵抗中的作用机制	肺腺癌患者样本（GSE164789数据集）及A549、NCI-H1975细胞系	肿瘤免疫学	肺腺癌	scRNA-seq, CCK-8, Edu, Transwell, wound healing assay	MTRS预后模型	单细胞转录组数据	公共数据集GSE164789的肺腺癌样本（具体数量未明确说明）
371	2025-09-15	Multi-omics profiling reveals PLEKHA6 as a modulator of β-catenin signaling and therapeutic vulnerability in lung adenocarcinoma 2025, American journal of cancer research IF:3.6Q2 DOI:10.62347/NVVF8441 PMID:40814363	研究论文	本研究通过多组学分析揭示PLEKHA6作为β-catenin信号通路调节剂在肺腺癌中的致癌作用及治疗潜力	首次发现PLEKHA6在肺腺癌中特异性过表达，并系统阐明其通过调控Wnt/β-catenin信号通路、免疫微环境重塑等多机制促进肿瘤进展	NA	探究PLEKHA家族基因在肺腺癌中的作用机制及治疗靶点价值	肺腺癌组织样本及A549细胞系	肿瘤生物学	肺腺癌	多组学分析（bulk RNA-Seq, scRNA-Seq, DNA甲基化测序, 药物基因组学）, 分子对接	NA	基因组数据, 转录组数据, 表观遗传数据	NA
372	2025-09-15	Lactylation-driven molecular taxonomy of melanoma: linking epigenetic modifications to immune evasion and clinical outcomes 2025, American journal of cancer research IF:3.6Q2 DOI:10.62347/WJNA8774 PMID:40814376	研究论文	本研究通过建立乳酸化驱动的分子分型模型，揭示黑色素瘤中乳酸化修饰与免疫逃逸及临床预后的关联	首次结合单细胞和批量转录组数据构建乳酸化相关预后模型，发现六基因特征可分层患者风险并揭示免疫抑制机制	NA	探索乳酸化修饰在黑色素瘤进展和免疫逃逸中的作用，并开发预后预测模型	皮肤黑色素瘤样本	计算生物学	黑色素瘤	单细胞RNA测序，批量转录组分析	预后风险模型	基因表达数据	多个队列（训练集、测试集和外部验证集）的黑色素瘤样本
373	2025-09-15	Constructing a ferroptosis-related prognostic model for osteosarcoma based on scRNA-seq dataset and WGCNA analysis 2025, International journal of clinical and experimental pathology IF:1.1Q4 DOI:10.62347/QVON7675 PMID:40814559	研究论文	基于单细胞RNA测序数据和WGCNA分析构建骨肉瘤铁死亡相关预后模型	整合scRNA-seq和WGCNA方法构建骨肉瘤铁死亡相关基因的预后模型	NA	探索铁死亡相关基因在骨肉瘤进展中的机制	骨肉瘤	生物信息学	骨肉瘤	scRNA-seq, WGCNA	预后模型	基因表达数据	NA
374	2025-09-15	Estimating the effect of tissue- and blood-derived cell reference matrices on deconvolving bulk transcriptomic datasets 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.07.058 PMID:40821716	研究论文	本研究系统评估组织和血液来源的细胞参考矩阵（CRMs）对解卷积批量转录组数据准确性的影响	首次系统比较组织和血液来源CRMs在解卷积性能上的差异，并开发了可用于构建用户自定义CRMs的R包DeconvRef	研究主要基于炎症性肠病和肺腺癌数据，其他疾病类型的普适性有待验证	评估不同来源细胞参考矩阵对批量转录组数据细胞解卷积准确性的影响	炎症性肠病（IBD）和肺腺癌（LUAD）的转录组数据	生物信息学	炎症性肠病和肺腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量转录组分析	细胞解卷积算法	转录组数据	使用公共批量转录组数据集和模拟伪批量样本，包含多个公开CRMs（IRIS、LM22、ImmunoStates）
375	2025-09-15	Identification of key ferroptosis-related genes and therapeutic target in nasopharyngeal carcinoma 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1595456 PMID:40822284	研究论文	本研究通过生物信息学方法识别鼻咽癌中铁死亡相关关键基因及其治疗靶点	首次结合WGCNA和多种机器学习算法筛选鼻咽癌中铁死亡相关枢纽基因，并利用单细胞RNA测序进行验证	研究主要基于公共数据库数据，缺乏实验验证	识别鼻咽癌中铁死亡相关治疗靶点并探索其机制	鼻咽癌患者基因表达数据	生物信息学	鼻咽癌	RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA, 机器学习算法	多种机器学习算法	基因表达数据	基于GEO数据库的鼻咽癌数据集
376	2025-09-15	Effect of time-weighted average 25(OH)D on the occurrence of major adverse kidney events in IgA nephropathy-from a 10-year population-based cohort study 2025, Frontiers in nutrition IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fnut.2025.1576488 PMID:40823027	研究论文	本研究探讨时间加权平均25(OH)D水平对IgA肾病患者主要不良肾脏事件的影响	首次使用时间加权平均25(OH)D水平评估IgA肾病进展风险，并整合基因组学、单细胞RNA测序和分子对接分析揭示潜在机制	观察性研究设计无法完全排除混杂因素影响，样本量相对有限	评估维生素D水平与IgA肾病进展的关联及补充治疗的潜在效益	866例IgA肾病患者	肾脏病学	IgA肾病	Kaplan-Meier生存分析、ROC曲线、多变量逻辑回归、单细胞RNA测序、分子对接分析	多变量Cox回归模型	临床数据、基因组数据、分子数据	866例患者，中位随访4.3年
377	2025-09-15	Host Circulating Immunometabolism-Associated Biomarkers for Early Diagnosis of Active Tuberculosis: Multi-Omics Screening with Experimental Validation 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S533116 PMID:40823357	研究论文	本研究通过多组学筛选和实验验证，识别了宿主循环免疫代谢相关生物标志物用于活动性结核病的早期诊断	首次结合机器学习、免疫细胞浸润分析和单细胞RNA测序，鉴定出四个代谢相关枢纽基因（GCH1、GK、MTHFD2、SLC7A6）作为活动性结核的高精度诊断标志物，并探索了其在巨噬细胞抗结核免疫反应中的作用	研究依赖于公共数据库数据，外部验证数据集可能有限；动物模型结果向人类应用的转化需进一步验证	开发活动性结核病的早期诊断生物标志物	活动性结核病患者与健康对照者的基因表达数据，以及结核分枝杆菌感染的小鼠模型	生物信息学	结核病	转录组分析、机器学习、CIBERSORT算法、单细胞RNA-seq	机器学习算法	基因表达数据	从GEO数据库获取的健康供体和活动性结核患者数据集，具体样本量未明确说明
378	2025-09-15	Mechanistic Perspectives on Radiation-Induced Skin Injury and the Protective Effects of Berberine 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S523616 PMID:40823361	研究论文	本研究探讨辐射性皮肤损伤的机制，并评估小檗碱在减轻损伤和促进愈合中的保护作用	首次通过单细胞RNA测序和蛋白质组学揭示RISI的核心衰老标志物，并验证小檗碱通过调控衰老和炎症通路促进愈合的新策略	研究主要基于动物和细胞模型，人类临床验证尚不充分	阐明辐射性皮肤损伤的分子机制并探索小檗碱的治疗潜力	患者样本、大鼠、小鼠模型及皮肤细胞	NA	皮肤损伤	单细胞RNA测序、蛋白质组学分析、分子对接、体外实验	NA	转录组数据、蛋白质组数据	涉及患者、大鼠、小鼠模型及体外细胞实验，具体样本量未明确说明
379	2025-09-15	TYK2 rs34536443 (P1104A) Variant Suppresses ICAM1-Mediated Inflammation: Insights From Mendelian Randomization and Functional Analyses 2025, Psoriasis (Auckland, N.Z.) DOI:10.2147/PTT.S535434 PMID:40823507	研究论文	通过孟德尔随机化和功能分析揭示TYK2 rs34536443变异通过抑制ICAM1介导的炎症在银屑病中的作用机制	首次结合SMR分析和功能实验证实TYK2 SNP rs34536443通过调控ICAM1影响银屑病发病，并验证TYK2抑制剂的治疗潜力	研究主要基于细胞模型和小鼠实验，人类临床验证尚不充分	探究银屑病的遗传易感机制和TYK2-ICAM1轴的调控作用	THP-1细胞、IMQ诱导的银屑病小鼠模型	遗传学与免疫学	银屑病	SMR分析、pQTL数据整合、单细胞RNA-seq、LPS刺激实验	NA	遗传数据、蛋白质表达数据、RNA-seq数据	细胞系实验和小鼠模型（具体数量未明确说明）
380	2025-09-15	Topology-aware pathway analysis of spatial transcriptomics 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.19729 PMID:40827204	研究论文	本研究开发了一种基于通路信号流（PSF）算法的空间转录组学通路分析方法，用于捕捉生物通路在组织空间中的拓扑活动	首次将基因表达转化为通路水平活动，整合表达数据与相互作用网络计算通路分支特异性活动值，突破传统方法忽略通路连通性的局限	方法依赖于预定义的KEGG信号通路数据库，可能未覆盖所有潜在通路交互	提升空间转录组学数据分析中对生物通路拓扑结构和信号传播的解析能力	人类黑色素瘤和小鼠脑组织的10x Genomics Visium空间转录组数据	空间转录组学	黑色素瘤	PSF算法，KEGG信号通路分析	无监督聚类（Seurat Louvain, Vesalius, spatialGE）	空间转录组数据	两个公共数据集（人类黑色素瘤和小鼠脑组织）