单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2025-07-19	Sceptic: pseudotime analysis for time-series single-cell sequencing and imaging data 2025-Jul-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03679-3 PMID:40676652	research paper	提出了一种名为Sceptic的支持向量机模型，用于监督式伪时间分析，以提高单细胞RNA测序和其他数据类型（如scATAC-seq或显微镜图像）的预测准确性	Sceptic模型在伪时间分析中显著提高了预测能力，并能应用于多种单细胞数据类型	未提及具体的数据集大小或实验条件的限制	提高单细胞伪时间分析的预测准确性，并扩展其应用范围至多种数据类型	时间序列单细胞RNA测序数据、scATAC-seq数据、显微镜图像数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, 显微镜成像	支持向量机(SVM)	单细胞RNA测序数据、scATAC-seq数据、显微镜图像数据	NA
362	2025-07-19	Research advances in intramuscular fat deposition and chicken meat quality: genetics and nutrition 2025-Jul-16, Journal of animal science and biotechnology IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s40104-025-01234-5 PMID:40665461	综述	本文综述了过去十年间遗传学和营养学在调节鸡肌肉内脂肪沉积和肉质方面的研究进展	单细胞RNA测序揭示了肌细胞是鸡肌肉组织中脂肪新生合成的主要场所，LncHLFF通过外泌体介导机制促进异位IMF沉积而不影响腹部脂肪沉积，miR-27b-3p和miR-128-3p通过靶向PPARG抑制脂肪生成分化	NA	改善肉鸡的肉质	肉鸡	动物科学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
363	2025-07-19	Integrated analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq data reveals the key targets of the combination of cisplatin and saikosaponin D in gastric cancer cells 2025-Jul-16, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152359 PMID:40674817	研究论文	通过整合分析scRNA-seq和bulk RNA-seq数据，揭示了顺铂和柴胡皂苷D联合治疗胃癌细胞的关键靶点	首次发现柴胡皂苷D（SSD）通过FAK/AKT/mTOR信号通路改善胃癌细胞对顺铂的耐药性	研究仅基于细胞系和TCGA-GTEx数据库数据，未进行体内实验验证	探究SSD增强胃癌细胞对顺铂敏感性的分子机制	胃癌细胞系AGS和SGC-7901	肿瘤生物学	胃癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 网络药理学, 分子对接, 实时PCR, Western blotting	NA	RNA-seq数据	TCGA-GTEx数据库中的胃腺癌数据及实验室培养的胃癌细胞系
364	2025-07-19	Genomic and Single-Cell Analyses Characterize Patient-Derived Tumor Organoids to Enable Personalized Therapy for Head and Neck Squamous Cell Carcinoma 2025-Jul-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2850 PMID:40261963	研究论文	本研究通过基因组和单细胞分析，建立并表征了头颈部鳞状细胞癌患者来源的肿瘤类器官，以支持个性化治疗	利用患者来源的肿瘤类器官（PDO）模型，揭示了头颈部鳞状细胞癌的分子亚型和肿瘤内转录异质性，并发现了一种与顺铂耐药相关的混合上皮-间质转化样ITH程序	样本量较小（31例患者），且未涉及所有可能的治疗药物	提高对头颈部鳞状细胞癌生物学特性的理解，并开发个性化治疗方法	头颈部鳞状细胞癌患者及其来源的肿瘤类器官	癌症研究	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序	患者来源的肿瘤类器官（PDO）模型	基因组数据、转录组数据	31例头颈部鳞状细胞癌患者
365	2025-07-19	Spatial Transcriptomics Advances the Use of Canine Patients in Cancer Research: Analysis of Osteosarcoma-Bearing Pet Dogs Enrolled in a Clinical Trial 2025-Jul-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-0687 PMID:40392977	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析宠物犬骨肉瘤样本，探索其在人类癌症研究中的应用价值	首次将GeoMx犬类癌症图谱应用于骨肉瘤临床试验犬类患者的预后相关样本	样本量较小（每组8例），且仅针对犬类样本	验证犬类模型在转移性骨肉瘤研究中的价值	宠物犬原发性骨肉瘤样本	数字病理学	骨肉瘤	空间转录组学（GeoMx Digital Spatial Profiler）	NA	组织微阵列	16例犬类骨肉瘤样本（高DFI组8例，低DFI组8例）
366	2025-07-19	Disruption of cell-intrinsic PCSK9 enhances the antitumor efficacy of CD8+ T cells 2025-Jul-15, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011657 PMID:40664445	研究论文	本研究探讨了细胞内在PCSK9在CD8+ T细胞抗肿瘤功能中的作用及其在癌症免疫治疗中的潜在应用	首次揭示了PCSK9在CD8+ T细胞中的抑制作用，并证明其缺失可增强T细胞的抗肿瘤能力	研究主要基于小鼠模型，人类CAR-T细胞的数据仍需进一步验证	探索PCSK9在CD8+ T细胞抗肿瘤功能中的作用机制	胰腺癌和黑色素瘤模型中的CD8+ T细胞及人类CAR-T细胞	癌症免疫治疗	胰腺癌, 黑色素瘤	单细胞RNA测序, 流式细胞术	NA	基因表达数据, 细胞表型数据	Pcsk9缺陷小鼠模型及体外培养的T细胞
367	2025-07-19	Targeting HK3 in tumor-associated macrophages enhances antitumor immunity through augmenting antigen cross-presentation in cervical cancer 2025-Jul-15, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011948 PMID:40664447	研究论文	本研究探讨了靶向肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）中的HK3如何通过增强抗原交叉提呈来增强抗肿瘤免疫	揭示了HK3在TAMs和CD8+ T细胞之间的交叉调控作用，以及HK3抑制与免疫检查点阻断联合治疗的协同效应	研究主要基于临床前肿瘤模型，尚未在人体临床试验中验证	探索宫颈癌中TAMs的免疫调节机制及潜在治疗策略	宫颈癌患者样本和临床前肿瘤模型	肿瘤免疫学	宫颈癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫共沉淀、共聚焦显微镜成像	NA	RNA测序数据、流式细胞数据、显微镜图像	119名宫颈癌患者样本及临床前肿瘤模型
368	2025-07-19	High-resolution mapping of single cells in spatial context 2025-Jul-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61667-4 PMID:40664667	研究论文	开发了一种名为CMAP的方法，通过整合单细胞和空间数据，高效地将大规模单个细胞映射到其精确的空间位置	CMAP方法通过分而治之的策略整合单细胞和空间数据，解决了基因恢复不足或难以实现完整单细胞分辨率的问题，并能够处理单细胞和空间转录组数据之间的差异	未明确提及具体限制，但可能依赖于单细胞和空间数据的质量和匹配度	开发一种高效的方法，用于在空间背景下映射单个细胞，以解析组织微环境中的分子调控和细胞相互作用	单个细胞及其在组织微环境中的空间位置	空间转录组学	NA	单细胞和空间转录组数据整合	分而治之策略	单细胞数据和空间数据	模拟和真实数据集
369	2025-07-19	A pluripotent stem cell atlas of multilineage differentiation 2025-Jul-15, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05549-w PMID:40664685	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术构建了一个多谱系分化的人类多能干细胞图谱	首次提供了从多能性到多谱系分化的全面单细胞转录组分析，为体外分化研究提供了新的基准参考	研究仅基于体外培养系统，可能与体内发育存在差异	研究发育信号通路在多谱系分化中的作用机制	人类多能干细胞及其分化过程中的细胞群体	干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过60,000个细胞，涵盖所有胚层的分化时间过程
370	2025-07-19	Exploring the mechanism of metabolic cell death-related genes AKR1C2 and MAP1LC3A as biomarkers in Parkinson's disease 2025-Jul-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-11481-1 PMID:40664780	research paper	该研究探索了代谢细胞死亡相关基因AKR1C2和MAP1LC3A作为帕金森病生物标志物的机制	首次整合帕金森病相关差异表达基因与代谢细胞死亡相关基因，通过蛋白质-蛋白质相互作用网络和机器学习识别关键生物标志物	研究结果需要进一步的实验验证，样本来源可能有限	探索代谢细胞死亡相关基因在帕金森病发病机制中的作用	帕金森病患者和代谢细胞死亡相关基因	生物信息学	帕金森病	蛋白质-蛋白质相互作用网络分析、机器学习、单细胞RNA测序	机器学习	基因表达数据	GSE7621数据集中的样本
371	2025-07-19	A novel cancer-associated membrane signature predicts prognosis and therapeutic response for lung adenocarcinoma 2025-Jul-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-11105-8 PMID:40664871	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组和大块RNA测序数据，识别了肺腺癌特异性膜蛋白，并构建了一个预后标志物LCaMPS，用于预测患者预后和治疗反应	首次在单细胞和空间分辨率水平上揭示了肺腺癌膜表达模式的重要性，并开发了基于9个膜基因的预后模型LCaMPS	研究结果需要在前瞻性临床研究中进一步验证	开发肺腺癌预后预测和治疗分层的生物标志物	肺腺癌患者	数字病理	肺癌	scRNA-seq, 空间转录组, bulk RNA-seq	LCaMPS (基于9个膜基因的预后模型)	RNA测序数据	多个肺腺癌队列数据集
372	2025-07-19	Deciphering cancer therapy resistance via patient-level single-cell transcriptomics with CellResDB 2025-Jul-15, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08457-2 PMID:40664938	research paper	介绍了一个名为CellResDB的患者来源平台，用于研究癌症治疗抵抗的机制	提供了包含近470万个细胞的患者级别单细胞转录组数据，并集成了智能机器人CellResDB-Robot以增强数据可访问性	NA	研究癌症治疗抵抗的潜在机制	1391名患者的样本，涵盖24种癌症类型	digital pathology	cancer	单细胞转录组测序	LLMs	单细胞RNA-seq数据	近470万个细胞，来自1391名患者样本
373	2025-07-19	Unraveling the role of gut microbiota on the formation of nephrolithiasis: insights from integrated analysis of GWAS, single-cell transcriptomics, bulk RNA sequencing and network Pharmacology 2025-Jul-15, Urolithiasis IF:2.0Q2 DOI:10.1007/s00240-025-01809-x PMID:40664942	研究论文	本研究通过整合GWAS、单细胞转录组学、批量RNA测序和网络药理学分析，探讨了肠道微生物群在肾结石形成中的分子机制	首次通过Mendelian randomization等方法确定了35种与肾结石有因果关系的肠道微生物群，并鉴定出PALLD和R3HDM1作为关键基因	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到原始数据质量和样本量的限制	探索与肠道微生物群相关的关键基因在肾结石中的分子机制	肾结石患者和肠道微生物群	生物信息学	肾结石	GWAS, 单细胞转录组学, RNA测序, 网络药理学, Mendelian randomization	NA	基因组数据, 转录组数据	来自公开数据库的数据集(ukb-b-18372, GSE73680, GSE117518, GSE231569)
374	2025-07-19	In silico analysis of the oncogenic role of myoferlin (MYOF) and suggestion of folate as a potential therapeutic for brain cancer in the Caucasian population 2025-Jul-15, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03091-0 PMID:40665025	研究论文	通过生物信息学分析探讨肌铁蛋白（MYOF）在脑癌中的致癌作用，并提出叶酸作为潜在治疗药物	首次全面研究MYOF敲低通过叶酸进行靶向治疗的新方法，结合计算药物发现和生成人工智能实验	研究主要针对高加索人群，可能不适用于其他种族	探讨MYOF在脑癌中的致癌作用及叶酸作为潜在治疗药物的可能性	肌铁蛋白（MYOF）及其在脑癌中的表达和突变	生物信息学	脑癌	生物信息学分析、计算药物发现、空间转录组学、生成人工智能	生成人工智能	基因表达数据、突变数据	NA
375	2025-07-19	Integration of phospho-signaling and transcriptomics in single cells reveals distinct Th17 cell fates 2025-Jul-15, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116006 PMID:40674215	研究论文	本文介绍了一种名为Vivo-seq的创新平台，该平台整合了单细胞RNA测序和细胞内转录组及表位测序，以捕捉转录和磷酸化信号状态	开发了Vivo-seq平台，首次实现了在单细胞水平同时捕捉转录和磷酸化信号状态	未明确提及样本量是否足够大以覆盖所有Th17细胞亚群	研究Th17细胞在发育过程中的信号传导和功能可塑性	T helper 17 (Th17)细胞	单细胞组学	NA	scRNA-seq, 细胞内转录组和表位测序	NA	单细胞转录组数据, 磷酸化信号数据	未明确提及具体样本量
376	2025-07-19	Single-Cell Transcriptional Profiling Reveals PAX5-Mediated Naïve B Cell Differentiation Defect in Severe Adenoid Hypertrophy 2025-Jul-15, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114675 PMID:40675241	research paper	本研究通过单细胞RNA测序揭示了严重腺样体肥大中PAX5介导的幼稚B细胞分化缺陷	首次在严重腺样体肥大中发现幼稚B细胞积累和PAX5过表达导致的B细胞分化阻滞	样本量相对有限，且未进行功能验证实验	探究腺样体肥大的分子机制	儿科患者的腺样体组织样本	digital pathology	adenoid hypertrophy	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	45,917个单细胞转录组（来自SHA和MHA患者）
377	2025-07-19	Paneth cells inhibit intestinal stem cell proliferation through the bone morphogenic protein 7 pathway under rotavirus-mediated intestinal injury 2025-Jul-14, World journal of gastroenterology IF:4.3Q1 DOI:10.3748/wjg.v31.i26.107044 PMID:40678707	研究论文	本研究探讨了轮状病毒感染下潘氏细胞通过BMP7通路抑制肠道干细胞增殖的机制	揭示了轮状病毒感染下潘氏细胞通过BMP7信号通路调控肠道干细胞增殖的新机制	研究主要基于小鼠模型和类器官实验，人类临床相关性需进一步验证	阐明轮状病毒感染期间潘氏细胞对肠道干细胞的调控作用	潘氏细胞和肠道干细胞	细胞生物学	肠道感染	单细胞RNA测序、免疫荧光、流式细胞术、RT-qPCR	小鼠模型和类器官	基因表达数据、图像数据	未明确说明样本数量（使用已发表单细胞RNA测序数据和小鼠模型）
378	2025-07-19	OmicsTweezer: A distribution-independent cell deconvolution model for multi-omics Data 2025-Jul-08, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100950 PMID:40675159	研究论文	本文介绍了一种名为OmicsTweezer的分布无关的细胞反卷积模型，用于多组学数据	通过结合最优传输和深度学习，OmicsTweezer在共享潜在空间中对齐模拟和真实数据，有效缓解数据偏移和组学间分布差异	NA	开发一种高效且强大的工具，用于研究疾病微环境	多组学数据（包括RNA-seq、蛋白质组学和空间转录组学）	生物信息学	前列腺癌和结肠癌	RNA-seq、蛋白质组学、空间转录组学	深度学习	多组学数据	模拟和真实数据集
379	2025-07-19	Role of PRC2 in the stochastic expression of Aire target genes and development of mimetic cells in the thymus 2025-Jul-07, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20240817 PMID:40244172	研究论文	本文探讨了PRC2在Aire靶基因随机表达和胸腺模拟细胞发育中的作用	揭示了PRC2通过染色质抑制对Aire介导的随机基因表达及模拟细胞发育的重要作用	未明确PRC2与Aire相互作用的分子机制细节	阐明Aire在胸腺髓质上皮细胞中的耐受性功能机制	胸腺髓质上皮细胞(mTECs)和模拟细胞	分子生物学	自身免疫疾病	单细胞多组学方法结合深度scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	NA
380	2025-07-19	Current insight into HIV-1 persistence from single-cell transcriptome profiling in acutely treated cohorts of infection 2025-Jul-07, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000962 PMID:40638066	综述	本文综述了利用单细胞转录组学技术研究急性HIV-1感染队列中病毒持久性的最新进展	利用单细胞RNA测序技术揭示了HIV-1感染急性期治疗队列中免疫反应的纵向变化，发现了新的限制和潜伏因子，并鉴定了携带病毒的细胞标志物和病毒库大小	NA	研究HIV-1在宿主中的持久性机制	HIV-1感染者的单细胞	生物信息学	HIV感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	来自急性HIV-1感染队列的数十万个单细胞