单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2025-07-28	Cancer-associated fibroblast-derived fibulin-5 promotes radioresistance in non-small-cell lung cancer 2025-Jul-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116018 PMID:40711881	research paper	本研究探讨了癌症相关成纤维细胞（CAFs）分泌的Fibulin-5（FBLN5）在非小细胞肺癌（NSCLC）放疗抵抗中的作用及其机制	首次揭示了Fibulin-5通过整合素αVβ5受体激活Src-STAT3通路，下调ACSL4表达并抑制辐射诱导的铁死亡，从而促进NSCLC放疗抵抗的分子机制	研究主要基于体外实验和临床样本分析，缺乏体内动物模型的验证	阐明CAFs在NSCLC放疗抵抗中的作用机制并寻找预测放疗疗效的生物标志物	非小细胞肺癌（NSCLC）患者组织样本和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤生物学	肺癌	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、临床组织样本	未明确说明样本数量，但涉及复发性患者组织样本分析
362	2025-07-28	Single-cell RNA sequencing reveals heterogeneous response of interlamellar cell mass to hypoxic stress in crucian carp (Carassius auratus) gills 2025-Jul-22, Fish & shellfish immunology IF:4.1Q1 DOI:10.1016/j.fsi.2025.110584 PMID:40701446	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究鲫鱼鳃中层间细胞群（ILCM）对低氧应激的异质性反应	首次使用单细胞RNA测序技术揭示ILCM在低氧应激下的异质性反应及其在鲫鱼鳃重塑中的作用	研究仅针对鲫鱼，结果可能不适用于其他鱼类	探究鲫鱼鳃中层间细胞群对低氧应激的响应机制	鲫鱼（Carassius auratus）鳃中的层间细胞群（ILCM）	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	NA
363	2025-07-28	Resolving microenvironment complexity and cellular heterogeneity in osteoarthritis via spatial transcriptomics 2025-Jul-14, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2025.07.007 PMID:40669534	综述	本文探讨了空间转录组学在解析骨关节炎微环境复杂性和细胞异质性中的应用	利用空间转录组学技术揭示骨关节炎中局部组织环境对细胞行为的影响，以及疾病进展中的基因表达模式、致病细胞状态和细胞间相互作用	当前技术存在局限性，需要未来将空间数据与其他组学和成像模式整合	探索空间转录组学技术在骨关节炎研究中的应用，以重新定义疾病表型并识别新的治疗靶点	骨关节炎中的关键关节区域，包括软骨、滑膜、软骨下骨和关节周围组织	数字病理学	骨关节炎	空间转录组学(ST)	NA	基因表达数据	NA
364	2025-07-28	Multipotent lineage potential in B cell acute lymphoblastic leukemia is associated with distinct cellular origins and clinical features 2025-Jul, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00987-2 PMID:40579588	研究论文	该研究通过整合89个B-ALL样本的单细胞转录组测序数据与正常人类B细胞发育的单细胞图谱，探讨了B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）的发育起源及其与谱系可塑性和治疗反应的关系	揭示了B-ALL亚型倾向于从B谱系转移的机制，发现这些亚型富含多能祖细胞，并展示了这一发育阶段表现出CEBPA激活和保留髓系潜能，为临床观察提供了机制解释	研究样本量相对较小（89个B-ALL样本），且未涉及所有B-ALL亚型	探讨B-ALL的发育起源及其与谱系可塑性和治疗反应的关系	B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）患者样本	癌症研究	B细胞急性淋巴细胞白血病	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	89个B-ALL样本
365	2025-07-28	Multimodal single-cell analyses reveal molecular markers of neuronal senescence in human drug-resistant epilepsy 2025-Mar-03, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI188942 PMID:40026248	研究论文	通过整合全细胞膜片钳记录和单细胞RNA测序技术，揭示了人类耐药性癫痫中神经元衰老的分子标志物	首次在耐药性癫痫患者脑组织中鉴定出具有转录特征差异的皮层锥体神经元亚群，并发现这些神经元高表达与mTOR通路、炎症反应和细胞衰老相关的基因	研究主要聚焦于皮层锥体神经元，可能未涵盖其他类型神经元或神经胶质细胞的衰老特征	探索耐药性癫痫患者脑组织中神经元的分子标志物及其病理生理机制	耐药性癫痫患者脑组织中的皮层锥体神经元	神经科学	耐药性癫痫	全细胞膜片钳记录, 单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据, 电生理数据	耐药性癫痫患者脑组织样本及对照样本，具体数量未明确说明
366	2025-07-28	Sitravatinib in combination with nivolumab plus ipilimumab in patients with advanced clear cell renal cell carcinoma: a phase 1 trial 2025-Jan-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55642-8 PMID:39794332	research paper	一项关于sitravatinib联合nivolumab和ipilimumab治疗晚期透明细胞肾细胞癌的I期临床试验	首次评估sitravatinib与nivolumab和ipilimumab三联疗法在晚期透明细胞肾细胞癌患者中的安全性和有效性	样本量较小（22例患者），且为I期试验，主要关注安全性而非疗效	确定sitravatinib联合nivolumab和ipilimumab三联疗法在晚期透明细胞肾细胞癌患者中的最佳剂量和安全性	22例未经治疗的晚期透明细胞肾细胞癌患者	临床医学	肾细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	临床数据和基因表达数据	22例患者（其中12例进行了肿瘤活检的scRNA-seq分析）
367	2025-07-28	SNRPB2 in the pan-cancer landscape: A bioinformatics exploration and validation in hepatocellular carcinoma 2024-12, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111445 PMID:39366532	研究论文	本文通过生物信息学分析和实验验证，探讨了SNRPB2在泛癌景观中的作用，特别是在肝细胞癌中的表达及其对癌细胞增殖和迁移的影响	首次全面评估SNRPB2在多种癌症类型中的表达模式及其与预后的关联，并通过实验验证了SNRPB2在肝细胞癌中的功能	需要进一步探索SNRPB2的潜在机制和临床治疗潜力	研究SNRPB2在癌症发生发展中的作用及其作为预后生物标志物和免疫治疗候选的潜力	SNRPB2基因及其在多种癌症类型中的表达和功能	生物信息学	肝细胞癌	基因表达分析、基因组和表观基因组分析、基因集富集分析(GSEA)、免疫细胞浸润评估、单细胞测序	NA	基因表达数据、基因组数据、表观基因组数据	来自TCGA、CPTAC和GEO等多个公共数据库的数据
368	2025-07-28	SINGLE CELL DISSECTION OF DEVELOPMENTAL ORIGINS AND TRANSCRIPTIONAL HETEROGENEITY IN B-CELL ACUTE LYMPHOBLASTIC LEUKEMIA 2023-Dec-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.04.569954 PMID:38106088	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）的发育起源和转录异质性	利用单细胞RNA测序技术直接研究肿瘤内异质性并推断白血病细胞起源，改进了现有的临床和基因组分类	样本量相对较小（89个B-ALL样本），且未明确提及对其他类型白血病的适用性	解析B-ALL的转录程序和发育状态变异，以改进临床分类和治疗结果预测	89个B-ALL样本和正常人类B细胞发育的参考图谱	数字病理学	白血病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	89个B-ALL样本
369	2025-07-26	SpatialCVGAE: Consensus Clustering Improves Spatial Domain Identification of Spatial Transcriptomics Using VGAE 2025-Sep, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-024-00676-1 PMID:39680300	研究论文	提出了一种名为SpatialCVGAE的共识聚类框架，用于提高空间转录组学数据中空间域识别的稳定性和准确性	采用变分图自编码器(VGAE)和共识聚类方法，整合多个潜在表示和聚类结果，增强了模型的稳定性和鲁棒性	未提及具体的数据集规模限制或计算资源需求	解决空间转录组学数据聚类中的不稳定性和噪声问题	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学(SRT)、变分图自编码器(VGAE)、共识聚类	VGAE	空间转录组学数据	未明确提及具体样本数量
370	2025-07-26	Self-Supervised Graph Representation Learning for Single-Cell Classification 2025-Sep, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-025-00700-y PMID:40180773	研究论文	本文提出了一种名为scSSGC的自监督图表示学习框架，用于单细胞RNA测序数据中的细胞分类	提出了一种结合K-means聚类任务的自监督学习预训练阶段，以及局部增强的图神经网络来捕获细胞间潜在相互作用	未明确提及具体局限性	开发计算生物学方法以提高单细胞RNA测序数据中细胞分类的准确性和泛化能力	单细胞RNA测序数据中的细胞	计算生物学	NA	单细胞RNA测序	图神经网络(GNN)	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
371	2025-07-26	ScAGCN: Graph Convolutional Network with Adaptive Aggregation Mechanism for scRNA-seq Data Dimensionality Reduction 2025-Sep, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-025-00702-w PMID:40281370	研究论文	本文提出了一种名为scAGCN的新型图卷积网络，用于单细胞RNA测序数据的降维	设计了具有自适应聚合机制的图卷积网络，通过基于节点分布和相似性箱线图的邻域选择策略优化聚合函数	未提及具体局限性	解决单细胞RNA测序数据的高维度、高噪声和高稀疏性问题，实现准确的低维表示	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	图卷积网络(GCN)	基因表达数据	15个真实的scRNA-seq数据集，其中10个是大规模数据集
372	2025-07-26	Advances in single-cell omics: Transformative applications in basic and clinical research 2025-Aug, Current opinion in cell biology IF:6.0Q1 DOI:10.1016/j.ceb.2025.102548 PMID:40517461	综述	本文综述了单细胞组学技术在基础和临床研究中的变革性应用	强调了单细胞RNA测序、空间转录组学及多组学整合在解析复杂组织和识别独特功能状态细胞群体中的创新应用	未具体提及技术的局限性，如数据解析的复杂性或技术成本	探讨单细胞组学技术在生物学知识进步及临床应用中的关键作用	癌症研究和发育生物学等领域中的细胞群体	生物信息学	癌症和神经发育障碍	单细胞RNA测序、空间转录组学、多组学整合	NA	单细胞组学数据	NA
373	2025-07-26	Insights into chondrocyte populations in cartilaginous tissues at the single-cell level 2025-Aug, Nature reviews. Rheumatology DOI:10.1038/s41584-025-01275-0 PMID:40640375	research paper	该论文探讨了单细胞多组学技术在揭示软骨组织中软骨细胞异质性方面的应用及其在疾病治疗中的潜力	利用单细胞转录组学技术对软骨细胞亚型进行更精细的功能注释分类，为软骨相关疾病的精准治疗提供新思路	需要整合先进的单细胞技术与计算模型以进一步揭示软骨细胞群体的动态相互作用	研究软骨细胞亚型在软骨形成、维持和疾病进展中的作用	软骨组织中的软骨细胞群体	生物医学	骨关节炎和椎间盘疾病	单细胞多组学技术和单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	NA
374	2025-07-26	Bioinspired 3D hydrogel scaffold to mimic tumor microenvironment for investigating into the anoikis resistance mechanisms in colorectal cancer 2025-Aug, Materials today. Bio DOI:10.1016/j.mtbio.2025.102061 PMID:40697318	研究论文	本研究开发了一种仿生复合水凝胶支架（GHP），用于模拟肿瘤微环境（TME），以研究结直肠癌中的失巢凋亡抵抗机制	开发了一种新型仿生复合水凝胶（GHP），能够更好地模拟TME的复杂性，并促进细胞增殖和分化，同时揭示了T细胞介导的抗肿瘤免疫新调控机制	研究主要基于Caco-2细胞系，可能无法完全反映所有结直肠癌细胞的特性	研究结直肠癌中失巢凋亡抵抗的机制	结直肠癌细胞（Caco-2细胞）	生物医学工程	结直肠癌	单细胞RNA测序、放射组学分析	3D细胞培养模型	基因表达数据、影像数据	使用Caco-2细胞进行实验
375	2025-07-26	The potential role of BCL2A1⁺ tissue-resident macrophages in the prognosis of Wilms tumor 2025-Jul-25, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02935-3 PMID:40707992	研究论文	本研究探讨了BCL2A1⁺组织驻留巨噬细胞在Wilms肿瘤预后中的潜在作用	首次在Wilms肿瘤中鉴定出BCL2A1⁺组织驻留巨噬细胞亚群，并揭示其在肿瘤进展中的关键作用	样本量相对较小（120例患者），需要更大规模的研究验证结果	探索Wilms肿瘤进展和免疫治疗的关键机制	Wilms肿瘤患者及其肿瘤和邻近组织	肿瘤免疫学	Wilms肿瘤	CIBERSORT, scRNA-seq, IHC, IF	NA	RNA测序数据, 免疫组织化学数据	120例Wilms肿瘤患者
376	2025-07-26	Metabolic stress and early cell death in photoreceptor precursor cells following retinal transplantation 2025-Jul-25, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04509-w PMID:40708039	研究论文	本研究探讨了视网膜移植后光感受器前体细胞（PRPCs）早期死亡的机制，并评估了宿主视网膜对移植的反应	首次通过单细胞RNA测序（scRNAseq）揭示了代谢应激是早期供体细胞死亡的关键驱动因素，并发现宿主视网膜退化状态对供体细胞存活和整合的影响	研究仅使用了犬类模型，结果可能无法完全转化到人类临床应用中	阐明PRPCs早期损失的机制并优化视网膜退行性疾病的移植策略	人胚胎干细胞（hESC）来源的光感受器前体细胞（PRPCs）和犬类视网膜	视网膜疾病研究	视网膜退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、非侵入性多模态视网膜成像、免疫组织化学分析	NA	RNA测序数据、图像数据	正常和退化犬类视网膜模型
377	2025-07-26	Activation of S1PR1 by Ponesimod for Multiple Sclerosis Therapy: Uncovering MAPK and PI3K Pathway Mechanisms and Repurposing Potential 2025-Jul-25, Chemistry (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) DOI:10.1002/chem.202404742 PMID:40708468	研究论文	本研究探讨了ponesimod通过激活S1PR1受体治疗多发性硬化症（MS）的机制，并探索了药物再利用的潜力	揭示了ponesimod与S1PR1结合的具体机制，包括W269氨基酸的翻转及其对Gi信号通路的激活作用，同时通过药物再利用发现丙戊酸（VPA）可作为辅助治疗减少肝毒性	研究主要基于计算模拟和动物实验，尚未在人体临床试验中验证VPA的辅助治疗效果	阐明ponesimod治疗多发性硬化症的作用机制并探索优化治疗的策略	S1PR1受体及其信号通路、多发性硬化症	分子药理学	多发性硬化症	元动力学模拟、单细胞转录组学、药物再利用	NA	分子模拟数据、转录组数据	NA
378	2025-07-26	Circulating Immune Cell Signature Analysis in HFpEF Across Species 2025-Jul-25, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326249 PMID:40709473	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了HFpEF患者、HFrEF患者和健康对照者的外周血单核细胞，揭示了HFpEF特有的炎症特征	首次在HFpEF患者中识别出与肥胖相关和肥胖无关的特定炎症转录特征，并在小鼠模型中验证了抗炎药物硝基油酸的部分治疗效果	样本量较小（人类n=21，小鼠模型未明确数量），且未探索其他潜在治疗靶点	探究HFpEF的系统性炎症特征及其治疗可能性	HFpEF患者、HFrEF患者、健康对照者及HFpEF小鼠模型	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序、bulk RNA测序	NA	RNA测序数据	人类样本21例（HFpEF=6，HFrEF=8，对照=7）+小鼠模型
379	2025-07-26	Unraveling the Role of MDK-SDC4 Interaction in Pancreatic Cancer-Associated New-Onset Diabetes by Single-Cell Transcriptomic Analysis 2025-Jul-25, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202409987 PMID:40709672	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示MDK-SDC4相互作用在胰腺癌相关新发糖尿病中的作用	首次发现MDK作为肿瘤细胞与β细胞间相互作用的关键介质，并可能作为区分PCAND和T2DM的血液生物标志物	研究未涉及MDK-SDC4相互作用在其他类型糖尿病中的潜在影响	探索胰腺癌相关新发糖尿病(PCAND)的发病机制并寻找早期诊断标志物	胰腺导管腺癌细胞和β细胞	癌症研究	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，但涉及PCAND和T2DM患者血浆样本
380	2025-07-26	Inhibition of interferon signaling improves rabbit calicivirus replication in biliary organoid cultures 2025-Jul-25, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00574-25 PMID:40709942	研究论文	本文研究了干扰素信号通路抑制剂Ruxolitinib如何促进兔杯状病毒在胆管类器官培养物中的复制和连续传代	首次实现了兔杯状病毒在细胞培养中的连续传代，并发现干扰素抑制剂能显著提高病毒感染效率	仅实现了四次连续传代，病毒培养系统仍需优化	建立可靠的兔杯状病毒体外培养系统并研究其复制机制	兔杯状病毒(RHDV)和兔肝脏来源的胆管类器官	病毒学	病毒感染	实时定量PCR、免疫荧光分析、单细胞RNA测序	胆管类器官培养系统	分子生物学数据、图像数据	兔肝脏来源的胆管类器官培养物