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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 361 | 2026-06-19 |
Integrating Radiomics and Computational Pathology to Predict Early Recurrence of Pancreatic Ductal Adenocarcinoma and Uncover Its Biological Basis in Tumor Microenvironment
2026-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202523985
PMID:41969272
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research paper | 结合影像组学和计算病理学预测胰腺导管腺癌早期复发并揭示其肿瘤微环境中的生物学基础 | 首次将影像组学与计算病理学特征整合,构建多模态预测模型,并通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示模型背后的细胞和分子机制 | 回顾性研究设计和有限的样本量可能需要前瞻性验证来确认结果 | 开发并验证整合影像组学与病理组学的模型用于预测胰腺导管腺癌术后早期复发,并阐明其潜在的生物学机制 | 接受R0切除的225名胰腺导管腺癌患者 | 计算机视觉, 数字病理学 | 胰腺癌 | 影像组学, 计算病理学, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 多种机器学习模型(11种) | CT影像, 全切片图像, 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 225名患者(回顾性队列),前瞻性收集标本用于单细胞和空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 362 | 2026-06-19 |
The role of stem cells in pituitary tumour formation
2026-Jun-01, Endocrine-related cancer
IF:4.1Q2
DOI:10.1530/ERC-26-0171
PMID:42227347
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综述 | 总结干细胞在垂体肿瘤形成中的作用,包括肿瘤起始、维持和进展的潜在角色 | 整合了当前关于垂体干细胞和肿瘤干细胞样群体在垂体肿瘤生物学中的证据,提出了未来基因组分析框架 | 未提及具体研究限制,可能受限于现有证据的不足 | 探讨垂体干细胞在垂体肿瘤形成中的作用 | 垂体干细胞和肿瘤干细胞样群体 | 机器学习 | 垂体肿瘤 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 363 | 2026-06-19 |
Single-cell RNA-seq reveals a persistent interferon signature in immune cells from systemic lupus erythematosus patients with high versus low polygenic risk scores despite antimalarial treatment
2026-Jun, Journal of autoimmunity
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.jaut.2026.103575
PMID:42119160
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研究论文 | 通过单细胞RNA-seq分析,揭示了系统性红斑狼疮患者中高与低多基因风险评分相关的持续干扰素信号特征,即使接受抗疟治疗也未能完全抑制 | 首次在单细胞层面,结合多基因风险评分(PRS)分层,揭示系统性红斑狼疮(SLE)高遗传风险患者(即使处于疾病低活动度并接受抗疟治疗)仍存在持续的干扰素信号激活,并鉴定出pDC和单核细胞中ISG15、USP18等关键基因及IRF7、BATF3等转录因子 | 样本量较小(仅16名SLE患者和6名健康对照),且仅限于女性患者;未涵盖高疾病活动度或未治疗患者,无法评估基因风险与治疗反应的完整交互 | 探讨多基因遗传风险对系统性红斑狼疮免疫细胞分子表型的影响,特别关注干扰素信号通路的激活状态 | 16名接受抗疟治疗且处于低疾病活动度的女性SLE患者(根据加权多基因风险评分分层为高PRS和低PRS组)及6名健康对照 | 单细胞转录组学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 16名SLE患者(高PRS和低PRS组)和6名健康对照,总共22个新鲜外周血单个核细胞样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 364 | 2026-06-19 |
Prognostic impact of vascular CXCR4 expression in colorectal carcinoma
2026-Jun, Experimental and molecular pathology
IF:2.8Q2
DOI:10.1016/j.yexmp.2026.105043
PMID:41980570
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研究论文 | 评估结直肠癌血管微环境中CXCR4表达的临床病理学意义及其对预后的影响 | 首次聚焦于结直肠癌肿瘤侵袭前沿的血管结构中CXCR4的表达,并通过单细胞RNA测序鉴定出内皮细胞是其主要细胞来源 | 未阐明CXCR4在血管中高表达导致侵袭性肿瘤行为和不良临床结局的具体分子机制 | 探讨结直肠癌血管微环境中CXCR4表达的临床病理学意义及其作为预后生物标志物的潜力 | 250例手术切除的原发性结直肠癌标本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 免疫组化, 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 基因表达数据 | 250例结直肠癌组织标本及公开单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 使用公开数据集进行单细胞RNA测序分析 |
| 365 | 2026-06-19 |
Inhibition of endothelial S1PR2 preserves blood-brain barrier integrity after traumatic brain injury through activating the PI3K-AKT signaling pathway
2026-Jun, Molecular and cellular biochemistry
IF:3.5Q3
DOI:10.1007/s11010-026-05546-6
PMID:42101792
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研究论文 | 研究内皮细胞S1PR2通过激活PI3K-AKT信号通路在创伤性脑损伤后保护血脑屏障完整性的机制 | 首次揭示内皮细胞中S1PR2通过调控PI3K-AKT通路在脑损伤后血脑屏障保护中的关键作用,并利用单细胞RNA测序验证细胞特异性表达 | 未在人体样本中验证结果,以及S1PR2抑制剂的长期疗效和安全性有待进一步评估 | 阐明S1PR2在保护脑损伤后血脑屏障完整性中的机制并评估其治疗潜力 | 小鼠创伤性脑损伤模型和人脐静脉内皮细胞(HUVECs) | 机器学习 | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序、RNA-seq、shRNA敲低、Western blotting | NA | 图像、测序数据、行为数据 | 小鼠模型及体外HUVECs细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 数据集GSE269748 |
| 366 | 2026-06-19 |
Distinct stem cell identities converge into shared erythroid stress in ERCC6L2 disease and Shwachman-Diamond syndrome
2026-Jun, HemaSphere
IF:7.6Q1
DOI:10.1002/hem3.70374
PMID:42311431
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研究论文 | 通过单细胞转录组学分析,揭示ERCC6L2疾病与Shwachman-Diamond综合征在红细胞生成应激中的共享和特有转录程序 | 首次建立ERCC6L2疾病患者层面的单细胞图谱,并比较两种罕见骨髓衰竭综合征在红细胞生成应激中的共享机制与疾病特异性模式 | 未详细说明样本量及验证实验的局限性 | 阐明ERCC6L2疾病中延迟红细胞生成和白血病进展的转录组事件,并与Shwachman-Diamond综合征进行比较 | ERCC6L2疾病和Shwachman-Diamond综合征患者的成纤维细胞、骨髓和外周血样本 | 单细胞转录组学、医学遗传学 | 骨髓衰竭综合征、急性髓系白血病 | bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、单细胞基因分型 | NA | 转录组数据 | 患者成纤维细胞、骨髓和外周血样本(具体数量未说明) | NA | 单细胞RNA-seq、bulk RNA-seq | NA | NA |
| 367 | 2026-06-19 |
Comparative single-cell transcriptomics of orthotopic and subcutaneous gastric tumors reveal immune and stromal heterogeneity
2026-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.03.680400
PMID:42239432
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研究论文 | 通过比较原位和皮下胃癌肿瘤的单细胞转录组,揭示免疫和基质异质性 | 首次在单细胞分辨率下系统比较原位和皮下植入模型的肿瘤微环境差异,发现原位肿瘤具有更强的基质激活、协调的成纤维细胞和内皮细胞信号传导以及IgA偏向的B细胞浆细胞程序,而皮下肿瘤表现出更高的CD8+ T细胞耗竭 | 研究仅限于单一同系胃癌模型CKP,可能无法推广到其他肿瘤类型或人类肿瘤 | 解析原位与皮下肿瘤微环境的细胞组成和分子差异,为临床前模型选择提供指导 | CKP同系胃癌模型的原位和皮下植入肿瘤 | 机器学习和生物信息学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 配对的原位和皮下CKP肿瘤样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 368 | 2026-06-19 |
METTL3 depletion mitigates hypoxic pulmonary arterial smooth muscle cell over-proliferation via YTHDF2-dependent regulation of FOXO1 mRNA N6-methyladenosine modification: a potential mechanism of hypoxic pulmonary hypertension
2026-May-19, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2026.124466
PMID:42162687
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研究论文 | 本研究探讨METTL3介导的m6A修饰在缺氧性肺动脉平滑肌细胞过度增殖及缺氧性肺动脉高压中的作用机制 | 首次揭示METTL3通过YTHDF2依赖方式调控FOXO1 mRNA的N6-甲基腺苷修饰,从而影响缺氧性肺动脉平滑肌细胞增殖,提出METTL3-YTHDF2-FOXO1信号轴作为潜在治疗靶点 | NA | 确定METTL3介导的m6A修饰在缺氧性肺动脉平滑肌细胞过度增殖和缺氧性肺动脉高压中的作用 | 人类肺动脉高压组织、平滑肌特异性Mettl3基因敲除小鼠、缺氧性肺动脉高压模型、人肺动脉平滑肌细胞 | 机器学习 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序、MeRIP-qPCR、RIP-qPCR、荧光素酶报告实验 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 369 | 2026-06-19 |
Integrated spatial transcriptomic and metabolic profiling identifies molecular networks associated with cognitive performance in the porcine prefrontal cortex
2026-May-18, Zoological research
IF:4.0Q1
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研究论文 | 通过整合空间转录组学和代谢组学,生成了猪前额叶皮层的高分辨率多维分子图谱,揭示了与认知表现相关的分子网络 | 首次在有沟回的大型动物大脑中建立空间解析的多组学框架,用于研究认知功能 | NA | 阐明认知功能背后的分子结构 | 猪前额叶皮层组织 | NA | 认知障碍 | 空间转录组学、代谢组学、免疫组化分析 | NA | 空间转录组数据、代谢组数据 | 猪和分层小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 370 | 2026-06-19 |
Workload-induced changes to cell state contribute to β-cell failure in diabetes
2026-May-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.13.725004
PMID:42239070
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示工作负荷诱导的β细胞状态变化在糖尿病发病中的作用 | 首次发现工作负荷诱导的β细胞过度刺激会导致失代偿,并鉴定出一种与应激状态不同的新型补偿状态 | 未提及具体局限性 | 研究β细胞从功能正常到失代偿状态转变的机制,特别是工作负荷诱导的过度刺激的作用 | 胰岛素分泌β细胞 | 机器学习 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠糖尿病模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 371 | 2026-06-19 |
Immune cells during compensatory renal hypertrophy after unilateral nephrectomy
2026-May-15, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-9568023/v1
PMID:42183369
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研究论文 | 探讨单侧肾切除后代偿性肾肥大的免疫细胞动态变化及其对肾功能的影响 | 首次系统揭示单侧肾切除后残余肾脏中免疫细胞的多阶段动态变化,包括先天性免疫快速激活、适应性免疫逐步调控以及免疫检查点水平变化,并发现Rag1小鼠中GFR恢复更显著 | 研究基于小鼠模型,结果需在人体中验证;未深入探讨具体免疫细胞亚群的分子机制 | 阐明单侧肾切除后代偿性肾肥大中免疫细胞的作用及机制 | 小鼠(野生型C57BL/6和Rag1小鼠) | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、肾小球滤过率测量 | 无特定模型 | 基因表达数据、细胞表型数据 | 小鼠模型,具体数量未说明 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 372 | 2026-06-19 |
GatorSC: multi-scale cell and gene graphs with mixture-of-experts fusion for single-cell transcriptomics
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag330
PMID:42308421
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研究论文 | 提出GatorSC框架,通过多尺度细胞和基因图与混合专家融合进行单细胞转录组学表示学习 | 首次将多尺度细胞图和基因图与混合专家架构结合,通过图重建和图对比学习的自监督目标实现噪声鲁棒和结构保持的表示学习 | 未明确讨论计算效率或大规模数据集的扩展性 | 开发统一的表示学习框架,有效利用单细胞转录组数据中跨细胞和基因的多尺度结构信息进行综合分析 | 单细胞转录组数据中的细胞和基因 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | scRNA-seq | 图神经网络、混合专家模型 | 单细胞基因表达数据 | 19个公开scRNA-seq数据集,涵盖不同组织、物种和测序平台;一个阿尔茨海默病单细胞核数据集 | NA | scRNA-seq | NA | NA |
| 373 | 2026-06-19 |
Current trends and challenges in deciphering single molecule resolution maps of single cell transcriptomes
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag323
PMID:42308418
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综述 | 回顾单细胞RNA测序技术从手动分离到高通量短读和长读测序的演变,并讨论其在单分子分辨率下解析单细胞转录组的当前趋势与挑战 | 整合技术、计算和生物学视角,系统阐述长读长测序与高通量条形码结合后对细胞异质性和转录动态研究的变革潜力 | 文中未提及自身局限性,但长读长测序仍面临碱基识别准确性较低和通量相对短读技术不足等问题 | 总结单细胞RNA测序技术发展历程并探讨长读长测序在单细胞转录组学中的应用前景 | 单细胞RNA测序技术及其在细胞异质性、转录动态及相关计算工具中的应用 | 自然语言处理 | NA | RNA-seq, scRNA-seq, 长读长测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium, 组合条形码平台 | 高通量短读液滴与组合条形码平台,结合长读长测序协议 |
| 374 | 2026-06-19 |
Machine learning-guided multimodal profiling defines perturbed immune states at the time of cancer diagnosis
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag320
PMID:42308424
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研究论文 | 利用机器学习引导的多模态分析,在癌症诊断时描绘外周血单个核细胞的免疫状态变化 | 首次整合流式细胞术、多重细胞因子分析和单细胞RNA测序的多组学数据,并结合机器学习模型对初治癌症患者的免疫状态进行系统性刻画,且模型可解释性强 | 未在独立外部队列中验证模型的泛化能力,样本量可能有限,且仅聚焦于外周血而未能涵盖肿瘤微环境 | 阐明癌症诊断时全身免疫状态的扰动特征,并建立基于免疫的多组学分析方法 | 初治癌症患者的血液样本,包括外周血单个核细胞和血浆 | 机器学习 | 癌症 | 流式细胞术、多重细胞因子分析、单细胞RNA测序 | 机器学习模型(具体类型未明确) | 单细胞多组学数据(流式细胞术和单细胞RNA测序)、血浆细胞因子数据 | 初治癌症患者与健康供者,具体数量未在摘要中说明 | NA | 单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | NA |
| 375 | 2026-06-19 |
Activation of the Cerebrospinal Fluid-Contacting Nucleus Mitigates Systemic Inflammation Induced by Sepsis
2026-May-01, Shock (Augusta, Ga.)
DOI:10.1097/SHK.0000000000002665
PMID:41457044
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研究论文 | 本研究揭示脑脊液接触核在脓毒症中通过调控免疫反应发挥保护性作用 | 首次阐明脑脊液接触核通过神经-免疫交互机制调控脓毒症全身性炎症反应 | 未明确脑脊液接触核调控免疫的具体下游分子通路 | 探究脑脊液接触核在脓毒症中的免疫调节作用及机制 | 脓毒症小鼠模型中的脑脊液接触核 | 机器学习 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 脓毒症小鼠脑脊液接触核组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'转录组测序 |
| 376 | 2026-06-19 |
Integrated Bulk and Single-Cell RNA-Seq Analysis Reveals Transcriptional Activation of PTGS2 by FOS in Progression From T2DM to T2DM-Associated NAFLD
2026-05, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.71182
PMID:42108421
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研究论文 | 通过整合批量与单细胞RNA测序数据,揭示FOS介导的PTGS2转录激活在2型糖尿病相关非酒精性脂肪肝病进展中的调控作用 | 首次证明FOS直接结合PTGS2启动子驱动其转录,并阐明该通路在T2DM向NAFLD转化中介导肝脏炎症和凋亡的机制 | 未提及具体局限性 | 探究从2型糖尿病进展为T2DM相关非酒精性脂肪肝病的分子机制 | 2型糖尿病及T2DM相关NAFLD患者样本中的基因表达和调控网络 | 机器学习和转录组学 | 2型糖尿病, 非酒精性脂肪肝病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 双荧光素酶报告实验 | LASSO回归, 随机森林 | 基因表达数据 | NA | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 377 | 2026-06-19 |
SLA2 is Associated With Immune evasion and Exhaustion of CD8+ T Cells in Gastric Cancer
2026-05, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.71164
PMID:42108520
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研究论文 | 研究SLA2在胃癌中与CD8+ T细胞免疫逃逸和耗竭的关联 | 首次揭示SLA2在胃癌肿瘤微环境中通过负调控CD8 T细胞促进免疫逃逸的机制,并从表观遗传学角度阐明其表达调控 | 未在体内模型中验证SLA2敲低对免疫治疗的增强效果;样本来源和机制研究的深度可能有限 | 探索SLA2在胃癌肿瘤微环境中对CD8 T细胞功能的影响及其免疫逃逸机制 | 胃癌组织样本、CD8 T细胞 | 机器学习 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 378 | 2026-06-19 |
Integrating single-cell RNA and bulk RNA sequencing data to identify prognostic genes associated with pyrimidine metabolism in triple-negative breast cancer by machine learning algorithm combinations
2026-Apr-30, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-05118-6
PMID:42060238
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA和批量RNA测序数据,利用机器学习算法组合识别三阴性乳腺癌中与嘧啶代谢相关的预后基因 | 采用101种机器学习算法组合构建风险模型,并结合单细胞RNA测序分析探索与预后基因表达相关的细胞类型 | 数据均来自公共数据库,未提及外部验证队列的多样性或前瞻性验证 | 识别三阴性乳腺癌中与嘧啶代谢相关的预后基因并构建风险模型 | 三阴性乳腺癌的基因表达数据和患者预后信息 | 机器学习 | 三阴性乳腺癌 | RNA测序 | 机器学习算法组合 | 基因表达数据 | 来自公共数据库的三阴性乳腺癌样本 | NA | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 379 | 2026-06-19 |
Integration of 117 machine learning algorithms and single-cell transcriptomics identifies macrophage polarization and ER stress signatures for cancer prognosis and precision therapy
2026-Apr-30, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-05126-6
PMID:42062606
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研究论文 | 通过整合117种机器学习算法和单细胞转录组学,识别巨噬细胞极化和内质网应激特征用于癌症预后和精准治疗 | 首次系统性地在泛癌水平分析巨噬细胞极化和内质网应激相关基因,并利用117种机器学习算法组合开发出稳健的预后特征 | 未提及具体限制 | 探究巨噬细胞极化和内质网应激相关基因在癌症进展和治疗抵抗中的作用,并开发预后标志物和精准治疗策略 | 33种癌症类型的多组学数据,包括TCGA、GTEx、CCLE以及单细胞RNA测序数据集中的86,378个细胞 | 机器学习 | 肺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | 机器学习算法组合(117种) | 文本 | 86,378个单细胞(来自多种癌症类型) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 380 | 2026-06-19 |
Lipid metabolism as a central driver of immune remodeling and therapeutic vulnerability in metastatic colorectal cancer
2026-Apr-30, Lipids in health and disease
IF:3.9Q2
DOI:10.1186/s12944-026-02956-9
PMID:42063056
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综述 | 本综述整合了结直肠癌中脂质代谢重编程的最新知识,结合新兴多组学见解,揭示了脂质代谢在转移性结直肠癌免疫重塑和潜在治疗靶点中的核心驱动作用 | 通过整合单细胞和空间转录组学、代谢组学及脂质组学等多组学技术,首次高分辨率绘制了转移性结直肠癌病变中脂质依赖性免疫微环境,并识别出先前未被认识到的代谢脆弱性,提出了脂质代谢作为统一框架理解转移性结直肠癌生物学 | 研究主要基于相关性和临床前证据,缺乏大规模临床验证,脂质代谢与免疫重塑的因果关系机制尚需进一步确认 | 系统阐述脂质代谢在结直肠癌转移中驱动免疫重塑和产生治疗易感性的分子机制,并探讨靶向脂质代谢通路与免疫治疗的协同策略 | 结直肠癌,特别是转移性结直肠癌 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞转录组学,空间转录组学,代谢组学,脂质组学 | NA | 多组学数据 | 鼠类模型和人类研究数据 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,空间转录组学,代谢组学,脂质组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞转录组测序,10x Visium空间转录组学技术 |