单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2025-05-20	Integration of Bulk RNA and Single-Cell Analyses Reveal Distinct Expression Patterns of Anoikis-Related Genes and the Immunosuppressive Role of NQO1+ Macrophages in Hepatocellular Carcinoma 2025-May-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202501310R PMID:40386974	研究论文	本研究通过整合批量RNA和单细胞RNA测序分析，探讨了anoikis相关基因（ARGs）在肝细胞癌（HCC）中的预后价值及其对免疫抑制微环境的影响	建立了一个包含11个ARGs的anoikis相关基因风险评分模型（ARGRS），并通过单细胞RNA测序评估了ARGs在HCC中的异质性，同时揭示了NQO1+巨噬细胞的免疫抑制作用	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨ARGs在HCC中的预后价值及其对免疫抑制微环境的影响	肝细胞癌（HCC）患者和NQO1+巨噬细胞	数字病理学	肝细胞癌	批量RNA测序和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习模型	RNA测序数据	NA
362	2025-05-20	Cutaneous granulomas: mechanisms, cellular interactions and therapeutic insights 2025-May-19, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljaf096 PMID:40080709	综述	本文综述了皮肤肉芽肿的形成机制、细胞相互作用及其治疗前景	强调了TREM2+巨噬细胞在肉芽肿形成和维持中的关键作用，以及单细胞RNA测序技术在揭示肉芽肿细胞异质性和分子途径中的应用	肉芽肿形成的精确过程及其功能意义仍不明确	探讨肉芽肿的形成机制及其在疾病中的作用，为开发新的治疗策略提供依据	皮肤肉芽肿及其相关疾病（如结节病、环状肉芽肿、结核和麻风病）	分子生物学与免疫学	皮肤病	单细胞RNA测序	NA	分子与细胞数据	NA
363	2025-05-20	Integration of mass cytometry and single-cell RNA-sequencing of cells in bronchoalveolar lavage 2025-May-19, BioTechniques IF:2.2Q4 DOI:10.1080/07366205.2025.2505347 PMID:40384395	research paper	该研究通过整合质谱流式细胞术和单细胞RNA测序技术，对支气管肺泡灌洗液中的细胞进行了表征	首次在同一健康参与者的支气管肺泡灌洗液样本中同时应用sc-RNA-seq和CyTOF技术，比较了两种平台在细胞亚群水平上的相关性	研究仅针对健康参与者的样本，未涉及疾病状态下的验证	评估单细胞RNA测序与蛋白质检测方法在细胞表征中的互补性	健康参与者支气管肺泡灌洗液中的细胞	单细胞组学	NA	sc-RNA-seq, CyTOF	NA	单细胞RNA测序数据, 蛋白质表达数据	健康参与者的支气管肺泡灌洗液样本
364	2025-05-20	HLA class I-downregulated senescent epidermal basal cells orchestrate skin pathology in cutaneous lupus erythematosus 2025-May-19, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43244 PMID:40386939	research paper	研究衰老表皮基底细胞在皮肤红斑狼疮（CLE）发病机制中的作用	发现衰老表皮基底细胞通过调控HLA-I表达和IFN信号，促进CD8阳性T细胞对正常表皮基底细胞的毒性作用	研究样本量有限，尤其是对照组样本较少	探究衰老表皮基底细胞在CLE发病机制中的作用	皮肤红斑狼疮（CLE）患者和系统性红斑狼疮（SLE）小鼠模型	免疫学	红斑狼疮	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因表达分析、药物清除实验	小鼠模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	CLE患者68例，对照4例；单细胞RNA测序数据CLE患者7例，对照14例；SLE患者17例
365	2025-05-20	Transcriptomic signatures of host immune responses in aphthous ulcers, the earliest lesions of Crohn's disease, suggest that bacterial uptake, rather than global dysbiosis, is the initiating factor 2025-May-19, Immunology and cell biology IF:3.2Q3 DOI:10.1111/imcb.70031 PMID:40386941	研究论文	本研究通过比较克罗恩病患者与对照组的基因表达，揭示了克罗恩病最早病变的机制	发现克罗恩病最早病变的基因表达特征，提出细菌摄取而非全局菌群失调是疾病起始因素的新观点	研究样本可能有限，且仅关注了最早病变阶段的基因表达	探究克罗恩病最早病变阶段的分子机制	克罗恩病患者的阿弗他溃疡、Peyer斑块、炎症黏膜及正常黏膜	转录组学	克罗恩病	total RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	RNA测序数据	患者与对照组的黏膜组织样本
366	2025-05-20	Integrating Spatial and Single-Nucleus Transcriptomic Data to Assess the Effects of Intrauterine Hyperglycemia on Fetal Pancreatic Development 2025-May-19, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411126 PMID:40387171	research paper	该研究整合空间转录组学和单核RNA测序数据，评估宫内高血糖对胎儿胰腺发育的影响	首次结合单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了母体糖尿病对胎儿胰腺细胞功能和细胞间通讯的具体影响	研究仅针对E16.5和E18.5两个时间点的胎儿胰腺，未涵盖更广泛的发育阶段	探究母体糖尿病对胎儿胰腺发育的分子机制	胎儿胰腺（E16.5和E18.5）	digital pathology	diabetes	单核RNA测序, 空间转录组学(ST)	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	E16.5和E18.5两个时间点的胎儿胰腺样本
367	2025-05-20	Visualization of the Spiral Ganglion Neuron in Vivo Using a Novel 177Lu Nuclear Molecule Label 2025-May-19, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202504464 PMID:40387257	研究论文	本研究开发了一种新型的177Lu核分子标记物，用于在体内可视化螺旋神经节神经元（SGNs），为评估耳蜗神经完整性提供了新方法	首次使用放射性核素标记的抗VGLUT1抗体药物在动物水平实现耳蜗SGNs的体内成像	研究仅在动物模型中进行，尚未应用于人体	开发一种能够直接评估耳蜗神经完整性的方法，以改善人工耳蜗植入术前的评估	螺旋神经节神经元（SGNs）	分子影像学	听力损失	核素成像	NA	影像数据	小鼠和猪模型
368	2025-05-20	Activation of HTR2B Suppresses Osteosarcoma Progression through the STAT1-NLRP3 Inflammasome Pathway and Promotes OASL1+ Macrophage Production to Enhance Antitumor Immunity 2025-May-19, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415276 PMID:40387572	研究论文	本研究探讨了5-羟色胺受体2B（HTR2B）在骨肉瘤进展中的潜在作用及其通过STAT1-NLRP3炎症小体途径和OASL1+巨噬细胞产生增强抗肿瘤免疫的机制	首次揭示了HTR2B通过STAT1-NLRP3炎症小体途径抑制骨肉瘤进展，并通过促进OASL1+巨噬细胞产生增强抗肿瘤免疫的双重作用机制	研究主要基于体外实验和数据库分析，缺乏大规模临床验证	探索HTR2B在骨肉瘤进展中的作用及其治疗潜力	骨肉瘤组织和细胞系	肿瘤学	骨肉瘤	转录组测序分析、单细胞测序	NA	基因表达数据、单细胞数据	TARGET和GEO数据库中的骨肉瘤样本及医院收集的骨肉瘤组织样本
369	2025-05-20	Scar-associated macrophages and biliary epithelial cells interaction exacerbates hepatic fibrosis in biliary atresia 2025-May-18, Pediatric research IF:3.1Q1 DOI:10.1038/s41390-025-04100-2 PMID:40383871	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间定位数据，揭示了胆道闭锁(BA)肝脏中疤痕相关巨噬细胞(SAMs)和胆道上皮细胞(BECs)的相互作用如何加剧肝纤维化	首次发现SAMs通过调节BECs的上皮-间质转化(EMT)促进肝纤维化进展，并识别出BA诊断的生物标志物	样本量较小(仅8例组织样本)，且缺乏长期随访数据验证治疗效果	探究BA肝脏微环境变化及其在肝纤维化中的作用机制	胆道闭锁患者的肝脏组织	单细胞转录组学	胆道闭锁	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	8例肝脏组织(2例正常组织，2例胆总管囊肿组织，4例BA组织)
370	2025-05-20	New insights into tumor microenvironment and HPV integrations in cervical cancer pathogenesis revealed by single-cell transcriptome data 2025-May-17, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddaf027 PMID:40151001	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究宫颈癌发病机制中肿瘤微环境与HPV整合的关系	开发了一种从scRNA-seq数据中识别HPV整合事件的方法，并发现了新的HPV重复整合基因	NA	探讨宫颈癌发病机制中细胞异质性与HPV整合的关联	正常患者及三个疾病阶段（HSIL、MIC、CSCC）的宫颈组织	数字病理学	宫颈癌	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	涉及正常患者及三个疾病阶段（HSIL、MIC、CSCC）的宫颈组织样本
371	2025-05-20	DNA hypermethylation of PLTP mediated by DNMT3B aggravates vascular dysfunction in diabetic retinopathy via the AKT/GSK3β signaling pathway 2025-May-17, Clinical epigenetics IF:4.8Q1 DOI:10.1186/s13148-025-01874-4 PMID:40380281	研究论文	本研究探讨了磷脂转移蛋白(PLTP)在糖尿病视网膜病变(DR)中血管功能障碍的作用及其DNA甲基化调控机制	首次揭示了DNMT3B介导的PLTP DNA高甲基化通过AKT/GSK3β信号通路加重DR血管功能障碍的分子机制	研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未在临床样本中验证	阐明PLTP在DR血管功能障碍中的作用及DNA甲基化调控机制	人视网膜微血管内皮细胞(HRMECs)和链脲佐菌素处理的小鼠	分子生物学	糖尿病视网膜病变	单细胞测序、转录组测序、免疫共沉淀、荧光素酶报告基因检测	NA	基因表达数据、甲基化数据	细胞模型和小鼠模型
372	2025-05-20	Protocol for isolating and characterizing human vitreous immune cell infiltrates by flow cytometry and single-cell transcriptomic studies 2025-May-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103830 PMID:40382772	研究论文	本文介绍了一种用于通过流式细胞术和单细胞转录组学研究分离和表征人类玻璃体免疫细胞浸润的定制方案	提出了针对人类玻璃体样本的免疫细胞分离和表征的定制方案，包括手术修改和其他措施以最大化免疫细胞产量	未提及具体样本量或实验结果的局限性	开发一种用于研究眼内免疫反应的玻璃体免疫细胞分离和表征方法	人类玻璃体中的免疫细胞浸润	生物医学研究	NA	流式细胞术, 单细胞转录组学	NA	细胞样本, 转录组数据	NA
373	2025-05-20	Integrating multi-omics data to identify the role of Aggrephagy-related genes in tumor microenvironment and key tumorigenesis factors of GB from the perspective of single-cell sequencing 2025-May-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02431-4 PMID:40377747	research paper	本研究通过整合多组学数据，从单细胞测序的角度探讨了聚集自噬相关基因（ARGs）在胶质母细胞瘤（GB）肿瘤微环境（TME）和肿瘤发生中的关键作用	首次利用单细胞测序技术分析ARGs对GB的TME和肿瘤发生的影响，并通过分子对接分析确定了TUBA1C和UBB作为潜在的治疗靶点	未提及样本量大小，可能影响结果的普遍性	探索ARGs在GB的TME和肿瘤发生中的作用，并验证其预后意义及免疫治疗预测潜力	胶质母细胞瘤（GB）及其肿瘤微环境（TME）	digital pathology	glioblastoma	single-cell sequencing, non-negative matrix factorization, molecular docking	NA	single-cell sequencing data	NA
374	2025-05-20	Deciphering the interaction between the expression of LRP2 served as a mitochondrial metabolism-related gene and prognosis in colon cancer integrating multi-omics analysis 2025-May-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02568-2 PMID:40377809	研究论文	本研究通过多组学分析探讨了LRP2基因在结肠癌中的表达及其预后价值	首次将LRP2基因作为线粒体代谢相关基因与结肠癌预后联系起来，并通过多组学数据验证其临床意义	研究样本量有限，且主要依赖公共数据库数据，需要更多独立队列验证	探索LRP2基因在结肠癌中的表达特征及其临床预后价值	结肠腺癌(COAD)患者和结肠癌细胞系	癌症基因组学	结肠癌	单细胞测序、转录组学分析、免疫组化(IHC)、CCK-8检测、流式细胞术	Cox回归分析、基因集富集分析(GSEA)	基因组数据、转录组数据、临床病理数据、细胞实验数据	TCGA数据库中的结肠癌样本、GEO数据库中的验证数据集、HCT116和SW480细胞系
375	2025-05-20	Sialyltransferase gene signature as a predictor of prognosis and therapeutic response in kidney renal clear cell carcinoma 2025-May-16, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02566-4 PMID:40377806	研究论文	本研究基于唾液酸转移酶相关基因（SRGs）构建了一个预测模型，用于评估肾透明细胞癌（KIRC）患者的预后和治疗反应	首次基于SRGs构建KIRC预后模型，揭示了唾液酸化在KIRC中的关键作用，并识别了两种分子亚型及其对不同药物的敏感性差异	研究主要依赖公共数据库数据，缺乏独立的前瞻性临床队列验证	开发KIRC预后预测模型并探索唾液酸化在肿瘤生物学中的作用机制	肾透明细胞癌（KIRC）患者	肿瘤基因组学	肾癌	RNA-Seq, scRNA-seq, 生物信息学分析	Cox回归风险模型	基因表达数据	TCGA和ICGC数据库中的KIRC样本
376	2025-05-20	The critical role of BMP signaling in gastric epithelial cell differentiation revealed by organoids 2025-May-16, Cell regeneration (London, England) DOI:10.1186/s13619-025-00237-x PMID:40377813	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序和信号通路操作，揭示了BMP信号在胃上皮细胞分化中的关键作用	揭示了BMP4信号在刺激胃小凹细胞和壁细胞分化中的作用，并发现BMP4与EGF信号协同增强小凹细胞分化，同时抑制TGF-β和BMP4信号促进主细胞分化	研究主要基于小鼠和人类胃类器官，可能不完全反映体内复杂环境	探究胃上皮细胞分化的分子机制及其在小鼠和人类中的异同	小鼠和人类胃类器官	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠和人类胃类器官
377	2025-05-20	SARS-CoV-2 induced immune perturbations in infants vary with disease severity and differ from adults' responses 2025-May-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59411-z PMID:40379618	research paper	该研究通过多维方法解析了SARS-CoV-2感染婴儿的免疫反应，并与成人反应进行了比较	首次系统地研究了因严重COVID-19住院婴儿的免疫反应，并揭示了婴儿与成人在免疫反应上的显著差异	样本量相对较小（n=26），且仅针对住院婴儿进行研究	解析SARS-CoV-2感染婴儿的免疫反应特征及其与成人的差异	SARS-CoV-2感染的婴儿（n=26）和匹配的对照组（n=14）	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	40名婴儿（26名感染，14名对照）
378	2025-05-20	Advances in spatial transcriptomics and its application in the musculoskeletal system 2025-May-16, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-025-00429-w PMID:40379648	综述	本文总结了空间转录组学的最新进展及其在肌肉骨骼系统中的应用	空间转录组学通过同时捕获基因表达谱和组织原位空间信息，革新了生物学研究，并逐渐应用于肌肉骨骼研究	NA	探讨空间转录组学在肌肉骨骼系统研究中的应用及其潜力	肌肉骨骼系统的生理和病理状态	生物信息学	肌肉骨骼系统疾病	空间转录组学	NA	基因表达数据和空间信息	NA
379	2025-05-20	USP2 inhibition unleashes CD47-restrained phagocytosis and enhances anti-tumor immunity 2025-May-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59621-5 PMID:40379682	研究论文	本文揭示了USP2通过去泛素化稳定CD47的机制，抑制USP2可促进CD47降解并重塑肿瘤微环境，从而增强抗PD-1免疫治疗的疗效	首次发现USP2通过去泛素化稳定CD47的调控机制，并证明抑制USP2可增强抗肿瘤免疫	研究主要基于小鼠模型，临床数据有限	探索CD47的调控机制以开发更有效的联合免疫疗法	CD47/SIRPα轴和肿瘤微环境	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序	小鼠肿瘤模型	基因表达数据和临床数据	小鼠模型和临床样本（数量未明确说明）
380	2025-05-20	A novel LncRNA risk model for disulfidptosis-related prognosis prediction and response to chemotherapy in acute myeloid leukemia 2025-May-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-01730-8 PMID:40379722	研究论文	本研究开发了一种基于与双硫死亡相关的长链非编码RNA（DRLs）的风险模型，用于预测急性髓系白血病（AML）患者的预后和化疗反应	首次构建了基于6种特定DRLs的预测模型，并验证了其在AML预后预测中的效用，同时探索了双硫死亡与AML的潜在联系	研究依赖于公开数据库数据，需要进一步实验验证模型的临床适用性	探索双硫死亡与AML的关系，开发预后预测模型和寻找新的治疗靶点	急性髓系白血病（AML）患者	生物信息学	急性髓系白血病	scRNA-seq, RT-qPCR, Cox比例风险模型, LASSO回归分析	风险预测模型	基因表达数据	来自GEO数据库的AML患者scRNA-seq数据