单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2025-06-11	Paracrine Orchestration of Tumor Microenvironment Remodeling Induced by GLO1 Potentiates Lymph Node Metastasis in Breast Cancer 2025-Jun-10, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500722 PMID:40492378	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多组学方法，揭示了乳腺癌淋巴结转移中肿瘤微环境的重塑机制，并发现GLO1在促进淋巴管生成和转移中的作用	首次通过单细胞RNA测序和多组学方法全面解析乳腺癌淋巴结转移的肿瘤微环境，并确定GLO1作为新的治疗靶点	样本量相对较小（23名患者的28个淋巴结样本），可能限制结果的普遍性	探究乳腺癌淋巴结转移中肿瘤微环境重塑的分子机制	乳腺癌患者的淋巴结转移样本	肿瘤微环境研究	乳腺癌	单细胞RNA测序, 多组学方法	NA	RNA测序数据, 多组学数据	23名患者的28个淋巴结样本
362	2025-06-11	Baseline total lesion glycolysis identifies high-risk patients with immunosuppressive signatures in early-stage natural killer/T-cell lymphoma 2025-Jun-10, The oncologist DOI:10.1093/oncolo/oyaf164 PMID:40492497	研究论文	本研究探讨了基线总病灶糖酵解（TLG）作为生物标志物在早期自然杀伤/T细胞淋巴瘤（NKTCL）高风险患者识别中的应用	首次提出基线TLG作为识别高风险NKTCL患者的生物标志物，并发现其与免疫抑制微环境的相关性	样本量相对较小（n=192），且仅针对早期NKTCL患者	探索基线生物标志物在NKTCL预后预测中的应用	早期自然杀伤/T细胞淋巴瘤（NKTCL）患者	数字病理学	自然杀伤/T细胞淋巴瘤	18F-FDG PET/CT, scRNA-seq, bulk RNA-seq	NA	影像数据, 基因表达数据	192例早期NKTCL患者（训练组127例，验证组65例），其中10例进行scRNA-seq，65例进行bulk RNA-seq
363	2025-06-11	The glia-immune network: Astrocytes and oligodendrocytes as microglial co-ordinators in health and disease 2025-Jun-10, The Journal of physiology DOI:10.1113/JP287015 PMID:40492604	综述	本文探讨了星形胶质细胞和少突胶质细胞作为小胶质细胞协调者在健康和疾病中的作用，特别是在中枢神经系统免疫系统中的功能	强调了巨胶质细胞（星形胶质细胞和少突胶质细胞）在免疫信号通路中的参与，挑战了传统认为免疫功能仅限于免疫细胞的观点	需要进一步研究以阐明胶质细胞之间具体的分子对话机制	探讨巨胶质细胞来源的免疫信号及其在健康和疾病中的相关性	星形胶质细胞、少突胶质细胞和小胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
364	2025-06-11	Nanocoding: Lipid Nanoparticle Barcoding for Multiplexed Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jun-09, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.5c02111 PMID:40489257	研究论文	本文介绍了一种名为nanocoding的新技术，利用脂质纳米颗粒（LNPs）在单细胞RNA测序（scRNA-seq）中实现高密度条形码标记	使用脂质纳米颗粒（LNPs）作为条形码载体，显著提高了标记密度和稳定性，克服了现有DNA标记方法的局限性	未明确提及技术在大规模应用中的成本效益分析或长期稳定性数据	开发一种高效、稳定的样本多重标记技术，以降低scRNA-seq的成本并减少批次效应	培养细胞系、组织消化物中的异质细胞（如脾脏和肥胖啮齿动物脂肪组织）	单细胞测序技术	肥胖相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、脂质纳米颗粒（LNPs）标记	NA	RNA测序数据	培养细胞系、脾脏消化物（6-plex条形码样本）、肥胖啮齿动物脂肪组织样本
365	2025-06-11	Serum amyloid A1-Induced intrahepatic regulatory T cell dysfunction drives autoimmune hepatitis progression 2025-Jun-09, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001419 PMID:40489740	research paper	该研究探讨了血清淀粉样蛋白A1（SAA1）如何通过Toll样受体2（TLR2）损害调节性T细胞（Tregs）功能，从而推动自身免疫性肝炎（AIH）的进展	揭示了AIH中肝内Tregs功能失调的新机制，并提出了通过靶向SAA1-TLR2通路恢复Tregs功能的新治疗策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类AIH患者中进行验证	探究AIH中Tregs功能失调的分子机制及其对疾病进展的影响	自身免疫性肝炎（AIH）小鼠模型中的调节性T细胞（Tregs）	免疫学	自身免疫性肝炎	单细胞RNA测序（10× Genomics平台）、AAV8介导的基因治疗	FoxP3-DTR/eGFP小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠模型
366	2025-06-11	Tumor microenvironment heterogeneity and progression mechanisms in intrahepatic cholangiocarcinoma: A study based on single-cell and spatial transcriptomic sequencing 2025-Jun-09, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001423 PMID:40489753	研究论文	基于单细胞和空间转录组测序研究肝内胆管癌肿瘤微环境异质性及进展机制	揭示了肝内胆管癌肿瘤微环境的异质性，鉴定了ASPH作为侵袭亚型的标志基因，并发现CEP作为ASPH抑制剂可有效抑制肿瘤进展	样本量相对较小（12例单细胞测序样本和4例空间转录组样本），验证队列虽较大（87例RNA-seq样本），但仍需更大规模研究验证	探索肝内胆管癌的发病和进展机制	肝内胆管癌患者样本（肿瘤组织、淋巴转移灶）及小鼠模型	数字病理	肝内胆管癌	单细胞测序、空间转录组测序、RNA-seq、多重免疫荧光	小鼠模型、类器官模型	基因表达数据、空间转录组数据、免疫荧光图像	12例单细胞测序样本、4例空间转录组样本、87例RNA-seq验证样本
367	2025-06-11	Temporal single-cell sequencing analysis reveals that GPNMB-expressing macrophages potentiate muscle regeneration 2025-Jun-09, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01467-4 PMID:40490493	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序揭示了表达GPNMB的巨噬细胞在肌肉再生中的关键作用	发现了一种表达GPNMB的巨噬细胞亚群，其在巨噬细胞介导的肌肉再生中发挥关键作用，并证明了GPNMB对肌肉细胞的直接影响	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究巨噬细胞在骨骼肌修复中的表型多样性及其在肌肉再生中的作用	骨骼肌中的巨噬细胞	单细胞测序	肌肉损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	不同时间点的骨骼肌单细胞
368	2025-06-11	Mapping the role of cytokine signaling at single-cell and structural resolution in uveal melanoma 2025-Jun-09, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-025-00337-3 PMID:40490526	研究论文	通过单细胞RNA测序和结构生物学方法，研究细胞因子信号在葡萄膜黑色素瘤中的角色及其预后和治疗意义	结合单细胞RNA测序与结构生物学方法，首次揭示ISG20在葡萄膜黑色素瘤中的关键作用及其作为治疗靶点的潜力	样本量较小，仅包括8个原发性和3个转移性葡萄膜黑色素瘤样本	理解葡萄膜黑色素瘤肿瘤微环境的复杂性并探索新的治疗策略	葡萄膜黑色素瘤（UVM）患者的原发性和转移性肿瘤组织	数字病理学	葡萄膜黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、AlphaFold 2技术、分子对接分析	Cox回归和LASSO风险模型	RNA测序数据	8个原发性葡萄膜黑色素瘤眼组织和3个肝脏转移性葡萄膜黑色素瘤样本
369	2025-06-11	Validation of single-cell transcriptomic profiles from Illumina and MGI Tech sequencing platforms 2025-Jun-09, FEBS letters IF:3.0Q3 DOI:10.1002/1873-3468.70087 PMID:40490970	研究论文	比较Illumina和MGI Tech测序平台在单细胞转录组分析中的性能	首次比较Illumina和MGI Tech在单细胞RNA测序中的表现，特别是在异质性样本中的生物学见解	研究仅基于三个人类癌症样本，样本量较小	验证和比较不同测序平台在单细胞转录组分析中的性能	人类癌症样本	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	三个人类癌症样本
370	2025-06-11	The rules of different B cell subtypes in colorectal cancer: friends or foes? 2025-Jun-09, Future oncology (London, England) DOI:10.1080/14796694.2025.2511588 PMID:40491002	review	本文总结了近年来基于单细胞RNA测序在结直肠癌中肿瘤浸润B细胞（TIBs）的研究进展，重点关注了不同B细胞亚群在结直肠癌肿瘤微环境中的特定效应或调节特性	聚焦于结直肠癌肿瘤微环境中B细胞亚群的异质性及其功能多样性，揭示了TIBs在免疫反应中的双重作用	TIBs在肿瘤微环境中的具体作用及其与非免疫细胞的相互作用仍不明确	探讨TIBs在结直肠癌肿瘤微环境中的功能及其对免疫治疗的影响	肿瘤浸润B细胞（TIBs）及其在结直肠癌肿瘤微环境中的亚群	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
371	2025-06-11	KRT5high TP63-expressing urothelial basal cells act as a driver to bladder urothelium regeneration in rabbit 2025-Jun-07, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04417-z PMID:40483513	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术鉴定了一组具有干细胞特性的KRT5高表达TP63阳性基底细胞，这些细胞在兔膀胱粘膜全层切除后能够激活并分化为中间层和表层伞状细胞，为膀胱组织工程提供了理想的种子细胞	首次鉴定并验证了KRT5high TP63-expressing基底细胞亚群在膀胱尿路上皮再生中的驱动作用，并开发了基于胶囊血管床的生物工程尿路上皮构建策略	研究仅在兔模型中进行，尚未验证在人类或其他大型动物模型中的适用性	探索膀胱尿路上皮再生的细胞机制并开发组织工程新策略	兔膀胱尿路上皮基底细胞	组织工程	膀胱疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、细胞片移植技术	NA	基因表达数据、组织形态学数据	兔膀胱粘膜样本(具体数量未明确说明)
372	2025-06-11	Single-cell transcriptome sequencing reveals new epithelial-stromal associated mesenchymal-like subsets in recurrent gliomas 2025-Jun-07, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-025-02036-6 PMID:40483536	研究论文	该研究通过单细胞转录组测序揭示了复发性胶质瘤中新的上皮-基质相关间充质样亚群	发现了复发性胶质母细胞瘤中富含EMT相关基因（如EGR1和SERPINE1）的新型间充质样亚群，并验证了这些亚群在肿瘤侵袭和复发中的关键作用	样本量相对较小（52例），且仅针对IDH野生型胶质母细胞瘤	探索驱动胶质瘤复发的转录和调控机制，特别是间充质样亚群的作用	52例IDH野生型胶质母细胞瘤标本（26例原发性和26例复发性肿瘤）	数字病理学	胶质瘤	单核RNA测序、空间转录组学、基因调控网络分析、拷贝数变异检测、非负矩阵分解	NA	转录组数据、空间转录组数据	52例IDH野生型胶质母细胞瘤标本
373	2025-06-11	Heterogeneous characteristics of γδ T cells in peripheral blood of diffuse large B-cell lymphoma 2025-Jun-07, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-025-00795-x PMID:40483533	research paper	本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析了弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者外周血中γδ T细胞的异质性及其与临床预后的关系	首次在DLBCL患者中鉴定出6种不同的γδ T细胞亚群，并发现TIGIT高表达的γδ T细胞亚群与不良预后显著相关	样本量较小(6例患者和3例健康对照)，需要更大规模的队列验证	探究DLBCL患者外周血中γδ T细胞的异质性及其临床意义	弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者和健康个体的外周血样本	肿瘤免疫学	弥漫性大B细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	9例血液样本(6例DLBCL患者和3例健康个体)
374	2025-06-11	A reflux linked GATA factor fulcrum dictates lineage commitment through GPRC5B during the esophageal dysplastic transition 2025-Jun-07, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101552 PMID:40490196	研究论文	本研究探讨了GATA家族转录因子在食管腺癌（EAC）和Barrett食管（BE）化生-异型增生过渡期间对肿瘤发生的影响机制	发现了GATA因子在BE-HGD-EAC过渡中的关键作用，并确定了GATA诱导的GPRC5B作为HGD向EAC进展的功能标志物和潜在驱动因子	研究主要基于体外实验和TCGA数据分析，需要更多体内实验验证	阐明GATA家族成员在食管腺癌发生过程中的作用机制	食管腺癌（EAC）和Barrett食管（BE）化生-异型增生过渡	癌症生物学	食管癌	RNAseq分析、shRNA/CRISPR基因沉默、空间转录组学、器官芯片（OOAC）研究	NA	基因表达数据、空间转录组数据	食管细胞系、病变来源的成体干细胞（ASCs）、TCGA数据集
375	2025-06-11	Cholangiocytes contribute to hepatocyte regeneration after partial liver injury during growth spurt in zebrafish 2025-Jun-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60334-y PMID:40480975	research paper	该研究探讨了斑马鱼在快速生长期部分肝脏损伤后，胆管细胞如何参与肝细胞再生的机制	揭示了快速生长期胆管细胞向肝细胞转分化的主要再生机制，并发现mTORC1信号在胆管细胞可塑性增强中的调控作用	研究仅在斑马鱼模型中进行，尚未在哺乳动物或人类中验证	阐明快速生长期肝脏再生的细胞来源和分子机制	斑马鱼肝脏	发育生物学	肝脏疾病	单细胞转录组学、谱系追踪、基因组编辑	斑马鱼模型	基因表达数据	两种部分肝脏损伤模型的斑马鱼
376	2025-06-11	RAN potentiates nuclear export of phosphorylated AMPK, reshaping lipid metabolism and impairing immune efficacy in lung adenocarcinoma 2025-Jun-06, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00977-8 PMID:40481101	研究论文	本文研究了RAN在肺腺癌中通过调节磷酸化AMPK的核输出，重塑脂质代谢并影响免疫治疗效果的作用机制	揭示了RAN通过调节p-AMPK的核输出影响脂质代谢和免疫逃逸的新机制，并提出了Selinexor与免疫治疗联合的新策略	样本量较小（n=15），且机制研究主要在细胞水平进行	探究肺腺癌中代谢重编程与免疫治疗抵抗的分子机制	肺腺癌患者样本和细胞系	肿瘤免疫学	肺腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	15例接受抗PD-1治疗的肺癌患者
377	2025-06-11	Identification of immune-associated genes and single-cell sequencing analysis in diagnosing Behçet's disease 2025-Jun-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-05086-x PMID:40481130	研究论文	本研究通过分析Behçet病(BD)的批量测序和单细胞测序数据，探讨了BD的免疫浸润景观，并发现了单核细胞可能是BD发生和发展的触发细胞，同时鉴定了5个新的潜在诊断生物标志物	首次在单细胞分辨率下探讨了BD的免疫浸润景观，并通过机器学习筛选出5个新的潜在诊断生物标志物	研究主要基于公共数据库数据，实验验证仅限于小鼠模型	探索BD的免疫机制并寻找新的诊断生物标志物	Behçet病(BD)患者和小鼠模型	生物信息学	Behçet病	批量测序(bulk-seq), 单细胞测序(single-cell seq), qRT-PCR	LASSO(最小绝对收缩和选择算子)	基因表达数据	来自GEO数据库的BD测序数据和小鼠模型
378	2025-06-11	SpotSweeper: spatially aware quality control for spatial transcriptomics 2025-Jun-06, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02713-3 PMID:40481362	research paper	介绍了一种名为SpotSweeper的空间感知质量控制方法，用于空间转录组学数据	SpotSweeper利用局部邻域信息校正空间混杂效应，能够识别局部异常值和区域伪影，这是现有方法无法做到的	目前仅在公开可用的Visium数据上进行了验证，尚未在其他空间转录组学技术上测试	开发专门针对空间转录组学数据的质量控制方法	空间转录组学数据	digital pathology	NA	spatially resolved transcriptomics (SRT)	NA	spatial transcriptomics data	公开可用的Visium数据
379	2025-06-11	The glycolytic reaction PGAM restrains Th17 pathogenicity and Th17-dependent autoimmunity 2025-Jun-05, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115799 PMID:40482033	研究论文	研究糖酵解反应PGAM如何调节Th17细胞的致病性及其在自身免疫性疾病中的作用	发现PGAM与其他糖酵解酶不同，是Th17细胞致病性的负调节因子	研究主要基于小鼠模型，人类Th17细胞的类似机制尚未验证	探索糖酵解反应对Th17细胞致病性的调控机制	Th17细胞及其在实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)模型中的作用	免疫代谢	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序，Compass算法	EAE小鼠模型	基因表达数据	NA
380	2025-06-11	The transcriptome of playfulness is sex biased in the juvenile rat medial amygdala: A role for inhibitory neurons 2025-Jun-04, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115782 PMID:40478737	研究论文	研究探讨了幼年大鼠内侧杏仁核中与玩耍行为相关的转录组在不同性别间的差异，并揭示了抑制性神经元在这一性别差异中的作用	首次揭示了幼年大鼠内侧杏仁核中与玩耍行为相关的转录组存在性别差异，并确定抑制性神经元是驱动这一差异的主要因素	研究仅在大鼠中进行，尚未在人类或其他物种中验证	探索玩耍行为性别差异的分子机制	幼年大鼠的内侧杏仁核	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	幼年大鼠的内侧杏仁核组织样本