单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2025-05-08	Human Single-Cell RNA-Sequencing Data Supports the Hypothesis of X Chromosome Insensitivity but Is Ineffective in Testing the Dosage Compensation Model 2025-Feb-03, Molecular biology and evolution IF:11.0Q1 DOI:10.1093/molbev/msaf004 PMID:39932018	研究论文	本研究利用人类单细胞RNA测序数据评估了X染色体与常染色体基因剂量补偿模型的假设，并探讨了scRNA-seq数据在此类分析中的潜在偏差	揭示了scRNA-seq数据在计算X:AA表达比时的固有偏差，并首次利用该数据检测到X染色体与常染色体间表达噪声的微小差异（10%-15%）	研究仅基于Smart-seq2平台数据，未涵盖其他单细胞测序技术；模拟数据集可能无法完全反映真实生物复杂性	验证基因剂量补偿模型的适用性并评估scRNA-seq数据在此类分析中的可靠性	人类X染色体与常染色体的基因表达模式	基因组学	NA	scRNA-seq（Smart-seq2平台）和bulk RNA-seq	NA	单细胞转录组数据	模拟数据集和人类Smart-seq2实证数据（具体样本量未明确说明）
362	2025-05-08	Single-cell sequencing reveals the mechanisms of multiple myeloma progression: clarity or confusion? 2025-Feb, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-025-06241-0 PMID:39918600	review	本文总结了单细胞测序在多发性骨髓瘤（MM）进展研究中的新见解，包括克隆进化、微环境转变、表观遗传变化及新的预后和治疗策略	利用单细胞测序技术解析MM的克隆进化、微环境转变和表观遗传变化，为MM的预后和治疗策略提供新方向	研究范围和技术的持续扩展与优化仍需进一步探索	探讨单细胞测序在解析多发性骨髓瘤进展机制中的应用	多发性骨髓瘤（MM）及其微环境	digital pathology	multiple myeloma	single-cell sequencing	NA	genomic data	NA
363	2025-05-08	Identifying patterns differing between high-dimensional datasets with generalized contrastive PCA 2025-Feb, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012747 PMID:39919147	research paper	本文提出了一种名为广义对比主成分分析（gcPCA）的新方法，用于比较高维数据集中的低维模式	gcPCA是一种无需超参数调整的灵活方法，解决了传统对比主成分分析（cPCA）的局限性，能够对称比较两个实验条件	虽然gcPCA在多种高维生物数据中展示了实用性，但未提及其在其他领域或更大规模数据集上的表现	开发一种能够有效比较高维数据集中低维模式的通用方法	高维生物数据集，包括神经生理学记录和单细胞RNA测序数据	machine learning	type II diabetes	single-cell RNA sequencing	gcPCA	high-dimensional biological data	NA
364	2025-05-08	Deciphering the cell type-specific and zonal distribution of drug-metabolizing enzymes, transporters, and transcription factors in livers of mice using single-cell transcriptomics 2025-Feb, Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals DOI:10.1016/j.dmd.2024.100029 PMID:39919554	research paper	该研究利用单细胞转录组学技术，解析了小鼠肝脏中药物代谢酶、转运体和转录因子的细胞类型特异性及区域分布	首次系统性地表征了肝脏不同细胞类型和区域中重要药物处理基因的基线mRNA富集情况	研究基于已发表的单细胞和细胞核转录组数据集，可能受限于原始数据质量和覆盖范围	解析肝脏中药物处理基因的分布特征	小鼠肝脏中的不同细胞类型（肝细胞、胆管细胞、内皮细胞、库普弗细胞、星状细胞、肌成纤维细胞等）和三个肝区（门静脉周围区、中区和中央静脉周围区）	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序、空间转录组学	Seurat V5	单细胞转录组数据、空间转录组数据	基于已发表的小鼠肝脏单细胞和细胞核转录组数据集
365	2025-05-08	ITGA5+ synovial fibroblasts orchestrate proinflammatory niche formation by remodelling the local immune microenvironment in rheumatoid arthritis 2025-Feb, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2024-225778 PMID:39919897	research paper	本研究通过单细胞和空间转录组学分析，揭示了ITGA5+滑膜成纤维细胞在类风湿性关节炎（RA）炎症反应中的关键作用	发现了一种新型的ITGA5+滑膜成纤维细胞亚群，该亚群通过分泌TGF-β1诱导CXCL13hiPD-1hi外周辅助T细胞（TPHs）的分化，重塑促炎微环境	研究结果主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要在更大规模的临床样本中进一步验证	探究滑膜成纤维细胞的表型异质性及其在RA炎症反应中的作用	滑膜成纤维细胞、CXCL13hiPD-1hi外周辅助T细胞（TPHs）	digital pathology	rheumatoid arthritis	single-cell transcriptomics, spatial transcriptomics, immunohistology, multiplex immunofluorescence, flow cytometry, bulk RNA sequencing	NA	transcriptomics data, imaging data	来自骨关节炎、持续缓解期和活动期RA患者的滑膜组织样本，以及胶原诱导性关节炎（CIA）小鼠模型
366	2025-05-08	Cell and transcriptomic diversity of infrapatellar fat pad during knee osteoarthritis 2025-Feb, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2024-225928 PMID:39919907	研究论文	本研究采用多组学方法，揭示了膝骨关节炎（KOA）患者髌下脂肪垫（IFP）的细胞和转录组多样性，并探讨了IFP在KOA、性别和肥胖状态中的差异	首次全面绘制了人类IFP的细胞和转录组多样性图谱，并确定了IFP成纤维细胞作为与KOA疾病、性别或肥胖相关的转录组和代谢差异的关键细胞	样本量相对较小（21个IFP），且未探讨不同治疗干预对IFP细胞和转录组的影响	探究膝骨关节炎（KOA）患者髌下脂肪垫（IFP）的细胞和转录组多样性及其与KOA、性别和肥胖状态的关系	21个IFP样本（6个健康对照和15个KOA供体）	生物信息学	膝骨关节炎	单核RNA测序、空间转录组学、代谢组学	NA	RNA测序数据、空间转录组数据、代谢组数据	82,924个核（来自21个IFP样本）
367	2025-05-08	Revealing the core suppression effects of various Di (2-ethylhexyl) phthalate exposure on early meiosis progression in postnatal male mice via single-cell RNA sequencing 2025-Feb, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.117866 PMID:39923572	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了DEHP暴露对雄性小鼠早期减数分裂进程的核心抑制作用	首次全面证明DEHP通过Trp53介导的p38-MAPK通路抑制雄性生殖细胞的早期减数分裂进程	研究仅针对小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究DEHP暴露对雄性生殖系统早期减数分裂进程的影响机制	出生后雄性小鼠的睾丸细胞	生殖生物学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序（10X Genomics）	NA	RNA测序数据	42,000个细胞
368	2025-05-08	Single Cell RNA-Seq Identifies Cell Subpopulations Contributing to Idiopathic Pulmonary Fibrosis in Humans 2025-Feb, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70402 PMID:39928535	研究论文	该研究利用单细胞RNA测序技术，识别了特发性肺纤维化（IPF）患者肺部细胞亚群的变化	首次通过单细胞RNA测序全面揭示了IPF患者肺部多种细胞亚群的比例变化及其相互作用	未深入探讨细胞亚群比例变化的具体分子机制	探究特发性肺纤维化的发病机制	IPF患者肺部的细胞亚群	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	IPF患者肺部组织样本
369	2025-05-08	Dynamic Activation of NADPH Oxidases in Immune Responses Modulates Differentiation, Function, and Lifespan of Plasma Cells 2025-Feb, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202350975 PMID:39931760	研究论文	本研究探讨了NADPH氧化酶（NOX）在B细胞免疫应答中的动态激活及其对浆细胞分化、功能和寿命的影响	首次结合单细胞转录组学和单细胞NOX活性检测，揭示了NOX1和NOX2在B细胞亚群中的动态表达及其与代谢途径、乳酸产生、IgG分泌率和细胞寿命的关系	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类B细胞中进行验证	探究NOX活性及ROS产生在B细胞活化过程中的作用机制	小鼠B细胞在二次免疫后的反应	免疫学	NA	单细胞转录组学、单细胞NOX活性检测	NA	单细胞转录组数据、NOX活性数据	NA
370	2025-05-08	Construction of the Single-Cell Landscape of Hashimoto's Thyroiditis Tissue and Peripheral Blood by Single-Cell RNA Sequencing 2025-Feb, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.70153 PMID:39931830	研究论文	通过单细胞RNA测序构建桥本甲状腺炎组织和外周血的单细胞图谱	构建了桥本甲状腺炎的单细胞图谱，发现了新的细胞亚群B_MEF2B_BCL6和TFC_PAX8_NKX2-1	样本量较小，仅包括6名HT患者的甲状腺组织和4名HT患者的外周血单个核细胞	探索桥本甲状腺炎的发病机制	桥本甲状腺炎患者的甲状腺组织和外周血单个核细胞	单细胞转录组学	桥本甲状腺炎	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	6名HT患者的甲状腺组织、4名HT患者的外周血单个核细胞和1名健康对照的甲状腺组织
371	2025-05-08	Analysis of toxicity and mechanisms of busulfan in non-obstructive azoospermia: A genomic and toxicological approach integrating molecular docking, single-cell sequencing, and experimentation in vivo 2025-Feb, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.117878 PMID:39933234	研究论文	本研究通过整合分子对接、单细胞RNA测序和体内实验，揭示了白消安在非梗阻性无精子症中的毒性机制及关键分子靶点	首次发现POLE和LRAT作为白消安的关键作用蛋白，揭示了其导致基因组不稳定和生殖细胞凋亡的机制，并分析了NOA睾丸中免疫细胞浸润的变化	研究主要聚焦于白消安的毒性机制，对其他化疗药物的生殖毒性未进行比较研究	阐明白消安导致非梗阻性无精子症的分子机制并寻找潜在治疗靶点	白消安对精原干细胞的影响及睾丸微环境变化	生殖毒理学	非梗阻性无精子症	分子对接、单细胞RNA测序、体内实验	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，使用体内实验模型
372	2025-05-08	Immune profiling of the macroenvironment in colorectal cancer unveils systemic dysfunction and plasticity of immune cells 2025-Feb, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70175 PMID:39934971	研究论文	该研究通过多组学技术揭示了结直肠癌宏观免疫环境中免疫细胞的系统功能障碍和可塑性	首次系统描绘了CRC宏观免疫环境中的免疫分型，发现了三级淋巴结构(TLS)对免疫治疗的预测价值，并鉴定了血液中PD-1和CD69作为预测标志物	研究样本量有限，需要更大队列验证标志物的临床适用性	解析结直肠癌宏观免疫环境特征及其对免疫治疗反应的预测价值	结直肠癌患者的肿瘤组织、血液和肠道不同解剖结构的免疫细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	CyTOF、RNA-seq、单细胞RNA测序、空间转录组、多重免疫荧光染色	NA	单细胞多组学数据、空间转录组数据、流式细胞数据	包含发现队列和验证队列的结直肠癌患者样本
373	2025-05-08	Hunger Games: A Modern Battle Between Stress and Appetite 2025-Feb, Journal of neurochemistry IF:4.2Q2 DOI:10.1111/jnc.70006 PMID:39936619	review	探讨压力与食欲之间的相互作用及其对饮食失调（EDs）发展的影响	强调了肠道微生物组在饮食失调研究中的新兴作用，以及单细胞测序和先进人类成像技术在揭示ED患者大脑相关区域变化中的应用	未解决的问题包括为什么某些个体对压力具有抵抗力而其他个体则容易发展为饮食失调	研究压力如何影响食欲和饮食失调的神经机制	压力、食欲、饮食失调（EDs）的神经机制	神经科学	饮食失调	单细胞测序、先进人类成像	NA	NA	NA
374	2025-05-08	Single-Cell RNA Sequencing on Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded (FFPE) Tissue Identified Multi-Ciliary Cells in Breast Cancer 2025-Jan-29, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14030197 PMID:39936988	研究论文	评估福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)样本和新鲜固定(FF)样本在单细胞RNA测序(scRNAseq)中的适用性，并识别乳腺癌中的多纤毛细胞亚群	首次在乳腺癌中鉴定并验证了肿瘤性多纤毛细胞(MCCs)亚群，并证实了FFPE组织在scRNAseq分析中的适用性	仅分析了两种乳腺癌亚型(IDC和ILC)的少量样本(4个样本)	评估不同组织处理方法对单细胞RNA测序结果的影响并探索乳腺癌细胞异质性	乳腺癌组织样本(FFPE和FF)	数字病理学	乳腺癌	scRNAseq, IHC, FISH, 电子显微镜	NA	RNA测序数据, 图像数据	4个乳腺癌样本(2种亚型) + 214个ER阳性浸润性癌验证集
375	2025-05-08	Polyamine metabolism dysregulation contributes to muscle fiber vulnerability in ALS 2025-Jan-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115123 PMID:39932195	研究论文	本研究探讨了肌萎缩侧索硬化症（ALS）中多胺代谢失调如何导致肌纤维脆弱性	通过空间转录组学数据发现多胺代谢是ALS受影响肌纤维中主要改变的途径之一，并证明恢复多胺稳态可挽救SOD1小鼠的肌肉表型	研究仅基于SOD1小鼠模型，未在人类ALS患者中验证	理解ALS疾病进展中神经支配改变如何干扰肌肉稳态	SOD1小鼠模型的骨骼肌	神经退行性疾病研究	肌萎缩侧索硬化症	空间转录组学	SOD1小鼠模型	转录组数据	未明确说明样本数量
376	2025-05-08	Gut bacterial L-lysine alters metabolism and histone methylation to drive dendritic cell tolerance 2025-Jan-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115125 PMID:39932193	research paper	研究揭示了肠道细菌L-赖氨酸通过调节代谢和组蛋白甲基化驱动树突状细胞耐受的机制	发现了L-赖氨酸通过AMPK/AcCoA-mTOR轴激活SGOC代谢，增加SAM和DOT1L表达，从而增强H3K79me2富集，促进免疫耐受	研究主要基于小鼠模型，人类中的适用性尚需验证	探究细菌代谢物如何诱导树突状细胞耐受	树突状细胞和肠道共生细菌	免疫学	免疫炎症性疾病	scRNA-seq	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明
377	2025-05-08	Mapping Human Uterine Disorders Through Single-Cell Transcriptomics 2025-Jan-21, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14030156 PMID:39936948	research paper	通过单细胞转录组学技术研究人类子宫疾病的细胞异质性和分子机制	利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术揭示了子宫疾病中的关键细胞类型、信号通路和动态变化	面临可扩展性和可重复性等挑战	探索子宫疾病的分子机制及其对健康和生育的影响	子宫内膜异位症、腺肌症、子宫内膜癌和子宫肌瘤等子宫疾病	digital pathology	endometriosis, adenomyosis, endometrial cancer, fibroids	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	NA	RNA-seq data	NA
378	2025-05-08	Hypoxia-inducible factor 2 regulates alveolar regeneration after repetitive injury in three-dimensional cellular and in vivo models 2025-Jan-08, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adk8623 PMID:39772774	研究论文	研究揭示了缺氧诱导因子2（HIF2）在重复损伤后肺泡再生中的调控作用及其在特发性肺纤维化（IPF）治疗中的潜在应用	首次发现HIF2在异常上皮细胞群出现中的驱动作用，并验证HIF2抑制剂PT-2385在促进功能性肺泡修复中的治疗效果	研究主要基于小鼠模型和类器官实验，人类临床应用效果仍需进一步验证	探究特发性肺纤维化中异常上皮细胞群形成机制及潜在治疗策略	特发性肺纤维化患者样本、小鼠模型、小鼠和人源肺泡类器官	呼吸系统疾病研究	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、遗传谱系追踪、类器官培养	小鼠模型、类器官模型	基因表达数据、转录组数据	IPF患者样本、小鼠模型、人类和小鼠肺泡类器官（具体数量未明确说明）
379	2025-05-08	Epithelial and immune transcriptomic characteristics and possible regulatory mechanisms in asthma exacerbation: insights from integrated studies 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1512053 PMID:39917297	research paper	通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，研究哮喘急性发作中上皮细胞和免疫细胞的异质性及其关键调控基因	首次系统性地探索了哮喘急性发作中上皮细胞和免疫细胞的异质性，并鉴定了9个关键调控基因	研究结果需要在更大规模的临床样本中进行验证	揭示哮喘急性发作的细胞和分子机制	上皮细胞和免疫细胞	生物信息学	哮喘	scRNA-seq, bulk RNA-seq, qRT-PCR	NA	RNA测序数据	NA
380	2025-05-08	Integrative analysis of SEPN1 in glioma: Prognostic roles, functional implications, and potential therapeutic interventions 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0318501 PMID:39919065	研究论文	本研究通过整合分析SEPN1在胶质瘤中的表达、预后意义及肿瘤微环境相关性，揭示了其作为新型生物标志物和治疗靶点的潜力	首次系统评估SEPN1在泛癌（特别是胶质瘤）中的预后价值，开发了基于SEPN1相关lncRNA的风险评分模型（SRS），并筛选出潜在抗胶质瘤药物	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证SEPN1的分子机制和临床转化价值	探究SEPN1在胶质瘤中的生物学功能及临床意义	胶质瘤患者样本（TCGA/CGGA/GEO/ZN-GC队列）和胶质母细胞瘤细胞系	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序、药物敏感性分析、连接图谱分析	SEPN1相关风险评分模型（SRS）	RNA-seq数据、临床生存数据	多中心队列（TCGA/CGGA/GEO/ZN-GC）的胶质瘤样本