单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2025-09-18	Deciphering the role of myofibroblasts in microvascular invasion of hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1596181 PMID:40949143	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示肌成纤维细胞在肝细胞癌微血管侵袭中的关键作用及潜在机制	首次在单细胞层面系统解析肌成纤维细胞亚群（特别是MF2细胞）通过CAMK2N1基因调控血管生成和MVI形成的机制	研究主要基于公共数据库数据，实验验证仅限于细胞系水平	阐明肝细胞癌微血管侵袭的细胞群体和分子网络机制	肝细胞癌患者样本和HCC细胞系	癌症生物学	肝细胞癌	scRNA-seq, RNA-seq, 功能富集分析, 细胞通讯分析, 细胞轨迹分析, CCK-8, 划痕实验, transwell实验	Seurat, DAVID, CellChat, Monocle 2	单细胞RNA测序数据, bulk RNA测序数据, 实验数据	来自公共数据库的HCC单细胞和RNA-seq数据集（具体样本数未明确说明）
362	2025-09-18	Integrating microarray data and single-cell RNA-seq reveals correlation between kit and nmyc in mouse spermatogonia stem cell population 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1634347 PMID:40950403	研究论文	本研究整合微阵列数据和单细胞RNA测序，揭示小鼠精原干细胞群体中Kit与Nmyc基因的关联及其在分化中的关键作用	结合WGCNA和scRNA-seq技术，首次系统揭示Kit基因在RA信号通路介导的精原干细胞分化中的核心调控作用	研究仅限于小鼠模型，需进一步通过基因编辑技术和人类模型验证治疗潜力	解析精原干细胞的分子特征及其在精子发生中的调控机制	小鼠睾丸样本中分离的精原干细胞	生殖生物学	男性不育症	CD49f-MACS分选、矩阵选择、免疫细胞化学、基因本体富集分析、WGCNA、scRNA-seq、PPI网络构建	NA	基因表达数据（微阵列和单细胞RNA测序）	小鼠睾丸样本中分离的精原干细胞群体
363	2025-09-18	Comprehensive analysis of the papillary thyroid carcinoma identifies CSGALNACT1 as a proliferation driver and prognostic biomarker 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1638348 PMID:40950406	研究论文	通过整合单细胞RNA测序数据，构建甲状腺乳头状癌高分辨率细胞图谱，并鉴定CSGALNACT1作为增殖驱动因子和预后生物标志物	首次在PTC中构建包含29个细胞亚群的高分辨率图谱，发现CSGALNACT1是上皮细胞特异性独立预后基因并验证其促增殖功能	研究仅基于20个人类甲状腺样本，样本量相对有限	解析甲状腺乳头状癌的细胞异质性并确定预后决定因素	人类甲状腺组织样本（健康与肿瘤组织）	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), LASSO回归, 伪时序分析	Cox比例风险模型, LASSO回归模型	单细胞转录组数据	20个人类甲状腺样本
364	2025-09-18	Identification of Novel Biomarkers Associated with Corticosteroid Resistance in Asthma by Bioinformatics Analysis and Experimental Validation 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S527640 PMID:40951447	研究论文	通过生物信息学分析和实验验证识别与哮喘中皮质类固醇抵抗相关的新型生物标志物	首次结合WGCNA和差异表达分析识别TNS1、ABCC4和TNFRSF21作为香烟烟雾诱导的哮喘皮质类固醇抵抗的关键生物标志物，并发现TNS1促进巨噬细胞M2极化的新机制	研究基于公共数据库和有限样本验证，需进一步扩大临床样本和功能实验确认机制	探索香烟烟雾诱导的哮喘皮质类固醇抵抗的潜在生物标志物和治疗靶点	哮喘患者、哮喘小鼠模型和Raw264.7细胞系	生物信息学	哮喘	RNA-seq, 差异表达分析, WGCNA, GO/KEGG富集分析, ROC分析, CIBERSORT, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	GSE230048和GSE13896数据集（样本数量未明确说明），哮喘患者和小鼠模型验证样本
365	2025-09-18	Vispro improves imaging analysis for Visium spatial transcriptomics 2024-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.07.617088 PMID:39416029	研究论文	开发了Vispro工具，用于提升Visium空间转录组学图像分析质量	首个端到端全自动图像处理工具，集成四个关键模块处理基准标记和组织区域	NA	解决空间转录组学图像中基准标记和背景区域干扰的问题	10x Visium空间转录组学数据	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	图像	NA
366	2025-09-18	Status of single-cell RNA sequencing for reproductive toxicology in zebrafish and the transcriptomic trade-off 2024-Jun, Current opinion in toxicology IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.cotox.2024.100463 PMID:38846809	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在斑马鱼生殖毒理学中的应用现状及其与传统方法的权衡	scRNA-seq技术为识别罕见细胞亚型及毒物暴露影响提供了新颖的细胞水平视角	scRNA-seq在生殖毒理学领域仍属未充分开发利用的技术，且需权衡与传统方法的利弊	探索scRNA-seq在生殖毒理学，特别是斑马鱼模型中的应用潜力与挑战	斑马鱼性腺组织及毒物暴露下的细胞表达谱	生殖毒理学	NA	scRNA-seq, NGS	NA	转录组数据	NA
367	2025-09-18	A human-specific enhancer fine-tunes radial glia potency and corticogenesis 2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.10.588953 PMID:38645099	研究论文	研究人类特异性增强子HAR.324对WNT信号受体FZD8的调控作用及其在皮质发育中的功能	首次通过基因编辑小鼠和灵长类模型证明人类特异性HAR增强子通过调控神经祖细胞增殖能力精细调节皮质发育和连接性	NA	探索人类加速区域(HARs)在人类特异性皮质发育中的功能贡献	基因编辑小鼠、灵长类模型、人类和黑猩猩神经祖细胞、皮质类器官	发育生物学	NA	基因编辑、活体成像、谱系分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据、成像数据	多种基因编辑动物模型和细胞模型（具体数量未明确说明）
368	2025-09-18	Intestinal epithelial adaptations to vertical sleeve gastrectomy defined at single-cell resolution 2024-03, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110805 PMID:38309446	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术揭示了垂直袖状胃切除术（VSG）对小鼠小肠上皮细胞类型特异性基因表达和代谢通路的调控作用	首次在单细胞分辨率下系统定义VSG对肠道上皮不同细胞谱系的影响，并发现VSG特异性恢复线粒体呼吸和细胞代谢通路	研究基于小鼠模型，结果向人类临床转化的适用性仍需验证	探究垂直袖状胃切除术（VSG）对肠道上皮细胞的分子水平适应机制	小鼠小肠上皮细胞	单细胞组学	肥胖与糖尿病	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	验证性小鼠模型（具体数量未明确说明）
369	2025-09-18	Hypoxia activates SREBP2 through Golgi disassembly in bone marrow-derived monocytes for enhanced tumor growth 2023-11-15, The EMBO journal DOI:10.15252/embj.2023114032 PMID:37781951	研究论文	本研究揭示了缺氧通过诱导高尔基体解体和内质网融合，以SCAP非依赖方式激活SREBP2，从而促进骨髓来源单核细胞的胆固醇生物合成和肿瘤生长	发现了缺氧通过高尔基体-内质网融合激活SREBP2的新机制，且该过程具有谱系特异性	NA	探究缺氧条件下骨髓来源细胞中SREBP2激活的细胞机制及其在肿瘤进展中的作用	骨髓来源单核细胞、造血干细胞和单核细胞	细胞生物学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
370	2025-09-18	Revealing the Heterogeneity of the Tumor Ecosystem of Cholangiocarcinoma through Single-Cell Transcriptomics 2023-03-10, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells12060862 PMID:36980203	综述	本文通过单细胞转录组学探讨胆管癌肿瘤生态系统的异质性及其临床意义	利用scRNA-seq技术前所未有地揭示胆管癌肿瘤和基质细胞（包括浸润免疫细胞）的表型和功能多样性	讨论了当前研究的局限性	研究胆管癌肿瘤生态系统的异质性及其在肿瘤发生和治疗抵抗中的作用	胆管癌肿瘤生态系统中的各种细胞成分	数字病理	胆管癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	转录组数据	NA
371	2025-09-17	Endocrine disruptors and male infertility: multi-omics identification of key genes in non-obstructive azoospermia 2025-Sep-16, Journal of assisted reproduction and genetics IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10815-025-03664-6 PMID:40956397	研究论文	通过多组学方法识别环境内分泌干扰物相关基因与非梗阻性无精子症的因果关系	整合转录组、毒理基因组和孟德尔随机化分析，首次发现PPP6R1和AP1M2基因与环境内分泌干扰物及男性不育的因果关联	机制研究仍需实验验证，样本来源限于公共数据库	揭示环境内分泌干扰物导致非梗阻性无精子症的基因机制	男性不育患者（非梗阻性无精子症）及相关基因	生物信息学	男性不育症	转录组分析、孟德尔随机化(MR)、表型全关联研究(PheWAS)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	GEO数据集和CTD数据库的136个交集基因
372	2025-09-17	ESR1 Expression Negatively Correlates with Immune Cell Infiltration and Response to Immune Checkpoint Inhibitors in Estrogen Receptor-Positive/HER2-Negative Breast Cancer 2025-Sep-16, Annals of surgical oncology IF:3.4Q1 DOI:10.1245/s10434-025-18260-2 PMID:40956534	研究论文	本研究探讨ESR1表达作为免疫检查点抑制剂（ICI）反应预测生物标志物在ER+/HER2-乳腺癌中的作用	发现ESR1高表达与免疫抑制性肿瘤微环境相关，且其预测性能优于PDL1	研究基于回顾性队列分析，需要前瞻性验证	评估ESR1表达作为ER+/HER2-乳腺癌ICI反应预测标志物的价值	ER+/HER2-乳腺癌患者	肿瘤免疫学	乳腺癌	RNA测序（bulk和single-cell RNAseq），免疫组化	NA	基因表达数据	多个乳腺癌队列（具体数量未在摘要中说明）
373	2025-09-16	Acetylcholine From Solitary Chemosensory Cell, Not Neuron, Regulates Basal Cell Fate Driving Eosinophilic Chronic Rhinosinusitis With Nasal Polyps 2025-Sep-15, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.70048 PMID:40951952	研究论文	本研究揭示孤独化学感应细胞（SCC）来源的乙酰胆碱（Ach）通过调节基底细胞命运驱动嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉（eCRSwNP）的发病机制	首次发现SCC（非神经元）来源的Ach通过mAChRs-YAP通路调控基底细胞异常增殖分化，为eCRSwNP提供了新的病理机制解释	研究样本来源未明确说明具体数量，且动物模型与人类疾病存在潜在差异	探究SCC来源的Ach在eCRSwNP中调控基底细胞命运的分子机制	健康个体、eCRSwNP患者和非eCRSwNP患者的鼻组织样本，以及体外细胞培养和小鼠模型	病理机制研究	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	单细胞测序、浸没式细胞培养、气液界面培养、体内外模型	NA	组织样本、细胞实验数据、动物实验数据	健康个体、eCRSwNP和neCRSwNP患者的鼻组织样本（具体数量未说明）
374	2025-09-16	Altered Inflammatory Signature in a C9ORF72-ALS iPSC-Derived Motor Neuron and Microglia Coculture Model 2025-Sep-15, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.70084 PMID:40952044	研究论文	本研究利用C9ORF72基因突变的iPSC衍生运动神经元与小胶质细胞共培养模型，揭示了ALS中神经炎症的异常特征	首次建立C9ORF72-ALS iPSC衍生运动神经元与小胶质细胞共培养模型，并发现LPS应答性小胶质细胞亚群的消失与炎症反应减弱相关	研究主要基于体外细胞模型，可能无法完全模拟体内复杂的神经炎症环境	探究小胶质细胞在ALS神经炎症中的具体作用机制	C9ORF72基因HRE突变和敲除的iPSC衍生运动神经元与小胶质细胞	神经退行性疾病研究	肌萎缩侧索硬化症(ALS)	iPSC技术、单细胞RNA测序、细胞共培养	细胞共培养模型	基因表达数据、单细胞转录组数据	多个C9ORF72 HRE和C9ORF72 KO iPSC细胞系
375	2025-09-16	Staphylococcus aureus transcriptomics and single-cell sequencing approaches 2025-Sep-15, Infection and immunity IF:2.9Q2 DOI:10.1128/iai.00411-25 PMID:40952388	综述	本文回顾了用于研究金黄色葡萄球菌的基因组学和转录组学方法，特别关注转录组学和单细胞测序技术	重点强调了单细胞测序等新技术在金黄色葡萄球菌研究中的应用和未来潜力	NA	探讨基因组学和转录组学方法在金黄色葡萄球菌研究中的应用进展	金黄色葡萄球菌	基因组学	细菌感染	转录组学，单细胞测序，基因组学	NA	基因组数据，转录组数据	NA
376	2025-09-15	The multifaceted role of SQSTM1/p62 in disc degeneration: A master regulator of cellular stress responses 2025-Dec, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102222 PMID:40933658	综述	本文综述SQSTM1/p62在椎间盘退变中通过调控自噬、氧化应激、炎症和程序性细胞死亡等多方面的作用	系统总结SQSTM1作为细胞应激反应核心调控因子在椎间盘退变中的多重功能，并提出其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	精确调控SQSTM1活性及将研究发现转化为临床疗法仍面临挑战	阐明SQSTM1在椎间盘退变病理机制中的多功能作用	SQSTM1/p62蛋白及其在椎间盘退变中的分子机制	分子病理学	椎间盘退行性疾病	单细胞RNA测序、蛋白质组学、类器官模型	NA	文献证据	NA
377	2025-09-15	Structural and temporal dynamics analysis of PD-1/PD-L1 immunotherapy in hepatocellular carcinoma: History, research hotspots, and emerging trends 2025-Dec, Human vaccines & immunotherapeutics IF:4.1Q2 DOI:10.1080/21645515.2025.2540143 PMID:40820303	综述	通过文献计量学方法分析过去二十年PD-1/PD-L1免疫疗法在肝细胞癌领域的研究演进、热点及新兴趋势	首次运用CiteSpace和HistCite工具对该领域进行结构性与时序动态分析，识别出五个新兴子领域和经典/新兴主题演变	数据仅来源于Web of Science核心合集，可能存在文献覆盖不全的偏差	探索PD-1/PD-L1免疫疗法在肝细胞癌研究中的历史发展、核心热点与前沿趋势	2804篇相关学术论文及其作者、机构、关键词等文献计量特征	文献计量学	肝细胞癌	文献计量分析（CiteSpace, HistCite）	NA	文本元数据	2804篇论文（含541篇综述），13,796位作者，2,659个机构
378	2025-09-15	Biomaterial-mediated Cell Atlas: an insight from single-cell and spatial transcriptomics 2025-Dec, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.07.047 PMID:40821937	综述	本文介绍‘生物材料介导的细胞图谱’概念，并总结单细胞与空间转录组学在生物材料研究中的最新进展	提出将人类细胞图谱框架扩展至生物材料介导的细胞响应，整合单细胞和空间技术解析材料-细胞互作机制	当前方法存在技术挑战，跨学科领域仍处于新兴阶段	解析生物材料与细胞相互作用的分子机制并指导材料设计	生物材料介导的细胞响应与通信通路	生物信息学	NA	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据、空间分布数据	NA
379	2025-09-15	CRCs-CAFs crosstalk-targeted nano-delivery system reprograms tumor microenvironment for oxaliplatin resistance reversing and liver metastasis inhibition in colorectal cancer 2025-Dec, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.08.002 PMID:40837498	研究论文	开发了一种靶向CRCs-CAFs串扰的纳米递送系统，用于逆转结直肠癌奥沙利铂耐药并抑制肝转移	创新性构建了透明质酸修饰的MIL-100纳米颗粒共载OXA和EGCG，通过CD44受体靶向CRCs-CAFs串扰，实现代谢和微环境双重重编程	NA	突破结直肠癌肝转移的治疗瓶颈，逆转化疗耐药并抑制转移	结直肠癌细胞（CRCs）和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	纳米医学	结直肠癌	RNA测序、单细胞测序、纳米技术	NA	测序数据、实验数据	临床样本和小鼠模型
380	2025-09-15	Tanshinone IIA suppresses fibro-adipogenic progenitor differentiation and attenuates fat infiltration in rotator cuff injury via Wnt/β-catenin pathway 2025-Dec, Regenerative therapy IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.reth.2025.08.004 PMID:40837862	研究论文	本研究探讨丹参酮IIA通过激活Wnt/β-catenin通路抑制纤维脂肪祖细胞分化，减轻肩袖损伤后的脂肪浸润	首次揭示丹参酮IIA通过Wnt/β-catenin通路特异性抑制FAPs脂肪生成，并证实其在体内外改善肩袖损伤的功能恢复	研究主要基于细胞和动物模型，尚未进行临床验证	探究丹参酮IIA对肩袖损伤后脂肪浸润的抑制作用及分子机制	人源纤维脂肪祖细胞（FAPs）和肩袖损伤大鼠模型	分子病理学	肌肉骨骼疾病	FACS、RT-qPCR、单细胞RNA测序、Western blot、组织染色	NA	基因表达数据、蛋白质数据、影像数据	人源FAP细胞及大鼠肩袖损伤模型