单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 361 - 380 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 361 | 2025-10-05 |
Comparative single-cell analysis reveals IFN-γ as a driver of respiratory sequelae after acute COVID-19
2024-07-17, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adn0136
PMID:39018367
|
研究论文 | 通过比较临床样本和动物模型的单细胞RNA测序数据，揭示IFN-γ是急性COVID-19后呼吸系统后遗症的驱动因素 | 首次在人类和小鼠模型中同时发现促纤维化单核源性巨噬细胞反应及肺巨噬细胞与呼吸系统常驻T细胞的异常相互作用 | 主要关注呼吸系统后遗症，未涉及PASC其他临床表现 | 探究SARS-CoV-2感染后急性后遗症(PASC)的病因机制 | 人类PASC临床样本和小鼠PASC模型 | 单细胞组学 | COVID-19后遗症 | 单细胞RNA测序 | 小鼠疾病模型 | 单细胞转录组数据 | 临床PASC样本和小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 362 | 2025-10-05 |
Reusability report: Leveraging supervised learning to uncover phenotype-relevant biology from single-cell RNA sequencing data
2024-Mar, Nature machine intelligence
IF:18.8Q1
DOI:10.1038/s42256-024-00804-y
PMID:41020135
|
研究论文 | 评估PENCIL监督学习框架在单细胞RNA测序数据中识别表型相关细胞的可重复性和可转移性 | 通过基因集变异分析增强PENCIL的细胞亚群识别能力，创建了预测皮肤癌免疫检查点阻断反应的细胞毒性T细胞免疫治疗反应特征 | 对输入扰动敏感，原始版本存在可重复性问题 | 评估和改进监督学习框架在单细胞RNA测序数据中识别表型相关细胞的性能 | 12个单细胞RNA测序数据集，代表四种不同表型 | 机器学习 | 皮肤癌 | 单细胞RNA测序，监督学习，基因集变异分析 | PENCIL框架 | 单细胞RNA测序数据 | 12个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 363 | 2025-10-05 |
A high-throughput single-cell RNA expression profiling method identifies human pericyte markers
2023-12, Neuropathology and applied neurobiology
IF:4.0Q1
DOI:10.1111/nan.12942
PMID:37812061
|
研究论文 | 通过高通量单细胞RNA测序方法鉴定人脑周细胞特异性标志物 | 首次使用EasySci单细胞转录组测序技术系统鉴定人脑周细胞特异性基因标志物SLC6A12和SLC19A1 | 在其他人体器官（肾、肺、肝、肌肉）中未观察到相同的周细胞染色模式，组织特异性较强 | 鉴定和优化人脑周细胞的通用组织学标志物 | 人和小鼠不同脑区的周细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序, 免疫组化, 免疫印迹 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | 多个人和小鼠脑区样本，以及肾、肺、肝、肌肉等器官探索性样本 | NA | 单细胞RNA-seq | EasySci | 高通量低成本单细胞转录组测序方法 |
| 364 | 2025-10-05 |
Spatial atlas of the mouse central nervous system at molecular resolution
2023-10, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06569-5
PMID:37758947
|
研究论文 | 本研究使用STARmap PLUS原位测序技术构建了小鼠中枢神经系统的分子分辨率空间图谱 | 开发了STARmap PLUS原位测序方法，首次在三维空间中以单细胞分辨率绘制了全脑分子细胞类型图谱 | 仅检测了1,022个基因，需要通过整合其他数据来推断全转录组表达谱 | 构建小鼠中枢神经系统的分子分辨率空间图谱 | 成年小鼠大脑和脊髓 | 空间转录组学 | NA | 原位测序，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据，空间位置数据 | 109万个高质量细胞 | NA | 原位测序，单细胞RNA测序 | STARmap PLUS | STARmap PLUS原位测序技术，体素尺寸194×194×345纳米 |
| 365 | 2025-10-05 |
A spatially resolved atlas of the human lung characterizes a gland-associated immune niche
2023-01, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-022-01243-4
PMID:36543915
|
研究论文 | 本研究通过多组学单细胞技术和空间转录组学构建了人类肺部空间分辨图谱，揭示了气管粘膜下腺中的免疫细胞生存微环境 | 发现了气管粘膜下腺中IgA浆细胞的生存微环境，并证明腺上皮细胞通过表达CCL28、APRIL和IL-6招募B细胞和IgA浆细胞，促进其局部存活和抗体分泌 | NA | 重新定义肺和气管的组织结构，解析人类肺部的空间组织结构 | 健康人类肺部的五个近端到远端位置 | 空间转录组学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 多组学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 人类肺部五个解剖位置的样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 366 | 2025-10-05 |
Transcription and splicing regulation by NLRC5 shape the interferon response in human pancreatic β cells
2022-09-16, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abn5732
PMID:36103539
|
研究论文 | 本研究揭示了NLRC5在人类胰腺β细胞中调控干扰素反应的关键作用，包括HLA I类表达和选择性剪接 | 首次发现NLRC5不仅调控HLA I类表达，还介导IFNα对选择性剪接的影响，这可能是β细胞新抗原产生的机制 | 研究主要使用体外诱导的多能干细胞来源的胰岛样细胞和细胞系，未涉及原代人体组织验证 | 阐明NLRC5在人类胰腺β细胞干扰素反应中的调控机制及其在1型糖尿病自身免疫中的作用 | 人类诱导多能干细胞来源的胰岛样细胞、EndoC-βH1胰岛素生成细胞和人类胰岛细胞 | 分子生物学 | 1型糖尿病 | RNA测序、单细胞RNA测序、靶向基因/蛋白检测 | NA | RNA测序数据、基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 367 | 2025-10-05 |
Single Molecule-Based fliFISH Validates Radial and Heterogeneous Gene Expression Patterns in Pancreatic Islet β-Cells
2021-05, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db20-0802
PMID:33685924
|
研究论文 | 本研究使用fliFISH技术验证了小鼠胰岛β细胞中基因表达的径向和异质性模式 | 首次应用单分子水平的fliFISH技术在原位空间背景下量化胰岛β细胞的基因表达异质性 | 研究仅限于小鼠胰岛组织，未涉及其他物种或疾病模型 | 验证胰岛β细胞中基因表达的异质性模式和空间分布特征 | 小鼠胰腺胰岛β细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | fliFISH（基于波动定位成像的荧光原位杂交），scRNA-Seq | NA | 图像，基因表达数据 | 小鼠胰腺胰岛切片 | NA | 单分子荧光原位杂交，单细胞RNA测序 | NA | 波动定位成像基荧光原位杂交（fliFISH） |
| 368 | 2025-10-05 |
Expression of SARS-CoV-2 Entry Factors in the Pancreas of Normal Organ Donors and Individuals with COVID-19
2020-12-01, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2020.11.005
PMID:33207244
|
研究论文 | 本研究通过分析胰腺组织中SARS-CoV-2进入因子ACE2的表达模式，探讨COVID-19与糖尿病之间的潜在关联 | 首次系统评估了人类胰腺在整个生命周期中ACE2的表达分布，并结合COVID-19患者胰腺组织验证了SARS-CoV-2的感染特征 | 内分泌细胞中ACE2的mRNA表达罕见，且病毒核衣壳蛋白主要局限于导管，限制了病毒直接感染内分泌细胞的证据 | 探究SARS-CoV-2感染是否通过ACE2直接感染胰腺内分泌细胞导致糖尿病发生 | 正常器官捐献者的胰腺组织和COVID-19患者的胰腺组织 | 数字病理学 | COVID-19, 糖尿病 | 单细胞RNA测序, 荧光原位杂交, 蛋白质印迹法, 免疫定位 | NA | 基因表达数据, 组织图像 | 五个公共单细胞RNA测序数据集和多个人类胰腺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 369 | 2025-10-06 |
Decoding chicken growth regulation through multi-omics insights and emerging genetic tools for growth optimization
2025-Oct, Poultry science
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.psj.2025.105542
PMID:40652768
|
综述 | 本文综述了鸡生长性状的遗传调控机制，整合多组学方法和新兴基因工具以优化生长性能 | 强调单细胞RNA测序在解析生长相关组织细胞异质性中的应用，结合CRISPR/Cas9基因组编辑技术开辟精准育种新途径 | 现有遗传变异发现对可持续高效家禽生产的应用仍有限制 | 阐明鸡生长性状的遗传调控网络，推动精准育种策略开发 | 鸡的生长性状（体重和生长）及其遗传调控机制 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, CRISPR/Cas9基因组编辑, 多组学分析（基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学） | NA | 基因组数据, 转录组数据, 蛋白质组数据, 代谢组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 基因组测序 | NA | NA |
| 370 | 2025-10-06 |
[Single-cell transcriptomic analysis reveals immune dysregula-tion and macrophage reprogramming in diabetic foot ulcers]
2025-Sep-30, Zhejiang da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Zhejiang University. Medical sciences
DOI:10.3724/zdxbyxb-2025-0464
PMID:41025297
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示糖尿病足溃疡中免疫失调和巨噬细胞重编程机制 | 首次建立糖尿病足溃疡的单细胞图谱，揭示巨噬细胞通过COMPLEMENT和SPP1通路重塑炎症微环境的新机制 | 样本量有限，仅比较了糖尿病足溃疡与非溃疡组织，缺乏时间序列动态分析 | 阐明糖尿病足溃疡中巨噬细胞介导的炎症和组织损伤机制 | 糖尿病足溃疡患者和非溃疡糖尿病足患者的皮肤组织样本 | 单细胞组学 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 79,272个高质量细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 371 | 2025-10-06 |
Transcriptome Analysis Identified SPP1-Positive Monocytes as a Key in Extracellular Matrix Formation in Thrombi
2025-Sep-30, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.125.044299
PMID:41025474
|
研究论文 | 本研究通过转录组分析发现SPP1阳性单核细胞在血栓细胞外基质形成中起关键作用 | 首次识别SPP1高表达单核细胞/巨噬细胞亚群在血栓成熟过程中的核心作用，并揭示其与成纤维细胞的密切通讯 | 样本量较小（3例血栓用于RNA分析），仅针对脑血管血栓进行研究 | 探究血栓成熟的分子机制 | 人类血栓样本（脑血管和肺动脉来源） | 转录组学 | 血栓性疾病 | 单细胞RNA测序, RNA表达分析, 免疫组织化学, 通路富集分析, 蛋白质-蛋白质相互作用分析 | NA | RNA测序数据, 免疫组织化学图像 | 3例脑血管血栓用于RNA分析，66例脑栓塞患者血栓用于验证 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 372 | 2025-10-06 |
YBX1&YBX3 as novel targets to potentiate immune checkpoint blockade response in gliomas
2025-Sep-30, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noaf227
PMID:41025501
|
研究论文 | 本研究揭示了CHK2-YBX1&YBX3调控枢纽在胶质瘤免疫逃避中的关键作用，并提出靶向该枢纽可增强免疫检查点阻断疗法的疗效 | 首次发现CHK2-YBX1&YBX3形成相互正调控枢纽，并证明靶向该枢纽可解除胶质瘤的免疫抑制状态 | 研究主要基于临床前模型，尚未在人体临床试验中验证 | 探究胶质瘤内在的免疫逃避机制并开发新的免疫治疗策略 | 人和小鼠胶质瘤细胞系及临床胶质瘤样本 | 肿瘤免疫学 | 胶质母细胞瘤 | 免疫沉淀-质谱联用, 磷酸化蛋白质组学, 批量RNA测序, ChIP-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 基因敲除模型 | 蛋白质组数据, 转录组数据, 表观遗传数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序, ChIP-seq | NA | NA |
| 373 | 2025-10-06 |
Single cell RNA-sequencing reveals no evidence for meiotic sex chromosome inactivation in the threespine stickleback fish
2025-Sep-29, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011875
PMID:41021609
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究三刺棘鱼减数分裂过程中性染色体基因表达模式 | 首次在三刺棘鱼中发现缺乏减数分裂性染色体失活现象，挑战了该过程在硬骨鱼类中的保守性假设 | 研究仅针对单一物种，需要更多硬骨鱼类研究验证结论的普适性 | 探究三刺棘鱼减数分裂过程中性染色体失活现象的存在与否 | 三刺棘鱼(Gasterosteus aculeatus)的性染色体(X和Y染色体) | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序，免疫荧光 | NA | 基因表达数据，图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 374 | 2025-10-06 |
Scproca: A Cross-Attention-Enhanced Deep Generative Model for Single-Cell Transcriptomics and Proteomics Integration and Imputation
2025-Sep-29, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3615771
PMID:41021958
|
研究论文 | 提出一种用于单细胞转录组学和蛋白质组学数据整合与插补的深度生成模型 | 通过交叉注意力机制整合细胞间关系，处理异质性输入数据，在高蛋白质稀疏性下保持鲁棒性 | NA | 开发能够整合单细胞转录组学和蛋白质组学数据的深度学习方法 | 单细胞RNA测序数据和蛋白质组学共分析数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学共分析 | 深度生成模型, 交叉注意力机制 | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学共分析 | NA | NA |
| 375 | 2025-10-06 |
Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix Domain Containing 1 Promotes Hepatocellular Carcinoma Progression by Regulating Transforming Growth Factor Beta Receptor 1 in the Tumor Immune Microenvironment
2025-Sep-29, Genetic testing and molecular biomarkers
IF:1.1Q4
DOI:10.1177/19450265251384161
PMID:41022542
|
研究论文 | 本研究探讨CHCHD1通过调控TGF-β1信号通路促进肝细胞癌进展的机制 | 首次揭示CHCHD1在肝细胞癌肿瘤免疫微环境中通过调控TGFBR1促进肿瘤进展和免疫逃逸的作用机制 | 研究主要基于体外细胞实验和生物信息学分析，缺乏体内动物模型验证 | 探究CHCHD1在肝细胞癌发生发展中的作用及其分子机制 | 肝细胞癌组织和SMMC-7721细胞系 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | 转录组分析,单细胞RNA测序,免疫浸润分析,Transwell迁移/侵袭实验,Western blotting | NA | 基因表达数据,蛋白质印迹数据,细胞功能实验数据 | 272例HCC组织和50例正常肝组织 | NA | 单细胞RNA测序,转录组分析 | NA | NA |
| 376 | 2025-10-06 |
Hypothesis-generating evaluation of multi-armoured oncolytic HSV-1 (VG161) in intrahepatic cholangiocarcinoma: pooled insights from multicentre studies
2025-Sep-29, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2025-335904
PMID:41022576
|
研究论文 | 评估多效溶瘤病毒VG161在肝内胆管癌中的安全性和疗效，并探索其免疫机制 | 首次报道表达IL-12、IL-15和PD-L1拮抗剂的多效溶瘤HSV-1病毒VG161在ICC中的临床数据，通过多组学分析揭示免疫微环境重塑机制 | 样本量较小（24例患者），需要更大规模试验验证结果 | 探索VG161溶瘤病毒在晚期肝内胆管癌患者中的安全性、疗效和免疫机制 | 晚期肝内胆管癌患者 | 肿瘤免疫治疗 | 肝内胆管癌 | 单细胞转录组学、空间转录组学、多组学分析 | NA | 临床数据、肿瘤活检样本、转录组数据 | 24例晚期ICC患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 377 | 2025-10-06 |
Interpretable Multi-task Analysis of Single-Cell RNA-seq Data Through Topological Structure Preservation and Data Denoising
2025-Sep-29, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-025-00765-9
PMID:41023370
|
研究论文 | 提出一种用于单细胞RNA-seq数据多任务分析的可解释框架scIMTA，解决拓扑结构保持和dropout事件处理问题 | 实现稀疏高噪声基因表达数据的协作多任务分析，通过生物学基础增强可解释性，在保持数据完整性的同时稳健处理dropout事件 | NA | 开发单细胞转录组数据的多任务分析方法，解决数据稀疏性和噪声问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 多任务分析框架 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 378 | 2025-10-06 |
αCGRP deficiency aggravates pulmonary fibrosis by promoting senescence in alveolar type 2 cells
2025-Sep-29, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-025-00361-3
PMID:41023452
|
研究论文 | 本研究探讨αCGRP缺乏通过促进肺泡2型细胞衰老加剧肺纤维化的机制 | 首次揭示αCGRP缺乏通过扰乱AT2细胞脂质代谢和加速炎症衰老促进肺纤维化的新机制 | 样本量较小（n=15），且为回顾性分析 | 研究αCGRP缺乏在肺纤维化发病机制中的作用 | 肺纤维化患者、Calca基因敲除大鼠、D-半乳糖诱导的衰老模型 | 病理学 | 肺纤维化 | 免疫组织化学、单细胞RNA测序、无标记蛋白质组学 | 基因敲除动物模型 | 临床数据、组织样本、测序数据、蛋白质组数据 | 15例肺纤维化患者+动物模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 379 | 2025-10-06 |
Distinct cell state ecosystems for nodular lymphocyte-predominant Hodgkin lymphoma
2025-Sep-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63339-9
PMID:41006203
|
研究论文 | 本研究开发了NLPHL特异性淋巴细胞优势生态型模型，识别出34种不同细胞状态并建立临床相关生物学分类 | 首次建立NLPHL特异性淋巴细胞优势生态型模型，识别出3种不同的免疫微环境生态型及其临床预后意义 | NLPHL为罕见癌症，样本量相对有限（总171例） | 深入研究结节性淋巴细胞为主型霍奇金淋巴瘤的免疫微环境和罕见淋巴细胞优势细胞 | 171例NLPHL患者样本中的淋巴细胞优势细胞和免疫微环境细胞 | 数字病理学 | 霍奇金淋巴瘤 | 空间转录组学 | LPE生态型模型 | 转录组数据、蛋白质表达数据 | 训练队列109例（65% LPE1/2），验证队列62例（61% LPE1/2），总计171例NLPHL样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 380 | 2025-10-06 |
Spatially-restricted inflammation-induced senescent-like glia in multiple sclerosis and patient-derived organoids
2025-Sep-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63371-9
PMID:41006208
|
研究论文 | 本研究探讨多发性硬化症中慢性炎症与细胞衰老的关系，发现病变区域存在衰老样胶质细胞积累 | 首次通过单细胞转录组和空间转录组技术揭示MS病变中衰老样胶质细胞的空间分布特征，并利用患者来源的类器官模型验证小胶质细胞对炎症诱导衰老的特殊敏感性 | 样本数量有限，类器官模型可能无法完全模拟体内复杂环境 | 探究多发性硬化症中慢性炎症与细胞衰老的关联及其对疾病进展的影响 | 多发性硬化症患者脑组织样本和hiPSC来源的神经类器官 | 神经科学 | 多发性硬化症 | 单细胞转录组分析、空间转录组学、hiPSC衍生神经类器官、3T MRI | NA | 转录组数据、影像数据 | 466名患者脑组织样本及hiPSC衍生神经类器官 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |