单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2025-05-11	Single-Cell Landscape of Peripheral Blood Mononuclear Cells in Patients With Graves Disease 2025-Feb-27, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/endocr/bqaf038 PMID:39996309	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了Graves病患者外周血单个核细胞的单细胞景观，发现了细胞组成和功能的显著变化	首次在单细胞分辨率下描绘了Graves病患者外周血单个核细胞的异质性和功能变化，并发现了NK细胞与其他免疫细胞间通讯的减少	样本量相对较小（8名患者和12名健康对照），且仅关注了外周血单个核细胞	探究Graves病患者外周血单个核细胞在单细胞分辨率下的细胞组成和功能变化	Graves病患者和健康对照者的外周血单个核细胞	单细胞组学	Graves病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	22,680个外周血单个核细胞（来自8名GD患者和12名健康对照）
362	2025-05-11	Phylogeny and species delimitation of ciliates in the genus Spirostomum (class Heterotrichea) using single-cell transcriptomes 2025-Feb-27, BMC ecology and evolution IF:2.3Q3 DOI:10.1186/s12862-025-02353-3 PMID:40011795	研究论文	本研究利用单细胞转录组数据对Spirostomum属纤毛虫的系统发育和物种界限进行了分析	首次在Spirostomum属中应用单细胞转录组测序技术，并开发了从转录组序列重建核糖体RNA基因序列的工作流程	样本来源仅限于韩国和美国部分地区，可能无法完全代表该属的全球多样性	阐明Spirostomum属纤毛虫的系统发育关系并确定物种界限	Spirostomum属纤毛虫（代表6个形态种）	分子系统发育学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	多物种溯祖模型(MSC)	转录组数据	37个Spirostomum标本（25个新测序样本和12个来自GenBank的样本）
363	2025-05-11	Single-cell profiling and clinical characteristics analysis of lung squamous carcinoma 2025-Feb-27, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01556-7 PMID:40014154	研究论文	通过单细胞RNA测序分析肺鳞癌的肿瘤微环境和临床特征，并构建预后模型	首次使用单细胞RNA测序技术结合计算算法分析肺鳞癌的肿瘤微环境，并构建基于3个差异表达基因的预后风险评分模型	样本量相对有限（504例），且需要进一步实验验证模型的临床适用性	阐明肺鳞癌的肿瘤微环境特征并开发预后预测模型	肺鳞癌患者肿瘤组织	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序，q-PCR，免疫荧光	COX回归模型	基因表达数据	504例肺鳞癌样本（来自TCGA和GEO数据库）
364	2025-05-11	Single cell analysis identifies distinct CD4 + T cells associated with the pathobiology of pediatric obesity related asthma 2025-Feb-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-88423-4 PMID:40000680	研究论文	通过单细胞分析识别与儿童肥胖相关哮喘病理生物学相关的不同CD4+T细胞亚型	首次揭示了肥胖哮喘中CD4+T细胞的CDC42上调与Th1炎症及类固醇抵抗的关系，并鉴定了特定的T细胞亚型	研究仅限于儿童肥胖相关哮喘，未涉及其他类型的哮喘或成人群体	探究肥胖相关哮喘中CD4+T细胞的分子机制及其在疾病发展中的作用	儿童肥胖相关哮喘患者的CD4+T细胞	免疫学	哮喘	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	肥胖哮喘、健康体重哮喘、单纯肥胖及健康对照组的CD4+T细胞样本
365	2025-05-11	Multi-omics analyses and machine learning prediction of oviductal responses in the presence of gametes and embryos 2025-Feb-26, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.100705 PMID:40009070	研究论文	通过多组学分析和机器学习预测输卵管在配子和胚胎存在时的反应	结合RNA-seq、scRNA-seq和蛋白质组学数据，开发了一种基于transformer的新型机器学习模型，用于预测转录因子对蛋白质丰度的影响	研究中发现小鼠输卵管与人类输卵管在炎症反应上存在差异，可能限制结果的普适性	阐明输卵管与配子/胚胎之间的适应性相互作用	小鼠输卵管组织	生物信息学	NA	RNA-seq、scRNA-seq、蛋白质组学	transformer	转录组数据、蛋白质组数据	不同交配后时间点采集的小鼠输卵管组织样本
366	2025-05-11	Annexin A's Life in Pan-Cancer: Especially in Glioma Immune Cells 2025-Feb-26, Neuromolecular medicine IF:3.3Q2 DOI:10.1007/s12017-024-08827-9 PMID:40011350	研究论文	本文通过整合多组学数据和单细胞测序分析，全面评估了ANXA2和ANXA4在多种癌症中的表达模式和功能影响，特别关注胶质母细胞瘤	研究发现ANXA2和ANXA4在GBM中主要由M2巨噬细胞表达，并揭示了它们与胶质瘤中巨噬细胞和CD4+静息记忆T细胞的强相关性	分析工具之间存在差异，强调了使用多种方法准确识别差异表达基因的必要性	研究ANXA家族在癌症中的预后意义，特别是在胶质瘤中的作用	ANXA2和ANXA4在多种癌症中的表达和功能，特别关注胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤	癌症研究	胶质母细胞瘤	多组学数据分析、单细胞测序分析	NA	多组学数据、单细胞测序数据	来自The Cancer Genome Atlas (TCGA)的数据集
367	2025-05-11	Atlas of expression of acyl CoA binding protein/diazepam binding inhibitor (ACBP/DBI) in human and mouse 2025-Feb-26, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07447-w PMID:40011442	research paper	该研究通过蛋白质表达谱、转录组和蛋白质组数据库分析，揭示了酰基辅酶A结合蛋白/地西泮结合抑制剂（ACBP/DBI）在人类和小鼠不同器官中的表达模式及其调控机制	首次系统地绘制了ACBP/DBI在人类和小鼠中的表达图谱，并鉴定了与其共表达的44个mRNA，揭示了线粒体相关蛋白的富集现象	研究主要基于数据库分析，缺乏实验验证部分调控机制	探究ACBP/DBI在哺乳动物特定细胞类型中的表达调控机制	人类和小鼠的组织样本	分子生物学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序、转录组分析、蛋白质组分析	NA	转录组数据、蛋白质组数据	多种人类和小鼠器官组织样本
368	2025-05-11	ETVs dictate hPSC differentiation by tuning biophysical properties 2025-Feb-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56591-6 PMID:40011454	研究论文	本研究探讨了ETV转录因子在调控人类多能干细胞（hPSCs）生物物理特性和谱系定向中的关键作用	首次确立了ETV转录因子作为生物物理参数和谱系定向的关键调控因子，揭示了ETV1或ETV1/ETV4/ETV5基因敲除对细胞粘附和分化的影响	研究仅基于体外模型（gastruloids和胰腺分化模型），未涉及体内验证	探索转录网络如何调控细胞生物物理特性及其在干细胞分化中的作用	人类多能干细胞（hPSCs）及其在gastruloids和胰腺分化模型中的行为	干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用hPSCs及其分化模型
369	2025-05-11	KRT7 promotes pancreatic cancer metastasis by remodeling the extracellular matrix niche through FGF2-fibroblast crosstalk 2025-Feb-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-84129-1 PMID:40011455	研究论文	该研究揭示了KRT7通过FGF2-成纤维细胞相互作用重塑细胞外基质微环境，促进胰腺导管腺癌（PDAC）肝转移的机制	首次发现KRT7通过FGF2介导的Wnt/β-catenin通路抑制CAF增殖和ECM相关基因转录，从而促进PDAC肝转移	研究主要基于小鼠模型和有限临床样本（24例PDAC样本），需要更大规模的临床验证	探究KRT7在PDAC肝转移中的作用机制	胰腺导管腺癌（PDAC）及其转移过程	肿瘤生物学	胰腺癌	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、蛋白质组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质组数据	24例PDAC样本的scRNA-Seq数据
370	2025-05-11	Immunological profile of lactate metabolism-related genes in Psoriasis a comprehensive analysis based on bulk and single-cell RNA sequencing data 2025-Feb-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-91237-z PMID:40011693	研究论文	通过批量RNA测序和单细胞RNA测序数据综合分析银屑病中乳酸代谢相关基因的免疫学特征	首次在银屑病中识别出与乳酸代谢相关的核心基因，并探讨这些基因与免疫细胞浸润的关系	研究依赖于公开数据集，未进行实验验证	阐明乳酸代谢在银屑病发病机制中的作用	银屑病患者和健康对照的皮肤样本	生物信息学	银屑病	批量RNA测序，单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	两个数据集(GSE13355, GSE109248)
371	2025-05-11	Immune dysregulation in COVID-19 induced ARDS in kidney transplant recipients revealed by single-cell RNA sequencing 2025-Feb-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-91439-5 PMID:40011702	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探索了COVID-19诱导的ARDS在肾移植受者和非肾移植受者之间的免疫反应差异	首次构建了肾移植受者和非肾移植受者在COVID-19诱导的ARDS中的单细胞图谱，并揭示了免疫抑制对免疫失调的影响	样本量相对较小，且仅关注了外周血样本，未涉及其他组织或器官的免疫反应	探索COVID-19诱导的ARDS在肾移植受者和非肾移植受者之间的免疫反应差异，以寻找潜在的治疗靶点	肾移植受者和非肾移植受者在COVID-19诱导的ARDS中的免疫细胞	生物医学	COVID-19诱导的ARDS	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	108,320个细胞，来自外周血样本
372	2025-05-11	Combining single-cell ATAC and RNA sequencing for supervised cell annotation 2025-Feb-26, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06084-6 PMID:40011801	研究论文	本文探讨了结合单细胞ATAC和RNA测序数据进行监督细胞注释的方法	首次探索了在监督学习方法中结合单细胞ATAC和RNA测序数据以提高注释效果	在神经元细胞注释中未观察到性能提升	提高单细胞分析的细胞类型注释准确性	人类外周血单个核细胞(PBMC)和阿尔茨海默病神经元细胞	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞ATAC测序, 单细胞RNA测序	随机森林, 支持向量机, 逻辑回归	单细胞多组学数据	人类PBMC和神经元细胞样本
373	2025-05-11	Pathological and molecular insights into intravenous leiomyomatosis: an integrative multi-omics study 2025-Feb-26, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05919-9 PMID:40011937	研究论文	通过整合多组学研究，探讨静脉内平滑肌瘤病（IVL）的病理和分子特征	首次对IVL进行了全面的单细胞RNA测序和蛋白质组学分析，揭示了其与子宫肌瘤在细胞组成和分子特征上的差异	样本量较小，IVL病例较为罕见	理解IVL的发生和发展机制，为诊断和治疗提供新思路	静脉内平滑肌瘤病（IVL）、子宫肌瘤和正常子宫肌层组织	数字病理学	平滑肌瘤病	单细胞RNA测序、蛋白质组学分析、H&E染色	NA	组织样本、测序数据、蛋白质表达数据	8对IVL和正常子宫肌层新鲜冷冻组织样本
374	2025-05-11	Exploring the hepatic-ophthalmic axis through immune modulation and cellular dynamics in diabetic retinopathy and non-alcoholic fatty liver disease 2025-Feb-26, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-025-00730-z PMID:40011971	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，探索了糖尿病视网膜病变（DR）和非酒精性脂肪肝病（NAFLD）中免疫调节和细胞动态的肝-眼轴机制	揭示了T细胞、巨噬细胞和内皮细胞在DR和NAFLD中的共同基因和CD45信号通路的关键作用，为这两种疾病的治疗提供了新的视角	研究依赖于公共数据库的单细胞RNA测序数据，可能受限于样本量和数据质量	阐明DR和NAFLD发病机制中细胞间的复杂互作和信号通路	糖尿病视网膜病变（DR）和非酒精性脂肪肝病（NAFLD）患者	生物信息学	糖尿病视网膜病变, 非酒精性脂肪肝病	单细胞RNA测序, 差异基因表达分析, 伪时间分析, CellChat, GSEA, GSVA	NA	单细胞RNA测序数据	来自GEO数据库的PDR和NAFLD单细胞RNA测序数据集
375	2025-05-11	Cross-species imputation and comparison of single-cell transcriptomic profiles 2025-Feb-26, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03493-x PMID:40012008	research paper	开发了一个名为Icebear的神经网络框架，用于跨物种比较和预测单细胞转录组图谱	Icebear框架能够将单细胞测量分解为细胞身份、物种和批次因子，实现跨物种单细胞基因表达谱的准确预测	单细胞图谱在某些生物学背景下难以获取，限制了假设生成的范围	理解进化过程中的调控变化并将从模型生物学到的知识转移到人类	单细胞RNA测序（scRNA-seq）图谱	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	神经网络	基因表达数据	NA
376	2025-05-11	scFTAT: a novel cell annotation method integrating FFT and transformer 2025-Feb-25, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06061-z PMID:39994539	研究论文	提出了一种结合FFT和Transformer的新型单细胞注释方法scFTAT，用于解决单细胞RNA测序数据的高稀疏性和大规模手动注释的挑战	整合FFT和增强型Transformer进行自动特征学习，通过LDA减少数据稀疏性，并采用核近似、位置编码增强和注意力增强模块优化训练性能	未提及具体局限性	开发高效且鲁棒的单细胞RNA测序数据自动注释方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Transformer	基因表达数据	六个典型数据集（包括人类和小鼠组织）
377	2025-05-11	Comprehensive analysis and experimental validation of disulfidptosis-associated prognostic signature and immune microenvironment characterization of gastric cancer 2025-Feb-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03883-3 PMID:39998563	研究论文	通过综合分析二硫化物凋亡相关基因（DPAGs）在胃癌中的表达特征，建立预后模型并验证其在胃癌个体化治疗中的潜在指导意义	首次基于二硫化物凋亡相关基因（DPAGs）建立胃癌预后模型，并通过单细胞测序分析和体外实验验证其可靠性	研究主要基于生物信息学分析，体外实验验证的基因数量有限	探索二硫化物凋亡在胃癌发生发展中的作用，并建立基于DPAGs的预后模型	胃癌组织和正常组织中的二硫化物凋亡相关基因（DPAGs）	数字病理学	胃癌	单细胞测序分析、siRNA、qRT-PCR、Western blot、CCK-8、Transwell实验	LASSO回归和Cox回归分析	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及正常和胃癌组织样本
378	2025-05-11	Spatial transcriptomics reveals prognostically LYZ+ fibroblasts and colocalization with FN1+ macrophages in diffuse large B-cell lymphoma 2025-Feb-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-03968-7 PMID:39998673	研究论文	该研究通过空间转录组学等多组学方法，识别并描述了弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）肿瘤微环境中的成纤维细胞和肿瘤相关巨噬细胞亚型，揭示了LYZ+成纤维细胞和FN1+巨噬细胞的预后相关性	首次在DLBCL中识别出具有预后意义的LYZ+成纤维细胞亚型及其与FN1+巨噬细胞的共定位关系，并发现相关hub基因可作为潜在生物标志物	样本量相对有限（空间转录组仅11例），且部分验证在非小细胞肺癌患者中进行，可能影响DLBCL特异性结论的普适性	探索DLBCL肿瘤微环境中成纤维细胞和巨噬细胞亚型的预后价值及其分子特征	弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者和非小细胞肺癌（NSCLC）患者	数字病理学	弥漫性大B细胞淋巴瘤	空间转录组学、批量转录组学、免疫组织化学（IHC）、多重免疫荧光（mIF）	随机森林分析	转录组数据、蛋白质表达数据、影像数据	空间转录组11例、批量转录组2499例、IHC37例、mIF56例、血浆样本240例
379	2025-05-11	Th1-poised naive CD4 T cell subpopulation reflects anti-tumor immunity and autoimmune disease 2025-Feb-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57237-3 PMID:40000667	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术在小鼠和人类幼稚CD4 T细胞中鉴定出一个表达超高水平IL-7R的亚群，该亚群具有Th1极化特性，并在抗肿瘤免疫和自身免疫疾病中发挥作用	首次在幼稚CD4 T细胞中发现了一个具有Th1极化特性的亚群，并揭示了其在抗肿瘤免疫和自身免疫疾病中的重要作用	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要在更大规模的人类队列中验证这些发现	探索幼稚CD4 T细胞的异质性及其在疾病中的作用	小鼠和人类的幼稚CD4 T细胞	免疫学	癌症和多发性硬化症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	B16F10肿瘤小鼠模型和人类癌症患者样本
380	2025-05-11	Batch correcting single-cell spatial transcriptomics count data with Crescendo improves visualization and detection of spatial gene patterns 2025-Feb-25, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03479-9 PMID:40001084	研究论文	提出Crescendo算法用于校正单细胞空间转录组数据中的批次效应，以改善基因表达模式的可视化和检测	开发了Crescendo算法，能够在基因表达水平上校正批次效应，支持跨样本的基因表达模式准确可视化	未提及算法的计算效率或在不同类型批次效应中的表现	改进空间转录组数据的分析，以检测基因共定位和配体-受体相互作用	单细胞空间转录组数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	Crescendo算法	基因表达数据	三个数据集，涵盖17万至700万个单细胞