单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2025-05-16	Inflammatory Transformation of Skin Basal Cells as a Key Driver of Cutaneous Aging 2025-Mar-14, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062617 PMID:40141258	研究论文	本研究通过单细胞测序、转录组学和面部衰老相关的全基因组关联研究（GWAS）数据，全面调查了皮肤衰老过程中角质形成细胞亚群的异质性和发育轨迹	识别了基底细胞分化的两条不同路径，并揭示了衰老过程中IFI27细胞比例的增加及其炎症和免疫调节信号的活跃性	NA	揭示皮肤衰老的复杂细胞和分子机制，为新的诊断方法和治疗干预提供潜在靶点	角质形成细胞亚群（基底细胞、棘细胞和IFI27角质形成细胞）	生物医学研究	皮肤衰老	单细胞测序、转录组学、GWAS	NA	基因组数据、转录组数据	NA
362	2025-05-16	Single-Cell Analysis of Molecular Mechanisms in Rapid Antler Osteogenesis During Growth and Ossification Stages 2025-Mar-14, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062642 PMID:40141284	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，全面分析了梅花鹿鹿角在生长和骨化阶段的快速成骨分子调控机制	首次在单细胞水平上揭示了鹿角生长和骨化阶段的基因表达模式及细胞间动态相互作用	研究仅针对梅花鹿鹿角，结果可能不适用于其他哺乳动物的骨再生过程	探究哺乳动物中唯一可完全再生骨组织（鹿角）的快速成骨分子机制	梅花鹿鹿角在生长和骨化阶段的细胞类型及其分子特征	单细胞组学	骨质疏松症	单细胞RNA测序（scRNA-seq），bulk RNA测序	NA	基因表达数据	梅花鹿鹿角在生长和骨化阶段的多种细胞类型（8种主要细胞类型及其亚群）
363	2025-05-16	Novel cell-to-cell communications between macrophages and fibroblasts regulate obesity-induced adipose tissue fibrosis 2025-03-10, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db24-0762 PMID:40063503	研究论文	本研究探讨了巨噬细胞与成纤维细胞之间的细胞间通讯如何调节肥胖诱导的脂肪组织纤维化	发现了表达Mincle的巨噬细胞亚群，并揭示了其通过分泌Osm调节脂肪组织纤维化的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据相关性仍需进一步验证	阐明肥胖条件下脂肪组织纤维化的细胞间通讯机制	饮食诱导肥胖小鼠的脂肪组织	细胞生物学	肥胖	单细胞转录组分析、空间转录组学	NA	转录组数据	饮食诱导肥胖小鼠模型及人类肥胖脂肪组织样本
364	2025-05-16	Impact of Peripheral Inflammation on Blood-Brain Barrier Dysfunction and Its Role in Neurodegenerative Diseases 2025-Mar-09, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062440 PMID:40141084	综述	探讨外周炎症对血脑屏障功能障碍的影响及其在神经退行性疾病中的作用	强调了肠-脑轴在血脑屏障完整性中的关键作用，以及肠道菌群失调和慢性炎症通过免疫和代谢途径对屏障破坏的贡献	关于血脑屏障功能障碍的精确机制仍存在关键知识空白	研究外周炎症、肠道菌群和血脑屏障功能障碍之间的分子机制，及其在神经退行性疾病中的作用	血脑屏障、外周炎症、肠道菌群、神经退行性疾病	神经科学	阿尔茨海默病、帕金森病	单细胞转录组学、器官芯片模型	NA	文献数据	涵盖2015年至2025年的出版物
365	2025-05-16	Role of Galactosylceramide Metabolism in Satellite Glial Cell Dysfunction and Neuron-Glia Interactions in Painful Diabetic Peripheral Neuropathy 2025-Mar-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14060393 PMID:40136642	研究论文	本研究探讨了半乳糖神经酰胺（GalCer）在糖尿病周围神经病变（DPN）进展过程中卫星胶质细胞（SGCs）功能障碍和神经元-胶质细胞相互作用中的作用	首次揭示了GalCer代谢在SGC功能障碍和神经元-胶质细胞相互作用中的核心作用，并提出了GalCer代谢作为潜在治疗靶点	研究基于大鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究GalCer在糖尿病周围神经病变（DPN）进展中的作用机制	卫星胶质细胞（SGCs）和神经元-胶质细胞相互作用	神经科学	糖尿病周围神经病变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、靶向质谱分析、免疫荧光分析	NA	基因表达数据、质谱数据、图像数据	使用PDPN大鼠模型
366	2025-05-16	Construction of T-Cell-Related Prognostic Risk Models and Prediction of Tumor Immune Microenvironment Regulation in Pancreatic Adenocarcinoma via Integrated Analysis of Single-Cell RNA-Seq and Bulk RNA-Seq 2025-Mar-07, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062384 PMID:40141028	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了与T细胞相关的预后风险模型，并预测了胰腺腺癌的肿瘤免疫微环境调控	首次基于T细胞标记基因构建了胰腺腺癌的预后风险模型，并探索了该模型与免疫治疗效果的相关性	研究依赖于公开数据库的数据，未进行独立的外部验证	预测胰腺腺癌患者的预后和免疫治疗效果	胰腺腺癌患者	数字病理学	胰腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	预后风险模型	RNA测序数据	来自GEO和TCGA数据库的胰腺腺癌样本
367	2025-05-16	scSAMAC: saliency-adjusted masking induced attention contrastive learning for single-cell clustering 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf128 PMID:40131310	研究论文	提出了一种名为scSAMAC的新方法，用于单细胞数据的聚类分析，该方法结合了对比学习和负二项损失到变分自编码器中，以提高聚类的鲁棒性和泛化能力	scSAMAC方法通过基因特征显著性调整构建掩码模块，选择对聚类阶段更具影响力的特征，并模拟数据缺失事件，同时开发了包含软k均值损失、Wasserstein距离和对比损失的新损失函数，以充分利用数据信息并提高聚类性能	NA	提高单细胞数据的聚类性能，以便更好地分析下游所需的清晰细胞类型	单细胞测序数据	机器学习	NA	单细胞测序技术	变分自编码器（VAE）	单细胞测序数据	NA
368	2025-05-16	The Spatial Transcriptomic Atlas of Human Limbus and Vital Niche Microenvironment Regulating the Fate of Limbal Epithelial Stem Cells 2025-Mar-03, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.3.52 PMID:40131296	研究论文	本研究利用空间转录组技术生成了人类角膜缘的空间图谱，并揭示了角膜缘上皮干细胞（LESCs）与微环境之间的深层相互作用	首次绘制了人类角膜缘的空间转录组图谱，并发现GPHB5可能作为LESCs的新型潜在生物标志物	样本量相对较小，仅分析了每个样本中的400多个位点	揭示角膜缘微环境对LESCs命运的调控机制	人类角膜缘组织及角膜缘上皮干细胞（LESCs）	空间转录组学	角膜疾病	空间转录组技术、单细胞RNA测序	NA	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	每个样本分析超过400个位点
369	2025-05-16	A Comprehensive Analysis of Epoxide Hydrolase 2 (EPHX2) in Pan-Cancer 2025-Mar, Cancer reports (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/cnr2.70188 PMID:40129060	研究论文	本研究全面分析了环氧水解酶2（EPHX2）在泛癌中的表达、诊断和预后意义，并探讨了其在肿瘤免疫微环境中的潜在作用	首次详细描述了EPHX2在泛癌中的预后景观，并探索了其与肿瘤免疫浸润的潜在关系	EPHX2在不同类型癌症中的保护或有害作用机制尚不完全清楚	详细描述EPHX2在泛癌中的预后景观，并探索其与肿瘤免疫微环境的潜在关系	环氧水解酶2（EPHX2）及其在人类恶性肿瘤中的表达和作用	生物信息学	泛癌	基因集变异分析（GSVA）、qPCR实验、单细胞测序	NA	基因表达数据、免疫治疗数据、药物敏感性数据	33种肿瘤的遗传变异数据及多种癌细胞系的qPCR验证
370	2025-05-16	Identification of RCC2 as a Risk Gene Associated With Basal Cell Carcinoma and Experimental Validation 2025-Mar, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.70082 PMID:40129067	研究论文	通过多组学孟德尔随机化分析和体外实验验证，鉴定出与基底细胞癌风险相关的基因RCC2	首次通过多组学孟德尔随机化分析结合体外实验验证，发现RCC2基因与基底细胞癌风险相关，并证实抑制RCC2可抑制A431细胞增殖	研究主要基于体外细胞实验，尚未进行体内动物模型验证	鉴定基底细胞癌的新型风险基因并探索其治疗潜力	基底细胞癌相关基因和A431细胞系	生物信息学	基底细胞癌	孟德尔随机化分析、eQTL/mQTL/pQTL分析、转录组分析、siRNA转染	NA	多组学数据（基因组、表观组、转录组）和细胞实验数据	GEO数据库转录组数据和A431细胞系
371	2025-05-16	Comprehensive Analysis of Uric Acid and Myasthenia Gravis: IGF1R as a Protective Factor and Potential Therapeutic Target 2025-Mar, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70361 PMID:40152081	研究论文	本研究通过荟萃分析、孟德尔随机化和生物信息学方法，探讨了尿酸与重症肌无力（MG）的关系，并发现IGF1R作为保护因子和潜在治疗靶点	首次通过多方法学分析揭示了尿酸与MG的关联，并确定IGF1R作为关键蛋白及其在MG中的保护作用机制	研究主要基于公共数据库和单中心患者数据，可能需要更多独立队列验证	探究尿酸与重症肌无力的关系及其分子机制，寻找潜在治疗靶点	重症肌无力患者及相关生物标志物	生物信息学	重症肌无力	荟萃分析、孟德尔随机化(MR)、生物信息学分析、虚拟筛选、分子对接	NA	基因组数据、临床数据	公共数据库(TCGA/GEO)数据及单中心患者数据
372	2025-05-16	CellGAT: A GAT-Based Method for Constructing a Cell Communication Network Integrating Multiomics Information 2025-Feb-27, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15030342 PMID:40149878	研究论文	提出了一种基于GAT的方法CellGAT，用于构建整合多组学信息的细胞通讯网络	CellGAT首次整合了配体-受体对基因表达数据、PPI信息、蛋白质复合体数据和实验验证的通路信息，利用节点嵌入算法和图注意力网络构建细胞通讯网络	未明确提及具体局限性	开发一种更准确的细胞间通讯预测方法	多细胞生物中的细胞间通讯网络	生物信息学	NA	scRNA-seq	GAT	基因表达数据	未明确提及具体样本量
373	2025-05-16	VPS25 Promotes an Immunosuppressive Microenvironment in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma 2025-Feb-22, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15030323 PMID:40149859	research paper	该研究探讨了VPS25在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中促进免疫抑制微环境的作用及其临床意义	揭示了VPS25通过上调PVR表达激活PVR-TIGIT信号轴促进免疫逃逸的新机制，并提出了VPS25作为免疫治疗预测生物标志物的潜力	研究主要基于TCGA数据集和体外实验，需要更多临床样本验证	探究ESCRT复合体成员VPS25在HNSCC肿瘤微环境免疫调节中的作用	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）组织和CAL27细胞系	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	RNA-seq、单细胞RNA测序、免疫组化、空间转录组学	NA	基因表达数据、组织微阵列数据	TCGA数据集中的HNSCC样本及组织微阵列样本
374	2025-05-16	Identification and validation of m6A RNA methylation and ferroptosis-related biomarkers in sepsis: transcriptome combined with single-cell RNA sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1543517 PMID:40124361	research paper	该研究通过转录组和单细胞RNA测序技术，识别并验证了与脓毒症相关的m6A RNA甲基化和铁死亡相关生物标志物	首次结合m6A RNA甲基化和铁死亡相关基因，利用机器学习方法和单细胞分析技术识别脓毒症生物标志物，并探索其免疫浸润和治疗潜力	研究主要基于公共数据库和有限临床样本，需要更大规模的临床验证	识别和验证脓毒症的潜在生物标志物，并探索其分子机制和治疗潜力	脓毒症患者和对照组的转录组数据及临床样本	生物信息学	脓毒症	转录组测序, 单细胞RNA测序, WGCNA, RT-qPCR	机器学习方法（未指定具体模型）	RNA-seq数据, 单细胞数据	公共数据库中的转录组数据集和临床样本（未明确数量）
375	2025-05-16	Integrative analysis of single-cell and bulk RNA sequencing reveals the oncogenic role of ANXA5 in gastric cancer and its association with drug resistance 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1562395 PMID:40124374	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了ANXA5在胃癌中的致癌作用及其与耐药性的关联	识别了MUC5AC+恶性上皮细胞簇在胃癌侵袭和上皮-间质转化中的关键作用，并建立了包含ANXA5和GABARAPL2的预后模型	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本选择和测序技术的限制	探索胃癌进展的分子机制及耐药性基础	胃癌组织和相关细胞群	生物信息学	胃癌	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	预后模型	RNA测序数据	来自TCGA、GEO和OMIX001073数据库的多个数据集
376	2025-05-16	TGF-β-mediated activation of fibroblasts in cervical cancer: implications for tumor microenvironment and prognosis 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.19072 PMID:40124621	研究论文	本研究探讨了TGF-β信号在宫颈癌相关成纤维细胞中的作用及其与免疫细胞的相互作用，旨在阐明其对宫颈癌进展的影响	通过单细胞RNA测序数据分析了宫颈癌患者的肿瘤微环境，并构建了一个基于三个基因（ITGA5、SHF和SNRPN）的预后模型，该模型在多个数据集中表现出良好的预测能力	研究主要基于生物信息学分析和体外细胞实验，缺乏体内实验验证	阐明TGF-β信号在宫颈癌相关成纤维细胞中的作用及其对肿瘤微环境和预后的影响	宫颈癌患者的肿瘤微环境，特别是成纤维细胞和免疫细胞	肿瘤生物学	宫颈癌	scRNA-seq, WGCNA, qRT-PCR, CCK-8, 划痕实验	预后基因模型（基于ITGA5、SHF和SNRPN）	单细胞RNA测序数据, TCGA-CESC数据集	NA
377	2025-05-16	AQP1 Affects Necroptosis by Targeting RIPK1 in Endothelial Cells of Atherosclerosis 2025, Vascular health and risk management IF:2.6Q2 DOI:10.2147/VHRM.S487327 PMID:40129682	研究论文	本研究探讨了AQP1通过靶向RIPK1影响内皮细胞坏死性凋亡在动脉粥样硬化中的作用	首次揭示了AQP1通过抑制RIPK3和MLKL的表达来抑制动脉粥样硬化中的坏死性凋亡	研究主要基于体外实验和测序分析，缺乏体内实验验证	探究AQP1是否通过结合RIPK1并降低RIPK3和MLKL的表达来影响动脉粥样硬化中的坏死性凋亡	动脉粥样硬化患者和正常人的股动脉和主动脉样本，以及ox-LDL处理的内皮细胞	分子生物学	心血管疾病	单细胞测序、空间转录组学、WGCNA、ssGSEA、Western Blot	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	动脉粥样硬化组织和正常组织的样本，具体数量未明确说明
378	2025-05-16	Hypoxia-associated genes as predictors of outcomes in gastric cancer: a genomic approach 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1553477 PMID:40129974	研究论文	研究缺氧相关基因在胃腺癌中的作用并构建预后模型	构建了一个基于五个H1特异性转录因子的新型预后模型，用于预测胃腺癌患者的总体生存率	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	研究缺氧相关基因对胃腺癌的影响并开发预后模型	胃腺癌(STAD)患者和细胞系	基因组学	胃癌	scRNA-seq, WGCNA, GO-BP/KEGG富集分析, LassoCox算法, qRT-PCR	LassoCox	RNA表达数据和临床数据	来自TCGA和GEO数据库的胃腺癌样本，以及GSE183904中的原发胃癌样本
379	2025-05-16	Interleukin-27-polarized HIV-resistant M2 macrophages are a novel subtype of macrophages that express distinct antiviral gene profiles in individual cells: implication for the antiviral effect via different mechanisms in the individual cell-dependent manner 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1550699 PMID:40129989	research paper	该研究探讨了IL-27极化的HIV抗性M2巨噬细胞的生物学功能和基因表达谱，揭示了其作为一种新型巨噬细胞亚型的特性	发现IL-27极化的巨噬细胞（27-Mac）是一种新型的M2巨噬细胞亚型，具有独特的抗HIV机制和基因表达谱	研究仅使用健康供体的单核细胞，未考虑HIV感染者或免疫缺陷患者的样本	研究IL-27极化的巨噬细胞（27-Mac）的生物学特性和抗HIV机制	IL-27极化的巨噬细胞（27-Mac）和M2d巨噬细胞亚型	免疫学	HIV感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、p24抗原捕获试验、过氧化氢测定、吞噬试验、IsoPlexis系统	NA	基因表达数据、细胞功能数据	健康供体的单核细胞
380	2025-05-16	Myosin 1f and Proline-rich 13 are transcriptionally upregulated yet functionally redundant in CD4+ T cells during blood-stage Plasmodium infection 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0320375 PMID:40132035	研究论文	研究在实验性疟疾中，CD4+ T细胞分化为效应和记忆亚群时，Myo1f和Prr13基因的转录上调及其功能冗余性	首次在T辅助细胞中鉴定并研究了Myo1f和Prr13基因的功能，尽管这些基因在转录水平上上调，但在效应和记忆CD4+ T细胞反应中功能冗余	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类疟疾中进行验证	探究CD4+ T细胞在疟疾感染期间分化为效应和记忆亚群的分子机制	CD4+ T细胞，特别是Plasmodium chabaudi chabaudi AS感染的小鼠模型中的T细胞	免疫学	疟疾	scRNA-seq, 条件性基因敲除	NA	基因表达数据	小鼠模型中的CD4+ T细胞