单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 40374 篇文献,本页显示第 361 - 380 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
361 2026-06-10
SAD: Sparse-Aware Diffusion Model for Single-Cell Gene Expression Completion
2026 May-Jun, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
research paper 提出SAD,一种基于扩散模型的框架,用于单细胞RNA测序的基因补全,纠正稀疏性偏差,并支持超过30k基因的输入 首次针对scRNA-seq开创性地提出基因补全任务,并设计了专门应对极端稀疏数据的扩散模型SAD,可生成原本缺失的基因条目并纠正分布偏差 未明确说明,但可能涉及极端高缺失率场景下的性能边界或计算成本 解决单细胞RNA测序数据中基因覆盖不全和技术性零点问题,为下游任务提供可靠且一致的基因表达数据 单细胞RNA测序表达数据,特别是高缺失率的稀疏数据集 机器学习, 自然语言处理 NA scRNA-seq 扩散模型(Diffusion Model) 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
362 2026-06-10
A Novel Low-Dimensional Sparse and Low-Rank Representation Method for Single-Cell RNA Sequencing Data Clustering
2026 May-Jun, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
研究论文 提出一种名为LDSLRR的低维稀疏低秩表示方法,用于单细胞RNA测序数据聚类 创新性地将降维、自表示矩阵构建和聚类过程整合为端到端模型,并同时优化三个模块以提高聚类精度 未明确说明限制,可能涉及高维稀疏数据处理的泛化性或计算复杂度 解决单细胞RNA测序数据中高维稀疏性导致的聚类精度问题 单细胞RNA测序数据中的细胞聚类 机器学习 NA scRNA-seq LDSLRR(低维稀疏低秩表示)、图正则化非负矩阵分解(NMF) 基因表达矩阵 多个scRNA-seq数据集 NA 单细胞RNA测序 NA NA
363 2026-06-10
Multi-Omics Graph Attention Network for Key Gene Prediction in Triple-Negative Breast Cancer
2026 May-Jun, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
研究论文 提出基于图注意力网络的多模态框架,整合单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和影像组学数据,用于预测三阴性乳腺癌关键基因 首次将图注意力网络与多模态数据(转录组、染色质可及性和影像组学)融合,通过典型相关分析对齐特征,并利用转录因子结合引导边和细胞间通讯关系构建多模态图,实现了对三阴性乳腺癌异质性的跨模态调控交互捕捉 未在本文中明确提及局限性,但可能包括依赖外部验证集、计算资源需求高或特征选择偏倚等潜在问题 开发可解释的多模态生物标志物发现框架,以识别三阴性乳腺癌的关键基因和潜在治疗靶点 三阴性乳腺癌患者的单细胞转录组、单细胞染色质可及性和影像组学数据 机器学习 三阴性乳腺癌 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、影像组学 图注意力网络、集成多层感知器 转录组数据、染色质可及性数据、影像数据 外部TCGA-TNBC队列 NA 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序 NA NA
364 2026-06-10
Epidermal MHC-II-mediated NK cell recruitment triggers keratinocyte pyroptosis, facilitating pathogenesis of psoriasis
2026-May, Experimental & molecular medicine
研究论文 本文研究了表皮MHC-II介导的NK细胞招募诱导角质形成细胞焦亡在银屑病发病机制中的作用 首次揭示表皮MHC-II通过ERK-CREB轴调控CXCL10招募NK细胞,以及NK细胞释放颗粒酶B引发GSDME阳性角质形成细胞焦亡的新机制 本研究主要基于小鼠模型和体外实验,未在人体样本中进行全面验证,且对MHC-II调控角质形成细胞-免疫细胞相互作用的分子机制解析尚不够深入 探讨银屑病发病中角质形成细胞如何招募自然杀伤细胞以及NK细胞参与炎症反应的机制 银屑病患者的皮肤病变组织和小鼠银屑病样皮炎模型 数字病理学 银屑病 空间转录组学 NA 空间转录组数据 未在摘要中明确说明样本量的具体数字 NA 空间转录组学 NA NA
365 2026-06-10
MeCP2 regulates cell-type-specific functions of depressive-like symptoms in the nucleus accumbens
2026-May, Experimental & molecular medicine
研究论文 本研究利用慢性束缚应激模型,揭示了MeCP2在伏隔核多巴胺D2受体神经元中的细胞类型特异性功能,及其在抑郁样症状调节中的作用 首次发现慢性束缚应激选择性降低伏隔核D2R神经元中的MeCP2蛋白,并通过细胞类型特异性MeCP2恢复实验证明其可减轻应激诱导的抑郁样表型及伴随的回路/转录组特征 腹侧苍白球的下游分子特征未解决投射特异性问题,且未进行全脑范围的分析 探究MeCP2在伏隔核D2R神经元中的细胞类型特异性功能及其在应激反应和抑郁中的作用机制 小鼠伏隔核中的D2R表达中等棘状神经元,以及腹侧苍白球区域 分子神经科学 抑郁症 慢性束缚应激模型、脑片电生理记录、光遗传学刺激、GeoMx数字空间转录组学 NA 空间转录组数据 慢性束缚应激模型小鼠,具体样本数未在摘要中提及 NanoString 空间转录组学 GeoMx Digital Spatial Profiler GeoMx数字空间转录组学用于病毒标记的NAc D2R神经元的细胞类型解析
366 2026-06-10
LoHi-SSL: A Multi-Level Synergistic Learning Model for Integrating Single-Cell Multi-Omics Data via Low- and High-Order Information Fusion
2026 May-Jun, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
研究论文 提出一种多层级协同学习模型LoHi-SSL,通过低阶和高阶信息融合实现单细胞多组学数据高效整合 首次将低阶信息(图自编码器保留组学内细胞相似性)与高阶信息(超图学习捕获跨组学复杂关系)结合,并利用对比学习增强细胞分辨能力 未提及对大规模数据集的计算效率或超大规模细胞图谱的适用性 开发单细胞多组学数据整合方法以解析细胞异质性和状态转变 单细胞多组学数据(如不同分子层的数据集) 机器学习 NA 单细胞多组学测序 图自编码器、超图学习、对比学习 单细胞多组学数据 6个公开数据集 NA 单细胞多组学 NA NA
367 2026-06-10
Robust Algorithm With Contrastive Learning for Identifying Spatial Domains From Noised Spatial Transcriptomics Data
2026 May-Jun, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
研究论文 提出了一种名为jNFACL的鲁棒联合框架,用于从含噪声的空间转录组数据中识别空间域,同时进行去噪和域识别 通过联合网络特征-亲和度对比学习框架,将去噪与空间域识别集成在一个端到端过程中,无需单独预处理步骤;采用非负矩阵分解从特征层面分离噪声,并利用对比学习增强斑点特征质量 未明确讨论超参数敏感性及对不同噪声分布类型的适应性 开发一种鲁棒方法,直接从含噪声的空间转录组数据中识别空间域,克服现有预处理方法的性能限制 空间转录组数据中的组织斑点(spots)及其表达和空间坐标信息 机器学习 NA 空间转录组学 对比学习与非负矩阵分解结合的联合网络框架 空间转录组数据 来自多个平台和物种的不同噪声水平的多个数据集 NA 空间转录组学 NA NA
368 2026-06-10
Prenatal exposure to polystyrene nanoplastics impairs offspring fertility in mice by disrupting meiotic recombination and chromatin accessibility in oocytes
2026-Apr-28, Archives of toxicology IF:4.8Q1
研究论文 研究产前暴露于聚苯乙烯纳米塑料如何通过破坏卵母细胞的减数分裂重组和染色质可及性来损害小鼠后代的生育能力 首次揭示了环境纳米塑料通过表观遗传机制(特别是染色质重塑)损害减数分裂完整性的新机制 基于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类;仅关注雌性后代,未涵盖雄性影响 阐明产前聚苯乙烯纳米塑料暴露对雌性后代生育能力的跨代影响及其分子机制 雌性小鼠后代的卵母细胞 数字病理学 生殖系统疾病 单细胞转录组测序、单细胞ATAC测序、功能细胞测定 NA 文本 小鼠模型,具体样本量未在标题和摘要中提及 NA 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 NA NA
369 2026-06-10
Single-cell profiling reveals distinct populations of tumor-associated macrophages and metastatic tumor cells in breast cancer brain metastasis
2026-Apr-25, Cell death & disease IF:8.1Q1
研究论文 通过单细胞分析揭示乳腺癌脑转移中肿瘤相关巨噬细胞和转移性肿瘤细胞的不同亚群 首次在单细胞分辨率下全面描绘乳腺癌脑转移微环境,鉴定出12种肿瘤相关巨噬细胞亚型和5种转移性肿瘤细胞亚型,并发现GABRB3和NRXN1基因突变与患者生存相关 样本量相对较小(7例患者用于单细胞测序,47例用于bulk测序),功能实验仅使用异种移植模型 阐明乳腺癌脑转移进展的分子机制 乳腺癌脑转移患者 机器学习 乳腺癌 单细胞RNA测序、bulk DNA测序 NA 单细胞转录组数据、DNA测序数据 7例患者用于单细胞RNA测序,47例患者用于bulk DNA测序 NA 单细胞RNA测序、bulk DNA测序 NA NA
370 2026-06-10
Persistent loss of intrahepatic IFN-γ in HBV is linked to selective impairment of liver-resident CXCR6+NK cells despite long-term NUC therapy
2026-Apr-18, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1
研究论文 通过多参数免疫荧光和单细胞RNA测序,发现长期核苷酸类似物治疗下,慢性乙肝患者肝脏中CXCR6+NK细胞持续丧失并转录重编程,导致肝内IFN-γ无法恢复 首次在人类肝脏中定义IFN-γ主要来源为肝驻留CXCR6+NK细胞,并揭示NUC治疗后抗原抑制下仍存在选择性NK细胞功能缺陷,提出了非耗竭驱动的免疫改变机制 样本量较小(NUC-HBV肝活检n=9,健康肝n=7),且仅分析了组织学和临床稳定患者,未探讨不同NUC疗程或疾病阶段的影响 明确健康肝脏中IFN-γ的主要细胞来源,并评估在长期NUC治疗对HBV抑制后这一免疫轴的变化 长期NUC治疗的慢性乙肝患者和健康供者的肝活检组织及配对外周血和肝脏细针穿刺样本 数字病理学 慢性乙肝 多参数免疫荧光、单细胞RNA测序 NA 图像、基因表达数据 NUC-HBV患者肝活检9例、健康供者肝活检7例;NUC-HBV患者肝细针穿刺9例、外周血18例;对照数据集肝5例、血9例 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
371 2026-06-10
Immune landscape in NOD.H-2h4 mouse model thyroid revealed by single-cell RNA sequencing
2026-Apr-16, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3
研究论文 通过单细胞RNA测序分析NOD.H-2h4小鼠模型甲状腺的免疫景观,揭示桥本甲状腺炎的细胞机制 首次构建NOD.H-2h4小鼠模型甲状腺的单细胞转录组图谱,发现甲状腺细胞可塑性和调节性T细胞功能障碍可能是疾病进展的驱动因素 未提及具体限制,但可能包括小鼠模型与人类疾病的差异以及样本量有限 阐明桥本甲状腺炎中甲状腺细胞类型在免疫失调中的具体作用 NOD.H-2h4小鼠甲状腺组织,包括免疫浸润细胞和驻留组织细胞 单细胞组学 桥本甲状腺炎 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 38,461个细胞,来自三个疾病阶段(4周、8周和16周)的NOD.H-2h4小鼠 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
372 2026-06-10
Spatial and single-cell transcriptomic atlas of human suprachiasmatic nucleus
2026-Apr-15, Neuron IF:14.7Q1
研究论文 通过空间转录组学、单核RNA测序及深度学习组织学分析,构建了人类视交叉上核的综合分子与细胞图谱,揭示了其神经元亚型、保守功能分区及昼夜节律机制 首次在成人人类SCN中整合空间转录组与单核RNA测序数据,结合深度学习分析,揭示了保守的功能分区由LHX1和RORB调控,以及神经肽信号网络的重组,并通过GWAS整合分析鉴定出AVP/NMS神经元亚型与清晨型表型的关联 仅基于成人样本,未涵盖发育或衰老阶段;跨物种比较主要限于小鼠和猕猴,可能不完全反映人类特有的昼夜节律调控机制 阐明人类视交叉上核(SCN)的分子与细胞组成及其昼夜节律调控机制 成人人类视交叉上核(SCN)组织样本 数字病理学, 机器学习 NA 空间转录组学, 单核RNA测序(snRNA-seq) 深度学习模型 空间转录组数据, 单核RNA测序数据, 组织学图像 成人SCN组织样本(具体数量未在摘要中明确) NA 空间转录组学, 单核RNA测序 NA NA
373 2026-06-10
Tumor cell-derived IFN spatially reprograms osteopontin-enriched macrophage niches to promote PARP inhibitor resistance
2026-Apr-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 该研究整合空间转录组学和单细胞RNA测序技术,揭示了肿瘤细胞来源的IFN通过重编程富含骨桥蛋白的巨噬细胞微环境促进PARP抑制剂耐药的新机制 首次在临床前试验样本中运用PhenoCycler-Fusion空间图谱、单细胞RNA测序和多重免疫组化技术,鉴定了治疗调节的细胞邻域,并发现IFN-SPP1轴是PARP抑制剂耐药的关键驱动机制 未明确提及在免疫缺陷小鼠中验证了该机制的免疫依赖性,但未说明其他潜在局限性如样本量或模型适用性 探究PARP抑制剂(尼拉帕利)耐药机制,特别是肿瘤微环境中的空间免疫重编程 高级别浆液性卵巢癌患者(新辅助尼拉帕利单药治疗临床试验)、同源重组缺陷小鼠模型 数字病理学 卵巢癌 PhenoCycler-Fusion空间图谱、单细胞RNA测序、多重免疫组化 NA 空间转录组学数据、单细胞RNA测序数据、组织图像 来自前瞻性新辅助尼拉帕利单药治疗试验的样本(具体数量未提及) 10x Genomics, Akoya Biosciences 单细胞RNA测序, 空间转录组学 10x Chromium, PhenoCycler-Fusion 10x Chromium单细胞3'试剂盒, PhenoCycler-Fusion空间图谱系统
374 2026-06-10
Aging restricts maturation of CXCL13+ T follicular helper cells in human immunity
2026-Apr-07, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 研究了人类免疫衰老过程中CXCL13+滤泡辅助性T细胞成熟受限的机制 利用人扁桃体类器官、单细胞RNA测序和CRISPR扰动技术,首次揭示了衰老导致CXCL13+ GC-Tfh细胞选择性丢失并伴随Tfh前体细胞积累,以及BACH2和SOX4作为年龄相关分化调控因子的新机制 未提及明显局限性 阐明人类衰老过程中抗体反应下降的细胞和分子机制,重点探究Tfh细胞的功能缺陷 人类扁桃体类器官、Tfh细胞、B细胞 NA NA 单细胞RNA测序、CRISPR扰动、类器官培养 NA 单细胞转录组数据 不同年龄供体的扁桃体样本 10x Genomics(推测) 单细胞RNA-seq NA NA
375 2026-06-10
Krüppel-like factor 2 regulates renin expression in mature juxtaglomerular cells
2026-Apr-01, American journal of physiology. Renal physiology
研究论文 该研究通过条件性基因敲除小鼠模型,发现Krüppel样因子2调节成熟肾小球旁细胞中肾素的表达 首次揭示Klf2作为血流动力学信号与肾素转录之间的关键转录效应因子 未明确Klf2调控肾素表达的上下游完整分子机制 探究Klf2在肾小球旁细胞中调节肾素表达的作用及其机制 肾素系细胞特异性Klf2基因敲除小鼠 分子生物学, 生理学 高血压, 心血管疾病 多组学分析, 单细胞RNA-seq, 免疫组化, 小鼠模型 条件性基因敲除小鼠模型 基因表达数据, 生理数据, 图像数据 未提供明确样本量 NA 单细胞RNA-seq NA NA
376 2026-06-10
Multiomics Analysis Reveals Distinct Changes in the Cellular Composition of Vulvar Lichen Sclerosus
2026-Apr-01, Journal of lower genital tract disease IF:2.4Q2
研究论文 利用单细胞RNA测序和脂质代谢组学分析,揭示了外阴硬化性苔藓组织中细胞组成和基因通路的变化 首次结合单细胞RNA测序和脂质代谢组学多组学方法,系统解析了VLS组织与正常皮肤在细胞组成和基因/通路水平的差异,特别是T细胞亚群和代谢炎症基因的表达变化 样本量较小(scRNA-seq: 4例; 脂质代谢组学: 15例),可能限制发现的普遍性;自我对照设计可能无法完全排除个体差异 探究外阴硬化性苔藓组织与正常皮肤相比的细胞组成和基因/通路变化 外阴硬化性苔藓患者的VLS组织和自我对照外阴皮肤样本 机器学习和生物信息学 外阴硬化性苔藓 单细胞RNA测序, 脂质代谢组学 NA 单细胞基因表达数据, 脂质代谢组学数据 scRNA-seq: 4个VLS样本及自我对照皮肤; 脂质代谢组学: 15个VLS样本 NA 单细胞RNA测序, 脂质代谢组学 NA NA
377 2026-06-10
Remodeling the gut ecosystem and its mechanism: Natural products in the treatment of ulcerative colitis via regulating gut microbiota and metabolites
2026-Apr-01, International immunopharmacology IF:4.8Q1
review 本文综述了六类天然产物(包括生物碱、多糖、多酚、苷类、萜类和动物源化合物)通过调节肠道菌群及其代谢通路(如短链脂肪酸、色氨酸和胆汁酸)来治疗溃疡性结肠炎的作用机制 系统总结了天然产物通过重塑肠道生态系统治疗溃疡性结肠炎的多靶点机制,并整合了单细胞转录组学、空间转录组学和细胞热位移分析等前沿技术用于靶点验证 天然产物治疗溃疡性结肠炎的具体作用机制仍不完全清楚,且缺乏对临床转化可行性的深入探讨 阐明天然产物治疗溃疡性结肠炎的作用机制,并总结前沿技术在靶点识别和验证中的应用 溃疡性结肠炎患者和动物模型中的肠道菌群及代谢物 自然语言处理 溃疡性结肠炎 单细胞转录组学、空间转录组学、细胞热位移分析 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA NA
378 2026-06-10
Artificial sweeteners and male infertility: Network toxicology and experimental evidence reveal FGFR1 as the critical target
2026-Apr, Reproductive toxicology (Elmsford, N.Y.)
研究论文 通过计算预测、网络分析和实验验证,探究人工甜味剂对男性生育力的影响,揭示FGFR1为关键靶点 整合网络毒理学、机器学习特征选择和单细胞RNA测序,首次明确FGFR1是人工甜味剂致男性不育的核心靶点 仅进行了体外细胞实验,需要体内实验和蛋白质水平的进一步验证 探究人工甜味剂导致男性不育的分子机制 人工甜味剂(阿斯巴甜、纽甜、三氯蔗糖)和TM3莱迪希细胞 机器学习 男性不育 网络毒理学、分子对接、分子动力学模拟、单细胞RNA-seq、RT-qPCR NA 文本、分子结构数据、基因表达数据 7种人工甜味剂筛选,91个候选靶标,1个核心基因(FGFR1) NA 单细胞RNA测序 NA 使用Male Health Atlas数据库的单细胞RNA-seq数据
379 2026-06-10
Integration of TWAS with single-cell and spatial transcriptomics identifies TLR1 as a susceptibility gene and therapeutic target in the breast cancer tumor microenvironment
2026-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1
研究论文 通过全转录组关联研究(TWAS)结合单细胞和空间转录组学,鉴定TLR1为乳腺癌肿瘤微环境中的易感基因和治疗靶点 首次将TWAS与单细胞RNA测序和空间转录组测序整合,在乳腺癌肿瘤微环境中鉴定出TLR1作为易感基因和潜在药物靶点 未具体说明局限性 利用TWAS筛选乳腺癌易感基因,并通过单细胞和空间转录组学揭示其在肿瘤微环境中的机制和治疗价值 乳腺癌易感基因(ADCY3、CASP8、GRHL1、HELQ和TLR1)及其在肿瘤微环境中的细胞相互作用 数字病理学 乳腺癌 TWAS、空间转录组测序、单细胞RNA测序 NA 转录组数据、空间转录组数据、单细胞RNA测序数据 来自GTEx门户的全组织eQTL数据,以及来自BCAC和FinnGen R10数据库的GWAS汇总数据 NA 空间转录组学、单细胞RNA测序 NA NA
380 2026-06-10
PM10 Impairs CD56dim NK Cell Cytotoxicity via FNBP1 Suppression to Exacerbate Rheumatoid Arthritis: Insights from Multimodal Multi-Omics
2026-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究整合流行病学、生物信息学、单细胞转录组学和动物模型,探究空气污染物PM10通过抑制FNBP1损害CD56dim NK细胞毒性进而加剧类风湿性关节炎的机制 首次揭示“PM-FNBP1-NK细胞”轴这一全新的类风湿性关节炎发病机制假说 未具体说明研究的局限性 阐明空气污染物PM10对类风湿性关节炎的分子和免疫学影响 类风湿性关节炎患者、胶原诱导关节炎小鼠模型及人源细胞 机器学习 类风湿性关节炎 单细胞测序 机器学习 单细胞转录组数据、流行病学数据 全球超过95%国家的流行病学数据及类风湿性关节炎患者样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
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