单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2025-09-12	Smpd3 regulates odontoblast differentiation through the Shh-Gli1 pathway 2025-Nov, Bone IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.bone.2025.117587 PMID:40639673	研究论文	本研究揭示了Smpd3通过Shh-Gli1通路调控成牙本质细胞分化的分子机制	首次发现Smpd3基因通过Shh信号通路调控成牙本质细胞分化，并证实其促进牙本质形成的能力	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床相关性尚需进一步验证	探究Smpd3在成牙本质细胞分化中的功能及其分子机制	小鼠牙乳头细胞(mDPCs)和小鼠磨牙牙胚	发育生物学	牙科疾病	单细胞RNA测序，siRNA敲低，RNA测序，体外培养	NA	基因表达数据，组织学图像	小鼠牙乳头细胞和牙胚样本（具体数量未明确说明）
362	2025-09-12	Origin, functions, heterogeneity and associated diseases of B-1 cells 2025-Nov, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110561 PMID:40651736	综述	本文综述了B-1细胞的起源、功能、异质性及其在疾病中的作用	讨论了单细胞测序分析对B-1细胞异质性的新见解	NA	探讨B-1细胞的生物学特性及其与疾病的关联	B-1细胞	免疫学	自身免疫病、感染性疾病、炎症性疾病	单细胞测序分析	NA	NA	NA
363	2025-09-12	Large-scale proteomics analysis identifies plasma protein biomarkers and potential therapeutic targets for rheumatoid arthritis: A prospective study in UK Biobank 2025-Nov, Bone IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.bone.2025.117593 PMID:40669587	研究论文	通过大规模蛋白质组学分析鉴定类风湿关节炎的血浆蛋白生物标志物和潜在治疗靶点	整合蛋白质组学、GWAS和单细胞RNA测序数据，首次系统评估RA风险相关蛋白并发现ICAM3、CTSV和RNASET2等新靶点	预测模型性能中等（AUC=0.74），预测窗口为5年，需进一步验证	识别类风湿关节炎的生物标志物和治疗靶点	类风湿关节炎患者和健康对照者	生物医学信息学	类风湿关节炎	蛋白质组学、GWAS、单细胞RNA测序、孟德尔随机化分析	XGBoost	蛋白质组数据、基因组数据、转录组数据	706例RA患者和1410例对照
364	2025-09-12	Single-cell sequencing revealed the recurrence causes of ETV6:RUNX1 fusion-positive B-ALL in children 2025-Oct, Molecular and cellular probes IF:2.3Q4 DOI:10.1016/j.mcp.2025.102041 PMID:40659095	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探索ETV6:RUNX1融合阳性儿童B细胞急性淋巴细胞白血病复发机制	首次在单细胞水平揭示复发样本中T细胞耗竭、代谢通路改变及LGALS9-HAVCR2等新型细胞互作机制	样本量较小（仅4例患者），需更大队列验证	解析ETV6:RUNX1阳性B-ALL患者复发驱动通路	儿童B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）患者	单细胞组学	白血病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	4例B-ALL患者（3例新诊断，1例复发），选自25例患者队列
365	2025-09-12	Establishment of CRISPR/Cas9 lineage tracking technology for pig embryos 2025-Oct, Molecular and cellular probes IF:2.3Q4 DOI:10.1016/j.mcp.2025.102046 PMID:40816522	研究论文	开发了一种结合CRISPR/Cas9分子条码和单细胞转录组学的猪胚胎高分辨率谱系追踪技术	首次在猪中建立了结合DNA条码（CRISPR/Cas9靶位点和intBC）与组成型Cas9-EGFP的谱系追踪系统，并与scRNA-seq整合	NA	研究猪组织发育和细胞谱系，用于生物医学研究和遗传工程	猪胚胎细胞	发育生物学	NA	CRISPR/Cas9, CRISPR/Cas12a, piggyBac转座, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组DNA, 单细胞转录组数据	NA
366	2025-09-12	Single-Cell Analysis Reveals a Critical Role for Macrophage Epsins in Regulating the Origin of Foam Cells in Atherosclerosis 2025-Sep-11, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.125.323288 PMID:40931837	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示了巨噬细胞epsin蛋白在动脉粥样硬化泡沫细胞形成中的关键调控作用	首次发现巨噬细胞特异性epsin缺失可显著抑制泡沫细胞形成并逆转血管平滑肌细胞和内皮细胞功能障碍	研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究巨噬细胞epsin在动脉粥样硬化发展中的分子机制	Apoe缺陷小鼠的血管细胞（巨噬细胞、VSMC、内皮细胞）	单细胞生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、qRT-PCR、免疫染色、代谢分析	NA	单细胞转录组数据	WT/Apoe-/-和LysM-DKO/Apoe-/-小鼠模型（具体数量未明确说明）
367	2025-09-12	Single-Cell Transcriptomics of Human Pericarotid Lymph Nodes Indicating Stability of Carotid Atherosclerotic Plaques 2025-Sep-11, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.039777 PMID:40932121	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析探讨颈动脉周围淋巴结与斑块稳定性之间的关系	首次在单细胞水平揭示人类颈动脉周围淋巴结与动脉粥样硬化斑块稳定性的关联	样本仅来自严重颈动脉狭窄患者，结果可能不适用于早期病变	探索淋巴结功能与动脉粥样硬化之间的关系	颈动脉周围淋巴结和动脉粥样硬化斑块	单细胞转录组学	心血管疾病	单细胞转录组测序、T/B细胞受体测序	NA	转录组数据	106名接受颈动脉内膜切除术的重度颈内动脉狭窄患者
368	2025-09-12	Extracellular matrix-myCAF signatures correlate with resistance to neoadjuvant aPD-L1 immune checkpoint inhibition with durvalumab + metformin in HPV+ HNSCC 2025-Sep-11, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-1098 PMID:40932382	研究论文	本研究通过多组学分析探索HPV阳性头颈部鳞状细胞癌对durvalumab联合二甲双胍新辅助免疫治疗的应答与耐药机制	首次发现细胞外基质-肌成纤维癌相关成纤维细胞(ECM-MYCAF)特征与免疫联合治疗耐药相关，并通过空间转录组学定位至肿瘤前沿区域	样本来源于单中心临床试验，样本量有限，且仅针对HPV阳性患者	识别HPV阳性头颈部鳞癌对PD-L1抑制剂联合二甲双胍治疗的预测性生物标志物和耐药机制	HPV阳性头颈部鳞状细胞癌患者	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	多组学分析、空间转录组学、基因集富集分析	NA	基因组数据、转录组数据、临床数据	NCT03618654临床试验中的未治疗非糖尿病HPV+ HNSCC患者样本
369	2025-09-12	Unveiling the genetic overlap and causal links between gastroesophageal reflux disease and asthma 2025-Sep-11, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000003283 PMID:40932390	研究论文	本研究通过遗传学方法揭示了胃食管反流病（GERD）与哮喘之间的遗传重叠和因果联系	新发现了51个GERD与哮喘共有的风险位点，识别了三个新的共享基因（RBM6、SUOX、MPHOSPH9），并利用单细胞RNA测序验证了这些基因在GERD患者免疫细胞中的高表达	研究基于GWAS汇总统计数据，未涉及个体层面数据；因果推断依赖于孟德尔随机化假设	探究GERD与哮喘之间的遗传关联和潜在因果关系	GERD和哮喘患者及对照人群的遗传数据	遗传学	胃食管反流病和哮喘	GWAS, LDSC, 孟德尔随机化, 跨性状meta分析, 共定位分析, SMR, TWAS, scRNA-seq	NA	遗传汇总统计数据，单细胞RNA测序数据	GERD: 71,522病例和261,079对照；哮喘: 56,167病例和352,255对照
370	2025-09-12	The PAR-score based on PANoptosis genes predicts the progression of ulcerative colitis and the response to anti-TNF-α treatment 2025-Sep-11, Genes & genomics IF:1.6Q3 DOI:10.1007/s13258-025-01675-2 PMID:40932643	研究论文	基于PANoptosis基因开发PAR-score模型，用于预测溃疡性结肠炎进展及抗TNF-α治疗反应	首次将PANoptosis（整合焦亡、凋亡和坏死性凋亡的协调细胞死亡机制）特征应用于UC和CAC的风险预测，并发现EGFR抑制剂潜在治疗价值	研究基于公共数据库和动物模型，需进一步临床验证	阐明PANoptosis在UC和CAC中的作用并开发预测模型	溃疡性结肠炎患者、结肠炎相关结直肠癌病例及对照样本	生物信息学	溃疡性结肠炎	转录组分析、Western blot、单细胞测序、孟德尔随机化、分子对接	风险评分模型（PAR-Score）	基因表达数据	来自GEO数据库的UC患者、CAC病例和对照样本（具体数量未明确说明）
371	2025-09-12	Epigenetic drift score captures directional methylation variability and links aging to transcriptional, metabolic, and genetic alterations 2025-Sep-10, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.280155.124 PMID:40750330	研究论文	本研究通过大规模表观基因组分析，开发了表观遗传漂变分数（EDS）来量化个体漂变负担，并揭示其与衰老相关转录、代谢和遗传变化的关联	首次在大型中国队列中开展全面表观基因组漂变研究，开发了量化个体表观遗传漂变负担的EDS分数，并发现了漂变的方向性特征（99%为正漂变）	NA	探究表观遗传漂变的程度、生物学意义和人群特异性，及其在人类衰老中的作用	人类DNA甲基化变异与衰老过程	表观遗传学	衰老相关疾病	850K EPIC阵列、单细胞RNA-seq、GWAS	NA	DNA甲基化数据、转录组数据、基因型数据	中国队列3538人，验证队列包括中国1467人和欧洲956人
372	2025-09-12	Intergenic accumulation of RNA polymerase II maintains the potential for swift transcriptional restart upon release from quiescence 2025-Sep-10, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279874.124 PMID:40796281	研究论文	研究芽殖酵母静止期细胞中RNA聚合酶II的基因组重分布及其在转录快速重启中的作用	发现静止期细胞中RNAPII在基因间区域积累，确保重返生长时快速转录响应	研究仅基于芽殖酵母模型，未涉及其他生物体系	探究静止期细胞转录机制关闭与快速重启的分子基础	芽殖酵母静止期细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据、转录组数据	分选的芽殖酵母静止期细胞群体
373	2025-09-12	scGraphDap: Integrating Functional State Pseudo-labels and Graph Structure Learning for Robust Cell Type Annotation in Tumor Microenvironments 2025-Sep-10, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3607687 PMID:40928910	研究论文	提出scGraphDap图神经网络框架，通过整合功能状态伪标签和图结构学习改进肿瘤微环境中的细胞类型注释和细胞间通讯推断	利用通路活性评分作为伪标签优化细胞-细胞图，捕捉功能邻近性而非几何相似性，并采用图域适应模块增强跨个体泛化能力	NA	改进肿瘤微环境中细胞类型注释和细胞间通讯推断的准确性	肿瘤微环境中的细胞	生物信息学	癌症	scRNA-seq, 图神经网络	GNN	单细胞RNA测序数据	15名患者的38,667个细胞，涵盖三种癌症类型
374	2025-09-12	scSPAF: Cell Similarity Purified Adaptive Fusion Network for Single-Cell Multi-Omics Clustering 2025-Sep-10, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBBIO.2025.3608251 PMID:40928916	研究论文	提出一种名为scSPAF的单细胞多组学聚类网络，通过细胞相似性纯化和自适应融合机制提升聚类性能	采用多级融合方法探索组学数据的一致性和互补性，设计细胞相似性纯化模块准确整合细胞间邻域信息	NA	提升单细胞多组学聚类分析的准确性和判别性	单细胞多组学数据	生物信息学	NA	单细胞测序技术	自适应融合网络	多组学数据	六个真实世界数据集
375	2025-09-12	Interferon-induced senescent CD8+ T cells reduce anti-PD1 immunotherapy efficacy in early triple-negative breast cancer 2025-Sep-10, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adj7808 PMID:40929245	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术发现干扰素诱导的衰老CD8+ T细胞是早期三阴性乳腺癌免疫治疗无效的关键因素，并提出烟酰胺单核苷酸治疗可恢复其功能	首次揭示HLA-DR单核细胞来源的干扰素诱导CD8+ T细胞衰老的机制，并证明烟酰胺单核苷酸可逆转该过程并增强免疫治疗效果	研究样本量有限（171例患者），且机制验证主要依赖体外模型和小鼠实验	探究早期三阴性乳腺癌免疫治疗无效的机制并寻找改善策略	早期三阴性乳腺癌患者样本、患者来源类器官及小鼠模型	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序、批量转录组学、病理学检测	NA	基因表达数据、病理图像数据	171例早期三阴性乳腺癌患者样本
376	2025-09-12	Innate and adaptive immune features associated with immune-related adverse events 2025-Sep-10, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-012414 PMID:40930749	研究论文	本研究通过多维度免疫分析揭示免疫检查点抑制剂治疗中免疫相关不良事件（irAE）的基线免疫特征与机制	首次系统鉴定irAE患者的基线促炎症免疫状态特征，并发现TNF信号通路是最高度富集的通路	样本量有限（162例），且仅为观察性研究，需进一步验证	探究免疫检查点抑制剂治疗中免疫相关不良事件的生物学机制	接受免疫检查点抑制剂治疗的癌症患者	免疫学	癌症	单细胞RNA测序、质谱流式细胞术、多重细胞因子检测、抗核抗体分析	NA	基因组数据、蛋白质数据、细胞数据	162例患者
377	2025-09-12	Igf2 regulates early postnatal DPP4+ preadipocyte pool expansion 2025-Sep-10, Genes & development IF:7.5Q1 DOI:10.1101/gad.352710.125 PMID:40930990	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了早期小鼠皮下脂肪组织中IGF2通过促进DPP4+前体脂肪细胞增殖而非分化来调控脂肪组织扩张的机制	首次发现DPP4阳性前体脂肪细胞群在断奶前小鼠皮下脂肪网状间质中的存在，并证实IGF2特异性驱动该细胞群的增殖	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类组织中验证	阐明早期生命阶段脂肪组织快速扩张的细胞机制	小鼠皮下脂肪组织	细胞生物学	肥胖代谢疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠皮下脂肪组织样本
378	2025-09-12	Heart failure-specific cardiac fibroblasts contribute to cardiac dysfunction via the MYC-CXCL1-CXCR2 axis 2025-Sep-10, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00698-y PMID:40931092	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序发现心力衰竭特异性心脏成纤维细胞通过MYC-CXCL1-CXCR2轴导致心功能异常	首次鉴定出心力衰竭特异性心脏成纤维细胞亚群并揭示其通过MYC-CXCL1-CXCR2信号通路影响心肌细胞功能的新机制	主要基于小鼠模型研究，人类样本验证相对有限	探究心脏成纤维细胞在心力衰竭中的作用机制	小鼠心脏、新生大鼠心肌细胞、人iPSC来源心肌细胞、人心力衰竭组织样本	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	压力超负荷小鼠模型、人衰竭心脏组织与对照组织
379	2025-09-12	Endothelial cell-ILC3 crosstalk via the ET-1/EDNRA axis promotes NKp46+ILC3 glycolysis to alleviate intestinal inflammation 2025-Sep-10, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-025-01345-z PMID:40931105	研究论文	本研究揭示了肠道内皮细胞与ILC3通过ET-1/EDNRA轴促进NKp46+ILC3糖酵解以缓解肠道炎症的新机制	首次发现肠道内皮细胞与ILC3之间的crosstalk，并阐明ET-1/EDNRA轴通过调控HIF-1α和糖酵解代谢适应维持肠道稳态	NA	探究肠道内皮细胞与ILC3相互作用在肠道炎症调控中的作用机制	肠道内皮细胞、ILC3细胞、ET-1/EDNRA信号轴	免疫学	肠道炎症	单细胞转录组分析、蛋白表达检测	NA	转录组数据、蛋白表达数据	NA
380	2025-09-12	Influence of Age on Fracture Healing in Young and Middle-Aged Mice in a Proximal Femur Fracture Model 2025-Sep-10, Journal of orthopaedic research : official publication of the Orthopaedic Research Society IF:2.1Q2 DOI:10.1002/jor.70063 PMID:40931376	研究论文	本研究通过小鼠股骨近端骨折模型探讨年龄对骨折愈合的影响，发现中年小鼠愈合能力下降与衰老细胞及SASP因子表达相关	首次在年轻与中年小鼠中结合空间转录组学与多维度分析（细胞因子、µCT、组织形态计量）揭示年龄相关性骨折愈合延迟的分子机制	研究仅使用雄性C57BL/6J小鼠，未涵盖性别差异或更老年龄组	探究年龄对小鼠股骨近端骨折愈合的影响及分子机制	12周龄（年轻）和52周龄（中年）雄性C57BL/6J小鼠	骨科学研究	骨质疏松性骨折	多因子细胞因子分析、µCT、组织形态计量、免疫染色、空间转录组学	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据、影像数据、组织学数据	年轻组与中年组雄性C57BL/6J小鼠（具体数量未明确）