单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2025-04-27	Phylogenomic workflow for uncultivable microbial eukaryotes using single-cell RNA sequencing - A case study with planktonic ciliates (Ciliophora, Oligotrichea) 2025-Mar, Molecular phylogenetics and evolution IF:3.6Q2 DOI:10.1016/j.ympev.2024.108239 PMID:39551225	研究论文	本文开发了一种基于单细胞RNA测序的系统基因组工作流程，用于研究不可培养的微生物真核生物，并以浮游纤毛虫为例进行了验证	开发了一个整合从细胞分离到数据整理和物种树推断所有关键步骤的系统基因组工作流程，并评估了单拷贝和多拷贝基因在系统基因组分析中的应用	需要生物信息学专业知识和计算能力，且数据中可能包含非目标序列（如共生体、猎物）	开发并验证一种适用于不可培养微生物真核生物的系统基因组工作流程	浮游纤毛虫（Ciliophora, Oligotrichea）	基因组学	NA	单细胞RNA测序	Asteroid	转录组数据	39个转录组（11个公开可用，28个新生成）
362	2025-04-27	All the single cells: Single-cell transcriptomics/epigenomics experimental design and analysis considerations for glial biologists 2025-Mar, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24633 PMID:39558887	review	本文为胶质细胞生物学家提供了单细胞RNA-seq数据集的实验设计和分析入门指南	专注于胶质细胞生物学的单细胞转录组学和表观基因组学实验设计与分析决策点	主要针对胶质细胞生物学领域，可能不适用于其他细胞类型的研究	促进对单细胞组学数据决策的理解，增强生物学家解释和批判工作的能力	胶质细胞及其在神经疾病中的变化	生物信息学	神经疾病	单细胞RNA-seq	NA	单细胞转录组和表观基因组数据	NA
363	2025-04-27	EfficientNet-resDDSC: A Hybrid Deep Learning Model Integrating Residual Blocks and Dilated Convolutions for Inferring Gene Causality in Single-Cell Data 2025-Mar, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-024-00667-2 PMID:39578307	研究论文	提出了一种名为EfficientNet-resDDSC的混合深度学习模型，用于从单细胞数据中推断基因间的因果关系	结合了残差块和扩张卷积，增强了模型在初级阶段的低层次特征提取能力，并通过深度可分离卷积和扩张卷积在不增加计算量的情况下扩大了模型的感受野	NA	构建基因调控网络（GRNs），准确揭示基因间的因果关系	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的基因	机器学习	乳腺癌	scRNA-seq	EfficientNet-resDDSC（结合残差块和扩张卷积的深度学习模型）	单细胞RNA测序数据	四个数据集
364	2025-04-27	Single-Cell RNA Sequencing to Guide Autologous Preterm Cord Mesenchymal Stromal Cell Therapy 2025-Mar, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202403-0569OC PMID:39586004	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术评估了脐带间充质干细胞（UC-MSCs）在治疗早产儿支气管肺发育不良（BPD）中的潜力	首次通过单细胞RNA测序比较了不同来源（足月、早产及妊娠并发症）UC-MSCs的转录组特征及其在BPD模型中的治疗效果差异	样本量较小（5例足月供体+16例早产供体），且仅使用公开数据进行肺部细胞互作网络分析	评估妊娠并发症是否影响UC-MSCs对BPD的治疗潜力	脐带间充质干细胞（UC-MSCs）与新生儿真皮成纤维细胞	数字病理	肺病/支气管肺发育不良	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	5例足月供体+16例早产供体的UC-MSCs，以及人类新生儿真皮成纤维细胞对照
365	2025-04-27	Analysis of human neutrophils from nasal polyps by single-cell RNA sequencing reveals roles of neutrophils in chronic rhinosinusitis 2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.10.032 PMID:39522652	research paper	通过单细胞RNA测序分析鼻息肉中的人类中性粒细胞，揭示了中性粒细胞在慢性鼻窦炎中的作用	首次使用单细胞RNA测序技术揭示了鼻息肉组织中中性粒细胞的异质性及其在慢性鼻窦炎中的潜在致病作用	样本量较小（5例对照鼻窦组织、5例鼻息肉组织及匹配的外周血样本），可能影响结果的普遍性	揭示中性粒细胞在鼻息肉组织中的作用和异质性	人类中性粒细胞	digital pathology	chronic rhinosinusitis	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq	5例对照鼻窦组织、5例鼻息肉组织及匹配的外周血样本
366	2025-04-27	Profiling immune cell tissue niches in the spatial -omics era 2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.11.001 PMID:39522655	review	本文综述了高通量空间组学技术在免疫细胞组织微环境研究中的应用及其新见解	提出了一个三步框架来定义和表征免疫微环境，并总结了空间解析方法在适应性免疫库和淋巴细胞克隆扩增分析中的应用	免疫微环境的定义标准存在不一致性	研究免疫细胞在组织中的空间分布及其功能意义	免疫细胞及其组织微环境	translational immunology	NA	spatial transcriptomics	NA	spatial -omics data	NA
367	2025-04-27	Melatonin treatment increases skin microbiota-derived propionic acid to alleviate atopic dermatitis 2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.11.019 PMID:39579877	research paper	研究揭示了褪黑激素通过调节皮肤微生物群及其代谢产物丙酸来缓解特应性皮炎（AD）的机制	首次发现褪黑激素通过皮肤微生物群/丙酸/GPR43/FABP5轴缓解AD，揭示了褪黑激素作为皮肤微生物群调节剂的新角色	研究主要基于小鼠模型和HaCaT细胞，人类临床验证尚待进行	探究褪黑激素治疗通过改变皮肤微生物群组成缓解AD的机制	特应性皮炎（AD）小鼠模型和HaCaT细胞	皮肤微生物组学	特应性皮炎	16S-rRNA测序、皮肤微生物移植、短链脂肪酸定量检测、转录组和单细胞测序分析、定量RT-PCR、Western blotting、Cell Counting Kit-8检测	小鼠AD模型	微生物组数据、转录组数据、单细胞测序数据、蛋白质表达数据	AD小鼠模型和HaCaT细胞系
368	2025-04-27	Aged hippocampal single-cell atlas screening unveils disrupted neuroglial system in postoperative cognitive impairment 2025-Mar, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14406 PMID:39540334	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了老年小鼠海马神经胶质系统在术后认知障碍中的失调机制及其潜在治疗靶点	首次构建老年海马单细胞图谱，揭示了术后认知障碍中神经胶质系统紊乱的多细胞机制及右美托咪定的治疗潜力	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	阐明术后认知障碍中神经胶质相互作用的调控机制及潜在治疗靶点	老年小鼠海马神经胶质系统（神经元、小胶质细胞、星形胶质细胞和少突胶质细胞）	神经科学	术后认知障碍	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	老年小鼠海马组织样本（具体数量未说明）
369	2025-04-27	Alterations in PD-L1 succinylation shape anti-tumor immune responses in melanoma 2025-Mar, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02077-6 PMID:40069506	研究论文	本研究探讨了线粒体代谢在肿瘤免疫中的作用，特别是琥珀酰辅酶A与黑色素瘤中抗PD-1疗法疗效的关系	揭示了琥珀酰辅酶A通过PD-L1的琥珀酰化修饰影响抗肿瘤免疫反应的新机制，并发现CPT1A作为PD-L1的琥珀酰转移酶	研究主要聚焦于黑色素瘤，其他类型肿瘤的适用性尚不明确	探究线粒体代谢物对肿瘤免疫反应的影响机制	黑色素瘤患者样本和体外/体内模型	肿瘤免疫学	黑色素瘤	空间转录组学、批量转录组学、蛋白质组学	NA	转录组数据、蛋白质组数据	未明确说明患者样本数量
370	2025-04-27	Investigating biological nitrogen fixation via single-cell transcriptomics 2025-Feb-25, Journal of experimental botany IF:5.6Q1 DOI:10.1093/jxb/erae454 PMID:39563004	综述	本文综述了单细胞转录组学在研究根瘤共生分子机制中的应用及关键发现	利用单细胞转录组学揭示了根瘤共生过程中的保守转录程序和新基因，为工程化非豆科作物提供了新见解	NA	探索可持续替代氮肥的途径，特别是通过工程化根瘤共生过程	豆科植物（如Medicago truncatula、Lotus japonicus和Glycine max）的根瘤共生过程	植物分子生物学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
371	2025-04-27	Chronic inflammation deters natural killer cell fitness and cytotoxicity in myeloid leukemia 2025-Feb-25, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024014592 PMID:39571169	research paper	该研究探讨了慢性炎症如何影响自然杀伤细胞（NK细胞）在髓系白血病中的适应性和细胞毒性	揭示了TNFα诱导的炎症信号在抑制NK细胞功能中的关键作用，并提出了通过靶向Cish或TNFα来恢复NK细胞功能的潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本数量有限，需要进一步验证	研究髓系白血病微环境对NK细胞功能的影响及其机制	NK细胞在髓系白血病中的功能变化	免疫学	慢性髓系白血病（CML）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	嵌合BCR::ABL1+ CML小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型和来自健康供体及未治疗CML患者的血浆样本
372	2025-04-27	Gene module reconstruction identifies cellular differentiation processes and the regulatory logic of specialized secretion in zebrafish 2025-Feb-24, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.10.015 PMID:39591963	research paper	该研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）重建斑马鱼分泌组织的分化过程，揭示了基因模块在细胞分化中的作用	提出了通过多源整合识别模块的方法（MIMIR），揭示了转录因子如何调控一般和特化的细胞功能	研究仅基于斑马鱼的两种分泌组织，可能不适用于其他生物或组织类型	研究细胞分化过程中基因模块的重建及其调控机制	斑马鱼的脊索和孵化腺	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	斑马鱼胚胎
373	2025-04-27	Mapping of the T-cell Landscape of Biliary Tract Cancer Unravels Anatomic Subtype-Specific Heterogeneity 2025-Feb-17, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1173 PMID:39570809	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序，揭示了胆道癌不同解剖亚型中T细胞的特异性分布及其异质性	首次在单细胞和空间水平上详细描绘了胆道癌不同亚型的T细胞多样性，并发现了与免疫治疗相关的特异性免疫特征	样本量相对较小（16名患者的36个样本），可能影响结果的普遍性	探索胆道癌不同亚型中T细胞的特异性分布，以发现潜在的精准免疫治疗策略	胆道癌患者的CD3+ T细胞	数字病理学	胆道癌	单细胞RNA测序, T细胞受体测序	NA	RNA测序数据, 病理切片图像	16名患者的36个样本和355张病理切片
374	2025-04-27	A platform for multimodal in vivo pooled genetic screens reveals regulators of liver function 2025-Feb-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.18.624217 PMID:39605605	研究论文	开发了一种结合成像和测序的多模态方法，用于构建大规模基因型-表型图谱，以研究小鼠肝脏中数百种基因扰动的影响	结合成像和单细胞测序技术，构建多模态基因型-表型图谱，揭示肝脏功能的遗传调控机制	研究仅针对小鼠肝脏，结果可能不直接适用于其他器官或人类	解析复杂细胞和组织表型的遗传调控基础	小鼠肝脏中的数百种基因扰动	机器学习	NA	成像和单细胞测序	NA	图像和基因表达数据	小鼠肝脏中的数百种基因扰动
375	2025-04-27	IL-4 induces CD22 expression to restrain the effector program of virtual memory T cells 2025-02-07, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adk4841 PMID:39919198	研究论文	本文研究了IL-4如何通过诱导CD22表达来调控虚拟记忆T细胞的效应程序	首次发现CD22作为IL-4诱导的T细胞选择性表面标记物，并揭示其调控T细胞效应程序的内在机制	未明确CD22调控T细胞效应的具体分子通路	阐明IL-4依赖性T细胞活化和扩增的调控机制	虚拟记忆CD8 T细胞	免疫学	寄生虫感染	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
376	2025-04-27	CAF-macrophage crosstalk in tumour microenvironments governs the response to immune checkpoint blockade in gastric cancer peritoneal metastases 2025-Feb-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333617 PMID:39537239	研究论文	本研究探讨了胃癌腹膜转移（GCPM）中肿瘤相关成纤维细胞（CAF）与巨噬细胞的相互作用如何影响免疫检查点阻断（ICB）的治疗效果	揭示了GCPM中独特的免疫抑制模式，主要由SPP1+肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和THBS2+基质相关成纤维细胞（mCAFs）组成的基质-髓系生态位驱动，并发现C3-C3AR1轴是ICB耐药的关键机制	研究样本量可能有限，且结果主要基于单细胞测序和体内模型，需要进一步临床验证	阐明GCPM患者对ICB治疗的耐药机制并寻找潜在的治疗靶点	胃癌腹膜转移患者的原发肿瘤、腹膜转移灶及外周血样本	数字病理学	胃癌	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序数据	涉及接受ICB（信迪利单抗）联合化疗治疗的GCPM患者的II期临床试验样本
377	2025-04-27	Epitope Tagging with Genome Editing in Mice Reveals That the Proton Channel OTOP1 Is Apically Localized and Not Restricted to Type III "Sour" Taste Receptor Cells 2025-Feb-05, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.1560-24.2024 PMID:39592233	research paper	通过在小鼠中进行基因组编辑和表位标记，揭示了质子通道OTOP1的顶端定位及其在味觉受体细胞中的广泛分布	首次通过基因组编辑和表位标记技术揭示了OTOP1在味觉受体细胞中的顶端定位，并发现其不仅限于III型味觉受体细胞	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚待验证	探究质子通道OTOP1在味觉受体细胞中的定位和分布	小鼠的味觉受体细胞	分子生物学	NA	基因组编辑、表位标记、高分辨率成像、scRNA-seq	NA	图像数据、基因表达数据	雄性和雌性HA-OTOP1小鼠
378	2025-04-27	Characteristics of a CCL21 Gene-Modified Dendritic Cell Vaccine Utilized for a Clinical Trial in Non-Small Cell Lung Cancer 2025-Feb-04, Molecular cancer therapeutics IF:5.3Q1 DOI:10.1158/1535-7163.MCT-24-0435 PMID:39559833	research paper	本文报道了一种CCL21基因修饰的树突状细胞疫苗在非小细胞肺癌临床试验中的特性研究	首次全面表征了CCL21-DC疫苗，并探究了制造过程中多种因素的影响	研究样本量较小，仅为I期临床试验数据	评估CCL21基因修饰的树突状细胞疫苗在非小细胞肺癌治疗中的潜力	非小细胞肺癌患者	肿瘤免疫治疗	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	I期临床试验样本（具体数量未提及）
379	2025-04-27	Frizzled5 controls murine intestinal epithelial cell plasticity through organization of chromatin accessibility 2025-Feb-03, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.10.021 PMID:39579769	research paper	该研究阐明了Frizzled5（Fzd5）在小鼠肠道上皮细胞命运决定中的关键作用	揭示了Fzd5通过调控染色质可及性来协调肠道上皮细胞可塑性的新机制	研究仅限于小鼠模型，人类肠道上皮细胞中的类似机制尚未验证	探究Fzd5在肠道上皮细胞可塑性调控中的作用	小鼠肠道上皮细胞（特别是Lgr5标记的肠道干细胞和Krt19标记的细胞）	分子生物学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组数据、染色质可及性数据	NA
380	2025-04-27	Single-cell sequencing applications in acute myeloid leukemia 2025-Feb, Leukemia & lymphoma IF:2.2Q3 DOI:10.1080/10428194.2024.2422833 PMID:39496597	综述	本文综述了单细胞测序技术在急性髓系白血病（AML）研究中的应用及其对理解疾病异质性的贡献	探讨了单细胞测序技术如何揭示AML的遗传和功能异质性，特别是在白血病干细胞、克隆演变和可测量残留病（MRD）监测方面的应用	未提及具体的技术实施难点或数据解读的局限性	提高对急性髓系白血病（AML）异质性的理解，并探讨单细胞测序技术在临床实践中的应用潜力	急性髓系白血病（AML）及其相关的白血病干细胞、克隆演变和可测量残留病（MRD）	数字病理	白血病	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	NA