单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2025-06-14	RNA binding proteins PCBP1 and PCBP2 regulate pancreatic β cell translation 2025-May-30, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2025.102175 PMID:40451383	研究论文	本研究探讨了RNA结合蛋白PCBP1和PCBP2在调节胰腺β细胞翻译中的作用及其对葡萄糖稳态的影响	揭示了PCBP1和PCBP2在维持β细胞mRNA翻译中的协同作用及其对葡萄糖稳态的关键调控机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类β细胞中的适用性尚需进一步验证	探究PCBP1和PCBP2在β细胞稳态和翻译调控中的作用	小鼠β细胞	分子生物学	糖尿病	单细胞RNA测序、qRT-PCR、Western blot、RNA免疫沉淀、CRISPR-Cas9、shRNA、嘌呤霉素标记	基因敲除小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质印迹数据	基因修饰小鼠的β细胞
362	2025-06-14	Huangqi decoction ameliorated intestinal barrier dysfunction via regulating NF-κB signaling pathway in slow transit constipation model mice 2025-May-27, World journal of gastrointestinal surgery IF:1.8Q2 DOI:10.4240/wjgs.v17.i5.106000 PMID:40502512	研究论文	研究黄芪汤通过调节NF-κB信号通路改善慢传输型便秘模型小鼠的肠道屏障功能障碍	首次通过单细胞RNA测序和空间转录组测序技术，揭示了黄芪汤通过抑制NF-κB信号通路恢复肠道屏障功能的分子机制	研究仅在小鼠模型和LS174T细胞系中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究黄芪汤是否通过下调NF-κB信号通路和恢复肠道屏障功能来缓解慢传输型便秘	KM小鼠和LS174T细胞系	消化系统疾病研究	慢传输型便秘	单细胞RNA测序, 空间转录组测序, 免疫组织化学, Western blot	动物模型	基因表达数据, 蛋白质表达数据	KM小鼠分组（对照组、模型组和黄芪汤治疗组）和LS174T细胞系
363	2025-06-14	Efficacy, safety and exploratory analysis of neoadjuvant tislelizumab (a PD-1 inhibitor) plus nab-paclitaxel followed by epirubicin/cyclophosphamide for triple-negative breast cancer: a phase 2 TREND trial 2025-May-26, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02254-3 PMID:40414961	研究论文	评估tislelizumab联合nab-paclitaxel和表柔比星/环磷酰胺作为三阴性乳腺癌新辅助治疗的有效性和安全性	首次在II期TREND试验中评估tislelizumab联合化疗作为三阴性乳腺癌新辅助治疗的疗效，并进行了单细胞RNA测序等多种组学分析	单臂研究设计，缺乏对照组，样本量较小（53例患者）	确定三阴性乳腺癌患者从新辅助免疫治疗中获益的最佳化疗方案和特定人群	三阴性乳腺癌患者	肿瘤学	三阴性乳腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, TCR-seq, cyTOF, WES	NA	临床数据，组学数据	53例三阴性乳腺癌患者（44例完成治疗）
364	2025-06-14	Dissecting PTPN7-driven aggressiveness in IDH-wildtype astrocytomas: multi-omics, clinical validation, and spatial transcriptomics for prognostic insights 2025-May-24, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02662-5 PMID:40413344	研究论文	本研究探讨了PTPN7在IDH野生型星形细胞瘤中的预后意义、空间分布及免疫相关功能，旨在阐明其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	首次全面评估PTPN7在胶质瘤中的预后价值和免疫调节作用，并利用空间转录组学揭示其分布特征	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证PTPN7的具体作用机制	探索PTPN7作为胶质瘤预后生物标志物和免疫治疗靶点的潜力	IDH野生型星形细胞瘤	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、免疫组化	Cox生存分析、CIBERSORT免疫去卷积	mRNA表达数据、蛋白质表达数据	TCGA和CGGA数据库样本、70例免疫组化验证病例
365	2025-06-14	Functional heterogeneity and clinical implications of CD4+ T cell subtypes in high-grade serous ovarian carcinoma 2025-May-24, World journal of clinical oncology IF:2.6Q3 DOI:10.5306/wjco.v16.i5.104138 PMID:40503412	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了高级别浆液性卵巢癌中CD4+ T细胞亚型的功能异质性及其临床意义	首次在高级别浆液性卵巢癌中系统描述了CD4+ T细胞亚型的空间分布特征，并鉴定出与不良预后相关的Treg3亚型	样本量相对有限（42例患者），且仅分析了附件组织和腹水样本	阐明CD4+ T细胞亚型在高级别浆液性卵巢癌中的功能异质性和组织特异性分布，寻找治疗靶点	42例高级别浆液性卵巢癌患者的附件组织和腹水样本	肿瘤免疫学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	无监督聚类分析	单细胞转录组数据	42例高级别浆液性卵巢癌患者
366	2025-06-14	Study on Liver Sinusoidal Endothelial Cell Fenestrations Based on Cellular Omics-Structure Integration Technology and Its Application in Metabolic Diseases 2025-May-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.16.653525 PMID:40475559	研究论文	本研究开发了一种新的细胞组学-结构整合技术平台（COSI），用于在单细胞水平同时获取基因表达谱和超分辨率细胞结构信息	开发了能够同时获取单细胞基因表达谱和超分辨率荧光图像的整合技术平台，填补了现有空间组学和细胞生物学研究的空白	未明确说明技术平台在临床应用中的具体限制条件	研究肝窦内皮细胞窗孔形成的分子机制及其在代谢疾病中的应用	原代肝窦内皮细胞	细胞生物学	代谢疾病	单细胞转录组学、超分辨率荧光显微镜、电子显微镜、深度学习分辨率增强	深度学习	基因表达数据、超分辨率图像数据	未明确说明具体样本数量，但包括原代肝窦内皮细胞以及NASH和糖尿病小鼠模型
367	2025-06-14	Single-cell RNA sequencing reveals SLC31A1-mediated M2 polarization of macrophages promotes malignant progression in triple-negative breast cancer 2025-May-14, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-025-06191-0 PMID:40360897	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示SLC31A1介导的巨噬细胞M2极化促进三阴性乳腺癌恶性进展的机制	首次发现SLC31A1在三阴性乳腺癌髓系细胞（特别是巨噬细胞亚群）中的过表达，并阐明其通过诱导巨噬细胞M2极化促进肿瘤恶性表型的新机制	研究主要基于体外实验，需要进一步体内实验验证；临床样本量有限	探究三阴性乳腺癌免疫微环境中的关键调控因子及其作用机制	三阴性乳腺癌组织样本和细胞系	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	scRNA-seq, qPCR, 流式细胞术, Transwell实验, 划痕实验, 铜离子和H2O2检测	NA	单细胞转录组数据, 分子生物学实验数据	未明确说明样本数量（三阴性乳腺癌组织）
368	2025-06-14	In situ profiling of plasma cell clonality with image-based single-cell transcriptomics 2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.09.653118 PMID:40463110	研究论文	本文介绍了一种名为BCR-MERFISH的图像单细胞转录组学方法，用于在组织中分析浆细胞的克隆性	开发了BCR-MERFISH技术，结合V基因使用和转录组分析，首次在组织原位区分浆细胞克隆	目前仅在细胞培养和小鼠模型中验证，尚未应用于人类样本	研究浆细胞在组织中的克隆多样性和分布模式	小鼠肠道中的浆细胞	数字病理学	NA	BCR-MERFISH（B细胞受体多重误差鲁棒荧光原位杂交）	NA	图像和转录组数据	细胞培养和小鼠肠道组织样本
369	2025-06-14	Epidermal Loss of PRMT5 Leads to the Emergence of an Atypical Basal Keratinocyte-Like Cell Population and Defective Epidermal Stratification 2025-May-07, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.04.008 PMID:40339790	research paper	研究PRMT5在皮肤发育中的作用及其缺失对表皮分层和角质形成细胞的影响	首次揭示了PRMT5通过抑制Cdkn1a防止基底角质形成细胞衰老的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类皮肤中验证	探究PRMT5在表皮发育和角质形成细胞维持中的作用	PRMT5条件性敲除小鼠的表皮组织和角质形成细胞	developmental biology	ectodermal dysplasia, harlequin ichthyosis	single-cell RNA sequencing, ATAC-seq	conditional knockout mouse model	genomic data, transcriptomic data	PRMT5条件性敲除小鼠的表皮组织
370	2025-06-14	Spatial transcriptomics of Glomerulo-centric antibody mediated rejection in renal transplants 2025-May, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110460 PMID:39993695	研究论文	本研究利用数字空间分析技术，对一名患者的4次肾活检样本进行空间转录组学分析，探究急性抗体介导排斥反应（AMR）中肾小球的分子特征	首次在AMR中定位了天然免疫细胞（如NK细胞和巨噬细胞）的分子特征，并揭示了HLA II类抗原在肾小球中的上调表达	样本量较小（仅1名患者的4次活检），且治疗后足细胞转录本未恢复的机制尚不明确	探究急性抗体介导排斥反应中肾小球的分子变化特征	肾移植患者的活检样本（特别是肾小球）	数字病理学	肾脏疾病	Digital Spatial Profiling（数字空间分析）	NA	空间转录组数据	1名患者的4次肾活检样本
371	2025-06-14	GAEDGRN: reconstruction of gene regulatory networks based on gravity-inspired graph autoencoders 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf232 PMID:40415678	研究论文	提出了一种基于重力启发图自编码器的新型框架GAEDGRN，用于从单细胞RNA测序数据重建高分辨率基因调控网络	GAEDGRN通过重力启发图自编码器(GIGAE)捕捉基因调控网络中的复杂有向网络拓扑结构，并设计了基因重要性评分计算方法	未明确提及具体局限性	从单细胞RNA测序数据重建高分辨率基因调控网络以深入了解疾病发病机制	基因调控网络(GRNs)	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	图自编码器(GIGAE)	基因表达数据	三种GRN类型的七种细胞类型
372	2025-06-14	The spatial transcriptome of the late-stage embryonic and postnatal mouse brain reveals spatiotemporal molecular markers 2025-Apr-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-95496-8 PMID:40210990	研究论文	本研究通过空间转录组分析探索了小鼠大脑发育过程中的时空基因表达调控	发现了脉络丛、梨状皮层和丘脑的新分子标记物，以及能够确定发育阶段背侧内梨状核(DEn)的新分子标记物	研究主要集中在小鼠模型，人类大脑发育的适用性尚需验证	理解大脑发育过程中细胞和分子水平的基因表达调控	胚胎晚期和出生后小鼠大脑	空间转录组学	NA	空间转录组分析	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，但使用了公开可用的小鼠数据集
373	2025-06-14	Timing neural development and regeneration 2025-Apr, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2025.102976 PMID:40010202	综述	本文综述了哺乳动物神经祖细胞时间身份调控机制的最新进展及其在胶质细胞向神经元重编程策略中的潜在治疗应用	整合时间身份规范与促神经因子过表达以提高重编程效率并扩大从重编程哺乳动物胶质细胞生成的神经元亚型范围	NA	探讨哺乳动物神经祖细胞时间身份的调控机制及其在神经再生治疗中的潜在应用	哺乳动物神经祖细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
374	2025-06-14	Cancer-associated fibroblasts in breast cancer in the single-cell era: Opportunities and challenges 2025-04, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189291 PMID:40024607	综述	本文探讨了乳腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）在单细胞时代的机遇与挑战	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术对CAFs进行高分辨率分析，揭示其异质性及不同亚群的特异性表型和功能	未提及具体实验数据或样本量，可能缺乏实证支持	探索CAFs在乳腺癌中的分群及其相关生物标志物，强调它们在疾病进展中的作用和靶向治疗的潜力	乳腺癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
375	2025-06-14	CAD manipulates tumor intrinsic DHO/UBE4B/NF-κB pathway and fuels macrophage cross-talk, promoting HCC metastasis 2025-Mar-12, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001304 PMID:40073276	研究论文	本研究揭示了CAD通过操纵肿瘤内在的DHO/UBE4B/NF-κB通路并促进巨噬细胞交互作用，从而推动HCC转移的机制	首次发现CAD通过调控DHO/UBE4B/NF-κB通路及巨噬细胞重编程促进HCC转移的新机制	研究样本量相对有限（159例HCC患者，其中37例伴有PVTT），且机制验证主要依赖体外和体内实验	阐明PVTT形成和肿瘤转移的机制，并寻找临床干预的潜在靶点	肝细胞癌（HCC）患者及其肿瘤微环境	肿瘤生物学	肝癌	多组学分析、代谢组学、转录组学、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据、代谢组数据	159例HCC患者（含37例PVTT病例）
376	2025-06-14	The Society for Immunotherapy of Cancer Perspective on Tissue-Based Technologies for Immuno-Oncology Biomarker Discovery and Application 2025-Feb-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2469 PMID:39625818	综述	本文总结了免疫疗法在癌症治疗中的应用及生物标志物技术的最新进展	评估了多参数、多组学和计算平台在生物标志物发现中的应用，并提出了改进方向	技术依赖性强，数据碎片化问题尚未完全解决	提高免疫疗法在癌症治疗中的精准性和个性化	癌症患者	数字病理学	癌症	多重免疫组化、免疫荧光、单细胞转录组学、质谱定量和空间分辨蛋白质组学成像技术	NA	多组学数据	NA
377	2025-06-14	Identification of molecular characteristics in polycystic ovary syndrome using single-cell and transcriptome analysis 2025-01-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-81110-w PMID:39848950	研究论文	通过单细胞和转录组分析揭示多囊卵巢综合征(PCOS)的分子特征	整合多个数据集进行生物信息学分析，识别PCOS的复杂分子网络，并通过伪时间轨迹分析揭示细胞亚群的潜在发育轨迹	未提及样本量是否足够大以代表更广泛的人群，且仅通过RT-qPCR验证部分基因表达	揭示多囊卵巢综合征(PCOS)的潜在分子机制	多囊卵巢综合征(PCOS)患者	生物信息学	多囊卵巢综合征	scRNA-seq, RT-qPCR, 生物信息学分析	NA	基因表达数据, 单细胞RNA测序数据	数据集GSE138518, GSE155489和PRJNA600740中的样本
378	2025-06-14	Identification of prognostic biomarkers of sepsis and construction of ceRNA regulatory networks 2025-01-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-78502-3 PMID:39843498	研究论文	本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序技术，识别了脓毒症的预后生物标志物并构建了ceRNA调控网络	发现了与脓毒症预后相关的核心基因GSPT1和NPRL3，并构建了一个由4个circRNA、26个miRNA和2个mRNA组成的ceRNA调控网络	样本量较小（幸存组26例，非幸存组6例），可能影响结果的普遍性	识别脓毒症的预后生物标志物并探索其调控机制	脓毒症患者的血液样本	生物信息学	脓毒症	RNA测序（mRNA/circRNA）、10×单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、单细胞RNA测序数据	32例脓毒症患者（幸存组26例，非幸存组6例）
379	2025-06-14	DiabetesOmic: A comprehensive multi-omics diabetes database 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.05.008 PMID:40502930	research paper	介绍了一个名为DiabetesOmic的综合多组学糖尿病数据库，旨在收集和分析五种高通量测序模式的转录调控信息	提供了一个全面的多组学数据库，整合了五种高通量测序数据，并手动整理了临床并发症注释	数据库目前仅包含487个样本，可能不足以覆盖所有糖尿病亚型和组织类型	为糖尿病研究提供分子资源，促进对糖尿病病理和进展的深入研究	1型和2型糖尿病患者的多种组织样本	生物信息学	糖尿病	ChIP-seq, RNA-seq, ATAC-seq, scATAC-seq, scRNA-seq	NA	多组学测序数据	487个样本，涵盖1型和2型糖尿病患者的多种组织
380	2025-06-14	Exosomal BMPR2 Macromolecule Facilitates Alveolar Epithelial Cell Repair Through Functional Complex Formation with BMPR1B in Acute Lung Injury 2025, International journal of nanomedicine IF:6.6Q1 DOI:10.2147/IJN.S519393 PMID:40502982	research paper	该研究揭示了巨噬细胞来源的外泌体通过BMPR2-BMPR1B复合物激活SMAD1信号通路，促进急性肺损伤中肺泡上皮细胞的修复	首次发现外泌体BMPR2通过特异性分子识别和信号激活促进肺修复，为急性肺损伤治疗提供了新策略	研究主要基于体外和动物模型，尚未进行临床试验验证	探究巨噬细胞-上皮细胞互作在急性肺损伤修复中的分子机制	巨噬细胞来源的外泌体和肺泡上皮细胞	分子生物学	急性肺损伤	动态光散射、透射电镜、免疫印迹、蛋白质组学、分子对接、单细胞RNA测序、近红外成像	NA	蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据、成像数据	NA