单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2025-07-05	Spatial transcriptomics and multi-omics reveal relapse and resistance mechanisms of EndMT-derived CAFs mediated by TNC and FLNC in glioblastoma 2025-Jul-01, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06743-5 PMID:40598496	研究论文	本研究通过空间转录组学和多组学分析，揭示了胶质母细胞瘤中由TNC和FLNC介导的EndMT衍生的CAFs在复发和耐药机制中的作用	首次揭示了TNC和FLNC通过介导EndMT促进CAFs的形成，进而影响胶质母细胞瘤的复发和耐药性，并发现天然产物punicalin可通过靶向TNC和FLNC逆转耐药性	研究主要基于体外和动物模型，尚未在临床患者中进行验证	探索胶质母细胞瘤复发和耐药的分子机制，并寻找潜在的治疗靶点	胶质母细胞瘤组织样本、TMZ敏感和耐药细胞系、HCMECs	数字病理学	胶质母细胞瘤	空间转录组测序、RNA-seq、LFQ蛋白质组学	NA	转录组数据、蛋白质组数据、组织图像	原发性和复发性胶质瘤组织微阵列样本、TMZ耐药动物模型
362	2025-07-05	Construction of a prostate adenocarcinoma molecular classification: integrating spatial transcriptomics with retrospective cohort validation 2025-Jul-01, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06661-6 PMID:40598508	研究论文	该研究通过空间转录组分析构建了一个前列腺腺癌分子分类系统，并验证了其预后预测价值	结合空间转录组分析和回顾性队列验证，构建了基于恶性细胞分化相关预后基因的前列腺腺癌分子分类系统	研究依赖于回顾性队列数据，需要在前瞻性研究中进一步验证	开发一个更精确的前列腺腺癌分子分类系统以改善患者预后	前列腺腺癌(PRAD)患者	数字病理学	前列腺癌	空间转录组分析, Kaplan-Meier分析, 单变量Cox回归	ConsensusClusterPlus算法	转录组数据, 临床随访数据	TCGA-PRAD队列和回顾性队列患者
363	2025-07-05	A single-cell transcriptomic atlas of human lens epithelium: identification and functional insights into lens stem/progenitor cells 2025-Jul-01, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04436-w PMID:40598599	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术构建了人类晶状体上皮细胞的转录组图谱，识别并功能性地解析了晶状体干细胞/祖细胞	首次在人类晶状体上皮中识别出四种亚型细胞，并发现其遵循从祖细胞到成熟细胞的渐进发展阶段，同时确定了TOP2A作为TAC的生物标志物以及ID1在LPLCs中的作用	样本量相对较小（8对供体样本），且仅关注了晶状体上皮细胞	探索人类晶状体上皮细胞亚型及其在年龄相关性白内障中的作用	人类供体晶状体上皮样本、晶状体类器官、兔再生晶状体、小鼠晶状体及细胞系	单细胞转录组学	白内障	scRNA-seq、转录组测序、免疫荧光	UMAP、CytoTRACE	单细胞转录组数据	8对（4对非老年和4对老年）人类供体晶状体上皮样本
364	2025-07-05	Identification of Crucial Genes Associated With MYCN-Driven Neuroblastoma Based on Single-Cell Analysis and Machine Learning 2025-Jul, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.71008 PMID:40600620	研究论文	通过单细胞分析和机器学习识别与MYCN驱动的神经母细胞瘤相关的关键基因	结合单细胞转录组分析和机器学习方法（随机生存森林和列线图分析）识别关键基因，并探讨这些基因在免疫浸润和肿瘤进展中的作用	研究样本量有限，且部分机制尚未完全阐明	阐明MYCN扩增在神经母细胞瘤中的分子机制，为个性化治疗提供潜在靶点	神经母细胞瘤（NB）患者样本和细胞系	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞转录组分析、随机生存森林（RSF）、列线图分析、RT-qPCR	随机生存森林（RSF）	转录组数据	GSE218450数据集中的神经母细胞瘤样本
365	2025-07-05	ShinySC: an R/Shiny-based desktop application for seamless analysis of scRNA-Seq data 2025-Jul-01, Biomedical journal IF:4.1Q2 DOI:10.1016/j.bj.2025.100885 PMID:40609640	research paper	介绍了一个基于R/Shiny的桌面应用程序ShinySC，用于简化单细胞RNA测序数据分析	ShinySC提供了一个统一的、用户友好的平台，支持多种输入格式和自动细胞类型注释方法，适合非编程用户使用	在处理超过20万个细胞的数据集时，性能依赖于标准桌面系统的64 GB RAM，分析时间因具体任务和注释方法而异	简化单细胞RNA测序数据分析流程，提高非编程用户的可访问性和可重复性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	基准测试显示可处理多达20万个细胞的数据集
366	2025-07-05	Cancer-associated fibroblast-derived extracellular vesicles loaded with GLUT1 inhibitor synergize anti-PD-L1 to suppress tumor growth via degrading matrix stiffness and remodeling tumor microenvironment 2025-Jul-01, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society IF:10.5Q1 DOI:10.1016/j.jconrel.2025.113998 PMID:40609836	研究论文	本研究探讨了通过靶向葡萄糖代谢的肿瘤基质特异性疗法，利用癌症相关成纤维细胞(CAFs)衍生的细胞外囊泡(cEVs)递送GLUT1抑制剂BAY-876，以重塑肿瘤微环境(TME)并增强免疫治疗效果	首次使用CAFs衍生的细胞外囊泡作为靶向递送GLUT1抑制剂的载体，并证明其能有效重塑TME、逆转CAFs表型并增强CD8+ T细胞浸润	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未进行临床试验验证	开发一种通过靶向CAFs代谢来改善肿瘤免疫治疗效果的策略	肺癌肿瘤细胞系和癌症相关成纤维细胞(CAFs)	肿瘤免疫治疗	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠肿瘤模型	基因表达数据和治疗效果数据	未明确说明样本数量，但使用了公共scRNA-seq数据集和小鼠模型
367	2025-07-05	Single-cell RNA sequencing and PANDORA-seq reveal the pivotal role of piRNA in heat stress-induced testicular injury 2025-Jul-01, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145674 PMID:40609925	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和PANDORA-seq技术揭示了piRNA在热应激诱导的睾丸损伤中的关键作用	首次发现piRNA在热应激诱导的睾丸损伤中的关键调控作用，并鉴定出piR_021767作为精子生成障碍的关键调节因子	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究piRNA在热应激诱导的睾丸损伤中的分子机制	猪和小鼠的精子生成细胞	生殖生物学	男性不育症	单细胞RNA测序, PANDORA-seq, 双荧光素酶报告实验	小鼠睾丸热应激模型	RNA测序数据	23,385个猪数据点和小鼠模型
368	2025-07-05	Palmitoylation Dynamics in Systemic Lupus Erythematosus: Multi-Omics Insights and Potential Therapeutic Implications 2025-Jul, International journal of rheumatic diseases IF:2.4Q2 DOI:10.1111/1756-185X.70346 PMID:40613570	研究论文	本研究通过多组学分析探讨了棕榈酰化在系统性红斑狼疮（SLE）中的作用及其潜在治疗意义	首次通过多组学方法鉴定了与SLE相关的棕榈酰化相关基因，并发现ACSL1和ZDHHC12作为潜在治疗靶点	需要进一步研究验证这些发现并探索其临床应用的潜力	探讨棕榈酰化在SLE发病机制中的作用及其治疗潜力	系统性红斑狼疮（SLE）患者	生物信息学	系统性红斑狼疮	多组学分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、孟德尔随机化（MR）	机器学习模型	基因表达数据	GSE61635数据集中的样本（具体数量未提及）
369	2025-07-05	Mosaic loss of chromosome Y in blood is associated with male susceptibility for idiopathic pulmonary fibrosis 2025-Jun-28, Communications medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1038/s43856-025-00966-9 PMID:40581694	研究论文	探讨男性血液中Y染色体嵌合缺失（mLOY）与特发性肺纤维化（IPF）易感性之间的关系	首次在人类中证实mLOY通过上调促纤维化基因和增强TGF-β信号传导加剧IPF，解释了IPF中显著的性别偏见	研究主要基于流行病学和临床数据集，缺乏直接的实验验证	研究mLOY是否在人类中促进纤维化疾病进程，特别是在IPF中	男性特发性肺纤维化患者	医学遗传学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	流行病学数据、临床数据和scRNAseq数据	UK Biobank数据集和两个队列中的男性患者
370	2025-07-05	Chromatin accessibility module identified by single-cell sequencing underlies the diagnosis and prognosis of hepatocellular carcinoma 2025-Jun-27, World journal of hepatology IF:2.5Q2 DOI:10.4254/wjh.v17.i6.107329 PMID:40606924	研究论文	通过单细胞测序技术研究肝细胞癌（HCC）中染色质可及性模块的诊断和预后价值	结合单细胞RNA测序和染色质可及性分析，揭示了HCC中多层染色质重编程如何通过肿瘤-基质相互作用和DGAT1相关致癌转录维持肿瘤进展	研究主要基于特定队列数据，可能需要更多独立验证	解析多层染色质调控如何维持HCC的致癌转录和肿瘤-基质相互作用	肝细胞癌（HCC）样本	数字病理	肝癌	单细胞RNA测序、单细胞染色质可及性测序（scATAC-seq）、批量RNA测序	ArchR	单细胞测序数据、批量RNA测序数据	来自The Cancer Genome Atlas、Liver Cancer Institute和GSE25907队列的HCC样本
371	2025-07-05	Elevated Stanniocalcin-1 Expression in Uveal Melanoma Predicts Poor Patient Prognosis 2025-Jun-26, Cancer genomics & proteomics IF:2.6Q3 DOI:10.21873/cgp.20526 PMID:40571316	研究论文	本研究探讨了Stanniocalcin-1 (STC-1)在葡萄膜黑色素瘤(UVM)中的表达及其与患者预后的关系	首次揭示了STC-1在UVM中的预后意义及其在肿瘤微环境中的细胞来源	样本量较小(特别是IV期肿瘤仅4例)，且未进行实验验证STC-1的功能机制	探索UVM的预后生物标志物和潜在治疗靶点	葡萄膜黑色素瘤患者	肿瘤学	葡萄膜黑色素瘤	转录组数据分析(GEPIA2和UALCAN)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	40例UVM肿瘤样本(36例III期和4例IV期)
372	2025-07-05	IL-1β signaling modulates T follicular helper and regulatory cells in human lymphoid tissues 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.188724 PMID:40392614	研究论文	本研究探讨了IL-1β信号在人类淋巴组织中T滤泡辅助细胞(Tfh)和T滤泡调节细胞(Tfr)中的作用及其与自身免疫疾病的关系	首次在人类淋巴组织中揭示了IL-1β信号通过IL-1R1和IL-1R2受体调节Tfh和Tfr细胞的机制，并发现了一种具有Treg和GC-Tfh特征的独特激活Tfr亚群	研究主要基于体外实验和相关性分析，需要进一步的体内实验验证IL-1β信号调节的具体机制	阐明IL-1β信号在人类淋巴组织中对Tfh和Tfr细胞的调节作用及其与自身免疫疾病的关联	人类次级淋巴器官(扁桃体、脾脏和肠系膜淋巴结)中的Tfh和Tfr细胞	免疫学	自身免疫疾病	流式细胞术、单细胞转录组学、体外培养	NA	细胞表型数据、基因表达数据	人类次级淋巴器官样本及自身免疫患者样本
373	2025-07-05	Type 2 diabetes alters quiescent pancreatic stellate cells to tumor-prone state 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187424 PMID:40548381	research paper	该研究探讨了2型糖尿病如何改变静止的胰腺星状细胞，使其转变为易发肿瘤的状态	揭示了2型糖尿病中静止胰腺星状细胞亚群的变化，并发现了一种可能促进肿瘤免疫和血管生成的新亚群tapPafs	研究样本主要来自小鼠模型，人类样本的应用和验证可能有限	研究2型糖尿病对胰腺星状细胞亚群的影响及其与胰腺导管腺癌的关系	胰腺星状细胞和胰腺导管腺癌细胞	digital pathology	pancreatic ductal adenocarcinoma	single-cell RNA-seq	NA	RNA-seq数据	C57BL/6J小鼠和糖尿病db/db小鼠的胰腺星状细胞
374	2025-07-05	Elucidating brain transport pathways and cell type-dependent gene silencing of a durable lipid-siRNA conjugate administered into cerebrospinal fluid 2025-Jun-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf600 PMID:40598893	研究论文	本文研究了一种脂质-siRNA共轭物（L2-siRNA）在脑脊液中注射后在大脑中的传输途径及细胞类型依赖性基因沉默效果	开发了一种新型脂质-siRNA共轭物（L2-siRNA），能够在脑脊液中有效传输并在大脑特定区域和细胞类型中实现长期基因沉默	研究主要基于小鼠和大鼠模型，人类应用效果尚需进一步验证	探索脂质-siRNA共轭物在大脑中的传输机制和基因沉默效果，为中枢神经系统疾病治疗提供新方法	小鼠和大鼠的大脑组织及细胞	神经科学	中枢神经系统疾病	单细胞RNA测序	动物模型（小鼠和大鼠）	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但涉及小鼠和大鼠实验
375	2025-07-05	Multi-omics Analysis Reveals Molecular Subtype of Mitochondrial Oxidative Stress and Prognostic Model Development in Sepsis 2025-Jun-20, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/FBL38957 PMID:40613299	研究论文	该研究通过多组学分析揭示了线粒体氧化应激的分子亚型，并开发了脓毒症的预后模型	识别了三个与脓毒症相关的线粒体氧化应激关键基因（RNASE2、CX3CR1和EPHX2），并通过单细胞RNA测序和体外实验验证了RNASE2在调节线粒体氧化应激中的关键作用	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探索脓毒症的分子机制并开发预后模型	脓毒症患者和正常样本	生物信息学	脓毒症	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、差异表达分析、LASSO分析、单细胞RNA测序	预后风险模型	基因表达数据	来自GEO数据库的多个数据集（GSE54514、GSE65682和GSE95233）
376	2025-07-05	Decoding Cellular Landscapes: Unravelling Periodontitis and Periapical Periodontitis at the Single-Cell Frontier 2025-Jun-18, International dental journal IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.identj.2025.100851 PMID:40554261	研究论文	通过分析单细胞RNA测序数据，揭示牙周炎和根尖周炎在关键基因表达和细胞异质性方面的差异	首次在单细胞水平上比较牙周炎和根尖周炎的关键基因表达及细胞异质性，并识别出疾病特异性关键基因和关键细胞类型	研究仅基于公开数据库的测序数据，未进行更大规模的独立验证	阐明牙周炎和根尖周炎在分子和细胞水平的差异	牙周炎和根尖周炎患者的牙槽骨组织	单细胞组学	牙周疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 定量实时聚合酶链反应(qRT-PCR)	SingleR(细胞类型注释工具)	基因表达数据	来自GEO数据库的两个数据集(GSE171213和GSE181688)
377	2025-07-05	Single-cell transcriptome analysis reveals abnormal angiogenesis and placentation by loss of imprinted glutaminyl-peptide cyclotransferase 2025-Jun-15, Journal of Zhejiang University. Science. B DOI:10.1631/jzus.B2400099 PMID:40571662	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了母源印记基因谷氨酰肽环转移酶缺失导致的小鼠胎盘和胚胎异常血管生成和胎盘形成	首次鉴定谷氨酰肽环转移酶为调控小鼠胎盘形成的新型抗血管生成因子，并利用单细胞转录组技术揭示了其缺失导致的促血管生成基因全局上调机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类胎盘组织验证	探究印记基因谷氨酰肽环转移酶在胎盘血管生成和胚胎发育中的调控作用	谷氨酰肽环转移酶基因敲除小鼠及其胎盘组织	发育生物学	胎盘功能障碍	CRISPR/Cas9基因编辑、单核RNA测序(snRNA-seq)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫组织化学	基因敲除小鼠模型	单细胞转录组数据	32,309个细胞（来自野生型和敲除型小鼠胎盘）
378	2025-07-05	Single-cell transcriptomics reveal differences between chorionic and basal plate cytotrophoblasts and trophoblast stem cells 2025-Jun-11, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6797967/v1 PMID:40585209	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了早期和晚期妊娠绒毛细胞滋养层细胞（vCTB）与滋养层干细胞（TSC）之间的转录多样性差异	首次在妊娠早期胎盘的不同区域（基底板和绒毛膜板）发现细胞滋养层细胞（CTB）存在不同的状态，并确定了TSC与EVT前体细胞的相似性	研究仅基于6-14周妊娠的胎盘样本，未涵盖更广泛的妊娠期	探究早期妊娠胎盘绒毛细胞滋养层细胞的转录多样性与滋养层干细胞的起源关系	早期和晚期妊娠胎盘的绒毛细胞滋养层细胞（vCTB）及滋养层干细胞（TSC）	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、GeoMx空间转录组学、流式细胞术	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	早期（6-8周）和晚期（12-14周）妊娠胎盘绒毛组织、三个TSC细胞系
379	2025-07-05	Fibroblasts-The emerging therapeutic target of the cardiovascular system? 2025-Jun-05, Pharmacological reviews IF:19.3Q1 DOI:10.1016/j.pharmr.2025.100072 PMID:40609323	综述	本文综述了成纤维细胞在心血管系统中的异质性和可塑性，及其在健康和疾病状态下的多样作用	揭示了成纤维细胞亚群的异质性及其在心血管系统中的治疗潜力	缺乏对成纤维细胞亚型的共识命名法，且血管干预研究有限	探讨成纤维细胞在心血管系统中的多样性和治疗潜力	成纤维细胞在心血管系统中的异质性和功能	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
380	2025-07-05	Safety and feasibility of 4-1BB co-stimulated CD19-specific CAR-NK cell therapy in refractory/relapsed large B cell lymphoma: a phase 1 trial 2025-May, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00940-3 PMID:40251398	research paper	该研究评估了4-1BB共刺激的CD19特异性CAR-NK细胞疗法在难治性/复发性大B细胞淋巴瘤患者中的安全性和可行性	首次在临床试验中使用4-1BB和CD3ζ信号内域的CD19特异性CAR-NK细胞治疗B细胞淋巴瘤，并展示了其安全性和治疗效果	样本量较小（8名患者），且未达到最大耐受剂量	评估CD19-BBz CAR-NK细胞疗法在难治性/复发性大B细胞淋巴瘤患者中的安全性和治疗效果	难治性/复发性大B细胞淋巴瘤患者	癌症免疫治疗	大B细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序分析	CAR-NK细胞疗法	临床数据	8名患者