单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3761	2025-03-14	Large-scale dependency and drug screens characterize the therapeutic vulnerabilities of Multiple Myeloma with 1q 2025-Mar-12, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024025102 PMID:40073369	研究论文	本研究通过大规模依赖性和药物筛选，系统性地描述了1q+多发性骨髓瘤的治疗脆弱性，并展示了其对MCL1和PI3K抑制剂的敏感性增加	首次系统性地描述了1q+多发性骨髓瘤的治疗脆弱性，并揭示了MCL1和PI3K抑制剂在1q+多发性骨髓瘤中的协同作用及其作用机制	研究主要基于体外实验，需要进一步的临床试验验证	开发针对1q+多发性骨髓瘤的靶向治疗	1q+多发性骨髓瘤患者	癌症研究	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
3762	2025-03-14	ZNF385A was identified as a novel colorectal cancer-related functional gene by analysis of the interaction and immune characteristics of oxidative stress and the inflammatory response 2025-Mar-10, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02024-1 PMID:40064736	研究论文	本研究通过分析氧化应激和炎症反应的相互作用及免疫特性，识别出ZNF385A作为结直肠癌相关的新功能基因	首次发现ZNF385A作为结直肠癌的新型致癌基因，并构建了包含七个特征的预后风险模型	需要进一步研究以验证模型在其他数据集中的普适性及ZNF385A的具体作用机制	探讨氧化应激和炎症反应与结直肠癌的关系，并识别相关功能基因	结直肠癌的单细胞RNA测序数据及肿瘤细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、定量聚合酶链反应（qPCR）、免疫组化	LASSO-Cox模型	RNA测序数据、临床病理参数	结直肠癌的单细胞RNA测序数据及肿瘤细胞样本
3763	2025-03-14	Tumor Prognostic Risk Model Related to Monocytes/Macrophages in Hepatocellular Carcinoma Based on Machine Learning and Multi-Omics 2025-Mar-10, Biological procedures online IF:3.7Q1 DOI:10.1186/s12575-025-00270-9 PMID:40065214	研究论文	本研究基于机器学习和多组学数据，探索了肝细胞癌中单核细胞/巨噬细胞相关基因表达谱，构建了一个预后模型，并研究了其与药物耐药性和免疫治疗反应的关系	首次基于单核细胞/巨噬细胞相关基因构建了肝细胞癌的预后模型，并验证了其与药物敏感性和免疫治疗反应的关系	样本量较小，仅使用了10个HCC组织活检样本的scRNA-seq数据	构建肝细胞癌的预后模型，并研究其与药物耐药性和免疫治疗反应的关系	肝细胞癌患者	机器学习	肝细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), Western blot, 空间转录组学分析	单基因模型	RNA测序数据, 蛋白质印迹数据, 空间转录组数据	10个HCC组织活检样本，共24,597个细胞
3764	2025-03-14	Systemic coordination of whole-body tissue remodeling during local regeneration in sea anemones 2025-Mar-10, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.11.001 PMID:39615481	研究论文	本文研究了海葵在局部再生过程中全身组织的系统性协调重塑	揭示了局部再生触发全身稳态反应，并通过空间转录组学、内源蛋白标记和活体成像技术在生物体尺度上全面解析了这一系统性反应	未明确提及研究的局限性	探讨局部再生过程中全身分子过程的功能相关性和协调性	海葵（Nematostella vectensis）	生物再生	NA	空间转录组学、内源蛋白标记、活体成像	NA	分子数据、图像数据	未明确提及样本数量
3765	2025-03-14	Nuclear receptor 4A1 facilitates complete Freund's adjuvant-induced inflammatory pain in rats by promoting ferroptosis in spinal glial cells 2025-Mar, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2024.12.152 PMID:39722371	研究论文	本研究探讨了核受体4A1（NR4A1）在完全弗氏佐剂（CFA）诱导的炎症性疼痛中的作用，发现NR4A1通过促进脊髓胶质细胞的铁死亡来加剧疼痛	首次揭示了NR4A1在CFA诱导的炎症性疼痛中通过促进铁死亡的机制，并发现MAPK3是NR4A1的靶蛋白	研究主要基于大鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨炎症性疼痛中铁死亡发生的分子机制	大鼠脊髓胶质细胞（星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞）	神经科学	炎症性疼痛	RNA测序（bulk和单细胞RNA测序）、Western blotting、免疫染色、蛋白质组学分析、染色质免疫共沉淀、双荧光素酶报告基因检测	NA	RNA测序数据、蛋白质数据	CFA处理的大鼠
3766	2025-03-14	Primed Mesenchymal Stem Cells by IFN-γ and IL-1β Ameliorate Acute Respiratory Distress Syndrome through Enhancing Homing Effect and Immunomodulation 2025-Mar-01, Biomolecules & therapeutics IF:3.0Q2 DOI:10.4062/biomolther.2025.004 PMID:39973472	研究论文	本研究探讨了通过IFN-γ和IL-1β预处理的间充质干细胞（MSCs）在急性呼吸窘迫综合征（ARDS）中的治疗潜力及其机制	研究发现，IFN-γ和IL-1β预处理的MSCs相比未处理的MSCs，在抑制T细胞活性和调节巨噬细胞炎症反应方面表现出更强的效果，并揭示了其通过调节NFκB和TNF-α信号通路增强疗效的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索预处理的MSCs在ARDS中的治疗潜力及其作用机制	间充质干细胞（MSCs）和LPS诱导的ARDS小鼠模型	细胞治疗	急性呼吸窘迫综合征	RNA测序、混合淋巴细胞反应（MLR）实验、空间转录组学分析	NA	基因表达数据、细胞实验数据	LPS诱导的ARDS小鼠模型
3767	2025-03-14	Deciphering Precursor Cell Dynamics in Esophageal Preneoplasia via Genetic Barcoding and Single-Cell Transcriptomics 2025-Feb-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.26.637920 PMID:40060545	研究论文	本文通过整合遗传条形码和单细胞RNA测序技术，揭示了食管癌前病变中前体细胞的动态变化	开发了一种结合遗传条形码和单细胞RNA测序的谱系追踪工具，并引入了eXamined Ridge (XR)评分来准确识别高可塑性细胞	未提及具体样本量，可能限制了结果的普适性	研究食管癌前病变中前体细胞的起源和谱系轨迹	食管癌前病变中的前体细胞	数字病理学	食管癌	遗传条形码，单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	NA
3768	2025-03-14	The forkhead transcription factor FKH-7/FOXP acts in chemosensory neurons to regulate developmental decision-making 2025-Feb-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.17.638733 PMID:40027766	研究论文	本文研究了叉头转录因子FKH-7/FOXP在化学感应神经元中的作用，揭示了其在幼虫进入发育停滞的dauer阶段决策中的功能	首次描述了FKH-7/FOXP在化学感应神经元中的功能，并展示了人类FOXP1可以替代FKH-7的功能，同时通过单细胞转录组学发现了与自闭症相关的钙激活钾通道的下调表达	研究主要集中在特定神经元类型和发育阶段，可能无法全面反映FOXP1在其他神经元类型或发育阶段的功能	研究FKH-7/FOXP在化学感应神经元中的功能及其在发育决策中的作用	化学感应神经元和幼虫发育决策	神经科学	自闭症	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
3769	2025-03-14	General and individualized changes in T cell immunity during aging 2025-Feb-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkae033 PMID:40073079	研究论文	本文探讨了T细胞免疫在衰老过程中的普遍和个体化变化	利用单细胞测序技术，识别了新的T细胞亚群，并描述了T细胞转录组和TCR克隆型随年龄的变化	未提及具体的研究限制	研究T细胞免疫在衰老过程中的变化	T细胞亚群、转录组和TCR库	免疫学	老年疾病	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
3770	2025-03-14	Opportunities and challenges in the application of single-cell transcriptomics in plant tissue research 2025-Feb, Physiology and molecular biology of plants : an international journal of functional plant biology IF:3.4Q1 DOI:10.1007/s12298-025-01558-6 PMID:40070535	综述	本文综述了单细胞转录组学在植物组织研究中的应用、挑战及整合多源数据的方法	探讨了整合多源单细胞RNA测序和多模态数据的方法，以构建全面的细胞图谱并揭示基因调控机制	单细胞RNA测序实验无法全面捕获所有细胞和基因，单模态数据不足以解释细胞状态和系统性变化	总结单细胞转录组学整合方法的基本原理、应用价值及其在揭示生物变化中的作用	植物组织中的单细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据、多模态数据	NA
3771	2025-03-14	Portable-CELLxGENE: standalone executables of CELLxGENE for easy installation 2025, GigaByte (Hong Kong, China) DOI:10.46471/gigabyte.151 PMID:40070474	研究论文	本文介绍了Portable-CELLxGENE，一个易于安装和运行的CELLxGENE独立版本，旨在为非生物信息学家提供便利	Portable-CELLxGENE通过图形界面简化了安装和运行过程，使非生物信息学家能够独立进行单细胞转录组数据分析	未提及具体的技术限制或性能问题	为非生物信息学家提供易于使用的单细胞转录组数据分析工具	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组分析	NA	单细胞转录组数据	NA
3772	2025-03-14	Bone-marrow macrophage-derived GPNMB protein binds to orphan receptor GPR39 and plays a critical role in cardiac repair 2024-Nov, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00555-4 PMID:39455836	研究论文	本文研究了糖蛋白非转移性黑色素瘤蛋白B（GPNMB）在心肌梗死后的心脏修复中的作用	首次揭示了骨髓来源的巨噬细胞是损伤心脏中GPNMB的主要来源，并发现GPNMB通过GPR39信号通路在心脏修复中发挥关键作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨GPNMB在心肌梗死后的心脏损伤和功能中的作用	人类和小鼠的心脏组织	心血管疾病	心肌梗死	单细胞转录组学	遗传功能缺失模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
3773	2025-03-14	A single-cell transcriptomic map of the developing Atoh1 lineage identifies neural fate decisions and neuronal diversity in the hindbrain 2024-Aug-19, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.07.007 PMID:39106860	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和ATOH1 DNA结合分析，研究了小鼠后脑中Atoh1谱系神经元的发育过程，揭示了其命运决定和多样性的转录程序	首次提供了小鼠后脑Atoh1谱系神经元的高分辨率单细胞转录组图谱，并识别了特定脑干核的标志物	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他物种的验证	揭示Atoh1谱系神经元的命运决定机制及其多样性	小鼠后脑中的Atoh1谱系神经元	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序，ATOH1 DNA结合分析	NA	单细胞RNA测序数据	小鼠后脑Atoh1谱系神经元
3774	2025-03-14	Loss of cell junctional components and matrix alterations drive cell desquamation and fibrotic changes in Idiopathic Pulmonary Fibrosis 2024-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.17.599411 PMID:38948715	研究论文	本文研究了特发性肺纤维化（IPF）中远端细支气管上皮细胞脱屑的机制，揭示了细胞连接成分的下调、上皮-间质转化特征的上升以及基底膜基质的失调	首次描述了IPF患者中远端细支气管上皮细胞脱屑的病理现象，并通过空间转录组学和空间蛋白质组学揭示了其机制	研究样本量未明确说明，且未涉及其他类型肺纤维化的比较	探讨特发性肺纤维化中远端细支气管上皮细胞脱屑的机制及其对疾病进展的影响	特发性肺纤维化患者和健康对照者的远端细支气管上皮细胞和基底膜	数字病理学	肺纤维化	空间转录组学、空间蛋白质组学	NA	转录组数据、蛋白质组数据	未明确说明
3775	2025-03-14	Single-Cell Analyses Offer Insights into the Different Remodeling Programs of Arteries and Veins 2024-05-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13100793 PMID:38786017	研究论文	本研究通过单细胞分析对比了人类外周动脉和静脉的细胞组成，揭示了它们在重塑潜力上的差异	首次在单细胞水平上对比了动脉和静脉的细胞组成和转录程序，揭示了它们在重塑潜力上的显著差异	研究样本量较小，仅包括30名器官捐赠者的上臂动脉和静脉	探讨动脉和静脉在闭塞性疾病和损伤反应中的生物学差异	人类外周动脉和静脉	单细胞分析	心血管疾病	单细胞RNA测序、蛋白质组学、流式细胞术、组织学	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据、流式细胞数据、组织学数据	30名器官捐赠者的上臂动脉和静脉
3776	2025-03-14	Early cellular mechanisms of type I interferon-driven susceptibility to tuberculosis 2023-12-07, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.11.002 PMID:38029747	研究论文	本文探讨了I型干扰素在结核病易感性中的早期细胞机制	揭示了间质巨噬细胞和浆细胞样树突状细胞在结核分枝杆菌感染中的主导作用，并发现浆细胞样树突状细胞在人类结核肉芽肿附近定位	研究主要基于小鼠和非人灵长类动物模型，人类数据有限	研究结核病发病机制中的细胞机制	结核分枝杆菌感染的小鼠和非人灵长类动物	免疫学	结核病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠和非人灵长类动物
3777	2025-03-14	Osteosarcoma tumors maintain intra-tumoral transcriptional heterogeneity during bone and lung colonization 2023-04-27, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-023-01593-3 PMID:37106386	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了骨肉瘤肿瘤在骨和肺转移过程中维持肿瘤内转录异质性的机制	揭示了骨肉瘤肿瘤在骨和肺转移过程中如何维持肿瘤内转录异质性，并发现葡萄糖代谢的异质性特征	研究主要基于细胞系和患者来源的异种移植模型，可能无法完全反映人体内肿瘤的复杂性	研究骨肉瘤肿瘤在骨和肺转移过程中维持肿瘤内转录异质性的机制	骨肉瘤肿瘤细胞	肿瘤生物学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	细胞系和患者来源的异种移植模型	单细胞RNA测序数据	47,977个细胞
3778	2025-03-14	Mucosal Vaccination with Cyclic Dinucleotide Adjuvants Induces Effective T Cell Homing and IL-17-Dependent Protection against Mycobacterium tuberculosis Infection 2022-01-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2100029 PMID:34965963	研究论文	本研究探讨了使用环状二核苷酸（CDN）作为佐剂的黏膜疫苗在抗结核感染中的机制和效果	揭示了CDN疫苗通过诱导CD4 T细胞归巢至肺实质并渗透到肺巨噬细胞病变中，以及通过IL-17和IFN-γ依赖的保护机制来对抗结核感染	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索CDN疫苗在抗结核感染中的保护机制	小鼠	免疫学	结核病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠样本
3779	2025-03-14	Targeting the TREM1-positive myeloid microenvironment in glioblastoma 2022 Jan-Dec, Neuro-oncology advances IF:3.7Q2 DOI:10.1093/noajnl/vdac149 PMID:36249290	研究论文	本文研究了胶质母细胞瘤中髓系来源微环境的作用，并提供了抑制该微环境的药理学途径	首次揭示了TREM1+髓系微环境在胶质母细胞瘤异质性中的作用，并提出了通过抑制HuR二聚化来抑制该微环境的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证	探索胶质母细胞瘤中髓系来源微环境的作用及其作为治疗靶点的潜力	胶质母细胞瘤及其髓系来源微环境	肿瘤学	胶质母细胞瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	小鼠胶质母细胞瘤模型	基因表达数据	五个PDX细胞系和两个免疫活性小鼠模型
3780	2025-03-13	Parvalbumin neurons mediate neurological phenotypes of anti-NMDAR encephalitis 2025-Mar-12, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awae374 PMID:40071389	研究论文	本研究通过构建抗NMDAR脑炎动物模型，揭示了抗NMDAR脑炎患者认知缺陷的神经病理机制，并探讨了parvalbumin神经元在其中的作用	首次通过动物模型揭示了抗NMDAR脑炎患者认知缺陷的神经病理机制，并发现parvalbumin神经元在其中的关键作用，为治疗提供了新的靶点	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	探讨抗NMDAR脑炎患者认知缺陷的神经病理机制	抗NMDAR脑炎患者和健康个体的血清IgG，以及小鼠的parvalbumin神经元	神经科学	脑炎	免疫组织化学染色、电生理测试、光遗传学、药物遗传学、单细胞测序	动物模型	生理数据、基因表达数据	未明确说明样本数量，但使用了患者和健康个体的血清IgG，以及小鼠的parvalbumin神经元