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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3761 | 2026-04-17 |
GDSim: accurate simulation for single-cell transcriptomes based on the guided diffusion model
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag163
PMID:41978379
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研究论文 | 本文提出了一种基于引导扩散模型的新型深度生成网络GDSim,用于准确模拟单细胞转录组数据 | 首次利用标签引导的扩散模型来捕获scRNA-seq数据中复杂的基因表达依赖关系,生成的模拟数据能紧密反映原始数据的真实分布 | 未在摘要中明确说明 | 解决单细胞RNA测序数据不足的问题,为下游分析提供高质量的模拟数据 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 深度生成网络,扩散模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3762 | 2026-04-17 |
Seq-Scope-eXpanded: spatial omics beyond optical resolution
2026-02-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69346-8
PMID:41667485
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研究论文 | 本文介绍了Seq-Scope-X技术,一种结合组织膨胀与测序的空间转录组学方法,实现了亚微米级分辨率的全转录组和蛋白质组分析 | 通过组织物理膨胀技术,将Seq-Scope的空间分辨率提升至亚微米级,突破了传统测序空间转录组学的光学分辨率限制,并首次在单细胞水平解析核质区室转录组差异 | 文中未明确说明技术应用的样本类型限制、通量限制或数据处理的复杂性 | 开发超高分辨率空间多组学技术,用于研究细胞结构、功能和疾病机制 | 小鼠肝脏、脑组织、结肠、脾脏以及人类扁桃体组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学、空间蛋白质组学、组织膨胀技术 | NA | 空间转录组数据、空间蛋白质组数据 | 未明确具体样本数量,但涉及多种组织类型(肝、脑、结肠、脾、扁桃体) | NA | 空间转录组学、空间蛋白质组学 | Seq-Scope-X | 基于Seq-Scope的改进平台,整合组织膨胀技术,支持亚微米级分辨率的全转录组和数百种抗体标记的蛋白质组分析 |
| 3763 | 2026-04-17 |
transFusion: a novel comprehensive platform for integration analysis of single-cell and spatial transcriptomics
2026-Feb-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag059
PMID:41645434
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研究论文 | 本文介绍了一个名为transFusion的新型网络平台,专门用于整合分析单细胞RNA测序和10× Visium空间转录组学数据 | transFusion平台提供了12项关键功能,包括细胞间依赖性分析、配体-受体共表达识别与可视化以及空间多模态梯度变异模式分析,实现了对多模态数据的最全面有效整合 | 平台主要针对10× Visium数据,可能不适用于其他空间转录组技术,且需要进一步验证在更广泛数据集上的适用性 | 开发一个能够有效整合多模态数据并最大化空间信息利用的端到端分析平台,以解决当前空间转录组学分析中的挑战 | 单细胞RNA测序数据和10× Visium空间转录组学数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Visium | 10× Visium空间转录组技术 |
| 3764 | 2026-04-17 |
Engineering and evaluation of precision-glycosylated clickable albumin nanoplatform for targeting the tumor microenvironment
2026, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.123973
PMID:41355949
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研究论文 | 本文开发了一种精确糖基化的可点击白蛋白纳米平台(CAN-DGIT),用于靶向肿瘤微环境,并结合空间转录组学评估纳米颗粒与TME的相互作用 | 通过精确控制糖基化程度和类型,实现了白蛋白纳米颗粒的可编程生物分布和细胞类型靶向,并创新性地整合PET成像与空间转录组学进行机制映射 | 研究仅在小鼠模型中进行,未涉及人类临床试验;糖基化类型和靶向机制的普适性需进一步验证 | 开发一种精确糖基化的纳米药物递送平台,以选择性靶向肿瘤微环境并评估其相互作用 | 白蛋白纳米颗粒、糖基化配体(甘露糖、半乳糖、葡萄糖)、4T1肿瘤小鼠模型 | 纳米医学 | 肿瘤 | 点击化学、MALDI-TOF质谱、UV-vis光谱、PET成像、空间转录组学 | NA | 图像、转录组数据 | 健康小鼠和4T1肿瘤小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3765 | 2026-04-17 |
Identification and validation of SUMOylation-related key genes for osteoarthritis through integration of single-cell, bulk RNA sequencing and animal model experiments
2026, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2026.1779874
PMID:41987786
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和动物模型实验,识别并验证了与骨关节炎相关的SUMOylation关键基因 | 首次结合单细胞测序、批量测序和动物模型,系统识别了骨关节炎中SUMOylation相关的关键基因和细胞类型 | 样本量相对较小,动物模型仅使用大鼠,且未深入探讨关键基因的具体作用机制 | 检测和验证骨关节炎中SUMOylation相关基因的关键作用 | 骨关节炎患者样本和大鼠模型 | 生物信息学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,差异表达分析,PPI网络,机器学习,ROC曲线,免疫浸润分析,药物预测 | 机器学习模型 | RNA测序数据 | 三个公共数据集(GSE51588, GSE55235, GSE152805)和大鼠模型(三个OA和三个假手术样本) | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 3766 | 2026-04-17 |
Hypoxic microenvironment in cancer: role in metabolic reprogramming
2026, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2026.1771365
PMID:41988136
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综述 | 本文综述了肿瘤缺氧微环境如何通过代谢重编程驱动肿瘤进展和治疗抵抗 | 系统整合了单细胞多组学、空间转录组学等新兴技术证据,并讨论了靶向缺氧信号、血管生成通路和代谢酶等创新治疗策略 | NA | 阐明缺氧诱导的代谢重编程机制及其在肿瘤进展和治疗抵抗中的作用,并探讨利用缺氧相关代谢依赖性的精准肿瘤学策略 | 实体瘤及其缺氧微环境中的恶性细胞和基质细胞(包括癌症相关成纤维细胞、内皮细胞、肿瘤相关巨噬细胞和髓源性抑制细胞) | 肿瘤生物学 | 癌症 | 单细胞多组学,空间转录组学,代谢成像 | NA | NA | NA | NA | 单细胞多组学,空间转录组学 | NA | NA |
| 3767 | 2026-04-17 |
From forest floor to doctor's office: the immunological journey of Borrelia burgdorferi through vertebrate hosts
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1811554
PMID:41988178
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综述 | 本文综述了伯氏疏螺旋体在脊椎动物宿主中的免疫生物学进展,重点关注其通过免疫调节建立持续性感染的机制 | 采用阶段结构化框架整合了2020年后活体成像、单细胞转录组学、空间分析和系统免疫学等新技术带来的新见解 | NA | 理解伯氏疏螺旋体如何通过免疫调节在脊椎动物宿主中建立持续性感染,并为诊断、疫苗和治疗提供信息 | 伯氏疏螺旋体及其在脊椎动物宿主中的感染过程 | 自然语言处理 | 莱姆病 | 活体成像、单细胞转录组学、空间分析、系统免疫学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3768 | 2026-04-17 |
The mechanism of PKM2/HIF-1α axis polarizing TAMs by upregulating glucose-serine metabolism to promote melanoma progression
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1740155
PMID:41988200
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3769 | 2026-04-17 |
Histopathology and spatial transcriptomics jointly map myofiber-specific pathological programs in mTORC1-driven myopathy
2025-Dec-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.03.692123
PMID:41573854
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研究论文 | 本研究结合组织病理学和空间转录组学技术,在mTORC1过度激活的啮齿动物模型中,以单肌纤维分辨率揭示了肌纤维类型特异性的病理程序 | 首次将高分辨率Seq-Scope空间转录组学技术与组织病理学相结合,在单肌纤维水平上解析mTORC1驱动肌病的分子机制 | 研究基于啮齿动物模型,结果可能不完全适用于人类疾病;仅分析了两种特定肌肉(EDL和SOL),未涵盖所有肌肉类型 | 探究mTORC1过度激活如何通过不同代谢和结构途径破坏肌肉稳态,并将组织病理表型与分子状态直接关联 | mTORC1过度激活的啮齿动物模型中的骨骼肌组织,特别是趾长伸肌(EDL)和比目鱼肌(SOL) | 空间转录组学 | 肌病 | 空间转录组学,组织病理学分析 | NA | 空间转录组数据,组织病理图像 | 啮齿动物模型中的EDL和SOL肌肉组织样本 | NA | 空间转录组学 | Seq-Scope | 高分辨率Seq-Scope技术 |
| 3770 | 2026-04-17 |
Identification of osteoarthritis-related genes and potential drugs based on single cell RNA-seq data
2025-Nov-25, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-025-01379-z
PMID:41291434
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研究论文 | 本研究基于单细胞RNA测序数据,识别骨关节炎相关基因并预测潜在治疗药物 | 结合hdWGCNA、随机森林和PPI网络分析识别OA关键基因,并利用孟德尔随机化和斑马鱼实验验证药物作用 | 研究主要基于生物信息学预测和斑马鱼模型,需进一步在哺乳动物或临床样本中验证 | 寻找骨关节炎的预防和治疗药物 | 骨关节炎相关基因和候选药物 | 生物信息学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, RT-qPCR | 随机森林, 网络分析 | 基因表达数据 | 从GEO数据库获取的scRNA-seq和bulk-RNA seq数据集,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 3771 | 2026-04-17 |
Integrative single-cell RNA-seq and ATAC-seq identifies transcriptional and epigenetic blueprint guiding osteoclastogenic trajectory
2025-Sep-28, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/jbmr/zjaf084
PMID:40577680
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA-seq、ATAC-seq、批量RNA-seq和ChIP-seq技术,揭示了破骨细胞生成过程中转录和表观遗传调控的蓝图 | 首次在单细胞分辨率下结合多组学分析,系统描绘了破骨细胞生成的分化轨迹,并鉴定出IRF8作为破骨细胞生成的关键负调控因子 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本的验证和临床转化仍需进一步探索 | 阐明破骨细胞生成过程中的转录和表观遗传调控机制 | 野生型和IRF8条件性敲除小鼠的造血干细胞、祖细胞、单核细胞及破骨细胞前体 | 单细胞多组学 | 骨溶解性疾病 | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 批量RNA-seq, ChIP-seq | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞染色质可及性数据, 批量转录组数据, 染色质免疫沉淀数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 批量RNA-seq, 染色质免疫沉淀测序 | NA | NA |
| 3772 | 2026-04-17 |
Anti-tumor effects on tumor-infiltrating natural killer cells by localized ablative immunotherapy and immune checkpoint inhibitors: An integrated and comparative study using scRNAseq analysis
2025-Sep-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.217825
PMID:40436260
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析,比较了局部消融免疫疗法和免疫检查点抑制剂对肿瘤浸润自然杀伤细胞的调控作用及其临床意义 | 首次整合单细胞测序和TCGA数据库,系统比较了LAIT和ICI对NK细胞的转录调控,并构建了基于NK细胞基因特征的预后模型 | 研究基于小鼠乳腺癌模型,临床转化需进一步验证;单细胞测序样本量有限 | 阐明局部消融免疫疗法和免疫检查点抑制剂对肿瘤微环境中NK细胞的调控机制 | 肿瘤浸润自然杀伤细胞 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 预后模型 | 单细胞转录组数据 | 小鼠乳腺癌模型,具体样本数未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3773 | 2026-04-17 |
ChemPerturb-seq screen identifies a small molecule cocktail enhancing human beta cell survival after subcutaneous transplantation
2025-Aug-07, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.06.002
PMID:40562034
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研究论文 | 本研究开发了一种结合化学筛选与单细胞RNA测序的ChemPerturb-seq平台,用于系统分析小分子处理后人源β细胞的分子变化,并发现了一种能增强皮下移植后β细胞存活的小分子混合物 | 创新性地将化学筛选与单细胞RNA测序结合,开发了ChemPerturb-seq平台,实现了高通量分析小分子对细胞分子层面的影响,并发现了性别特异性的小分子混合物效果 | 研究仅在小鼠模型中进行验证,尚未在人体临床试验中证实效果;且发现的小分子混合物对雌性小鼠有效,但对雄性小鼠效果有限,存在性别差异 | 旨在通过化学筛选和单细胞分析,发现能增强人源β细胞在皮下移植后存活和功能的小分子混合物 | 人源β细胞和原代胰岛 | 单细胞组学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | AI驱动的网站分析 | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量,涉及人源β细胞和原代胰岛的体外及小鼠体内实验 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3774 | 2026-04-17 |
Opposite regulation of intestinal and intrahepatic CD8+ T cells controls alcohol-associated liver disease progression
2025-Jul-07, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-334412
PMID:40199574
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研究论文 | 本研究揭示了酒精相关性肝病中肠道与肝内CD8+ T细胞的反向调控机制及其在疾病进展中的关键作用 | 首次发现酒精暴露导致十二指肠CD8+ T细胞特异性减少而肝内CD8+ T细胞增加的反向调控现象,并证明BCL2在其中的关键调控作用 | 研究主要基于小鼠模型和患者样本的关联分析,需要进一步验证BCL2调控机制在人体中的直接作用 | 探究肠道与肝内CD8+ T细胞在酒精相关性肝病中的调控机制及其对疾病进展的影响 | ALD患者样本、野生型小鼠、CD8特异性Bcl2转基因小鼠和Cd8基因敲除小鼠 | 单细胞组学 | 酒精相关性肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | ALD患者样本及多种基因修饰小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3775 | 2026-04-17 |
Identification of Immune Hub Genes in Obese Postmenopausal Women Using Microarray and Single-Cell RNA Seq Data
2025-Jun-30, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16070783
PMID:40725440
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研究论文 | 本研究通过整合微阵列和单细胞RNA测序数据,识别了绝经后肥胖女性脂肪组织中的关键免疫枢纽基因 | 结合WGCNA、PPI网络分析和单细胞RNA测序验证,首次在绝经后肥胖女性中鉴定出与脂肪组织炎症相关的免疫枢纽基因,并揭示了NK细胞在这些基因表达中的重要作用 | 研究样本来源于公共数据库,可能受限于原始数据质量;动物模型验证仅使用斑马鱼,与人类生理存在差异 | 阐明绝经后肥胖女性脂肪组织中免疫失调的分子机制 | 绝经后肥胖女性的脂肪组织 | 生物信息学 | 肥胖症 | 微阵列分析, 单细胞RNA测序, RT-qPCR | WGCNA, PPI网络分析, ssGSEA | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的微阵列数据集GSE151839和单细胞RNA测序数据集GSE176171,以及肥胖和对照斑马鱼模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
| 3776 | 2026-04-17 |
Radiotherapy promotes cuproptosis and synergizes with cuproptosis inducers to overcome tumor radioresistance
2025-Jun-09, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.031
PMID:40215978
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研究论文 | 本研究揭示了放疗通过上调铜转运蛋白CTR1、消耗线粒体谷胱甘肽来诱导铜死亡,并发现放疗抵抗与BACH1下调导致的铜螯合蛋白MT1E/X表达升高有关,铜离子载体治疗可增强放疗敏感性 | 首次揭示了放疗诱导铜死亡的机制,并发现铜死亡诱导剂可协同放疗克服肿瘤放疗抵抗 | NA | 阐明放疗诱导铜死亡的机制,并探索通过靶向铜死亡克服肿瘤放疗抵抗的治疗策略 | 食管癌细胞、患者肿瘤样本、细胞系及患者来源的异种移植模型 | NA | 食管癌 | RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3777 | 2026-04-17 |
Machine learning approach to single cell transcriptomic analysis of Sjogren's disease reveals altered activation states of B and T lymphocytes
2025-Jun, Journal of autoimmunity
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.jaut.2025.103419
PMID:40318561
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析,揭示了干燥综合征患者外周血单个核细胞中B细胞和T细胞独特的基因表达模式和异常的激活状态 | 首次在干燥综合征患者中应用单细胞转录组学结合机器学习方法,系统揭示了B细胞和T细胞中独特的基因表达特征和激活状态改变 | 研究样本量未明确说明,且仅分析了外周血单个核细胞,未直接研究唾液腺等靶器官中的免疫细胞 | 探究干燥综合征的发病机制,识别参与疾病过程的细胞类型和功能变化 | 干燥综合征患者和症状性非干燥综合征对照者的外周血单个核细胞 | 单细胞转录组学 | 干燥综合征 | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3778 | 2026-04-17 |
Organ-specific microenvironments drive divergent T cell evolution in acute graft-versus-host disease
2025-Jan-29, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.ads1298
PMID:39879321
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研究论文 | 本研究利用非人灵长类动物急性移植物抗宿主病模型,结合多参数流式细胞术、群体转录组分析和单细胞RNA/TCR测序,揭示了肺和肝脏中浸润T细胞在转录程序和克隆扩增方面的器官特异性差异 | 首次在aGVHD模型中系统揭示组织微环境信号如何独立于抗原特异性驱动T细胞的器官特异性转录程序和克隆进化 | 研究基于非人灵长类动物模型,临床转化需进一步验证;单细胞测序样本量相对有限 | 探究组织特异性T细胞免疫应答在急性移植物抗宿主病中的机制 | 非人灵长类动物急性移植物抗宿主病模型中的组织浸润T细胞 | 系统免疫学 | 移植物抗宿主病 | 多参数流式细胞术、群体转录组分析、单细胞RNA测序、单细胞TCR测序 | NA | 单细胞转录组数据、TCR序列数据、流式细胞数据 | 非人灵长类动物模型样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞TCR-seq | NA | NA |
| 3779 | 2026-04-17 |
CD4+ T cells reactive to a hybrid peptide from insulin-chromogranin A adopt a distinct effector fate and are pathogenic in autoimmune diabetes
2024-10-08, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2024.07.024
PMID:39214091
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研究论文 | 本研究探讨了在非肥胖糖尿病小鼠中,针对胰岛素衍生表位的CD4 T细胞反应的动态性和致病性,揭示了InsC-ChgA特异性CD4 T细胞的独特致病作用 | 首次通过单细胞RNA测序分析了胰腺中胰岛素特异性CD4 T细胞的命运异质性,并发现InsC-ChgA特异性CD4 T细胞偏向于独特的Th1效应表型且具有致病性 | 研究仅基于非肥胖糖尿病小鼠模型,结果可能不完全适用于人类自身免疫性糖尿病 | 探究自身免疫性糖尿病中胰岛素特异性CD4 T细胞的反应异质性和致病机制 | 非肥胖糖尿病小鼠的胰腺CD4 T细胞 | 免疫学 | 自身免疫性糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3780 | 2026-04-17 |
Oncogenic Calreticulin Induces Immune Escape by Stimulating TGFβ Expression and Regulatory T-cell Expansion in the Bone Marrow Microenvironment
2024-Sep-16, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3553
PMID:38885318
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研究论文 | 本研究揭示了致癌性钙网蛋白通过刺激TGFβ表达和调节性T细胞扩增,在骨髓微环境中诱导免疫逃逸的机制 | 首次在骨髓增殖性肿瘤中鉴定出ERK/Sp1/TGFβ1轴作为免疫抑制机制,并证明靶向该轴可增强T细胞活性和糖酵解能力 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,临床转化效果需进一步验证 | 探究致癌性钙网蛋白突变如何影响骨髓微环境并促进免疫逃逸 | 骨髓增殖性肿瘤患者和小鼠模型中的骨髓细胞及T细胞 | 肿瘤免疫学 | 骨髓增殖性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 四个独立患者队列及小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |