单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3761	2025-03-02	Immune dysregulation in COVID-19 induced ARDS in kidney transplant recipients revealed by single-cell RNA sequencing 2025-Feb-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-91439-5 PMID:40011702	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了COVID-19诱导的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）在肾移植受者中的免疫失调现象	首次使用单细胞RNA测序技术构建了COVID-19诱导的ARDS在肾移植受者和非肾移植受者中的全局单细胞图谱，并揭示了关键的免疫细胞亚群及其在病理过程中的作用	研究样本量有限，且仅关注了外周血样本，未涉及其他组织或器官的免疫反应	探索肾移植受者和非肾移植受者在COVID-19诱导的ARDS中的免疫反应差异，以确定潜在的治疗靶点	肾移植受者和非肾移植受者的外周血样本	数字病理	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	108,320个细胞
3762	2025-03-02	Combining single-cell ATAC and RNA sequencing for supervised cell annotation 2025-Feb-26, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06084-6 PMID:40011801	研究论文	本文探讨了结合单细胞ATAC和RNA测序数据进行监督细胞注释的方法	首次探索了在监督注释方法中结合单细胞ATAC和RNA测序数据的改进效果	在神经元细胞的注释中未观察到改进	提高单细胞分析中的细胞类型注释准确性	人类外周血单核细胞（PBMC）和阿尔茨海默病神经元细胞	单细胞分析	阿尔茨海默病	单细胞ATAC测序和RNA测序	随机森林、支持向量机、逻辑回归	单细胞测序数据	人类外周血单核细胞和阿尔茨海默病神经元细胞样本
3763	2025-03-02	Pathological and molecular insights into intravenous leiomyomatosis: an integrative multi-omics study 2025-Feb-26, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05919-9 PMID:40011937	研究论文	本文通过多组学方法研究静脉内平滑肌瘤病（IVL），揭示了其病理和分子变化	首次对IVL进行了全面的单细胞RNA测序和蛋白质组学分析，揭示了其与子宫肌瘤的细胞组成差异及染色体10q缺失的重要性	由于IVL较为罕见，样本量有限，可能影响结果的普适性	研究IVL的病理和分子机制，以改善其诊断和治疗	IVL、子宫肌瘤和正常子宫肌层的组织样本	数字病理学	静脉内平滑肌瘤病	单细胞RNA测序、蛋白质组学分析、H&E染色	NA	组织样本、RNA测序数据、蛋白质组数据	8对IVL和正常子宫肌层的新鲜冷冻组织样本
3764	2025-03-02	Exploring the hepatic-ophthalmic axis through immune modulation and cellular dynamics in diabetic retinopathy and non-alcoholic fatty liver disease 2025-Feb-26, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-025-00730-z PMID:40011971	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，探索了糖尿病视网膜病变（DR）和非酒精性脂肪肝病（NAFLD）中的免疫调节和细胞动态变化	揭示了T细胞、巨噬细胞和内皮细胞在DR和NAFLD中的关键作用，特别是CD45信号通路的重要性，为这两种疾病的治疗提供了新的视角	研究依赖于公开的单细胞RNA测序数据，可能受到数据质量和样本来源的限制	阐明DR和NAFLD中不同细胞群体之间的复杂相互作用和通讯途径	糖尿病视网膜病变（DR）和非酒精性脂肪肝病（NAFLD）	生物信息学	糖尿病视网膜病变, 非酒精性脂肪肝病	单细胞RNA测序, 基因表达差异分析, 伪时间分析, CellChat, GSEA, GSVA	NA	单细胞RNA测序数据	从GEO数据库中获取的PDR和NAFLD单细胞RNA测序数据
3765	2025-03-02	Association of 5α-reductase inhibitor prescription with immunotherapy efficacy in metastatic renal cell carcinoma: a multicenter retrospective analysis 2025-Feb-25, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011154 PMID:40010773	研究论文	本研究探讨了5α-还原酶抑制剂（5-ARIs）使用史对转移性肾细胞癌（mRCC）患者免疫检查点抑制剂（ICIs）疗效的影响	首次通过多中心回顾性分析，揭示了5-ARIs使用史与ICIs疗效的关联，并通过单细胞RNA测序提供了免疫学机制上的新见解	研究为回顾性分析，可能存在选择偏倚，且样本量相对较小	评估5-ARIs使用史对mRCC患者ICIs疗效的影响	185名接受ICIs治疗的mRCC患者	肿瘤免疫治疗	肾细胞癌	单细胞RNA测序	Cox比例风险模型	临床数据和RNA测序数据	185名mRCC患者
3766	2025-03-02	Multiple Myeloma Insights from Single-Cell Analysis: Clonal Evolution, the Microenvironment, Therapy Evasion, and Clinical Implications 2025-Feb-14, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17040653 PMID:40002248	综述	本文综述了多发性骨髓瘤（MM）的复杂性，包括克隆进化、遗传不稳定性、肿瘤微环境的作用以及治疗抵抗的机制	强调了单细胞技术（如单细胞转录组学、基因组学和多组学）在理解MM异质性和耐药机制中的关键作用	尽管技术先进，MM仍是一种无法治愈的疾病，临床应用面临高成本、数据复杂性和标准化生物信息学需求的挑战	旨在通过深入研究MM的进展机制，提高个性化治疗策略并改善患者预后	多发性骨髓瘤（MM）	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞转录组学、基因组学、多组学	NA	单细胞数据	NA
3767	2025-03-02	Single-cell analysis of cerebrospinal fluid reveals common features of neuroinflammation 2025-Jan-21, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101733 PMID:39708811	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了不同炎症、感染和非炎症性神经系统疾病患者脑脊液中免疫细胞的功能特征	揭示了脑脊液在细胞组成和基因表达方面与外周血的区别，并发现不同神经炎症性疾病中脑脊液的细胞和转录景观具有显著的相似性	未明确提及样本量大小，可能限制了结果的广泛适用性	探索神经炎症中脑脊液免疫细胞的功能特征，以寻找多发性硬化症等疾病的新药物靶点	不同炎症、感染和非炎症性神经系统疾病患者的脑脊液	生物信息学	神经系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3768	2025-03-02	Mechanism of enhancing chemotherapy efficacy in pancreatic ductal adenocarcinoma with paricalcitol and hydroxychloroquine 2025-Jan-21, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101881 PMID:39730001	研究论文	本研究探讨了帕立骨化醇（P）和羟氯喹（H）联合使用在增强胰腺导管腺癌（PDAC）对吉西他滨（G）化疗敏感性中的作用	揭示了PH组合通过上调自噬和内质网应激相关转录物，减少Ki67、FAP和SMA表达成纤维细胞，增加M1极化和CD4、CD8 T细胞，减少调节性T细胞（Tregs）的分子机制	研究主要基于体外实验、小鼠模型和患者来源的异种移植模型，尚未在广泛临床应用中验证	阐明PH组合的分子特性及其在增强PDAC对吉西他滨化疗敏感性中的潜力	胰腺导管腺癌（PDAC）	NA	胰腺癌	蛋白质组学和单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA-seq数据	体外实验、原位小鼠模型和患者来源的异种移植模型
3769	2025-03-02	Coupling of response biomarkers between tumor and peripheral blood in patients undergoing chemoimmunotherapy 2025-Jan-21, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101882 PMID:39731918	研究论文	本文研究了在接受化疗免疫治疗的患者中，肿瘤与外周血之间反应生物标志物的耦合关系	结合了外周血单核细胞的时间进程RNA测序和预处理肿瘤转录组数据，揭示了CD8 T效应记忆细胞在响应者外周血中的丰富性及其在治疗中的扩展	研究样本量较小（N=54），且为单臂试验，缺乏对照组	探索化疗免疫治疗中肿瘤与免疫细胞之间的复杂相互作用	接受化疗免疫治疗的间皮瘤患者	生物信息学	间皮瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, T细胞受体测序（TCR-seq）	NA	RNA测序数据	54名患者
3770	2025-03-02	Single-cell and spatial analysis reveals the interaction between ITLN1+ foam cells and SPP1+ macrophages in atherosclerosis 2025, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2025.1510082 PMID:40017519	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，揭示了ITLN1+泡沫细胞与SPP1+巨噬细胞在动脉粥样硬化中的相互作用	首次揭示了ITLN1+泡沫细胞与SPP1+巨噬细胞之间的相互作用及其在动脉粥样硬化中的关键作用	需要进一步验证这些机制以开发有效的免疫治疗策略	研究动脉粥样硬化中不同细胞群体的调控功能及其相互作用	血管平滑肌细胞（VSMC）衍生的ITLN1+泡沫细胞和SPP1+ FABP5+巨噬细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序，空间转录组学分析	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	NA
3771	2025-03-02	A novel classification method for LUAD that guides personalized immunotherapy on the basis of the cross-talk of coagulation- and macrophage-related genes 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1518102 PMID:40018029	研究论文	本研究提出了一种基于凝血和巨噬细胞相关基因交叉作用的新型分类方法，用于指导肺腺癌（LUAD）患者的个性化免疫治疗	通过结合凝血和巨噬细胞相关基因（COMAR基因）进行LUAD患者的分类，并构建了一个预后风险评分模型，该模型在预测接受抗PD-1/PD-L1免疫治疗的LUAD患者预后和临床结果方面表现出高效和稳健性	研究结果需要进一步的外部验证和更大规模的临床样本验证	探索基于凝血和巨噬细胞相关基因的新型分类方法，以更好地指导LUAD患者的精准治疗	肺腺癌（LUAD）患者	数字病理学	肺癌	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析	预后风险评分模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但使用了外部数据队列和临床样本进行验证
3772	2025-03-02	Modulation of double-negative T cells by Huang-Lian-Jie-Du Decoction attenuates neuroinflammation in ischemic stroke: insights from single-cell transcriptomics 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1537277 PMID:40018035	研究论文	本研究探讨了双阴性T细胞（DNTs）在缺血性卒中急性期的作用，并评估了黄连解毒汤（HLJD）对这些细胞的影响	通过单细胞转录组学技术，首次识别出DNTs的两种亚型：激活的细胞毒性表型（Kill+）和静止的免疫抑制表型（Kill-），并发现HLJD能够调节这两种亚型的平衡	需要进一步研究以阐明DNT介导的免疫反应机制，并探索HLJD在其他神经炎症疾病中的更广泛应用	探讨DNTs在缺血性卒中中的作用及HLJD的调节效果	双阴性T细胞（DNTs）和黄连解毒汤（HLJD）	神经科学	缺血性卒中	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	NA
3773	2025-03-02	Elevated levels of IRF1 and CASP1 as pyroptosis-related biomarkers for intestinal epithelial cells in Crohn's disease 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1551547 PMID:40018047	研究论文	本研究通过差异表达分析、机器学习算法和单细胞测序分析，识别了与克罗恩病（CD）肠上皮细胞焦亡相关的关键基因，并验证了这些基因在临床样本和TNBS诱导的结肠炎大鼠模型中的表达	首次将IRF1和CASP1识别为克罗恩病肠上皮细胞焦亡的关键生物标志物，并揭示了其在CD不同亚型中的诊断价值	研究主要基于基因表达数据，缺乏对焦亡机制的直接功能验证	探索焦亡在克罗恩病肠上皮细胞中的作用及其相关生物标志物	克罗恩病患者和TNBS诱导的结肠炎大鼠模型	生物信息学	克罗恩病	差异表达分析、机器学习算法、单细胞测序分析	NA	基因表达数据	临床样本和TNBS诱导的结肠炎大鼠模型
3774	2025-03-02	Single-cell Analysis Highlights Anti-apoptotic Subpopulation Promoting Malignant Progression and Predicting Prognosis in Bladder Cancer 2025, Cancer informatics IF:2.4Q3 DOI:10.1177/11769351251323569 PMID:40018511	研究论文	本文通过单细胞分析揭示了膀胱癌中抗凋亡亚群在恶性进展和预后预测中的关键作用	识别了一个独特的抗凋亡肿瘤亚群，该亚群通过特定的信号通路与免疫和基质细胞相互作用，促进肿瘤进展，并开发了一个5基因风险模型来预测患者预后	NA	阐明膀胱癌肿瘤异质性对患者预后的影响，并探索抗凋亡亚群在肿瘤进展中的作用	膀胱癌肿瘤和类器官	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Cox回归模型	单细胞RNA测序数据	NA
3775	2025-03-02	Brain-wide alterations revealed by spatial transcriptomics and proteomics in COVID-19 infection 2024-Nov, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-024-00730-z PMID:39543407	研究论文	本研究通过空间转录组学和蛋白质组学技术，揭示了COVID-19感染后大脑的广泛改变	结合多种实验和分析方法，首次展示了COVID-19对大脑的广泛影响，包括皮质和皮质下区域，并揭示了与年龄相关神经退行性疾病相似的变化	样本量相对较小（n=42），且仅限于死后大脑样本，可能限制了结果的普遍性	了解COVID-19感染后神经系统症状的病理生理学，以优化治疗和结果	COVID-19患者和具有匹配肺部病理的对照组的死后大脑样本	数字病理	COVID-19	空间转录组学、批量基因表达和蛋白质组学	NA	基因表达数据、蛋白质数据	42个样本（COVID-19患者和对照组）
3776	2025-03-02	Cellular transitions during cranial suture establishment in zebrafish 2024-Aug-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50780-5 PMID:39138165	研究论文	本研究通过单细胞转录组学、谱系追踪和突变分析，揭示了斑马鱼颅骨扩张期间骨缝处骨形成的关键发育转变	识别了中缝区域的一个非成骨性间充质细胞亚群，这些细胞通过局部BMP拮抗作用限制骨形成，确保骨缝形态正常	研究主要基于斑马鱼模型，结果在哺乳动物中的适用性尚需验证	探讨颅骨扩张期间骨缝处骨形成的调控机制	斑马鱼颅骨缝	发育生物学	NA	单细胞转录组学、谱系追踪、突变分析	NA	基因表达数据	NA
3777	2025-03-02	Secreted clusterin inhibits tumorigenesis by modulating tumor cells and macrophages in human meningioma 2024-07-05, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae034 PMID:38416702	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了分泌型clusterin（CLU）在抑制脑膜瘤发生和恶性转化中的作用及其机制	首次发现CLU通过诱导线粒体损伤和触发1型干扰素通路抑制脑膜瘤的发生和恶性转化，并揭示了其在调节肿瘤细胞和微环境中的双重作用	研究主要基于动物模型和细胞实验，临床样本数量有限，需进一步扩大临床验证	探索脑膜瘤恶性转化的潜在治疗靶点和肿瘤抑制因子	脑膜瘤样本（包括正常脑膜、良性肿瘤、高级别原位肿瘤和肺转移瘤）	肿瘤生物学	脑膜瘤	单细胞转录组分析	动物模型和细胞实验	转录组数据	18个样本（包括正常脑膜、良性肿瘤、高级别原位肿瘤和肺转移瘤）
3778	2025-03-02	Tumor and immune cell types interact to produce heterogeneous phenotypes of pediatric high-grade glioma 2024-03-04, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noad207 PMID:37934854	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了儿童高级别胶质瘤（PHGG）的肿瘤和免疫细胞类型，揭示了其异质性及其对肿瘤特性的影响	首次在单细胞水平上构建了PHGG的转录组数据集，并识别了主要的肿瘤细胞类型及其基因表达特征	样本量较小（19个PHGG样本），可能限制了结果的普遍性	探究儿童高级别胶质瘤的肿瘤和免疫细胞类型及其相互作用，以理解其异质性和治疗反应差异	儿童高级别胶质瘤（PHGG）的肿瘤和免疫细胞	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），多通道免疫荧光染色（IF）	NA	RNA测序数据，免疫荧光图像	19个PHGG样本
3779	2025-03-02	Myeloid-specific ablation of Basp1 ameliorates diet-induced NASH in mice by attenuating pro-inflammatory signaling 2024-02-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000537 PMID:37505219	研究论文	本研究通过批量RNA测序和单细胞RNA测序分析，揭示了Basp1在NASH中的关键作用，并发现其在髓系细胞中的特异性失活可以减轻NASH的病理严重程度	首次发现Basp1在NASH中的关键调控作用，并通过髓系特异性失活Basp1减轻NASH病理	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨髓系细胞在NASH中的转录组重编程及其对疾病进展的贡献	小鼠和人类的NASH肝脏中的髓系细胞	生物医学	非酒精性脂肪性肝炎（NASH）	批量RNA测序和单细胞RNA测序（sc-RNA seq）	NA	RNA测序数据	小鼠模型和人类NASH肝脏样本
3780	2025-03-02	Copper drives remodeling of metabolic state and progression of clear cell renal cell carcinoma 2024-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.16.575895 PMID:38293110	研究论文	本文研究了铜在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的代谢重塑作用及其对肿瘤生长和进展的促进作用	揭示了铜通过调控线粒体呼吸链复合物、谷胱甘肽代谢和NRF2靶基因的表达，协调生物能量产生与氧化还原保护，促进ccRCC的进展	未明确铜积累与ccRCC进展的具体分子机制，且未涉及铜靶向治疗的临床验证	探讨铜在ccRCC代谢重塑和肿瘤进展中的作用	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）	肿瘤代谢	肾癌	scRNA-seq, 空间转录组学	NA	基因表达数据	NA