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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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3761 | 2025-10-06 |
Egfl6 promotes ovarian cancer progression by enhancing the immunosuppressive functions of tumor-associated myeloid cells
2024-Nov-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI175147
PMID:39312740
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研究论文 | 本研究揭示了Egfl6通过增强肿瘤相关髓系细胞的免疫抑制功能促进卵巢癌进展的机制 | 首次发现Egfl6通过结合β3整合素并激活p38和SYK信号通路,调控髓系细胞的免疫抑制功能 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探讨Egfl6在卵巢癌免疫抑制微环境形成中的作用机制 | 卵巢癌小鼠模型和人类卵巢癌组织样本 | 肿瘤免疫学 | 卵巢癌 | scRNA-Seq, 免疫组织化学, 动物模型实验 | 同系小鼠肿瘤模型 | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据, 免疫组织化学数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3762 | 2025-10-06 |
Oncogenic role of PMEPA1 and its association with immune exhaustion and TGF-β activation in HCC
2024-Nov, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101212
PMID:39524206
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研究论文 | 本研究首次证明PMEPA1在肝细胞癌中的致癌作用及其与TGF-β激活和免疫耗竭的关联 | 首次在体内实验中证实PMEPA1的致癌功能,并揭示其与TGF-β信号协同促进免疫耗竭的新机制 | 研究主要基于回顾性队列数据,需要进一步前瞻性研究验证 | 探索PMEPA1在肝细胞癌中的作用及其与TGF-β信号和免疫耗竭的关系 | 肝细胞癌患者肿瘤样本和基因工程小鼠模型 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | qPCR, 单细胞RNA测序, 基因表达分析 | 基因工程小鼠模型 | 基因组数据, 基因表达数据, 临床病理数据 | 1097例HCC肿瘤样本(包括228例发现队列和361例验证队列),54例单细胞水平样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3763 | 2025-10-06 |
Method of moments framework for differential expression analysis of single-cell RNA sequencing data
2024-Oct-31, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.09.044
PMID:39454576
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研究论文 | 提出用于单细胞RNA测序数据差异表达分析的Memento方法 | 开发了基于矩量法框架的Memento工具,能够同时分析基因表达均值、变异性和相关性差异 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中生物和技术变异的区分问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 矩量法框架 | 基因表达数据 | 超过5000万个细胞(包括7万气管上皮细胞、16万CRISPR-Cas9扰动T细胞、120万外周血单核细胞和5000万CELLxGENE数据库细胞) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3764 | 2025-10-06 |
Recovering single-cell expression profiles from spatial transcriptomics with scResolve
2024-Oct-21, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100864
PMID:39326411
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研究论文 | 开发了一种从多细胞分辨率空间转录组数据中恢复单细胞表达谱的方法 | 能够从空间转录组多细胞测量中准确恢复单个细胞在其位置上的表达谱,这是细胞类型反卷积无法实现的 | NA | 解决空间转录组技术缺乏单细胞分辨率的问题 | 人类乳腺癌数据和人类肺部疾病数据 | 空间转录组学 | 乳腺癌, 肺部疾病 | 空间转录组学 | scResolve | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
3765 | 2025-10-06 |
HIV persists in late coronary atheroma and is associated with increased local inflammation and disease progression
2024-Oct-18, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5125826/v1
PMID:39483879
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研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示了HIV在晚期冠状动脉粥样斑块中的持续存在及其与局部炎症加剧和疾病进展的关联 | 首次在人类晚期冠状动脉粥样斑块中检测到HIV病毒拷贝,并发现其与局部炎症程度正相关 | 样本来源于遗体捐赠者,无法进行纵向追踪研究;临床队列验证仍需进一步扩大 | 探究HIV感染者动脉粥样硬化进展的免疫机制 | HIV感染者与无HIV对照组的冠状动脉和主动脉组织 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | DNA/RNA检测, 空间转录组学, 高分辨率质谱分析 | NA | 组织样本, 基因表达数据, 蛋白质组数据 | 遗体捐赠者的冠状动脉和主动脉组织(具体数量未明确) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
3766 | 2025-10-06 |
Sympathetic neuropeptide Y protects from obesity by sustaining thermogenic fat
2024-Oct, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07863-6
PMID:39198648
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研究论文 | 本研究揭示了交感神经元中神经肽Y通过维持血管周细胞增殖来保护机体免受肥胖的机制 | 首次发现交感神经元来源的NPY通过维持血管周细胞增殖来促进产热脂肪生成,与中枢NPY对体重的调节作用相反 | 研究主要基于小鼠模型,人类相关性需要进一步验证 | 探究交感神经元中神经肽Y在肥胖发生中的作用机制 | 小鼠棕色和白色脂肪组织、交感神经元、血管周细胞 | 代谢研究 | 肥胖症 | 组织透明化成像、单细胞RNA测序 | NA | 图像数据、基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3767 | 2025-10-06 |
Tumour evolution and microenvironment interactions in 2D and 3D space
2024-Oct, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08087-4
PMID:39478210
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研究论文 | 通过空间转录组学和单细胞测序技术研究肿瘤在2D和3D空间中的进化与微环境相互作用 | 首次在多种癌症类型中定义'肿瘤微区域'和'空间亚克隆'概念,并通过3D重建揭示肿瘤空间组织结构 | 样本量相对有限,仅包含6种癌症类型的78个病例 | 探究肿瘤细胞与非癌细胞之间的空间相互作用及肿瘤进化机制 | 131个肿瘤切片来自78个病例,涵盖6种癌症类型 | 空间转录组学 | 多种癌症 | 空间转录组学, 单核RNA测序, CODEX共检测技术 | 无监督深度学习算法 | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 蛋白质共定位数据 | 131个肿瘤切片(78个病例), 48个匹配单核RNA测序样本, 22个匹配CODEX样本 | 10x Genomics | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | 10x Visium | Visium空间转录组学技术 |
3768 | 2025-10-06 |
BDNF augmentation reverses cranial radiation therapy-induced cognitive decline and neurodegenerative consequences
2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.23.614590
PMID:39386496
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研究论文 | 本研究探讨了利鲁唑通过增加BDNF水平逆转颅脑放疗引起的认知功能障碍和神经退行性后果 | 首次证明利鲁唑可通过增加BDNF水平逆转放疗引起的认知功能障碍,并利用空间转录组学揭示了海马兴奋性神经元的神经保护机制 | 研究仅使用小鼠模型,未涉及人类临床试验;未观察到神经发生改善 | 评估利鲁唑对放疗引起的认知功能障碍的治疗效果 | 成年小鼠模型(颅脑照射9 Gy) | 神经科学 | 脑癌放疗后认知功能障碍 | 空间转录组学,双重免疫荧光染色,生化评估 | 动物模型 | 基因表达数据,免疫荧光图像,行为学数据 | 小鼠实验组 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
3769 | 2025-10-06 |
Gene expression prediction from histology images via hypergraph neural networks
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae500
PMID:39401144
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研究论文 | 提出一种基于超图神经网络从组织学图像预测基因表达的新方法 | 引入梯度增强模块增强对细胞形态信息的感知,通过注意力机制和多潜在阶段特征融合,利用超图建立不同尺度特征间的高阶关联 | 未明确说明模型在哪些特定疾病类型上的泛化能力限制 | 从成本较低的组织学图像预测基因表达 | 癌症和肿瘤疾病样本 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学 | 超图神经网络(Hypergraph Neural Network) | 组织学图像 | 多个数据集(具体数量未说明) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
3770 | 2025-10-06 |
Genetic association with autoimmune diseases identifies molecular mechanisms of coronary artery disease
2024-Sep-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110715
PMID:39262791
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研究论文 | 本研究通过遗传学方法探索自身免疫疾病与冠状动脉疾病之间的遗传关联及分子机制 | 首次系统性利用GWAS数据识别自身免疫疾病与CAD之间的共享遗传位点、因果基因和通路,并结合单细胞RNA测序数据在细胞类型层面进行功能验证 | 研究主要基于遗传关联分析,需要后续功能实验验证具体分子机制 | 探究自身免疫疾病与冠状动脉疾病之间的遗传关联和分子机制 | 自身免疫疾病患者和冠状动脉疾病患者的遗传数据 | 遗传学 | 冠状动脉疾病 | GWAS, 单细胞RNA测序, CPASSOC, Mendelian Randomization, COLOC | 统计遗传学模型 | 遗传关联数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3771 | 2025-10-06 |
NK cells with adhesion defects and reduced cytotoxic functions are associated with a poor prognosis in multiple myeloma
2024-09-19, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023023529
PMID:38875515
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析多发性骨髓瘤患者NK细胞的转录组变化及其与预后的关联 | 首次在多发性骨髓瘤中发现具有黏附缺陷和细胞毒性功能降低的CD16/CD226Lo NK细胞亚群,并证明其与患者不良预后相关 | 样本量相对较小(10例患者),且为回顾性研究 | 研究多发性骨髓瘤患者NK细胞的功能状态及其对疾病预后的影响 | 多发性骨髓瘤患者和健康捐赠者的NK细胞 | 单细胞测序分析 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 10例多发性骨髓瘤患者和10例健康对照(单细胞测序),177例患者(回顾性队列) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3772 | 2025-10-06 |
A Novel Non-Invasive Murine Model of Neonatal Hypoxic-Ischemic Encephalopathy Demonstrates Developmental Delay and Motor Deficits with Activation of Inflammatory Pathways in Monocytes
2024-09-14, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13181551
PMID:39329733
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研究论文 | 本研究开发了一种新型非侵入性小鼠新生儿缺氧缺血性脑病模型,通过结合母体免疫激活和产后缺氧模拟人类HIE | 首次将母体免疫激活与产后缺氧结合建立非侵入性HIE模型,并发现单核细胞中炎症通路的激活 | 与已建立的HIE模型相比表型较轻微,人类HIE具有临床异质性导致结果多样 | 建立更接近人类疾病的新生儿缺氧缺血性脑病动物模型 | 新生小鼠 | 神经科学 | 新生儿缺氧缺血性脑病 | 单细胞RNA测序 | 动物模型 | 基因表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3773 | 2025-10-06 |
Isotype-aware inference of B cell clonal lineage trees from single-cell sequencing data
2024-Sep-11, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100637
PMID:39208795
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研究论文 | 提出了一种从单细胞RNA测序数据重建B细胞克隆谱系进化历史的算法TRIBAL | 首个同时考虑体细胞超突变和类别转换重组过程的B细胞谱系树重建算法 | NA | 改进B细胞克隆谱系的进化历史重建 | B细胞 | 生物信息学 | 免疫相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 进化树重建算法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3774 | 2025-10-06 |
Preexisting Skin-Resident CD8 and γδ T-cell Circuits Mediate Immune Response in Merkel Cell Carcinoma and Predict Immunotherapy Efficacy
2024-Sep-04, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-0798
PMID:39058036
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研究论文 | 本研究通过整合多种测序技术揭示了默克尔细胞癌中皮肤驻留T细胞介导免疫应答的机制及其对免疫治疗效果的预测价值 | 发现了CD8 Trm和Vδ1 γδ T细胞在MCC免疫治疗应答中的关键作用,并首次在MHC高表达和低表达肿瘤中分别确定了这两种细胞的治疗预测价值 | 样本量相对有限(116例患者),需要更大规模研究验证 | 识别默克尔细胞癌免疫检查点阻断治疗的预测生物标志物和治疗靶点 | 默克尔细胞癌患者肿瘤样本和免疫细胞 | 数字病理学 | 皮肤癌 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 186个样本来自116例患者,包括14对ICB治疗前后匹配样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, bulk RNA测序 | NA | NA |
3775 | 2025-10-06 |
Multi-omic analysis and validation reveal ZBP1 as a potential prognostic and immunotherapy-related biomarker in head and neck squamous cell carcinoma
2024-09, Journal of stomatology, oral and maxillofacial surgery
DOI:10.1016/j.jormas.2024.101901
PMID:38688403
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研究论文 | 通过多组学分析验证ZBP1作为头颈鳞状细胞癌潜在预后和免疫治疗相关生物标志物 | 首次系统揭示ZBP1在HNSCC中的表达特征及其与免疫微环境、临床预后的关联 | 主要依赖公共数据库数据,验证队列样本量有限(66例肿瘤样本) | 探索ZBP1在头颈鳞状细胞癌中的生物学功能及临床意义 | 头颈鳞状细胞癌患者组织样本 | 生物信息学 | 头颈鳞状细胞癌 | 多组学分析,单细胞转录组分析,生存分析 | NA | 基因表达数据,临床数据,单细胞转录组数据 | TCGA数据库样本+独立验证队列(66例肿瘤+37例对照) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
3776 | 2025-10-06 |
Eganelisib combined with immune checkpoint inhibitor therapy and chemotherapy in frontline metastatic triple-negative breast cancer triggers macrophage reprogramming, immune activation and extracellular matrix reorganization in the tumor microenvironment
2024-Aug-30, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-009160
PMID:39214650
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研究论文 | 本研究评估了PI3K-γ抑制剂eganelisib联合免疫检查点抑制剂和化疗在转移性三阴性乳腺癌中的治疗效果及机制 | 首次报告了PI3K-γ抑制剂eganelisib联合治疗的转化分析结果,揭示了肿瘤微环境中巨噬细胞重编程、免疫激活和细胞外基质重组的新机制 | 样本量较小(肿瘤活检n=11-18),且为II期临床试验的初步分析结果 | 评估eganelisib联合atezolizumab和nab-paclitaxel在转移性三阴性乳腺癌中的治疗效果和作用机制 | 转移性三阴性乳腺癌患者 | 肿瘤免疫学 | 三阴性乳腺癌 | 多重免疫荧光、空间转录组学、GeoMx数字空间分析、流式细胞术、细胞因子分析 | NA | 肿瘤活检组织、外周血样本 | 肿瘤活检样本11-18例,来自MARIO-3临床试验 | NA | 空间转录组学, 数字空间分析 | GeoMx | GeoMx数字空间分析平台 |
3777 | 2025-10-06 |
Graph Fourier transform for spatial omics representation and analyses of complex organs
2024-Aug-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51590-5
PMID:39209833
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研究论文 | 提出空间图傅里叶变换方法用于空间组学数据的表示和分析 | 首次将图信号处理应用于空间组学数据,提供可解释的数据表示方法 | NA | 开发空间组学数据的图表示分析方法 | 复杂器官的组织样本 | 空间组学分析 | NA | 图信号处理,空间组学分析 | 图傅里叶变换 | 空间转录组数据,空间蛋白质组数据 | 人类和小鼠组织样本 | 10x Genomics, Akoya Biosciences | 空间转录组学,空间蛋白质组学 | 10x Visium, CODEX | 人类淋巴结Visium数据,人类扁桃体CODEX数据 |
3778 | 2025-10-06 |
Multi-parametric atlas of the pre-metastatic liver for prediction of metastatic outcome in early-stage pancreatic cancer
2024-Aug, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-024-03075-7
PMID:38942992
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研究论文 | 通过多参数分析胰腺癌患者术前肝脏活检样本,预测转移风险和转移部位 | 首次在胰腺癌诊断时通过多参数分析术前肝脏样本来预测转移风险、时间和器官趋向性 | 样本量相对较小(49例胰腺癌患者),需要更大规模验证 | 开发基于机器学习的方法预测胰腺癌转移结局 | 49例局限性胰腺癌患者和19例非癌性胰腺病变对照患者的肝脏活检样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 代谢组学、组织转录组学、单细胞转录组学、多重成像 | 机器学习模型 | 代谢组数据、转录组数据、成像数据 | 68例患者(49例胰腺癌,19例对照) | NA | 单细胞转录组学, 代谢组学, 空间转录组学 | NA | NA |
3779 | 2025-10-06 |
A second wave of Notch signaling diversifies the intestinal secretory lineage
2024-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.15.603542
PMID:39071399
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了小肠中罕见分泌细胞CHEs的命运特化机制 | 发现Notch信号通路在分泌谱系中发生第二波激活,用于特化CHEs这一罕见细胞类型 | 研究主要基于大鼠模型,且CHEs细胞在小鼠中不存在,可能限制模型系统的通用性 | 探究小肠分泌细胞谱系多样性形成的分子机制 | 大鼠和人类小肠中的C FTR高表达细胞(CHEs) | 单细胞生物学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序,伪时间轨迹分析 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3780 | 2025-10-06 |
Transcriptomic Analysis Reveals That Excessive Thyroid Hormone Signaling Impairs Phototransduction and Mitochondrial Bioenergetics and Induces Cellular Stress in Mouse Cone Photoreceptors
2024-Jul-06, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25137435
PMID:39000540
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示过量甲状腺激素信号通过损害光转导和线粒体生物能量学诱导小鼠视锥细胞退化的分子机制 | 首次在单细胞分辨率上系统揭示过量甲状腺激素信号对视锥细胞转录组的全局影响,发现光转导和氧化磷酸化通路受损的关键机制 | 研究仅使用小鼠模型,样本量相对有限,且未验证关键基因在蛋白水平的表达变化 | 探究甲状腺激素诱导视锥细胞退化的转录组学机制 | C57BL/6小鼠的视网膜细胞,特别是视锥细胞 | 单细胞转录组学 | 视网膜退化疾病 | 单细胞RNA测序 | Seurat分析流程 | 单细胞转录组数据 | 155,866个单细胞,包含14种视网膜细胞类型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞RNA测序平台,使用Loupe浏览器进行数据可视化 |