单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3761	2025-03-27	Erythroblastic island: the niche for erythroid terminal differentiation and beyond 2025-Jun, Blood science (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/BS9.0000000000000228 PMID:40129604	review	本文综述了关于红细胞岛（EBI）的最新发现，探讨了其潜在的免疫功能，并提供了未来研究的视角	挑战了传统观点，提出红细胞岛可能支持其他造血谱系细胞，并发现了红细胞岛巨噬细胞的新标记——促红细胞生成素受体	尚不清楚免疫倾向性红细胞母细胞是否及如何在红细胞岛中成熟	探讨红细胞岛的功能及其在造血系统中的潜在作用	红细胞岛（EBI）及其细胞组成	NA	NA	谱系追踪小鼠模型、成像流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	NA	NA
3762	2025-03-27	PRMT1 Ablation in Endothelial Cells Causes Endothelial Dysfunction and Aggravates COPD Attributable to Dysregulated NF-κB Signaling 2025-Mar-26, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411514 PMID:40135804	研究论文	本文研究了PRMT1在内皮细胞中的作用，特别是在慢性阻塞性肺病（COPD）发病机制中的角色	揭示了PRMT1作为肺内皮细胞功能的关键调节因子，防止NF-κB驱动的内皮功能障碍和衰老	PRMT1在内皮细胞中的具体作用机制仍需进一步研究	探讨PRMT1在内皮细胞中的作用及其在COPD发病机制中的影响	内皮细胞和慢性阻塞性肺病（COPD）	分子生物学	慢性阻塞性肺病（COPD）	RNA测序（bulk RNA sequencing和single-cell RNA sequencing）	内皮特异性PRMT1敲除小鼠	基因表达数据	小鼠模型和肺内皮细胞
3763	2025-03-27	Role and Validation of Lactylation-Related Gene Markers in Postmenopausal Osteoporosis 2025-Mar-25, Applied biochemistry and biotechnology IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s12010-025-05216-1 PMID:40131629	研究论文	本研究探讨了乳酸化相关基因标记在绝经后骨质疏松症中的作用及其验证	首次利用单细胞RNA测序数据和转录组数据，结合机器学习算法，揭示了乳酸化相关基因在绝经后骨质疏松症中的重要作用，并构建了诊断模型	研究样本量有限，且未进行实验验证	探究乳酸化相关基因在绝经后骨质疏松症中的作用，并寻找潜在的诊断生物标志物	绝经后骨质疏松症患者	数字病理学	骨质疏松症	scRNA-seq, 转录组测序, Mendelian randomization (MR) 分析	机器学习算法组合	单细胞RNA测序数据, 转录组数据	未明确提及具体样本数量
3764	2025-03-27	Macrophage Subpopulation Promotes Skeletal Muscle Regeneration Through HGF/MET Signaling-Mediated Skeletal Muscle Stem Cell Proliferation 2025-Mar-25, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70042 PMID:40132988	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了巨噬细胞亚群Mac_1通过HGF/MET信号通路促进骨骼肌干细胞增殖，从而促进骨骼肌再生的机制	首次鉴定出促进骨骼肌再生的巨噬细胞亚群Mac_1，并阐明其通过HGF/c-Met信号通路抑制Cdkn1b表达来促进肌肉卫星细胞增殖的分子机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究骨骼肌再生过程中巨噬细胞亚群的作用及其分子机制	年轻(8周龄)和老年(24月龄)小鼠的骨骼肌组织和肌肉卫星细胞	细胞生物学	肌肉疾病	单细胞RNA测序	3D肌肉类器官模型	基因表达数据	年轻和老年小鼠的骨骼肌组织
3765	2025-03-27	Checkpoint kinase 1 in colorectal cancer: Upregulation of expression and promotion of cell proliferation 2025-Mar-24, World journal of clinical oncology IF:2.6Q3 DOI:10.5306/wjco.v16.i3.101725 PMID:40130044	研究论文	本研究探讨了检查点激酶1（CHEK1）在结直肠癌（CRC）中的表达及其对癌细胞增殖的促进作用	首次通过单细胞RNA测序和组织微阵列数据全面分析CHEK1在CRC中的表达和功能，并探索其作为治疗靶点的潜力	数据集多样性有限，需要进一步研究其具体机制	研究CHEK1在CRC中的表达和功能，探索其作为新型治疗靶点的潜力	结直肠癌细胞和组织	癌症研究	结直肠癌	单细胞RNA测序、免疫组织化学、分子对接、CRISPR敲除实验	NA	RNA测序数据、组织微阵列数据、公共数据库mRNA表达数据	GSE144735数据集中的CRC细胞及多个公共数据库中的mRNA表达数据
3766	2025-03-27	Bulk and single-cell RNA sequencing reveal the roles of neutrophils in pediatric Crohn's disease 2025-Mar-22, Pediatric research IF:3.1Q1 DOI:10.1038/s41390-025-03961-x PMID:40121337	research paper	本研究通过单细胞和批量RNA测序技术，探索了中性粒细胞在儿童克罗恩病中的作用及其潜在生物标志物和治疗靶点	揭示了中性粒细胞在克罗恩病中的数量和功能状态变化，及其与其他细胞类型的增强相互作用，提出了中性粒细胞作为治疗靶点的潜力	研究样本仅限于回肠和结肠活检样本，可能无法全面反映克罗恩病的整体情况	探索克罗恩病的分子机制、细胞类型及其潜在生物标志物和治疗靶点	儿童克罗恩病患者的中性粒细胞	digital pathology	Crohn's disease	single-cell RNA sequencing, bulk RNA sequencing	NA	RNA sequencing data	回肠和结肠活检样本
3767	2025-03-27	Mapping Gene Expression in Whole Larval Brains of Bicyclus anynana Butterflies 2025-Mar-13, Methods and protocols IF:2.3Q3 DOI:10.3390/mps8020031 PMID:40126249	研究论文	优化了杂交链反应3.0（HCR v3.0）协议，以可视化非洲蝴蝶幼虫大脑中多个RNA分子的表达	优化了聚丙烯酰胺凝胶固定、固定和样品渗透步骤，并在单细胞分辨率下绘制了十个基因在幼虫全脑组织中的表达域	未提及具体局限性	研究蝴蝶幼虫大脑在分子水平上的行为变化	非洲蝴蝶（Bicyclus anynana）的幼虫大脑	分子生物学	NA	杂交链反应3.0（HCR v3.0）	NA	RNA分子表达数据	未提及具体样本数量
3768	2025-03-27	Single-Cell Transcriptomic Approaches for Decoding Non-Coding RNA Mechanisms in Colorectal Cancer 2025-Mar-10, Non-coding RNA IF:3.6Q2 DOI:10.3390/ncrna11020024 PMID:40126348	综述	本文综述了单细胞转录组学方法在解码结直肠癌中非编码RNA机制方面的最新进展	强调了单细胞生物信息学方法在非编码RNA分析中的应用，包括序列和结构基础的方法、机器学习应用以及多组学数据整合	未提及具体的研究局限性	综述单细胞生物信息学在结直肠癌非编码RNA研究中的现状并展望未来方向	结直肠癌中的非编码RNA	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	机器学习	转录组数据	NA
3769	2025-03-27	Myeloma cell-intrinsic ANXA1 elevation and T cell dysfunction contribute to BCMA-negative relapse after CAR-T therapy 2025-Mar-08, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.03.001 PMID:40057828	research paper	该研究探讨了多发性骨髓瘤（MM）在抗B细胞成熟抗原（BCMA）CAR-T细胞治疗后复发的原因，发现ANXA1的高表达与BCMA阴性复发相关	首次发现ANXA1的高表达与BCMA阴性多发性骨髓瘤复发相关，并验证了ANXA1作为潜在治疗靶点的有效性	研究样本量较小，仅基于单例患者的单细胞转录组测序数据	探究多发性骨髓瘤在CAR-T细胞治疗后BCMA阴性复发的机制	多发性骨髓瘤患者和CAR-T细胞	肿瘤免疫治疗	多发性骨髓瘤	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	1例CAR-T治疗后复发的多发性骨髓瘤患者
3770	2025-03-27	Spatially Resolved Single-Cell Transcriptome Analysis of Mycosis Fungoides Reveals Distinct Biomarkers GNLY and FYB1 Compared With Psoriasis and Chronic Spongiotic Dermatitis 2025-Mar, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2024.100681 PMID:39675427	research paper	通过空间分辨单细胞转录组分析，研究蕈样肉芽肿（MF）与银屑病及慢性海绵性皮炎的差异生物标志物GNLY和FYB1	首次利用空间分辨单细胞转录组技术鉴定出GNLY和FYB1作为区分MF与银屑病及慢性海绵性皮炎的特异性生物标志物	样本量相对有限（150例患者），且免疫组化验证的敏感性和特异性仍有提升空间	探索区分蕈样肉芽肿与炎症性皮肤病的诊断标志物	蕈样肉芽肿、银屑病和慢性海绵性皮炎患者的表皮内T细胞	digital pathology	skin disease	spatially resolved single-cell transcriptome analysis, immunohistochemistry	NA	transcriptomic data, immunohistochemical data	150例患者（56例MF，48例银屑病，46例慢性湿疹）
3771	2025-03-27	Esr1-Dependent Signaling and Transcriptional Maturation in the Medial Preoptic Area of the Hypothalamus Shapes the Development of Mating Behavior during Adolescence 2025-Feb-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.26.640339 PMID:40060480	research paper	本研究探讨了青春期期间内侧视前区（MPOA）的转录动态及其对交配行为发展的影响	揭示了雌激素受体1（Esr1）在青春期MPOA GABA能神经元转录成熟中的关键作用，并发现了性别特异的基因调控网络	研究仅在小鼠中进行，未涉及人类或其他哺乳动物	探究青春期期间MPOA的转录动态及其对交配行为发展的影响	青春期发育期间的雄性和雌性小鼠	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）和杂交技术	NA	RNA测序数据	雄性和雌性小鼠
3772	2025-03-27	CD271 regulates osteogenic differentiation of ectomesenchymal stem cells via the RhoA/ROCK signaling pathway 2025-Feb-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114068 PMID:39826451	research paper	本研究探讨了CD271通过RhoA/ROCK信号通路调控外间充质干细胞（EMSCs）成骨分化的机制	揭示了CD271通过RhoA/ROCK信号通路调控EMSCs成骨分化的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类细胞中进行验证	探究CD271对EMSCs成骨分化的影响及其分子机制	外间充质干细胞（EMSCs）和小鼠下颌骨发育	干细胞生物学	颌骨发育异常	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	CD271缺陷小鼠
3773	2025-03-27	mitoXplorer 3.0, A Web Tool for Exploring Mitochondrial Dynamics in Single-cell RNA-seq Data 2025-Feb-12, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169004 PMID:40133780	研究论文	介绍了一个名为mitoXplorer 3.0的网络工具，用于探索单细胞RNA测序数据中的线粒体动态	mitoXplorer 3.0新增了适应单细胞测序数据分析的功能，包括生成仅包含线粒体相关基因的单细胞表达矩阵，并提供交互式界面用于分析细胞间的变异性	NA	研究线粒体在不同细胞类型和单细胞分辨率下的功能和动态	线粒体在单细胞RNA测序数据中的动态	生物信息学	脊髓小脑共济失调1型	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	NA
3774	2025-03-27	Arctiin alleviates knee osteoarthritis by suppressing chondrocyte oxidative stress induced by accumulated iron via AKT/NRF2/HO-1 signaling pathway 2024-12-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-83383-7 PMID:39738432	研究论文	研究探讨了Arctiin（ARC）通过抑制铁积累诱导的软骨细胞氧化应激，减轻膝骨关节炎（KOA）的作用机制	首次揭示了ARC通过AKT/NRF2/HO-1信号通路减轻KOA中软骨细胞氧化应激的作用	研究未涉及ARC在人体中的长期安全性和有效性	阐明ARC在铁积累诱导的KOA中的治疗作用及其机制	膝骨关节炎患者的软骨细胞	骨关节炎研究	膝骨关节炎	单细胞RNA测序、CCK-8检测、Annexin V-FITC/PI染色、Q-RTPCR、Western Blotting、Micro-CT、Safranin O-Fast Green染色	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据、影像数据	未明确说明样本数量，涉及KOA患者和非KOA个体的软骨细胞
3775	2025-03-27	Integrated analyses of Mendelian randomization, eQTL, and single-cell transcriptome identify CCN3 as a potential biomarker in aortic dissection 2024-12-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-83611-0 PMID:39738466	研究论文	本研究通过整合孟德尔随机化、eQTL和单细胞转录组分析，探讨血浆分泌蛋白作为主动脉夹层(AD)潜在生物标志物的可能性，并鉴定出CCN3作为潜在的保护性生物标志物	首次整合多种分析方法鉴定AD相关血浆蛋白生物标志物，并发现CCN3在AD中的保护作用	样本量有限，需要更大规模研究验证结果	探索主动脉夹层的血浆蛋白生物标志物	主动脉夹层患者和健康对照	生物信息学	心血管疾病	GWAS、eQTL分析、单细胞转录组测序、qPCR、ELISA	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质数据	三个GEO数据集和实验验证样本（数量未明确说明）
3776	2025-03-27	Claudin 7 suppresses invasion and metastasis through repression of a smooth muscle actin program 2024-Dec-02, The Journal of cell biology IF:7.4Q1 DOI:10.1083/jcb.202311002 PMID:39320351	research paper	研究揭示了Claudin 7通过抑制平滑肌肌动蛋白相关基因的表达来抑制乳腺癌的侵袭和转移	首次明确了Claudin 7在乳腺癌转移中的抑制作用及其通过调控平滑肌肌动蛋白相关基因的机制	研究主要基于小鼠模型和人类细胞系，尚未在更广泛的临床样本中验证	探究Claudin 7在乳腺癌侵袭和转移中的作用机制	小鼠乳腺癌模型器官、人类细胞系、新鲜人类肿瘤组织、RNA-seq数据	癌症生物学	乳腺癌	RNA-seq、单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	小鼠乳腺癌模型器官、人类细胞系、新鲜人类肿瘤组织及公共RNA-seq数据
3777	2025-03-27	Different gene expression patterns between mouse and human brain pericytes revealed by single-cell/nucleus RNA sequencing 2024-12, Vascular pharmacology IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.vph.2024.107434 PMID:39423955	研究论文	通过单细胞/核RNA测序技术比较了小鼠和人类大脑周细胞的基因表达模式	首次系统地比较了小鼠和人类大脑周细胞的基因表达差异，并识别了物种特异性基因	研究仅基于两种单细胞RNA测序平台的数据，可能未涵盖所有潜在的基因表达差异	比较小鼠和人类大脑周细胞的基因表达模式，为周细胞的转化研究提供资源	小鼠和人类大脑周细胞	基因组学	神经系统疾病	单细胞/核RNA测序（Smart-seq和10x）	NA	RNA测序数据	四个小鼠和人类成年大脑周细胞的单细胞/核RNA测序数据集
3778	2025-03-27	Targeting GSDME-mediated macrophage polarization for enhanced antitumor immunity in hepatocellular carcinoma 2024-Dec, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-024-01231-0 PMID:39496854	研究论文	本研究探讨了GSDME介导的巨噬细胞极化在肝细胞癌（HCC）抗肿瘤免疫中的作用及其潜在治疗策略	发现GSDME在抗PD1耐药患者中显著上调，并揭示了GSDME通过激活PI3K-AKT通路促进M2样巨噬细胞极化的机制，提出Eliprodil与抗PD1联合治疗的新策略	样本量较小（仅9例HCC患者），需要更大规模的临床研究验证	探索增强肝细胞癌抗肿瘤免疫的新机制和治疗策略	肝细胞癌患者肿瘤组织、肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）、CD8+T细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	RNA测序、单细胞测序、流式细胞术	c-Myc+/+;Alb-Cre+/+小鼠自发性HCC模型、尾静脉注射模型	RNA测序数据、单细胞测序数据、流式细胞数据	9例HCC患者的肿瘤组织
3779	2025-03-27	Spatially resolved analysis of pancreatic cancer identifies therapy-associated remodeling of the tumor microenvironment 2024-Nov, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01890-9 PMID:39227743	研究论文	利用单细胞空间转录组学分析胰腺癌肿瘤微环境在化疗和放疗后的重塑过程	开发了SCOTIA模型，结合空间距离和配体-受体基因表达分析细胞间相互作用，揭示了治疗导致的癌症相关成纤维细胞与恶性细胞间配体-受体相互作用的显著变化	研究主要基于胰腺癌，结果在其他癌症类型中的普适性有待验证	探究胰腺癌肿瘤微环境在治疗后的重塑机制	人类胰腺癌组织	数字病理学	胰腺癌	单细胞空间转录组学	SCOTIA (空间约束最优输运相互作用分析)	空间转录组数据	NA
3780	2025-03-27	Base editing screens define the genetic landscape of cancer drug resistance mechanisms 2024-Nov, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01948-8 PMID:39424923	research paper	该研究通过CRISPR碱基编辑突变筛选，前瞻性地识别了四种癌细胞系对十种肿瘤药物的耐药性遗传机制	利用CRISPR碱基编辑技术前瞻性地识别耐药性机制，并通过单细胞转录组学揭示这些变异通过不同机制发挥作用	研究仅基于四种癌细胞系，可能无法全面反映所有癌症类型的耐药性机制	识别癌症药物耐药性的遗传机制，以改善患者分层、治疗组合和药物调度	四种癌细胞系	癌症研究	癌症	CRISPR碱基编辑，单细胞转录组学	NA	基因组数据，转录组数据	四种癌细胞系，32,476种变异