单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3761	2025-02-08	Single-cell transcriptome analysis revealing mechanotransduction via the Hippo/YAP pathway in promoting fibroblast-to-myofibroblast transition and idiopathic pulmonary fibrosis development 2025-Apr-05, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149271 PMID:39855369	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了机械转导通过Hippo/YAP途径促进成纤维细胞向肌成纤维细胞转变以及特发性肺纤维化（IPF）发展的分子机制	揭示了机械应力通过Hippo/YAP途径在成纤维细胞向肌成纤维细胞转变中的关键作用，为理解IPF的发病机制提供了新的见解	研究中使用的细胞模型可能无法完全模拟体内复杂的机械微环境	探索促进特发性肺纤维化（IPF）发展的潜在分子机制	IPF患者和健康个体的肺组织样本，以及MRC-5肺成纤维细胞	生物信息学	肺纤维化	单细胞转录组测序，基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析	NA	转录组数据，单细胞测序数据	IPF患者和健康个体的肺组织样本
3762	2025-02-08	Creatine promotes endometriosis progression by inducing M2 polarization of peritoneal macrophages 2025-Mar-01, Reproduction (Cambridge, England) DOI:10.1530/REP-24-0278 PMID:39679878	研究论文	本研究揭示了肌酸（CR）通过诱导腹膜巨噬细胞的M2极化，促进子宫内膜异位症（EM）的血管生成、纤维化和病变进展，为潜在的治疗策略提供了新的见解	首次发现肌酸在子宫内膜异位症中通过诱导腹膜巨噬细胞的M2极化，促进病变进展，为治疗提供了新的靶点	研究主要基于体外实验，需要进一步的体内实验验证	探讨肌酸在子宫内膜异位症中的作用机制	子宫内膜异位症患者的腹膜巨噬细胞	NA	子宫内膜异位症	单细胞测序、RNA测序	NA	基因表达数据	子宫内膜异位症患者与无病女性的腹膜巨噬细胞
3763	2025-02-08	TEAD3 and TEAD4 play overlapping role in bovine preimplantation development 2025-Mar-01, Reproduction (Cambridge, England) DOI:10.1530/REP-24-0307 PMID:39679917	研究论文	本研究探讨了TEAD3和TEAD4在牛胚胎植入前发育中对滋养外胚层命运决定的重叠作用	揭示了TEAD3和TEAD4在牛胚胎植入前发育中的冗余功能，与小鼠模型中的发现形成对比	研究仅限于牛胚胎，未涉及其他哺乳动物	确定TEAD3在牛胚胎植入前发育中的功能角色	牛胚胎植入前发育	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、RNA干扰、碱基编辑技术	NA	RNA测序数据、免疫荧光数据	未明确提及样本数量
3764	2025-02-08	Microglial Responses to Alzheimer's Disease Pathology: Insights From "Omics" Studies 2025-Mar, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24666 PMID:39760224	综述	本文综述了利用多种组学技术研究阿尔茨海默病（AD）中小胶质细胞反应的方法和发现	综合了多种组学技术（如转录组学、表观基因组学、空间转录组学、蛋白质组学、脂质组学和代谢组学）在小鼠AD模型中的应用，揭示了小胶质细胞表型和分子模式的异质性	主要基于小鼠模型的研究，可能无法完全反映人类AD的复杂性	探讨小胶质细胞在阿尔茨海默病病理中的作用机制	小胶质细胞和阿尔茨海默病小鼠模型	数字病理学	老年病	转录组学、表观基因组学、空间转录组学、蛋白质组学、脂质组学、代谢组学	NA	组学数据	NA
3765	2025-02-08	Assessing spatial sequencing and imaging approaches to capture the molecular and pathological heterogeneity of archived cancer tissues 2025-Mar, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6383 PMID:39846232	研究论文	本文评估了空间转录组学（ST）和成像方法在捕捉存档癌症组织分子和病理异质性方面的应用	本文创新性地优化了两种测序协议，使其能够处理具有挑战性的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织，并评估了多种成像方法在量化肿瘤异质性方面的表现	研究主要针对皮肤来源的FFPE组织，且样本存储时间跨度较大（4至14年），可能影响结果的普遍性	评估空间转录组学和成像方法在存档癌症组织中的应用，以解析其分子和病理异质性	存档的癌症组织，特别是福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织	数字病理学	癌症	空间转录组学（ST）、多路RNA单分子成像（RNAScope）、多路蛋白成像（CODEX）	NA	图像、基因表达数据	存储时间跨度4至14年的FFPE组织样本
3766	2025-02-08	GALNT5 promotes migration and invasion of pancreatic ductal adenocarcinoma cells by activating Erk signaling pathway 2025-Mar, Biochimica et biophysica acta. General subjects DOI:10.1016/j.bbagen.2025.130769 PMID:39870120	研究论文	本文研究了GALNT5在胰腺导管腺癌（PDAC）中的迁移和侵袭作用及其机制	首次发现GALNT5通过激活Erk信号通路促进PDAC细胞的迁移和侵袭	未涉及GALNT5在其他类型癌症中的作用	探讨GALNT5在PDAC中的功能及其分子机制	胰腺导管腺癌细胞	癌症研究	胰腺癌	RNA-Seq, 单细胞测序	NA	RNA-Seq数据, 单细胞测序数据	TCGA和GTEx数据库中的RNA-Seq数据, 公开可用的单细胞测序数据
3767	2025-02-08	Kindlin-2-mediated hematopoiesis remodeling regulates triple-negative breast cancer immune evasion 2025-Feb-07, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-24-0698 PMID:39918417	研究论文	本研究探讨了Kindlin-2在三阴性乳腺癌（TNBC）进展中的作用，特别是在造血介导的免疫逃逸中的作用	揭示了Kindlin-2通过系统性调节造血和PD-L1表达来调控肿瘤免疫逃逸的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	研究Kindlin-2在TNBC免疫逃逸中的作用及其作为治疗靶点的潜力	三阴性乳腺癌（TNBC）	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、免疫组织化学	NA	RNA测序数据、免疫组织化学数据	肿瘤小鼠模型
3768	2025-02-08	Spatial transcriptomics defines the cell-specific RNA landscape of equine dorsal root ganglia 2025-Feb-06, Veterinary pathology IF:2.3Q1 DOI:10.1177/03009858241312623 PMID:39916473	研究论文	本文通过空间转录组学技术定义了健康成年马背根神经节（DRG）的细胞特异性RNA景观	首次将人类细胞标记物成功应用于马DRG的空间转录组学研究，并确定了不同DRG区域的基因表达差异	研究仅限于健康成年马，未涉及疾病状态下的转录变化	进一步定义马背根神经节的空间转录组景观，以了解其在健康和疾病状态下的细胞特异性转录变化	健康成年马的背根神经节（DRG）	空间转录组学	NA	GeoMx Digital Spatial Profiling	NA	RNA表达数据	NA
3769	2025-02-08	Single-cell transcriptomics reveals novel chondrocyte and osteoblast subtypes and their role in knee osteoarthritis pathogenesis 2025-Feb-05, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02136-8 PMID:39904988	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了膝骨关节炎（KOA）中新的软骨细胞和成骨细胞亚型及其在疾病发病机制中的作用	发现了三种新的软骨细胞亚型，并揭示了它们在KOA发病机制中的具体作用，特别是通过FGF2-FGFR2信号通路促进血管生成	研究基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类	探讨膝骨关节炎的发病机制，特别是软骨下骨重塑与软骨退化之间的相互作用	膝骨关节炎小鼠模型中的软骨细胞和成骨细胞	数字病理学	膝骨关节炎	单细胞转录组学	小鼠模型	单细胞RNA测序数据	膝骨关节炎小鼠模型的软骨下骨和软骨组织
3770	2025-02-08	A novel protein encoded by porcine circANKRD17 activates the PPAR pathway to regulate intramuscular fat metabolism 2025-Feb-05, Journal of animal science and biotechnology IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s40104-025-01153-5 PMID:39905551	研究论文	本研究通过circRNA-seq和Ribo-seq数据筛选出具有编码潜力的circRNA候选物，发现circANKRD17在Lantang猪的长背肌中显著升高，并通过单细胞测序和脂质组学分析揭示了其在脂质代谢中的调控机制	首次发现circANKRD17具有开放阅读框并能翻译成一种新型571氨基酸蛋白质，该蛋白质通过PPAR途径调控脂质代谢	研究主要集中于Lantang和Landrace猪品种，未涉及其他猪品种或物种	探索circRNA在脂质代谢中的调控机制，特别是与肌肉内脂肪含量相关的代谢特性	Lantang和Landrace猪的长背肌细胞	分子生物学	NA	circRNA-seq, Ribo-seq, 单细胞测序, 脂质组学分析	NA	RNA序列数据, 单细胞数据, 脂质组数据	18个circRNA候选物, 477个差异表达基因
3771	2025-02-08	A model-based factorization method for scRNA data unveils bifurcating transcriptional modules underlying cell fate determination 2025-Feb-05, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97424 PMID:39907554	研究论文	本文介绍了一种基于模型的流形学习方法MGPfact，用于从单细胞RNA测序数据中解析复杂的细胞状态空间，并揭示细胞命运决定的转录模块	MGPfact能够将复杂的发育轨迹分解为基因集的独立分叉过程，从而基于相关特征进行轨迹推断，提供了对细胞轨迹背后生物过程的更细致理解	NA	研究目的是开发一种新的流形学习方法，以更好地理解单细胞RNA测序数据中的细胞命运决定过程	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	MGPfact	RNA测序数据	239个数据集
3772	2025-02-08	Deterministic genetic barcoding for multiplexed behavioral and single-cell transcriptomic studies 2025-Feb-05, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.88334 PMID:39908076	研究论文	本文介绍了一种名为TaG-EM的遗传条形码方法，用于在单细胞转录组研究中标记特定细胞群体，并展示了其在行为测量中的应用	提出了一种新的遗传条形码方法TaG-EM，能够在单细胞转录组研究中标记特定细胞群体，并应用于大规模行为筛选	未明确提及具体限制	开发一种方法以在单细胞转录组研究中标记特定细胞群体，并应用于行为测量	果蝇细胞群体	单细胞转录组学	NA	下一代测序（NGS）	NA	单细胞转录组数据	多个独立条形码的果蝇品系
3773	2025-02-08	Current molecular understanding of central nervous system schwannomas 2025-Feb-05, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-025-01937-w PMID:39910685	综述	本文综述了中枢神经系统（CNS）神经鞘瘤的分子生物学研究现状，包括基因突变、基因表达和表观遗传调控等方面的发现	介绍了新的遗传变异，如SH3PXD2A::HTRA1融合基因、VGLL融合基因和SOX10突变，并探讨了单细胞测序和多组学分析在肿瘤微环境和肿瘤异质性研究中的应用	对神经鞘瘤的分子生物学理解仍不完全，存在一些争议和未解决的问题	阐明神经鞘瘤的肿瘤发生和进展机制，为开发新的治疗靶点提供指导	中枢神经系统神经鞘瘤	分子生物学	神经鞘瘤	单细胞测序、多组学分析	NA	基因表达数据、表观遗传数据	NA
3774	2025-02-08	Early downmodulation of tumor glycolysis predicts response to fasting-mimicking diet in triple-negative breast cancer patients 2025-Feb-04, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2024.11.004 PMID:39694040	研究论文	本研究探讨了周期性模拟禁食饮食（FMD）在三阴性乳腺癌（TNBC）患者中的抗肿瘤活性和疗效，特别是在与术前化疗结合使用时	首次在早期TNBC患者中展示了严重热量限制的周期性FMD与术前化疗结合使用的高病理完全缓解率（pCR）和长期临床结果	研究样本量较小（30名患者），需要更大规模的临床试验来验证结果	评估周期性FMD在早期TNBC患者中的疗效，并验证肿瘤内糖酵解的早期变化作为营养限制临床益处的预测因子	早期三阴性乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	RNA测序	NA	RNA测序数据	30名早期TNBC患者
3775	2025-02-08	Fucosylated haptoglobin promotes inflammation via Mincle in sepsis: an observational study 2025-Feb-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56524-3 PMID:39904983	研究论文	本研究揭示了脓毒症患者血浆中Hp的末端岩藻糖基化水平升高及其与炎症反应的关系	首次发现脓毒症患者血浆中Hp的末端岩藻糖基化水平升高，并揭示了其通过Mincle受体放大炎症反应的机制	研究样本量未明确说明，且未探讨Fu-Hp在其他炎症性疾病中的作用	探讨脓毒症患者血浆中Hp的岩藻糖基化修饰及其在炎症反应中的作用	脓毒症患者血浆中的Hp及其岩藻糖基化修饰	生物医学	脓毒症	单细胞RNA测序	NA	血浆样本	NA
3776	2025-02-08	Usp11 maintained the survival of marginal zone B cells under ionizing radiation by deubiquitinating DLL1 and JAG2 2025-Feb-04, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07377-7 PMID:39904982	研究论文	本研究探讨了Usp11在辐射诱导损伤中的作用及其机制，发现Usp11通过去泛素化DLL1和JAG2维持边缘区B细胞的存活	揭示了Usp11通过调控Notch配体的泛素化来维持边缘区B细胞存活的机制，并提出了Usp11作为潜在治疗靶点的可能性	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	阐明Usp11在辐射诱导损伤中的作用及其机制	边缘区B细胞	免疫学	辐射损伤	单细胞测序、免疫荧光、免疫组化、流式细胞术、Co-IP、泛素化实验、ELISA	ARS小鼠模型	细胞数据、组织数据	Usp11敲除小鼠及对照小鼠
3777	2025-02-08	Single-cell profiling reveals a reduced epithelial defense system, decreased immune responses and the immune regulatory roles of different fibroblast subpopulations in chronic atrophic gastritis 2025-Feb-04, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06150-w PMID:39905493	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了慢性萎缩性胃炎（CAG）病变中的关键细胞变化和分子事件	首次使用单细胞RNA测序技术全面解析CAG病变中的细胞变化，特别是揭示了不同成纤维细胞亚群在免疫调节中的作用	样本量较小，仅包括3个CAG活检样本及其配对的正常组织	阐明慢性萎缩性胃炎（CAG）发生的关键细胞变化和分子机制	慢性萎缩性胃炎（CAG）病变中的细胞和分子变化	数字病理学	胃炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	3个CAG活检样本及其配对的正常组织
3778	2025-02-08	CD4+ Effector Memory T Cells Related Marker Gene Signatures in Osteoporosis and Aging: Insight From Single-Cell Analysis and Mendelian Randomization 2025-Feb-04, Combinatorial chemistry & high throughput screening IF:1.6Q3 DOI:10.2174/0113862073353509241205065221 PMID:39917921	研究论文	本研究通过单细胞分析和孟德尔随机化方法，探讨了骨质疏松症（OP）与衰老之间的关系及其共享的分子机制	首次通过单细胞数据整合和孟德尔随机化分析，识别出CD4+效应记忆T细胞（CD4+ TEM）在OP和衰老样本中的核心作用，并揭示了KLRB1、NR4A2和S100A4基因与OP的因果关系	研究主要基于单细胞数据和动物模型，仍需进一步临床验证	探讨骨质疏松症与衰老之间的关系及其分子机制	骨质疏松症患者、衰老个体和健康对照者的外周血单细胞数据	生物信息学	骨质疏松症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、孟德尔随机化（MR）、RT-qPCR	NA	单细胞RNA测序数据	骨质疏松症患者、衰老个体和健康对照者的外周血样本
3779	2025-02-08	Development of BACE2-IN-1/tranylcypromine-based compounds to induce steroidogenesis-dependent neuroprotection 2025-Feb, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2025.117851 PMID:39837213	研究论文	本文开发了基于BACE2-IN-1/tranylcypromine的化合物，以诱导类固醇生成依赖性神经保护，用于治疗创伤性脑损伤（TBI）	通过单细胞RNA测序发现脑创伤增加LSD1和BACE2的表达，并在此基础上设计了一种新型神经保护剂BACE2-IN-1/tranylcypromine-based compound 4，展示了其在减轻线粒体损伤和促进神经代谢恢复方面的潜力	研究主要基于小鼠模型，尚未进行人体临床试验	开发新型神经保护剂以治疗创伤性脑损伤	创伤性脑损伤（TBI）患者	神经科学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠模型
3780	2025-02-08	Comprehensive Single-Cell Chromatin and Transcriptomic Profiling of Peripheral Immune Cells in Non-Segmental Vitiligo 2025-Jan-31, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljaf041 PMID:39888372	研究论文	本研究采用多组学单细胞方法，整合转录组和染色质可及性数据，研究非节段性白癜风（NSV）患者外周血单个核细胞（PBMCs）的系统性免疫失调	首次在NSV患者的PBMCs中进行多组学单细胞研究，揭示了由细胞毒性、抗原呈递、耗竭和调节功能失调驱动的系统性免疫失调	样本量相对较小（NSV患者11例，对照组5例），尽管在扩展队列中进行了验证，但仍需更大规模的研究来进一步验证这些发现	研究非节段性白癜风（NSV）患者外周血单个核细胞（PBMCs）的系统性免疫失调机制	非节段性白癜风（NSV）患者和健康对照组的外周血单个核细胞（PBMCs）	单细胞组学	白癜风	scRNA-seq/scATAC-seq, 光谱流式细胞术	NA	单细胞转录组数据, 染色质可及性数据	NSV患者11例，对照组5例（初始研究）；NSV患者16例，对照组9例（扩展验证）