本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3741 | 2025-10-06 | Single-cell transcriptome analyses reveal the mechanism of mitochondrial activity in erectile dysfunction 
          2025-Jun, Sexual medicine
          
          IF:2.6Q2
          
         
          DOI:10.1093/sexmed/qfaf049
          PMID:40689149
         | 研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示线粒体活性在勃起功能障碍中的机制 | 首次在单细胞水平系统表征ED的细胞景观,发现成纤维细胞和内皮细胞中线粒体异质性与ED的关联 | 样本代表性有限且缺乏直接实验验证 | 研究线粒体功能对细胞异质性的影响 | 勃起功能障碍患者样本 | 单细胞组学 | 勃起功能障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 64,993个高质量细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 3742 | 2025-10-06 | Preterm birth increases susceptibility to hyperglycemia induced glomerular alterations in male mice 
          2025-May-29, Scientific reports
          
          IF:3.8Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41598-025-00103-5
          PMID:40442182
         | 研究论文 | 本研究探讨早产如何增加雄性小鼠在高血糖条件下肾小球和肾小管损伤的易感性 | 首次揭示早产通过破坏内皮细胞-足细胞相互作用增加糖尿病肾病易感性的机制 | 仅使用雄性小鼠模型,未研究雌性个体的反应 | 确定早产对高血糖暴露后肾脏健康的影响 | CD-1品系早产(19天孕龄)和足月产(20天孕龄)雄性小鼠 | 肾脏病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序,组织学分析,分子生物学技术,成像技术 | 小鼠糖尿病模型 | 基因表达数据,组织图像,生理参数 | 早产和足月产雄性小鼠群体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 3743 | 2025-10-06 | D-SPIN constructs gene regulatory network models from multiplexed scRNA-seq data revealing organizing principles of cellular perturbation response 
          2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology
          
         
          DOI:10.1101/2023.04.19.537364
          PMID:37131803
         | 研究论文 | 提出D-SPIN计算框架,从多重单细胞RNA测序数据构建基因调控网络模型 | 开发能处理数千种不同扰动条件的单细胞mRNA-seq数据的概率建模框架 | NA | 揭示细胞信息处理和生理控制原理 | 基因调控网络和细胞状态分布 | 计算生物学 | NA | 单细胞mRNA测序 | 概率模型 | 单细胞RNA测序数据 | 数千种不同扰动条件 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 3744 | 2025-10-06 | Quantification of single cell-type-specific alternative transcript initiation 
          2025-May-04, bioRxiv : the preprint server for biology
          
         
          DOI:10.1101/2025.04.29.651292
          PMID:40654755
         | 研究论文 | 开发了一种名为TSRdetector的新型生物信息学方法,用于检测不同组织、细胞类型或疾病中基因转录起始区域使用的显著变化 | 首个专门设计用于在单细胞类型水平分析基因转录起始区域差异使用的生物信息学工具 | 方法验证仅限于肾脏疾病、B细胞分化和多能性转换等特定生物学场景 | 探索不同组织和细胞类型中基因转录起始区域的选择性激活机制 | 人类肾脏细胞、小鼠B细胞、人类胚胎干细胞 | 生物信息学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | 生物信息学算法 | RNA测序数据 | 多个数据集(包括健康与糖尿病患者肾脏、小鼠B细胞分化、人类ESC多能性转换) | 10x Genomics | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | 10x Chromium | 10x单核RNA测序 | 
| 3745 | 2025-10-06 | Neural signaling contributes to heart formation and growth in the invertebrate chordate, Ciona robusta 
          2025-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology
          
         
          DOI:10.1101/2025.04.28.651085
          PMID:40654768
         | 研究论文 | 本研究揭示神经肽速激肽与经典Wnt信号通路共同调控海鞘心肌细胞祖细胞增殖的机制 | 首次在无脊椎脊索动物中发现神经元通过速激肽信号直接调控心脏发育,并鉴定出心肌祖细胞的两种空间亚群 | 研究仅限于海鞘模型,在脊椎动物中的普适性仍需验证 | 探究神经信号在心脏发育和生长调控中的作用机制 | Ciona robusta(海鞘)成年个体的心脏组织 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, CRISPR-Cas9基因敲除, 药理学抑制 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 3746 | 2025-10-06 | Integrating Single-Cell Sequencing and Transcriptome Analysis to Investigate the Role of Ferroptosis in Ischemic Stroke and the Molecular Mechanisms of Immune Checkpoints 
          2025-05, World neurosurgery
          
          IF:1.9Q2
          
         
          DOI:10.1016/j.wneu.2025.123908
          PMID:40118372
         | 研究论文 | 通过整合单细胞测序和转录组分析,研究铁死亡在缺血性脑卒中中的作用及免疫检查点的分子机制 | 首次结合单细胞转录组数据和机器学习算法识别缺血性脑卒中中铁死亡相关关键基因,并探索其与免疫细胞浸润的关联 | 研究基于单一数据集GSE247474,需要更多独立队列验证 | 识别缺血性脑卒中中铁死亡相关关键基因,探索其分子机制和早期诊断价值 | 星形胶质细胞和T细胞亚群 | 生物信息学 | 缺血性脑卒中 | 单细胞RNA-seq, 转录组分析 | Lasso回归, 支持向量机 | 单细胞转录组数据 | GSE247474数据集中的样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 3747 | 2025-10-06 | Glutathione accelerates the cell cycle and cellular reprogramming in plant regeneration 
          2025-04-21, Developmental cell
          
          IF:10.7Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.019
          PMID:39755116
         | 研究论文 | 本研究揭示了谷胱甘肽通过加速细胞周期促进植物再生的分子机制 | 首次发现谷胱甘肽在细胞G1期出现瞬时核内峰值,并通过缩短G1期加速细胞分裂和重编程 | 研究仅限于拟南芥根系,尚未在其他植物或组织中验证 | 探究细胞周期在细胞重编程过程中的作用机制 | 拟南芥根系细胞 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序,活体成像 | NA | 基因表达数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 3748 | 2025-10-06 | A simplified preparation method for single-nucleus RNA-sequencing using long-term frozen brain tumor tissues 
          2025-Apr-14, Scientific reports
          
          IF:3.8Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41598-025-97053-9
          PMID:40229354
         | 研究论文 | 开发了一种适用于长期冷冻脑肿瘤组织的简化单核RNA测序制备方法 | 优化了从长期冷冻儿科神经胶质瘤组织中分离完整细胞核的方法,并改进了3'测序文库以包含更短的RNA片段 | 主要针对冷冻脑肿瘤组织,对其他组织类型的适用性需进一步验证 | 开发适用于冷冻组织的单核RNA测序方法 | 儿科神经胶质瘤组织 | 单细胞测序 | 脑肿瘤 | 单核RNA测序(snRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单核RNA测序 | NA | 适用于液滴基和板基单细胞测序平台 | 
| 3749 | 2025-10-06 | Long-lasting B cell convergence to distinct broadly reactive epitopes following vaccination with chimeric influenza virus hemagglutinins 
          2025-Apr-08, Immunity
          
          IF:25.5Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.immuni.2025.02.025
          PMID:40132593
         | 研究论文 | 通过单细胞测序分析嵌合血凝素疫苗诱导的B细胞应答特性 | 首次结合单细胞RNA测序和B细胞受体 repertoire 测序分析cHA疫苗诱导的B细胞特异性、功能和亚群 | 仅为一期临床试验结果,样本量有限 | 评估嵌合血凝素疫苗诱导的B细胞应答特性 | 疫苗接种后的人类B细胞 | 免疫学 | 流感 | 单细胞RNA测序, B细胞受体 repertoire 测序 | NA | 单细胞转录组数据, B细胞受体序列数据 | 一期临床试验参与者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 3750 | 2025-10-06 | Expansion of OSMR expression and signaling in the human dorsal root ganglion links OSM to neuropathic pain 
          2025-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology
          
         
          DOI:10.1101/2025.03.26.645611
          PMID:40236060
         | 研究论文 | 本研究揭示了OSM-OSMR信号通路在人类背根神经节中的表达扩展及其与神经病理性疼痛的关联 | 发现人类背根神经节中OSMR表达的物种特异性扩展,证明OSM通过MAPK信号直接激活感觉神经元并诱导疼痛相关转录组特征 | 研究主要基于体外实验和转录组分析,需要进一步体内验证 | 探究OSM-OSMR信号通路在神经病理性疼痛中的作用机制 | 人类背根神经节组织和神经元 | 神经科学 | 神经病理性疼痛 | RNA测序,原位杂交,免疫组织化学,膜片钳电生理,CRISPR编辑 | NA | 转录组数据,电生理数据,图像数据 | 神经病理性疼痛患者的背根神经节样本 | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA | 
| 3751 | 2025-10-06 | DNTT-mediated DNA damage response drives inotuzumab ozogamicin resistance in B-cell acute lymphoblastic leukemia 
          2025-Mar-13, Blood
          
          IF:21.0Q1
          
         
          DOI:10.1182/blood.2024026085
          PMID:39791601
         | 研究论文 | 本研究通过CRISPR筛选发现DNTT缺失是B细胞急性淋巴细胞白血病对伊珠单抗奥佐米星耐药的主要驱动因素 | 首次揭示DNTT通过调控DNA损伤反应在伊珠单抗奥佐米星耐药中的关键作用机制 | 耐药机制的临床转化应用仍需进一步验证 | 探究B细胞急性淋巴细胞白血病对伊珠单抗奥佐米星耐药的遗传基础 | B细胞急性淋巴细胞白血病细胞系和患者样本 | 癌症生物学 | B细胞急性淋巴细胞白血病 | 全基因组CRISPR筛选, 单细胞RNA测序 | 患者来源异种移植模型 | 基因组数据, 转录组数据 | 儿童肿瘤学组AALL1621试验的B-ALL患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 3752 | 2025-10-06 | Efficient count-based models improve power and robustness for large-scale single-cell eQTL mapping 
          2025-Mar-05, medRxiv : the preprint server for health sciences
          
         
          DOI:10.1101/2025.01.18.25320755
          PMID:40093202
         | 研究论文 | 提出jaxQTL框架,使用基于计数的模型进行大规模单细胞eQTL定位 | 开发了灵活高效的基于计数模型的单细胞eQTL定位框架,能够识别低表达eGene并提高检测能力 | NA | 改进大规模单细胞eQTL定位的效率和准确性 | 单细胞转录组数据和遗传变异数据 | 生物信息学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序 | 负二项模型 | 单细胞转录组计数数据 | 982个样本(OneK1K数据集) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 3753 | 2025-10-06 | Endogenously generated Dutch-type Aβ nonfibrillar aggregates dysregulate presynaptic neurotransmission in the absence of detectable inflammation 
          2025-Mar-01, bioRxiv : the preprint server for biology
          
         
          DOI:10.1101/2025.02.25.639746
          PMID:40060689
         | 研究论文 | 本研究探讨荷兰型Aβ非纤维聚集体对突触前神经传递的调控作用及其分子机制 | 首次揭示内源性非纤维Aβ聚集体在无炎症反应情况下直接导致突触前功能异常 | 研究仅使用转基因小鼠模型,未在人类样本中验证 | 探究荷兰型Aβ非纤维聚集体对神经突触功能的影响机制 | 转基因小鼠模型 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 电子显微镜, 线粒体复合物活性检测 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据, 图像数据, 生理功能数据 | 转基因小鼠样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 3754 | 2025-10-06 | TAp63γ is the primary isoform of TP63 for tumor suppression but not development 
          2025-Feb-06, Cell death discovery
          
          IF:6.1Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41420-025-02326-x
          PMID:39915463
         | 研究论文 | 本研究通过基因编辑小鼠模型揭示TP63γ亚型在肿瘤抑制中的关键作用 | 首次证明TP63γ而非TAp63α是TP63介导肿瘤抑制的主要亚型,并阐明其通过调节炎症反应和脂质代谢发挥功能 | 研究仅基于小鼠模型,人类中的功能需要进一步验证 | 探究p63γ亚型的生物学功能及其在肿瘤抑制中的作用机制 | p63γ基因敲除小鼠模型 | 分子生物学 | 肿瘤 | CRISPR-cas9基因编辑, 单细胞RNA测序 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 3755 | 2025-10-06 | Transcript-specific enrichment enables profiling of rare cell states via single-cell RNA sequencing 
          2025-Feb, Nature genetics
          
          IF:31.7Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41588-024-02036-7
          PMID:39779958
         | 研究论文 | 开发了一种名为PERFF-seq的可扩展单细胞RNA测序方法,能够通过特定RNA转录本丰度分析稀有细胞亚群 | 提出了基于RNA流式细胞术的程序化分选方法,克服了传统基于细胞表面蛋白标记分选的局限性 | NA | 开发能够分析稀有细胞状态的新型单细胞RNA测序技术 | 免疫细胞群体和脑组织细胞 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序,RNA流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 184,126个细胞(免疫群体)和33,145个细胞核(脑组织) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 3756 | 2025-10-06 | Development of Monoclonal Antibodies for Identifying Plant-Parasitic Nematodes 
          2025-Feb, Journal of nematology
          
          IF:1.4Q2
          
         
          DOI:10.2478/jofnem-2025-0024
          PMID:40687771
         | 研究论文 | 本研究开发了用于植物寄生线虫鉴定的单克隆抗体技术 | 首次利用单细胞RNA测序技术从免疫小鼠的成熟B细胞中生成数万种单克隆抗体的核苷酸序列信息用于鉴定目的 | 目前仅通过体外合成两种单克隆抗体进行了概念验证,尚未大规模应用 | 开发更精确的植物寄生线虫鉴定方法以区分致病性或毒力变异 | 植物寄生线虫及其抗原分子 | 生物技术 | 植物寄生虫病 | 单细胞RNA-seq, ELISA | NA | RNA序列数据, 免疫测定数据 | 免疫小鼠的成熟B细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 3757 | 2025-10-06 | Hepatocellular carcinoma hosts cholinergic neural cells and tumoral hepatocytes harboring targetable muscarinic receptors 
          2025-Jan, JHEP reports : innovation in hepatology
          
          IF:9.5Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101245
          PMID:39717507
         | 研究论文 | 本研究鉴定肝细胞癌中存在胆碱能神经细胞和表达靶向性毒蕈碱受体的肿瘤肝细胞 | 首次在人类肝细胞癌中发现密集的DCX+、synaptophysin+、NeuN+、VAChT+神经细胞簇,提出神经元评分新概念,揭示胆碱能极性重构与HCC进展的关联 | 研究主要基于回顾性队列和体外实验,需要前瞻性临床试验验证胆碱能药物的治疗效果 | 探索肝细胞癌中神经支配特征及其在肿瘤发生发展中的作用 | 人类肝细胞癌组织、TCGA数据集、欧洲验证队列、大鼠HCC模型、HCC细胞系 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、生物信息学分析、细胞生物学研究、药理学研究 | NA | 组织样本、测序数据、临床数据 | 法国肝脏生物库、TCGA数据集、多个其他数据集、欧洲验证队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 3758 | 2025-10-06 | Cell signaling characterization for spatial transcriptomics (ST) data using network analysis 
          2025, Complex networks & their applications XIII : proceedings of the thirteenth International Conference on Complex Networks and Their Applications: COMPLEX NETWORKS 2024. Volume 1. International Conference on Complex Networks and Their Appl...
          
         
          DOI:10.1007/978-3-031-82435-7_32
          PMID:40510773
         | 研究论文 | 开发了一种基于网络分析的空间转录组学细胞通讯方法 | 提出使用低维嵌入构建空间转录组数据的网络模型,能够同时捕捉配体和受体的表达异质性 | 仅在真实ST数据集上验证了三种相互作用,验证范围有限 | 开发空间转录组数据的细胞通讯分析方法 | 空间转录组数据中的配体-受体相互作用 | 空间转录组学 | NA | 网络分析 | 网络模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA | 
| 3759 | 2025-10-06 | Melanocyte dysfunctions: future and promise of stem cells 
          2025, American journal of stem cells
          
          IF:1.5Q4
          
         
          DOI:10.62347/EOIC7075
          PMID:40686746
         | 综述 | 本文综述了黑素细胞干细胞在皮肤色素沉着和相关疾病中的关键作用及其治疗潜力 | 系统整合了单细胞RNA测序、空间转录组学等前沿技术对黑素细胞干细胞生物学特性的最新发现 | 对黑素细胞功能障碍条件下黑素细胞干细胞特性的全面理解仍显不足 | 探讨黑素细胞干细胞在皮肤稳态维持和再生医学中的应用前景 | 人类黑素细胞和黑素细胞干细胞 | 再生医学 | 白癜风 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,基因编辑,全基因组测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA | 
| 3760 | 2025-10-06 | Single-Cell Transcriptome Analyses of Four Pain Related Genes in Osteosarcoma 
          2025, Cancer informatics
          
          IF:2.4Q3
          
         
          DOI:10.1177/11769351251331508
          PMID:40686838
         | 研究论文 | 通过单细胞转录组分析研究骨肉瘤中四个疼痛相关基因的表达模式 | 首次在骨肉瘤中利用单细胞RNA测序技术分析ARTN、PSPN、GDNF和NRTN这四个疼痛相关基因在不同细胞类型中的表达差异 | 仅分析了四个特定基因的表达模式,未深入探讨其功能机制 | 研究骨肉瘤中疼痛相关基因在不同细胞类型中的表达特征 | 人类骨肉瘤组织和16个骨肉瘤细胞系 | 单细胞转录组学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类骨肉瘤组织和16个骨肉瘤细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |