单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3741	2025-03-03	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Extensive Heterogeneity and Unique Gene Trajectories in Non-Transformed and Transformed Human Lung Epithelial Cells: Insights into the Role of LncRNAs in Tumor Heterogeneity 2025-Feb-16, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26041690 PMID:40004153	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了非转化和转化的人类肺上皮细胞的转录组异质性，揭示了长链非编码RNA在肿瘤异质性中的作用	使用单细胞RNA测序技术揭示非转化和转化肺上皮细胞的转录组异质性，并特别关注长链非编码RNA的作用	研究仅限于两种肺上皮细胞系，未涉及更多类型的细胞或体内环境	探索肺上皮细胞在非转化和转化状态下的转录组异质性，特别是长链非编码RNA的作用	非转化（BEAS2B）和转化（H460）的人类肺上皮细胞系	生物信息学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	两种肺上皮细胞系（BEAS2B和H460）
3742	2025-03-03	YY1 knockout in pro-B cells impairs lineage commitment, enabling unusual hematopoietic lineage plasticity 2024-Oct-16, Genes & development IF:7.5Q1 DOI:10.1101/gad.351734.124 PMID:39362773	研究论文	本文研究了YY1在B细胞发育中的作用，特别是其在pro-B细胞阶段敲除后对B细胞谱系承诺的影响	发现YY1敲除的pro-B细胞在体外和体内均能生成T细胞谱系，并表现出异常的造血谱系可塑性	研究中未详细探讨YY1在其他细胞谱系中的具体调控机制	探讨YY1在B细胞发育中的功能及其对谱系承诺的影响	pro-B细胞	细胞生物学	NA	RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-seq, scATAC-seq	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
3743	2025-03-03	Study on the prediction model of liver cancer based on chronic liver disease and the related molecular mechanism 2024-Sep-13, Annals of hepatology IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.aohep.2024.101572 PMID:39278407	研究论文	本研究基于慢性肝病和相关分子机制，开发了一种新的预测模型，用于准确分类肝细胞癌（HCC），以提高患者的生存率	通过整合分析肝炎、肝硬化和肝细胞癌数据集，识别了10个与预后相关的肝病进展基因，并建立了预测HCC患者预后的模型	NA	开发一种新的预测模型，用于准确分类肝细胞癌（HCC），以提高患者的生存率	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	单细胞测序	多变量Cox回归模型	基因表达数据	从TCGA和GEO数据库中获取的HCV、肝硬化和HCC数据
3744	2025-03-03	Inferring super-resolution tissue architecture by integrating spatial transcriptomics with histology 2024-Sep, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-02019-9 PMID:38168986	研究论文	本文介绍了一种名为iStar的方法，通过整合空间转录组学数据和高分辨率组织学图像，预测超分辨率的空间基因表达	iStar方法基于分层图像特征提取，能够将基因表达分辨率提升至接近单细胞水平，并能在仅有组织学图像的组织切片中预测基因表达	未明确提及具体限制	提升空间转录组学数据的基因表达分辨率，并扩展其在仅有组织学图像的组织切片中的应用	空间转录组学数据和高分辨率组织学图像	数字病理学	NA	空间转录组学	分层图像特征提取	图像和基因表达数据	未明确提及样本数量
3745	2025-03-03	Synovial Tissue Insights into Heterogeneity of Rheumatoid Arthritis 2024-03, Current rheumatology reports IF:5.7Q1 DOI:10.1007/s11926-023-01129-2 PMID:38157158	综述	本文综述了类风湿性关节炎（RA）在滑膜组织中的异质性研究进展，包括单细胞RNA测序技术的应用和最新研究成果	通过单细胞RNA测序技术揭示了RA滑膜组织中与疾病相关的细胞群体，如外周辅助T细胞、自身免疫相关B细胞（ABCs）和NOTCH3+亚层成纤维细胞	NA	探讨类风湿性关节炎在滑膜组织中的细胞和分子异质性，以优化患者护理和治疗效果	类风湿性关节炎患者的滑膜组织	生物医学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序、空间转录组学、机器学习	NA	RNA测序数据	NA
3746	2025-03-03	Associating growth factor secretions and transcriptomes of single cells in nanovials using SEC-seq 2024-Mar, Nature nanotechnology IF:38.1Q1 DOI:10.1038/s41565-023-01560-7 PMID:38082117	研究论文	本文开发并应用了SEC-seq技术，通过纳米孔捕获单个细胞及其分泌物，同时测量了数千个间充质基质细胞的VEGF-A分泌和转录组	开发了SEC-seq技术，首次实现了在单细胞水平上同时测量分泌蛋白和转录组，揭示了VEGF-A分泌的异质性及其与转录水平的相关性	研究主要集中于间充质基质细胞，未涉及其他细胞类型，且样本量相对有限	研究单细胞分泌蛋白与转录组之间的关系，探索细胞分泌异质性的机制	间充质基质细胞	单细胞测序	NA	SEC-seq	NA	单细胞转录组数据、分泌蛋白数据	数千个间充质基质细胞
3747	2025-03-03	CFTR expression in human salivary gland acinar cells 2024-03-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00549.2023 PMID:38284125	研究论文	本研究评估了CFTR在人类颌下腺和腮腺中的表达，并首次提供了CFTR在人类唾液腺腺泡细胞中功能表达的文档证据	首次在人类唾液腺腺泡细胞中发现了CFTR的功能表达，挑战了CFTR仅存在于外分泌腺导管细胞的既定模型	研究主要基于免疫定位和单细胞RNA测序分析，需要进一步的功能研究来验证CFTR在腺泡细胞中的具体作用	探讨CFTR在人类唾液腺中的表达及其对唾液腺功能的影响	人类颌下腺和腮腺	NA	NA	免疫定位、单细胞RNA测序、胶原酶消化	NA	RNA测序数据、免疫定位数据	人类颌下腺和腮腺样本
3748	2025-03-03	Highlights of how single-cell analyses are illuminating differentiation and disease in the gastric corpus 2024-Mar-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology DOI:10.1152/ajpgi.00164.2023 PMID:38193187	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在胃体分化和疾病研究中的应用	通过scRNA-seq技术揭示了胃体器官发生、发育和成体中的新标记物，以及再生和肿瘤发生过程中的转录变化	NA	探讨scRNA-seq在胃体分化和疾病研究中的应用及其对个性化治疗的潜在影响	人类和鼠类系统中的胃体	生物信息学	胃部疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA
3749	2025-03-03	Morphological, molecular, and functional characterization of mouse glutamatergic myenteric neurons 2024-Mar-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology DOI:10.1152/ajpgi.00200.2023 PMID:38193160	研究论文	本文系统地描述了小鼠结肠和直肠中VGLUT2阳性的肠神经元（VGLUT2-ENs）的形态、分子和功能特征	首次通过稀疏标记、单细胞mRNA测序和钙成像技术全面表征了VGLUT2-ENs的形态、分子和功能特性	研究仅针对小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究VGLUT2阳性肠神经元的结构和功能	小鼠结肠和直肠中的VGLUT2阳性肠神经元	神经科学	NA	稀疏标记、单细胞mRNA测序（scRNA-seq）、GCaMP6f钙成像	NA	分子数据、图像数据	52个VGLUT2-ENs进行单细胞mRNA测序，215个VGLUT2-ENs进行钙成像
3750	2025-03-03	Incongruity between T cell receptor recognition of breast cancer hotspot mutations ESR1 Y537S and D538G following exogenous peptide loading versus endogenous antigen processing 2024-03, Cytotherapy IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.jcyt.2023.12.002 PMID:38231165	研究论文	本文研究了T细胞受体（TCR）工程化T细胞疗法在识别乳腺癌热点突变ESR1 Y537S和D538G时的差异，探讨了外源性肽加载与内源性抗原处理之间的不一致性	通过单细胞RNA测序和免疫肽组学分析，发现了ESR1 Y537S和D538G突变特异性T细胞克隆，并揭示了这些TCRs在识别内源性突变ESR1时的局限性	研究发现，尽管TCRs能够识别外源性加载的ESR1突变肽，但无法识别内源性表达的突变ESR1，这可能限制了TCR T疗法在乳腺癌治疗中的应用	探索TCR T疗法在乳腺癌治疗中的潜力，特别是针对ESR1 Y537S和D538G突变的特异性识别	乳腺癌患者和健康捐赠者的T细胞	免疫疗法	乳腺癌	单细胞RNA测序、免疫肽组学分析、IFN-γ ELISpot筛选	NA	RNA序列数据、肽段数据	健康捐赠者和转移性乳腺癌患者的T细胞样本
3751	2025-03-03	IL-33 potentiates histaminergic itch 2024-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2023.08.038 PMID:37984799	研究论文	本文研究了IL-33在增强组胺性瘙痒中的作用及其机制	揭示了IL-33通过肥大细胞和IL-13依赖的机制增强组胺性瘙痒，独立于感觉神经元中的IL-33信号传导	未明确IL-33在其他类型瘙痒中的作用	探讨IL-33是否能增强组胺诱导的瘙痒	小鼠和人类的皮肤样本，特别是肥大细胞	免疫学	慢性自发性荨麻疹	单细胞RNA测序、微阵列分析	条件性和全局性基因敲除小鼠	转录组数据、皮肤活检样本	包括人类和小鼠的皮肤样本，以及CSU患者和健康对照的皮肤活检样本
3752	2025-03-03	Single cell RNA-seq: a novel tool to unravel virus-host interplay 2024-Mar, Virusdisease DOI:10.1007/s13337-024-00859-w PMID:38817399	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在揭示病毒与宿主相互作用中的革命性作用	scRNA-seq技术通过高分辨率评估揭示细胞异质性，克服了传统测序技术只能检测细胞群体平均表达水平的不足	尽管scRNA-seq技术在病毒-宿主相互作用研究中具有潜力，但其分析方法和多组学方法的进一步发展仍需改进	研究目的是利用scRNA-seq技术深入理解病毒与宿主之间的相互作用，以促进新型抗病毒治疗策略的开发	病毒与宿主细胞的相互作用	生物信息学	病毒感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
3753	2025-03-03	Illuminating the terminal nerve: Uncovering the link between GnRH-1 neuron and olfactory development 2024-03, The Journal of comparative neurology IF:2.3Q1 DOI:10.1002/cne.25599 PMID:38488687	研究论文	本文探讨了胚胎发育过程中嗅觉基板（OP）产生的迁移神经元，特别是GnRH-1神经元与嗅觉发育之间的联系	发现了Prokr2在GnRH-1神经元形成、迁移和诱导嗅觉球（OB）形态发生的关键时期在终末神经（TN）神经元中的表达，并通过单细胞RNA测序确定了TN神经元与嗅觉神经元的不同	GnRH-1神经元与嗅觉系统之间精确的机制联系仍不明确	揭示GnRH-1神经元与嗅觉发育之间的机制联系	小鼠和人类的GnRH-1神经元及终末神经（TN）神经元	神经科学	Kallmann综合征	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
3754	2025-03-03	Application of Single Cell Gene Expression Technologies to Neurotoxicology 2024-Mar, Current opinion in toxicology IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.cotox.2023.100458 PMID:38617035	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在神经毒理学研究中的应用	利用scRNA-seq技术测量单个细胞的转录组，揭示不同细胞类型对毒性刺激的响应	需要将毒理学数据转化为对人类健康的影响，并理解物种间的差异	研究神经毒理学中生物变化与神经元功能之间的联系	多细胞类型样本中的细胞类型及其对毒性刺激的响应	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
3755	2025-03-03	Single-Cell Transcriptomic Analysis of Salivary Gland Endothelial Cells 2024-03, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345231219987 PMID:38411696	研究论文	本文通过单细胞转录组分析研究了唾液腺内皮细胞在纤维化和再生过程中的作用	首次使用单细胞RNA测序技术分析唾液腺内皮细胞的转录组，揭示了其在纤维化和再生过程中的独特基因表达和配体-受体相互作用	研究仅针对雌性小鼠的颌下腺和舌下腺，未涉及其他性别或物种的唾液腺	研究唾液腺内皮细胞在纤维化和再生过程中的作用及其与其他细胞类型的相互作用	成年雌性小鼠的颌下腺和舌下腺内皮细胞	单细胞转录组学	唾液腺疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	成年雌性小鼠的颌下腺和舌下腺细胞
3756	2025-03-03	Multiscale differential geometry learning of networks with applications to single-cell RNA sequencing data 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108211 PMID:38422960	研究论文	本文介绍了一种多尺度微分几何（MDG）策略，用于解决单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析中的挑战	首次将多尺度微分几何应用于scRNA-seq数据分析，通过构建多尺度细胞间交互流形揭示细胞网络的复杂关系	未提及具体的数据集或实验规模，可能限制了方法的普适性验证	解决scRNA-seq数据分析中的挑战，特别是细胞类型分类	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	多尺度微分几何（MDG）	单细胞RNA测序数据	NA
3757	2025-03-03	Molecular and Spatial Signatures of Mouse Embryonic Endothelial Cells at Single-Cell Resolution 2024-03, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.323956 PMID:38348657	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重误差稳健荧光原位杂交技术，定义了小鼠胚胎内皮细胞及其前体亚型，并分析了动脉和静脉内皮细胞的发育轨迹	首次在单细胞分辨率下提供了胚胎内皮细胞异质性的时空图谱，揭示了胚胎内皮细胞多样性来源于组织起源和血管床位置	研究主要基于小鼠胚胎，人类胚胎内皮细胞的异质性可能有所不同	研究血管系统发育过程中内皮细胞异质性的建立，特别是动脉和静脉内皮细胞的指定	小鼠胚胎内皮细胞及其前体亚型	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序, 多重误差稳健荧光原位杂交, CRISPR功能缺失实验	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	7682个E9.5至E15.5的小鼠胚胎内皮细胞, 15448个内皮细胞的空间转录组分析
3758	2025-03-02	Atlas of expression of acyl CoA binding protein/diazepam binding inhibitor (ACBP/DBI) in human and mouse 2025-Feb-26, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07447-w PMID:40011442	研究论文	本研究通过蛋白质表达谱分析，揭示了酰基辅酶A结合蛋白/地西泮结合抑制剂（ACBP/DBI）在人类和小鼠组织中的表达图谱，并探讨了其与衰老及年龄相关疾病的关系	首次系统地描绘了ACBP/DBI在人类和小鼠组织中的表达图谱，并发现其与特定细胞类型中的保守表达机制	研究主要基于转录组和蛋白质组数据，缺乏直接的实验验证	探讨ACBP/DBI在人类和小鼠组织中的表达模式及其与衰老和年龄相关疾病的关系	人类和小鼠的组织样本	生物信息学	衰老相关疾病	RNA-seq, 蛋白质组学	NA	转录组数据, 蛋白质组数据	人类和小鼠的多种组织样本
3759	2025-03-02	KRT7 promotes pancreatic cancer metastasis by remodeling the extracellular matrix niche through FGF2-fibroblast crosstalk 2025-Feb-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-84129-1 PMID:40011455	研究论文	本文研究了KRT7在胰腺导管腺癌（PDAC）肝转移中的作用及其机制	揭示了KRT7通过FGF2-成纤维细胞相互作用重塑细胞外基质微环境，促进PDAC肝转移的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本数量有限	探讨KRT7在PDAC肝转移中的作用及其分子机制	胰腺导管腺癌（PDAC）患者和小鼠模型	癌症研究	胰腺癌	RNA测序、蛋白质组学分析、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据、蛋白质组学数据、单细胞RNA测序数据	24个PDAC样本
3760	2025-03-02	Immunological profile of lactate metabolism-related genes in Psoriasis a comprehensive analysis based on bulk and single-cell RNA sequencing data 2025-Feb-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-91237-z PMID:40011693	研究论文	本文通过批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，全面分析了银屑病中乳酸代谢相关基因的免疫学特征	首次结合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了乳酸代谢相关基因在银屑病中的核心作用及其与免疫细胞浸润的关联	研究主要依赖于公开数据集，缺乏实验验证	探讨乳酸代谢在银屑病发病机制中的作用，并识别潜在的治疗靶点	银屑病患者和健康对照的皮肤样本	数字病理学	银屑病	RNA测序	NA	RNA测序数据	两个数据集（GSE13355, GSE109248）的合并样本