单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 3721 - 3740 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3721 | 2025-10-06 |
Cellular heterogeneity and dynamics of the human uterus in healthy premenopausal women
2024-Nov-05, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2404775121
PMID:39471215
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建健康绝经前女性子宫细胞图谱，揭示细胞异质性和动态变化 | 创建了包含超过16.7万个细胞的正常子宫细胞图谱，提出了包含39种亚型的共识注释系统，并识别了多种潜在祖细胞 | 样本数量有限（5个新样本+15个已发表样本），仅关注健康个体 | 研究人类子宫的细胞异质性和动态变化 | 健康绝经前女性的子宫内膜和肌层细胞 | 单细胞生物学 | 妇科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 5个新个体+15个已发表个体，共超过167,000个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3722 | 2025-10-06 |
Multiomics reveals age-dependent metabolic reprogramming of macrophages by wound bed niche secreted signals
2024-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.30.621159
PMID:39553941
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了伤口床微环境中巨噬细胞代谢重编程的年龄依赖性机制 | 发现早期伤口巨噬细胞代谢基因表达而非经典极化标志物定义其群体特征，并揭示年龄依赖性代谢重编程机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证尚需进一步研究 | 探究组织微环境信号如何调控巨噬细胞代谢及其年龄依赖性变化 | 小鼠早期伤口中的巨噬细胞 | 单细胞组学 | 伤口愈合障碍 | 单细胞RNA测序, 单细胞分泌组学, 单细胞转录组学, 代谢组学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 代谢组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3723 | 2025-10-06 |
Tracking Rare Single Donor and Recipient Immune and Leukemia Cells after Allogeneic Hematopoietic Cell Transplantation Using Mitochondrial DNA Mutations
2024-Nov-01, Blood cancer discovery
IF:11.5Q1
DOI:10.1158/2643-3230.BCD-23-0138
PMID:39236287
|
研究论文 | 本研究利用线粒体DNA突变追踪异基因造血干细胞移植后供体和受体免疫细胞及白血病细胞的动态变化 | 首次将线粒体DNA突变与单细胞ATAC-seq技术(ASAP-seq)结合，实现0.1%-1%频率水平的供体/受体细胞鉴定和表型分析 | 通量限制，需要未来技术发展来提升监测能力 | 开发移植后白血病复发的单细胞监测方法 | 异基因造血干细胞移植后的供体和受体免疫细胞及白血病细胞 | 单细胞测序 | 白血病 | 线粒体DNA突变分析，ASAP-seq，染色质可及性分析 | NA | 单细胞测序数据，表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq，单细胞多组学 | NA | ASAP-seq（带选择性抗原测序分析的转座酶可及染色质单细胞检测） |
| 3724 | 2025-10-06 |
The neuroendocrine transition in prostate cancer is dynamic and dependent on ASCL1
2024-11, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-024-00838-6
PMID:39394434
|
研究论文 | 本研究通过建立前列腺癌神经内分泌转化的动态模型，揭示了ASCL1在谱系可塑性中的关键作用 | 开发了能够动态追踪前列腺癌神经内分泌转化的体内平台，首次证明ASCL1是神经内分泌转化的必需因子 | 体内微环境依赖性限制了传统类器官培养的应用，模型仍需进一步验证 | 探究前列腺癌神经内分泌转化的机制和动态过程 | 移植的小鼠前列腺类器官和神经内分泌前列腺癌模型 | 空间转录组学 | 前列腺癌 | 多重免疫荧光，空间转录组学 | NA | 图像，空间转录组数据 | 具有Rb1; Trp53; cMyc或Pten; Trp53; cMyc突变的小鼠前列腺类器官 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3725 | 2025-10-06 |
Egfl6 promotes ovarian cancer progression by enhancing the immunosuppressive functions of tumor-associated myeloid cells
2024-Nov-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI175147
PMID:39312740
|
研究论文 | 本研究揭示了Egfl6通过增强肿瘤相关髓系细胞的免疫抑制功能促进卵巢癌进展的机制 | 首次发现Egfl6通过结合β3整合素并激活p38和SYK信号通路，调控髓系细胞的免疫抑制功能 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限 | 探讨Egfl6在卵巢癌免疫抑制微环境形成中的作用机制 | 卵巢癌小鼠模型和人类卵巢癌组织样本 | 肿瘤免疫学 | 卵巢癌 | scRNA-Seq, 免疫组织化学, 动物模型实验 | 同系小鼠肿瘤模型 | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据, 免疫组织化学数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3726 | 2025-10-06 |
Oncogenic role of PMEPA1 and its association with immune exhaustion and TGF-β activation in HCC
2024-Nov, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101212
PMID:39524206
|
研究论文 | 本研究首次证明PMEPA1在肝细胞癌中的致癌作用及其与TGF-β激活和免疫耗竭的关联 | 首次在体内实验中证实PMEPA1的致癌功能，并揭示其与TGF-β信号协同促进免疫耗竭的新机制 | 研究主要基于回顾性队列数据，需要进一步前瞻性研究验证 | 探索PMEPA1在肝细胞癌中的作用及其与TGF-β信号和免疫耗竭的关系 | 肝细胞癌患者肿瘤样本和基因工程小鼠模型 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | qPCR, 单细胞RNA测序, 基因表达分析 | 基因工程小鼠模型 | 基因组数据, 基因表达数据, 临床病理数据 | 1097例HCC肿瘤样本（包括228例发现队列和361例验证队列），54例单细胞水平样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3727 | 2025-10-06 |
Method of moments framework for differential expression analysis of single-cell RNA sequencing data
2024-Oct-31, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.09.044
PMID:39454576
|
研究论文 | 提出用于单细胞RNA测序数据差异表达分析的Memento方法 | 开发了基于矩量法框架的Memento工具，能够同时分析基因表达均值、变异性和相关性差异 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中生物和技术变异的区分问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 矩量法框架 | 基因表达数据 | 超过5000万个细胞（包括7万气管上皮细胞、16万CRISPR-Cas9扰动T细胞、120万外周血单核细胞和5000万CELLxGENE数据库细胞） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3728 | 2025-10-06 |
Altered AP-1, RUNX and EGR chromatin dynamics drive fibrotic lung disease
2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.23.619858
PMID:39554071
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示转录因子AP-1、RUNX和EGR在肺纤维化疾病中的调控机制 | 首次结合多组学单核测序与神经网络工具ChromBPNet，在单碱基分辨率水平解析纤维化肺病中转录因子结合动态 | 研究样本来源于移植肺组织，可能无法完全代表疾病早期阶段 | 探究肺纤维化疾病中成纤维细胞和巨噬细胞的转录调控机制 | 系统性硬化症相关间质性肺病（SSc-ILD）患者和供体对照肺组织 | 生物信息学 | 肺纤维化 | 单核ATAC-seq, 单核RNA-seq, 多组学分析 | 神经网络（ChromBPNet）, HALO算法 | 基因组测序数据, 转录组数据 | SSc-ILD患者和供体对照肺组织（具体样本数未明确说明） | NA | 单核多组学测序 | NA | NA |
| 3729 | 2025-10-06 |
Recovering single-cell expression profiles from spatial transcriptomics with scResolve
2024-Oct-21, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100864
PMID:39326411
|
研究论文 | 开发了一种从多细胞分辨率空间转录组数据中恢复单细胞表达谱的方法 | 能够从空间转录组多细胞测量中准确恢复单个细胞在其位置上的表达谱，这是细胞类型反卷积无法实现的 | NA | 解决空间转录组技术缺乏单细胞分辨率的问题 | 人类乳腺癌数据和人类肺部疾病数据 | 空间转录组学 | 乳腺癌, 肺部疾病 | 空间转录组学 | scResolve | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3730 | 2025-10-06 |
HIV persists in late coronary atheroma and is associated with increased local inflammation and disease progression
2024-Oct-18, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5125826/v1
PMID:39483879
|
研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示了HIV在晚期冠状动脉粥样斑块中的持续存在及其与局部炎症加剧和疾病进展的关联 | 首次在人类晚期冠状动脉粥样斑块中检测到HIV病毒拷贝，并发现其与局部炎症程度正相关 | 样本来源于遗体捐赠者，无法进行纵向追踪研究；临床队列验证仍需进一步扩大 | 探究HIV感染者动脉粥样硬化进展的免疫机制 | HIV感染者与无HIV对照组的冠状动脉和主动脉组织 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | DNA/RNA检测, 空间转录组学, 高分辨率质谱分析 | NA | 组织样本, 基因表达数据, 蛋白质组数据 | 遗体捐赠者的冠状动脉和主动脉组织（具体数量未明确） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3731 | 2025-10-06 |
Sympathetic neuropeptide Y protects from obesity by sustaining thermogenic fat
2024-Oct, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07863-6
PMID:39198648
|
研究论文 | 本研究揭示了交感神经元中神经肽Y通过维持血管周细胞增殖来保护机体免受肥胖的机制 | 首次发现交感神经元来源的NPY通过维持血管周细胞增殖来促进产热脂肪生成，与中枢NPY对体重的调节作用相反 | 研究主要基于小鼠模型，人类相关性需要进一步验证 | 探究交感神经元中神经肽Y在肥胖发生中的作用机制 | 小鼠棕色和白色脂肪组织、交感神经元、血管周细胞 | 代谢研究 | 肥胖症 | 组织透明化成像、单细胞RNA测序 | NA | 图像数据、基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3732 | 2025-10-06 |
Tumour evolution and microenvironment interactions in 2D and 3D space
2024-Oct, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08087-4
PMID:39478210
|
研究论文 | 通过空间转录组学和单细胞测序技术研究肿瘤在2D和3D空间中的进化与微环境相互作用 | 首次在多种癌症类型中定义'肿瘤微区域'和'空间亚克隆'概念，并通过3D重建揭示肿瘤空间组织结构 | 样本量相对有限，仅包含6种癌症类型的78个病例 | 探究肿瘤细胞与非癌细胞之间的空间相互作用及肿瘤进化机制 | 131个肿瘤切片来自78个病例，涵盖6种癌症类型 | 空间转录组学 | 多种癌症 | 空间转录组学, 单核RNA测序, CODEX共检测技术 | 无监督深度学习算法 | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 蛋白质共定位数据 | 131个肿瘤切片(78个病例), 48个匹配单核RNA测序样本, 22个匹配CODEX样本 | 10x Genomics | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | 10x Visium | Visium空间转录组学技术 |
| 3733 | 2025-10-06 |
BDNF augmentation reverses cranial radiation therapy-induced cognitive decline and neurodegenerative consequences
2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.23.614590
PMID:39386496
|
研究论文 | 本研究探讨了利鲁唑通过增加BDNF水平逆转颅脑放疗引起的认知功能障碍和神经退行性后果 | 首次证明利鲁唑可通过增加BDNF水平逆转放疗引起的认知功能障碍，并利用空间转录组学揭示了海马兴奋性神经元的神经保护机制 | 研究仅使用小鼠模型，未涉及人类临床试验；未观察到神经发生改善 | 评估利鲁唑对放疗引起的认知功能障碍的治疗效果 | 成年小鼠模型（颅脑照射9 Gy） | 神经科学 | 脑癌放疗后认知功能障碍 | 空间转录组学，双重免疫荧光染色，生化评估 | 动物模型 | 基因表达数据，免疫荧光图像，行为学数据 | 小鼠实验组 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3734 | 2025-10-06 |
Gene expression prediction from histology images via hypergraph neural networks
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae500
PMID:39401144
|
研究论文 | 提出一种基于超图神经网络从组织学图像预测基因表达的新方法 | 引入梯度增强模块增强对细胞形态信息的感知，通过注意力机制和多潜在阶段特征融合，利用超图建立不同尺度特征间的高阶关联 | 未明确说明模型在哪些特定疾病类型上的泛化能力限制 | 从成本较低的组织学图像预测基因表达 | 癌症和肿瘤疾病样本 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学 | 超图神经网络(Hypergraph Neural Network) | 组织学图像 | 多个数据集（具体数量未说明） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3735 | 2025-10-06 |
Genetic association with autoimmune diseases identifies molecular mechanisms of coronary artery disease
2024-Sep-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110715
PMID:39262791
|
研究论文 | 本研究通过遗传学方法探索自身免疫疾病与冠状动脉疾病之间的遗传关联及分子机制 | 首次系统性利用GWAS数据识别自身免疫疾病与CAD之间的共享遗传位点、因果基因和通路，并结合单细胞RNA测序数据在细胞类型层面进行功能验证 | 研究主要基于遗传关联分析，需要后续功能实验验证具体分子机制 | 探究自身免疫疾病与冠状动脉疾病之间的遗传关联和分子机制 | 自身免疫疾病患者和冠状动脉疾病患者的遗传数据 | 遗传学 | 冠状动脉疾病 | GWAS, 单细胞RNA测序, CPASSOC, Mendelian Randomization, COLOC | 统计遗传学模型 | 遗传关联数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3736 | 2025-10-06 |
NK cells with adhesion defects and reduced cytotoxic functions are associated with a poor prognosis in multiple myeloma
2024-09-19, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023023529
PMID:38875515
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析多发性骨髓瘤患者NK细胞的转录组变化及其与预后的关联 | 首次在多发性骨髓瘤中发现具有黏附缺陷和细胞毒性功能降低的CD16/CD226Lo NK细胞亚群，并证明其与患者不良预后相关 | 样本量相对较小（10例患者），且为回顾性研究 | 研究多发性骨髓瘤患者NK细胞的功能状态及其对疾病预后的影响 | 多发性骨髓瘤患者和健康捐赠者的NK细胞 | 单细胞测序分析 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 10例多发性骨髓瘤患者和10例健康对照（单细胞测序），177例患者（回顾性队列） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3737 | 2025-10-06 |
A Novel Non-Invasive Murine Model of Neonatal Hypoxic-Ischemic Encephalopathy Demonstrates Developmental Delay and Motor Deficits with Activation of Inflammatory Pathways in Monocytes
2024-09-14, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13181551
PMID:39329733
|
研究论文 | 本研究开发了一种新型非侵入性小鼠新生儿缺氧缺血性脑病模型，通过结合母体免疫激活和产后缺氧模拟人类HIE | 首次将母体免疫激活与产后缺氧结合建立非侵入性HIE模型，并发现单核细胞中炎症通路的激活 | 与已建立的HIE模型相比表型较轻微，人类HIE具有临床异质性导致结果多样 | 建立更接近人类疾病的新生儿缺氧缺血性脑病动物模型 | 新生小鼠 | 神经科学 | 新生儿缺氧缺血性脑病 | 单细胞RNA测序 | 动物模型 | 基因表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3738 | 2025-10-06 |
Isotype-aware inference of B cell clonal lineage trees from single-cell sequencing data
2024-Sep-11, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100637
PMID:39208795
|
研究论文 | 提出了一种从单细胞RNA测序数据重建B细胞克隆谱系进化历史的算法TRIBAL | 首个同时考虑体细胞超突变和类别转换重组过程的B细胞谱系树重建算法 | NA | 改进B细胞克隆谱系的进化历史重建 | B细胞 | 生物信息学 | 免疫相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 进化树重建算法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3739 | 2025-10-06 |
Preexisting Skin-Resident CD8 and γδ T-cell Circuits Mediate Immune Response in Merkel Cell Carcinoma and Predict Immunotherapy Efficacy
2024-Sep-04, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-0798
PMID:39058036
|
研究论文 | 本研究通过整合多种测序技术揭示了默克尔细胞癌中皮肤驻留T细胞介导免疫应答的机制及其对免疫治疗效果的预测价值 | 发现了CD8 Trm和Vδ1 γδ T细胞在MCC免疫治疗应答中的关键作用，并首次在MHC高表达和低表达肿瘤中分别确定了这两种细胞的治疗预测价值 | 样本量相对有限（116例患者），需要更大规模研究验证 | 识别默克尔细胞癌免疫检查点阻断治疗的预测生物标志物和治疗靶点 | 默克尔细胞癌患者肿瘤样本和免疫细胞 | 数字病理学 | 皮肤癌 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 186个样本来自116例患者，包括14对ICB治疗前后匹配样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 3740 | 2025-10-06 |
Multi-omic analysis and validation reveal ZBP1 as a potential prognostic and immunotherapy-related biomarker in head and neck squamous cell carcinoma
2024-09, Journal of stomatology, oral and maxillofacial surgery
DOI:10.1016/j.jormas.2024.101901
PMID:38688403
|
研究论文 | 通过多组学分析验证ZBP1作为头颈鳞状细胞癌潜在预后和免疫治疗相关生物标志物 | 首次系统揭示ZBP1在HNSCC中的表达特征及其与免疫微环境、临床预后的关联 | 主要依赖公共数据库数据，验证队列样本量有限（66例肿瘤样本） | 探索ZBP1在头颈鳞状细胞癌中的生物学功能及临床意义 | 头颈鳞状细胞癌患者组织样本 | 生物信息学 | 头颈鳞状细胞癌 | 多组学分析，单细胞转录组分析，生存分析 | NA | 基因表达数据，临床数据，单细胞转录组数据 | TCGA数据库样本+独立验证队列（66例肿瘤+37例对照） | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |