单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3721	2025-03-16	APOE modulates microglial immunometabolism in response to age, amyloid pathology, and inflammatory challenge 2023-03-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112196 PMID:36871219	研究论文	本文探讨了APOE基因型如何调控小胶质细胞的免疫代谢，特别是在衰老、神经炎症和阿尔茨海默病病理背景下	结合了批量、单细胞和空间转录组学，以及细胞特异性和空间分辨的代谢分析，系统性地研究了APOE在不同条件下的作用	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类情况	研究APOE基因型对小胶质细胞免疫代谢的调控作用	表达人类APOE的小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	RNA测序（RNA-seq）、空间转录组学、质谱成像	NA	转录组数据、代谢数据	NA
3722	2025-03-16	Protocol to isolate live single cells while retaining spatial information by combining cell photolabeling and FACS 2022-12-16, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2022.101795 PMID:36325581	研究论文	本文介绍了一种结合细胞光标记和荧光激活细胞分选（FACS）的方法，用于从原发性乳腺肿瘤中分离活单细胞并保留空间信息	提出了一种名为PADME的新方法，能够在单细胞技术中保留空间定位信息	需要进一步验证该方法在其他类型肿瘤或组织中的适用性	开发一种能够在单细胞分析中保留空间信息的技术	原发性乳腺肿瘤中的活单细胞	生物技术	乳腺癌	细胞光标记, FACS, 单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	NA
3723	2025-03-16	Genome-wide analysis of common and rare variants via multiple knockoffs at biobank scale, with an application to Alzheimer disease genetics 2021-12-02, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2021.10.009 PMID:34767756	研究论文	本文提出了一种可扩展的KnockoffScreen-AL方法，用于分析生物库规模的全基因组测序和全基因组插补数据集中的常见和罕见变异，并应用于阿尔茨海默病遗传学分析	提出了一种适用于生物库规模研究的KnockoffScreen-AL方法，能够分析数百万个罕见遗传变异，并在阿尔茨海默病分析中发现了14个传统关联测试未能检测到的显著位点	生成knockoffs的计算成本较高，现有方法无法处理生物库规模的全基因组测序数据	开发一种可扩展的方法，用于分析生物库规模的全基因组测序和全基因组插补数据集中的常见和罕见变异，并应用于阿尔茨海默病遗传学分析	388,051个来自英国生物库的全基因组插补样本，以及94,437个临床诊断的阿尔茨海默病样本	基因组学	阿尔茨海默病	全基因组测序、全基因组插补、单细胞RNA测序、蛋白质组学	KnockoffScreen-AL	基因组数据、单细胞RNA测序数据、蛋白质组数据	388,051个全基因组插补样本，94,437个临床诊断样本，143,793个单核转录组样本，735个蛋白质组样本
3724	2025-03-16	An N-Cadherin 2 expressing epithelial cell subpopulation predicts response to surgery, chemotherapy and immunotherapy in bladder cancer 2021-08-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-25103-7 PMID:34385456	研究论文	本研究通过单核RNA测序、空间转录组学和单细胞分辨率空间蛋白质组学分析，识别出膀胱癌中具有治疗反应预测能力的上皮细胞亚群	发现表达N-Cadherin 2（CDH12）的上皮细胞亚群，能够预测膀胱癌患者对手术、化疗和免疫治疗的反应	研究主要基于单细胞和空间组学技术，样本量和临床验证可能有限	探索膀胱癌患者对手术、化疗和免疫治疗反应的预测标志物	膀胱癌患者的上皮细胞亚群	数字病理学	膀胱癌	单核RNA测序、空间转录组学、单细胞分辨率空间蛋白质组学	NA	RNA测序数据、蛋白质组学数据	人类膀胱癌样本
3725	2025-03-15	Hypoxia-Induced Senescent Fibroblasts Secrete IGF1 to Promote Cancer Stemness in Esophageal Squamous Cell Carcinoma 2025-Mar-14, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1185 PMID:39661488	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了一种与食管鳞状细胞癌（ESCC）肿瘤干细胞性相关的癌症相关成纤维细胞（CAF）亚群，即缺氧诱导的衰老成纤维细胞（hsCAF），并揭示了其通过分泌胰岛素样生长因子1（IGF1）促进肿瘤干细胞性的机制	首次识别并描述了缺氧诱导的衰老成纤维细胞（hsCAF）这一CAF亚群，并揭示了其在促进食管鳞状细胞癌（ESCC）肿瘤干细胞性和化疗抵抗中的关键作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步的功能实验验证hsCAF的具体作用机制	阐明癌症相关成纤维细胞（CAF）在食管鳞状细胞癌（ESCC）中的具体作用及其对肿瘤干细胞性和化疗抵抗的影响	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者样本中的癌症相关成纤维细胞（CAF）	数字病理学	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者样本
3726	2025-03-15	Gene print-based cell subtypes annotation of human disease across heterogeneous datasets with gPRINT 2025-Mar-14, Protein & cell IF:13.6Q1 DOI:10.1093/procel/pwaf001 PMID:40083145	研究论文	本研究开发了gPRINT算法，用于在异质单细胞数据集中统一注释疾病特异性细胞亚型（DSCSs）	gPRINT算法受语音识别原理启发，将基因位置和表达信息转化为声纹，结合神经网络减少背景噪音对细胞身份标签映射的影响，实现了跨数据集自动细胞亚型注释	NA	开发一种自动化且统一的方法，用于跨数据集识别疾病特异性细胞亚型，以促进不同疾病状态下特定细胞亚型的阐明，并为探索疾病治疗靶点提供有力工具	人类疾病中的细胞亚型	生物信息学	纤维化相关疾病	单细胞测序	神经网络	单细胞基因表达数据	NA
3727	2025-03-15	Blocking ITGA5 potentiates the efficacy of anti-PD-1 therapy on glioblastoma by remodeling tumor-associated macrophages 2025-Mar-14, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.70016 PMID:40084746	研究论文	本研究探讨了胶质母细胞瘤（GBM）对PD-1抗体治疗抵抗的分子机制，并发现通过阻断ITGA5可以增强抗PD-1治疗的疗效	揭示了circSDHAF2通过稳定ITGA5蛋白促进MES-GBM细胞形成，并通过N-糖基化促进ITGA5蛋白转运至外泌体，进而诱导SPP1+ MDMs的形成，最终促进GBM免疫逃逸的新机制	研究主要基于单细胞RNA测序和空间转录组学数据，尚未在更大规模的临床试验中验证	解析GBM对PD-1抗体治疗抵抗的分子机制，并探索新的免疫治疗策略	胶质母细胞瘤（GBM）组织中的MES-GBM细胞、SPP1+ MDMs和T细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、共免疫沉淀、RNA免疫沉淀、下拉实验	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	接受抗PD-1治疗的GBM组织样本
3728	2025-03-15	Recent Neuropathology Concepts 2025-Mar-13, Toxicologic pathology IF:1.4Q4 DOI:10.1177/01926233251320056 PMID:40079493	会议摘要	2024年欧洲毒理病理学会大会的最后一场会议专注于最新的神经病理学概念，涵盖了人工智能在毒理病理学中的应用、组织可视化和分析的新技术以及特定病例报告	介绍了人工智能和计算病理学在毒理病理学中的角色、冷冻荧光断层扫描在神经病理学中的应用、血脑屏障类器官在早期药物筛选中的应用以及空间转录组学在毒理病理学中的应用	NA	探讨新兴技术在药物筛选和开发中的当前和未来影响	毒理病理学家、神经病理学技术、药物筛选模型	数字病理	NA	人工智能、冷冻荧光断层扫描、血脑屏障类器官、空间转录组学	NA	组织图像、基因表达数据	NA
3729	2025-03-15	Exploring mechanisms of britannin against colorectal cancer based on experimentally validated network pharmacology 2025-Mar-13, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology DOI:10.1007/s00210-025-03995-2 PMID:40080155	研究论文	本研究探讨了britannin对结直肠癌的治疗机制，结合网络药理学和单细胞RNA测序技术，并通过体内外实验验证其效果	首次结合网络药理学和单细胞RNA测序技术，系统地探讨了britannin对结直肠癌的治疗机制，并验证了其对肿瘤微环境的调节作用	研究主要基于实验模型，尚未在临床环境中验证britannin的效果	探索britannin在结直肠癌治疗中的机制	结直肠癌细胞及肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	网络药理学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
3730	2025-03-15	Predictive and personalized approaches for idiopathic pulmonary fibrosis: a Wnt-related gene set scoring framework integrating single-cell sequencing, spatial transcriptomics, and machine learning for diagnosis and prognosis 2025-Mar-13, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01571-8 PMID:40080215	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
3731	2025-03-15	BMP-2 generates a functional bone marrow niche by inducing the differentiation of local mesenchymal cells into CAR cells 2025-Mar-13, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024014062 PMID:40080674	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和移植模型，首次证明BMP-2诱导的异位骨髓（BMP-eBM）具有与长骨骨髓（LB-BM）相似的微结构、细胞组成和功能性造血能力	首次证明BMP-eBM能够支持造血干细胞和CXCL12丰富的网状细胞（CAR细胞），并能在辐照小鼠中恢复生存能力	未明确说明BMP-eBM在长期使用中的稳定性和安全性	研究BMP-2诱导的异位骨髓是否能够提供与天然骨髓相似的功能性骨髓微环境	BMP-2诱导的异位骨髓（BMP-eBM）和长骨骨髓（LB-BM）	生物医学	骨髓相关疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	辐照小鼠模型
3732	2025-03-15	The High Expression of PD-1 Defines A Subpopulation of Tfh Cells Responding to COVID-19 Vaccine in Humans 2025-Mar-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf019 PMID:40080696	研究论文	本文研究了COVID-19疫苗在人体中诱导的Tfh细胞亚群，特别是高表达PD-1的Tfh细胞在增强体液免疫反应中的作用	发现了一组高表达PD-1的经典Tfh细胞，这些细胞在加强疫苗接种后被显著激活，并且其比例与抗体滴度水平相关	研究主要关注Tfh细胞，未涉及其他免疫细胞类型在疫苗反应中的作用	研究COVID-19疫苗诱导的Tfh细胞反应，特别是高表达PD-1的Tfh细胞在体液免疫中的作用	COVID-19疫苗接种后的Tfh细胞	免疫学	COVID-19	单细胞测序和流式细胞术	NA	单细胞数据	未明确说明样本数量
3733	2025-03-15	Cutaneous Granulomas: Mechanisms, Cellular Interactions, and Therapeutic Insights 2025-Mar-13, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljaf096 PMID:40080709	综述	本文综述了皮肤肉芽肿的形成机制、细胞相互作用及其治疗前景	本文通过整合最新研究成果，特别是单细胞RNA测序技术揭示的细胞异质性和分子途径，提供了对肉芽肿形成机制的新见解	尽管有这些进展，肉芽肿形成的精确过程及其功能意义仍不明确	探讨肉芽肿的形成机制及其在疾病中的作用，为开发新的治疗策略提供依据	皮肤肉芽肿	分子生物学	肉芽肿性疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
3734	2025-03-15	Deciphering the Premetastatic Lymphatic Niche of Oral Squamous Cell Carcinoma 2025-Mar-13, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241307894 PMID:40082761	研究论文	本研究通过建立小鼠模型和单细胞RNA测序，揭示了口腔鳞状细胞癌（OSCC）淋巴结转移前微环境中的细胞结构，特别是CD4+ Tex-pre细胞的作用	首次详细描述了OSCC淋巴结转移前微环境中的细胞结构，并发现了一种新的CD4+ T细胞亚群（CD4+ Tex-pre细胞）在转移前微环境中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序数据，需要进一步在人类患者中进行验证	探索口腔鳞状细胞癌淋巴结转移前微环境的细胞结构及其在转移中的作用	口腔鳞状细胞癌（OSCC）患者和小鼠模型的淋巴结	数字病理	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	OSCC患者的淋巴结样本和小鼠模型
3735	2025-03-15	A high-resolution view of the immune and stromal cell response to Haemophilus ducreyi infection in human volunteers 2025-Mar-12, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.03885-24 PMID:39882906	研究论文	本文利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学技术，研究了人类志愿者皮肤对杜克雷嗜血杆菌感染的免疫和基质细胞反应	首次在单细胞水平上定义了人类皮肤对细胞外细菌病原体感染的免疫浸润的高分辨率视图，并确定了在未能自发清除感染并形成脓疱的志愿者中存在的细胞类型	样本量较小，仅涉及五名志愿者，且空间转录组学数据仅来自其中四名	研究杜克雷嗜血杆菌感染人类皮肤后的免疫和基质细胞反应	人类志愿者皮肤	免疫学	皮肤感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	RNA测序数据	五名志愿者的皮肤活检样本
3736	2025-03-15	PLOD3 as a novel oncogene in prognostic and immune infiltration risk model based on multi-machine learning in cervical cancer 2025-Mar-11, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02031-2 PMID:40067513	研究论文	本研究基于多机器学习方法，开发了一种基于代谢相关基因的宫颈癌预后和免疫浸润风险模型，并发现PLOD3作为新的致癌基因	首次将多机器学习算法应用于宫颈癌的预后模型，结合代谢相关基因，发现PLOD3作为新的致癌基因，并揭示了其在肿瘤增殖中的作用	研究依赖于多数据库的整合数据，可能存在数据异质性问题，且模型的外部验证尚未进行	提高宫颈癌的预后准确性和治疗策略	宫颈癌患者及其代谢相关基因	机器学习	宫颈癌	基因组学、转录组学、空间转录组学、单细胞分析	随机生存森林、监督主成分分析	基因组数据、转录组数据、空间数据	112个关键代谢基因，337个关键基因
3737	2025-03-15	Single-cell transcriptomics reveals the cellular dynamics of hexafluoropropylene oxide dimer acid in exerting mouse male reproductive toxicity 2025-Mar-11, Journal of animal science and biotechnology IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s40104-025-01177-x PMID:40069855	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了六氟环氧丙烷二聚酸（GenX）对小鼠雄性生殖系统的毒性作用及其潜在的细胞和分子调控机制	首次系统地描述了GenX暴露对小鼠睾丸的细胞动态和转录组变化的影响，提供了理解其生殖毒性的宝贵资源	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物的数据	探索GenX暴露引起的雄性生殖毒性及其背后的细胞和分子调控机制	正常发育的小鼠	生物信息学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
3738	2025-03-15	Pharmacological blocking of microfibrillar-associated protein 4 reduces retinal neoangiogenesis and vascular leakage 2025-Mar-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.01.038 PMID:39863929	研究论文	本文研究了通过药理学方法阻断微纤维相关蛋白4（MFAP4）对视网膜新生血管和血管渗漏的影响	首次展示了抗MFAP4抗体hAS0326在抑制视网膜新生血管和血管渗漏中的潜在治疗效果	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行临床试验	探索MFAP4在视网膜疾病中的作用及其作为治疗靶点的潜力	视网膜新生血管和血管渗漏	药理学	视网膜疾病	单细胞转录组学	NA	实验数据	激光诱导的脉络膜新生血管小鼠模型、链脲佐菌素诱导的视网膜病变模型、DL-2-氨基己二酸诱导的视网膜病变非人灵长类模型
3739	2025-03-15	Tissue nanotransfection-based endothelial PLCγ2-targeted epigenetic gene editing rescues perfusion and diabetic ischemic wound healing 2025-Mar-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.01.034 PMID:39863930	研究论文	本研究探讨了通过组织纳米转染技术（TNT）进行内皮PLCγ2靶向表观遗传基因编辑，以改善糖尿病缺血性伤口的灌注和愈合	首次使用CRISPR-dCas9去甲基化鸡尾酒结合TNT技术，针对糖尿病伤口边缘的内皮细胞PLCγ2基因进行特异性去甲基化，以增强VEGF治疗的血管新生效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证其效果	改善糖尿病缺血性伤口的灌注和愈合	糖尿病缺血性伤口的内皮细胞	表观遗传学	糖尿病	CRISPR-dCas9去甲基化、组织纳米转染（TNT）技术、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
3740	2025-03-15	Cell states and neighborhoods in distinct clinical stages of primary and metastatic esophageal adenocarcinoma 2025-Mar-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.17.608386 PMID:39229240	研究论文	本文通过多组学分析，包括单核转录组和染色质可及性测序以及空间分析，研究了食管腺癌（EAC）的疾病进展和治疗反应	识别了五种恶性细胞程序，并揭示了这些细胞程序与微环境细胞类型的显著相互作用	研究结果需要在外部的单细胞RNA-seq和批量RNA-seq研究中进一步验证	解析食管腺癌的疾病进展和治疗反应	原发性和转移性食管腺癌肿瘤	数字病理学	食管腺癌	单核转录组测序、染色质可及性测序、空间分析	NA	转录组数据、染色质可及性数据、空间数据	一组原发性和转移性食管腺癌肿瘤样本