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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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3721 | 2025-10-06 |
Human single cell RNA-sequencing reveals a targetable CD8+ exhausted T cell population that maintains mouse low-grade glioma growth
2024-11-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54569-4
PMID:39609412
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序发现CD8+耗竭T细胞在低级别胶质瘤中维持肿瘤生长的特殊功能 | 首次揭示CD8+耗竭T细胞在低级别胶质瘤中作为肿瘤生长调节因子的新功能,而非传统认知的细胞毒性效应 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限 | 探究低级别胶质瘤中T细胞的功能特性和免疫治疗机制 | 人类和小鼠的低级别胶质瘤组织样本 | 数字病理学 | 脑胶质瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个单细胞RNA测序数据集和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3722 | 2025-10-06 |
Childhood-onset lupus nephritis is characterized by complex interactions between kidney stroma and infiltrating immune cells
2024-11-27, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adl1666
PMID:39602512
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术构建了儿童狼疮性肾炎肾脏组织的单细胞分辨率图谱,揭示了肾脏基质细胞与浸润免疫细胞之间的复杂相互作用 | 首次在儿童狼疮性肾炎中应用空间转录组学技术,在单细胞水平上同时保留空间位置信息,揭示了免疫细胞特异性定位和基因表达的空间依赖性 | 样本量较小(8例患者和4例对照),组织学评分与肾小球细胞转录特征相关性较弱 | 探究儿童狼疮性肾炎的免疫发病机制和分子异质性 | 儿童狼疮性肾炎患者和对照个体的肾脏组织 | 空间转录组学 | 狼疮性肾炎 | 空间转录组学,单细胞转录组学 | NA | 空间转录组数据,单细胞转录组数据 | 8例儿童狼疮性肾炎患者和4例对照个体的肾脏组织 | NA | 空间转录组学,单细胞转录组学 | NA | NA |
3723 | 2025-10-06 |
Endogenous antigens shape the transcriptome and TCR repertoire in an autoimmune arthritis model
2024-Nov-26, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI174647
PMID:39589811
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示了内源性抗原如何影响自身免疫性关节炎模型中T细胞的转录组和TCR受体库 | 首次在Zap70信号缺陷的自身免疫性关节炎模型中,结合单细胞RNA测序和TCR测序,揭示了内源性逆转录病毒通过超抗原反应破坏外周耐受的新机制 | 研究仅使用SKG小鼠模型,结果在人类疾病中的适用性需要进一步验证 | 探究信号通路缺陷条件下致病性自身反应性CD4+ T细胞的发育和活化机制 | BALB/c-Zap70*W163C (SKG)小鼠中高度致关节炎的初始CD4+ T细胞亚群 | 免疫学 | 自身免疫性关节炎 | bulk RNA-Seq, 单细胞RNA测序, 单细胞T细胞受体测序 | NA | 基因表达数据, TCR序列数据 | SKG小鼠和野生型小鼠的CD4+ T细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞TCR测序 | NA | NA |
3724 | 2025-10-06 |
Cell-specific priors rescue differential gene expression in spatial spot-based technologies
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae621
PMID:39679437
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研究论文 | 本研究评估了传统差异表达基因分析方法在空间转录组数据中的适用性,并提出了一种基于细胞类型特异性先验知识的改进方案 | 开发了空间转录组数据模拟器验证传统DEG方法的局限性,并提出基于细胞特异性先验的简单基因选择方案,显著提高了DEG识别的准确性 | 研究主要基于计算机模拟数据,需要在实际生物样本中进一步验证方法的有效性 | 评估和改进空间转录组数据中差异表达基因的分析方法 | 空间转录组数据,特别是基于spot的技术平台如Visium产生的数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | 计算机模拟器,基因选择算法 | 基因表达数据,空间位置信息 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | 10x Visium | 基于spot的空间转录组技术平台 |
3725 | 2025-10-06 |
ETV2 transcriptionally activates Rig1 gene expression and promotes reprogramming of the endothelial lineage
2024-11-19, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-78115-w
PMID:39562637
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研究论文 | 本研究揭示了ETV2通过直接激活Rig1基因表达促进成纤维细胞重编程为内皮细胞的分子机制 | 首次发现ETV2是Rig1基因的直接上游激活因子,并证明RIG1和NFκB1在ETV2介导的内皮细胞重编程中的关键作用 | 研究主要基于小鼠胚胎成纤维细胞,在人类细胞中的适用性需要进一步验证 | 阐明ETV2介导的细胞重编程分子机制 | 小鼠胚胎成纤维细胞(MEFs)和内皮细胞 | 细胞重编程 | 缺血性心脏病 | 单细胞RNA测序, ChIP-seq, 电泳迁移率实验, 转录分析, shRNA敲低 | NA | 基因表达数据, 蛋白质-DNA相互作用数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3726 | 2025-10-06 |
PRMT5/WDR77 Enhances the Proliferation of Squamous Cell Carcinoma via the ΔNp63α-p21 Axis
2024-Nov-11, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers16223789
PMID:39594744
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研究论文 | 本研究揭示了PRMT5和WDR77通过ΔNp63α-p21轴协同促进鳞状细胞癌增殖的新机制 | 首次发现PRMT5和WDR77通过稳定ΔNp63α蛋白并抑制p21来协同促进鳞状细胞癌增殖 | 鳞状细胞癌中PRMT5的具体作用机制仍需进一步探索 | 探究PRMT5在鳞状细胞癌增殖中的作用机制 | 鳞状细胞癌患者数据、细胞系和体内小鼠模型 | 癌症生物学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA-seq, RT-qPCR, Western blot, MTT检测, 流式细胞术 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 细胞增殖数据 | TCGA和DepMap数据库中的鳞状细胞癌患者数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3727 | 2025-10-06 |
scDOT: optimal transport for mapping senescent cells in spatial transcriptomics
2024-Nov-08, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03426-0
PMID:39516853
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研究论文 | 开发了scDOT方法,结合空间转录组学和单细胞RNA测序来重建单细胞分辨率空间图谱并识别衰老细胞 | 整合最优传输和表达反卷积来学习细胞与spots之间的非线性耦合关系,推断细胞位置 | NA | 提高空间转录组数据的分辨率,识别衰老细胞的空间组织 | 衰老细胞及其邻近细胞 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 最优传输模型 | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
3728 | 2025-10-06 |
Cellular heterogeneity and dynamics of the human uterus in healthy premenopausal women
2024-Nov-05, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2404775121
PMID:39471215
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建健康绝经前女性子宫细胞图谱,揭示细胞异质性和动态变化 | 创建了包含超过16.7万个细胞的正常子宫细胞图谱,提出了包含39种亚型的共识注释系统,并识别了多种潜在祖细胞 | 样本数量有限(5个新样本+15个已发表样本),仅关注健康个体 | 研究人类子宫的细胞异质性和动态变化 | 健康绝经前女性的子宫内膜和肌层细胞 | 单细胞生物学 | 妇科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 5个新个体+15个已发表个体,共超过167,000个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3729 | 2025-10-06 |
Multiomics reveals age-dependent metabolic reprogramming of macrophages by wound bed niche secreted signals
2024-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.30.621159
PMID:39553941
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了伤口床微环境中巨噬细胞代谢重编程的年龄依赖性机制 | 发现早期伤口巨噬细胞代谢基因表达而非经典极化标志物定义其群体特征,并揭示年龄依赖性代谢重编程机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证尚需进一步研究 | 探究组织微环境信号如何调控巨噬细胞代谢及其年龄依赖性变化 | 小鼠早期伤口中的巨噬细胞 | 单细胞组学 | 伤口愈合障碍 | 单细胞RNA测序, 单细胞分泌组学, 单细胞转录组学, 代谢组学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 代谢组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3730 | 2025-10-06 |
Tracking Rare Single Donor and Recipient Immune and Leukemia Cells after Allogeneic Hematopoietic Cell Transplantation Using Mitochondrial DNA Mutations
2024-Nov-01, Blood cancer discovery
IF:11.5Q1
DOI:10.1158/2643-3230.BCD-23-0138
PMID:39236287
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研究论文 | 本研究利用线粒体DNA突变追踪异基因造血干细胞移植后供体和受体免疫细胞及白血病细胞的动态变化 | 首次将线粒体DNA突变与单细胞ATAC-seq技术(ASAP-seq)结合,实现0.1%-1%频率水平的供体/受体细胞鉴定和表型分析 | 通量限制,需要未来技术发展来提升监测能力 | 开发移植后白血病复发的单细胞监测方法 | 异基因造血干细胞移植后的供体和受体免疫细胞及白血病细胞 | 单细胞测序 | 白血病 | 线粒体DNA突变分析,ASAP-seq,染色质可及性分析 | NA | 单细胞测序数据,表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq,单细胞多组学 | NA | ASAP-seq(带选择性抗原测序分析的转座酶可及染色质单细胞检测) |
3731 | 2025-10-06 |
The neuroendocrine transition in prostate cancer is dynamic and dependent on ASCL1
2024-11, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-024-00838-6
PMID:39394434
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研究论文 | 本研究通过建立前列腺癌神经内分泌转化的动态模型,揭示了ASCL1在谱系可塑性中的关键作用 | 开发了能够动态追踪前列腺癌神经内分泌转化的体内平台,首次证明ASCL1是神经内分泌转化的必需因子 | 体内微环境依赖性限制了传统类器官培养的应用,模型仍需进一步验证 | 探究前列腺癌神经内分泌转化的机制和动态过程 | 移植的小鼠前列腺类器官和神经内分泌前列腺癌模型 | 空间转录组学 | 前列腺癌 | 多重免疫荧光,空间转录组学 | NA | 图像,空间转录组数据 | 具有Rb1; Trp53; cMyc或Pten; Trp53; cMyc突变的小鼠前列腺类器官 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
3732 | 2025-10-06 |
Egfl6 promotes ovarian cancer progression by enhancing the immunosuppressive functions of tumor-associated myeloid cells
2024-Nov-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI175147
PMID:39312740
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研究论文 | 本研究揭示了Egfl6通过增强肿瘤相关髓系细胞的免疫抑制功能促进卵巢癌进展的机制 | 首次发现Egfl6通过结合β3整合素并激活p38和SYK信号通路,调控髓系细胞的免疫抑制功能 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探讨Egfl6在卵巢癌免疫抑制微环境形成中的作用机制 | 卵巢癌小鼠模型和人类卵巢癌组织样本 | 肿瘤免疫学 | 卵巢癌 | scRNA-Seq, 免疫组织化学, 动物模型实验 | 同系小鼠肿瘤模型 | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据, 免疫组织化学数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3733 | 2025-10-06 |
Oncogenic role of PMEPA1 and its association with immune exhaustion and TGF-β activation in HCC
2024-Nov, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101212
PMID:39524206
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研究论文 | 本研究首次证明PMEPA1在肝细胞癌中的致癌作用及其与TGF-β激活和免疫耗竭的关联 | 首次在体内实验中证实PMEPA1的致癌功能,并揭示其与TGF-β信号协同促进免疫耗竭的新机制 | 研究主要基于回顾性队列数据,需要进一步前瞻性研究验证 | 探索PMEPA1在肝细胞癌中的作用及其与TGF-β信号和免疫耗竭的关系 | 肝细胞癌患者肿瘤样本和基因工程小鼠模型 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | qPCR, 单细胞RNA测序, 基因表达分析 | 基因工程小鼠模型 | 基因组数据, 基因表达数据, 临床病理数据 | 1097例HCC肿瘤样本(包括228例发现队列和361例验证队列),54例单细胞水平样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3734 | 2025-10-06 |
Method of moments framework for differential expression analysis of single-cell RNA sequencing data
2024-Oct-31, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.09.044
PMID:39454576
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研究论文 | 提出用于单细胞RNA测序数据差异表达分析的Memento方法 | 开发了基于矩量法框架的Memento工具,能够同时分析基因表达均值、变异性和相关性差异 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中生物和技术变异的区分问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 矩量法框架 | 基因表达数据 | 超过5000万个细胞(包括7万气管上皮细胞、16万CRISPR-Cas9扰动T细胞、120万外周血单核细胞和5000万CELLxGENE数据库细胞) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3735 | 2025-10-06 |
Altered AP-1, RUNX and EGR chromatin dynamics drive fibrotic lung disease
2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.23.619858
PMID:39554071
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研究论文 | 通过多组学分析揭示转录因子AP-1、RUNX和EGR在肺纤维化疾病中的调控机制 | 首次结合多组学单核测序与神经网络工具ChromBPNet,在单碱基分辨率水平解析纤维化肺病中转录因子结合动态 | 研究样本来源于移植肺组织,可能无法完全代表疾病早期阶段 | 探究肺纤维化疾病中成纤维细胞和巨噬细胞的转录调控机制 | 系统性硬化症相关间质性肺病(SSc-ILD)患者和供体对照肺组织 | 生物信息学 | 肺纤维化 | 单核ATAC-seq, 单核RNA-seq, 多组学分析 | 神经网络(ChromBPNet), HALO算法 | 基因组测序数据, 转录组数据 | SSc-ILD患者和供体对照肺组织(具体样本数未明确说明) | NA | 单核多组学测序 | NA | NA |
3736 | 2025-10-06 |
Recovering single-cell expression profiles from spatial transcriptomics with scResolve
2024-Oct-21, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100864
PMID:39326411
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研究论文 | 开发了一种从多细胞分辨率空间转录组数据中恢复单细胞表达谱的方法 | 能够从空间转录组多细胞测量中准确恢复单个细胞在其位置上的表达谱,这是细胞类型反卷积无法实现的 | NA | 解决空间转录组技术缺乏单细胞分辨率的问题 | 人类乳腺癌数据和人类肺部疾病数据 | 空间转录组学 | 乳腺癌, 肺部疾病 | 空间转录组学 | scResolve | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
3737 | 2025-10-06 |
HIV persists in late coronary atheroma and is associated with increased local inflammation and disease progression
2024-Oct-18, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5125826/v1
PMID:39483879
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研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示了HIV在晚期冠状动脉粥样斑块中的持续存在及其与局部炎症加剧和疾病进展的关联 | 首次在人类晚期冠状动脉粥样斑块中检测到HIV病毒拷贝,并发现其与局部炎症程度正相关 | 样本来源于遗体捐赠者,无法进行纵向追踪研究;临床队列验证仍需进一步扩大 | 探究HIV感染者动脉粥样硬化进展的免疫机制 | HIV感染者与无HIV对照组的冠状动脉和主动脉组织 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | DNA/RNA检测, 空间转录组学, 高分辨率质谱分析 | NA | 组织样本, 基因表达数据, 蛋白质组数据 | 遗体捐赠者的冠状动脉和主动脉组织(具体数量未明确) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
3738 | 2025-10-06 |
Sympathetic neuropeptide Y protects from obesity by sustaining thermogenic fat
2024-Oct, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07863-6
PMID:39198648
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研究论文 | 本研究揭示了交感神经元中神经肽Y通过维持血管周细胞增殖来保护机体免受肥胖的机制 | 首次发现交感神经元来源的NPY通过维持血管周细胞增殖来促进产热脂肪生成,与中枢NPY对体重的调节作用相反 | 研究主要基于小鼠模型,人类相关性需要进一步验证 | 探究交感神经元中神经肽Y在肥胖发生中的作用机制 | 小鼠棕色和白色脂肪组织、交感神经元、血管周细胞 | 代谢研究 | 肥胖症 | 组织透明化成像、单细胞RNA测序 | NA | 图像数据、基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3739 | 2025-10-06 |
Tumour evolution and microenvironment interactions in 2D and 3D space
2024-Oct, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08087-4
PMID:39478210
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研究论文 | 通过空间转录组学和单细胞测序技术研究肿瘤在2D和3D空间中的进化与微环境相互作用 | 首次在多种癌症类型中定义'肿瘤微区域'和'空间亚克隆'概念,并通过3D重建揭示肿瘤空间组织结构 | 样本量相对有限,仅包含6种癌症类型的78个病例 | 探究肿瘤细胞与非癌细胞之间的空间相互作用及肿瘤进化机制 | 131个肿瘤切片来自78个病例,涵盖6种癌症类型 | 空间转录组学 | 多种癌症 | 空间转录组学, 单核RNA测序, CODEX共检测技术 | 无监督深度学习算法 | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 蛋白质共定位数据 | 131个肿瘤切片(78个病例), 48个匹配单核RNA测序样本, 22个匹配CODEX样本 | 10x Genomics | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | 10x Visium | Visium空间转录组学技术 |
3740 | 2025-10-06 |
BDNF augmentation reverses cranial radiation therapy-induced cognitive decline and neurodegenerative consequences
2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.23.614590
PMID:39386496
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研究论文 | 本研究探讨了利鲁唑通过增加BDNF水平逆转颅脑放疗引起的认知功能障碍和神经退行性后果 | 首次证明利鲁唑可通过增加BDNF水平逆转放疗引起的认知功能障碍,并利用空间转录组学揭示了海马兴奋性神经元的神经保护机制 | 研究仅使用小鼠模型,未涉及人类临床试验;未观察到神经发生改善 | 评估利鲁唑对放疗引起的认知功能障碍的治疗效果 | 成年小鼠模型(颅脑照射9 Gy) | 神经科学 | 脑癌放疗后认知功能障碍 | 空间转录组学,双重免疫荧光染色,生化评估 | 动物模型 | 基因表达数据,免疫荧光图像,行为学数据 | 小鼠实验组 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |