单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3721	2025-03-04	Screening, identification and targeted intervention of necroptotic biomarkers of asthma 2024-11-26, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150674 PMID:39270557	研究论文	本研究旨在识别与坏死性凋亡相关的标志物，评估其在哮喘中的作用，并探索针对坏死性凋亡的潜在治疗药物	首次系统性地识别了与哮喘相关的坏死性凋亡标志物，并探索了其作为治疗靶点的潜力	研究结果需要进一步的临床验证，以确认其在实际治疗中的应用效果	识别与坏死性凋亡相关的标志物，评估其在哮喘中的作用，并探索潜在的治疗药物	哮喘患者与健康对照	生物信息学	哮喘	机器学习算法（LASSO、随机森林、SVM-RFE）、Western blot、qPCR、ROC曲线分析、免疫浸润分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子对接研究	LASSO、随机森林、SVM-RFE	基因表达数据、临床数据	哮喘患者与健康对照的基因表达数据
3722	2025-03-04	Identification of the 4CL family in cassava (Manihot esculenta Crantz) and expression pattern analysis of the Me4CL32 gene 2024-11-26, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150731 PMID:39423574	研究论文	本文通过生物信息学方法鉴定了木薯中的4CL基因家族，并分析了Me4CL32基因的表达模式	首次在木薯基因组中鉴定了50个Me4CL基因，并进行了全面的家族分析，揭示了Me4CL32基因在应对非生物胁迫和激素刺激中的表达变化	研究主要基于生物信息学分析和实验室条件下的基因表达分析，未涉及田间试验验证	研究木薯4CL基因家族的功能及其在植物生长、发育和抗逆性中的作用	木薯（Manihot esculenta Crantz）及其4CL基因家族	植物分子生物学	NA	生物信息学分析、qRT-PCR、RNA-seq转录组分析、单细胞转录组分析	NA	基因组数据、转录组数据	50个Me4CL基因
3723	2025-03-04	Transcriptional regulation of the postnatal cardiac conduction system heterogeneity 2024-Aug-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50849-1 PMID:39095365	研究论文	本文通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了小鼠出生后心脏传导系统的转录组景观及其分子调控机制	首次在单细胞分辨率下结合空间信息，展示了小鼠出生后心脏传导系统的转录组景观，并揭示了区域特异性基因调控网络	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类心脏传导系统的研究	研究心脏传导系统的分子构成和调控机制	小鼠出生后的心脏传导系统	分子生物学	心血管疾病	单细胞转录组学、空间转录组学、ATAC-seq、ChIP-seq	NA	转录组数据	小鼠心脏传导系统的多个区域
3724	2025-03-04	spatialGE: A user-friendly web application to democratize spatial transcriptomics analysis 2024-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.27.601050 PMID:39005315	研究论文	本文介绍了一个名为spatialGE的网页应用程序，旨在简化空间转录组学数据的分析	spatialGE提供了一个用户友好的界面，使没有编程专业知识的用户能够通过多种分析流程，包括质量控制、标准化、域检测、表型分析和多种空间分析	NA	旨在使更广泛的科学界能够更容易地进行空间转录组学数据分析	空间转录组学数据	数字病理学	黑色素瘤脑转移和默克尔细胞癌	空间转录组学技术	NA	空间转录组学数据	NA
3725	2025-03-04	Refining the identity of mesenchymal cell types associated with murine periosteal and endosteal bone 2024-04, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2024.107158 PMID:38479598	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，对小鼠骨相关间充质细胞进行了详细分类和比较，旨在澄清与小鼠骨相关的主要细胞类型	通过整合已发表的数据集和内部数据，创建了小鼠骨相关细胞的图谱，揭示了11个主要细胞簇，并定义了新的细胞类型Osteo-X	研究主要集中在小鼠模型上，结果可能无法直接推广到人类	增加骨母细胞和骨细胞的单细胞RNA测序数据，比较骨膜和骨内细胞，澄清与小鼠骨相关的主要细胞类型	小鼠骨相关间充质细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	超过100,000个间充质细胞
3726	2025-03-04	Spatiotemporal profiling defines persistence and resistance dynamics during targeted treatment of melanoma 2024-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.02.577085 PMID:38370717	研究论文	本文通过空间转录组学和深度学习技术，研究了BRAF突变黑色素瘤在靶向治疗中的持久性和耐药性动态	结合空间转录组学和深度学习分析，揭示了黑色素瘤治疗中细胞状态的时空变化和谱系选择	研究主要基于患者来源的异种移植模型，可能不完全反映人体内的实际情况	研究BRAF突变黑色素瘤在靶向治疗中的持久性和耐药性机制	BRAF突变黑色素瘤细胞	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组学，深度学习	深度学习	转录组数据，病理切片图像	患者来源的异种移植模型
3727	2025-03-04	Single-Cell Transcriptomes and Immune Repertoires Reveal the Cell State and Molecular Changes in Pemphigus Vulgaris 2024-02-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300312 PMID:38117802	研究论文	本文通过单细胞转录组和免疫组库分析，揭示了天疱疮（PV）中细胞状态和分子变化	首次结合5'单细胞RNA测序和V(D)J富集技术，分析了未经治疗和口服泼尼松治疗后的PV患者的口腔黏膜病变和外周血样本	研究样本量有限，且仅针对特定类型的PV（黏膜主导型）	揭示PV的病因和发病机制，特别是免疫细胞与上皮细胞之间的相互作用	未经治疗的PV患者的口腔黏膜病变和外周血样本，以及口服泼尼松治疗后的外周血样本	单细胞组学	天疱疮	5'单细胞RNA测序，V(D)J富集，免疫组化检测，多重免疫荧光检测	NA	单细胞RNA测序数据，免疫组库数据	未经治疗的PV患者的口腔黏膜病变和外周血样本，以及口服泼尼松治疗后的外周血样本
3728	2025-03-04	A framework for defining mesenchymal cell types associated with murine periosteal and endosteal bone 2023-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.17.567528 PMID:38014179	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，定义了与小鼠骨膜和骨内膜相关的间充质细胞类型，并创建了一个小鼠骨相关细胞的图谱	首次比较了骨膜细胞与骨内膜和骨小梁细胞的差异，并揭示了11个主要的细胞簇，包括新定义的Osteo-X细胞类型	现有数据集包含的成熟成骨细胞和骨细胞数量相对较少，且研究仅限于小鼠模型	增加成骨细胞和骨细胞的单细胞RNA测序数据量，比较骨膜细胞与骨内细胞的差异，明确与小鼠骨相关的主要细胞类型	小鼠骨膜和骨内膜的间充质细胞	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	超过100,000个间充质细胞
3729	2025-03-03	Comprehensive profiling of cell type-specific expression and distribution of complement genes in mouse and human kidneys: insights into normal physiology and response to kidney transplantations 2025-Dec, Renal failure IF:3.0Q1 DOI:10.1080/0886022X.2025.2471568 PMID:40015727	研究论文	本文通过分析小鼠和人类肾脏的单细胞RNA测序数据，全面描绘了补体基因在肾脏中的细胞类型特异性表达和分布，揭示了其在正常生理功能和肾脏移植反应中的重要作用	首次全面分析了补体基因在肾脏细胞演化背景下的表达情况，揭示了补体基因在肾脏损伤中的响应性	研究主要依赖于单细胞RNA测序数据，可能无法完全捕捉到蛋白质水平的表达和功能	研究补体基因在肾脏中的表达和分布，以理解其在肾脏疾病发病机制中的作用	健康人类、C57BL/6小鼠和肾脏移植排斥小鼠的肾脏	生物信息学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	健康人类、C57BL/6小鼠和肾脏移植排斥小鼠的肾脏样本
3730	2025-03-03	Single circulating tumor cell sequencing based on improved high-porosity membranes and nanoporous microchambers 2025-May-15, Biosensors & bioelectronics IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.bios.2025.117263 PMID:39978235	研究论文	本研究开发了两种新型纳米设备——高孔隙率超薄过滤膜和纳米孔微室芯片——用于分离单个循环肿瘤细胞（CTCs），并建立了一个高效且自动化的单细胞测序工作流程	开发了高孔隙率超薄过滤膜和纳米孔微室芯片，改进了单细胞测序的工作流程，能够准确检测基因突变、扩增和拷贝数变异	研究中未明确提及样本量的具体数量，且仅验证了NCI-H358细胞系和患者来源的CTCs	探索循环肿瘤细胞的单细胞测序技术，以研究肿瘤异质性、进展和耐药机制	循环肿瘤细胞（CTCs）	数字病理学	癌症	单细胞测序（SCS）	NA	基因组数据	NCI-H358细胞系和患者来源的CTCs
3731	2025-03-03	Multi-omics analysis to explore the molecular mechanisms related to keloid 2025-Apr, Burns : journal of the International Society for Burn Injuries IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.burns.2025.107396 PMID:39874886	研究论文	本研究通过多组学分析探索了瘢痕疙瘩的分子机制，识别了关键基因和免疫细胞的作用，并提出了潜在的治疗靶点	结合bulk RNA测序、孟德尔随机化、免疫浸润分析和单细胞RNA测序，揭示了DUSP1和HOXA5在瘢痕疙瘩中的关键作用，并提出了IL17信号通路作为潜在治疗靶点	研究主要基于基因表达和免疫细胞分析，缺乏体内实验验证，且样本量未明确说明	识别瘢痕疙瘩的致病机制、关键基因和免疫细胞的作用，为靶向治疗提供新见解	瘢痕疙瘩组织	生物信息学	皮肤疾病	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、孟德尔随机化、免疫浸润分析	NA	基因表达数据	NA
3732	2025-03-03	Single-cell RNA sequencing reveals a key regulator ZmEREB14 affecting shoot apex development and yield formation in maize 2025-Mar, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1 DOI:10.1111/pbi.14537 PMID:39630144	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了影响玉米顶端分生组织发育和产量形成的关键调控因子ZmEREB14	首次在单细胞分辨率下揭示了玉米顶端分生组织的异质性，并鉴定了调控其发育的关键转录因子ZmEREB14	研究仅基于5天龄的玉米顶端分生组织，未涵盖其他发育阶段	探究玉米顶端分生组织发育的分子机制及其对产量形成的影响	玉米顶端分生组织	植物生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	约12,700个细胞
3733	2025-03-03	Data-Driven Molecular Typing: A New Frontier in Esophageal Cancer Management 2025-Mar, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70730 PMID:40018789	综述	本文系统回顾了基于大数据的食管鳞状细胞癌（ESCC）分子分型现状，总结了具有不同治疗反应和预后结果的独特亚型	通过多组学整合技术识别ESCC的分子亚型，为个性化治疗策略提供新的生物标志物和治疗靶点	未提及具体的研究局限性	探讨基于多组学的分子分型在食管鳞状细胞癌管理中的潜力	食管鳞状细胞癌（ESCC）	数字病理学	食管癌	多组学整合（包括体细胞基因组改变、遗传突变、转录组学、蛋白质组学、代谢组学和单细胞测序）	NA	多组学数据	NA
3734	2025-03-03	Applications of Single-Cell Omics Technologies for Induced Pluripotent Stem Cell-Based Cardiovascular Research 2025-Feb-28, International journal of stem cells IF:2.5Q3 DOI:10.15283/ijsc23183 PMID:39129179	review	本文综述了单细胞组学技术与诱导多能干细胞（iPSCs）在心血管研究中的应用，旨在深化对心脏生物学的理解	整合单细胞组学与iPSCs技术，探索其在心血管研究中的协同潜力，并展望单细胞/空间组学等新兴范式的前景	NA	通过单细胞组学技术揭示心脏健康和疾病的分子复杂性，推动心血管研究的发展	心脏细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序，单细胞/空间组学	NA	基因组、转录组、蛋白质组数据	NA
3735	2025-03-03	LOX+ iCAFs in HNSCC have the potential to predict prognosis and immunotherapy responses revealed by single cell RNA sequencing analysis 2025-Feb-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-91036-6 PMID:40016474	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了LOX+ iCAFs在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的预后和免疫治疗反应预测潜力	首次通过单细胞RNA测序数据集识别并验证了LOX+ iCAF亚型在HNSCC中的预后和免疫治疗反应预测能力，并揭示了LOX基因作为治疗靶点的潜力	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步实验验证LOX基因在HNSCC治疗中的具体机制	探索CAFs在HNSCC中的功能角色及其对预后和免疫治疗反应的影响	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	102名HNSCC患者
3736	2025-03-03	A novel telomere-associated genes signature for the prediction of prognosis and treatment responsiveness of hepatocellular carcinoma 2025-Feb-27, Biological procedures online IF:3.7Q1 DOI:10.1186/s12575-025-00271-8 PMID:40016654	研究论文	本研究开发了一种基于18个端粒相关基因（TRGs）的肝细胞癌（HCC）预后风险模型，并通过多种实验验证了其预测准确性	首次通过孟德尔随机化（MR）分析确认了ASF1A与酒精性HCC之间的因果关系，为酒精性HCC的管理提供了新的理论基础	研究样本量相对较小，且主要依赖于TCGA数据库的数据，可能限制了模型的泛化能力	开发一种新的HCC预后模型，并探索端粒相关基因在HCC中的作用	肝细胞癌（HCC）患者及其相关基因	数字病理学	肝细胞癌	单细胞转录组学、空间转录组学、Western blotting、Transwell迁移实验、伤口愈合实验、克隆形成实验	Cox回归模型、LASSO回归模型	基因表达数据、单细胞数据、空间转录组数据	374例HCC样本和50例正常肝组织样本
3737	2025-03-03	Bioinformatics analysis of shared biomarkers and immune pathways of preeclampsia and periodontitis 2025-Feb-27, BMC pregnancy and childbirth IF:2.8Q1 DOI:10.1186/s12884-025-07277-w PMID:40016711	研究论文	本研究通过生物信息学分析，探讨了先兆子痫（PE）和牙周炎（PD）共有的生物标志物和免疫通路	首次系统地识别了PE和PD共有的关键交叉基因，并通过单细胞RNA测序验证了这些基因的生物学相关性	研究依赖于公开的转录组数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	揭示PE和PD共有的病理机制，为疾病的诊断和治疗提供新的策略	先兆子痫和牙周炎患者	生物信息学	先兆子痫和牙周炎	转录组分析、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析、机器学习、单细胞RNA测序	XG-Boost算法	转录组数据	NA
3738	2025-03-03	Integration and functionality of human iPSC-derived microglia in a chimeric mouse retinal model 2025-Feb-27, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03393-8 PMID:40016767	研究论文	本文介绍了一种新型的体外嵌合模型，用于研究人类诱导多能干细胞衍生的小胶质细胞在视网膜环境中的功能	通过移植人类诱导多能干细胞衍生的小胶质细胞到小鼠视网膜外植体中，创建了一种包含异种移植小胶质细胞的体外嵌合模型	模型的长期稳定性和功能维持需要进一步验证	研究人类小胶质细胞在视网膜环境中的功能和整合情况	人类诱导多能干细胞衍生的小胶质细胞和小鼠视网膜	数字病理学	视网膜退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	嵌合模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
3739	2025-03-03	A novel stemness-related lncRNA signature predicts prognosis, immune infiltration and drug sensitivity of clear cell renal cell carcinoma 2025-Feb-27, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06251-6 PMID:40016772	研究论文	本研究探讨了与干细胞特性相关的长链非编码RNA（SRlncRNAs）在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的预后、免疫浸润和药物敏感性预测中的作用	开发了一种新的SRlncRNA相关签名，并构建了一个用户友好的网络计算器，用于ccRCC患者的风险分层和个性化治疗策略指导	研究主要依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探讨SRlncRNAs在ccRCC中的预后、免疫浸润和药物敏感性预测中的作用	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者	生物信息学	肾癌	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RT-qPCR	LASSO回归结合多变量Cox回归	基因表达数据和临床数据	TCGA-KIRC和GSE29609队列中的样本
3740	2025-03-03	Integrative single-cell RNA sequencing and mendelian randomization analysis reveal the potential role of synaptic vesicle cycling-related genes in Alzheimer's disease 2025-Feb-27, The journal of prevention of Alzheimer's disease DOI:10.1016/j.tjpad.2025.100097 PMID:40021385	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，揭示了突触小泡循环相关基因在阿尔茨海默病中的潜在作用	首次通过孟德尔随机化方法识别出四个突触小泡循环相关基因为阿尔茨海默病的保护因素，并揭示了这些基因在疾病相关细胞环境中的细胞类型特异性表达	研究数据完全来源于公共数据库，缺乏实验验证	探讨突触小泡循环相关基因在阿尔茨海默病中的潜在作用，以识别影响疾病进展和治疗反应的关键生物标志物	阿尔茨海默病患者和健康个体的基因表达数据	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 孟德尔随机化 (MR)	NA	基因表达数据	NA