单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3721	2025-02-09	Single-cell transcriptomics reveals intratumor heterogeneity and the potential roles of cancer stem cells and myCAFs in colorectal cancer liver metastasis and recurrence 2025-Mar-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217452 PMID:39805388	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术全面描绘了结直肠癌原发灶和肝转移灶的转录组景观，揭示了癌细胞亚群与肌成纤维细胞样CAFs（myCAFs）之间的新型细胞间相互作用	发现了具有干细胞样特征和转移潜能的癌细胞亚群（stem/TA-like细胞），并揭示了myCAFs通过旁分泌信号（如FN1-CD44和GDF15-TGFBR2配体-受体对）在肝转移过程中的潜在作用	未明确说明样本量及具体实验设计的细节	探讨结直肠癌肝转移和复发的分子机制，特别是癌细胞亚群和myCAFs的作用	结直肠癌原发灶和肝转移灶的癌细胞亚群及myCAFs	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	NA
3722	2025-02-09	Immune mechanisms in multiple sclerosis: CD3 levels on CD28+ CD4+ T cells link antibody responses to human herpesvirus 6 2025-Mar, Cytokine IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.cyto.2025.156866 PMID:39884183	研究论文	本研究通过孟德尔随机化分析探讨了抗体介导的免疫反应与多发性硬化症（MS）之间的联系，并揭示了CD28+ CD4+ T细胞上CD3水平通过改变人类疱疹病毒6（HHV-6）的比例对MS进展的影响	揭示了CD28+ CD4+ T细胞上CD3水平通过改变HHV-6比例对MS进展的影响，为HHV-6介导的MS生物学机制提供了新的见解	抗体介导的免疫反应与MS之间的确切因果关系仍不明确	探讨抗体介导的免疫反应与多发性硬化症（MS）之间的关联，并识别可能参与MS发病和进展的特定感染病原体	多发性硬化症（MS）患者和对照组	免疫学	多发性硬化症	单细胞测序，孟德尔随机化分析	NA	基因表达数据	MS患者和对照组
3723	2025-02-09	transCAE: Enhancing Cell Type Annotation in Single-cell RNA-seq Data with Transfer Learning and Convolutional Autoencoder 2025-Feb-15, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.168936 PMID:39798891	研究论文	本文介绍了一种名为transCAE的新算法，该算法结合了无监督降维和有监督细胞类型分类，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型注释	transCAE算法通过整合无监督降维和有监督分类，充分利用参考和查询数据集的信息，显著提高了分类准确性并有效缓解了批次效应	算法的性能可能仍然受到源数据质量的影响	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性和鲁棒性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	卷积自编码器（Convolutional Autoencoder）	RNA测序数据	NA
3724	2025-02-09	Characterization of T-bet expressing B cells in lupus patients indicates a putative prognostic and therapeutic value of these cells for the disease 2025-Feb-07, Clinical and experimental immunology IF:3.4Q3 DOI:10.1093/cei/uxaf008 PMID:39918986	研究论文	本文研究了T-bet+ B细胞在系统性红斑狼疮（SLE）患者中的预后和治疗价值	首次提出T-bet+ B细胞可作为SLE严重程度的预后生物标志物，并可能成为新的治疗靶点	样本量较小，仅包括10名健康捐赠者和22名活动性SLE患者	探讨T-bet+ B细胞在系统性红斑狼疮中的预后和治疗潜力	系统性红斑狼疮（SLE）患者和健康捐赠者的外周血样本	免疫学	系统性红斑狼疮	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	流式细胞数据、RNA测序数据	10名健康捐赠者和22名活动性SLE患者
3725	2025-02-09	Single-cell analysis reveals cellular heterogeneity, gene expression profiles, and pathway dynamics in acne vulgaris 2025-Feb-07, Archives of dermatological research IF:1.8Q3 DOI:10.1007/s00403-025-03894-9 PMID:39920471	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了痤疮患者的皮肤组织，揭示了细胞异质性、基因表达谱和代谢途径的动态变化	首次利用单细胞RNA测序技术全面解析痤疮病变皮肤的细胞异质性、基因表达差异及代谢途径变化，并识别了与痤疮相关的特定配体-受体对	样本量较小，仅包含六名痤疮患者的数据，可能限制了结果的普适性	探究痤疮的细胞和分子机制，为治疗策略提供新的见解	痤疮患者的皮肤组织	数字病理学	皮肤病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	六名痤疮患者的皮肤组织样本
3726	2025-02-09	Spatiotemporal and genetic cell lineage tracing of endodermal organogenesis at single-cell resolution 2025-Feb-06, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.12.012 PMID:39824184	研究论文	本研究通过创新的遗传追踪代码和高通量单细胞RNA测序技术，详细描述了早期哺乳动物发育过程中内胚层的时空和遗传谱系分化	引入了14个不同内胚层区域的遗传追踪代码，结合高通量单细胞RNA测序和成像技术，揭示了早期内胚层区域的多能性及其向多种器官原基分化的能力	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类或其他哺乳动物	揭示内胚层器官发生的复杂机制，推动发育生物学和再生医学的发展	小鼠内胚层细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序，成像技术	NA	单细胞RNA测序数据，成像数据	NA
3727	2025-02-09	Exploring molecular disparities of H-type vasculature endothelial cells in osteonecrosis of the femoral head through single-cell analysis 2025-Feb-06, BMC musculoskeletal disorders IF:2.2Q3 DOI:10.1186/s12891-024-08267-3 PMID:39910554	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探索了股骨头坏死和髋关节骨关节炎中H型血管内皮细胞的分子差异	首次在单细胞水平上揭示了H型血管内皮细胞在股骨头坏死中的分子变化及其与细胞死亡模式的关系	样本量较小，仅包括9个股骨头样本，可能影响结果的普遍性	探索股骨头坏死和髋关节骨关节炎中H型血管内皮细胞的分子差异	股骨头坏死和髋关节骨关节炎患者的H型血管内皮细胞	数字病理学	股骨头坏死	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	9个股骨头样本（3个髋关节骨关节炎，3个股骨头坏死3A期，3个股骨头坏死4期）
3728	2025-02-09	Identification of mitochondrial carrier homolog 2 as an important therapeutic target of castration-resistant prostate cancer 2025-Feb-05, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07406-5 PMID:39910035	研究论文	本文研究了线粒体载体同源物2（MTCH2）在去势抵抗性前列腺癌（CRPC）中的表达及其潜在功能	揭示了MTCH2在CRPC中的关键作用，并通过基因沉默和敲除实验验证了其对线粒体功能和肿瘤进展的影响	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索MTCH2在CRPC中的功能及其作为治疗靶点的潜力	去势抵抗性前列腺癌（CRPC）细胞和小鼠模型	癌症研究	前列腺癌	CRISPR-sgRNA敲除、shRNA基因沉默、单细胞测序	NA	基因表达数据、细胞实验数据、动物实验数据	多种原发性人类CRPC细胞和小鼠模型
3729	2025-02-09	CoTF-reg reveals cooperative transcription factors in oligodendrocyte gene regulation using single-cell multi-omics 2025-Feb-05, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07570-6 PMID:39910206	研究论文	本文介绍了一种名为coTF-reg的分析框架，用于识别在少突胶质细胞中协同调控目标基因的转录因子	coTF-reg框架整合了单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，通过深度学习模型预测目标基因表达，并揭示了协同转录因子对之间的高相互作用	尽管模型在预测性能上表现稳定，但仍需进一步实验验证以确认更多协同转录因子对	研究少突胶质细胞中转录因子协同调控基因的机制	少突胶质细胞	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, ChIP-seq	深度学习模型	单细胞RNA测序数据, 单细胞ATAC测序数据	NA
3730	2025-02-09	Single-cell RNA sequencing reveals tumor heterogeneity in small cell neuroendocrine cervical carcinoma 2025-Feb-05, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07605-y PMID:39910262	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了小细胞神经内分泌宫颈癌（SCNECC）的肿瘤异质性	首次绘制了SCNECC的单细胞图谱，揭示了恶性上皮细胞的神经内分泌分化和角化减少，并定义了分子亚型及其致癌途径	样本量较小，仅包括6个样本，可能限制了结果的普遍性	研究SCNECC的肿瘤异质性，以提供精准治疗和预后预测的线索	小细胞神经内分泌宫颈癌（SCNECC）的癌细胞和正常宫颈组织	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	6个样本（包括SCNECC癌灶和正常宫颈组织），共68,455个高质量细胞
3731	2025-02-09	Transcriptional regulatory network analysis identifies GRN as a key regulator bridging chemotherapy and immunotherapy response in small cell lung cancer 2025-Feb-05, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-025-01667-5 PMID:39910394	研究论文	本研究通过构建小细胞肺癌（SCLC）的调控网络，识别出GRN作为化疗和免疫治疗反应的关键调节因子	首次将GRN识别为SCLC化疗和免疫治疗反应的关键调节因子，并揭示了其在肿瘤相关巨噬细胞中的高表达与免疫治疗抵抗的关联	研究主要基于基因组学和单细胞RNA测序数据，缺乏临床前模型的验证	探索小细胞肺癌对化疗和免疫治疗抵抗的机制	小细胞肺癌（SCLC）患者及其肿瘤样本	基因组学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据、单细胞RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及SCLC患者及其肿瘤样本
3732	2025-02-09	IL-23 Promotes γδT Cell Activity in Dry Eye Disease Progression 2025-Feb-03, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.2.10 PMID:39903182	研究论文	本研究探讨了结膜IL-23表达在介导γδT细胞生成中的作用及其对干眼病炎症反应的贡献	首次揭示了IL-23在干眼病中通过促进γδT细胞活性来诱导炎症反应的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩展	研究IL-23在干眼病炎症反应中的作用及其机制	小鼠和人类γδT细胞	免疫学	干眼病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、转录组测序	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	小鼠模型和人类干眼病患者样本
3733	2025-02-09	Massively parallel flow-cytometry-based screening of hematopoietic lineage cell populations from up to 25 donors simultaneously 2025-Feb, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2024.11.014 PMID:39608688	研究论文	本研究旨在开发一种方法，允许对造血来源细胞表面标记进行高维度和技术统一的筛选	该方法能够在技术上统一的方式下筛选数百万细胞上的数百个标记，从而识别和表征稀有细胞群体的变化	虽然该方法能够处理大量细胞，但对于极低丰度的细胞群体，仍可能遗漏某些调控异常	开发一种高维度且技术统一的细胞表面标记筛选方法，以识别和表征稀有细胞群体的变化	造血来源的细胞群体	生物信息学	NA	流式细胞术、单细胞RNA测序（RNAseq）	机器学习算法	细胞表面标记数据	25个供体的细胞样本
3734	2025-02-09	An analysis of single-cell data reveals therapeutic effects of AMG487 in experimental autoimmune uveitis 2025-Feb, Biochemical pharmacology IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.bcp.2024.116671 PMID:39615601	研究论文	本文通过单细胞测序技术分析了AMG487在实验性自身免疫性葡萄膜炎中的治疗效果及其机制	首次使用单细胞测序技术全面分析了AMG487对免疫细胞的转录组影响，揭示了其在调节免疫细胞比例和功能中的作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨AMG487在自身免疫性葡萄膜炎中的治疗效果及其作用机制	实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠及Vogt-Koyanagi-Harada患者的免疫细胞	数字病理学	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞ATAC测序、RNA测序、流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠及Vogt-Koyanagi-Harada患者的免疫细胞样本
3735	2025-02-09	CMAP prediction and experimental validation of Forskolin as a podocyte protective and anti-proteinuric drug for nephrotoxic serum-treated mice 2025-Feb, Biochemical pharmacology IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.bcp.2024.116727 PMID:39716644	研究论文	本文通过结合肾脏单细胞RNA-seq数据库和Connectivity Map数据库（CMAP），预测并验证了Forskolin作为一种足细胞保护和抗蛋白尿药物在肾毒性血清（NTS）处理小鼠中的效果	首次结合单细胞RNA-seq和CMAP数据库预测特定足细胞损伤的药物，并验证了Forskolin的保护作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中进行验证	探索针对特定足细胞损伤的药物预测和验证方法	NTS处理的小鼠和培养的足细胞	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA-seq, CMAP分析	NA	RNA-seq数据	NTS处理的小鼠和培养的足细胞
3736	2025-02-09	Brain-wide cell-type-specific transcriptomic signatures of healthy ageing in mice 2025-Feb, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08350-8 PMID:39743592	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，系统地描绘了小鼠大脑中与正常衰老相关的细胞类型特异性转录组变化	提供了包含约120万个高质量单细胞转录组的数据集，揭示了847个细胞簇和14个与年龄相关的细胞簇，并识别了2449个独特的差异表达基因	研究仅基于小鼠模型，可能无法完全反映人类大脑的衰老过程	研究小鼠大脑中与健康衰老相关的细胞类型特异性转录组变化	年轻和老年小鼠的大脑细胞	生物信息学	老年疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	约120万个高质量单细胞转录组
3737	2025-02-09	Inferring multi-slice spatially resolved gene expression from H&E-stained histology images with STMCL 2025-Feb, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2024.11.016 PMID:39755346	研究论文	本文提出了一种名为STMCL的多模态对比学习框架，用于从H&E染色的组织学图像中推断空间基因表达	STMCL框架整合了组织学图像、基因表达特征及其位置的多模态信息，能够更准确地推断空间基因表达谱	NA	开发一种成本效益更高的方法，从H&E染色的组织学图像中预测空间基因表达	多切片空间转录组数据集	数字病理学	癌症	深度学习	对比学习框架	图像、基因表达数据	四种不同类型的多切片空间转录组数据集
3738	2025-02-09	Single-Cell Sequencing Reveals Heterogeneity and Interactions Between Epithelial Cells and Fibroblasts in Post-ESD Oesophageal Stricture 2025-Feb, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70411 PMID:39910700	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了食管狭窄组织中的细胞异质性和上皮细胞与成纤维细胞之间的相互作用	首次使用单细胞RNA测序技术揭示了食管狭窄组织中细胞组成的变化，特别是上皮细胞、内皮细胞、成纤维细胞和免疫细胞的变化，并发现了DFSC_2细胞的增加及其在上皮重塑中的作用	研究样本量有限，且仅关注了术后食管狭窄组织，未涉及其他类型的食管疾病	研究食管狭窄的发病机制，特别是组织微环境的变化，以寻找潜在的治疗靶点	食管狭窄组织和正常对照组织	数字病理学	食管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	食管狭窄样本和正常对照样本
3739	2025-02-09	MetaLigand: A database for predicting non-peptide ligand mediated cell-cell communication 2025-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.14.633094 PMID:39868215	研究论文	本文介绍了MetaLigand，一个基于R语言和网络访问的工具，用于预测非肽配体介导的细胞间通讯	MetaLigand通过整合自动管道和手动整理的数据，提高了预测非肽配体丰度的准确性，并支持单细胞RNA测序和空间转录组数据	NA	研究非肽配体在细胞间通讯中的作用，并开发工具预测其生产和受体相互作用	非肽配体（NPLs）及其受体	生物信息学	年龄相关性黄斑变性	RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学	NA	转录组数据	233种非肽配体
3740	2025-02-09	Epithelial and immune transcriptomic characteristics and possible regulatory mechanisms in asthma exacerbation: insights from integrated studies 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1512053 PMID:39917297	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，系统地探索了哮喘急性加重期间上皮细胞和免疫细胞的转录组特征及其调控机制	首次系统地揭示了哮喘急性加重期间上皮细胞和免疫细胞的高度异质性，并鉴定了9个关键调控基因	研究主要依赖于体外细胞系和动物模型验证，临床样本验证不足	探索哮喘急性加重的细胞和分子机制，鉴定关键调控基因	哮喘急性加重期间的上皮细胞和免疫细胞	生物信息学	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq），定量逆转录聚合酶链反应（qRT-PCR）	NA	RNA测序数据	NA