单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3721	2025-03-14	A single-cell transcriptomic map of the developing Atoh1 lineage identifies neural fate decisions and neuronal diversity in the hindbrain 2024-Aug-19, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.07.007 PMID:39106860	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和ATOH1 DNA结合分析，研究了小鼠后脑中Atoh1谱系神经元的发育过程，揭示了其命运决定和多样性的转录程序	首次提供了小鼠后脑Atoh1谱系神经元的高分辨率单细胞转录组图谱，并识别了特定脑干核的标志物	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他物种的验证	揭示Atoh1谱系神经元的命运决定机制及其多样性	小鼠后脑中的Atoh1谱系神经元	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序，ATOH1 DNA结合分析	NA	单细胞RNA测序数据	小鼠后脑Atoh1谱系神经元
3722	2025-03-14	Loss of cell junctional components and matrix alterations drive cell desquamation and fibrotic changes in Idiopathic Pulmonary Fibrosis 2024-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.17.599411 PMID:38948715	研究论文	本文研究了特发性肺纤维化（IPF）中远端细支气管上皮细胞脱屑的机制，揭示了细胞连接成分的下调、上皮-间质转化特征的上升以及基底膜基质的失调	首次描述了IPF患者中远端细支气管上皮细胞脱屑的病理现象，并通过空间转录组学和空间蛋白质组学揭示了其机制	研究样本量未明确说明，且未涉及其他类型肺纤维化的比较	探讨特发性肺纤维化中远端细支气管上皮细胞脱屑的机制及其对疾病进展的影响	特发性肺纤维化患者和健康对照者的远端细支气管上皮细胞和基底膜	数字病理学	肺纤维化	空间转录组学、空间蛋白质组学	NA	转录组数据、蛋白质组数据	未明确说明
3723	2025-03-14	Single-Cell Analyses Offer Insights into the Different Remodeling Programs of Arteries and Veins 2024-05-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13100793 PMID:38786017	研究论文	本研究通过单细胞分析对比了人类外周动脉和静脉的细胞组成，揭示了它们在重塑潜力上的差异	首次在单细胞水平上对比了动脉和静脉的细胞组成和转录程序，揭示了它们在重塑潜力上的显著差异	研究样本量较小，仅包括30名器官捐赠者的上臂动脉和静脉	探讨动脉和静脉在闭塞性疾病和损伤反应中的生物学差异	人类外周动脉和静脉	单细胞分析	心血管疾病	单细胞RNA测序、蛋白质组学、流式细胞术、组织学	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据、流式细胞数据、组织学数据	30名器官捐赠者的上臂动脉和静脉
3724	2025-03-14	Early cellular mechanisms of type I interferon-driven susceptibility to tuberculosis 2023-12-07, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.11.002 PMID:38029747	研究论文	本文探讨了I型干扰素在结核病易感性中的早期细胞机制	揭示了间质巨噬细胞和浆细胞样树突状细胞在结核分枝杆菌感染中的主导作用，并发现浆细胞样树突状细胞在人类结核肉芽肿附近定位	研究主要基于小鼠和非人灵长类动物模型，人类数据有限	研究结核病发病机制中的细胞机制	结核分枝杆菌感染的小鼠和非人灵长类动物	免疫学	结核病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠和非人灵长类动物
3725	2025-03-14	Osteosarcoma tumors maintain intra-tumoral transcriptional heterogeneity during bone and lung colonization 2023-04-27, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-023-01593-3 PMID:37106386	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了骨肉瘤肿瘤在骨和肺转移过程中维持肿瘤内转录异质性的机制	揭示了骨肉瘤肿瘤在骨和肺转移过程中如何维持肿瘤内转录异质性，并发现葡萄糖代谢的异质性特征	研究主要基于细胞系和患者来源的异种移植模型，可能无法完全反映人体内肿瘤的复杂性	研究骨肉瘤肿瘤在骨和肺转移过程中维持肿瘤内转录异质性的机制	骨肉瘤肿瘤细胞	肿瘤生物学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	细胞系和患者来源的异种移植模型	单细胞RNA测序数据	47,977个细胞
3726	2025-03-14	Mucosal Vaccination with Cyclic Dinucleotide Adjuvants Induces Effective T Cell Homing and IL-17-Dependent Protection against Mycobacterium tuberculosis Infection 2022-01-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2100029 PMID:34965963	研究论文	本研究探讨了使用环状二核苷酸（CDN）作为佐剂的黏膜疫苗在抗结核感染中的机制和效果	揭示了CDN疫苗通过诱导CD4 T细胞归巢至肺实质并渗透到肺巨噬细胞病变中，以及通过IL-17和IFN-γ依赖的保护机制来对抗结核感染	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索CDN疫苗在抗结核感染中的保护机制	小鼠	免疫学	结核病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠样本
3727	2025-03-14	Targeting the TREM1-positive myeloid microenvironment in glioblastoma 2022 Jan-Dec, Neuro-oncology advances IF:3.7Q2 DOI:10.1093/noajnl/vdac149 PMID:36249290	研究论文	本文研究了胶质母细胞瘤中髓系来源微环境的作用，并提供了抑制该微环境的药理学途径	首次揭示了TREM1+髓系微环境在胶质母细胞瘤异质性中的作用，并提出了通过抑制HuR二聚化来抑制该微环境的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证	探索胶质母细胞瘤中髓系来源微环境的作用及其作为治疗靶点的潜力	胶质母细胞瘤及其髓系来源微环境	肿瘤学	胶质母细胞瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	小鼠胶质母细胞瘤模型	基因表达数据	五个PDX细胞系和两个免疫活性小鼠模型
3728	2025-03-13	Parvalbumin neurons mediate neurological phenotypes of anti-NMDAR encephalitis 2025-Mar-12, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awae374 PMID:40071389	研究论文	本研究通过构建抗NMDAR脑炎动物模型，揭示了抗NMDAR脑炎患者认知缺陷的神经病理机制，并探讨了parvalbumin神经元在其中的作用	首次通过动物模型揭示了抗NMDAR脑炎患者认知缺陷的神经病理机制，并发现parvalbumin神经元在其中的关键作用，为治疗提供了新的靶点	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	探讨抗NMDAR脑炎患者认知缺陷的神经病理机制	抗NMDAR脑炎患者和健康个体的血清IgG，以及小鼠的parvalbumin神经元	神经科学	脑炎	免疫组织化学染色、电生理测试、光遗传学、药物遗传学、单细胞测序	动物模型	生理数据、基因表达数据	未明确说明样本数量，但使用了患者和健康个体的血清IgG，以及小鼠的parvalbumin神经元
3729	2025-03-13	Modeling epilepsy by loss-of-function of the CUG-binding protein Elav-like family member 2 in zebrafish with multi-omics analysis 2025-Mar-11, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003398 PMID:40066778	研究论文	本研究利用斑马鱼模型和多组学分析探讨了CELF2基因突变在癫痫中的致病机制	首次建立了CELF2基因敲除和敲低的斑马鱼模型，并通过行为学和电生理学分析确认了癫痫样表型，同时结合蛋白质组学和代谢组学分析揭示了CELF2缺陷对代谢途径的影响	研究主要基于斑马鱼模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨CELF2基因突变在癫痫中的致病机制	斑马鱼模型和一名与CELF2基因突变相关的婴儿癫痫痉挛综合征患者	生物医学	癫痫	全外显子测序、CRISPR/Cas9技术、蛋白质组学分析、代谢组学分析、单细胞测序	斑马鱼模型	基因序列数据、蛋白质组数据、代谢组数据、单细胞测序数据	一名患者和多个斑马鱼模型
3730	2025-03-13	Transcriptomic profiling after B-cell depletion reveals central and peripheral immune cell changes in multiple sclerosis 2025-Mar-11, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI182790 PMID:40067358	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索了B细胞耗竭疗法如何调节多发性硬化症患者的免疫景观	首次使用单细胞RNA测序技术全面分析B细胞耗竭疗法对多发性硬化症患者免疫细胞的影响，揭示了特定细胞类型的变化	研究样本量未明确提及，可能限制了结果的普遍性	探索B细胞耗竭疗法对多发性硬化症患者免疫景观的影响	多发性硬化症患者的脑脊液巨噬细胞和外周血单核细胞	生物信息学	多发性硬化症	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA测序数据	NA
3731	2025-03-13	Identification of conserved gene expression changes across common glomerular diseases by spatial transcriptomics 2025-Mar-11, Journal of nephrology IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s40620-025-02233-5 PMID:40067649	研究论文	本研究通过空间转录组学分析，识别了多种肾小球疾病中共有的基因表达变化	首次使用空间转录组学技术分析多种肾小球疾病中共有的基因表达变化，揭示了潜在的分子机制	样本量相对较小，且仅分析了肾小球疾病中的基因表达变化，未涉及其他肾脏疾病	研究目的是识别多种肾小球疾病中共有的基因表达变化，以揭示其潜在的分子机制	研究对象为肾小球疾病患者和健康对照者的肾活检标本	空间转录组学	肾小球疾病	空间转录组学分析，GeoMx Digital Spatial Profiler	NA	基因表达数据	肾小球疾病患者和健康对照者的肾活检标本，具体样本数量未明确
3732	2025-03-13	Lactylation modification in cancer: mechanisms, functions, and therapeutic strategies 2025-Mar-08, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-025-00622-x PMID:40057816	review	本文综述了乳酸化修饰在癌症中的机制、功能及治疗策略	乳酸化修饰作为一种新发现的翻译后修饰，在癌症中的作用机制和功能被详细探讨	当前研究在揭示乳酸化修饰机制方面仍存在许多障碍	探讨乳酸化修饰在癌症中的机制、功能及潜在治疗策略	癌症细胞及肿瘤微环境	癌症研究	癌症	单细胞转录组学和空间转录组学	NA	NA	NA
3733	2025-03-13	Role of GPX3+ astrocytes in breast cancer brain metastasis activated by circulating tumor cell exosomes 2025-Mar-07, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00833-9 PMID:40055530	研究论文	本研究探讨了循环肿瘤细胞（CTC）衍生的外泌体在乳腺癌脑转移过程中激活GPX3+星形胶质细胞的作用	揭示了CTC通过激活GPX3+星形胶质细胞促进乳腺癌脑转移的新机制，并提出了新的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探索乳腺癌脑转移的机制，特别是CTC衍生的外泌体对GPX3+星形胶质细胞的激活作用	乳腺癌脑转移中的GPX3+星形胶质细胞和循环肿瘤细胞（CTC）	癌症研究	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和代谢组学	小鼠模型	RNA序列数据和代谢物数据	NA
3734	2025-03-13	PerC B-Cells Activation via Thermogenetics-Based CXCL12 Generator for Intraperitoneal Immunity Against Metastatic Disseminated Tumor Cells 2025-Mar, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202411731 PMID:39865939	研究论文	本文描述了一种基于热遗传学的CXCL12生成器，用于激活腹膜腔B细胞亚群，以通过外源性抗原呈递实现腹膜内抗肿瘤免疫	提出了一种不依赖树突状细胞的下一代腹膜内免疫疗法，通过热遗传学方法调控CXCL12表达，避免细胞因子风暴，并识别了在腹膜内免疫疗法中起关键作用的抗原呈递B细胞群	NA	开发一种新型腹膜内免疫疗法，以激活腹膜腔B细胞亚群，增强腹膜内抗肿瘤免疫	腹膜腔B细胞亚群和腹膜转移的肿瘤细胞	免疫疗法	胃癌	热遗传学，单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3735	2025-03-13	Heat Shock Protein Family A Member 1A Attenuates Apoptosis and Oxidative Stress via ERK/JNK Pathway in Hyperplastic Prostate 2025-Mar, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70129 PMID:40066224	研究论文	本文研究了热休克蛋白家族A成员1A（HSPA1A）在良性前列腺增生（BPH）中的作用及其通过ERK/JNK信号通路减轻细胞凋亡和氧化应激的机制	首次揭示了HSPA1A在BPH中的上调表达及其通过ERK/JNK信号通路减轻细胞凋亡和氧化应激的作用	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	探讨HSPA1A在BPH发病机制中的作用及其潜在的治疗靶点	前列腺细胞（BPH-1和WPMY-1细胞）和睾酮诱导的BPH大鼠模型	生物医学	前列腺增生	RNA测序、单细胞测序、组织芯片分析	NA	基因表达数据、组织样本	139例BPH组织样本
3736	2025-03-13	A novel signature predicts prognosis in pancreatic cancer based on tumor membrane-associated genes 2025-Feb-28, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2025.e42791 PMID:40066030	研究论文	本研究基于肿瘤膜相关基因构建了一个新的签名模型MaGPS，用于预测胰腺癌患者的预后，并探索了潜在的治疗靶点	通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和蛋白质表达数据，首次构建了基于肿瘤膜相关基因的预后预测模型MaGPS，并揭示了其与药物敏感性的关联	研究依赖于外部数据集进行验证，可能受到数据质量和样本异质性的限制	开发一个基于肿瘤膜相关基因的预后预测模型，以改善胰腺癌患者的治疗策略	胰腺癌患者	数字病理学	胰腺癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 蛋白质表达分析	LASSO, Cox回归	RNA-seq, 蛋白质表达数据	来自TCGA、ICGC和GEO数据库的患者队列
3737	2025-03-13	A comparative study of statistical methods for identifying differentially expressed genes in spatial transcriptomics 2025-Feb-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.17.638726 PMID:40027680	研究论文	本文提出了一种在广义估计方程（GEEs）框架下的广义得分检验（GST），用于空间转录组学（ST）数据中的差异基因表达分析，并与现有方法进行了全面比较	提出了广义得分检验（GST），该方法能够有效结合空间相关性，相较于非参数方法（如Wilcoxon秩和检验），在控制I型错误率和提高准确性方面表现更优	尽管GST在模拟和实际数据中表现出色，但其在更广泛的数据集和应用场景中的表现仍需进一步验证	研究目的是开发一种更稳健的统计方法，用于空间转录组学数据中的差异基因表达分析	空间转录组学数据，特别是乳腺癌和前列腺癌的数据	生物信息学	乳腺癌, 前列腺癌	空间转录组学（ST）	广义估计方程（GEEs）, 广义得分检验（GST）	基因表达数据	NA
3738	2025-03-13	The tree labeling polytope: a unified approach to ancestral reconstruction problems 2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.14.638328 PMID:40027631	研究论文	本文提出了一种基于树标记多面体的新方法，用于解决系统发育树中的祖先状态重建问题	引入了树标记多面体这一几何对象，其顶点表示树的可行祖先标记，从而提供了一种多项式时间的线性规划算法	虽然新方法在模拟和真实数据集上表现优异，但其在大规模数据集上的计算效率仍需进一步验证	解决系统发育树中的祖先状态重建问题，特别是在现代应用中引入的额外全局约束	系统发育树中的祖先状态	计算生物学	肺癌	线性规划、混合整数规划	树标记多面体	系统发育树数据	数千个叶节点的大树，包括小鼠转移性肺腺癌模型的数据
3739	2025-03-13	Adulthood outcomes of thymic transplantation in a case of congenital athymia due to FOXN1 mutation 2025-Feb-14, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.02.006 PMID:39956280	研究论文	本文报告了一例因FOXN1突变导致的先天性无胸腺症患者在接受胸腺移植后的长期临床和免疫学结果	首次详细描述了成年后接受胸腺移植的先天性无胸腺症患者的长期免疫重建情况，揭示了异体胸腺移植后T细胞的独特生物学特性	仅报告了一例患者的长期随访结果，样本量有限，难以推广到更广泛的患者群体	探讨先天性无胸腺症患者接受胸腺移植后的长期免疫重建效果	一例因FOXN1突变导致的先天性无胸腺症患者	免疫学	先天性无胸腺症	高维光谱流式细胞术、单细胞RNA测序、T细胞受体测序、细胞表面蛋白测序	NA	临床数据、免疫学数据、基因测序数据	1例患者
3740	2025-03-13	A Reproducibility Focused Meta-Analysis Method for Single-Cell Transcriptomic Case-Control Studies Uncovers Robust Differentially Expressed Genes 2025-Feb-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.15.618577 PMID:39463993	meta-analysis	本文评估了阿尔茨海默病（AD）、帕金森病（PD）、精神分裂症（SCZ）和COVID-19的单细胞RNA测序研究中差异表达基因（DEGs）的可重复性，并开发了一种基于数据集间相对差异表达排名可重复性的非参数元分析方法SumRank	开发了一种新的非参数元分析方法SumRank，提高了差异表达基因的预测能力，并通过多种指标验证了其特异性与敏感性优于现有方法	研究结果依赖于已发表数据集的可用性和质量，且部分疾病（如AD和SCZ）的预测能力仍较低	评估单细胞转录组病例对照研究中差异表达基因的可重复性，并开发一种改进的元分析方法	阿尔茨海默病、帕金森病、精神分裂症和COVID-19的单细胞RNA测序数据	生物信息学	阿尔茨海默病, 帕金森病, 精神分裂症, COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	SumRank（非参数元分析方法）	单细胞RNA测序数据	多个已发表数据集（具体样本量未明确说明）