本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3701 | 2026-04-02 |
KGLAR: Deconvoluting Spatial Transcriptomics Data with Single-cell Transcriptomes through Knowledge-guided NMF and Least Angle Regression
2026-Apr-01, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-026-00815-w
PMID:41920506
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3702 | 2026-04-02 |
Complementary multi-omics profiling of chronic thromboembolic pulmonary hypertension reveals immune cell alterations, epigenetic changes, and genetically supported candidate genes
2026-Mar-31, Animal models and experimental medicine
IF:3.8Q2
DOI:10.1002/ame2.70166
PMID:41915478
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、DNA甲基化和孟德尔随机化分析,揭示了慢性血栓栓塞性肺动脉高压的免疫细胞改变、表观遗传变化和遗传支持的关键候选基因 | 首次在CTEPH中整合多组学数据(单细胞转录组、DNA甲基化、孟德尔随机化)进行互补分析,并识别出具有遗传支持的新型候选基因(如ETS1和FGR)及其诊断潜力 | 样本量相对有限,且为观察性研究,需进一步功能验证和更大队列验证 | 早期识别慢性血栓栓塞性肺动脉高压的分子标志物以支持更准确的诊断和个体化治疗 | 慢性血栓栓塞性肺动脉高压患者 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, DNA甲基化测序, 孟德尔随机化分析 | NA | 单细胞转录组数据, 表观遗传数据, 遗传数据 | 未明确具体样本数,涉及CTEPH患者队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 表观遗传分析 | NA | NA |
| 3703 | 2026-04-02 |
Sparser2Sparse: Single-shot Sparser-to-Sparse Learning for Spatial Transcriptomics Imputation with Natural Image Co-learning
2026-Mar-31, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2026.3679252
PMID:41915529
|
研究论文 | 提出了一种名为S2S-ST的新型单次稀疏到稀疏学习框架,用于空间转录组学数据插补,并利用自然图像进行协同训练 | 1) 提出稀疏到稀疏的自监督学习策略,利用ST数据内在空间模式从更稀疏子集预测部分观测稀疏区域;2) 引入与自然图像的跨域协同学习以增强特征表示;3) 设计级联数据一致性插补网络(CDCIN),在迭代优化预测的同时保持采样基因数据的保真度 | NA | 解决高分辨率空间转录组学数据成本高、稀缺性的挑战,实现从稀疏输入进行准确数据插补 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 级联数据一致性插补网络(CDCIN) | 空间转录组学数据,自然图像 | 多种组织类型(包括乳腺癌、肝脏和淋巴组织) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3704 | 2026-04-02 |
Perspectives from machine learning and multi-omics to decoding the effects of VDAC2 malignant subsets on tumor evolution
2026-Mar-31, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-026-01394-1
PMID:41917254
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析和机器学习方法,系统性地揭示了VDAC2在泛癌中的致癌作用及其通过VDAC2-BAK1-IFNγ通路影响肿瘤进展和免疫逃逸的机制 | 首次在泛癌层面系统性地整合了批量RNA测序、单细胞RNA测序和空间转录组学数据来研究VDAC2,并识别了VDAC2-BAK1-IFNγ这一在消化系统癌症中重要的新通路 | 体外实验验证主要集中于胃癌细胞,需要在更多癌症类型和体内模型中进行进一步验证 | 系统性地挖掘VDAC2在泛癌中的作用,探索其作为预后标志物和治疗靶点的潜力 | 泛癌数据集、胃癌细胞系 | 机器学习 | 泛癌(重点关注消化系统癌症) | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, RT-PCR, 细胞共培养, CCK-8检测, Transwell侵袭实验, ELISA | NA | 转录组数据, 细胞实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 3705 | 2026-04-02 |
Tobacco exposure and peripheral artery disease: A multi-omics investigation integrating epidemiology, genetics, toxicology, and single-cell transcriptomics
2026-Mar-30, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2026.120083
PMID:41916120
|
研究论文 | 本研究通过整合流行病学、遗传学、毒理学和单细胞转录组学方法,探讨烟草暴露与血清可替宁水平对周围动脉疾病的影响及其炎症通路机制 | 首次将流行病学分析、网络毒理学、孟德尔随机化、分子对接动力学和单细胞转录组学整合,系统揭示可替宁通过IL6/STAT3信号通路介导烟草暴露与周围动脉疾病关联的新机制 | 分子对接和动力学分析仅提示可替宁与IL6/STAT3可能存在瞬时相互作用,需进一步实验验证;单细胞数据未明确说明样本来源和数量 | 阐明烟草暴露通过血清可替宁介导的炎症通路导致周围动脉疾病的分子机制 | 烟草暴露人群、周围动脉疾病患者、血管相关免疫细胞和基质细胞 | 单细胞转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、孟德尔随机化、分子对接与动力学、网络毒理学 | NA | 流行病学数据、遗传数据、分子模拟数据、单细胞转录组数据 | 基于NHANES数据库的流行病学队列(具体样本数未说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3706 | 2026-04-02 |
Pre-existing cell states predict resistance to multiple treatments
2026-Mar-30, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2026.101191
PMID:41916275
|
研究论文 | 本研究通过多治疗、高通量克隆追踪和单细胞RNA测序技术,揭示了癌症细胞在治疗前的预存状态如何预测其对多种治疗产生耐药性 | 首次在平行多治疗条件下追踪稀有克隆的耐药性发展过程,并识别出与多治疗耐药相关的细胞状态,特别是发现治疗前CD44高表达可作为多治疗耐药的预测指标 | 研究主要基于体外实验模型,尚未在临床样本中得到充分验证 | 探究癌症细胞预存状态对多种治疗耐药性的预测机制 | 癌症细胞克隆 | 单细胞组学 | 癌症 | DNA条形码技术、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3707 | 2026-04-02 |
Perturb-seq uncovers pathological obstacles to direct cardiac reprogramming in vivo
2026-Mar-30, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2026.03.006
PMID:41916284
|
研究论文 | 本研究利用Perturb-seq平台系统识别了体内心脏重编程的障碍,发现calreticulin (Calr)是主要抑制剂,其敲除可显著提高诱导心肌细胞效率并改善心肌梗死后的心脏功能 | 开发了适用于复杂病理环境的Perturb-seq平台,首次系统比较并排名了140个潜在体内心脏重编程障碍,揭示了Calr作为关键抑制剂的新机制 | 研究主要基于shRNA筛选和单细胞RNA-seq数据,体内实验验证可能受模型特异性限制,未全面探讨其他潜在障碍的长期影响 | 识别并克服体内直接心脏重编程的病理障碍,以提高心肌细胞诱导效率,促进心脏再生 | 成纤维细胞向心肌细胞的直接转分化过程,特别是在心肌梗死后的病理微环境中 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | Perturb-seq, 单细胞RNA-seq, shRNA筛选 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 涉及140个潜在障碍的筛选 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 定制化Perturb-seq平台,适用于复杂病理环境 |
| 3708 | 2026-04-02 |
Spatiotemporal multiomics reveal a default CD4 fate and a stem-like CD8 T cell subset in the thymus
2026-Mar-25, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2026.03.053
PMID:41895464
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学、蛋白质分析、染色质可及性和空间转录组学技术,构建了小鼠胸腺T细胞发育的多模态图谱,揭示了αβ和γδ谱系的早期分叉、CD4谱系的默认程序以及一个干细胞样CD8 T细胞亚群 | 首次结合单细胞多组学和空间转录组学技术,高分辨率地解析了胸腺T细胞发育的时空动态,明确了αβ和γδ谱系在DN1阶段的早期分叉,并发现CD4谱系是转录默认程序,而CD8谱系需要Runx3激活和I类MHC信号 | 研究基于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类;空间转录组学分辨率有限,可能无法完全捕捉细胞间相互作用的细节 | 构建胸腺T细胞发育的全面多模态图谱,以阐明早期谱系决定、中间状态和空间检查点的分子机制 | 小鼠胸腺中的胸腺细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞转录组学、CITE-seq、scATAC-seq、空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质表达数据、染色质可及性数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、单细胞ATAC-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 3709 | 2026-04-02 |
Exploring the developmental mechanisms of tea plant trichomes using genomics and single-cell transcriptome sequencing
2026-Mar, Horticulture research
IF:7.6Q1
DOI:10.1093/hr/uhaf352
PMID:41918624
|
研究论文 | 本研究通过基因组测序和单细胞转录组测序,探索了茶树毛状体的发育机制 | 首次提供了三倍体茶树品种的高质量染色体级别基因组组装,并构建了木本植物的单细胞图谱,鉴定了毛状体特异性标记基因和发育轨迹 | NA | 探索茶树毛状体的发育机制,为茶树育种提供遗传资源 | 福鼎大白茶(三倍体白茶品种)及其叶片组织 | 基因组学 | NA | PacBio长读长测序、Hi-C支架、单核RNA测序 | NA | 基因组序列、单细胞转录组数据 | 叶片组织混合样本 | PacBio | 长读长测序、Hi-C、单核RNA-seq | NA | NA |
| 3710 | 2026-04-02 |
Oncolytic Zika virus therapy leverages CCR2+ monocytes to boost anti-glioblastoma T cell responses
2026-Feb-23, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noag037
PMID:41729934
|
研究论文 | 本研究探讨了溶瘤寨卡病毒(ZIKV)通过激活CCR2+单核细胞来增强抗胶质母细胞瘤CD8+ T细胞反应的机制 | 揭示了ZIKV通过CCR2+单核细胞介导的T细胞反应增强机制,为克服胶质母细胞瘤免疫抑制提供了新策略 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体中进行验证 | 探究ZIKV治疗胶质母细胞瘤的免疫机制,特别是单核细胞在其中的作用 | 胶质母细胞瘤小鼠模型中的CCR2+单核细胞和CD8+ T细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,T细胞受体测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3711 | 2026-04-02 |
Gut Microbiome, Immune Cells, and Heart Failure: A Multi-Omics Mendelian Randomization Study
2026-Jan-23, Cardiology
IF:1.9Q3
DOI:10.1159/000550655
PMID:41915616
|
研究论文 | 本研究通过多组学孟德尔随机化分析,探讨了肠道微生物组通过免疫细胞对心力衰竭的因果影响 | 首次结合肠道微生物组、免疫细胞和心力衰竭的GWAS数据,利用单细胞RNA测序和单核RNA测序技术,通过eQTL孟德尔随机化分析揭示微生物与免疫互作在心力衰竭中的因果机制 | 研究依赖于公开的GWAS摘要数据,可能受限于样本异质性和潜在混杂因素,且因果推断基于遗传工具变量,需实验验证 | 探究肠道微生物组通过免疫调节对心力衰竭发病的因果关系 | 肠道微生物分类群、免疫细胞(如CD4+T细胞、NK/T细胞)和心力衰竭患者及健康对照 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 全基因组关联研究(GWAS)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单核RNA测序(snRNA-seq)、表达数量性状位点(eQTL)分析 | 孟德尔随机化(MR)模型 | 遗传摘要数据、单细胞转录组数据 | 基于公开GWAS和单细胞测序数据,具体样本数未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | NA |
| 3712 | 2026-04-02 |
Loss of HOXA10 activates NLRP3 for epithelial plasticity and pyroptosis in endometrium during embryo implantation
2026-01-15, Reproduction (Cambridge, England)
DOI:10.1093/reprod/xaaf007
PMID:41575153
|
研究论文 | 本研究揭示了转录因子HOXA10通过抑制NLRP3来维持子宫内膜上皮细胞特性,其下调会激活NLRP3介导的炎症小体形成和细胞焦亡,从而为胚胎植入创造条件的分子机制 | 首次发现HOXA10通过直接调控NLRP3表达来控制胚胎植入过程中的上皮重塑,并阐明了NLRP3在诱导上皮可塑性(pEMT)和细胞焦亡中的双重功能 | 研究主要基于小鼠模型,在人类子宫内膜中的验证尚需进一步研究;NLRP3抑制剂MCC950的具体作用机制和长期影响有待深入探索 | 探究胚胎植入过程中子宫内膜上皮细胞重塑的分子调控机制 | 小鼠子宫内膜(特别是腔上皮细胞) | 生殖生物学/发育生物学 | 生殖系统疾病(胚胎植入相关) | CUT&RUN测序,单细胞RNA-seq,免疫染色 | NA | 基因组学数据,转录组数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3713 | 2026-04-02 |
Single-cell transcriptome sequencing reveals hepatocyte heterogeneity in response to radiation-induced liver injury and regeneration
2026-01, Radiotherapy and oncology : journal of the European Society for Therapeutic Radiology and Oncology
IF:4.9Q1
DOI:10.1016/j.radonc.2025.111225
PMID:41429723
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了辐射诱导肝损伤后肝细胞的异质性反应与再生机制 | 首次在辐射诱导肝损伤模型中,结合单细胞和单核RNA测序以及蛋白质组学分析,系统描绘了肝细胞亚群在空间和时间上的动态响应,并验证了人类肝组织中的保守通路激活 | 研究主要基于大鼠模型,人类样本验证有限;未深入探讨长期再生效果或临床转化潜力 | 阐明辐射诱导肝损伤的分子机制及肝细胞再生过程 | 大鼠肝细胞及人类肝组织 | 数字病理学 | 肝损伤 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 蛋白质组学分析 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据 | 大鼠模型及人类肝组织样本(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | NA |
| 3714 | 2026-04-02 |
Integrated transcriptome and single-cell sequencing analysis identify blood-pancreas shared lncRNA biomarkers in new-onset T2DM
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0345359
PMID:41915667
|
研究论文 | 本研究通过整合转录组测序和单细胞RNA测序,识别了初发2型糖尿病患者血液与胰腺共享的lncRNA作为早期生物标志物 | 首次整合外周血转录组与胰岛单细胞测序数据,识别血液与胰腺共享的lncRNA作为T2DM早期系统性生物标志物 | 样本量相对较小,且为横断面研究,需进一步纵向验证 | 识别初发2型糖尿病患者血液与胰腺共享的lncRNA作为早期生物标志物 | 初发2型糖尿病患者的外周血样本和胰岛组织 | 生物信息学 | 2型糖尿病 | 转录组测序, 单细胞RNA测序 | 加权基因共表达网络分析 | RNA-seq数据 | 初始队列:8名T2DM患者和8名对照;单细胞队列:17名T2DM供体;验证队列:85名T2DM患者和85名对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3715 | 2026-04-02 |
Single-Cell/Nucleus RNA-Sequencing for Phytohormone Signaling in Plants
2026, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-5214-5_10
PMID:41917663
|
综述 | 本文详细介绍了单细胞/单核RNA测序技术在植物激素信号研究中的应用方法 | 利用scRNA-seq和snRNA-seq技术,在转录组水平实现细胞异质性的高分辨率映射,为植物激素信号研究提供了新方法 | NA | 研究植物激素信号传导的基因调控网络 | 植物细胞 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq | NA | NA |
| 3716 | 2026-04-02 |
Single-Cell Transcriptomics in Arabidopsis in Response to Salicylic Acid and Jasmonic Acid
2026, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-5214-5_11
PMID:41917664
|
研究论文 | 本文提供了针对拟南芥水杨酸和茉莉酸响应的单细胞核RNA测序实验方案及生物信息学分析流程 | 开发了针对植物激素处理的单细胞核RNA测序端到端实验方案,并结合计算流程实现细胞类型分辨的激素免疫响应解析 | NA | 解析水杨酸和茉莉酸在植物免疫中的细胞类型特异性响应机制 | 拟南芥 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞核RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3717 | 2026-04-02 |
Stereo-Seq Transcriptomics in Arabidopsis Leaves in Response to Salicylic Acid
2026, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-5214-5_12
PMID:41917665
|
研究论文 | 本文描述了一个完整的Stereo-seq工作流程,用于研究拟南芥叶片在响应水杨酸处理时的空间转录组变化 | 首次将Stereo-seq技术应用于拟南芥叶片响应水杨酸的空间转录组研究,并提供了从样本制备到数据分析的完整工作流程 | 未明确说明样本数量,且工作流程可能受特定平台限制 | 研究拟南芥叶片在响应水杨酸处理时的空间转录组变化 | 拟南芥叶片 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | STOmics, MGI | 空间转录组学 | STOmics V1.3 1 × 1 cm芯片, DNBSEQ平台 | STOmics V1.3 1 × 1 cm芯片用于文库构建,DNBSEQ平台用于测序 |
| 3718 | 2026-04-02 |
APOE and CCR2: Potential Macrophage-Specific Biomarkers in the Rheumatoid Arthritis Synovial Microenvironment Identified by Bioinformatics and Experimental Verification in Murine Models
2026, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S587712
PMID:41918589
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证,在类风湿关节炎滑膜微环境中识别出APOE和CCR2作为潜在的巨噬细胞特异性生物标志物 | 结合批量与单细胞RNA-seq数据,识别出在滑膜巨噬细胞中特异性高表达并与炎症反应相关的枢纽基因APOE和CCR2,并通过实验验证了其表达调控 | 需要进一步研究以阐明APOE和CCR2在类风湿关节炎中的具体作用机制 | 识别类风湿关节炎中巨噬细胞特异性的枢纽基因并研究其生物学功能 | 类风湿关节炎患者的滑膜组织及小鼠RAW264.7细胞系 | 生物信息学 | 类风湿关节炎 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, RT-qPCR, ELISA, 免疫荧光染色 | NA | 基因表达数据, 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 3719 | 2026-04-02 |
Editorial: Unraveling breast cancer complexity: insights from single-cell sequencing and spatial transcriptomics
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1816191
PMID:41918756
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3720 | 2026-04-02 |
Identification of a GPR182-postive stem cell population that drives polyp progression in familial adenomatous polyposis
2026, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.20704
PMID:41918858
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量转录组数据分析,识别了家族性腺瘤性息肉病中驱动息肉异质性的关键细胞亚群——GPR182阳性息肉干细胞 | 首次在家族性腺瘤性息肉病中鉴定出GPR182阳性息肉干细胞,并揭示其在驱动息肉异质性、免疫逃逸及预后和药物反应预测中的关键作用 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据分析,缺乏前瞻性临床验证,且功能验证实验可能有限 | 解析家族性腺瘤性息肉病中息肉进展的异质性,以识别新的治疗靶点和生物标志物 | 家族性腺瘤性息肉病患者的单细胞和批量转录组数据 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞测序,批量转录组测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 涉及多个公共数据集(GSE109308等),具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |