单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27648 篇文献，本页显示第 3701 - 3720 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3701 | 2025-03-04 |
Myelin-reactive CD8+ T cells influence conventional dendritic cell subsets towards a mature and regulatory phenotype in experimental autoimmune encephalomyelitis
2025-Feb-28, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03377-8
PMID:40022134
|
研究论文 | 本文研究了在多发性硬化症（MS）小鼠模型中，髓鞘反应性CD8+ T细胞如何通过影响常规树突状细胞（cDC）亚群，诱导其成熟和调节表型，从而抑制CD4 T细胞反应和减少实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）的发病机制 | 揭示了髓鞘反应性CD8+ T细胞通过直接与cDC1相互作用并通过旁分泌机制调节CD11b cDC，诱导成熟和调节性树突状细胞的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类多发性硬化症患者中验证 | 探讨髓鞘反应性CD8+ T细胞在多发性硬化症中的作用机制 | 小鼠模型中的髓鞘反应性CD8+ T细胞和常规树突状细胞（cDC1和CD11b cDC） | 免疫学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 3702 | 2025-03-04 |
Reawakening inflammation in the chronically injured spinal cord using lipopolysaccharide induces diverse microglial states
2025-Feb-28, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03379-6
PMID:40022205
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了脊髓损伤（SCI）后不同时期小胶质细胞对脂多糖（LPS）的反应，探讨了LPS如何通过改变小胶质细胞状态促进神经可塑性 | 首次使用单细胞RNA测序技术详细描述了SCI后不同时期小胶质细胞的状态变化，并揭示了LPS注射如何改变这些状态以促进神经可塑性 | 研究未完全阐明LPS诱导的神经炎症如何具体促进神经可塑性，且样本量有限 | 探讨SCI后小胶质细胞状态变化及其在LPS诱导的神经可塑性中的作用 | 脊髓损伤后的小胶质细胞 | 神经科学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确说明样本数量 |
| 3703 | 2025-03-04 |
LETSmix: a spatially informed and learning-based domain adaptation method for cell-type deconvolution in spatial transcriptomics
2025-Feb-28, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-025-01442-8
PMID:40022231
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研究论文 | 本文提出了一种名为LETSmix的空间转录组学细胞类型去卷积方法，通过整合空间相关性来提高分辨率 | LETSmix通过定制的LETS滤波器整合空间相关性，利用层注释、表达相似性、图像纹理特征和空间坐标来优化空间转录组数据，并采用mixup增强的域适应策略解决ST与单细胞RNA测序数据之间的差异 | NA | 提高空间转录组学中细胞类型去卷积的准确性 | 空间转录组数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | LETS滤波器 | 空间转录组数据，单细胞RNA测序数据 | 多种ST平台和组织类型 |
| 3704 | 2025-03-04 |
Decoding melanoma's cellular mosaic to unlock immunotherapy potential
2025-Feb-28, Trends in cell biology
IF:13.0Q1
DOI:10.1016/j.tcb.2025.01.009
PMID:40023663
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review | 本文综述了单细胞多组学技术在揭示皮肤黑色素瘤生物学特性及免疫治疗耐药机制中的关键作用 | 利用单细胞测序和空间多组学技术，深入解析了肿瘤内异质性及其对癌症进展的影响 | NA | 探讨单细胞多组学技术如何揭示皮肤黑色素瘤的生物学特性及免疫治疗耐药机制 | 皮肤黑色素瘤 | digital pathology | melanoma | 单细胞测序, 空间多组学技术 | NA | 单细胞数据, 多组学数据 | NA |
| 3705 | 2025-03-04 |
Integrative analysis reveals the multilateral inflammatory mechanisms of CD14 monocytes in gout
2025-Feb-28, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2025.01.046
PMID:40023733
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了CD14单核细胞在痛风中的多边炎症机制 | 首次在单细胞水平上揭示了CD14单核细胞在痛风中的分子和细胞景观，特别是缺氧和脂肪酸代谢途径的作用 | 样本量相对较小（8名痛风患者和6名健康对照） | 阐明CD14单核细胞在痛风炎症反应中的分子和细胞机制 | 痛风患者和健康对照的外周血单核细胞 | 生物信息学 | 痛风 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 8名痛风患者和6名健康对照 |
| 3706 | 2025-03-04 |
Dual function of MrgprB2 receptor-dependent neural immune axis in chronic pain
2025-Feb-28, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.02.037
PMID:40024332
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研究论文 | 本文研究了MrgprB2受体依赖的神经免疫轴在化疗药物诱导的神经性疼痛（CINP）中的双向调节作用 | 揭示了MrgprB2/Tryptase/PAR2轴在CINP疼痛发展和缓解中的双向作用，强调了MrgprB2作为早期干预CINP的关键靶点 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 探讨MrgprB2介导的神经免疫相互作用在CINP中的双向调节作用 | 野生型小鼠、MrgprD敲除小鼠、肥大细胞缺陷小鼠、MrgprB2敲除小鼠和MrgprB2-Cre tdTomato小鼠 | 神经免疫学 | 神经性疼痛 | 钙成像、细胞因子抗体阵列、单细胞测序数据库挖掘、免疫荧光、Western blotting、共免疫沉淀（Co-IP） | NA | 实验数据 | 多种基因修饰小鼠模型 |
| 3707 | 2025-03-04 |
SpaceBar enables clone tracing in spatial transcriptomic data
2025-Feb-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637514
PMID:39990434
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SpaceBar的细胞条形码策略，能够同时进行克隆追踪和空间转录组分析 | 创新点在于使用96个合成条形码序列，通过成像空间转录组学（seqFISH）进行检测，每个细胞被标记为条形码的组合，从而在复杂组织环境中区分克隆动态和环境驱动的转录调控 | NA | 研究目的是开发一种能够同时进行克隆追踪和空间转录组分析的方法 | 研究对象是黑色素瘤细胞在肿瘤异种移植模型中的克隆身份和空间基因表达 | 空间转录组学 | 黑色素瘤 | seqFISH | NA | 空间转录组数据 | NA |
| 3708 | 2025-03-04 |
Spatially distinct cellular and molecular landscapes define prognosis in triple negative breast cancer
2025-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637503
PMID:39990419
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术，深入探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）中不同预后群体的细胞和分子异质性 | 首次利用空间转录组学技术，详细描绘了TNBC中不同预后群体的细胞和分子基础，揭示了上皮细胞及其微环境在转录水平上的显著差异 | 样本量相对较小，仅包括32名女性患者，且为回顾性研究，可能影响结果的普遍性 | 探讨TNBC中不同预后群体的细胞和分子异质性，以揭示预后差异的分子驱动因素 | 32名未经治疗的三阴性乳腺癌女性患者，分为良好预后组（GPx）和不良预后组（PPx） | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学，GeoMX® Digital Spatial Profiler，卷积神经网络（CNN） | 卷积神经网络（CNN） | 空间转录组数据 | 32名女性患者（17名良好预后，15名不良预后） |
| 3709 | 2025-03-04 |
Single-cell transcriptomics of X-ray irradiated Drosophila wing discs reveals heterogeneity related to cell-cycle status and cell location
2025-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.10.627868
PMID:39990483
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术研究了X射线辐射对果蝇翅膀原基的影响，揭示了细胞周期状态和细胞位置相关的异质性 | 首次在果蝇翅膀原基中应用单细胞RNA测序技术，揭示了X射线辐射后细胞间的异质性，并引入了赫芬达尔-赫希曼指数来量化基因表达的异质性 | 研究仅限于果蝇翅膀原基，未涉及其他组织或生物体 | 研究X射线辐射对果蝇翅膀原基细胞的影响，特别是细胞异质性 | 果蝇翅膀原基细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确提及样本数量，但涉及果蝇翅膀原基的多个细胞 |
| 3710 | 2025-03-04 |
Molecularly-guided spatial proteomics captures single-cell identity and heterogeneity of the nervous system
2025-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637505
PMID:39990460
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研究论文 | 本文介绍了利用空间单细胞蛋白质组学技术研究神经系统异质性的方法 | 通过免疫染色引导的激光捕获显微切割（LCM）结合液相色谱-质谱（LC-MS）技术，首次在异质性中枢神经系统中应用空间单细胞蛋白质组学 | 研究主要集中在中枢神经系统和周围神经系统的特定区域，未涵盖所有神经系统区域 | 研究神经系统中的单细胞异质性及其在神经疾病中的作用 | 大脑皮层、黑质、肠肌层神经节和神经束 | 蛋白质组学 | 神经疾病 | 免疫染色引导的激光捕获显微切割（LCM）结合液相色谱-质谱（LC-MS） | NA | 蛋白质组数据 | 多个大脑区域和神经组织的单细胞样本 |
| 3711 | 2025-03-04 |
A Benchmarking Study of Random Projections and Principal Components for Dimensionality Reduction Strategies in Single Cell Analysis
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.04.636499
PMID:39974925
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研究论文 | 本研究系统评估了主成分分析（PCA）和随机投影（RP）方法在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据降维中的性能，重点关注计算效率和下游分析效果 | 首次全面比较PCA和RP方法在scRNA-seq数据中的应用，特别是RP在计算速度和数据变异性保持方面的优势 | 研究主要基于公开数据集，可能无法完全代表所有单细胞数据的特性 | 评估和比较不同降维策略在单细胞分析中的效果 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | PCA, RP, SVD, 随机SVD, 稀疏随机投影, 高斯随机投影 | 单细胞RNA测序数据 | 多个公开的标记和未标记scRNA-seq数据集 |
| 3712 | 2025-03-04 |
The impact of ambient contamination on demultiplexing methods for single-nucleus multiome experiments
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.06.636969
PMID:39975005
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研究论文 | 本文研究了环境污染物对单核多组学实验中解复用方法的影响，并开发了一种新的模拟器ambisim来评估这些方法 | 开发了ambisim模拟器，能够灵活控制环境分子比例并生成真实的联合snRNA/snATAC数据，用于评估解复用方法 | 研究主要集中在模拟数据和两个联合snRNA/snATAC数据集上，可能需要在更多实际数据上进行验证 | 评估环境污染物对单核多组学实验中解复用方法的影响，并提高解复用算法的灵敏度和特异性 | 单核多组学实验中的解复用方法 | 生物信息学 | NA | 单核RNA测序（snRNA-seq）、单核ATAC测序（snATAC-seq） | NA | 模拟数据、联合snRNA/snATAC数据 | 两个联合snRNA/snATAC数据集 |
| 3713 | 2025-03-04 |
Seq-Scope-eXpanded: Spatial Omics Beyond Optical Resolution
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.04.636355
PMID:39975076
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研究论文 | 本文介绍了Seq-Scope-X，一种通过组织扩展实现亚微米分辨率的空间转录组学技术，突破了传统测序方法的限制 | Seq-Scope-X通过物理放大组织，减少了转录扩散效应，并将空间特征密度提高了一个数量级，实现了亚微米分辨率 | NA | 开发一种超越光学分辨率的空间转录组学技术，以更精确地解析细胞结构和功能 | 肝脏组织、脑组织、结肠组织、小鼠脾脏和人类扁桃体 | 空间组学 | NA | 空间转录组学、空间蛋白质组学 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据 | NA |
| 3714 | 2025-03-04 |
scBSP: A fast and accurate tool for identifying spatially variable features from high-resolution spatial omics data
2025-Feb-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.02.636138
PMID:39974940
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研究论文 | 本文介绍了一个名为scBSP的开源工具，用于从高分辨率空间组学数据中识别空间可变特征 | scBSP利用稀疏矩阵操作显著提高了计算效率，能够在短时间内处理包含数百万细胞的高分辨率空间组学数据，并保持高准确性 | 未明确提及具体局限性 | 开发一个高效且准确的工具，用于识别高分辨率空间组学数据中的空间可变特征 | 高分辨率空间组学数据 | 空间组学 | 肾脏疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间组学数据 | 19,950个基因和181,367个点 |
| 3715 | 2025-03-04 |
The profiles of immunosuppressive microenvironment in the Lauren intestinal-type gastric adenocarcinoma
2025-Feb-01, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03938-5
PMID:39891785
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等技术，深入探讨了Lauren肠型胃腺癌（IGAC）中免疫抑制微环境的细胞亚群及其机制 | 首次详细描绘了IGAC中免疫抑制细胞亚群的组成及其功能，特别是HAVCR2+VCAM1+ Texs和LAYN+TNFRSF4+ Tregs的作用 | 样本量相对较小，仅包括15名中国患者，可能限制了结果的普遍性 | 研究IGAC中免疫抑制的机制，以发现增强免疫治疗效果的新靶点 | 15名诊断为IGAC的中国患者的肿瘤组织和对应的非癌性黏膜 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间分辨转录组学（SRT）、免疫荧光（IF）、流式细胞术（FCM） | NA | RNA测序数据、图像数据 | 15名中国IGAC患者的肿瘤组织和对应的非癌性黏膜 |
| 3716 | 2025-03-04 |
Prediction of Gene Regulatory Connections with Joint Single-Cell Foundation Models and Graph-Based Learning
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.16.628715
PMID:39975293
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研究论文 | 本文提出了一种名为scRegNet的新框架，利用单细胞基础模型（scFMs）和联合图学习进行基因调控链接预测 | 结合大规模预训练模型和图学习方法，提出了一种新的基因调控链接预测框架scRegNet，并在多个基准数据集上实现了最先进的性能 | 监督学习方法需要大量已知的TF-DNA结合数据，这些数据通常实验成本高且数量有限 | 解决基因调控链接预测问题，通过基因级别的向量化表示预测缺失的调控相互作用 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据和转录因子-DNA结合数据（如ChIP-seq） | 机器学习 | NA | scRNA-seq, ChIP-seq | scFMs, 图学习 | 基因表达数据, 转录因子-DNA结合数据 | 七个scRNA-seq基准数据集 |
| 3717 | 2025-03-04 |
CFTR High Expresser BEST4+ cells are pH-sensing neuropod cells: new implications for intestinal physiology and Cystic Fibrosis disease
2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.24.634747
PMID:39974899
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了人类肠道中一种新型上皮细胞亚群BEST4+细胞，这些细胞在pH调节、GPCR酸感应受体、饱腹感、cGMP信号传导等方面具有特殊功能，并与囊性纤维化疾病相关 | 首次将BEST4+细胞与CFTR高表达细胞（CHE）亚群联系起来，并揭示了它们在肠道pH调节和囊性纤维化疾病中的潜在作用 | 研究主要基于大鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究 | 探讨BEST4+细胞在肠道生理和囊性纤维化疾病中的作用 | 人类和大鼠肠道中的BEST4+细胞 | 生物医学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 大鼠肠道样本 |
| 3718 | 2025-03-04 |
Single Cell Spatial Transcriptomics Reveals Immunotherapy-Driven Bone Marrow Niche Remodeling in AML
2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.24.634753
PMID:39975227
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研究论文 | 本文通过多组学方法研究了在免疫检查点抑制剂pembrolizumab和去甲基化药物decitabine联合治疗下，难治性或复发性急性髓性白血病患者骨髓微环境中白血病细胞与免疫细胞之间的时空相互作用 | 结合单细胞RNA测序数据和单细胞分辨率空间转录组数据，克服了测序深度限制，实现了更准确的肿瘤微环境分析 | 研究样本量有限，可能影响结果的普遍性 | 研究免疫治疗对急性髓性白血病患者骨髓微环境的重塑作用 | 难治性或复发性急性髓性白血病患者的骨髓样本 | 数字病理学 | 急性髓性白血病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 深度学习模型 | 单细胞RNA测序数据、空间转录组数据 | 难治性或复发性急性髓性白血病患者的骨髓样本 |
| 3719 | 2025-03-04 |
SpaIM: Single-cell Spatial Transcriptomics Imputation via Style Transfer
2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.24.634756
PMID:39975319
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研究论文 | 本文提出了一种名为SpaIM的创新风格迁移学习模型，利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据来预测空间转录组学（ST）数据中未测量的基因表达，从而提高基因覆盖率和表达 | SpaIM通过将scRNA-seq和ST数据分离为数据无关的内容和数据特定的风格，克服了数据稀疏性和基因覆盖率有限的问题，显著优于现有的12种方法 | NA | 利用scRNA-seq数据丰富空间转录组学（ST）数据，解决基因信号稀疏和基因检测能力有限的问题 | 空间转录组学（ST）数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 风格迁移学习模型 | 基因表达数据 | 53个不同的ST数据集，涵盖多种组织类型 |
| 3720 | 2025-03-04 |
Isotope Encoded Spatial Biology Identifies Amyloid Plaque-Age-Dependent Structural Maturation, Synaptic Loss, and Increased Toxicity
2025-Jan-22, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5829037/v1
PMID:39975899
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研究论文 | 本研究通过质谱成像和稳定同位素标记技术，追踪了阿尔茨海默病中淀粉样斑块的形成和成熟过程 | 利用稳定同位素标记技术对淀粉样斑块进行时间标记，并结合空间转录组学，揭示了斑块年龄与基因表达变化的关系 | 研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本 | 阐明阿尔茨海默病中淀粉样斑块的形成和成熟过程 | 淀粉样斑块 | 空间生物学 | 阿尔茨海默病 | 质谱成像、稳定同位素标记、空间转录组学 | NA | 图像、基因表达数据 | 10至18个月大的小鼠 |