单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3701	2025-02-23	Impaired inflammatory resolution with severe SARS-CoV-2 infection in leptin knock out obese hamster 2025-Feb-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111837 PMID:39981511	研究论文	本研究通过基因编辑的瘦素敲除肥胖仓鼠模型，探讨了肥胖与严重COVID-19之间的机制	首次使用瘦素敲除肥胖仓鼠模型模拟肥胖患者的严重COVID-19，并通过单细胞转录组学揭示了单核细胞来源的肺泡巨噬细胞在肺部过度炎症中的关键作用	研究主要依赖于动物模型，可能无法完全反映人类肥胖患者的复杂情况	探讨肥胖与严重COVID-19之间的机制，并建立可靠的临床前动物模型	瘦素敲除肥胖仓鼠	生物医学	COVID-19	单细胞转录组学	瘦素敲除肥胖仓鼠模型	基因表达数据	NA
3702	2025-02-23	Spatial transcriptomics-aided localization for single-cell transcriptomics with STALocator 2025-Feb-19, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101195 PMID:39904340	研究论文	本文开发了一种名为STALocator的工具，用于将单细胞转录组数据定位到空间转录组数据中，以提高数据的空间分辨率和基因表达模式	STALocator工具结合了单细胞RNA测序和空间转录组技术，能够更好地定位单细胞并增强基因表达模式，识别更多空间可变基因和生物学相关的GO术语	空间转录组数据的质量（空间分辨率或基因覆盖度）仍远低于单细胞转录组数据	开发一种工具，将单细胞转录组数据与空间转录组数据结合，以提高数据的空间分辨率和基因表达模式	单细胞RNA测序数据和空间转录组数据	数字病理学	鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组（ST），荧光原位杂交（FISH），Xenium	NA	基因表达数据，空间信息	人类大脑和鳞状细胞癌数据
3703	2025-02-23	Inferring cell trajectories of spatial transcriptomics via optimal transport analysis 2025-Feb-19, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101194 PMID:39904341	研究论文	本文介绍了一种名为SpaTrack的方法，通过最优传输分析整合细胞转录组和空间位置信息，重建细胞分化轨迹	SpaTrack利用最优传输将基因表达和空间位置信息整合到转移成本中，从而构建反映分化拓扑和追踪细胞动态的详细空间轨迹	NA	研究目的是通过整合细胞转录组和空间位置信息，重建细胞分化轨迹	研究对象包括蝾螈端脑再生和小鼠中脑发育的时空轨迹，以及原发性肿瘤内的多种恶性细胞系	空间转录组学	NA	最优传输分析	NA	空间转录组数据	NA
3704	2025-02-23	Single-cell RNA-seq and pathological phenotype reveal the functional atlas and precise roles of Sox30 in testicular cell development and differentiation 2025-Feb-19, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07442-1 PMID:39971903	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和病理表型分析，揭示了Sox30在睾丸细胞发育和分化中的功能图谱和精确作用	首次详细描述了Sox30在睾丸细胞中的具体功能，特别是在初级精母细胞分化中的作用，并揭示了Sox30缺失对睾丸细胞间通讯和转录因子网络的影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究Sox30在睾丸细胞发育和分化中的具体功能	小鼠睾丸细胞	生物信息学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及小鼠睾丸细胞
3705	2025-02-23	Unravelling genotype-phenotype correlations in Stargardt disease using patient-derived retinal organoids 2025-Feb-19, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07420-7 PMID:39971915	研究论文	本研究利用患者来源的视网膜类器官探讨了Stargardt病的基因型-表型相关性	首次使用患者来源的iPSCs生成视网膜类器官，成功模拟了STGD1的视网膜特异性剪接缺陷，并揭示了基因型与表型之间的相关性	研究仅涉及两个单等位基因未解决的STGD1病例和一个双等位基因影响的对照病例，样本量较小	探讨STGD1的细胞和分子特征及其基因型-表型相关性	Stargardt病患者的视网膜类器官	数字病理学	视网膜疾病	iPSCs生成、scRNA-Seq、全基因组测序、长读长RNA-seq	NA	基因序列数据、RNA序列数据	两个单等位基因未解决的STGD1病例和一个双等位基因影响的对照病例
3706	2025-02-23	Polycystic ovary syndrome and epithelial-mesenchymal transition: Mendelian randomization and single-cell analysis insights 2025-Feb-19, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-025-01617-2 PMID:39972362	研究论文	本研究通过转录组学和单细胞RNA测序结合Mendelian随机化分析，探索了与多囊卵巢综合征（PCOS）相关的上皮-间质转化（EMT）关键基因及其分子调控机制	首次从转录组学和单细胞RNA测序的角度，结合Mendelian随机化分析，识别了与PCOS相关的EMT关键基因，并揭示了成纤维细胞在PCOS病理中的关键作用	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索与PCOS相关的EMT关键基因及其分子调控机制	多囊卵巢综合征（PCOS）患者	生物信息学	多囊卵巢综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq），Mendelian随机化分析	NA	转录组数据，单细胞RNA测序数据	公共数据库中的PCOS样本
3707	2025-02-23	Integration of single-cell and spatial transcriptomics reveals fibroblast subtypes in hepatocellular carcinoma: spatial distribution, differentiation trajectories, and therapeutic potential 2025-Feb-18, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06192-0 PMID:39966876	研究论文	本研究通过整合单细胞和空间转录组学，揭示了肝细胞癌中成纤维细胞亚型的空间分布、分化轨迹及其治疗潜力	首次在肝细胞癌中分类出三种成纤维细胞亚群，并揭示了它们在肿瘤内的空间分布及分化轨迹，特别是VEGFA+CAFs在肿瘤特异性分化中的关键作用	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平的验证，且样本量虽大但可能不足以代表所有肝细胞癌患者	深入理解肝细胞癌肿瘤微环境中癌症相关成纤维细胞的多样性，以预测患者预后并指导治疗策略	肝细胞癌中的癌症相关成纤维细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组分析	机器学习模型	RNA测序数据	训练队列88例，验证队列94例，总计超过120万细胞
3708	2025-02-23	Divergence in cellular markers observed in single-cell transcriptomics datasets between cultured primary trabecular meshwork cells and tissues 2025-Feb-14, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-04528-5 PMID:39952952	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序比较了培养的原代人类小梁网细胞与组织中的细胞，揭示了细胞标记物的差异	首次报道了使用单细胞RNA测序比较培养的原代人类小梁网细胞与组织中的细胞，提供了关于细胞身份和可转化性的重要见解	从体外研究到体内或体外研究的转化仍然是一个挑战	研究人类小梁网细胞的细胞异质性和基因表达变化	人类小梁网细胞和组织	单细胞转录组学	青光眼	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	14个原代人类小梁网体外样本，包括4个来自青光眼患者的样本
3709	2025-02-23	Microglial Regulation of Neural Networks in Neuropsychiatric Disorders 2025-Feb-11, The Neuroscientist : a review journal bringing neurobiology, neurology and psychiatry DOI:10.1177/10738584251316558 PMID:39932233	研究论文	本文探讨了小胶质细胞在中枢神经系统中的重要作用及其与神经网络的复杂相互作用，特别是在神经精神疾病和神经退行性疾病中的影响	利用单细胞测序技术揭示了小胶质细胞亚型的多样性，并深入探讨了其在神经精神疾病中的功能	未具体提及研究的局限性	研究小胶质细胞在神经精神疾病和神经退行性疾病中的作用，以探索新的治疗策略	小胶质细胞及其与神经网络的相互作用	神经科学	阿尔茨海默病、抑郁症、癫痫	单细胞测序技术	NA	NA	NA
3710	2025-02-23	Precise gene expression deconvolution in spatial transcriptomics with STged 2025-Feb-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf087 PMID:39970279	研究论文	本文介绍了一种名为STged的新型计算框架，用于从空间转录组学数据中精确解卷积细胞类型特异性基因表达	STged通过整合基于图的空间相关性和参考基因签名，使用非负最小二乘回归框架，实现了精确且具有生物学意义的解卷积，超越了传统的解卷积方法	NA	研究目的是开发一种能够从空间转录组学数据中重建细胞类型特异性基因表达谱的计算方法	人类胰腺导管腺癌、人类鳞状细胞癌数据集以及小鼠肾脏组织	数字病理学	胰腺癌、鳞状细胞癌	空间转录组学	非负最小二乘回归	基因表达数据	人类胰腺导管腺癌、人类鳞状细胞癌数据集以及小鼠肾脏组织
3711	2025-02-23	The Society for Immunotherapy of Cancer Perspective on Tissue-Based Technologies for Immuno-Oncology Biomarker Discovery and Application 2025-Feb-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2469 PMID:39625818	评论	本文总结了免疫肿瘤学中基于组织的技术用于生物标志物发现和应用的最新进展	本文强调了多参数、多组学和计算平台在生成前所未有的深度数据方面的潜力，以发现更强大的生物标志物，从而增强患者选择和个性化治疗方法	需要权衡各种技术的优缺点，包括最小化患者采样、最大化数据输出、评估结果的再现性和代表性，同时减少数据碎片化以实现协调	评估和推进免疫肿瘤学中生物标志物技术的应用，以改善患者护理	免疫肿瘤学中的生物标志物	数字病理学	癌症	多重免疫组化、免疫荧光、单细胞转录组学、质谱定量和空间分辨蛋白质组学成像技术	NA	多组学数据	NA
3712	2025-02-23	Identifying patterns differing between high-dimensional datasets with generalized contrastive PCA 2025-Feb, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012747 PMID:39919147	研究论文	本文介绍了一种名为广义对比主成分分析（gcPCA）的新方法，用于比较不同实验条件下的高维数据集，以提取在一种条件下富集的低维模式	gcPCA是一种无需超参数调优的灵活方法，解决了传统对比主成分分析（cPCA）需要调优超参数且无法对称比较两个实验条件的问题	NA	开发一种无需超参数调优的方法，用于比较不同实验条件下的高维数据集，以提取在一种条件下富集的低维模式	高维生物数据	机器学习	II型糖尿病	单细胞RNA测序	gcPCA	高维数据	NA
3713	2025-02-23	Single-cell transcriptomic atlas of different endometriosis indicating that an interaction between endometriosis-associated mesothelial cells (EAMCs) and ectopic stromal cells may influence progesterone resistance 2025-Feb, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70216 PMID:39968688	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，构建了不同类型子宫内膜异位症的单细胞转录组图谱，揭示了子宫内膜异位症相关间皮细胞与异位基质细胞之间的相互作用可能影响孕酮抵抗	首次在卵巢子宫内膜异位症中发现间皮细胞，并揭示了间皮细胞在不同亚型中经历不同程度的上皮-间质转化过程，以及通过FN1-AKT通路介导的细胞间通讯对基质细胞孕酮抵抗的影响	样本量较小，仅包括6名患者的手术活检样本	探索和阐明不同类型子宫内膜异位症之间的差异	子宫内膜异位症患者的手术活检样本	单细胞转录组学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	6名患者的手术活检样本
3714	2025-02-23	EPB41L4A-AS1 regulates cervical cancer by proliferative cells: mendelian randomization and single-cell transcriptomics analyses 2025-Jan-31, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-949 PMID:39974380	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和孟德尔随机化分析，探讨了增殖细胞在宫颈癌中的作用及其机制	首次揭示了EPB41L4A-AS1通过调控增殖细胞在宫颈癌中的作用	研究主要基于单细胞转录组学和孟德尔随机化分析，未涉及临床试验验证	探讨增殖细胞在宫颈癌中的作用及其机制	宫颈癌组织中的增殖细胞	生物信息学	宫颈癌	单细胞转录组学、孟德尔随机化、MTT、流式细胞术、GSEA、WGCNA	NA	单细胞转录组数据	宫颈癌组织与健康组织的单细胞转录组数据
3715	2025-02-23	By integrating single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing, plasma cells signature and tertiary lymphoid structures were verified to contribute to outcome in lung adenocarcinoma 2025-Jan-31, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-1746 PMID:39974398	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，验证了浆细胞特征和三级淋巴结构在肺腺癌预后中的作用	结合单细胞RNA测序和批量RNA测序技术，首次系统性地探讨了浆细胞和三级淋巴结构在肺腺癌预后中的具体作用	研究主要依赖于公开数据库的数据，缺乏独立验证队列	探讨三级淋巴结构和浆细胞在肺腺癌预后中的作用	肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	NA	RNA测序数据, 临床信息	来自GEO和TCGA数据库的肺腺癌患者数据
3716	2025-02-23	Cell-specific transcriptional signatures of vascular cells in Alzheimer's disease: perspectives, pathways, and therapeutic directions 2025-Jan-29, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-025-00798-0 PMID:39876020	综述	本文综述了阿尔茨海默病（AD）中血管细胞的细胞特异性转录特征及其在靶向治疗中的意义	利用高通量单细胞转录组技术深入研究AD中脑血管细胞的转录异质性，并探讨了血管细胞与神经胶质单元之间的细胞交流障碍	主要基于已发表的单细胞转录组研究，可能受限于样本量和数据质量	探讨AD中脑血管细胞的转录特征及其在治疗中的潜在应用	AD患者和认知正常的老年人的脑血管细胞	数字病理学	老年病	单细胞转录组技术	NA	转录组数据	人类死后脑组织样本
3717	2025-02-23	Mapping cell-cell fusion at single-cell resolution 2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.11.627873 PMID:39896473	研究论文	本文开发了一种分子工具包ClonMapper Duo（CMDuo），用于在肿瘤细胞群体中追踪和分析单个细胞融合事件的起源和结果	开发了CMDuo平台，通过报告基因表达和工程化荧光相关索引序列与随机生成的核苷酸条形码相结合，识别经历细胞融合的细胞，并利用scRNA-seq对索引条形码进行测序，从而在整个细胞群体中映射每组亲本细胞和融合后代	未提及具体局限性	研究细胞融合在癌症进展和治疗反应中的作用	三阴性乳腺癌细胞	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	未提及具体样本数量
3718	2025-02-23	CD226 identifies effector CD8+ T cells during tuberculosis and costimulates recognition of Mycobacterium tuberculosis-infected macrophages 2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.22.634303 PMID:39896604	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，研究了慢性感染期间肺实质CD8 T细胞的多样性变化，并确定了CD226在识别结核分枝杆菌感染巨噬细胞中的关键作用	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了CD226在CD8 T细胞识别结核分枝杆菌感染巨噬细胞中的关键作用，并证实了CD226在体内功能性T细胞中的表达	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究慢性结核感染期间肺实质CD8 T细胞的多样性变化及其功能	C57BL/6J小鼠的肺实质CD8 T细胞	免疫学	结核病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	感染6周和41周的C57BL/6J小鼠
3719	2025-02-23	HPV integration in head and neck cancer: downstream splicing events and expression ratios linked with poor outcomes 2025-Jan-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.17.633627 PMID:39896613	研究论文	本文研究了HPV整合在头颈癌中的影响，特别是其与不良临床结果的关系	通过分析大量HPV相关的头颈鳞状细胞癌样本，揭示了HPV整合的致癌网络，并基于RNA特征对HPV整合阳性患者进行分类，发现部分患者具有更差的临床结果	主要关注RNA而非DNA，可能忽略了DNA层面的重要信息	探讨HPV整合在头颈癌中的致癌机制及其与临床结果的关系	261个HPV相关的头颈鳞状细胞癌样本，包括批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据	癌症研究	头颈癌	RNA-seq	NA	RNA-seq数据	261个HPV相关的头颈鳞状细胞癌样本，包括102个HPV阳性参与者的DNA HPV整合事件
3720	2025-02-23	Pro-cumulin addition in a biphasic in vitro oocyte maturation system modulates human oocyte and cumulus cell transcriptomes 2025-Jan-17, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaaf001 PMID:39862403	研究论文	本研究探讨了在双相体外卵母细胞成熟系统中添加pro-cumulin对人类卵母细胞和卵丘细胞转录组的影响	首次在人类双相体外卵母细胞成熟系统中研究了pro-cumulin对卵母细胞和卵丘细胞转录组的调节作用	未在蛋白质组水平上评估pro-cumulin的影响，也未评估其对胚胎学结果的影响	研究pro-cumulin在双相体外卵母细胞成熟系统中的作用，以提高卵母细胞的发育能力	人类卵母细胞和卵丘细胞	生殖医学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未明确提及具体样本数量，但涉及人类卵母细胞和卵丘细胞