单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3701	2025-04-06	Human oral mucosa cell atlas reveals a stromal-neutrophil axis regulating tissue immunity 2021-07-22, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2021.05.013 PMID:34129837	research paper	该研究通过单细胞转录组图谱揭示了口腔黏膜在健康和牙周炎状态下的细胞景观，并发现了一种基质-中性粒细胞轴在调节组织免疫中的作用	首次构建了人类口腔黏膜的单细胞转录组图谱，揭示了基质细胞与中性粒细胞在牙周炎中的关键作用	研究样本可能不足以代表所有人群的口腔黏膜状态	理解口腔黏膜在健康和牙周炎状态下的组织特异性病理生理学	健康个体和牙周炎患者的口腔黏膜组织	digital pathology	periodontitis	single-cell transcriptome sequencing	NA	transcriptome data	健康个体和牙周炎患者的口腔黏膜组织样本
3702	2025-04-06	A comprehensive survey of regulatory network inference methods using single cell RNA sequencing data 2021-05-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa190 PMID:34020546	综述	本文综述了15种利用单细胞RNA测序数据进行调控网络推断的计算方法	全面评估了单细胞分辨率下基因调控网络推断方法的性能、对数据丢失的敏感性和时间复杂性	未涉及所有现有的单细胞数据分析方法，且主要基于模拟数据评估	帮助生命科学家选择合适的分析方法，并为计算科学家开发新方法提供参考	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
3703	2025-04-06	Cell-type specific analysis of physiological action of estrogen in mouse oviducts 2021-05, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202002747R PMID:33818810	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术，探讨了雌激素在小鼠输卵管中各细胞类型中的生理作用	首次在单细胞水平上揭示了雌激素对输卵管不同细胞类型的差异性调控，并鉴定了可作为细胞和区域特异性标记的基因	研究主要基于小鼠模型，人类输卵管中的结果需要进一步验证	阐明雌激素如何调控输卵管微环境	小鼠输卵管中的上皮细胞、基质细胞和肌肉细胞	生殖生物学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、原位杂交、细胞类型特异性基因敲除	小鼠模型	基因表达数据	使用卵巢切除-激素替代小鼠模型
3704	2025-04-06	The Nuclear Receptor ESRRA Protects from Kidney Disease by Coupling Metabolism and Differentiation 2021-02-02, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2020.11.011 PMID:33301705	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究肾脏疾病中细胞多样性和代谢与分化耦合的机制	揭示了肾脏疾病中近端小管细胞代谢与分化的耦合机制，并发现核受体ESRRA和PPARA在此过程中的保护作用	研究主要基于小鼠模型，人类患者样本验证有限	探究肾脏疾病的发病机制及潜在治疗靶点	小鼠肾脏组织和人类患者样本中的近端小管细胞	单细胞测序	肾脏疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	小鼠模型和人类患者样本
3705	2025-04-06	Single-Cell Profiling of Ebola Virus Disease In Vivo Reveals Viral and Host Dynamics 2020-11-25, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.10.002 PMID:33159858	研究论文	通过单细胞转录组学和CyTOF技术，研究埃博拉病毒感染期间猕猴外周免疫细胞的动态变化	首次在体内使用单细胞技术揭示埃博拉病毒感染的免疫细胞动态变化和病毒-宿主相互作用	研究仅使用猕猴作为模型，可能无法完全反映人类感染情况	揭示埃博拉病毒感染的免疫细胞动态变化和病毒-宿主相互作用	猕猴外周免疫细胞	病毒学	埃博拉病毒感染	单细胞转录组学, CyTOF	NA	转录组数据, 蛋白质数据	100,000个转录组和15,000,000个蛋白质谱
3706	2025-04-05	Single-cell transcriptional profiling reveals cellular senescence and inflammatory persistence as key features of type 1 diabetes partial remission 2025-Apr-04, Diabetes, obesity & metabolism DOI:10.1111/dom.16384 PMID:40183401	研究论文	通过单细胞RNA测序研究1型糖尿病部分缓解期的免疫机制	揭示了1型糖尿病部分缓解期免疫失调的先前未被识别的特征，包括细胞衰老和炎症持续性	NA	研究1型糖尿病部分缓解期的免疫机制	外周血单个核细胞，包括健康对照、新诊断的1型糖尿病患者和部分缓解期患者	生物医学	1型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	健康对照、新诊断的1型糖尿病患者和部分缓解期患者的外周血单个核细胞
3707	2025-04-05	EXPRESS: Pediatric AML Prognostication with an m6A-Focused Lasso Model 2025-Apr-04, Journal of investigative medicine : the official publication of the American Federation for Clinical Research IF:2.5Q3 DOI:10.1177/10815589251334964 PMID:40183482	research paper	该研究通过分析单细胞RNA测序数据，揭示了儿童急性髓系白血病（AML）中m6A相关基因的独特表达模式，并开发了一个Lasso风险回归模型来评估不同AML亚组的预后	发现了儿童AML中m6A相关基因的独特表达模式，并开发了Lasso风险回归模型用于预后评估	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能需要更多样本来验证模型的普遍适用性	探索m6A相关基因在儿童AML预后中的作用，并开发预测模型	儿童急性髓系白血病（AML）患者	生物信息学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	Lasso回归模型	RNA测序数据	NA
3708	2025-04-05	Lung-resident memory CD4+ T cells are dependent on Batf3 2025-Apr-04, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf035 PMID:40184040	research paper	研究揭示了Batf3转录因子在肺驻留记忆CD4+ T细胞发育中的作用及其对过敏性炎症的影响	首次发现Batf3缺陷小鼠缺乏表达Cxcr6的肺驻留CD4+ T细胞亚群，并证明其对长期哮喘模型的影响	研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证	探究肺驻留记忆T细胞积累的细胞和分子机制	Batf3缺陷小鼠和野生型小鼠的肺驻留记忆CD4+ T细胞	免疫学	哮喘	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
3709	2025-04-05	BASELINE: A CRISPR Base Editing Platform for Mammalian-Scale Single-Cell Lineage Tracing 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.19.644238 PMID:40166145	研究论文	介绍了一种名为BASELINE的CRISPR碱基编辑平台，用于哺乳动物规模的单细胞谱系追踪	使用Cas12a腺嘌呤碱基编辑器在50个合成靶位点生成高分辨率谱系树，信息记录量比现有技术提高50倍	未明确提及具体限制	开发一种高分辨率、大规模的细胞谱系追踪技术	哺乳动物细胞，特别是胰腺癌模型中的细胞	基因编辑	胰腺癌	CRISPR碱基编辑，单细胞测序	Cas12a腺嘌呤碱基编辑器	基因组数据	未明确提及具体样本数量
3710	2025-04-05	NOTCH1 Mutation and Survival Analysis of Tislelizumab in Advanced or Metastatic Esophageal Squamous Cell Carcinoma: A Biomarker Analysis From the Randomized, Phase III, RATIONALE-302 Trial 2025-Apr-03, Journal of clinical oncology : official journal of the American Society of Clinical Oncology IF:42.1Q1 DOI:10.1200/JCO-24-01818 PMID:40179324	research paper	该研究通过基因组分析和转录组测序，探讨了NOTCH1突变作为预测食管鳞状细胞癌患者对tislelizumab治疗反应的生物标志物的潜力	首次将NOTCH1突变与tislelizumab治疗食管鳞状细胞癌的生存益处联系起来，并揭示了其潜在的分子机制	研究样本来自特定的临床试验(RATIONALE-302)，可能限制了结果的普遍性	寻找预测食管鳞状细胞癌患者对PD-1靶向治疗反应的可靠生物标志物	晚期或转移性食管鳞状细胞癌患者	digital pathology	esophageal squamous cell carcinoma	肿瘤基因组分析、转录组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	RATIONALE-302研究中的样本
3711	2025-04-05	Self-Supervised Graph Representation Learning for Single-Cell Classification 2025-Apr-03, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-025-00700-y PMID:40180773	研究论文	提出了一种名为scSSGC的自监督图表示学习框架，用于单细胞RNA测序数据中的细胞分类	通过联合使用未标记细胞数据上的多个K-means聚类任务进行模型训练，缓解了标记数据有限的问题，并引入了局部增强图神经网络以捕捉细胞间潜在相互作用	未明确提及具体局限性	开发计算生物学方法以提高单细胞RNA测序数据中的细胞分类准确性和泛化能力	单细胞RNA测序数据中的细胞	计算生物学	NA	单细胞RNA测序	图神经网络(GNN)	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
3712	2025-04-05	Scalable spatial transcriptomics through computational array reconstruction 2025-Apr-03, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-025-02612-0 PMID:40181168	research paper	提出了一种无需成像的空间转录组学方法，通过分子扩散和降维重建空间条形码位置	开发了一种无需成像设备的高保真、可扩展的空间转录组学方法，适用于厘米级组织	未提及方法在复杂组织或特定疾病模型中的验证情况	提高空间转录组学的可及性和通量，支持大规模研究	组织样本中的基因表达空间定位	空间转录组学	NA	分子扩散、降维	NA	基因表达数据	厘米级组织（具体样本数量未提及）
3713	2025-04-05	Machine Learning-based Gene Biomarker Identification for Improving Prognosis and Therapy in Hepatocellular Carcinoma 2025-Apr-03, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673359092250304031435 PMID:40183270	research paper	本研究通过整合基因表达、机器学习、肿瘤微环境分析和药物敏感性分析，开发了一个用于预测肝细胞癌（HCC）预后和个性化治疗的HPRI指标	结合多种机器学习算法和单细胞测序分析，识别出7个关键基因并开发了HPRI指标，用于预测HCC预后和治疗反应	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本选择和数据的异质性影响	识别肝细胞癌的分子生物标志物以改善预后和治疗	肝细胞癌（HCC）患者	machine learning	hepatocellular carcinoma	Cox回归分析、差异表达分析、单细胞测序分析	多种统计模型	基因表达数据、临床病理信息	多个队列的数据来自ICGC、GEO和TCGA数据库
3714	2025-04-05	Recurrent Composite Markers of Cell Types and States 2025-Apr-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.17.549344 PMID:37503180	研究论文	介绍了一种名为RECOMBINE的算法，用于识别定义层次细胞身份的重复复合标记集	RECOMBINE算法在识别区分性标记方面比现有方法（包括差异基因表达分析）具有更高的准确性	NA	解码生物复杂性，识别定义和区分层次细胞身份的可解释复合标记集	细胞类型和状态	生物信息学	NA	单细胞数据分析和空间转录组学	RECOMBINE算法	单细胞数据和空间转录组数据	小鼠视觉皮层数据、Tabula Sapiens项目的人类组织数据
3715	2025-04-05	Uncovering gene and cellular signatures of immune checkpoint response via machine learning and single-cell RNA-seq 2025-Apr-02, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00883-z PMID:40169777	research paper	利用机器学习和单细胞RNA测序技术揭示免疫检查点反应的基因和细胞特征	结合单细胞RNA测序数据和机器学习方法预测患者反应，同时保持可解释性和单细胞分辨率，并开发了强化学习模型以识别最具预测性的单细胞	研究主要基于黑色素瘤浸润的免疫细胞数据，可能在其他癌症类型中的普适性有待验证	提高免疫检查点抑制剂治疗反应的预测准确性，深化对癌症免疫的理解	黑色素瘤浸润的免疫细胞	machine learning	melanoma	single-cell RNA-seq	XGBoost, reinforcement learning	RNA-seq data	NA
3716	2025-04-05	Differentiation stage predicts radiosensitivity in mesenchymal-like pancreatic cancer 2025-Apr-01, International journal of radiation oncology, biology, physics DOI:10.1016/j.ijrobp.2025.03.034 PMID:40180058	研究论文	通过基因组分类器预测胰腺癌细胞系和患者的放射敏感性，以实现基因组引导的放射治疗	利用单细胞RNA测序数据区分上皮和间充质细胞，预测胰腺癌细胞系的分化阶段，并发现分化阶段与放射敏感性相关	研究主要基于细胞系和小鼠模型，临床患者数据的验证仍需进一步研究	预测胰腺癌的放射敏感性，优化放射治疗方案	胰腺癌细胞系和患者	基因组学	胰腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	基因组分类器	RNA测序数据	45个胰腺癌细胞系和来自The Cancer Genome Atlas的胰腺癌患者数据
3717	2025-04-05	Construction of a Single-cell Atlas of Thyroid Cancer 2025-Mar-10, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets DOI:10.2174/0118715303359688250209090544 PMID:40183263	研究论文	通过单细胞RNA测序技术构建甲状腺癌的单细胞图谱，揭示肿瘤细胞的异质性	首次构建了甲状腺癌的单细胞全景图谱，并发现lncRNA XIST在未分化甲状腺癌中的高表达及其调控机制	样本量较小（20例患者），且数据来源于公共数据库，可能影响结果的广泛适用性	探索甲状腺癌的分子特征，为临床分期和治疗策略提供新见解	甲状腺癌及癌旁组织、转移淋巴结和远处转移灶	数字病理	甲状腺癌	scRNA-seq	NA	基因表达数据	20例患者的11个原发肿瘤组织、6个癌旁组织、8个转移淋巴结和2个远处转移灶
3718	2025-04-05	Integrating Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data Reveals the Prognostic Significance of HOXC9-Related Immune Gene Signatures in Hepatocellular Carcinoma 2025, OncoTargets and therapy IF:2.7Q3 DOI:10.2147/OTT.S509625 PMID:40177614	研究论文	本研究整合了批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，构建了基于HOXC9相关免疫基因（HRIGs）的风险评分模型，并评估其在肝细胞癌（HCC）中的预后价值	首次整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，构建基于HOXC9相关免疫基因的风险评分模型，并验证其在HCC预后评估和免疫治疗预测中的价值	研究主要基于公共数据库数据，缺乏多中心临床验证	评估HOXC9相关免疫基因在HCC预后和免疫微环境中的作用	肝细胞癌（HCC）患者	生物信息学	肝癌	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO-Cox回归模型	RNA测序数据、临床数据	TCGA和GEO数据库中的HCC患者数据
3719	2025-04-05	Unraveling the immunomodulatory impact of hydroxychloroquine on peripheral T cells using single-cell RNA sequencing 2024-12, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2024.103324 PMID:39405653	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了羟氯喹（HCQ）对外周T细胞的免疫调节作用	首次在单细胞水平上详细描述了HCQ对T细胞亚群的影响，特别是对效应CD4和CD8 T细胞的调控机制	研究主要基于体外实验，体内效应的验证需要进一步研究	阐明HCQ在T细胞中的免疫调节机制	外周T细胞	免疫学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，包括体外刺激的T细胞和狼疮患者的T细胞样本
3720	2025-04-05	Cellular communication network factor 3 contributes to the pathological process of rheumatoid arthritis through promoting cell senescence and osteoclastogenesis in the joint 2024-12, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2024.103334 PMID:39549484	研究论文	本文探讨了细胞通讯网络因子3（CCN3）在类风湿性关节炎（RA）病理过程中的作用及其治疗潜力	研究发现CCN3通过促进细胞衰老和破骨细胞生成在RA关节中发挥重要作用，并评估了CCN3抗体作为治疗靶点的潜力	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人类临床试验中验证CCN3抗体的治疗效果	探究CCN3在RA病理过程中的分子功能及其作为治疗靶点的潜力	类风湿性关节炎患者的关节组织和实验模型小鼠	病理学	类风湿性关节炎	scRNA-seq	实验性RA模型	基因表达数据和细胞实验数据	公共scRNA-seq数据和实验模型小鼠